5E9LA

Crystal structure of baz2b bromodomain in complex with fragment f103
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
116
structure length
116
Chain Sequence
SMSVKKPKRDDSKDLALCSMILTEMETHEDAWPFLLPVNLKLVPGYKKVIKKPMDFSTIREKLSSGQYPNLETFALDVRLVFDNCETFNEDDSDIGRAGHNMRKYFEKKWTDTFKV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title High-Throughput Fragment Docking into the BAZ2B Bromodomain: Efficient in Silico Screening for X-Ray Crystallography.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transcription
source organism Homo sapiens
molecule keywords Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B
total genus 41
structure length 116
sequence length 116
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-10-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5e9lA00
1WUGA 4NYWA 5I40A 5FE3A 3LQJA 3FKMX 2RNYA 3G0JA 4TZ2A 5L96A 5C89A 3U5PA 5FE4A 5DYAA 4YYGA 2DWWA 4QYDA 2DVVA 1ZS5A 3QZVA 5EICA 4DONA 5HQ5A 3MXFA 5ENBA 4UYGA 5ENGA 3NXBA 3P5OA 5EV9A 5F61A 5I7XA 5KTXA 4QR4A 4C67A 5E0RA 4O78A 5HFQA 2DVRA 5HRVA 5KO4A 4QC3A 3U5OA 5E7DA 4YATA 4CL9A 5H85A 5DY7A 4GPJA 3P1EA 4C66A 2YELA 4YC9A 5D3TA 5E9IA 5IGMA 4HBYA 3UVDA 4NR4A 5HM0A 4QR3A 5E9YA 5DLXA 4LRGA 4Z93A 5A85A 5A5PA 4CUSA 5FE9A 3UVXA 4PCIA 5I88A 5KU3A 2OUOA 4CUUA 5IIDA 4XY8A 5FG6A 5CGPA 5I7YA 4PS5A 4IORA 5F3AA 4CFLA 4TT2A 4QSQA 4TZ8A 5DW1A 5DKCA 2L5EA 5FB1A 4FLPA 5HJCA 4NS5A 5FG5A 5FH8A 3UV4A 4IR6A 5F36A 4HBXA 4LZSA 4O7AA 2I7KA 5JWMA 4QSVA 5A5OA 4QY4A 5CZGA 2H60A 4O70A 4Z6HA 4O71A 3QZTA 5A5SA 3SVHA 4UIYA 3S91A 2WP2A 4LDFA 4F3IA 5COIA 5BT4A 4YAXA 5D25A 2I8NA 4YYHA 1EQFA 5EQ1A 4CLBA 3HMHA 4LYIA 5CUCA 4QUTA 5EM3A 5L8UA 4PCEA 4LZRA 4NR7A 5LVQA 5ENIA 5LKTA 3LQHA 5A81A 4KV1A 3SVGA 5CFWA 5A5QA 5AD2A 2F6NA 5D3HA 5CTLA 4AKNA 5E9VA 4CUQA 5I80A 2N9GA 4QSPA 2KTBB 3O36A 5H1TA 2LSPB 5D7XA 5DFCA 4TU6A 4O7FA 5ENCA 2E3KA 4MEPA 5EK9A 5CUBA 4Z1SA 3Q2FA 5EGUA 5D3LA 5HRWA 5CRMA 5TCMA 4NUDA 3LQIA 4YYJA 2R0VA 5LJ1A 3AQAA 2NXBA 5E3GA 4N4HA 4BJXA 5IG6A 3SVFA 5J0DA 3O37A 3JVMA 5A82A 3TLPA 4MEOA 4NR6A 5EVAA 4BW4A 2RI7A 5DYXA 4YYMA 5ACYA 5BT3A 5CUGA 3LJWA 4IR3A 4NYXA 4CUTA 4YY4A 5AMEA 5ENJA 4XYAA 5ENFA 3JVLA 4PY6A 5C8GA 4CUPA 4NQMA 3RCWA 5CPEA 2RNXA 2RFJA 3U5MA 5F1LA 4NR5A 4A9NA 5I83A 3D7CA 1X0JA 5H1UA 3MB3A 4Q0NA 4LYWA 4A9LA 4HXKA 4QSRA 3ZYUA 4MR4A 1JM4B 4IOQA 5L97A 4Y03A 4CURA 4QSUA 3MULA 5CUAA 5D0CA 5AMFA 5F1HA 3HMFA 5A5NA 5E73A 5E3DA 4ALGA 5CUDA 1JSPB 4O77A 5H1VA 5F25A 5E9LA 4WHUA 2YDWA 4QSWA 4UYFA 5F63A 5D26A 4YK0A 5D24A 5CS8A 5D3JA 3P1CA 5EISA 5HRXA 4Z6IA 4LZ2A 5C4QA 5FE8A 4UYHA 5FDZA 5D3RA 4TS8A 2RNWA 4QEUA 4TTEA 4YYDA 4J3IA 4Q0OA 5HFRA 5CQ7A 4HBWA 4MR3A 4WHWA 4TQNA 4UIVA 4A9JA 5A83A 5FE2A 4BHWA 4Z1QA 4BW3A 5DYUA 3DWYA 5D3SA 5HENA 4IOOA 2WP1A 4BW1A 5KTUA 2L85A 5TB6A 5DYCA 5IGKA 3G0LA 1WUMA 5FFWA 5DKHA 4QZSA 5EWDA 4HXOA 5CQ6A 4X2IA 3ONIA 5AD3A 5FE6A 3P1FA 3GG3A 3UVYA 4HXRA 2YYNA 5II1A 5EPBA 5L99A 4LR6A 3JVKA 2YQDA 4NR9A 4N4FA 5DKDA 5II2A 4ZW1A 4QNSA 5A7CA 5G4RA 4NR8A 1F68A 4O7CA 5FE5A 5HQ6A 5FFYA 5LVRA 4IR5A 2R10A 4QC1A 5F5ZA 2D9EA 5CRZA 4UIXA 5FE1A 5L98A 4HXLA 5FH6A 4HXPA 3QZSA 5LUUA 3UVWA 4ALHA 3UV2A 3HMEA 5CQ4A 5EI4A 5CY9A 2R0SA 3S92A 3JVJA 5ETDA 3U5NA 4O7EA 2G4AA 4QSXA 5EA1A 4IR4A 5I89A 4J0SA 4UIWA 4O72A 5I29A 5E9KA 4A9FA 4QB3A 4YADA 4YABA 4LC2A 5KTWA 3DAIA 4N4GA 5ENHA 5CQ8A 5DFDA 5CQAA 4QEVA 4OGJA 3IU5A 4MR5A 4UYEA 5DW2A 5FBXA 4TT6A 4A9EA 1E6IA 4YYIA 5JI8A 5DBMA 4O76A 5E9MA 3K2JA 4UITA 4WIVA 5C87A 5F2PA 4A9KA 5C7NA 5G4SA 3I3JA 5ETBA 4UIZA 4O74A 4A9OA 5DLZA 4YYKA 3MQMA 2E7NA 4TT4A 5LJ2A 3U5KA 3UV5A 4O75A 4OGIA 4UYDA 5EPRA 4CFKA 4BW2A 2F6JA 4QEWA 5E74A 4YBSA 4J0RA 4UYFB 4QSTA 5EP7A 2OO1A 5DFBA 5LKXA 4LYSA 4YBMA 4NXJA 2FSAA 2D82A 4A9MA 4MENA 4UIUA 5C85A 4YYNA 5BT5A 5EWWA 4KV4A 5A5RA 2E7OA 3U5LA 4QBMA 4XUBA 5FE7A 3LXJA 5CU8A 5F62A 4NRBA 1N72A 2YEMA 4HXMA 4NRAA 5FG4A 5I1QA 2DVSA 5CQ3A 4HBVA 5CP5A 4QR5A 4A9HA 4NUCA 4E96A 4N4IA 5IGNA 5I86A 4YH3A 2RO1A 5EPSA 5IBNA 5FFVA 5LJ0A 5HLSA 3O34A 5L8TA 4MR6A 4PTBA 2DVQA 4OUFA 4A9IA 2R0YA 3UW9A 3MB4A 5CQTA 3Q2EA 4HXSA 5EWCA 5ENEA 5EWHA 4MEQA 3IU6A 5FE0A 3O35A 5HQ7A 4YH4A 2YW5A 4NQNA 5D3NA 3AADA 5LKZA 5EWVA 5HEMA 4QUUA 2DKWA 5FB0A 5EU1A 5HCLA 2RS9B 4ZQLA 4YY6A 3U5JA 5FH7A 4NRCA 5CQ5A 2GRCA 2L84A 5K29A 3O33A 4NYVA 5LKUA 2OSSA 4NUEA 4TU4A 5IGLA 4PKLA 4QYLA 5HELA 3P1DA 4O7BA 4TYLA 4RVRA 5DX4A 4QSSA 5CUEA 2DATA 4HXNA 4KCXA 5F60A 5KHMA 2YEKA 4N3WA 3MUKA 4YBTA 5D3PA 4XY9A 2MJVB 4ZC9A 4J1PA 4XUAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1WUGA 4NYWA 5I40A 4AKIA 5FE3A 3LQJA 3FKMX 2RNYA 3G0JA 4TZ2A 5L96A 5C89A 1PUOA 3U5PA 5FE4A 5DYAA 4YYGA 2DWWA 4QYDA 2DVVA 1ZS5A 3QZVA 5EICA 4DONA 5HQ5A 3D1BA 3MXFA 5ENBA 4UYGA 5ENGA 3NXBA 3P5OA 5EV9A 5F61A 5I7XA 5KTXA 4QR4A 4C67A 5E0RA 4O78A 5HFQA 2DVRA 5HRVA 5KO4A 4QC3A 3U5OA 5E7DA 4YATA 4CL9A 5H85A 5DY7A 4GPJA 3P1EA 4C66A 2YELA 4YC9A 5D3TA 5E9IA 5IGMA 4HBYA 3UVDA 4NR4A 5HM0A 3VKHA 4QR3A 5E9YA 5DLXA 4LRGA 4Z93A 5A85A 5A5PA 4CUSA 5FE9A 3UVXA 4PCIA 5I88A 5KU3A 2OUOA 4CUUA 5IIDA 4XY8A 5FG6A 5CGPA 5I7YA 4PS5A 4IORA 5F3AA 4CFLA 4TT2A 4QSQA 4TZ8A 5DW1A 5DKCA 2L5EA 5FB1A 4FLPA 5HJCA 4NS5A 5FG5A 5FH8A 3UV4A 4IR6A 5F36A 4HBXA 4LZSA 4O7AA 2I7KA 5JWMA 4QSVA 5A5OA 4QY4A 5CZGA 2H60A 4O70A 4Z6HA 4AKGA 4O71A 3QZTA 5A5SA 3SVHA 4UIYA 3S91A 2WP2A 4LDFA 4F3IA 5COIA 5BT4A 4YAXA 5D25A 2I8NA 4YYHA 1EQFA 5EQ1A 4CLBA 3HMHA 4LYIA 5CUCA 4QUTA 5EM3A 5L8UA 4PCEA 4LZRA 4NR7A 5LVQA 5ENIA 5LKTA 3LQHA 5A81A 4KV1A 3SVGA 5CFWA 5A5QA 5AD2A 2F6NA 5D3HA 2EJNA 5CTLA 4AKNA 5E9VA 4CUQA 5I80A 2N9GA 4QSPA 2KTBB 3O36A 5H1TA 2LSPB 5D7XA 5DFCA 4TU6A 4AI6A 4O7FA 5ENCA 2E3KA 4MEPA 5EK9A 5CUBA 4Z1SA 3Q2FA 5EGUA 5D3LA 5HRWA 5CRMA 5TCMA 4NUDA 3LQIA 4YYJA 2R0VA 5LJ1A 3AQAA 2NXBA 5E3GA 4N4HA 4BJXA 5IG6A 3SVFA 5J0DA 3O37A 3JVMA 5A82A 3TLPA 4MEOA 4NR6A 5EVAA 4BW4A 2RI7A 5DYXA 4YYMA 5ACYA 5BT3A 5CUGA 3LJWA 4IR3A 4NYXA 4CUTA 4YY4A 1ZKRA 5AMEA 5ENJA 4XYAA 5ENFA 3JVLA 4PY6A 5C8GA 4CUPA 4NQMA 3RCWA 5CPEA 2RNXA 2RFJA 3U5MA 5F1LA 4NR5A 4A9NA 5I83A 3D7CA 1X0JA 5H1UA 3MB3A 4Q0NA 4LYWA 4A9LA 4HXKA 4QSRA 3ZYUA 4MR4A 1JM4B 4IOQA 5L97A 3VKGA 4Y03A 4CURA 4QSUA 3MULA 5CUAA 5D0CA 5AMFA 5F1HA 3HMFA 5A5NA 5E73A 5E3DA 4ALGA 5CUDA 1JSPB 4O77A 5H1VA 5F25A 5E9LA 4WHUA 2YDWA 4QSWA 4UYFA 5F63A 5D26A 4YK0A 5D24A 5CS8A 5D3JA 3P1CA 5EISA 5HRXA 4Z6IA 4LZ2A 5C4QA 5FE8A 4UYHA 5FDZA 5D3RA 4TS8A 2RNWA 4QEUA 4TTEA 4YYDA 4J3IA 4Q0OA 5HFRA 5CQ7A 4HBWA 4MR3A 4WHWA 4TQNA 4UIVA 4A9JA 5A83A 5FE2A 4BHWA 4Z1QA 4BW3A 5DYUA 3DWYA 5D3SA 5HENA 4IOOA 2WP1A 4BW1A 5KTUA 2L85A 5TB6A 5DYCA 5IGKA 3G0LA 1WUMA 5FFWA 5DKHA 4QZSA 5EWDA 4HXOA 5CQ6A 4X2IA 3ONIA 5AD3A 5FE6A 3P1FA 3GG3A 3UVYA 4HXRA 2YYNA 5II1A 5EPBA 5L99A 4LR6A 3JVKA 2YQDA 4NR9A 4N4FA 5DKDA 5II2A 4ZW1A 4QNSA 5A7CA 5G4RA 4NR8A 1F68A 4O7CA 5FE5A 5HQ6A 5FFYA 5LVRA 4IR5A 2R10A 4QC1A 5F5ZA 2D9EA 5CRZA 4UIXA 5FE1A 5L98A 4HXLA 5FH6A 4HXPA 3QZSA 5LUUA 3UVWA 4ALHA 3UV2A 3HMEA 5CQ4A 5EI4A 5CY9A 2R0SA 3S92A 3JVJA 5ETDA 3U5NA 4O7EA 2G4AA 4QSXA 5EA1A 4IR4A 5I89A 4J0SA 4UIWA 4O72A 5I29A 5E9KA 4A9FA 4QB3A 4YADA 4YABA 4LC2A 5KTWA 3DAIA 4N4GA 5ENHA 5CQ8A 5DFDA 5CQAA 4QEVA 4OGJA 3IU5A 4MR5A 4UYEA 5DW2A 5FBXA 4TT6A 4A9EA 1E6IA 4YYIA 5JI8A 5DBMA 4O76A 5E9MA 3K2JA 4UITA 4WIVA 5C87A 5F2PA 4A9KA 5C7NA 5G4SA 3I3JA 5ETBA 4UIZA 4O74A 4A9OA 5DLZA 4YYKA 3MQMA 2E7NA 4TT4A 5LJ2A 3U5KA 3UV5A 4O75A 4OGIA 4UYDA 5EPRA 4CFKA 4BW2A 2F6JA 4QEWA 5E74A 4YBSA 4J0RA 4UYFB 4QSTA 5EP7A 2OO1A 5DFBA 5LKXA 4LYSA 4YBMA 4NXJA 2FSAA 2D82A 4A9MA 4MENA 4UIUA 5C85A 4YYNA 5BT5A 5EWWA 4KV4A 5A5RA 2E7OA 3U5LA 4QBMA 4XUBA 5FE7A 3LXJA 5CU8A 5F62A 4NRBA 1N72A 2YEMA 4HXMA 4NRAA 5FG4A 5I1QA 2DVSA 5CQ3A 4HBVA 5CP5A 4QR5A 4A9HA 3ERRA 4NUCA 4E96A 4N4IA 5IGNA 5I86A 4YH3A 2RO1A 5EPSA 5IBNA 5FFVA 5LJ0A 5HLSA 4AKHA 3O34A 5L8TA 4MR6A 4PTBA 2DVQA 4OUFA 4A9IA 2R0YA 3UW9A 3MB4A 5CQTA 3Q2EA 4HXSA 5EWCA 3D1DA 5ENEA 5EWHA 4MEQA 3IU6A 5FE0A 3O35A 5HQ7A 4YH4A 2YW5A 4NQNA 5D3NA 3AADA 5LKZA 5EWVA 5HEMA 4QUUA 2DKWA 5FB0A 5EU1A 5HCLA 2RS9B 4ZQLA 4YY6A 3U5JA 5FH7A 4NRCA 5CQ5A 2GRCA 2L84A 5K29A 3O33A 4NYVA 5LKUA 2OSSA 4NUEA 4TU4A 5IGLA 4PKLA 4QYLA 5HELA 3P1DA 4O7BA 4TYLA 4RVRA 5DX4A 4QSSA 5CUEA 2DATA 4HXNA 4KCXA 5F60A 5KHMA 2YEKA 4N3WA 3MUKA 4YBTA 5D3PA 4XY9A 2MJVB 4ZC9A 4J1PA 4XUAA
chains in the Genus database with same CATH topology
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