5C89A

Crystal structure of the human brpf1 bromodomain in complex with 917
Total Genus 38
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
38
sequence length
113
structure length
113
Chain Sequence
EMQLTPFLILLRKTLEQLQEKDTGNIFSEPVPLSEVPDYLDHIKKPMDFFTMKQNLEAYRYLNFDDFEEDFNLIVSNCLKYNAKDTIFYRAAVRLREQGGAVLRQARRQAEKM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Dna binding protein
molecule keywords Peregrin
publication title Crystal structure of the human BRPF1 bromodomain in complex with 917
rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 38
structure length 113
sequence length 113
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-06-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5c89A00
2R10A 4YYHA 5ETDA 2R0YA 5E9VA 4LZ2A 5AD2A 3QZTA 5EWHA 5LKXA 5CQAA 5CQ7A 5EICA 5DKCA 4TYLA 5EWWA 3NXBA 5HELA 4YYNA 5IBNA 3UVDA 4Y03A 4UITA 5HFRA 5E0RA 5DKDA 5FE9A 3O37A 4NR6A 4QSSA 4YK0A 2WP2A 4F3IA 5BT4A 5DFBA 4CUQA 4YYGA 4ALGA 5FB0A 4Z93A 5EVAA 4NXJA 4TU4A 3JVLA 5CUAA 5ENIA 4UIWA 5L98A 4YYIA 4NR9A 2DVQA 3HMHA 2OO1A 4QZSA 5E9LA 5F3AA 4QSPA 4TT4A 5HEMA 3I3JA 5I7XA 5J0DA 5EPBA 5CPEA 5HQ6A 4ALHA 4YBSA 4N3WA 4A9OA 4QBMA 5DFDA 2H60A 3LXJA 4YC9A 5H1TA 5LVRA 4QSRA 5D3LA 5D24A 5CUGA 4BW2A 4IR4A 5E73A 5CFWA 5KTUA 5AMEA 4NR8A 4UYDA 4J1PA 4A9MA 3MXFA 5JI8A 4TZ2A 4TZ8A 5FBXA 3U5NA 3SVGA 3ZYUA 5FH8A 4A9EA 5CS8A 4HXNA 4C66A 2F6JA 4O75A 4YYMA 4XYAA 5CQ8A 5FDZA 4OGIA 5KO4A 4YY4A 2GRCA 4O7BA 5D3RA 4PTBA 4WIVA 5CTLA 5DX4A 5LKZA 4NQMA 4QR3A 5A5OA 5HRXA 5A82A 5IGKA 3QZSA 5ENHA 2YELA 4HXMA 3TLPA 4OUFA 4YAXA 4LRGA 5D3NA 4NRCA 4PCIA 3LQJA 4YH3A 4IORA 4QSWA 5FG5A 4FLPA 4HXRA 3S92A 4ZC9A 5BT3A 4QEWA 5A5PA 3MQMA 5CY9A 5A81A 3SVHA 3P1FA 4O7AA 4HBWA 4O71A 4Z1SA 3U5JA 5F36A 4CFLA 5FE0A 5HFQA 2RS9B 3ONIA 3G0JA 5FG4A 4MR5A 1WUMA 4O72A 5D0CA 4BHWA 4WHWA 3SVFA 5E9YA 5CU8A 5DLZA 5E9IA 4MEQA 2RNWA 4HBVA 4QY4A 1EQFA 4O78A 5E3GA 5II1A 5I7YA 5EWDA 4NR7A 5AD3A 2D9EA 4LDFA 5I1QA 5G4SA 4QSUA 5DBMA 3O33A 5HQ7A 4O76A 5FH6A 4YATA 4QUUA 5A7CA 5D3SA 5D3PA 1JM4B 4ZQLA 5H1UA 2DWWA 5CQTA 2NXBA 5D25A 5FFWA 4XY9A 5CZGA 3LQHA 4DONA 5I80A 4UIYA 2OSSA 4UYFA 3U5MA 4TT6A 2RNXA 4KV1A 5ENGA 5EU1A 3DAIA 5CUCA 5II2A 4O7EA 3UW9A 5E7DA 4LYIA 5HCLA 2DVSA 2E7OA 4MEOA 3O36A 4O77A 4NYXA 2I8NA 3JVMA 4KCXA 5EV9A 4HBYA 5CQ6A 4TTEA 5HLSA 5F60A 5LJ0A 5FE3A 2L85A 4IOOA 4NUDA 4LZSA 5IG6A 4BW3A 2YEKA 4QEVA 5E9MA 5D3HA 2R0SA 4YH4A 5F62A 4HXSA 2KTBB 4LZRA 5DLXA 3MB3A 4IR6A 5KHMA 4CUTA 4A9HA 4NUCA 4MENA 5TCMA 3P5OA 5EGUA 5COIA 4LYWA 3P1EA 4YYJA 4N4IA 5KTXA 2YDWA 4PY6A 5ACYA 4RVRA 5EM3A 3MB4A 2RFJA 4NS5A 4A9KA 1F68A 1JSPB 4YYKA 5ETBA 5EISA 5CRZA 3UVXA 4CURA 5FE4A 4N4HA 4UIZA 4A9LA 5E74A 4N4FA 4CFKA 5E9KA 5HRVA 3RCWA 2OUOA 3LJWA 5L8TA 5C85A 5I89A 3JVKA 4YABA 5ENJA 5H85A 5HM0A 4MR4A 5LJ1A 3U5PA 5AMFA 5FE6A 5C7NA 2N9GA 4Q0OA 4A9NA 4UYHA 5BT5A 3MULA 5EI4A 1E6IA 5F63A 5LJ2A 4A9FA 4BW4A 4PKLA 4CUUA 4QSVA 3UVYA 3DWYA 2LSPB 4NQNA 2WP1A 5DYUA 4AKNA 4QUTA 4XUAA 5EA1A 5DKHA 4O70A 5JWMA 4J0SA 5EQ1A 2RI7A 5FFYA 4KV4A 4BJXA 4CL9A 4MR6A 4ZW1A 5FE1A 5HENA 5IGNA 4QSTA 4Z1QA 3QZVA 5ENCA 5CUEA 3UV5A 3AQAA 3LQIA 3IU6A 5DW1A 2YQDA 4NR4A 5I83A 4XUBA 4NYVA 4CUPA 5H1VA 5CQ5A 4QSQA 2R0VA 2FSAA 4TT2A 5FE8A 5I29A 5HRWA 5A85A 2L84A 2DKWA 5D26A 3P1CA 4QR5A 5FE7A 4NRAA 4QNSA 2E3KA 2D82A 5D3TA 5F61A 4Z6HA 5DYAA 3GG3A 4HXOA 5LKUA 5ENFA 4Z6IA 4LC2A 3IU5A 4GPJA 4YBTA 5C89A 5L8UA 2YEMA 5L99A 5TB6A 5G4RA 5C87A 4TU6A 5I88A 2DATA 3JVJA 4NYWA 5EP7A 3FKMX 4X2IA 4PCEA 5E3DA 5ENEA 4Q0NA 4J3IA 4QYLA 5CUBA 2G4AA 5F5ZA 4YBMA 4CLBA 2I7KA 4A9JA 5A5NA 5KU3A 3U5LA 5D7XA 4QYDA 3D7CA 5DYCA 3Q2EA 5A5RA 4IR3A 2E7NA 5HJCA 3U5KA 5IGMA 2DVRA 5FE2A 3HMFA 2L5EA 5DW2A 5FFVA 5C4QA 5F1LA 5FB1A 2RNYA 3O35A 5L97A 2DVVA 4PS5A 4YY6A 5F2PA 3AADA 5CQ4A 4MR3A 5EPRA 3U5OA 5A5SA 4NR5A 5CP5A 4WHUA 4UYEA 2YW5A 5ENBA 5I40A 5DFCA 4TS8A 4YADA 5L96A 5IIDA 4IOQA 4QB3A 5F1HA 5LVQA 4MEPA 4UYGA 5CGPA 4HBXA 4UIXA 5C8GA 4QR4A 4HXPA 4CUSA 4N4GA 4HXLA 4C67A 3S91A 3HMEA 4XY8A 3G0LA 4O7CA 5EPSA 5CUDA 3UV2A 4UYFB 4UIUA 5F25A 4QSXA 1WUGA 3K2JA 4O74A 5FG6A 4OGJA 4QEUA 5FE5A 5EK9A 2MJVB 4IR5A 3Q2FA 5A5QA 4E96A 4BW1A 5LKTA 4O7FA 4HXKA 3MUKA 5EWCA 5EWVA 5CQ3A 5A83A 4UIVA 3O34A 5I86A 2F6NA 4YYDA 4J0RA 2RO1A 4A9IA 5LUUA 1N72A 5K29A 1ZS5A 2YYNA 5DYXA 3UV4A 4LR6A 3UVWA 4QC3A 4TQNA 5D3JA 3P1DA 5FH7A 5IGLA 5DY7A 5HQ5A 5KTWA 4NUEA 5CRMA 1X0JA 4NRBA 4QC1A 4LYSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2R10A 4YYHA 5ETDA 4AKHA 2R0YA 5E9VA 4LZ2A 5AD2A 3QZTA 5EWHA 5LKXA 5CQAA 5CQ7A 5EICA 5DKCA 4TYLA 5EWWA 3NXBA 5HELA 4YYNA 5IBNA 3UVDA 4Y03A 4UITA 5HFRA 5E0RA 5DKDA 5FE9A 3O37A 4NR6A 4QSSA 4YK0A 2WP2A 4F3IA 5BT4A 5DFBA 4CUQA 4YYGA 4ALGA 5FB0A 4Z93A 5EVAA 4NXJA 4TU4A 3JVLA 5CUAA 5ENIA 4UIWA 5L98A 4YYIA 4NR9A 2DVQA 3HMHA 4AI6A 2OO1A 4QZSA 5E9LA 5F3AA 4QSPA 4TT4A 5HEMA 4AKIA 3I3JA 5I7XA 5J0DA 5EPBA 5CPEA 5HQ6A 4ALHA 4YBSA 4N3WA 4A9OA 4QBMA 5DFDA 2H60A 3LXJA 4YC9A 5H1TA 5LVRA 4QSRA 5D3LA 5D24A 5CUGA 4BW2A 4IR4A 5E73A 5CFWA 5KTUA 5AMEA 4NR8A 4UYDA 4J1PA 4A9MA 3MXFA 5JI8A 4TZ2A 4TZ8A 5FBXA 3U5NA 3SVGA 3ZYUA 5FH8A 4A9EA 5CS8A 4HXNA 4C66A 2F6JA 4O75A 4YYMA 4XYAA 5CQ8A 5FDZA 4OGIA 5KO4A 4YY4A 2EJNA 2GRCA 4O7BA 5D3RA 4PTBA 4WIVA 5CTLA 5DX4A 5LKZA 4NQMA 4QR3A 5A5OA 5HRXA 5A82A 5IGKA 3QZSA 5ENHA 2YELA 4HXMA 3TLPA 4OUFA 4YAXA 4LRGA 5D3NA 4NRCA 4PCIA 3LQJA 4YH3A 4IORA 4QSWA 5FG5A 4FLPA 4HXRA 3S92A 4ZC9A 5BT3A 4QEWA 5A5PA 3MQMA 5CY9A 5A81A 3SVHA 3P1FA 4O7AA 4HBWA 4O71A 4Z1SA 3U5JA 5F36A 4CFLA 5FE0A 5HFQA 2RS9B 3ONIA 3G0JA 5FG4A 4MR5A 1WUMA 4O72A 5D0CA 4AKGA 3VKHA 3ERRA 4BHWA 4WHWA 3SVFA 5E9YA 5CU8A 5DLZA 5E9IA 4MEQA 2RNWA 4HBVA 4QY4A 1EQFA 4O78A 5E3GA 5II1A 5I7YA 5EWDA 4NR7A 5AD3A 2D9EA 4LDFA 5I1QA 5G4SA 4QSUA 5DBMA 3O33A 5HQ7A 4O76A 5FH6A 4YATA 4QUUA 5A7CA 5D3SA 5D3PA 1JM4B 4ZQLA 5H1UA 2DWWA 5CQTA 2NXBA 5D25A 5FFWA 4XY9A 5CZGA 3LQHA 4DONA 5I80A 4UIYA 2OSSA 4UYFA 3U5MA 4TT6A 2RNXA 4KV1A 5ENGA 5EU1A 3DAIA 5CUCA 5II2A 4O7EA 3UW9A 5E7DA 4LYIA 5HCLA 2DVSA 2E7OA 4MEOA 3O36A 4O77A 4NYXA 2I8NA 3JVMA 4KCXA 5EV9A 4HBYA 5CQ6A 4TTEA 5HLSA 5F60A 5LJ0A 5FE3A 2L85A 4IOOA 4NUDA 4LZSA 5IG6A 4BW3A 2YEKA 4QEVA 5E9MA 5D3HA 2R0SA 4YH4A 5F62A 4HXSA 2KTBB 4LZRA 5DLXA 3MB3A 4IR6A 5KHMA 4CUTA 4A9HA 4NUCA 4MENA 5TCMA 3P5OA 5EGUA 5COIA 4LYWA 1ZKRA 3P1EA 4YYJA 4N4IA 5KTXA 2YDWA 4PY6A 5ACYA 4RVRA 5EM3A 3MB4A 2RFJA 4NS5A 4A9KA 1F68A 1JSPB 4YYKA 5ETBA 5EISA 5CRZA 3UVXA 4CURA 5FE4A 4N4HA 4UIZA 4A9LA 5E74A 4N4FA 4CFKA 5E9KA 5HRVA 3RCWA 2OUOA 3LJWA 5L8TA 5C85A 3D1DA 3JVKA 5I89A 4YABA 5ENJA 5H85A 5HM0A 4MR4A 5LJ1A 3U5PA 5AMFA 5FE6A 5C7NA 2N9GA 4Q0OA 4A9NA 4UYHA 5BT5A 3MULA 5EI4A 1E6IA 5F63A 5LJ2A 4A9FA 4BW4A 4PKLA 4CUUA 4QSVA 3UVYA 3DWYA 2LSPB 4NQNA 2WP1A 5DYUA 4AKNA 4QUTA 3D1BA 4XUAA 5EA1A 5DKHA 4O70A 5JWMA 4J0SA 5EQ1A 2RI7A 5FFYA 4KV4A 4BJXA 4CL9A 4MR6A 4ZW1A 5FE1A 5HENA 5IGNA 4QSTA 4Z1QA 3QZVA 5ENCA 5CUEA 3UV5A 3AQAA 3LQIA 3IU6A 5DW1A 2YQDA 4NR4A 5I83A 4XUBA 4NYVA 4CUPA 5H1VA 5CQ5A 4QSQA 2R0VA 2FSAA 4TT2A 5FE8A 5I29A 5HRWA 5A85A 2L84A 2DKWA 5D26A 3P1CA 4QR5A 5FE7A 4NRAA 4QNSA 2E3KA 2D82A 5D3TA 5F61A 4Z6HA 5DYAA 3GG3A 4HXOA 5LKUA 5ENFA 4Z6IA 4LC2A 3IU5A 4GPJA 4YBTA 5C89A 5L8UA 2YEMA 5L99A 5TB6A 5G4RA 5C87A 4TU6A 5I88A 2DATA 3JVJA 4NYWA 5EP7A 3FKMX 4X2IA 4PCEA 5E3DA 5ENEA 4Q0NA 4J3IA 4QYLA 5CUBA 2G4AA 5F5ZA 4YBMA 4CLBA 2I7KA 4A9JA 5A5NA 5KU3A 3U5LA 5D7XA 4QYDA 3D7CA 5DYCA 3Q2EA 5A5RA 4IR3A 2E7NA 5HJCA 3U5KA 5IGMA 2DVRA 5FE2A 3HMFA 2L5EA 5DW2A 5FFVA 5C4QA 5F1LA 5FB1A 2RNYA 3O35A 5L97A 2DVVA 4PS5A 4YY6A 5F2PA 3AADA 5CQ4A 4MR3A 5EPRA 3U5OA 5A5SA 4NR5A 5CP5A 4WHUA 4UYEA 2YW5A 5ENBA 5I40A 5DFCA 4TS8A 4YADA 5L96A 5IIDA 4IOQA 4QB3A 5F1HA 5LVQA 4MEPA 4UYGA 5CGPA 4HBXA 4UIXA 5C8GA 4QR4A 4HXPA 4CUSA 4N4GA 4HXLA 4C67A 3S91A 3HMEA 4XY8A 3G0LA 4O7CA 5EPSA 5CUDA 3UV2A 4UYFB 4UIUA 5F25A 4QSXA 1WUGA 3K2JA 4O74A 5FG6A 4OGJA 4QEUA 5FE5A 1PUOA 5EK9A 2MJVB 4IR5A 3Q2FA 5A5QA 3VKGA 4E96A 4BW1A 5LKTA 4O7FA 4HXKA 3MUKA 5EWCA 5EWVA 5CQ3A 5A83A 4UIVA 3O34A 5I86A 2F6NA 4YYDA 4J0RA 2RO1A 4A9IA 5LUUA 1N72A 5K29A 1ZS5A 2YYNA 5DYXA 3UV4A 4LR6A 3UVWA 4QC3A 4TQNA 5D3JA 3P1DA 5FH7A 5IGLA 5DY7A 5HQ5A 5KTWA 4NUEA 5CRMA 1X0JA 4NRBA 4QC1A 4LYSA
chains in the Genus database with same CATH topology
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