5LUUA

Structure of the first bromodomain of brd4 with a pyrazolo[4,3-c]pyridin fragment
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transcription
source organism Homo sapiens
publication title Discovery of New Bromodomain Scaffolds by Biosensor Fragment Screening.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
total genus 47
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-09-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5luuA01
4TZ8A 3MUKA 4WIVA 5CU8A 4OUFA 5FE7A 3G0LA 5EWHA 4YK0A 5I89A 5EPBA 5ENGA 3FKMX 4QY4A 4Z1SA 4NYVA 4NRBA 5FDZA 3HMFA 5HFRA 4IR3A 2F6JA 2DVRA 4LYSA 5FH7A 4LRGA 5II1A 3LQHA 3O37A 5D26A 5D3PA 5F60A 4NUCA 5F61A 2I8NA 5F2PA 5HQ6A 5FFWA 5C4QA 5G4SA 2YYNA 3AADA 4Q0NA 5CUAA 4C66A 5EV9A 5CQ5A 5JI8A 1WUMA 5FBXA 4LDFA 4HBVA 3QZSA 5KTUA 4NR8A 5I1QA 3SVHA 5II2A 5G4RA 4YBMA 5F1LA 5LJ2A 2R10A 2WP2A 4Z93A 5E9KA 3U5OA 5CQ3A 5FE2A 2RNWA 4QR5A 5CUEA 5IGLA 5KTWA 4HXSA 5DY7A 5E3DA 4YYIA 5FE6A 4F3IA 4BHWA 2E7NA 4NR4A 5CFWA 5I40A 4YH3A 4QNSA 5AMEA 5FFYA 5AD3A 5HJCA 2DKWA 3IU5A 4QSWA 4O71A 4MEPA 4QUTA 2DVQA 3O36A 4ALHA 5I29A 4CLBA 2YW5A 5D24A 4HBWA 5DKDA 3UV5A 3O34A 3GG3A 5FE1A 5A7CA 4QSUA 4ALGA 4QSPA 3MXFA 4NS5A 5CS8A 4NYWA 4BW2A 5HRWA 5E74A 5A5PA 4QC1A 4UYGA 5FE3A 4YYJA 5HCLA 4QYLA 5C7NA 4DONA 1JSPB 4YH4A 4MENA 5ENFA 5FE9A 4BW4A 4YAXA 5F1HA 5IIDA 5EPRA 5EU1A 3LXJA 4O7AA 5DX4A 5DLZA 5CQ4A 2E3KA 5H85A 5IGKA 5DKCA 3HMEA 5DYCA 2GRCA 5CUCA 4CFKA 5DW1A 5K29A 5CPEA 3U5LA 5LJ0A 3AQAA 4YYGA 2OO1A 5J0DA 5ENCA 5I86A 3K2JA 3P1CA 4O7EA 4UYEA 4A9KA 4NXJA 5CRZA 4UIVA 4IR5A 2E7OA 4LYWA 4N4FA 5DYXA 5HEMA 4C67A 4YADA 4OGIA 5EA1A 4YYNA 4A9LA 4NR6A 5A83A 2RO1A 4HXKA 4NYXA 4PCIA 4NUEA 5ENJA 3U5NA 4CUTA 3LQIA 4QEWA 4A9FA 4HXLA 2R0SA 4RVRA 4ZC9A 4NRAA 4Z6HA 4TU4A 4NQMA 5L98A 2LSPB 4PY6A 5IGNA 4YBTA 5C89A 3SVFA 4PKLA 5IGMA 5FE8A 4NR7A 4UIXA 5KHMA 4QYDA 4N4IA 3ONIA 3HMHA 4HXPA 4MR5A 1N72A 5ENIA 5TCMA 5EQ1A 4IR6A 4HXNA 5FG5A 5ENBA 4HXMA 3TLPA 5I88A 3U5JA 4BW1A 4O74A 4Z1QA 4YYDA 3UVXA 4E96A 4YY6A 3LJWA 4O78A 4UYFB 5CQTA 4XYAA 3SVGA 4CURA 4QR4A 4Q0OA 4NQNA 4IORA 5LKTA 4NUDA 1JM4B 4UIZA 2L5EA 5KU3A 4OGJA 4LR6A 5LKXA 4QR3A 5FE4A 4QSQA 4O77A 4TS8A 4TT4A 2F6NA 3MB3A 4TTEA 5TB6A 4O72A 2D9EA 3JVMA 5DYUA 4IR4A 3U5MA 3NXBA 5E3GA 5L8TA 1EQFA 5L97A 4TT6A 4LZRA 4A9HA 4PS5A 5ENHA 4YABA 5A82A 3U5KA 5HRVA 2WP1A 3U5PA 5ETBA 5F36A 4N4HA 5FH8A 2RNXA 5AMFA 3MB4A 4HXOA 4KV1A 2RFJA 5A5QA 5FG4A 4QSRA 4UIUA 5CUDA 5ENEA 5E9YA 5CZGA 5IBNA 4LYIA 3P1DA 4NR9A 4BJXA 4A9JA 5FB1A 4BW3A 4UYFA 5CQ8A 5I7YA 4QC3A 5D3TA 5EM3A 4J0RA 5JWMA 4UYHA 4CUPA 4QB3A 5DKHA 5FE5A 4YYKA 5ACYA 4YYHA 5A5NA 5EISA 5DW2A 4O70A 5E9IA 3UV2A 5FH6A 5C87A 2DWWA 4MEQA 4J1PA 2RI7A 5C8GA 5LVRA 2N9GA 5DLXA 5E9VA 5FB0A 4QSXA 5E0RA 4QSTA 3UV4A 4HXRA 5DFCA 5C85A 3G0JA 3UW9A 4YBSA 4TYLA 5HRXA 3LQJA 2YEMA 5H1VA 3D7CA 3I3JA 5LUUA 4QUUA 5CUGA 5I83A 5EP7A 1E6IA 4O76A 4TT2A 4MR3A 5EK9A 5H1UA 5D3JA 4KCXA 5D3HA 5HELA 4ZW1A 3JVKA 4UIYA 5EICA 2R0VA 1F68A 3IU6A 4N4GA 5E7DA 3O35A 4XY8A 4YYMA 4QEVA 5LKZA 5FFVA 5HM0A 3UVWA 5LVQA 4XY9A 5E9MA 5HFQA 5L99A 2YEKA 2YELA 4J0SA 5BT5A 5EWDA 5A85A 5D25A 5F62A 4CUQA 4UIWA 3Q2FA 5EGUA 2OUOA 3P1EA 4YC9A 5IG6A 4LC2A 3QZVA 2YQDA 3P1FA 5CQ6A 4NR5A 4TQNA 4A9IA 5FE0A 5L96A 4IOOA 5E9LA 5D0CA 3ZYUA 4QBMA 4A9NA 5CY9A 5CQAA 4Y03A 4QSSA 5LJ1A 4MR4A 5DBMA 2H60A 5AD2A 5EVAA 5D3NA 2MJVB 4UITA 4PCEA 3O33A 5BT4A 4KV4A 3Q2EA 4QSVA 4A9OA 4HBYA 4CUUA 4PTBA 5F63A 4XUBA 2L85A 5CUBA 4CUSA 2DVSA 4YATA 4QEUA 5COIA 4CL9A 5HQ5A 5ETDA 5HLSA 4LZSA 3S91A 5CGPA 3DWYA 5BT3A 4TU6A 3S92A 3DAIA 5CQ7A 5E73A 4O7BA 5D3RA 4A9EA 3MQMA 4O7FA 5F25A 3UVDA 5D3LA 4MR6A 5KTXA 3P5OA 3RCWA 2DATA 2FSAA 2KTBB 5LKUA 5KO4A 5EWCA 4A9MA 5A5SA 4IOQA 4WHUA 5CTLA 4AKNA 4Z6IA 5A5RA 5DFBA 4N3WA 2D82A 5DFDA 4O75A 5HQ7A 2YDWA 3UVYA 2NXBA 3JVJA 1ZS5A 3QZTA 2L84A 4GPJA 4TZ2A 2RNYA 5I80A 4O7CA 5D3SA 1WUGA 5EI4A 2R0YA 4QZSA 5D7XA 4CFLA 2RS9B 4YY4A 5EWVA 4ZQLA 5A81A 5EWWA 2I7KA 5F3AA 5A5OA 2DVVA 5I7XA 2OSSA 5EPSA 4X2IA 5L8UA 5HENA 5CP5A 5DYAA 5FG6A 5CRMA 2G4AA 4LZ2A 4UYDA 5H1TA 4J3IA 4MEOA 4FLPA 5F5ZA 1X0JA 4HBXA 4NRCA 3JVLA 3MULA 4WHWA 4XUAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4TZ8A 3MUKA 4WIVA 5CU8A 4OUFA 5FE7A 3G0LA 5EWHA 4YK0A 5I89A 5EPBA 5ENGA 3FKMX 4QY4A 4Z1SA 4NYVA 4NRBA 5FDZA 3HMFA 5HFRA 4IR3A 2F6JA 2DVRA 4LYSA 5FH7A 4LRGA 5II1A 3LQHA 3O37A 5D26A 5D3PA 5F60A 4NUCA 5F61A 2I8NA 5F2PA 5HQ6A 5FFWA 5C4QA 5G4SA 2YYNA 3AADA 4Q0NA 5CUAA 4C66A 5EV9A 5CQ5A 5JI8A 1WUMA 5FBXA 4LDFA 4HBVA 3QZSA 5KTUA 4NR8A 5I1QA 3SVHA 5II2A 5G4RA 4YBMA 5F1LA 5LJ2A 2R10A 2WP2A 4Z93A 5E9KA 3U5OA 5CQ3A 5FE2A 2RNWA 4QR5A 5CUEA 5IGLA 5KTWA 4HXSA 5DY7A 5E3DA 4YYIA 5FE6A 4F3IA 4BHWA 2E7NA 4NR4A 5CFWA 5I40A 4YH3A 4QNSA 5AMEA 5FFYA 5AD3A 5HJCA 2DKWA 3IU5A 4QSWA 4O71A 4MEPA 4QUTA 2DVQA 3O36A 4ALHA 5I29A 4CLBA 2YW5A 5D24A 4HBWA 5DKDA 3UV5A 3O34A 3GG3A 5FE1A 5A7CA 4QSUA 4ALGA 4QSPA 3MXFA 4NS5A 5CS8A 4NYWA 4BW2A 5HRWA 5E74A 5A5PA 4QC1A 4UYGA 5FE3A 4YYJA 5HCLA 4QYLA 5C7NA 4DONA 1JSPB 4YH4A 4MENA 5ENFA 5FE9A 4BW4A 4YAXA 5F1HA 5IIDA 5EPRA 5EU1A 3LXJA 4O7AA 5DX4A 5DLZA 5CQ4A 2E3KA 5H85A 5IGKA 5DKCA 3HMEA 5DYCA 2GRCA 5CUCA 4CFKA 5DW1A 5K29A 5CPEA 3U5LA 5LJ0A 3AQAA 4YYGA 2OO1A 5J0DA 5ENCA 5I86A 3K2JA 3P1CA 4O7EA 4UYEA 4A9KA 4NXJA 5CRZA 4UIVA 4IR5A 2E7OA 4LYWA 4N4FA 5DYXA 5HEMA 4C67A 4YADA 4OGIA 5EA1A 4YYNA 4A9LA 4NR6A 5A83A 2RO1A 4HXKA 4NYXA 4PCIA 4NUEA 5ENJA 3U5NA 4CUTA 3ERRA 3LQIA 4QEWA 4A9FA 4HXLA 2R0SA 4RVRA 4ZC9A 4NRAA 4Z6HA 4TU4A 4NQMA 5L98A 2LSPB 4PY6A 5IGNA 4YBTA 5C89A 3SVFA 4PKLA 5IGMA 5FE8A 4NR7A 4UIXA 5KHMA 4QYDA 4N4IA 3ONIA 3HMHA 4HXPA 4MR5A 1ZKRA 1N72A 5ENIA 5TCMA 5EQ1A 4IR6A 4HXNA 5FG5A 5ENBA 4HXMA 3TLPA 5I88A 3U5JA 4BW1A 4O74A 4Z1QA 4YYDA 3UVXA 4E96A 4YY6A 3LJWA 4O78A 4UYFB 5CQTA 4XYAA 3SVGA 4CURA 4QR4A 4Q0OA 4NQNA 4IORA 5LKTA 4NUDA 1JM4B 4UIZA 2L5EA 3D1BA 5KU3A 4OGJA 4LR6A 5LKXA 4QR3A 5FE4A 4QSQA 4O77A 4TS8A 4TT4A 2F6NA 3MB3A 4TTEA 5TB6A 4O72A 2D9EA 3JVMA 5DYUA 4IR4A 3U5MA 3NXBA 5E3GA 5L8TA 1EQFA 5L97A 4TT6A 4LZRA 4A9HA 4PS5A 5ENHA 4YABA 5A82A 3U5KA 5HRVA 2WP1A 3U5PA 5ETBA 5F36A 4N4HA 5FH8A 2RNXA 5AMFA 3MB4A 4HXOA 4AKGA 4KV1A 2RFJA 5A5QA 5FG4A 4QSRA 4UIUA 5CUDA 5ENEA 5E9YA 5CZGA 5IBNA 4LYIA 3P1DA 4NR9A 4BJXA 4A9JA 5FB1A 4BW3A 4UYFA 5CQ8A 5I7YA 4QC3A 5D3TA 5EM3A 4J0RA 5JWMA 4UYHA 4CUPA 4QB3A 5DKHA 5FE5A 4YYKA 5ACYA 4YYHA 5A5NA 5EISA 5DW2A 4O70A 5E9IA 3UV2A 5FH6A 5C87A 2DWWA 4MEQA 4J1PA 2RI7A 5C8GA 5LVRA 2N9GA 5DLXA 5E9VA 5FB0A 4QSXA 5E0RA 4QSTA 3UV4A 4HXRA 5DFCA 5C85A 3G0JA 3UW9A 4YBSA 4TYLA 5HRXA 3LQJA 2YEMA 5H1VA 3D7CA 3I3JA 5LUUA 4QUUA 5CUGA 5I83A 5EP7A 1E6IA 4O76A 4TT2A 4MR3A 5EK9A 5H1UA 5D3JA 4KCXA 5D3HA 5HELA 4ZW1A 3JVKA 4UIYA 5EICA 2R0VA 1F68A 3IU6A 4N4GA 5E7DA 3O35A 4XY8A 4YYMA 4QEVA 5LKZA 5FFVA 1PUOA 5HM0A 3UVWA 5LVQA 4XY9A 5E9MA 5HFQA 5L99A 2YEKA 2YELA 4J0SA 5BT5A 2EJNA 5EWDA 5A85A 5D25A 5F62A 4CUQA 4UIWA 3Q2FA 5EGUA 2OUOA 3P1EA 4YC9A 5IG6A 4LC2A 3QZVA 2YQDA 3P1FA 5CQ6A 4NR5A 4TQNA 4A9IA 5FE0A 5L96A 4IOOA 5E9LA 5D0CA 3ZYUA 4AKIA 4QBMA 4A9NA 5CY9A 5CQAA 4Y03A 4QSSA 5LJ1A 4MR4A 5DBMA 2H60A 5AD2A 5EVAA 5D3NA 2MJVB 4UITA 4PCEA 3O33A 5BT4A 4KV4A 3Q2EA 4QSVA 3VKHA 4A9OA 4HBYA 4CUUA 4PTBA 5F63A 4XUBA 2L85A 5CUBA 4AKHA 4CUSA 2DVSA 4YATA 3VKGA 4QEUA 5COIA 4CL9A 5HQ5A 5ETDA 5HLSA 4LZSA 3S91A 5CGPA 3DWYA 3D1DA 5BT3A 4TU6A 3S92A 3DAIA 5CQ7A 5E73A 4O7BA 5D3RA 4A9EA 3MQMA 4O7FA 5F25A 3UVDA 5D3LA 4MR6A 5KTXA 3P5OA 3RCWA 2DATA 2FSAA 2KTBB 5LKUA 5KO4A 5EWCA 4A9MA 5A5SA 4AI6A 4IOQA 4WHUA 5CTLA 4AKNA 4Z6IA 5A5RA 5DFBA 4N3WA 2D82A 5DFDA 4O75A 5HQ7A 2YDWA 3UVYA 2NXBA 3JVJA 1ZS5A 3QZTA 2L84A 4GPJA 4TZ2A 2RNYA 5I80A 4O7CA 5D3SA 1WUGA 5EI4A 2R0YA 4QZSA 5D7XA 4CFLA 2RS9B 4YY4A 5EWVA 4ZQLA 5A81A 5EWWA 2I7KA 5F3AA 5A5OA 2DVVA 5I7XA 2OSSA 5EPSA 4X2IA 5L8UA 5HENA 5CP5A 5DYAA 5FG6A 5CRMA 2G4AA 4LZ2A 4UYDA 5H1TA 4J3IA 4MEOA 4FLPA 5F5ZA 1X0JA 4HBXA 4NRCA 3JVLA 3MULA 4WHWA 4XUAA
chains in the Genus database with same CATH topology
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