4PCIA

Crystal structure of the first bromodomain of brd4 in complex with b16
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
126
structure length
126
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Discovery of BRD4 bromodomain inhibitors by fragment-based high-throughput docking.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transcription/transcription inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
total genus 43
structure length 126
sequence length 126
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-04-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4pciA01
4O7FA 5ENEA 5L96A 4YK0A 5BT3A 2RS9B 5C85A 5E3DA 5DLXA 4C67A 3IU6A 5DX4A 3MULA 4NS5A 5IIDA 5C8GA 4QC1A 3JVLA 4NR8A 5FE9A 5ENIA 3QZTA 2RNWA 5CQ3A 5HQ7A 4HBVA 5II1A 5FE3A 5AD2A 4BHWA 2F6NA 4KV4A 4YC9A 2I7KA 4YH4A 3MB4A 5FE7A 4UYEA 3I3JA 5I88A 5HEMA 3SVFA 5EWDA 4A9JA 4LC2A 4YYDA 3UVDA 1EQFA 5TCMA 3O36A 5I89A 5A7CA 5HM0A 5G4RA 4MR3A 5FG4A 5D0CA 4QSTA 4TT6A 4CUUA 4QB3A 2OO1A 5LJ0A 4NQMA 5FH7A 3O35A 2R0VA 4IR4A 4Z1QA 5EVAA 5ETDA 2YQDA 5CQTA 4YADA 3D7CA 5FE6A 5FFYA 3RCWA 4UITA 4XUAA 3MB3A 3TLPA 5A85A 4HBWA 4YYNA 1X0JA 4IOQA 4N4GA 5CU8A 4YBTA 5EPBA 5F2PA 5HRWA 5EPRA 5A5NA 4YY4A 5C7NA 5A5RA 4ZC9A 5CTLA 4YH3A 5E9MA 5HRXA 4QBMA 5A5PA 5F61A 5CUCA 5I80A 4J1PA 5EWVA 4LZSA 4ALGA 3QZVA 2DVVA 3UV4A 4Z93A 5FH8A 4OUFA 4QR5A 4BJXA 3LQJA 4LZ2A 2I8NA 3P1EA 4UIWA 4QUTA 5F3AA 2E7OA 3SVHA 2DATA 4UYFA 5D3SA 5CUEA 4QSXA 2LSPB 3U5NA 4UYHA 5CUDA 5FE1A 4HXSA 4LDFA 5TB6A 4XYAA 2RFJA 5HCLA 4A9NA 4LYIA 4A9OA 2YEMA 4MEPA 4NR9A 5DYXA 5I7XA 3FKMX 4O7EA 5CQ5A 4ALHA 5I1QA 5D3LA 2YYNA 5E9LA 5EP7A 3UV5A 4Z6HA 5FE4A 2DVRA 3UVXA 4Y03A 5FBXA 4GPJA 5F60A 5KU3A 4YABA 5DYAA 2YEKA 4CL9A 4UIYA 3MUKA 4NRAA 4HXPA 5J0DA 4BW1A 4QYDA 3LJWA 3P5OA 5EWHA 4TU4A 5HLSA 5CY9A 5CZGA 5ENFA 4A9EA 5DFCA 3LQHA 4O74A 4QSRA 4O77A 2D9EA 3UVWA 4MEQA 3SVGA 5LKZA 2DVQA 5A81A 4LYWA 4A9KA 5I83A 4A9MA 4NUDA 5DYUA 4TU6A 4A9HA 4E96A 4Z1SA 5C87A 2E7NA 5KTXA 2R10A 4CLBA 5I40A 5LUUA 4PS5A 5LKUA 3JVMA 5H1VA 5F62A 3GG3A 4IR5A 5CRZA 4A9IA 5LKXA 3U5PA 4UIZA 5F5ZA 4O76A 4UIVA 4YYMA 4QR3A 4HXLA 5F1LA 3G0JA 4ZW1A 5DKDA 5E9KA 5G4SA 3HMFA 5DW2A 2E3KA 4QC3A 4LYSA 5HJCA 4KCXA 5HQ6A 4MENA 4TS8A 4HXNA 4PTBA 3P1DA 2N9GA 3O33A 2L85A 4O75A 3DWYA 4HXRA 4MR4A 2KTBB 5DBMA 5HFRA 4RVRA 4TQNA 3U5MA 5K29A 5EQ1A 2GRCA 5JWMA 5A5SA 4HXOA 5FG5A 5CPEA 5ACYA 4PCIA 4HBYA 2WP2A 5HENA 4PKLA 2L5EA 4CFKA 4NR6A 4CUQA 4YYIA 5EU1A 4YYGA 2R0YA 4J0SA 5LKTA 4X2IA 3MQMA 4TT2A 5D3TA 4NYXA 2RNYA 5EV9A 5FFWA 4ZQLA 5LVQA 4Q0NA 5F1HA 1WUGA 3G0LA 4AKNA 4YBMA 4OGJA 5I29A 2YDWA 2F6JA 4QSUA 4LZRA 4QUUA 5CQ6A 1JM4B 4XUBA 3O34A 4PY6A 5C89A 4N3WA 5IGNA 4C66A 3JVJA 4IOOA 2YW5A 4QSQA 2WP1A 4NRBA 2DKWA 4QZSA 4YY6A 5CQAA 5FB1A 5FB0A 5CUAA 2OSSA 3NXBA 4YYKA 4TTEA 3U5LA 5HFQA 4IR6A 4J0RA 5L98A 4CUPA 4NQNA 5ENHA 5FG6A 4QSWA 1E6IA 5ETBA 5II2A 1F68A 4NUCA 5EI4A 5F36A 4BW3A 5E7DA 5A5OA 4OGIA 1ZS5A 5D3NA 3AADA 4QEVA 5EM3A 5I86A 4IORA 2RNXA 4DONA 1N72A 5E9IA 4F3IA 2OUOA 3UV2A 4BW4A 5D25A 4NYVA 4J3IA 5CP5A 5KHMA 5EISA 4UYDA 5EWWA 5FE5A 5KTUA 4O72A 4QR4A 4TYLA 4CUSA 5DYCA 3S91A 4QSSA 5IG6A 4LRGA 5H1TA 4HXMA 3UVYA 4XY8A 3LXJA 4IR3A 4O7BA 5ENBA 5FE8A 4YYHA 2L84A 4QSPA 4QEUA 5L8UA 3AQAA 4N4HA 5H1UA 5D3JA 4QSVA 4QY4A 4UYFB 3O37A 4NYWA 5I7YA 4QEWA 3UW9A 4UIUA 4TZ8A 4NR7A 5F63A 5IBNA 3QZSA 1JSPB 5EA1A 4O71A 5CQ7A 4YATA 4MEOA 5E73A 3HMEA 5E9VA 5E74A 5F25A 4QYLA 3U5OA 5CQ8A 4YBSA 5A82A 5L99A 5CS8A 5D7XA 5DLZA 5H85A 4Q0OA 4NR4A 5E0RA 5D26A 5EK9A 5AMEA 2RI7A 4TZ2A 5E3GA 2RO1A 4N4FA 4TT4A 5DY7A 4BW2A 3JVKA 2DVSA 3U5KA 2H60A 5A5QA 4O7CA 5CRMA 5ENGA 3IU5A 2NXBA 3HMHA 5D24A 1WUMA 5DFBA 4FLPA 5LJ2A 5AD3A 5LVRA 5AMFA 5L8TA 5DW1A 4HXKA 5D3PA 4O70A 4WHUA 4PCEA 5C4QA 5ENJA 5LJ1A 5CUBA 2FSAA 5IGMA 5HRVA 5E9YA 5COIA 4N4IA 4NXJA 3U5JA 4YYJA 4NUEA 5JI8A 2R0SA 2DWWA 4O78A 5CGPA 2G4AA 5DFDA 5IGLA 3P1FA 5EICA 5EPSA 4UYGA 4MR6A 2MJVB 3LQIA 5D3HA 4A9FA 2YELA 5BT5A 5HQ5A 2D82A 5FE2A 4MR5A 5D3RA 5A83A 5FFVA 4YAXA 5ENCA 5EWCA 4HBXA 5KO4A 5DKHA 4KV1A 5FDZA 4NRCA 3MXFA 4QNSA 5FH6A 3S92A 4O7AA 5BT4A 3ZYUA 4WHWA 3Q2FA 4CFLA 3DAIA 5L97A 3Q2EA 5CQ4A 4A9LA 5CFWA 3ONIA 4CUTA 4XY9A 5HELA 5KTWA 5FE0A 4Z6IA 4NR5A 4UIXA 5CUGA 5DKCA 4CURA 4WIVA 3K2JA 5EGUA 5IGKA 4LR6A 3P1CA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4O7FA 5ENEA 5L96A 4YK0A 5BT3A 2RS9B 5C85A 5E3DA 5DLXA 4C67A 3IU6A 5DX4A 3MULA 4NS5A 5IIDA 5C8GA 4QC1A 3JVLA 4NR8A 5FE9A 5ENIA 3QZTA 2RNWA 5CQ3A 3VKHA 5HQ7A 4HBVA 3D1DA 5II1A 5FE3A 5AD2A 4BHWA 2F6NA 4KV4A 4YC9A 2I7KA 4YH4A 3MB4A 5FE7A 4UYEA 3I3JA 5I88A 5HEMA 3SVFA 5EWDA 4A9JA 4LC2A 4YYDA 3UVDA 1EQFA 5TCMA 3O36A 5I89A 5A7CA 5HM0A 5G4RA 4MR3A 5FG4A 5D0CA 4QSTA 4TT6A 4CUUA 4QB3A 2OO1A 5LJ0A 4NQMA 5FH7A 3O35A 2R0VA 4IR4A 4Z1QA 5EVAA 5ETDA 2YQDA 5CQTA 4YADA 3D7CA 5FE6A 5FFYA 3RCWA 4UITA 4XUAA 3MB3A 3TLPA 5A85A 4HBWA 4YYNA 1X0JA 4IOQA 4N4GA 5CU8A 4YBTA 5EPBA 5F2PA 5HRWA 5EPRA 5A5NA 4YY4A 5C7NA 5A5RA 4ZC9A 5CTLA 4YH3A 5E9MA 5HRXA 4QBMA 5A5PA 5F61A 5CUCA 5I80A 4J1PA 5EWVA 4LZSA 4ALGA 3VKGA 3QZVA 2DVVA 3UV4A 4Z93A 3ERRA 5FH8A 4OUFA 4QR5A 4BJXA 3LQJA 4LZ2A 2I8NA 3P1EA 4UIWA 4QUTA 5F3AA 2E7OA 3SVHA 2DATA 4UYFA 5D3SA 5CUEA 4QSXA 2LSPB 3U5NA 4UYHA 5CUDA 5FE1A 4HXSA 4LDFA 5TB6A 4XYAA 2RFJA 5HCLA 4A9NA 4LYIA 4A9OA 2YEMA 4MEPA 4NR9A 5DYXA 5I7XA 3FKMX 4O7EA 5CQ5A 4ALHA 5I1QA 5D3LA 2YYNA 5E9LA 5EP7A 3UV5A 4Z6HA 5FE4A 2DVRA 3UVXA 4Y03A 5FBXA 4GPJA 5F60A 5KU3A 4YABA 5DYAA 2YEKA 4CL9A 4UIYA 3MUKA 4NRAA 4HXPA 5J0DA 4BW1A 4QYDA 3LJWA 3P5OA 5EWHA 4TU4A 5HLSA 5CY9A 5CZGA 5ENFA 4A9EA 5DFCA 3LQHA 4O74A 4QSRA 4O77A 2D9EA 3UVWA 4MEQA 3SVGA 5LKZA 2DVQA 5A81A 4LYWA 4A9KA 5I83A 4A9MA 4NUDA 5DYUA 4TU6A 4A9HA 4E96A 4Z1SA 5C87A 2E7NA 5KTXA 2R10A 4CLBA 5I40A 5LUUA 4PS5A 5LKUA 3JVMA 5H1VA 5F62A 3GG3A 4IR5A 5CRZA 4A9IA 5LKXA 3U5PA 4UIZA 5F5ZA 4O76A 4UIVA 4YYMA 4QR3A 4HXLA 5F1LA 3G0JA 4ZW1A 5DKDA 5E9KA 5G4SA 3HMFA 5DW2A 2E3KA 4QC3A 4LYSA 5HJCA 4KCXA 5HQ6A 4MENA 4TS8A 4HXNA 4PTBA 3P1DA 2N9GA 3O33A 2L85A 4O75A 3DWYA 4HXRA 4MR4A 2KTBB 5DBMA 5HFRA 4RVRA 4TQNA 3U5MA 5K29A 5EQ1A 2GRCA 5JWMA 5A5SA 4HXOA 5FG5A 5CPEA 5ACYA 4PCIA 4HBYA 2WP2A 5HENA 4PKLA 2L5EA 4CFKA 4NR6A 4CUQA 4YYIA 5EU1A 4YYGA 2R0YA 4J0SA 5LKTA 4X2IA 3MQMA 4TT2A 5D3TA 4NYXA 2RNYA 5EV9A 5FFWA 4ZQLA 5LVQA 4Q0NA 5F1HA 1WUGA 3G0LA 4AKNA 4YBMA 4OGJA 5I29A 2YDWA 2F6JA 4QSUA 4LZRA 4QUUA 5CQ6A 1JM4B 4XUBA 3O34A 4PY6A 5C89A 4N3WA 5IGNA 4C66A 3JVJA 4IOOA 2YW5A 4QSQA 2WP1A 4NRBA 2EJNA 2DKWA 4QZSA 4YY6A 5CQAA 5FB1A 5FB0A 5CUAA 2OSSA 3NXBA 4YYKA 4TTEA 3U5LA 5HFQA 4IR6A 4J0RA 5L98A 4CUPA 4NQNA 5ENHA 5FG6A 4QSWA 1E6IA 5ETBA 5II2A 1F68A 4NUCA 5EI4A 5F36A 4BW3A 5E7DA 5A5OA 4OGIA 1ZS5A 5D3NA 3AADA 4QEVA 5EM3A 5I86A 4IORA 2RNXA 4DONA 1PUOA 1N72A 5E9IA 4F3IA 2OUOA 3UV2A 4BW4A 5D25A 4NYVA 4J3IA 5CP5A 5KHMA 5EISA 4AKGA 4UYDA 5EWWA 5FE5A 5KTUA 4O72A 4QR4A 4TYLA 4CUSA 5DYCA 3S91A 4QSSA 5IG6A 4LRGA 5H1TA 4HXMA 3UVYA 4XY8A 3LXJA 4IR3A 4O7BA 5ENBA 5FE8A 4YYHA 1ZKRA 2L84A 4QSPA 4QEUA 5L8UA 3AQAA 4N4HA 5H1UA 5D3JA 4QSVA 4QY4A 4UYFB 3O37A 4NYWA 5I7YA 4QEWA 3UW9A 4UIUA 4TZ8A 4NR7A 5F63A 5IBNA 3QZSA 1JSPB 5EA1A 4O71A 5CQ7A 4YATA 4MEOA 5E73A 3HMEA 5E9VA 5E74A 5F25A 4QYLA 3U5OA 5CQ8A 4YBSA 5A82A 5L99A 5CS8A 5D7XA 5DLZA 5H85A 4Q0OA 4NR4A 5E0RA 5D26A 5EK9A 5AMEA 2RI7A 4TZ2A 5E3GA 2RO1A 4N4FA 4TT4A 5DY7A 4BW2A 3JVKA 2DVSA 3U5KA 2H60A 5A5QA 4O7CA 5CRMA 5ENGA 3IU5A 2NXBA 3HMHA 5D24A 1WUMA 5DFBA 4FLPA 5LJ2A 5AD3A 5LVRA 5AMFA 5L8TA 5DW1A 4HXKA 5D3PA 4O70A 4WHUA 4AKHA 4PCEA 5C4QA 5ENJA 5LJ1A 5CUBA 2FSAA 5IGMA 5HRVA 5E9YA 5COIA 4N4IA 4NXJA 3U5JA 4YYJA 4NUEA 5JI8A 2R0SA 2DWWA 4O78A 5CGPA 4AKIA 2G4AA 5DFDA 5IGLA 3P1FA 5EICA 5EPSA 4UYGA 4MR6A 2MJVB 3LQIA 5D3HA 4A9FA 2YELA 5BT5A 5HQ5A 2D82A 5FE2A 4MR5A 5D3RA 5A83A 5FFVA 4YAXA 5ENCA 5EWCA 4HBXA 5KO4A 5DKHA 4KV1A 5FDZA 4NRCA 3MXFA 4QNSA 5FH6A 3S92A 4O7AA 4AI6A 5BT4A 3ZYUA 4WHWA 3Q2FA 4CFLA 3DAIA 5L97A 3Q2EA 5CQ4A 4A9LA 5CFWA 3ONIA 4CUTA 4XY9A 5HELA 5KTWA 5FE0A 4Z6IA 4NR5A 4UIXA 5CUGA 5DKCA 4CURA 4WIVA 3K2JA 5EGUA 5IGKA 3D1BA 4LR6A 3P1CA
chains in the Genus database with same CATH topology
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