5C89A

Crystal structure of the human brpf1 bromodomain in complex with 917
Total Genus 38
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
38
sequence length
113
structure length
113
Chain Sequence
EMQLTPFLILLRKTLEQLQEKDTGNIFSEPVPLSEVPDYLDHIKKPMDFFTMKQNLEAYRYLNFDDFEEDFNLIVSNCLKYNAKDTIFYRAAVRLREQGGAVLRQARRQAEKM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Dna binding protein
source organism Homo sapiens
publication title Crystal structure of the human BRPF1 bromodomain in complex with 917
rcsb
molecule keywords Peregrin
total genus 38
structure length 113
sequence length 113
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-06-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5c89A00
4BW3A 3P1FA 5A85A 5DW2A 4A9LA 3AADA 4KV1A 5CS8A 2G4AA 1ZS5A 3UV5A 4HBYA 4QEVA 4A9JA 4UIZA 5I40A 5KTWA 5CGPA 3NXBA 5DYXA 4YYNA 2N9GA 4QSSA 2E7NA 4O7EA 4YYJA 4YYKA 1WUMA 4C66A 4O77A 5CQ6A 4PCIA 4IR3A 2DVSA 5ENGA 4NR4A 5C7NA 5E73A 5FH6A 4NYXA 4CUQA 5C89A 4RVRA 3HMFA 4MR4A 5IBNA 4J1PA 5CUDA 5A5RA 5LJ0A 2RI7A 5EVAA 5TCMA 5D3NA 5ACYA 4QSVA 4LZRA 4TS8A 4Z1SA 3U5NA 3LQHA 4QYDA 2FSAA 2R0YA 3Q2FA 5D3PA 4TT4A 5K29A 5COIA 5BT4A 5FE9A 3U5JA 5FBXA 5F5ZA 5F60A 5L99A 5FE0A 3HMEA 4O72A 5D7XA 5DLZA 5EWDA 5F1LA 4OUFA 5A5OA 3K2JA 3O34A 4CUUA 4O70A 5L8TA 5CQ7A 3MQMA 1JSPB 5E3GA 4QZSA 4TZ2A 5D25A 2NXBA 5CUEA 4NYVA 3UVWA 5FE4A 5AMEA 3AQAA 4IR5A 3ZYUA 5LKZA 4QC1A 4UIYA 5FH8A 5DW1A 4QR4A 5EM3A 5AD2A 4PS5A 5EGUA 2RNXA 4HXMA 4NQMA 5F2PA 4YBMA 5A82A 4QUTA 2YDWA 5EQ1A 4J3IA 5IIDA 1N72A 4CUTA 5FE5A 2WP1A 4CL9A 4NR5A 3FKMX 5FE1A 5F3AA 5HFQA 4CFLA 3QZVA 4CURA 5I1QA 5DKHA 4NQNA 5ENEA 3U5KA 4A9NA 5FB0A 5KU3A 5F61A 4N4FA 3GG3A 3DAIA 5D3SA 5EPRA 2DVQA 4O75A 5E9KA 4QSUA 5DKDA 4UIWA 4XUAA 3U5MA 5F25A 5FH7A 5LUUA 2RFJA 4XYAA 5I86A 4QSRA 5TB6A 5G4SA 4A9KA 3S92A 3LQIA 5E74A 2R0SA 2RO1A 3QZTA 4A9EA 4GPJA 4WHUA 5CQ4A 5IGLA 4MENA 4QR3A 3JVJA 2GRCA 4LR6A 3JVMA 5EP7A 5EPBA 4MR6A 5FFYA 4A9FA 4IOOA 4ALGA 5CFWA 5EICA 4TZ8A 4HXOA 4UYFB 4IR6A 3LJWA 3P1CA 4QSQA 4X2IA 2LSPB 5CQ3A 2I7KA 5E9YA 3S91A 5H1VA 4Z6HA 5I7XA 4NR8A 4YY6A 4LYIA 5E0RA 5KHMA 5LVRA 4N4GA 4QUUA 5D26A 5A5SA 5I88A 4ZQLA 5H1TA 5BT3A 5II1A 4PCEA 5HLSA 4QNSA 5LJ1A 5CQAA 4YC9A 3O35A 4A9IA 5CTLA 2RS9B 4QSTA 4C67A 3IU5A 2YEKA 5FFVA 3UVDA 3O36A 2RNYA 4YBTA 5FG4A 4QBMA 5F62A 5CU8A 3O33A 3UVXA 3MUKA 5JI8A 4NR6A 5ENFA 4O7FA 4A9MA 2YEMA 5C4QA 3HMHA 5LJ2A 5CUGA 3G0LA 4NRAA 4ZW1A 2YQDA 5DYUA 4AKNA 3JVLA 3MB4A 4HXSA 5E9IA 5ETBA 3UV2A 5C87A 4YBSA 4F3IA 2F6JA 4Z93A 4NYWA 4N4HA 4NS5A 5CRZA 3TLPA 1EQFA 4QSXA 5I80A 1JM4B 4ALHA 5ENJA 4NR7A 4TQNA 4DONA 5CUCA 4TT6A 5FG5A 5HENA 4HXPA 5EWCA 4LZ2A 2OO1A 5CZGA 5EI4A 3P5OA 5DFCA 4YYMA 5KTXA 5ENBA 2DVRA 4TU6A 5CQ8A 5BT5A 5J0DA 2RNWA 3U5LA 5DFBA 5EU1A 4LZSA 5AMFA 5D3RA 4O7CA 5LKTA 5L96A 3UVYA 4BHWA 4J0RA 4NUCA 5EV9A 5D0CA 5CQTA 2OSSA 4UYGA 2H60A 3JVKA 4BJXA 5I29A 2YELA 4UIXA 2I8NA 4TYLA 5HFRA 5I89A 5ENCA 3LQJA 4Z6IA 2DKWA 4KCXA 5CQ5A 4QSWA 5HQ7A 3SVGA 5D3HA 5IGKA 5HRXA 2L84A 4WIVA 5DY7A 4CLBA 3MB3A 4YYHA 5HCLA 5E9VA 4HBVA 4MR5A 3RCWA 4KV4A 5HQ6A 4IOQA 4UYHA 4N4IA 5LKUA 3LXJA 4YAXA 5FE8A 5E3DA 2E7OA 4MEOA 5ETDA 2R10A 4IORA 5HM0A 5FDZA 3U5PA 3U5OA 4YY4A 4IR4A 5D3JA 4O74A 5A83A 4XY9A 4QEWA 5DFDA 5F63A 4UIUA 3O37A 5IG6A 3QZSA 4PY6A 5A5QA 5CPEA 5CUAA 5CRMA 5A5PA 2KTBB 2DATA 2YYNA 4HXRA 4UYFA 5KTUA 4CUPA 2MJVB 4XUBA 5L8UA 5FFWA 2L85A 5E9LA 4HXLA 5ENHA 4NR9A 5EWHA 5EPSA 2R0VA 5HRVA 5DYAA 4QR5A 5HQ5A 5H1UA 5II2A 4HXNA 4PTBA 4O71A 4LRGA 3ONIA 5DBMA 4A9OA 4Q0OA 4CUSA 5C8GA 1F68A 3SVFA 3UW9A 5FE2A 5L97A 4QYLA 5FB1A 2DWWA 4BW2A 4BW1A 5LVQA 4QSPA 4YH3A 4O76A 3UV4A 4UYDA 4HBWA 5G4RA 4Z1QA 3SVHA 2E3KA 4HXKA 4HBXA 4MR3A 5DYCA 4QB3A 5LKXA 4YATA 5I83A 2WP2A 3P1EA 3I3JA 4NRCA 3DWYA 3G0JA 5EA1A 5I7YA 4Y03A 4OGIA 4PKLA 5DLXA 5FE7A 5FE3A 3MXFA 4QEUA 4QC3A 1WUGA 5HELA 4LYWA 4MEQA 4TU4A 5EK9A 4BW4A 4Q0NA 4ZC9A 4NUDA 4FLPA 4QY4A 4XY8A 5CP5A 4UITA 5E9MA 5CY9A 2YW5A 5ENIA 5CUBA 3D7CA 3IU6A 3Q2EA 4O78A 4WHWA 5DX4A 3P1DA 4LC2A 4MEPA 3MULA 4TTEA 5D3LA 5FE6A 4YYGA 4UYEA 5EWWA 5AD3A 5JWMA 4A9HA 4J0SA 2D9EA 4LYSA 5F36A 4YK0A 5A5NA 4E96A 4N3WA 4O7BA 5EISA 2D82A 2L5EA 5A81A 4NXJA 1E6IA 5HJCA 4TT2A 4NUEA 4YADA 5D3TA 2F6NA 4CFKA 4YYDA 5IGNA 5HRWA 4O7AA 5C85A 5F1HA 4YABA 5HEMA 5E7DA 5KO4A 5IGMA 4UIVA 5D24A 5DKCA 5A7CA 4OGJA 4LDFA 2OUOA 4YH4A 4YYIA 5EWVA 2DVVA 5FG6A 5H85A 5L98A 1X0JA 4NRBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BW3A 3P1FA 5A85A 5DW2A 4A9LA 3AADA 4KV1A 5CS8A 2G4AA 1ZS5A 3UV5A 4HBYA 4QEVA 4A9JA 4UIZA 5I40A 5KTWA 5CGPA 3NXBA 5DYXA 4YYNA 2N9GA 4QSSA 2E7NA 4O7EA 4YYJA 4YYKA 1WUMA 4C66A 3ERRA 4O77A 5CQ6A 4PCIA 4IR3A 2DVSA 5ENGA 4NR4A 5C7NA 5E73A 5FH6A 4NYXA 4CUQA 5C89A 4RVRA 3HMFA 4MR4A 5IBNA 4J1PA 5CUDA 5A5RA 5LJ0A 2RI7A 1ZKRA 5EVAA 5TCMA 5D3NA 5ACYA 4QSVA 4LZRA 4TS8A 4Z1SA 3U5NA 3LQHA 4QYDA 2FSAA 2R0YA 3Q2FA 5D3PA 4TT4A 5K29A 5COIA 5BT4A 5FE9A 3U5JA 5FBXA 5F5ZA 5F60A 5L99A 5FE0A 3HMEA 4O72A 5D7XA 5DLZA 5EWDA 5F1LA 4OUFA 4AKIA 5A5OA 3K2JA 3O34A 4CUUA 4O70A 5L8TA 5CQ7A 3MQMA 1JSPB 5E3GA 4QZSA 4TZ2A 5D25A 2NXBA 5CUEA 4NYVA 3UVWA 5FE4A 5AMEA 3AQAA 4IR5A 3ZYUA 5LKZA 4QC1A 4UIYA 5FH8A 5DW1A 4AKHA 4QR4A 5EM3A 5AD2A 4PS5A 5EGUA 2RNXA 4HXMA 4NQMA 5F2PA 4YBMA 5A82A 4QUTA 2YDWA 5EQ1A 4J3IA 5IIDA 1N72A 4CUTA 5FE5A 2WP1A 4CL9A 4NR5A 3FKMX 5FE1A 5F3AA 5HFQA 4CFLA 3QZVA 4CURA 5I1QA 5DKHA 4NQNA 5ENEA 3U5KA 4A9NA 5FB0A 5KU3A 5F61A 4N4FA 3GG3A 3DAIA 5D3SA 5EPRA 2DVQA 4O75A 5E9KA 4QSUA 5DKDA 4UIWA 4XUAA 3U5MA 5F25A 5FH7A 5LUUA 2RFJA 4XYAA 5I86A 4QSRA 5TB6A 5G4SA 4A9KA 3S92A 3LQIA 5E74A 2R0SA 2RO1A 3QZTA 4A9EA 4GPJA 4WHUA 5CQ4A 5IGLA 4MENA 4QR3A 3JVJA 2GRCA 4LR6A 3JVMA 5EP7A 4AKGA 5EPBA 4MR6A 5FFYA 4A9FA 4IOOA 4ALGA 5CFWA 5EICA 4TZ8A 4HXOA 4UYFB 4IR6A 3LJWA 3P1CA 4QSQA 4X2IA 2LSPB 5CQ3A 2I7KA 5E9YA 3S91A 5H1VA 3D1DA 4Z6HA 5I7XA 4NR8A 4YY6A 4LYIA 5E0RA 5KHMA 5LVRA 4N4GA 4QUUA 5D26A 5A5SA 5I88A 4ZQLA 5H1TA 5BT3A 5II1A 4PCEA 5HLSA 4QNSA 5LJ1A 5CQAA 4YC9A 3O35A 4A9IA 5CTLA 2RS9B 4QSTA 3VKHA 4C67A 3IU5A 2YEKA 5FFVA 3UVDA 3O36A 2RNYA 4YBTA 5FG4A 3VKGA 4QBMA 5F62A 5CU8A 3O33A 3UVXA 3MUKA 5JI8A 4NR6A 5ENFA 4O7FA 4A9MA 2YEMA 5C4QA 3HMHA 5LJ2A 5CUGA 3G0LA 4NRAA 4ZW1A 2YQDA 5DYUA 4AKNA 3JVLA 3MB4A 4HXSA 5E9IA 5ETBA 3UV2A 5C87A 4YBSA 4F3IA 2F6JA 4Z93A 4NYWA 4N4HA 4NS5A 5CRZA 3TLPA 1EQFA 4QSXA 5I80A 1JM4B 4ALHA 5ENJA 4NR7A 4TQNA 4DONA 5CUCA 4TT6A 5FG5A 5HENA 4HXPA 5EWCA 4LZ2A 2OO1A 5CZGA 5EI4A 3P5OA 5DFCA 4YYMA 5KTXA 5ENBA 2DVRA 4TU6A 5CQ8A 5BT5A 5J0DA 2RNWA 3U5LA 5DFBA 5EU1A 4LZSA 5AMFA 5D3RA 4O7CA 5LKTA 5L96A 3UVYA 4BHWA 4J0RA 4NUCA 5EV9A 5D0CA 5CQTA 2OSSA 4UYGA 2H60A 3JVKA 4BJXA 5I29A 2YELA 4UIXA 2I8NA 2EJNA 4TYLA 5HFRA 5I89A 5ENCA 3LQJA 4Z6IA 2DKWA 4KCXA 5CQ5A 4QSWA 5HQ7A 3SVGA 5D3HA 5IGKA 5HRXA 2L84A 4WIVA 5DY7A 4CLBA 3MB3A 4YYHA 5HCLA 5E9VA 4HBVA 4MR5A 3RCWA 4KV4A 5HQ6A 4IOQA 4UYHA 4N4IA 5LKUA 3LXJA 4YAXA 5FE8A 5E3DA 2E7OA 4MEOA 5ETDA 2R10A 4IORA 5HM0A 5FDZA 3U5PA 3U5OA 4YY4A 4IR4A 5D3JA 4O74A 5A83A 4XY9A 4QEWA 5DFDA 5F63A 4UIUA 3O37A 5IG6A 3QZSA 4PY6A 5A5QA 5CPEA 5CUAA 5CRMA 5A5PA 2KTBB 2DATA 2YYNA 4HXRA 4UYFA 5KTUA 4CUPA 2MJVB 4XUBA 5L8UA 5FFWA 2L85A 5E9LA 4HXLA 5ENHA 4NR9A 5EWHA 5EPSA 2R0VA 5HRVA 5DYAA 4QR5A 5HQ5A 5H1UA 5II2A 4HXNA 4PTBA 4O71A 4LRGA 3ONIA 5DBMA 4A9OA 4Q0OA 4CUSA 5C8GA 1F68A 3SVFA 3UW9A 5FE2A 5L97A 4QYLA 5FB1A 2DWWA 4BW2A 4BW1A 5LVQA 4QSPA 4YH3A 4O76A 3UV4A 4UYDA 4HBWA 5G4RA 4Z1QA 3SVHA 2E3KA 4HXKA 4HBXA 4MR3A 5DYCA 4QB3A 5LKXA 4YATA 5I83A 2WP2A 3P1EA 3I3JA 4NRCA 3DWYA 3G0JA 5EA1A 3D1BA 5I7YA 4Y03A 4OGIA 4PKLA 5DLXA 5FE7A 5FE3A 3MXFA 4QEUA 4QC3A 1WUGA 5HELA 4LYWA 4MEQA 4TU4A 5EK9A 4BW4A 4Q0NA 4ZC9A 4NUDA 4FLPA 4QY4A 4XY8A 5CP5A 4UITA 5E9MA 5CY9A 2YW5A 5ENIA 5CUBA 3D7CA 3IU6A 3Q2EA 4O78A 4WHWA 5DX4A 3P1DA 4LC2A 4MEPA 3MULA 4TTEA 5D3LA 5FE6A 4YYGA 4UYEA 5EWWA 5AD3A 5JWMA 4A9HA 4J0SA 2D9EA 4LYSA 5F36A 4YK0A 5A5NA 4AI6A 4E96A 4N3WA 4O7BA 5EISA 2D82A 2L5EA 5A81A 4NXJA 1E6IA 1PUOA 5HJCA 4TT2A 4NUEA 4YADA 5D3TA 2F6NA 4CFKA 4YYDA 5IGNA 5HRWA 4O7AA 5C85A 5F1HA 4YABA 5HEMA 5E7DA 5KO4A 5IGMA 4UIVA 5D24A 5DKCA 5A7CA 4OGJA 4LDFA 2OUOA 4YH4A 4YYIA 5EWVA 2DVVA 5FG6A 5H85A 5L98A 1X0JA 4NRBA
chains in the Genus database with same CATH topology
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