4DONA

Brd4 bromodomain 1 complex with a fragment 3,4-dihydro-3-methyl-2(1h)-quinazolinon
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
124
structure length
124
Chain Sequence
MNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title Brd4 Bromodomain 1 complex with a fragment 3,4-Dihydro-3-methyl-2(1H)-quinazolinon
rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Signaling protein
total genus 45
structure length 124
sequence length 124
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-02-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4donA01
3IU6A 5I86A 5EVAA 4HBVA 5LVRA 4QSXA 4QB3A 2DKWA 5E3GA 5I7YA 4TT2A 4A9FA 4AKNA 3S92A 4BW2A 5FH8A 5A81A 5CPEA 2R10A 3GG3A 5HRVA 5HQ5A 4NYWA 5FG5A 3UV4A 2MJVB 4N4IA 3MXFA 5CTLA 4TZ2A 3MULA 5CGPA 2OSSA 4NYVA 4N4GA 2RNWA 4GPJA 4PTBA 4YYDA 5ACYA 2I8NA 5CU8A 4XUAA 5FB0A 5AD3A 3JVLA 5ETDA 4O7EA 4A9OA 5G4SA 4YYNA 5F5ZA 3MQMA 5F61A 4YABA 4MEQA 5EV9A 4QY4A 3O37A 3SVFA 3RCWA 5CQ4A 2WP1A 2YELA 4MR5A 2RO1A 4KCXA 4CURA 4YH4A 2H60A 5EISA 5CS8A 5D0CA 3O35A 3O34A 3LQJA 3LXJA 3UVYA 4CUTA 5FE7A 5HM0A 5EU1A 5D3LA 4Z93A 4NR9A 5CY9A 2D9EA 5E7DA 5L97A 5ENBA 4MEPA 5EPBA 5CQ6A 3TLPA 2FSAA 5FH6A 5ENCA 4KV4A 4YAXA 2R0SA 5COIA 5TCMA 5CRZA 5EQ1A 5HRWA 4OUFA 3P5OA 5FDZA 5EWHA 4LYIA 5L8UA 4TTEA 5F36A 4UIXA 4UYGA 3JVMA 4TZ8A 5H1VA 4MR3A 5L99A 5E9LA 4QUUA 4NQMA 4NR7A 5ETBA 5F62A 5FE3A 5E3DA 4YADA 5BT5A 4IR5A 4A9JA 4O7CA 5D7XA 5DYAA 2E7OA 3O36A 5D26A 4XY9A 4QEVA 5DYCA 4YYIA 5I83A 5FE8A 4N4HA 5DKCA 5LKZA 5IGNA 4IR4A 2D82A 4A9KA 4IORA 5D3JA 5DYXA 5KTWA 2RS9B 4A9HA 4QR4A 4NUEA 1JM4B 4QSPA 4UYDA 2DVSA 5D3PA 3UVXA 4O7FA 4E96A 4WIVA 5A5QA 5CZGA 4IR6A 4NRBA 4XYAA 5EP7A 5CUDA 5FE6A 5FE4A 5A5SA 3QZTA 4QC3A 5IBNA 4IOQA 5C89A 2F6JA 4NRCA 5ENFA 5CFWA 4Z1SA 2WP2A 4XUBA 4ZQLA 4QSTA 4TU4A 5A5RA 1N72A 3U5KA 5KO4A 4YK0A 4QSVA 3S91A 4DONA 2NXBA 5DBMA 3MB4A 5EA1A 5JI8A 5A83A 5ENEA 5I80A 3G0JA 4HBXA 5CUBA 4A9EA 4BW1A 3U5NA 4Q0OA 4QSWA 4A9NA 4QSRA 4Z6HA 4HXLA 4LC2A 4OGIA 5DKHA 5I88A 4QYLA 4UIWA 4BW4A 4CFLA 1ZS5A 3UW9A 5DFDA 5CQ3A 3HMEA 2RI7A 5LUUA 5E9MA 5C4QA 4QYDA 5IGLA 5BT3A 2DWWA 5ENIA 4UIZA 4UYHA 4O72A 3G0LA 5LJ1A 5FE1A 5HCLA 5CQAA 4PKLA 4NR6A 5LVQA 4YY4A 5TB6A 5LKXA 4WHUA 4LZRA 5HJCA 5FBXA 4O7AA 5DX4A 4HXMA 2DVQA 4N3WA 5DY7A 4N4FA 4YYMA 1EQFA 5LKTA 4BJXA 5EWCA 4YH3A 2KTBB 5II1A 5FE2A 5H85A 4QEWA 5EI4A 5ENGA 3HMFA 5FE5A 4KV1A 4MR6A 5E74A 4QNSA 3P1DA 4HBYA 2YEKA 3Q2FA 2YEMA 4J0RA 5F60A 5EWVA 5F2PA 4ZC9A 5EPRA 5A7CA 2YYNA 2YQDA 2RNYA 5EICA 4CUQA 4QEUA 2R0VA 3QZSA 5ENJA 3U5MA 4TYLA 4NS5A 5HLSA 5K29A 3U5LA 4TU6A 4IR3A 5KTUA 4MEOA 2N9GA 4YC9A 5HQ6A 5DFBA 3MB3A 4ALGA 4LZSA 5D25A 5DW1A 4TT6A 4LYSA 2G4AA 5I40A 4PCIA 4X2IA 5FFYA 4YBMA 5CUGA 3QZVA 2L85A 4MENA 4YY6A 2DVRA 5KHMA 5A85A 4Q0NA 3UV2A 4UIUA 4CL9A 4NR5A 5H1TA 2I7KA 5HENA 3LQIA 4LRGA 4YYGA 3SVHA 3K2JA 3U5OA 2RFJA 4QSUA 5D3HA 4CUUA 3IU5A 5IGKA 4NUCA 3SVGA 3AQAA 5II2A 4BHWA 4J0SA 4O76A 4A9IA 4O75A 4RVRA 5F1LA 5CQ8A 4CLBA 3ONIA 3LJWA 5DW2A 5CUCA 5HELA 2YW5A 2GRCA 4YYHA 5CRMA 3O33A 4HXOA 4NYXA 5I7XA 5HRXA 2RNXA 4YBSA 4BW3A 2LSPB 5EPSA 3DAIA 2L84A 5D3RA 5A82A 4YATA 5KTXA 4FLPA 5LKUA 1JSPB 4UYFB 5DKDA 4O71A 5L98A 3I3JA 5EM3A 5FG6A 3P1FA 5CP5A 4PY6A 5AMEA 5L96A 4UIYA 4O78A 3UVDA 3U5JA 5BT4A 4J3IA 4LZ2A 3U5PA 5A5PA 5EGUA 5E9IA 5F63A 5D3TA 5IGMA 5AD2A 2OUOA 4NRAA 4O77A 2L5EA 5F1HA 3HMHA 1F68A 3P1CA 5I1QA 5E9VA 5EK9A 5D3NA 4PS5A 4YBTA 4HBWA 2DVVA 4TS8A 5J0DA 4HXPA 5L8TA 4YYJA 5KU3A 3AADA 3JVJA 4IOOA 2E3KA 5ENHA 4MR4A 4NQNA 5HFRA 4CUPA 5C87A 5HEMA 4NUDA 3Q2EA 4NR4A 5CUAA 3NXBA 5A5OA 4O74A 5C8GA 3DWYA 4QC1A 4QUTA 4CUSA 5FH7A 4A9LA 4J1PA 5CQ5A 5E9KA 4XY8A 4WHWA 3JVKA 2E7NA 5F3AA 2DATA 4UYEA 4A9MA 4QZSA 5FE0A 4C66A 4UITA 5G4RA 5LJ2A 5F25A 5EWWA 1WUMA 4HXNA 4HXKA 4F3IA 5LJ0A 4Z1QA 4QSSA 4Z6IA 5DYUA 5FFWA 4QR3A 4O70A 4HXRA 2YDWA 3UV5A 5CQ7A 5A5NA 4NR8A 5FFVA 5I89A 3MUKA 5C7NA 2F6NA 5D24A 4QSQA 5I29A 5HFQA 5C85A 3P1EA 5E73A 2OO1A 5E9YA 4NXJA 5CQTA 5DLXA 5IIDA 5FE9A 4TQNA 4LDFA 4OGJA 1WUGA 5CUEA 3LQHA 4Y03A 4YYKA 4O7BA 5FG4A 4ZW1A 4LYWA 5EWDA 5H1UA 4ALHA 4UIVA 5HQ7A 4HXSA 5D3SA 4PCEA 4TT4A 5AMFA 3D7CA 5IG6A 4C67A 4QBMA 4UYFA 5DFCA 4QR5A 2R0YA 3FKMX 5E0RA 3ZYUA 5DLZA 4LR6A 1E6IA 5JWMA 1X0JA 3UVWA 5FB1A 4CFKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3IU6A 5I86A 5EVAA 4HBVA 5LVRA 4QSXA 4QB3A 2DKWA 5E3GA 5I7YA 4TT2A 4A9FA 4AKNA 3S92A 4BW2A 5FH8A 5A81A 5CPEA 2R10A 3GG3A 5HRVA 5HQ5A 4NYWA 5FG5A 3UV4A 2MJVB 4N4IA 3MXFA 5CTLA 3VKHA 4TZ2A 3MULA 5CGPA 2OSSA 4NYVA 4N4GA 2RNWA 4GPJA 4PTBA 4YYDA 5ACYA 2I8NA 5CU8A 4XUAA 5FB0A 5AD3A 3JVLA 5ETDA 4O7EA 4A9OA 5G4SA 4YYNA 5F5ZA 3MQMA 5F61A 4YABA 4MEQA 5EV9A 4QY4A 3O37A 3SVFA 3RCWA 4AKGA 5CQ4A 2WP1A 2YELA 4MR5A 2RO1A 4KCXA 4CURA 4YH4A 2H60A 5EISA 5CS8A 5D0CA 3O35A 3O34A 3LQJA 3LXJA 3UVYA 4CUTA 5FE7A 5HM0A 5EU1A 5D3LA 4Z93A 4NR9A 5CY9A 2D9EA 5E7DA 5L97A 5ENBA 4MEPA 5EPBA 5CQ6A 3TLPA 2FSAA 5FH6A 5ENCA 4KV4A 4YAXA 2R0SA 5COIA 5TCMA 5CRZA 5EQ1A 4AKHA 5HRWA 4OUFA 3P5OA 5FDZA 5EWHA 4LYIA 5L8UA 4TTEA 5F36A 4UIXA 4UYGA 3JVMA 4TZ8A 5H1VA 4MR3A 5L99A 5E9LA 4QUUA 4NQMA 4NR7A 5ETBA 5F62A 5FE3A 5E3DA 4AI6A 4YADA 5BT5A 1PUOA 4IR5A 4A9JA 4O7CA 5D7XA 5DYAA 2E7OA 3O36A 5D26A 4XY9A 4QEVA 5DYCA 4YYIA 5I83A 5FE8A 4N4HA 5DKCA 5LKZA 5IGNA 4IR4A 2D82A 4A9KA 4IORA 5D3JA 5DYXA 5KTWA 2RS9B 4A9HA 4QR4A 4NUEA 1JM4B 4QSPA 4UYDA 2DVSA 5D3PA 3UVXA 4O7FA 4E96A 4WIVA 5A5QA 5CZGA 4IR6A 4NRBA 4XYAA 5EP7A 5CUDA 5FE6A 5FE4A 5A5SA 3QZTA 4QC3A 5IBNA 3ERRA 4IOQA 5C89A 2F6JA 4NRCA 5ENFA 5CFWA 3D1BA 4Z1SA 2WP2A 4XUBA 4ZQLA 4QSTA 4TU4A 5A5RA 1N72A 3U5KA 5KO4A 4YK0A 4QSVA 3S91A 4DONA 2NXBA 5DBMA 3MB4A 5EA1A 5JI8A 5A83A 5ENEA 5I80A 3G0JA 4HBXA 5CUBA 4A9EA 4BW1A 3U5NA 4Q0OA 4QSWA 4A9NA 4QSRA 4Z6HA 4HXLA 4LC2A 4OGIA 5DKHA 5I88A 4QYLA 4UIWA 4BW4A 4CFLA 1ZS5A 3UW9A 3D1DA 5CQ3A 3HMEA 5DFDA 2RI7A 5LUUA 5E9MA 5C4QA 2EJNA 4QYDA 5IGLA 5BT3A 2DWWA 5ENIA 4UIZA 4UYHA 4O72A 3G0LA 5LJ1A 5FE1A 5HCLA 5CQAA 4PKLA 4NR6A 5LVQA 4YY4A 5TB6A 5LKXA 4WHUA 4LZRA 5HJCA 5FBXA 4O7AA 5DX4A 4HXMA 2DVQA 4N3WA 5DY7A 4N4FA 4YYMA 1EQFA 5LKTA 4BJXA 5EWCA 4YH3A 2KTBB 5II1A 5FE2A 5H85A 4QEWA 5EI4A 5ENGA 3HMFA 5FE5A 4KV1A 4MR6A 5E74A 4QNSA 3P1DA 4HBYA 2YEKA 3Q2FA 2YEMA 4J0RA 5F60A 5EWVA 5F2PA 4ZC9A 5EPRA 5A7CA 2YYNA 2YQDA 2RNYA 5EICA 4CUQA 4QEUA 2R0VA 1ZKRA 3QZSA 5ENJA 3U5MA 4TYLA 4NS5A 5HLSA 5K29A 3U5LA 4TU6A 4IR3A 5KTUA 4MEOA 2N9GA 4YC9A 5HQ6A 5DFBA 3MB3A 4ALGA 4LZSA 5D25A 5DW1A 4TT6A 4LYSA 2G4AA 5I40A 4PCIA 4X2IA 5FFYA 4YBMA 5CUGA 3QZVA 2L85A 4MENA 4YY6A 4AKIA 2DVRA 5KHMA 5A85A 4Q0NA 3UV2A 4UIUA 4CL9A 4NR5A 5H1TA 2I7KA 5HENA 3LQIA 4LRGA 4YYGA 3SVHA 3K2JA 3U5OA 2RFJA 4QSUA 5D3HA 4CUUA 3IU5A 5IGKA 4NUCA 3SVGA 3AQAA 5II2A 4BHWA 4J0SA 4O76A 4A9IA 4O75A 4RVRA 5F1LA 5CQ8A 4CLBA 3ONIA 3LJWA 5DW2A 5CUCA 5HELA 2YW5A 2GRCA 4YYHA 5CRMA 3O33A 4HXOA 4NYXA 5I7XA 5HRXA 2RNXA 4YBSA 4BW3A 2LSPB 5EPSA 3DAIA 2L84A 5D3RA 5A82A 4YATA 5KTXA 4FLPA 5LKUA 1JSPB 4UYFB 5DKDA 4O71A 5L98A 3I3JA 5EM3A 5FG6A 3P1FA 5CP5A 4PY6A 5AMEA 5L96A 4UIYA 4O78A 3UVDA 3U5JA 5BT4A 4J3IA 4LZ2A 3U5PA 5A5PA 5EGUA 5E9IA 5F63A 5D3TA 5IGMA 5AD2A 2OUOA 4NRAA 4O77A 2L5EA 5F1HA 3HMHA 1F68A 3P1CA 5I1QA 5E9VA 5EK9A 5D3NA 4PS5A 4YBTA 4HBWA 2DVVA 4TS8A 5J0DA 4HXPA 5L8TA 4YYJA 5KU3A 3AADA 3JVJA 4IOOA 2E3KA 5ENHA 4MR4A 4NQNA 5HFRA 4CUPA 5C87A 5HEMA 4NUDA 3Q2EA 4NR4A 5CUAA 3NXBA 5A5OA 4O74A 5C8GA 3DWYA 4QC1A 4QUTA 4CUSA 5FH7A 4A9LA 4J1PA 5CQ5A 5E9KA 4XY8A 4WHWA 3JVKA 2E7NA 5F3AA 2DATA 4UYEA 4A9MA 4QZSA 5FE0A 4C66A 4UITA 5G4RA 5LJ2A 5F25A 5EWWA 1WUMA 4HXNA 4HXKA 4F3IA 5LJ0A 4Z1QA 4QSSA 4Z6IA 5DYUA 5FFWA 4QR3A 4O70A 4HXRA 2YDWA 3UV5A 5CQ7A 5A5NA 4NR8A 5FFVA 5I89A 3MUKA 5C7NA 2F6NA 5D24A 4QSQA 5I29A 5HFQA 5C85A 3P1EA 5E73A 2OO1A 5E9YA 4NXJA 5CQTA 5DLXA 5IIDA 5FE9A 4TQNA 4LDFA 4OGJA 1WUGA 5CUEA 3LQHA 4Y03A 4YYKA 4O7BA 5FG4A 4ZW1A 4LYWA 5EWDA 5H1UA 4ALHA 4UIVA 5HQ7A 4HXSA 5D3SA 4PCEA 4TT4A 5AMFA 3D7CA 5IG6A 4C67A 4QBMA 4UYFA 5DFCA 4QR5A 2R0YA 3FKMX 5E0RA 3ZYUA 5DLZA 4LR6A 3VKGA 1E6IA 5JWMA 1X0JA 3UVWA 5FB1A 4CFKA
chains in the Genus database with same CATH topology
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