5D3LA

First bromodomain of brd4 bound to inhibitor xd35
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transcription
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title 4-Acyl Pyrrole Derivatives Yield Novel Vectors for Designing Inhibitors of the Acetyl-Lysine Recognition Site of BRD4(1).
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 41
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5d3lA01
5CUAA 3SVGA 5DYXA 5DFBA 2L5EA 2DVQA 4IR5A 5I7XA 3I3JA 5CUGA 3U5LA 5KU3A 4CUSA 5CU8A 4QEWA 5A5SA 5IGKA 2MJVB 5CFWA 5HJCA 5DYCA 5II2A 5H1UA 5EA1A 5EWDA 4A9FA 5CGPA 4CUUA 3LQHA 5EICA 4QUUA 4Z93A 2WP1A 5JWMA 4TYLA 2E7NA 5A82A 4BW3A 4LDFA 3Q2FA 5ENBA 4YYDA 4ZW1A 4O78A 1E6IA 4QB3A 3P1FA 5I89A 5L97A 2RS9B 5ETDA 4CUQA 4NR8A 3U5KA 1EQFA 4QEVA 4MENA 4PTBA 4MEQA 4QR4A 4QYLA 4Z1SA 5IIDA 4J3IA 4NXJA 5F63A 5I86A 3P1CA 4UYGA 5CQAA 4YATA 3D7CA 5LKXA 3U5PA 4YAXA 4IR6A 5FE5A 4QSQA 4TU6A 5DW1A 2RNWA 3UVYA 5LJ0A 3P1DA 3MXFA 4BJXA 5CUBA 5C89A 5DFCA 5A5OA 5EWWA 4YH3A 3DAIA 5LKZA 4QBMA 5CQ3A 5E7DA 4YBMA 5JI8A 5DKDA 5FG6A 2RNYA 2L85A 4MR6A 2R10A 2YQDA 4A9EA 4YYJA 4YYNA 4J0SA 1JM4B 2RNXA 5KTXA 5LKTA 5ENEA 3IU5A 4HBWA 5H85A 3S91A 4NYVA 5DKHA 5H1TA 5E9MA 2E7OA 4QC1A 4QSPA 4O7AA 4WIVA 4CLBA 5CQ5A 2DVVA 4Z1QA 4O72A 5E9VA 5BT3A 4N4GA 4OUFA 2YEMA 3JVLA 5E3GA 5D3LA 3UV2A 2YDWA 3O37A 3G0LA 3MUKA 5CP5A 4YK0A 4NRAA 4TT6A 4IR3A 5HENA 3Q2EA 1WUMA 2YELA 5TCMA 5D3PA 5F5ZA 4O70A 4IORA 2OUOA 4A9IA 4ZQLA 4IOQA 1N72A 4CL9A 5EV9A 5IG6A 5HRXA 4WHUA 4TTEA 4UYFB 5DKCA 3NXBA 4ZC9A 4YBTA 4HXLA 4QSSA 4UYDA 5F25A 5EPSA 4A9KA 5A5PA 4MEOA 5FG5A 4QNSA 5FH7A 5E9KA 5HFRA 5F62A 2D9EA 3RCWA 5L99A 4O71A 5HLSA 4X2IA 5D3SA 5DY7A 5C8GA 5COIA 5I88A 5LVRA 4PCEA 5FDZA 4NUEA 4QEUA 3O35A 4YYKA 4PCIA 5DLXA 5F3AA 4YYGA 5K29A 3IU6A 4NS5A 5D24A 4A9NA 2KTBB 2RFJA 4QSRA 2E3KA 4A9HA 5HRWA 4BW1A 4A9LA 4Z6HA 4NUCA 4O75A 4LR6A 4HXSA 5CUDA 5E9IA 4LZ2A 4YYMA 2RO1A 4NR7A 4BHWA 2R0YA 3U5MA 2OO1A 5I7YA 4Q0OA 2RI7A 5AD2A 4O7EA 5LKUA 5J0DA 5FE3A 5CQ4A 5CQ8A 5CQ7A 5EK9A 4KCXA 5D0CA 4QSWA 3G0JA 5DYAA 4MR5A 5FBXA 4YBSA 4HXOA 4YABA 4QSXA 4TS8A 5F2PA 5FB0A 5I83A 5FFWA 3LQJA 3UW9A 3HMEA 4BW4A 5A83A 1ZS5A 5E0RA 4WHWA 5CUEA 5F1LA 4NYXA 4NR4A 4TZ2A 3ONIA 5D3TA 4ALHA 4CUPA 5CZGA 3O34A 5EVAA 4QC3A 4YY6A 4HXPA 5HQ7A 4A9OA 4YYIA 3U5JA 2F6NA 3LQIA 4HXNA 4ALGA 4UYFA 4O76A 5D3HA 5F61A 5EI4A 4QY4A 4UIXA 4FLPA 5L8UA 4QSUA 2DVSA 5E74A 2OSSA 5AMFA 4KV4A 5ACYA 2DKWA 5AD3A 4AKNA 4QR3A 4MR4A 2LSPB 4XY8A 4UYEA 4YYHA 4N4FA 4CFKA 5FE8A 5C85A 4PS5A 3UVXA 3JVMA 3JVKA 4C66A 5DW2A 5CRZA 4YC9A 5EWVA 3ZYUA 5CPEA 5FE2A 5C7NA 4LYWA 4QSTA 4UIWA 5II1A 5DBMA 5EWCA 3UVDA 4Y03A 3MULA 5FH6A 4O7FA 4O77A 5CQ6A 4Q0NA 4A9JA 5ENJA 4LZSA 3MQMA 5CRMA 5CY9A 5DX4A 3DWYA 4QZSA 5EWHA 2GRCA 4UYHA 5FG4A 4NR9A 4HXMA 5FE1A 5D3JA 4UIVA 5EISA 3UVWA 5A5RA 4QYDA 4C67A 5G4SA 5FH8A 3FKMX 5BT5A 3JVJA 5A81A 2I7KA 4BW2A 3O33A 4HBVA 5FE9A 5CTLA 4QSVA 2YW5A 3GG3A 2N9GA 4PKLA 4QUTA 4IR4A 4MEPA 3AQAA 5FE0A 5L98A 5L8TA 5HFQA 2R0VA 5CS8A 4QR5A 4LC2A 5A85A 5TB6A 4NR5A 3MB4A 2L84A 5FE6A 4HXRA 4J0RA 5EU1A 2D82A 5KTUA 4CFLA 5FE4A 4O74A 5IGNA 4NQMA 5A7CA 5E3DA 3HMHA 4NR6A 5HQ5A 4O7BA 2FSAA 1WUGA 4RVRA 5I1QA 4LRGA 5IGLA 5F36A 5LJ1A 3SVHA 3P1EA 4NQNA 2WP2A 4TZ8A 5L96A 4J1PA 4GPJA 5D3NA 3SVFA 5F60A 4XUBA 5LUUA 5KTWA 3QZVA 4CUTA 5HEMA 5HQ6A 4OGIA 5E9YA 5DFDA 5FFYA 4A9MA 1X0JA 5DLZA 5EP7A 3HMFA 5HCLA 3U5OA 4N4HA 4IOOA 3UV4A 5CUCA 1JSPB 4HXKA 2DVRA 4LZRA 5ENFA 3K2JA 4NRCA 4UIUA 3QZSA 4UITA 5H1VA 4Z6IA 4E96A 5I80A 4NUDA 3LJWA 2F6JA 5EPBA 4XUAA 5F1HA 4YH4A 5A5NA 3U5NA 4TQNA 4TT2A 5E9LA 2YYNA 4HBXA 2YEKA 5D25A 4MR3A 5EM3A 4YY4A 5I40A 5D3RA 4O7CA 3O36A 5LVQA 4CURA 4UIYA 5HRVA 5ENHA 3QZTA 5EQ1A 4N3WA 5ENCA 5FE7A 4XYAA 5ETBA 5ENGA 4OGJA 4TT4A 2I8NA 5CQTA 5C4QA 2R0SA 4HBYA 2G4AA 3TLPA 5EGUA 2DWWA 4NYWA 5DYUA 3AADA 4LYSA 4N4IA 5IBNA 5G4RA 5AMEA 4LYIA 5HELA 4DONA 3S92A 5I29A 1F68A 5D26A 5IGMA 4TU4A 5KO4A 4PY6A 5KHMA 3UV5A 5E73A 5D7XA 5EPRA 4NRBA 3MB3A 5BT4A 2NXBA 4UIZA 5HM0A 3LXJA 4YADA 5C87A 5LJ2A 5FB1A 5FFVA 4XY9A 4KV1A 2H60A 2DATA 3P5OA 4F3IA 5A5QA 5ENIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5CUAA 3SVGA 5DYXA 5DFBA 2L5EA 2DVQA 4IR5A 5I7XA 3I3JA 5CUGA 3U5LA 5KU3A 4CUSA 5CU8A 4QEWA 5A5SA 5IGKA 2MJVB 5CFWA 5HJCA 5DYCA 5II2A 5H1UA 5EA1A 5EWDA 4A9FA 5CGPA 4CUUA 2EJNA 3LQHA 5EICA 4QUUA 4Z93A 2WP1A 5JWMA 4TYLA 2E7NA 5A82A 4BW3A 4LDFA 3Q2FA 5ENBA 4YYDA 4ZW1A 4O78A 1E6IA 4QB3A 3P1FA 5I89A 5L97A 2RS9B 5ETDA 4CUQA 4NR8A 3U5KA 1EQFA 4QEVA 4MENA 4PTBA 4MEQA 4QR4A 4QYLA 3D1DA 4Z1SA 5IIDA 4J3IA 4NXJA 5F63A 5I86A 3P1CA 4UYGA 5CQAA 4YATA 3D7CA 5LKXA 3U5PA 4YAXA 4IR6A 5FE5A 4QSQA 4TU6A 5DW1A 2RNWA 3UVYA 5LJ0A 3P1DA 3MXFA 4BJXA 1ZKRA 5CUBA 5C89A 5DFCA 5A5OA 5EWWA 4YH3A 3DAIA 5LKZA 4QBMA 5CQ3A 5E7DA 4YBMA 5JI8A 5DKDA 5FG6A 2RNYA 2L85A 4MR6A 2R10A 2YQDA 4A9EA 4YYJA 4YYNA 4J0SA 1JM4B 2RNXA 5KTXA 5LKTA 5ENEA 3IU5A 4HBWA 5H85A 3S91A 4NYVA 5DKHA 5H1TA 5E9MA 2E7OA 4QC1A 4QSPA 4O7AA 4AI6A 4WIVA 4CLBA 5CQ5A 2DVVA 4Z1QA 4O72A 5E9VA 5BT3A 4N4GA 4OUFA 2YEMA 3JVLA 5E3GA 5D3LA 3UV2A 2YDWA 3O37A 3G0LA 3MUKA 5CP5A 4YK0A 4NRAA 4TT6A 4IR3A 5HENA 3Q2EA 1WUMA 2YELA 5TCMA 5D3PA 5F5ZA 4O70A 4IORA 2OUOA 4A9IA 4ZQLA 4IOQA 1N72A 4CL9A 5EV9A 5IG6A 5HRXA 4WHUA 4TTEA 4UYFB 5DKCA 3VKHA 3NXBA 4ZC9A 4YBTA 4HXLA 4QSSA 4UYDA 5F25A 5EPSA 4A9KA 5A5PA 4MEOA 5FG5A 4QNSA 5FH7A 5E9KA 5HFRA 5F62A 2D9EA 3RCWA 5L99A 4O71A 5HLSA 4X2IA 5D3SA 5DY7A 5C8GA 5COIA 5I88A 5LVRA 4PCEA 5FDZA 4NUEA 4QEUA 3O35A 4YYKA 4PCIA 5DLXA 5F3AA 4YYGA 5K29A 3IU6A 4NS5A 5D24A 4A9NA 2KTBB 2RFJA 4QSRA 2E3KA 4A9HA 5HRWA 4BW1A 4A9LA 4Z6HA 4NUCA 4O75A 4LR6A 4HXSA 5CUDA 5E9IA 4LZ2A 4YYMA 2RO1A 4NR7A 4BHWA 2R0YA 3U5MA 2OO1A 5I7YA 4Q0OA 2RI7A 5AD2A 4O7EA 5LKUA 5J0DA 5FE3A 5CQ4A 5CQ8A 5CQ7A 5EK9A 4KCXA 5D0CA 4QSWA 3G0JA 5DYAA 4MR5A 5FBXA 4YBSA 4HXOA 4YABA 4QSXA 4TS8A 5F2PA 5FB0A 5I83A 5FFWA 3LQJA 3UW9A 3HMEA 4BW4A 5A83A 1ZS5A 5E0RA 4WHWA 5CUEA 5F1LA 4NYXA 4NR4A 4TZ2A 3ONIA 5D3TA 4ALHA 4CUPA 5CZGA 3O34A 5EVAA 4QC3A 4YY6A 4HXPA 5HQ7A 4A9OA 4YYIA 3U5JA 1PUOA 2F6NA 3LQIA 4HXNA 4ALGA 4UYFA 4O76A 5D3HA 5F61A 5EI4A 4QY4A 4UIXA 4FLPA 5L8UA 4QSUA 2DVSA 5E74A 2OSSA 5AMFA 4KV4A 5ACYA 2DKWA 5AD3A 4AKNA 4QR3A 4MR4A 2LSPB 4XY8A 4UYEA 4YYHA 4N4FA 4CFKA 5FE8A 5C85A 4PS5A 3UVXA 3JVMA 3JVKA 4C66A 5DW2A 5CRZA 4YC9A 5EWVA 3ZYUA 5CPEA 5FE2A 5C7NA 4LYWA 4QSTA 4UIWA 5II1A 5DBMA 5EWCA 3UVDA 4Y03A 3MULA 5FH6A 4O7FA 4O77A 5CQ6A 4Q0NA 4A9JA 5ENJA 4LZSA 3MQMA 5CRMA 5CY9A 5DX4A 3DWYA 4QZSA 5EWHA 2GRCA 3VKGA 4UYHA 5FG4A 4NR9A 4HXMA 5FE1A 5D3JA 4UIVA 5EISA 3UVWA 5A5RA 4QYDA 4C67A 5G4SA 5FH8A 3FKMX 5BT5A 3JVJA 5A81A 2I7KA 4BW2A 3O33A 4HBVA 5FE9A 5CTLA 4QSVA 2YW5A 3GG3A 2N9GA 4PKLA 4QUTA 4IR4A 4MEPA 3AQAA 5FE0A 5L98A 5L8TA 5HFQA 2R0VA 5CS8A 4QR5A 4LC2A 5A85A 5TB6A 4NR5A 3MB4A 2L84A 5FE6A 4HXRA 4J0RA 5EU1A 2D82A 5KTUA 4CFLA 5FE4A 4O74A 5IGNA 4NQMA 5A7CA 5E3DA 3HMHA 4NR6A 5HQ5A 4O7BA 2FSAA 1WUGA 4RVRA 5I1QA 4LRGA 5IGLA 5F36A 5LJ1A 3SVHA 3P1EA 4NQNA 2WP2A 4TZ8A 5L96A 4J1PA 4GPJA 5D3NA 3SVFA 5F60A 4XUBA 5LUUA 5KTWA 3QZVA 4CUTA 5HEMA 5HQ6A 4OGIA 5E9YA 5DFDA 5FFYA 4A9MA 1X0JA 5DLZA 5EP7A 3HMFA 5HCLA 4AKIA 3U5OA 4N4HA 4IOOA 3UV4A 5CUCA 1JSPB 4HXKA 2DVRA 4LZRA 5ENFA 3K2JA 4NRCA 4UIUA 3QZSA 4UITA 5H1VA 4Z6IA 4E96A 5I80A 4NUDA 3LJWA 2F6JA 5EPBA 4XUAA 5F1HA 4YH4A 5A5NA 3U5NA 4TQNA 4TT2A 5E9LA 2YYNA 4HBXA 2YEKA 5D25A 4MR3A 5EM3A 4YY4A 5I40A 5D3RA 4O7CA 3O36A 5LVQA 4CURA 4AKGA 4UIYA 5HRVA 5ENHA 3QZTA 5EQ1A 4N3WA 5ENCA 5FE7A 4XYAA 5ETBA 5ENGA 4OGJA 4TT4A 2I8NA 5CQTA 5C4QA 2R0SA 4HBYA 2G4AA 3TLPA 5EGUA 2DWWA 4NYWA 5DYUA 3AADA 4LYSA 4N4IA 5IBNA 5G4RA 5AMEA 4LYIA 5HELA 4DONA 3S92A 5I29A 1F68A 5D26A 5IGMA 4TU4A 5KO4A 4PY6A 5KHMA 3UV5A 5E73A 5D7XA 5EPRA 4NRBA 3MB3A 5BT4A 2NXBA 4UIZA 5HM0A 3LXJA 4YADA 5C87A 5LJ2A 5FB1A 5FFVA 4XY9A 4KV1A 2H60A 2DATA 3ERRA 3P5OA 4AKHA 4F3IA 5A5QA 3D1BA 5ENIA
chains in the Genus database with same CATH topology
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