5C89A

Crystal structure of the human brpf1 bromodomain in complex with 917
Total Genus 38
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
38
sequence length
113
structure length
113
Chain Sequence
b'EMQLTPFLILLRKTLEQLQEKDTGNIFSEPVPLSEVPDYLDHIKKPMDFFTMKQNLEAYRYLNFDDFEEDFNLIVSNCLKYNAKDTIFYRAAVRLREQGGAVLRQARRQAEKM'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Crystal structure of the human BRPF1 bromodomain in complex with 917
rcsb
molecule keywords Peregrin
source organism Homo sapiens
molecule tags Dna binding protein
total genus 38
structure length 113
sequence length 113
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-06-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5c89A00
5H1UA 4NR5A 5I89A 4YYMA 4YK0A 5EPRA 5BT5A 5CRMA 2I8NA 4WIVA 5DY7A 4J1PA 3U5NA 2YEKA 2L5EA 4Z1SA 5HENA 5FE9A 4IR6A 5A85A 4NR9A 3S92A 5FDZA 3O35A 2L84A 4J0RA 5IBNA 2H60A 5D3PA 5I7YA 5L99A 4O75A 5AD2A 4UYDA 5L8TA 3S91A 4YY4A 4KV1A 4UYFA 5DW2A 5G4RA 4IORA 4Z6HA 2R0SA 5EISA 5II1A 5FB0A 4A9OA 3AQAA 4X2IA 2G4AA 3IU6A 5D24A 3U5OA 5CGPA 5F1LA 5CPEA 5A83A 1WUGA 2E3KA 4YBSA 5FE0A 4MR3A 2DVSA 2DVQA 2E7NA 2KTBB 4HBXA 5CUCA 5F61A 4CURA 2RI7A 4F3IA 5F3AA 4NYXA 5D7XA 2R0YA 4XY8A 5IGMA 4XYAA 4QSSA 5E9IA 4O74A 4BJXA 5HRWA 4NR6A 4MEOA 1F68A 4QYLA 4MR5A 5ENHA 5EWCA 4LZRA 3MB3A 4O7EA 4NR7A 4QZSA 4N4GA 1N72A 3O33A 1JM4B 4YYNA 4TYLA 5FG5A 5LVQA 4PY6A 3G0LA 4YBTA 5CQAA 5AMFA 4QY4A 4NRCA 4CUTA 2MJVB 3JVLA 5F62A 4QC3A 4LC2A 5A5NA 5BT4A 5LJ0A 5G4SA 2YQDA 3LQJA 5E0RA 5CQ5A 4DONA 5I80A 5HRXA 5DFCA 3MULA 4A9HA 5HLSA 4QC1A 4HXMA 2RNXA 5L98A 4QSVA 4LR6A 5H1TA 5IG6A 5LUUA 3RCWA 3P5OA 4UIVA 5CQ4A 4GPJA 4Q0NA 4HXNA 3QZSA 4TU6A 5FE5A 3HMFA 5DYXA 4MENA 4TQNA 4N4HA 4CFKA 2WP1A 3I3JA 3MB4A 5LKZA 2YDWA 2DWWA 3U5LA 3UV4A 2I7KA 2R10A 4IR5A 3QZVA 5HFQA 2YYNA 5E9MA 2YW5A 5ENIA 4Y03A 5D3TA 4TT6A 5EP7A 5CQ7A 4A9IA 4HBVA 4QR3A 4TZ8A 5EI4A 4O7CA 4ALGA 3UVWA 3MQMA 5ENFA 5CZGA 5ENBA 4QBMA 4XUAA 5CUBA 5EICA 2NXBA 5A5RA 5DKHA 5DYAA 5L8UA 1EQFA 4O72A 4TTEA 5F5ZA 4YC9A 4QSPA 4NR8A 4O70A 4YADA 3UVDA 4O78A 4A9MA 5II2A 4PCIA 5CQ8A 3UV5A 4MR6A 4HXSA 2WP2A 5C85A 5EPSA 4NQMA 4NYWA 5D3RA 1ZS5A 2RO1A 5FG4A 3LQIA 4QSQA 5DFBA 4QUUA 5DW1A 3DAIA 2DKWA 4C67A 4BW3A 4NRAA 3D7CA 5CY9A 2D82A 4UYGA 5CS8A 4CFLA 5COIA 5H1VA 5D3LA 5HEMA 4O7AA 4UITA 5ENJA 5F60A 5CUDA 2RFJA 5F63A 4HXPA 4KCXA 4Q0OA 4A9NA 4UIUA 5I83A 4NS5A 3UVXA 2R0VA 5DYUA 4QB3A 5EPBA 4CLBA 5CQTA 3U5KA 5ENCA 5HM0A 4CL9A 5J0DA 5F2PA 2FSAA 5IGNA 5EWVA 4O71A 4CUQA 5LVRA 4QNSA 5CUEA 4O7BA 4A9KA 3P1DA 5LKUA 4BHWA 4YAXA 4NQNA 4TT2A 2RNWA 4IOQA 4QEWA 4UYEA 5FFWA 5FFVA 5CQ3A 3Q2FA 5I29A 4WHUA 4ZC9A 5A81A 5FE8A 4QR4A 3MUKA 5LKTA 5TB6A 3U5PA 4KV4A 4Z93A 5AD3A 3JVKA 5CUGA 5HJCA 4LRGA 4PCEA 5AMEA 4XUBA 5FBXA 3K2JA 3UVYA 5KTXA 5I86A 3G0JA 5DBMA 5KTUA 4A9JA 5FE1A 5ETDA 4LYWA 3QZTA 3O37A 4MEQA 5CU8A 5BT3A 5E9VA 4ZW1A 4YYHA 4YH4A 4PS5A 5HCLA 4QSUA 5C89A 4A9EA 5DKDA 4MEPA 4QSTA 5HFRA 5FH6A 5FH7A 5IIDA 4HXLA 3SVGA 4YBMA 4N3WA 4YYDA 4QYDA 3SVFA 5D26A 4YYIA 5IGKA 5CFWA 4YY6A 3ONIA 4A9LA 4RVRA 4TT4A 5FE7A 4ALHA 5D25A 5H85A 5KO4A 2OUOA 5C4QA 4YYGA 4J3IA 5EK9A 5CRZA 4NUDA 5D3SA 4NUCA 2F6JA 4QUTA 3U5JA 4HXRA 5I7XA 4QR5A 5EV9A 3IU5A 4NR4A 4N4FA 4IOOA 4YYJA 3UV2A 5HQ6A 4O7FA 5I1QA 4NYVA 4N4IA 3FKMX 4PKLA 5FE2A 5HQ5A 4BW2A 2GRCA 3P1CA 5EWHA 4CUUA 5E9YA 3P1EA 5K29A 5C8GA 5A5QA 5E7DA 3JVMA 4YYKA 3LXJA 4NUEA 2D9EA 4IR4A 4J0SA 5DX4A 5D0CA 5A5SA 4TU4A 4UIZA 2RS9B 4NRBA 5FE4A 5KTWA 4LDFA 3HMHA 3NXBA 4UIWA 5FE3A 5A5OA 5DKCA 5ENGA 5LKXA 5DLZA 5KU3A 4UYFB 5HELA 4QEVA 5E73A 5CTLA 5F36A 4AKNA 5FG6A 5E9KA 2E7OA 4MR4A 2OO1A 3LQHA 4UIXA 3GG3A 5D3NA 5D3HA 5FFYA 3SVHA 5ETBA 4Z1QA 2L85A 4HXOA 5ENEA 4BW4A 5EWWA 3LJWA 2DVVA 5C87A 5E3GA 5KHMA 5TCMA 4ZQLA 3U5MA 3JVJA 4TS8A 5A5PA 5EVAA 5HQ7A 4PTBA 5EQ1A 4QEUA 5DFDA 4UIYA 5I88A 4HBYA 4LYSA 5CP5A 4BW1A 5FB1A 5EM3A 5DYCA 5FH8A 4OGIA 4CUPA 4Z6IA 1JSPB 4XY9A 4YH3A 4QSXA 1E6IA 4YABA 5D3JA 4CUSA 4WHWA 3ZYUA 3P1FA 4HXKA 5E9LA 2OSSA 5E74A 3TLPA 5F25A 5FE6A 5A7CA 5E3DA 5IGLA 5A82A 1WUMA 4LZ2A 3HMEA 2DVRA 4LYIA 4OGJA 1X0JA 3DWYA 2LSPB 4OUFA 3O36A 3AADA 5EWDA 3MXFA 4E96A 2DATA 3O34A 2F6NA 5C7NA 5CQ6A 5LJ1A 4LZSA 4FLPA 4NXJA 5F1HA 2N9GA 5JWMA 5L97A 2YELA 4UYHA 2RNYA 5LJ2A 5I40A 4HBWA 4QSRA 5JI8A 5EGUA 5EA1A 3Q2EA 4YATA 4IR3A 2YEMA 4C66A 3UW9A 4TZ2A 5DLXA 5L96A 5ACYA 5HRVA 5CUAA 4O76A 5EU1A 4A9FA 4O77A 4QSWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5H1UA 4NR5A 5I89A 4YYMA 4YK0A 5EPRA 5BT5A 5CRMA 2I8NA 4WIVA 5DY7A 4J1PA 3U5NA 2YEKA 2L5EA 4Z1SA 5HENA 5FE9A 4IR6A 5A85A 2EJNA 4NR9A 3S92A 5FDZA 3O35A 2L84A 4J0RA 3ERRA 5IBNA 2H60A 5D3PA 5I7YA 5L99A 4O75A 5AD2A 4UYDA 5L8TA 3S91A 4YY4A 4KV1A 4UYFA 1PUOA 5DW2A 5G4RA 4IORA 4Z6HA 2R0SA 5EISA 5II1A 5FB0A 4A9OA 3AQAA 4X2IA 2G4AA 3IU6A 5D24A 3U5OA 5CGPA 5F1LA 5CPEA 5A83A 1WUGA 2E3KA 4YBSA 5FE0A 4MR3A 2DVSA 2DVQA 2E7NA 2KTBB 4HBXA 5CUCA 1ZKRA 5F61A 4CURA 2RI7A 4F3IA 5F3AA 4NYXA 5D7XA 2R0YA 4XY8A 5IGMA 4XYAA 4QSSA 5E9IA 4O74A 4BJXA 5HRWA 4NR6A 4MEOA 1F68A 4QYLA 4MR5A 5ENHA 5EWCA 4LZRA 3MB3A 4O7EA 4NR7A 4QZSA 4N4GA 1N72A 3O33A 1JM4B 4YYNA 4TYLA 5FG5A 5LVQA 4PY6A 3G0LA 4YBTA 5CQAA 5AMFA 4QY4A 4NRCA 4CUTA 2MJVB 3JVLA 5F62A 3D1BA 4QC3A 4LC2A 5A5NA 5BT4A 5LJ0A 5G4SA 2YQDA 3LQJA 5E0RA 5CQ5A 4DONA 5I80A 5HRXA 5DFCA 3MULA 4A9HA 5HLSA 4QC1A 4HXMA 2RNXA 5L98A 4QSVA 4LR6A 5H1TA 5IG6A 5LUUA 3RCWA 3P5OA 4UIVA 5CQ4A 4GPJA 4Q0NA 4HXNA 3QZSA 4TU6A 5FE5A 3HMFA 5DYXA 4MENA 4TQNA 4N4HA 4CFKA 2WP1A 3I3JA 3MB4A 5LKZA 2YDWA 2DWWA 3U5LA 3UV4A 2I7KA 2R10A 4IR5A 3QZVA 5HFQA 2YYNA 5E9MA 2YW5A 5ENIA 4Y03A 5D3TA 4TT6A 5EP7A 5CQ7A 4A9IA 4HBVA 4QR3A 4TZ8A 5EI4A 4O7CA 4ALGA 3UVWA 3MQMA 5ENFA 5CZGA 5ENBA 4QBMA 4XUAA 5CUBA 5EICA 2NXBA 5A5RA 5DKHA 5DYAA 5L8UA 1EQFA 4O72A 4TTEA 5F5ZA 4YC9A 4QSPA 4NR8A 4O70A 4YADA 3UVDA 4O78A 4A9MA 5II2A 4PCIA 5CQ8A 3UV5A 4MR6A 4HXSA 2WP2A 5C85A 5EPSA 4NQMA 4NYWA 5D3RA 1ZS5A 2RO1A 5FG4A 3LQIA 4QSQA 5DFBA 4QUUA 5DW1A 3DAIA 2DKWA 4C67A 4BW3A 4NRAA 3D7CA 5CY9A 2D82A 4UYGA 5CS8A 4CFLA 5COIA 5H1VA 5D3LA 5HEMA 4O7AA 4UITA 5ENJA 5F60A 5CUDA 3D1DA 2RFJA 5F63A 4HXPA 4KCXA 4Q0OA 4A9NA 4UIUA 5I83A 4NS5A 3UVXA 2R0VA 4AI6A 5DYUA 4QB3A 5EPBA 4CLBA 5CQTA 3U5KA 5ENCA 5HM0A 4CL9A 5J0DA 5F2PA 2FSAA 5IGNA 5EWVA 4O71A 4CUQA 5LVRA 4QNSA 5CUEA 4O7BA 4A9KA 3P1DA 5LKUA 4BHWA 4YAXA 4NQNA 4TT2A 2RNWA 4IOQA 4QEWA 4UYEA 5FFWA 5FFVA 5CQ3A 3Q2FA 5I29A 4WHUA 4ZC9A 5A81A 5FE8A 4QR4A 3MUKA 5LKTA 5TB6A 3U5PA 4KV4A 4Z93A 5AD3A 3JVKA 5CUGA 5HJCA 4LRGA 4PCEA 5AMEA 4XUBA 5FBXA 3K2JA 3UVYA 5KTXA 5I86A 3G0JA 5DBMA 5KTUA 4A9JA 5FE1A 5ETDA 4LYWA 3QZTA 3O37A 4AKIA 4MEQA 5CU8A 5BT3A 5E9VA 4ZW1A 4YYHA 4YH4A 4PS5A 5HCLA 4QSUA 5C89A 4A9EA 5DKDA 4MEPA 4QSTA 5HFRA 5FH6A 5FH7A 5IIDA 4HXLA 3SVGA 4YBMA 4N3WA 4YYDA 4QYDA 3SVFA 5D26A 4YYIA 5IGKA 5CFWA 4YY6A 3ONIA 4A9LA 4RVRA 4TT4A 5FE7A 4ALHA 5D25A 5H85A 5KO4A 2OUOA 5C4QA 4YYGA 4J3IA 5EK9A 5CRZA 4NUDA 5D3SA 4NUCA 2F6JA 4QUTA 3U5JA 4HXRA 5I7XA 4QR5A 5EV9A 3IU5A 4NR4A 4N4FA 4IOOA 4YYJA 3UV2A 5HQ6A 4O7FA 5I1QA 4NYVA 4N4IA 3FKMX 4PKLA 5FE2A 5HQ5A 4BW2A 2GRCA 3P1CA 5EWHA 4CUUA 5E9YA 3P1EA 5K29A 5C8GA 5A5QA 5E7DA 3JVMA 4YYKA 3LXJA 4NUEA 2D9EA 4IR4A 4J0SA 5DX4A 4AKGA 5D0CA 5A5SA 4TU4A 4UIZA 2RS9B 4NRBA 5FE4A 5KTWA 3VKHA 4LDFA 3HMHA 3NXBA 4UIWA 5FE3A 5A5OA 5DKCA 5ENGA 5LKXA 5DLZA 5KU3A 4UYFB 5HELA 4QEVA 5E73A 5CTLA 5F36A 4AKNA 5FG6A 5E9KA 2E7OA 4MR4A 2OO1A 3LQHA 4UIXA 3GG3A 5D3NA 5D3HA 5FFYA 3SVHA 5ETBA 4Z1QA 2L85A 4HXOA 5ENEA 4BW4A 5EWWA 3LJWA 2DVVA 5C87A 5E3GA 5KHMA 5TCMA 4ZQLA 3U5MA 3JVJA 4TS8A 5A5PA 5EVAA 5HQ7A 4PTBA 5EQ1A 4QEUA 5DFDA 4UIYA 5I88A 4HBYA 4LYSA 5CP5A 4BW1A 4AKHA 5FB1A 5EM3A 5DYCA 5FH8A 4OGIA 4CUPA 4Z6IA 1JSPB 4XY9A 4YH3A 4QSXA 1E6IA 4YABA 5D3JA 4CUSA 4WHWA 3ZYUA 3P1FA 4HXKA 5E9LA 2OSSA 5E74A 3TLPA 5F25A 5FE6A 5A7CA 5E3DA 5IGLA 5A82A 1WUMA 4LZ2A 3HMEA 2DVRA 4LYIA 4OGJA 1X0JA 3DWYA 2LSPB 4OUFA 3O36A 3AADA 5EWDA 3MXFA 4E96A 2DATA 3O34A 2F6NA 5C7NA 5CQ6A 5LJ1A 4LZSA 4FLPA 4NXJA 5F1HA 2N9GA 5JWMA 5L97A 2YELA 4UYHA 2RNYA 5LJ2A 5I40A 4HBWA 4QSRA 5JI8A 5EGUA 5EA1A 3Q2EA 4YATA 4IR3A 2YEMA 4C66A 3VKGA 3UW9A 4TZ2A 5DLXA 5L96A 5ACYA 5HRVA 5CUAA 4O76A 5EU1A 4A9FA 4O77A 4QSWA
chains in the Genus database with same CATH topology
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