4DONA

Brd4 bromodomain 1 complex with a fragment 3,4-dihydro-3-methyl-2(1h)-quinazolinon
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
124
structure length
124
Chain Sequence
MNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Signaling protein
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title Brd4 Bromodomain 1 complex with a fragment 3,4-Dihydro-3-methyl-2(1H)-quinazolinon
rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 45
structure length 124
sequence length 124
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-02-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4donA01
2MJVB 5IGMA 4HBXA 5E9LA 5DFDA 3UVWA 5CQ8A 5I83A 3U5MA 2L5EA 4NS5A 2DVRA 4IR6A 5DYUA 2YEMA 4QUTA 5FE2A 4LRGA 3S92A 4QSUA 5BT4A 4NUDA 5BT3A 5HELA 4HXLA 5LKTA 3MXFA 4AKNA 2DVSA 5DKDA 5CRZA 5JI8A 5IIDA 3S91A 5CQTA 3U5LA 5EISA 4O7CA 4UYFB 5A5OA 5H1UA 5D0CA 5EPBA 3UVXA 3NXBA 4QR5A 4TT6A 4HXNA 5E9VA 5FFYA 2OO1A 4BW4A 4HXKA 5A5PA 5FE8A 4OGJA 4MENA 2E7OA 4TU6A 5D3TA 3LQIA 5LJ2A 3MULA 4PCEA 2F6JA 4A9IA 1WUMA 5FE0A 3U5PA 5L98A 5D25A 4UYDA 5D3RA 5COIA 4QSTA 5F36A 4IOOA 4MR4A 4A9KA 5C85A 3TLPA 3I3JA 4QBMA 4HBVA 4HXSA 3O35A 5LJ0A 4O7AA 5II2A 5CGPA 4UYHA 4PKLA 5I29A 4LYSA 5LJ1A 5FE9A 5DBMA 4CUQA 5A83A 5HEMA 5AMEA 2I8NA 4CUSA 4QR3A 4TZ8A 5CPEA 5F1HA 4YABA 5I89A 4UYFA 4QB3A 2NXBA 1JSPB 4Z1SA 5CRMA 4LZRA 5FH6A 5HFQA 3SVFA 4TU4A 4UIYA 3O34A 5EK9A 5CQ6A 4ALGA 2RO1A 5H85A 4WHUA 2OUOA 4LR6A 2DVVA 4CURA 4NR7A 3U5JA 5DKHA 5DW2A 5ENGA 5LKXA 5DKCA 2DVQA 5D3PA 5EWCA 4CFLA 3O37A 4LYWA 4J1PA 5E73A 4Z1QA 5HCLA 5FE1A 5C4QA 5F2PA 2D9EA 4J3IA 5HLSA 4BW1A 5CY9A 5HFRA 5F25A 4Z93A 5D3LA 2D82A 4MR3A 4TT4A 5K29A 5HRVA 4YATA 5TB6A 5EVAA 4C66A 4QEVA 4PS5A 4Q0OA 4X2IA 5ACYA 2YYNA 4IORA 3P1CA 5CUAA 4NQMA 5D3HA 5DY7A 5I88A 4MR5A 1ZS5A 5FG4A 5KTWA 5AD2A 5KHMA 4WHWA 4YC9A 4IOQA 5E9MA 4O7BA 4O74A 4NR8A 5EICA 4O75A 4O76A 5IBNA 4QC3A 3DWYA 2E3KA 4UIWA 4J0SA 4GPJA 5G4RA 5C89A 4A9HA 4LZSA 4ALHA 5DFBA 3UVDA 2RNYA 4YYMA 5ENJA 4QSPA 2WP1A 4QSQA 5CQ5A 3FKMX 4YY4A 5F1LA 4TT2A 5I1QA 5D3NA 4KCXA 4A9NA 3LQJA 4HXMA 4IR4A 5HRWA 5FFWA 4NR5A 4QYLA 5ETBA 4QSWA 3LJWA 5HENA 5KTUA 3UV2A 5A81A 4HXRA 4CUUA 5EWHA 5BT5A 3LQHA 4YH4A 5EA1A 5E3GA 1E6IA 5FE7A 5F60A 2RS9B 4YYNA 2RI7A 4N4GA 4CUPA 3UV5A 3U5KA 4CL9A 4A9MA 2L84A 3D7CA 2LSPB 5CUDA 2G4AA 4NYXA 5EQ1A 5HQ7A 5DW1A 2YELA 2RNXA 3AQAA 3MB4A 4YYJA 3HMFA 5J0DA 5CUGA 4YYDA 5D3JA 5E9KA 5E9IA 5A82A 5CQ4A 2N9GA 2R0YA 3GG3A 5CQ3A 5LUUA 3IU6A 5H1TA 1JM4B 4FLPA 5FG5A 5E3DA 5IG6A 4XUAA 4QEUA 4MEPA 4TTEA 4A9OA 5EV9A 5EWVA 5A85A 4N3WA 4QC1A 5F63A 4YAXA 4MEQA 5E74A 4QSXA 5EPSA 4UIXA 1EQFA 4MR6A 4O71A 5C87A 4QR4A 4N4HA 3QZTA 2DKWA 5CU8A 5H1VA 5CZGA 1WUGA 3UW9A 5D26A 5C8GA 4TS8A 5ENFA 5JWMA 5DLXA 3O33A 3P1EA 4LYIA 5F61A 5I86A 2I7KA 3RCWA 4QZSA 4HBWA 4O78A 4O72A 5FG6A 5AMFA 4PY6A 5DYXA 5A5QA 5EPRA 5TCMA 4OGIA 1F68A 4QYDA 5D7XA 5E0RA 4CUTA 3Q2EA 5A5NA 5CUCA 5KU3A 4NR4A 5ENBA 4UIVA 5G4SA 5DLZA 5IGNA 5EI4A 5AD3A 4NXJA 4LZ2A 4QY4A 4RVRA 4A9EA 3AADA 5HQ5A 5F62A 5FE5A 5A7CA 4YYGA 4F3IA 5ENCA 4A9JA 5KO4A 4BW2A 4HXOA 4NRCA 5DX4A 4NR6A 4QSVA 3DAIA 2OSSA 5L8UA 4C67A 5C7NA 4YADA 5ENIA 5DYAA 5FB1A 4TQNA 4OUFA 4QUUA 4Z6IA 5FE6A 4YK0A 4LC2A 4E96A 3G0LA 4MEOA 5FH7A 5F5ZA 5L97A 5D24A 3P1DA 4NYWA 5FFVA 5KTXA 4UIUA 4WIVA 4YYKA 5CFWA 3QZSA 5CS8A 4Y03A 5DFCA 4XUBA 5L8TA 4BHWA 4HBYA 4UYGA 5HRXA 5A5RA 2GRCA 4QSSA 5I7XA 4HXPA 4NUEA 3ZYUA 5CUBA 2RNWA 2YDWA 3MUKA 4XYAA 4NRBA 5E7DA 5HJCA 3SVGA 3UVYA 5L99A 4BJXA 5CUEA 2L85A 5I80A 5CQAA 5HM0A 5IGKA 4N4IA 5EWDA 3Q2FA 5FDZA 5L96A 4KV1A 2RFJA 4CFKA 4Q0NA 5II1A 5I40A 4NYVA 2YEKA 3P5OA 4A9LA 5E9YA 3IU5A 2R0SA 3JVMA 4O7EA 4PTBA 4ZW1A 4NQNA 5I7YA 4O77A 3QZVA 4ZC9A 4XY9A 2KTBB 4UITA 1X0JA 2H60A 3P1FA 5IGLA 4TZ2A 2E7NA 3JVKA 4NUCA 4YYHA 5LKUA 4NRAA 5ENEA 4LDFA 2YW5A 5CP5A 5EU1A 3HMHA 5FE3A 3UV4A 5ETDA 2DATA 3O36A 4QSRA 5DYCA 5EWWA 4YBTA 4N4FA 1N72A 4O70A 5CQ7A 3SVHA 4YYIA 5EGUA 4QNSA 4Z6HA 2FSAA 5FH8A 3K2JA 3ONIA 5FBXA 5HQ6A 4A9FA 2WP2A 3U5OA 4TYLA 5FE4A 5CTLA 4YY6A 4UIZA 4YBMA 4PCIA 3MQMA 4NR9A 4YH3A 4ZQLA 5LVQA 2F6NA 5F3AA 3U5NA 4UYEA 4QEWA 2R0VA 5A5SA 3JVLA 4IR5A 5FB0A 4BW3A 5LVRA 3HMEA 4CLBA 4IR3A 4J0RA 4DONA 5D3SA 3JVJA 5ENHA 4O7FA 4XY8A 5EM3A 4YBSA 5EP7A 5LKZA 2R10A 3G0JA 3LXJA 4KV4A 3MB3A 2DWWA 2YQDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2MJVB 5IGMA 4HBXA 5E9LA 5DFDA 3UVWA 5CQ8A 5I83A 3U5MA 2L5EA 4NS5A 2DVRA 4IR6A 5DYUA 3VKGA 2YEMA 4QUTA 5FE2A 4LRGA 3S92A 4QSUA 5BT4A 4NUDA 5BT3A 5HELA 4HXLA 5LKTA 3MXFA 4AKNA 2DVSA 5DKDA 5CRZA 5JI8A 5IIDA 3S91A 5CQTA 3U5LA 5EISA 4O7CA 4UYFB 5A5OA 5H1UA 5D0CA 5EPBA 3UVXA 3NXBA 4QR5A 4TT6A 4HXNA 5E9VA 5FFYA 2OO1A 4BW4A 4HXKA 5A5PA 5FE8A 4OGJA 4MENA 2E7OA 4TU6A 5D3TA 3LQIA 5LJ2A 3MULA 4PCEA 2F6JA 4A9IA 1WUMA 5FE0A 3U5PA 5L98A 5D25A 4UYDA 5D3RA 5COIA 1ZKRA 4QSTA 5F36A 4IOOA 4MR4A 4A9KA 5C85A 3TLPA 3I3JA 4QBMA 4HBVA 4HXSA 3O35A 5LJ0A 4O7AA 5II2A 5CGPA 4UYHA 4PKLA 5I29A 4LYSA 5LJ1A 5FE9A 5DBMA 4CUQA 5A83A 5HEMA 5AMEA 2I8NA 4CUSA 4QR3A 4TZ8A 5CPEA 5F1HA 4YABA 5I89A 4UYFA 4QB3A 2NXBA 1JSPB 4Z1SA 5CRMA 4LZRA 5FH6A 5HFQA 3SVFA 4TU4A 4UIYA 3O34A 5EK9A 5CQ6A 4ALGA 2RO1A 5H85A 4WHUA 2OUOA 4LR6A 2DVVA 4CURA 4NR7A 3U5JA 5DKHA 5DW2A 5ENGA 5LKXA 5DKCA 2DVQA 5D3PA 5EWCA 4CFLA 3O37A 4LYWA 4J1PA 5E73A 4Z1QA 5HCLA 5FE1A 5C4QA 5F2PA 2D9EA 4J3IA 5HLSA 4BW1A 5CY9A 4AI6A 5HFRA 5F25A 4Z93A 5D3LA 2D82A 4MR3A 4TT4A 5K29A 5HRVA 4YATA 5TB6A 5EVAA 4C66A 4QEVA 4PS5A 4Q0OA 4X2IA 5ACYA 2YYNA 4IORA 3P1CA 5CUAA 4NQMA 5D3HA 5DY7A 5I88A 4MR5A 1ZS5A 5FG4A 5KTWA 5AD2A 5KHMA 4WHWA 4YC9A 4IOQA 5E9MA 4O7BA 2EJNA 4O74A 4NR8A 5EICA 4O75A 4O76A 3D1BA 5IBNA 4QC3A 3DWYA 2E3KA 4UIWA 4J0SA 4GPJA 5G4RA 5C89A 4A9HA 4LZSA 4ALHA 5DFBA 3UVDA 2RNYA 4YYMA 5ENJA 4QSPA 2WP1A 3VKHA 4QSQA 5CQ5A 3FKMX 4YY4A 5F1LA 4TT2A 5I1QA 5D3NA 4AKIA 4KCXA 4A9NA 3LQJA 4HXMA 4IR4A 5HRWA 5FFWA 4NR5A 4QYLA 5ETBA 4QSWA 3LJWA 5HENA 5KTUA 3UV2A 5A81A 4HXRA 4CUUA 5EWHA 5BT5A 3LQHA 4YH4A 5EA1A 5E3GA 1E6IA 5FE7A 5F60A 2RS9B 4YYNA 2RI7A 4N4GA 4CUPA 3UV5A 3U5KA 4CL9A 4A9MA 2L84A 3D7CA 2LSPB 5CUDA 2G4AA 4NYXA 5EQ1A 5HQ7A 5DW1A 2YELA 2RNXA 3AQAA 3MB4A 4YYJA 3HMFA 5J0DA 5CUGA 4YYDA 5D3JA 5E9KA 5E9IA 5A82A 5CQ4A 2N9GA 2R0YA 3GG3A 5CQ3A 5LUUA 3IU6A 5H1TA 1JM4B 4FLPA 5FG5A 5E3DA 5IG6A 4XUAA 4QEUA 4MEPA 4TTEA 4A9OA 5EV9A 5EWVA 5A85A 4N3WA 4QC1A 5F63A 4YAXA 4MEQA 5E74A 4QSXA 5EPSA 4UIXA 1EQFA 4MR6A 4O71A 5C87A 4QR4A 4N4HA 3QZTA 4AKGA 2DKWA 5CU8A 5H1VA 5CZGA 1WUGA 3UW9A 5D26A 5C8GA 4TS8A 5ENFA 5JWMA 5DLXA 3O33A 3P1EA 4LYIA 5F61A 5I86A 2I7KA 3RCWA 4QZSA 4HBWA 4O78A 4O72A 5FG6A 1PUOA 4PY6A 5DYXA 5A5QA 5AMFA 5EPRA 5TCMA 4OGIA 1F68A 4QYDA 5D7XA 5E0RA 4CUTA 3D1DA 3Q2EA 5A5NA 5CUCA 5KU3A 4NR4A 5ENBA 4UIVA 5G4SA 5DLZA 5IGNA 5EI4A 5AD3A 4NXJA 4LZ2A 4QY4A 4RVRA 4A9EA 3AADA 5HQ5A 5F62A 5FE5A 5A7CA 4YYGA 4F3IA 5ENCA 4A9JA 5KO4A 4BW2A 4HXOA 4NRCA 5DX4A 4NR6A 4QSVA 3DAIA 2OSSA 5L8UA 4C67A 5C7NA 4YADA 5ENIA 5DYAA 5FB1A 4TQNA 4OUFA 4QUUA 4Z6IA 5FE6A 4YK0A 4LC2A 4E96A 3G0LA 4MEOA 5FH7A 5F5ZA 5L97A 5D24A 3P1DA 4NYWA 5FFVA 5KTXA 4UIUA 4WIVA 4YYKA 5CFWA 3QZSA 5CS8A 4Y03A 5DFCA 4XUBA 5L8TA 4BHWA 4HBYA 4UYGA 5HRXA 5A5RA 2GRCA 4QSSA 5I7XA 4HXPA 4NUEA 3ZYUA 5CUBA 2RNWA 2YDWA 3MUKA 4XYAA 4NRBA 5E7DA 3ERRA 5HJCA 3SVGA 3UVYA 5L99A 4BJXA 5CUEA 2L85A 5I80A 5CQAA 5HM0A 5IGKA 4N4IA 5EWDA 3Q2FA 5FDZA 5L96A 4KV1A 2RFJA 4CFKA 4Q0NA 5II1A 5I40A 4NYVA 2YEKA 3P5OA 4A9LA 5E9YA 3IU5A 2R0SA 3JVMA 4O7EA 4PTBA 4ZW1A 4NQNA 5I7YA 4O77A 3QZVA 4ZC9A 4XY9A 2KTBB 4AKHA 4UITA 1X0JA 2H60A 3P1FA 5IGLA 4TZ2A 2E7NA 3JVKA 4NUCA 4YYHA 5LKUA 4NRAA 5ENEA 4LDFA 2YW5A 5CP5A 5EU1A 3HMHA 5FE3A 3UV4A 5ETDA 2DATA 3O36A 4QSRA 5DYCA 5EWWA 4YBTA 4N4FA 1N72A 4O70A 5CQ7A 3SVHA 4YYIA 5EGUA 4QNSA 4Z6HA 2FSAA 5FH8A 3K2JA 3ONIA 5FBXA 5HQ6A 4A9FA 2WP2A 3U5OA 4TYLA 5FE4A 5CTLA 4YY6A 4UIZA 4YBMA 4PCIA 3MQMA 4NR9A 4YH3A 4ZQLA 5LVQA 2F6NA 5F3AA 3U5NA 4UYEA 4QEWA 2R0VA 5A5SA 3JVLA 4IR5A 5FB0A 4BW3A 5LVRA 3HMEA 4CLBA 4IR3A 4J0RA 4DONA 5D3SA 3JVJA 5ENHA 4O7FA 4XY8A 5EM3A 4YBSA 5EP7A 5LKZA 2R10A 3G0JA 3LXJA 4KV4A 3MB3A 2DWWA 2YQDA
chains in the Genus database with same CATH topology
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