4YY6A

Crystal structure of brd9 bromodomain bound to a butyryllysine peptide
Total Genus 36
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
36
sequence length
102
structure length
102
Chain Sequence
STPIQQLLEHFLRQLQRKDPHGFFAFPVTDAIAPGYSMIIKHPMDFGTMKDKIVANEYKSVTEFKADFKLMCDNAMTYNRPDTVYYKLAKKILHAGFKMMSK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title A Subset of Human Bromodomains Recognizes Butyryllysine and Crotonyllysine Histone Peptide Modifications.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bromodomain-containing protein 9
molecule tags Protein binding
source organism Homo sapiens
total genus 36
structure length 102
sequence length 102
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-03-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4yy6A00
5D3NA 4BW3A 5LUUA 3TLPA 4O74A 5DFBA 1JSPB 3GG3A 4YY4A 4YYJA 4UIWA 5F1LA 4FLPA 4UIUA 5D7XA 4C66A 4X2IA 5DKDA 5DW2A 4N4IA 5DW1A 4QUUA 5C4QA 4O71A 4OUFA 2OUOA 5DYAA 2YYNA 5LVQA 2RS9B 3O37A 5FH6A 4N4FA 3QZVA 3NXBA 5DFCA 5EWDA 5EI4A 5TB6A 3DAIA 4BW1A 4YYNA 3K2JA 5ETBA 4MR5A 4PKLA 2G4AA 4QEUA 2WP1A 4O77A 4O7EA 5I40A 4C67A 3P1FA 4PS5A 4QSTA 3ZYUA 5LKTA 4XUBA 5CUAA 4QUTA 4QSXA 5FFVA 5HRWA 5CQ8A 2YQDA 5D3JA 5ENGA 4TZ2A 2F6JA 2RI7A 4CUPA 4TU6A 5L8TA 2DWWA 5IGKA 3UV5A 3O35A 4LC2A 5II2A 5F5ZA 5FE8A 4QB3A 5BT3A 5CP5A 4NUCA 5D3LA 5CQ6A 4Q0OA 4QEVA 5E3GA 4DONA 4CUQA 5FE0A 5HCLA 4UIXA 4XY9A 4O72A 4YYGA 4MR6A 4UIYA 4YBMA 4MENA 5LKXA 4WHUA 4CLBA 5I7YA 3LQJA 4TZ8A 3AQAA 4NS5A 4WIVA 3U5MA 3HMEA 4PCIA 5HM0A 3O34A 4UYHA 5D26A 4XY8A 5DFDA 2DATA 3ONIA 3JVLA 4IORA 5CQ3A 4N3WA 3Q2FA 5I1QA 4N4GA 4RVRA 5DLXA 3P5OA 5E9VA 2D9EA 4YC9A 5D24A 3JVMA 4QSSA 4NRCA 4CURA 4J0RA 5H1VA 3P1DA 5CQ4A 5A5RA 4XYAA 5FB0A 5C87A 4UYEA 5IGMA 5D3HA 4A9KA 5FE6A 2RNWA 5KU3A 5CUBA 5E73A 4ZC9A 5L96A 1WUMA 4QZSA 5EQ1A 4YYDA 5HENA 5FE2A 5C89A 4NR9A 5ENBA 5D3TA 5DBMA 5EWCA 1WUGA 4NR7A 5AD3A 4QR3A 3RCWA 5CGPA 5EA1A 4NR8A 2MJVB 3MB3A 3SVGA 5EU1A 5HJCA 4NQMA 4QSWA 4A9FA 5JWMA 3U5KA 5FBXA 4ALHA 4YY6A 3MULA 4IR4A 4OGIA 5CPEA 5E9KA 5JI8A 5ENEA 2R0VA 4KV4A 5ENCA 5H85A 5HQ7A 4UYGA 2R0YA 5CUEA 4YYHA 3IU6A 5FG6A 5HFRA 5D25A 4TU4A 5ACYA 3JVKA 5HEMA 4E96A 4A9MA 2R10A 5F60A 3LXJA 5A5NA 2DVSA 4MEOA 4Y03A 4CUUA 5HQ5A 3LJWA 4LYWA 5CQTA 5EWHA 4LYIA 5FE3A 3UW9A 2YDWA 5I86A 4HBXA 5L99A 5EWVA 5CUCA 1ZS5A 4NR4A 4AKNA 3MXFA 3MQMA 4Q0NA 2OO1A 4YYKA 1X0JA 5A5OA 5ENIA 4HXKA 4J1PA 5EPRA 3G0LA 5II1A 5CFWA 4A9NA 4Z6IA 2I7KA 4KCXA 2YEKA 4BJXA 5I83A 4HXOA 4N4HA 3U5OA 4NUDA 3P1EA 4LR6A 4O75A 3U5LA 3QZSA 2YELA 5DY7A 4HXRA 5FG4A 2I8NA 4UIZA 5D3RA 5IG6A 5HFQA 4TTEA 3S91A 4NRAA 4NYWA 4O78A 5LJ2A 4HBVA 4O7BA 4MR3A 2E7NA 5CQAA 4NXJA 4LZSA 5F3AA 3S92A 2F6NA 4QR5A 4UIVA 5CTLA 4NR5A 5HELA 5H1UA 5I80A 4A9LA 4F3IA 5F2PA 3DWYA 5H1TA 5G4RA 3G0JA 4TT2A 4A9IA 4TT4A 5AD2A 3UVDA 5EISA 5CY9A 4A9OA 4QSUA 5DKHA 4HBWA 5FE5A 3MB4A 5HRXA 5DYUA 3UV4A 5KTUA 4CUSA 4MR4A 2DVVA 5E9IA 5KTWA 1E6IA 4IOQA 4KV1A 5C8GA 5K29A 2GRCA 3U5PA 5FH7A 4QSVA 5EK9A 2E7OA 5LJ0A 5EICA 4NYXA 2E3KA 2DKWA 4LZ2A 4YAXA 5I7XA 4IR6A 5FE4A 5AMFA 3SVHA 4QSPA 5G4SA 5CRMA 5F1HA 2DVQA 5LJ1A 5AMEA 4Z6HA 4PTBA 2L85A 4QY4A 5DYXA 4CFKA 4HXSA 3SVFA 3Q2EA 4LRGA 4Z93A 5F63A 4O7FA 5ETDA 5A7CA 5E9YA 5DKCA 3O33A 4YBTA 4LDFA 4QEWA 4BW2A 4NUEA 5HLSA 2RFJA 5COIA 4QC1A 3FKMX 4PCEA 4HBYA 5KO4A 4YYIA 4QBMA 4QC3A 5A83A 2OSSA 4J0SA 5CUDA 1F68A 2L84A 4IR3A 4QSRA 3UVYA 4QR4A 1N72A 4TT6A 3U5JA 4NQNA 5F61A 2DVRA 4Z1SA 2N9GA 5EGUA 5I88A 4IR5A 4UITA 4J3IA 2YEMA 2R0SA 3UVXA 2FSAA 3LQIA 4TYLA 5FH8A 5E74A 3QZTA 4IOOA 5FE9A 4XUAA 3LQHA 3IU5A 4WHWA 5C85A 5HRVA 2YW5A 4O76A 5CQ5A 5A5PA 3AADA 4UYDA 5F25A 5EP7A 5FFYA 3O36A 5A81A 4TQNA 5FFWA 3HMHA 4YK0A 2RNXA 5E9MA 5KTXA 4YABA 5L8UA 4ALGA 5EV9A 4CL9A 5E3DA 5CUGA 5F62A 5A5QA 5E7DA 4BW4A 4LZRA 4TS8A 4HXNA 5IGLA 5LKUA 5LVRA 5CQ7A 3P1CA 1JM4B 4MEPA 5IBNA 5D3SA 5DLZA 4YH3A 4QYDA 5EVAA 3UV2A 3MUKA 5C7NA 4OGJA 3D7CA 5EPSA 2WP2A 4YADA 4PY6A 4ZQLA 4O7AA 5DYCA 5A85A 5CS8A 5L98A 4O70A 4QNSA 4QSQA 4YATA 5CZGA 5CRZA 5D0CA 5ENJA 5BT5A 5FB1A 5IGNA 5J0DA 5TCMA 2L5EA 4YH4A 5EPBA 3I3JA 4A9JA 1EQFA 3U5NA 5EWWA 5HQ6A 4HXMA 5L97A 5KHMA 2RNYA 5DX4A 5D3PA 2RO1A 2H60A 5IIDA 5FDZA 5I89A 5CU8A 4GPJA 4CUTA 5LKZA 4MEQA 5F36A 4UYFA 3UVWA 3JVJA 4NRBA 4HXPA 4QYLA 2KTBB 4O7CA 4Z1QA 2D82A 5E0RA 4CFLA 2LSPB 4YYMA 4UYFB 5I29A 4NYVA 4HXLA 4LYSA 5FG5A 5FE7A 5ENHA 5FE1A 4ZW1A 5A5SA 2NXBA 4A9HA 5ENFA 5A82A 4BHWA 4YBSA 5BT4A 3HMFA 4NR6A 5EM3A 4A9EA 5E9LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5D3NA 4BW3A 5LUUA 3TLPA 4O74A 5DFBA 1JSPB 3GG3A 4YY4A 4YYJA 4UIWA 5F1LA 4FLPA 4UIUA 5D7XA 4C66A 4X2IA 5DKDA 5DW2A 4N4IA 5DW1A 4QUUA 5C4QA 4O71A 4OUFA 2OUOA 5DYAA 2YYNA 5LVQA 2RS9B 3O37A 5FH6A 4N4FA 3QZVA 3NXBA 5DFCA 5EWDA 5EI4A 5TB6A 3DAIA 4BW1A 4YYNA 3K2JA 5ETBA 4MR5A 4PKLA 2G4AA 4QEUA 2WP1A 4O77A 4O7EA 5I40A 4C67A 3P1FA 4PS5A 4QSTA 3ZYUA 5LKTA 4XUBA 5CUAA 4QUTA 4QSXA 4AKHA 5FFVA 5HRWA 5CQ8A 2YQDA 5D3JA 5ENGA 4TZ2A 1ZKRA 2F6JA 2RI7A 4CUPA 4TU6A 5L8TA 2DWWA 5IGKA 3UV5A 3O35A 4LC2A 5II2A 2EJNA 5F5ZA 5FE8A 4QB3A 5BT3A 5CP5A 4NUCA 5D3LA 5CQ6A 4Q0OA 4QEVA 5E3GA 4DONA 4CUQA 5FE0A 5HCLA 4UIXA 4XY9A 4O72A 4YYGA 4MR6A 4UIYA 4YBMA 4MENA 5LKXA 4WHUA 4CLBA 5I7YA 3LQJA 4TZ8A 3AQAA 4NS5A 4WIVA 3U5MA 3HMEA 4PCIA 5HM0A 3O34A 4UYHA 5D26A 4XY8A 5DFDA 2DATA 3ONIA 3JVLA 4IORA 5CQ3A 4N3WA 3Q2FA 5I1QA 4N4GA 4RVRA 5DLXA 3P5OA 5E9VA 2D9EA 4YC9A 5D24A 3JVMA 4QSSA 4NRCA 4CURA 4J0RA 5H1VA 3P1DA 5CQ4A 5A5RA 4XYAA 5FB0A 5C87A 4UYEA 5IGMA 5D3HA 4A9KA 5FE6A 2RNWA 5KU3A 5CUBA 5E73A 4ZC9A 5L96A 1WUMA 4QZSA 5EQ1A 4YYDA 5HENA 5FE2A 5C89A 4NR9A 5ENBA 5D3TA 5DBMA 5EWCA 1WUGA 4NR7A 5AD3A 4QR3A 3RCWA 5CGPA 5EA1A 4NR8A 2MJVB 3MB3A 3SVGA 5EU1A 5HJCA 4NQMA 4QSWA 4A9FA 5JWMA 3U5KA 5FBXA 4ALHA 4YY6A 3MULA 4IR4A 4OGIA 5CPEA 5E9KA 5JI8A 5ENEA 2R0VA 4KV4A 5ENCA 5H85A 5HQ7A 4UYGA 2R0YA 5CUEA 4YYHA 3IU6A 5FG6A 5HFRA 5D25A 4TU4A 5ACYA 3JVKA 5HEMA 4E96A 4A9MA 2R10A 5F60A 3LXJA 5A5NA 2DVSA 4MEOA 4Y03A 4CUUA 5HQ5A 3LJWA 4LYWA 5CQTA 5EWHA 4LYIA 5FE3A 3UW9A 3D1BA 2YDWA 5I86A 4HBXA 5L99A 5EWVA 5CUCA 1ZS5A 4NR4A 4AKNA 3MXFA 3MQMA 4Q0NA 2OO1A 4YYKA 1X0JA 5A5OA 5ENIA 4HXKA 4J1PA 5EPRA 3G0LA 5II1A 5CFWA 4A9NA 4Z6IA 2I7KA 4KCXA 2YEKA 4BJXA 1PUOA 5I83A 4HXOA 4N4HA 3U5OA 4NUDA 3P1EA 4LR6A 4O75A 3U5LA 3QZSA 2YELA 5DY7A 4HXRA 5FG4A 2I8NA 4UIZA 5D3RA 5IG6A 5HFQA 4TTEA 3S91A 4NRAA 4NYWA 4O78A 5LJ2A 4HBVA 4O7BA 4MR3A 2E7NA 5CQAA 4NXJA 4LZSA 4AKIA 5F3AA 3S92A 2F6NA 4QR5A 4UIVA 5CTLA 4NR5A 5HELA 5H1UA 5I80A 4A9LA 4F3IA 5F2PA 3DWYA 5H1TA 5G4RA 3G0JA 4TT2A 4A9IA 4AKGA 4TT4A 5AD2A 3UVDA 5EISA 5CY9A 4A9OA 4QSUA 5DKHA 4HBWA 5FE5A 3MB4A 5HRXA 5DYUA 3UV4A 5KTUA 4CUSA 4MR4A 2DVVA 5E9IA 5KTWA 1E6IA 4IOQA 4KV1A 5C8GA 5K29A 2GRCA 3U5PA 5FH7A 4QSVA 5EK9A 2E7OA 5LJ0A 5EICA 4NYXA 2E3KA 2DKWA 4LZ2A 4YAXA 5I7XA 4IR6A 5FE4A 5AMFA 3SVHA 4QSPA 5G4SA 5CRMA 5F1HA 2DVQA 5LJ1A 5AMEA 4Z6HA 4PTBA 2L85A 4QY4A 5DYXA 4CFKA 4HXSA 3SVFA 3Q2EA 4LRGA 4Z93A 5F63A 4O7FA 5ETDA 5A7CA 5E9YA 3ERRA 5DKCA 3O33A 4YBTA 4LDFA 4QEWA 4BW2A 4NUEA 5HLSA 2RFJA 5COIA 4QC1A 3FKMX 4PCEA 4HBYA 5KO4A 3VKHA 4YYIA 4QBMA 4QC3A 5A83A 2OSSA 4J0SA 5CUDA 1F68A 2L84A 4IR3A 4QSRA 3UVYA 4QR4A 1N72A 4TT6A 3U5JA 4NQNA 5F61A 2DVRA 4Z1SA 2N9GA 5EGUA 5I88A 4IR5A 4UITA 4J3IA 2YEMA 2R0SA 3UVXA 2FSAA 3LQIA 4TYLA 5FH8A 5E74A 3QZTA 4IOOA 5FE9A 4XUAA 3LQHA 3IU5A 4WHWA 5C85A 5HRVA 2YW5A 4O76A 4AI6A 5CQ5A 5A5PA 3AADA 4UYDA 5F25A 5EP7A 5FFYA 3O36A 5A81A 4TQNA 5FFWA 3HMHA 4YK0A 2RNXA 5E9MA 5KTXA 4YABA 5L8UA 4ALGA 5EV9A 4CL9A 3D1DA 5E3DA 5CUGA 5F62A 5A5QA 5E7DA 4BW4A 4LZRA 4TS8A 4HXNA 5IGLA 5LKUA 5LVRA 5CQ7A 3P1CA 1JM4B 4MEPA 5IBNA 5D3SA 5DLZA 4YH3A 4QYDA 5EVAA 3UV2A 3MUKA 5C7NA 4OGJA 3D7CA 5EPSA 2WP2A 4YADA 4PY6A 4ZQLA 4O7AA 5DYCA 5A85A 5CS8A 5L98A 4O70A 4QNSA 4QSQA 4YATA 5CZGA 5CRZA 5D0CA 5ENJA 5BT5A 5FB1A 5IGNA 5J0DA 5TCMA 2L5EA 4YH4A 5EPBA 3I3JA 4A9JA 1EQFA 3U5NA 5EWWA 5HQ6A 4HXMA 5L97A 5KHMA 2RNYA 5DX4A 5D3PA 2RO1A 2H60A 5IIDA 5FDZA 5I89A 3VKGA 5CU8A 4GPJA 4CUTA 5LKZA 4MEQA 5F36A 4UYFA 3UVWA 3JVJA 4NRBA 4HXPA 4QYLA 2KTBB 4O7CA 4Z1QA 2D82A 5E0RA 4CFLA 2LSPB 4YYMA 4UYFB 5I29A 4NYVA 4HXLA 4LYSA 5FG5A 5FE7A 5ENHA 5FE1A 4ZW1A 5A5SA 2NXBA 4A9HA 5ENFA 5A82A 4BHWA 4YBSA 5BT4A 3HMFA 4NR6A 5EM3A 4A9EA 5E9LA
chains in the Genus database with same CATH topology
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