5F1LA

Crystal structure of the bromodomain of brd9 in complex with compound 9.
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
113
structure length
113
Chain Sequence
STPIQQLLEHFLRQLQRKDPHGFFAFPVTDAIAPGYSMIIKHPMDFGTMKDKIVANEYKSVTEFKADFKLMCDNAMTYNRPDTVYYKLAKKILHAGFKMMSKERLLALKRSMS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transcription
molecule keywords Bromodomain-containing protein 9
publication title Structure-Based Design of an in Vivo Active Selective BRD9 Inhibitor.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 42
structure length 113
sequence length 113
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5f1lA00
5H1TA 4A9EA 5HRWA 5E0RA 4J3IA 5HELA 5A83A 5ENCA 4MEQA 2RS9B 5C8GA 4QY4A 4NRAA 5K29A 4QYLA 4YYKA 5HRXA 5E74A 5FE0A 5DY7A 5CRZA 4CUQA 5F36A 4FLPA 5E9IA 3JVKA 2E7OA 4TS8A 5A5QA 3UV4A 4A9JA 5H1UA 4O70A 4XY8A 2MJVB 5E9VA 5DW1A 4LDFA 3JVLA 4MEPA 5IGNA 5FG6A 3P5OA 4QEUA 4CFKA 3RCWA 2DKWA 5H85A 5CQ8A 4O7AA 5FFVA 4Z6IA 5F62A 4A9KA 5A82A 5FBXA 4XY9A 5C4QA 5DFCA 4YK0A 4O76A 5KHMA 4CFLA 4A9MA 4J0SA 5FE5A 5D3LA 1X0JA 4N4IA 5ENFA 5EWDA 3O36A 5EWCA 4DONA 4TQNA 4C67A 5KU3A 5EPSA 4KV4A 4QUUA 5BT5A 5CQTA 1EQFA 4HXNA 4BW1A 4BW4A 5COIA 4MR3A 5HENA 3P1DA 5FE2A 2R0SA 4IOOA 5HLSA 5ENGA 4Z1SA 4QC1A 5A81A 5DYCA 4MEOA 5EWVA 3MXFA 5L8UA 4TYLA 5EV9A 5F1HA 5AMEA 3JVJA 3MQMA 3U5KA 5ACYA 5EQ1A 4KV1A 4X2IA 3DWYA 5F61A 3U5PA 5HM0A 4TT6A 4LYWA 2L5EA 4O75A 4QR5A 3TLPA 4NUEA 5DFDA 2YEKA 5A5SA 3G0LA 5ENJA 4NR4A 4YYNA 4UITA 5EISA 4MR4A 5EPBA 2D9EA 2N9GA 5EU1A 4UIXA 5E9MA 5LJ0A 5E9LA 5LJ1A 5CQ3A 4YYMA 5EP7A 5FH8A 5AD3A 5CQ4A 4QSWA 3ZYUA 2OSSA 5LKTA 4ALGA 4HXMA 5DX4A 4IOQA 5BT4A 5F1LA 3O37A 4QR3A 4IR4A 4QNSA 4Q0NA 4YY4A 3SVHA 3AQAA 2RNXA 2RNWA 4QSTA 4LR6A 4N4GA 4Q0OA 5CS8A 5ETBA 4HBWA 5KTXA 4MR5A 4WHWA 5CFWA 5CQ6A 5E9YA 5AMFA 5D3JA 4NQNA 5I88A 2YW5A 5L97A 3LQJA 4QSRA 5A85A 2WP1A 5I29A 4O7FA 1N72A 2E3KA 4XYAA 3O35A 4YBMA 5ENIA 1ZS5A 4UIYA 5D3SA 5ENEA 2D82A 5AD2A 4QBMA 4NYXA 5DLXA 5DYAA 5F5ZA 5TCMA 3IU5A 5ETDA 3UV5A 5FFWA 5D3PA 5A5OA 5LKZA 4TZ2A 1JSPB 4PTBA 2WP2A 3O34A 3U5LA 4BJXA 4CUPA 5HFQA 5KTUA 5I1QA 4UIUA 5FG4A 5F2PA 3HMHA 4Z1QA 4LYSA 4UYFA 5E73A 2DVRA 4N4FA 4QSSA 4O7BA 5FE6A 4J0RA 5CQAA 5EPRA 3QZSA 4F3IA 5CY9A 4UIVA 2KTBB 2DVVA 4QR4A 5CUDA 4N4HA 5IBNA 4NR6A 4TU6A 4TU4A 5E7DA 5G4SA 5L98A 4IR5A 4HBVA 4O78A 5G4RA 4ZW1A 5IGKA 5FE3A 5C7NA 5CQ5A 4YYJA 2YEMA 5E3GA 4UIWA 2YELA 5II1A 4A9FA 5F25A 3P1FA 4HXSA 4NYWA 4Z93A 2DVQA 3U5JA 4O71A 5I86A 2YYNA 2RNYA 4CUSA 5KO4A 5J0DA 4NUCA 2L85A 5H1VA 2G4AA 3U5MA 2I7KA 4PS5A 5DW2A 5D26A 5A5NA 4YYDA 4YC9A 5L96A 5C89A 3P1CA 4NR9A 5LKUA 2R0YA 4YATA 2OO1A 4NR5A 4UYDA 5HEMA 4A9NA 5D3NA 4OUFA 4IORA 5CRMA 5DBMA 4QSUA 4YH4A 3UVXA 1JM4B 3HMFA 1WUGA 4UYFB 3NXBA 4NR7A 4QEWA 4YBTA 5FE8A 5IIDA 2R10A 4QC3A 4PY6A 4QSPA 4PCIA 2RO1A 4TT2A 5EWHA 4NUDA 3Q2EA 4QZSA 3P1EA 5CZGA 5I40A 4HXOA 3LJWA 4O7EA 2R0VA 5FE9A 4XUAA 5EI4A 5D3HA 5CUEA 4CURA 4LZSA 3MUKA 3MB3A 3IU6A 4C66A 3MULA 5D7XA 4LZ2A 5EWWA 4PCEA 5FB0A 3I3JA 5EK9A 5I7YA 4GPJA 5A7CA 5BT3A 4LC2A 5LVQA 4O72A 4UYEA 2L84A 4E96A 4NS5A 5CP5A 3U5NA 5HQ6A 4BHWA 3S92A 5EGUA 3LXJA 5C85A 5FH7A 3UVDA 4NQMA 5D3RA 2RFJA 4CLBA 4A9OA 5CUGA 5CUAA 4HBXA 2GRCA 5FB1A 4QSVA 5LKXA 3Q2FA 5EICA 2DATA 3U5OA 3UVWA 5C87A 4QUTA 4WIVA 3G0JA 4QSXA 4HXLA 5FH6A 3LQHA 5L8TA 3UV2A 2H60A 5FE1A 5A5RA 5CUCA 4QYDA 2E7NA 2F6NA 3S91A 4Y03A 5D25A 3SVFA 4IR3A 4NRBA 5HQ7A 4ALHA 4O77A 4LYIA 3DAIA 5LUUA 5DFBA 4NYVA 4AKNA 5JI8A 5IGLA 5FG5A 4CUTA 4MENA 4XUBA 2DVSA 4YABA 5JWMA 4O74A 5D0CA 4NRCA 1E6IA 4HXPA 4TTEA 2FSAA 4J1PA 3ONIA 5CQ7A 5I80A 5A5PA 4TT4A 4KCXA 3UW9A 4ZQLA 2I8NA 5ENBA 5F60A 5HRVA 4CL9A 5DKCA 2F6JA 5HJCA 5F3AA 4YBSA 5HQ5A 4QB3A 5CU8A 2YDWA 4CUUA 2YQDA 2RI7A 4A9LA 5L99A 3FKMX 5DLZA 5EA1A 5ENHA 4A9IA 3JVMA 3AADA 3GG3A 2NXBA 2DWWA 4HXKA 4WHUA 5CUBA 5FDZA 5HFRA 4BW3A 5I7XA 2LSPB 1F68A 5F63A 4YYGA 4TZ8A 4NXJA 5DKHA 4YY6A 3QZTA 4LZRA 5EVAA 4OGIA 4HBYA 5CTLA 4IR6A 4Z6HA 3O33A 5DYUA 5EM3A 5FFYA 5DYXA 4A9HA 5KTWA 4QSQA 3HMEA 3SVGA 5DKDA 5E3DA 4N3WA 4ZC9A 4YH3A 3UVYA 5D3TA 5CGPA 5E9KA 5TB6A 5D24A 5IG6A 4LRGA 5FE7A 4OGJA 4YAXA 4QEVA 4O7CA 5I83A 3LQIA 4BW2A 4UYGA 4YYHA 4YADA 3K2JA 5CPEA 4RVRA 4PKLA 1WUMA 3MB4A 4UYHA 3D7CA 4UIZA 4HXRA 5HCLA 4MR6A 5IGMA 3QZVA 5LJ2A 5I89A 5FE4A 5II2A 5LVRA 4YYIA 2OUOA 4NR8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5H1TA 4A9EA 5HRWA 5E0RA 4J3IA 5HELA 5A83A 5ENCA 4MEQA 2RS9B 5C8GA 4QY4A 4NRAA 5K29A 4QYLA 4YYKA 5HRXA 5E74A 5FE0A 5DY7A 5CRZA 4CUQA 5F36A 4FLPA 5E9IA 3JVKA 2E7OA 4TS8A 5A5QA 3UV4A 4A9JA 5H1UA 4O70A 4XY8A 2MJVB 5E9VA 5DW1A 4LDFA 3JVLA 4MEPA 5IGNA 5FG6A 3P5OA 4QEUA 4CFKA 3RCWA 2DKWA 5H85A 5CQ8A 4O7AA 5FFVA 4Z6IA 5F62A 4A9KA 5A82A 5FBXA 4XY9A 5C4QA 5DFCA 4YK0A 4O76A 5KHMA 4CFLA 4A9MA 4J0SA 5FE5A 5D3LA 1X0JA 4N4IA 5ENFA 5EWDA 3O36A 5EWCA 4DONA 4TQNA 4C67A 5KU3A 5EPSA 4KV4A 4QUUA 5BT5A 5CQTA 1EQFA 2EJNA 4HXNA 4BW1A 4BW4A 5COIA 4MR3A 5HENA 3P1DA 5FE2A 2R0SA 4IOOA 5HLSA 5ENGA 4Z1SA 4QC1A 5A81A 5DYCA 4MEOA 5EWVA 3MXFA 5L8UA 4TYLA 5EV9A 5F1HA 5AMEA 3JVJA 3MQMA 3U5KA 5ACYA 5EQ1A 4KV1A 4X2IA 3DWYA 5F61A 3U5PA 5HM0A 4TT6A 4LYWA 2L5EA 4O75A 4QR5A 3TLPA 4NUEA 5DFDA 2YEKA 5A5SA 3G0LA 5ENJA 4NR4A 4YYNA 4UITA 5EISA 4MR4A 5EPBA 2D9EA 2N9GA 5EU1A 4UIXA 5E9MA 5LJ0A 5E9LA 5LJ1A 5CQ3A 4YYMA 5EP7A 5FH8A 5AD3A 5CQ4A 4QSWA 3ZYUA 2OSSA 5LKTA 4ALGA 4HXMA 5DX4A 4IOQA 5BT4A 5F1LA 3O37A 4QR3A 4IR4A 4QNSA 4Q0NA 4YY4A 3SVHA 3AQAA 2RNXA 2RNWA 4QSTA 4LR6A 4N4GA 4Q0OA 5CS8A 5ETBA 4HBWA 5KTXA 4MR5A 4WHWA 5CFWA 5CQ6A 5E9YA 5AMFA 3VKHA 5D3JA 4NQNA 5I88A 2YW5A 5L97A 3LQJA 4QSRA 5A85A 4AI6A 2WP1A 5I29A 4O7FA 1N72A 2E3KA 4XYAA 3O35A 4YBMA 5ENIA 1ZS5A 4UIYA 5D3SA 5ENEA 2D82A 5AD2A 4QBMA 4NYXA 5DLXA 5DYAA 5F5ZA 5TCMA 3IU5A 5ETDA 3UV5A 5FFWA 5D3PA 5A5OA 5LKZA 4TZ2A 1JSPB 4PTBA 2WP2A 3O34A 3U5LA 4BJXA 4CUPA 5HFQA 5KTUA 5I1QA 4UIUA 5FG4A 5F2PA 3HMHA 4Z1QA 4LYSA 4UYFA 5E73A 2DVRA 4N4FA 4QSSA 4AKGA 4O7BA 5FE6A 4J0RA 5CQAA 5EPRA 3VKGA 3QZSA 4F3IA 3D1BA 5CY9A 4UIVA 2KTBB 2DVVA 4QR4A 5CUDA 4N4HA 5IBNA 4NR6A 4TU6A 4TU4A 5E7DA 5G4SA 5L98A 4IR5A 4HBVA 4O78A 5G4RA 4ZW1A 5IGKA 5FE3A 5C7NA 5CQ5A 4YYJA 2YEMA 5E3GA 4UIWA 2YELA 5II1A 4A9FA 5F25A 3P1FA 4HXSA 4NYWA 2DVQA 4Z93A 3U5JA 4O71A 5I86A 2YYNA 2RNYA 4CUSA 5KO4A 5J0DA 4NUCA 2L85A 5H1VA 2G4AA 3U5MA 2I7KA 1ZKRA 4PS5A 5DW2A 5D26A 5A5NA 4YYDA 4YC9A 5L96A 5C89A 3P1CA 4NR9A 5LKUA 2R0YA 4YATA 2OO1A 4NR5A 4UYDA 5HEMA 4A9NA 5D3NA 4OUFA 4IORA 5CRMA 5DBMA 4QSUA 4YH4A 3UVXA 1JM4B 3HMFA 1WUGA 4UYFB 3NXBA 4NR7A 4QEWA 4YBTA 5FE8A 5IIDA 2R10A 4QC3A 4PY6A 4QSPA 4PCIA 2RO1A 4TT2A 5EWHA 4NUDA 3Q2EA 4QZSA 3P1EA 5CZGA 5I40A 4HXOA 3LJWA 4O7EA 2R0VA 5FE9A 4XUAA 5EI4A 5D3HA 5CUEA 4CURA 4LZSA 3MUKA 3MB3A 3D1DA 3IU6A 3MULA 5D7XA 4C66A 4LZ2A 5EWWA 4PCEA 5FB0A 3I3JA 5EK9A 5I7YA 4GPJA 5A7CA 5BT3A 4LC2A 5LVQA 4O72A 4UYEA 2L84A 4E96A 4NS5A 5CP5A 3U5NA 5HQ6A 4BHWA 3S92A 5EGUA 3LXJA 5C85A 5FH7A 3UVDA 4NQMA 5D3RA 2RFJA 4CLBA 4A9OA 5CUGA 5CUAA 4HBXA 2GRCA 4AKIA 5FB1A 4QSVA 5LKXA 3Q2FA 5EICA 2DATA 3U5OA 3UVWA 5C87A 4QUTA 4WIVA 3G0JA 4QSXA 3ERRA 4HXLA 5FH6A 3LQHA 5L8TA 3UV2A 2H60A 5FE1A 5A5RA 5CUCA 4QYDA 2E7NA 2F6NA 3S91A 4Y03A 5D25A 3SVFA 4IR3A 4NRBA 5HQ7A 4ALHA 4O77A 4LYIA 3DAIA 5LUUA 5DFBA 4NYVA 4AKNA 5JI8A 5IGLA 5FG5A 4CUTA 4MENA 4XUBA 2DVSA 4YABA 5JWMA 4O74A 5D0CA 4NRCA 1E6IA 4HXPA 4TTEA 2FSAA 4J1PA 3ONIA 5CQ7A 5I80A 5A5PA 4TT4A 4KCXA 3UW9A 4AKHA 4ZQLA 2I8NA 5ENBA 5F60A 5HRVA 4CL9A 5DKCA 2F6JA 5HJCA 5F3AA 4YBSA 5HQ5A 4QB3A 5CU8A 2YDWA 4CUUA 2YQDA 2RI7A 4A9LA 5L99A 3FKMX 5DLZA 5EA1A 5ENHA 4A9IA 3JVMA 3AADA 3GG3A 2NXBA 2DWWA 4HXKA 4WHUA 5CUBA 5FDZA 5HFRA 4BW3A 5I7XA 2LSPB 1F68A 5F63A 4YYGA 4TZ8A 4NXJA 5DKHA 4YY6A 3QZTA 4LZRA 5EVAA 4OGIA 4HBYA 5CTLA 4IR6A 4Z6HA 3O33A 5DYUA 5EM3A 5FFYA 5DYXA 4A9HA 5KTWA 4QSQA 3HMEA 3SVGA 5DKDA 5E3DA 4N3WA 4ZC9A 4YH3A 3UVYA 5D3TA 5CGPA 5E9KA 5TB6A 5D24A 5IG6A 4LRGA 5FE7A 4OGJA 4YAXA 4QEVA 4O7CA 5I83A 3LQIA 4BW2A 4UYGA 4YYHA 4YADA 3K2JA 5CPEA 4RVRA 4PKLA 1WUMA 3MB4A 4UYHA 3D7CA 4UIZA 4HXRA 5HCLA 4MR6A 5IGMA 3QZVA 5LJ2A 5I89A 5FE4A 5II2A 5LVRA 4YYIA 2OUOA 4NR8A 1PUOA
chains in the Genus database with same CATH topology
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