5C85A

Crystal structure of the human brpf1 bromodomain in complex with seed1
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
112
structure length
112
Chain Sequence
MQLTPFLILLRKTLEQLQEKDTGNIFSEPVPLSEVPDYLDHIKKPMDFFTMKQNLEAYRYLNFDDFEEDFNLIVSNCLKYNAKDTIFYRAAVRLREQGGAVLRQARRQAEKM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Twenty Crystal Structures of Bromodomain and PHD Finger Containing Protein 1 (BRPF1)/Ligand Complexes Reveal Conserved Binding Motifs and Rare Interactions.
pubmed doi rcsb
molecule tags Dna binding protein
source organism Homo sapiens
molecule keywords Peregrin
total genus 41
structure length 112
sequence length 112
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-06-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5c85A00
4HBVA 5E9IA 1JSPB 4N4FA 2RFJA 3Q2FA 3SVHA 4N4GA 5TB6A 4LYSA 4QR4A 4PS5A 4XY8A 5EWHA 4RVRA 4Q0OA 1N72A 5HRVA 4YBMA 4QC1A 4WIVA 3U5LA 2MJVB 4IOOA 4CFKA 5EPSA 4MR4A 5CUGA 3I3JA 4Z1QA 4HXOA 4A9EA 3O36A 5CQ6A 3U5JA 5II2A 3UVXA 5CQAA 5EV9A 3IU6A 2G4AA 4QZSA 2R0SA 5CQ7A 5G4RA 5FBXA 5ENCA 3S92A 5BT5A 4BW1A 4O70A 5FFYA 4A9NA 5A5SA 4QEWA 4QSTA 2RO1A 4E96A 3QZTA 4Z1SA 4O78A 2DVVA 5CQTA 4IR4A 3JVMA 4UIWA 5CUEA 5A82A 5I1QA 4IR6A 5EGUA 3U5MA 5FH7A 4O7BA 5C87A 3P1FA 5KTUA 5IGLA 4HXSA 3U5PA 4QSRA 4LYIA 5FE2A 3D7CA 5LKZA 3MXFA 4UIYA 5AD2A 5CY9A 3MUKA 5FE6A 5H1VA 2RNYA 3O37A 3DWYA 5I29A 3P1EA 3U5OA 4O74A 4MEOA 4NR4A 5EK9A 2DVSA 3LQIA 4IORA 5EVAA 5A5RA 4LZRA 4A9FA 5I80A 3O34A 5FE9A 1E6IA 4N4HA 5AD3A 5FE4A 5HQ7A 4CUUA 5HRXA 3JVJA 3QZSA 5A5QA 2DATA 4HBWA 4NYVA 4A9KA 5A5PA 5ENFA 5CQ4A 5HCLA 4A9MA 2YDWA 5LJ2A 5HENA 5L98A 4Z6HA 5HM0A 4HXMA 4OUFA 4GPJA 5D3NA 4MENA 5EPBA 4CUQA 1WUGA 5JWMA 4Q0NA 4X2IA 4LZSA 2I7KA 5HQ6A 3Q2EA 5A83A 4QC3A 2NXBA 5D3JA 5DBMA 4QUTA 4QEVA 5EQ1A 4LR6A 5DFCA 4PKLA 4YH3A 4C67A 5TCMA 5I88A 4YBTA 4LDFA 2L5EA 5EA1A 4NYXA 5L8UA 2DVRA 4YATA 4ZQLA 5H1TA 4A9OA 4LC2A 5CRZA 5CU8A 5KU3A 2R10A 4XYAA 1WUMA 4YAXA 5AMEA 5E9VA 3JVKA 4YC9A 2RS9B 5LVRA 4KV4A 4PCIA 4MEPA 5ENHA 4QUUA 5IGMA 5F2PA 4IOQA 4LRGA 4TTEA 4YY4A 3LQHA 5K29A 4QSVA 2RNXA 3HMHA 5ETDA 4QR3A 5F63A 3LJWA 4NQNA 3MQMA 3AADA 1ZS5A 5CQ8A 4CUTA 2OSSA 5C7NA 5FB1A 4J3IA 5FE1A 5D0CA 5FH6A 4OGJA 5FFVA 3S91A 2F6JA 2D9EA 5CTLA 5FDZA 3MULA 4O7FA 5ENJA 4CFLA 5F62A 4NYWA 4UYEA 2DKWA 4UYGA 4YK0A 5D3PA 3UVDA 5AMFA 5CUCA 5D7XA 2FSAA 5CP5A 5EPRA 3GG3A 5A81A 4QY4A 5E74A 4WHWA 5FE0A 2RI7A 5I89A 5A7CA 4TZ8A 4Z6IA 5EWCA 4UYFA 3SVGA 4QYDA 5CFWA 5COIA 2F6NA 2YELA 3AQAA 5CQ3A 5CRMA 5LUUA 5FE3A 4XY9A 5EU1A 5FH8A 5DKDA 3DAIA 4YYHA 5E0RA 4YADA 5DKHA 2D82A 3G0LA 5FG4A 5ENIA 4O7EA 4BW3A 5F1LA 5IGKA 4J0RA 5FB0A 3UV2A 3K2JA 3NXBA 4QBMA 5DLXA 4BJXA 4YH4A 4UIUA 5E3DA 5F1HA 2OUOA 5FFWA 4TQNA 5EICA 4O76A 4MR3A 4A9JA 5CS8A 5E9LA 5CUAA 4CUSA 4CUPA 5HEMA 5HFQA 4OGIA 5BT3A 5J0DA 4NXJA 4HXPA 4MEQA 5CUDA 5I7YA 5DX4A 2E7NA 5BT4A 4CL9A 5EP7A 5FE5A 4QSQA 4HXKA 2E7OA 4QB3A 3P1CA 4IR5A 3G0JA 4O7AA 4J1PA 4KCXA 3ONIA 4NRBA 2N9GA 3HMFA 5L96A 4BW2A 5LJ0A 5F60A 5LKXA 4YYJA 4PY6A 2KTBB 4NUDA 4PCEA 4F3IA 4UYFB 5ENGA 4QNSA 5F25A 3LXJA 3U5KA 4A9HA 4O71A 4TU4A 5CGPA 5EWWA 5H1UA 5IIDA 5HQ5A 5ACYA 4TZ2A 4YYKA 4Z93A 4UIVA 3UW9A 5I40A 5D3LA 2R0YA 5DW2A 3MB4A 5D3RA 5A85A 4CLBA 5A5OA 4WHUA 4ZW1A 4XUBA 5FE7A 4N3WA 4NQMA 5II1A 5HRWA 5EI4A 4LZ2A 5H85A 3SVFA 2DWWA 3TLPA 3ZYUA 5ENEA 4MR6A 1JM4B 5E9YA 2GRCA 3UV4A 4QYLA 4TS8A 2YQDA 4C66A 2YYNA 4YYIA 3LQJA 3RCWA 5EISA 4YYNA 5LKTA 5E7DA 4A9IA 4QSWA 4CURA 4XUAA 4TT2A 4QSSA 5HJCA 5LKUA 4BW4A 5FE8A 4AKNA 4NUEA 4O75A 5D3SA 4QSPA 5DYAA 4PTBA 5L97A 4YY6A 4DONA 4TT6A 5F61A 5LJ1A 5L99A 2WP2A 2LSPB 3P5OA 5CQ5A 5HELA 5F5ZA 4UIZA 5E73A 4QSXA 5L8TA 5I83A 1F68A 5DW1A 4HBYA 5G4SA 2WP1A 5FG5A 4BHWA 4IR3A 4QSUA 3HMEA 1EQFA 5CZGA 4HBXA 5D25A 3FKMX 2L85A 5F36A 5C85A 5D3TA 5DY7A 3UVWA 4YYDA 5CPEA 5EWVA 2E3KA 2R0VA 4HXLA 5I7XA 4NUCA 5FG6A 5D24A 4TYLA 3O35A 4NR5A 3IU5A 4N4IA 5LVQA 5ETBA 4MR5A 5D26A 2L84A 5JI8A 5E9KA 1X0JA 3O33A 3UV5A 5KO4A 5DKCA 5ENBA 4J0SA 5DLZA 4UIXA 4YYGA 2YEKA 4FLPA 5IBNA 4NR7A 2H60A 5DYUA 4HXNA 4NR6A 5KTXA 4O72A 4UITA 2DVQA 2OO1A 4LYWA 5HLSA 4YABA 4ZC9A 4NR9A 5IG6A 5CUBA 5HFRA 4HXRA 3P1DA 4YBSA 4NRAA 4YYMA 3QZVA 4TT4A 5F3AA 4TU6A 3UVYA 5DFDA 5EM3A 2YW5A 4QEUA 5DFBA 4ALHA 4O7CA 5C4QA 5I86A 5DYXA 5EWDA 4NRCA 4NR8A 4NS5A 4A9LA 3U5NA 5D3HA 5A5NA 4ALGA 5C89A 4KV1A 4Y03A 5E9MA 5IGNA 5KTWA 2I8NA 4UYHA 5C8GA 4O77A 2RNWA 3MB3A 5DYCA 3JVLA 4UYDA 2YEMA 4QR5A 5KHMA 5E3GA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4HBVA 5E9IA 1JSPB 4N4FA 2RFJA 3Q2FA 3SVHA 4N4GA 5TB6A 4LYSA 4QR4A 4PS5A 4XY8A 5EWHA 4RVRA 4Q0OA 1N72A 5HRVA 4YBMA 4QC1A 4WIVA 3U5LA 2MJVB 4IOOA 4CFKA 5EPSA 4MR4A 5CUGA 3I3JA 4Z1QA 4HXOA 4A9EA 3O36A 5CQ6A 3U5JA 5II2A 3UVXA 5CQAA 5EV9A 3IU6A 2G4AA 4QZSA 2R0SA 5CQ7A 5G4RA 5FBXA 5ENCA 3S92A 5BT5A 4BW1A 4O70A 5FFYA 4A9NA 5A5SA 4QEWA 4QSTA 2RO1A 4E96A 3QZTA 4Z1SA 4O78A 2DVVA 5CQTA 4IR4A 3JVMA 4UIWA 5CUEA 5A82A 5I1QA 4IR6A 5EGUA 3U5MA 5FH7A 4O7BA 5C87A 3P1FA 5KTUA 5IGLA 4HXSA 3U5PA 4QSRA 4LYIA 5FE2A 3D7CA 5LKZA 3MXFA 4UIYA 5AD2A 5CY9A 3MUKA 5FE6A 5H1VA 2RNYA 3O37A 3DWYA 5I29A 3P1EA 3U5OA 4O74A 4MEOA 4NR4A 5EK9A 1PUOA 2DVSA 3LQIA 4IORA 5EVAA 5A5RA 4LZRA 4A9FA 5I80A 3O34A 5FE9A 1E6IA 4N4HA 4AKIA 5AD3A 5FE4A 5HQ7A 4CUUA 5HRXA 3JVJA 3QZSA 5A5QA 2DATA 4HBWA 4NYVA 4A9KA 5A5PA 5ENFA 5CQ4A 5HCLA 4A9MA 2YDWA 5LJ2A 5HENA 5L98A 4Z6HA 5HM0A 4HXMA 4OUFA 4GPJA 5D3NA 4MENA 5EPBA 4CUQA 1WUGA 5JWMA 4Q0NA 3ERRA 4X2IA 4LZSA 2I7KA 5HQ6A 3Q2EA 5A83A 4QC3A 2NXBA 5D3JA 5DBMA 4QUTA 4QEVA 5EQ1A 4LR6A 5DFCA 4PKLA 4YH3A 4C67A 5TCMA 5I88A 4YBTA 4LDFA 2L5EA 5EA1A 4NYXA 5L8UA 2DVRA 4YATA 4ZQLA 5H1TA 4A9OA 4LC2A 5CRZA 5CU8A 5KU3A 2R10A 4XYAA 1WUMA 4YAXA 5AMEA 5E9VA 3JVKA 4YC9A 2RS9B 5LVRA 4KV4A 4PCIA 4MEPA 5ENHA 4QUUA 5IGMA 5F2PA 4IOQA 4LRGA 4TTEA 4YY4A 3LQHA 5K29A 4QSVA 2RNXA 3HMHA 5ETDA 4QR3A 5F63A 3LJWA 4NQNA 3MQMA 3AADA 1ZS5A 5CQ8A 4CUTA 2OSSA 5C7NA 5FB1A 4J3IA 5FE1A 5D0CA 5FH6A 4OGJA 5FFVA 3S91A 2F6JA 2D9EA 5CTLA 5FDZA 3MULA 4O7FA 5ENJA 4CFLA 5F62A 4NYWA 4UYEA 2DKWA 4UYGA 4YK0A 5D3PA 3UVDA 5AMFA 5CUCA 5D7XA 2FSAA 5CP5A 5EPRA 3GG3A 5A81A 4QY4A 5E74A 4WHWA 5FE0A 2RI7A 5I89A 5A7CA 4TZ8A 4Z6IA 5EWCA 4UYFA 3SVGA 4QYDA 5CFWA 5COIA 2F6NA 2YELA 3AQAA 5CQ3A 5CRMA 5LUUA 5FE3A 4XY9A 5EU1A 5FH8A 3VKHA 5DKDA 3DAIA 4YYHA 5E0RA 4YADA 5DKHA 2D82A 3G0LA 5FG4A 5ENIA 4O7EA 4BW3A 5F1LA 5IGKA 4J0RA 5FB0A 3UV2A 3K2JA 3NXBA 4QBMA 5DLXA 4BJXA 4YH4A 4UIUA 5E3DA 5F1HA 2OUOA 5FFWA 4TQNA 5EICA 4O76A 1ZKRA 4MR3A 4A9JA 5CS8A 5E9LA 5CUAA 4CUSA 4CUPA 5HEMA 5HFQA 4OGIA 5BT3A 5J0DA 4NXJA 4HXPA 4MEQA 5CUDA 5I7YA 5DX4A 2E7NA 5BT4A 4CL9A 5EP7A 5FE5A 4QSQA 4HXKA 2E7OA 4QB3A 3P1CA 4IR5A 3G0JA 4O7AA 4J1PA 3D1BA 4KCXA 3ONIA 4NRBA 2N9GA 3HMFA 5L96A 4BW2A 5LJ0A 5F60A 5LKXA 4YYJA 4PY6A 2KTBB 4NUDA 4PCEA 4F3IA 4UYFB 5ENGA 4QNSA 5F25A 3LXJA 3U5KA 4A9HA 4O71A 4TU4A 5CGPA 5EWWA 5H1UA 5IIDA 5HQ5A 5ACYA 4TZ2A 4YYKA 4Z93A 4UIVA 3UW9A 5I40A 5D3LA 2R0YA 5DW2A 3MB4A 5D3RA 5A85A 4CLBA 5A5OA 4WHUA 4ZW1A 4XUBA 5FE7A 4N3WA 4NQMA 5II1A 5HRWA 5EI4A 4LZ2A 5H85A 3SVFA 2DWWA 3TLPA 3ZYUA 5ENEA 4MR6A 1JM4B 5E9YA 2GRCA 3UV4A 4QYLA 4TS8A 2YQDA 4C66A 4AKHA 2YYNA 4YYIA 3LQJA 3RCWA 5EISA 4YYNA 5LKTA 5E7DA 4A9IA 4QSWA 4CURA 4XUAA 4TT2A 4QSSA 5HJCA 5LKUA 4BW4A 5FE8A 4AKNA 4NUEA 4O75A 5D3SA 4QSPA 5DYAA 4PTBA 5L97A 4YY6A 4DONA 4TT6A 5F61A 5LJ1A 5L99A 2WP2A 2LSPB 3P5OA 5CQ5A 5HELA 5F5ZA 4UIZA 5E73A 4QSXA 5L8TA 5I83A 1F68A 5DW1A 4HBYA 5G4SA 2WP1A 5FG5A 4BHWA 4IR3A 4QSUA 3HMEA 1EQFA 5CZGA 4HBXA 5D25A 3FKMX 2L85A 5F36A 5C85A 4AKGA 5D3TA 5DY7A 3UVWA 4YYDA 5CPEA 5EWVA 2E3KA 2R0VA 4HXLA 5I7XA 4NUCA 5FG6A 5D24A 4TYLA 3O35A 4NR5A 3IU5A 4N4IA 5LVQA 5ETBA 4MR5A 5D26A 2L84A 5JI8A 5E9KA 1X0JA 3O33A 3UV5A 5KO4A 2EJNA 5DKCA 5ENBA 4J0SA 5DLZA 4UIXA 4YYGA 2YEKA 4FLPA 5IBNA 4NR7A 2H60A 5DYUA 4HXNA 4NR6A 5KTXA 4O72A 4UITA 2DVQA 2OO1A 4LYWA 5HLSA 4YABA 4ZC9A 4NR9A 5IG6A 5CUBA 5HFRA 4HXRA 3P1DA 4YBSA 4NRAA 4YYMA 3QZVA 4TT4A 5F3AA 4TU6A 3UVYA 5DFDA 5EM3A 2YW5A 4QEUA 5DFBA 4ALHA 4O7CA 5C4QA 5I86A 5DYXA 5EWDA 4NRCA 4NR8A 4NS5A 4A9LA 3D1DA 3U5NA 5D3HA 5A5NA 4ALGA 5C89A 4KV1A 4Y03A 5E9MA 5IGNA 5KTWA 2I8NA 4UYHA 5C8GA 4O77A 2RNWA 4AI6A 3MB3A 5DYCA 3VKGA 3JVLA 4UYDA 2YEMA 4QR5A 5KHMA 5E3GA
chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4HBV A;  5E9I A;  1JSP B;  4N4F A;  2RFJ A;  3Q2F A;  3SVH A;  4N4G A;  5TB6 A;  4LYS A;  4QR4 A;  4PS5 A;  4XY8 A;  5EWH A;  4RVR A;  4Q0O A;  1N72 A;  5HRV A;  4YBM A;  4QC1 A;  4WIV A;  3U5L A;  2MJV B;  4IOO A;  4CFK A;  5EPS A;  4MR4 A;  5CUG A;  3I3J A;  4Z1Q A;  4HXO A;  4A9E A;  3O36 A;  5CQ6 A;  3U5J A;  5II2 A;  3UVX A;  5CQA A;  5EV9 A;  3IU6 A;  2G4A A;  4QZS A;  2R0S A;  5CQ7 A;  5G4R A;  5FBX A;  5ENC A;  3S92 A;  5BT5 A;  4BW1 A;  4O70 A;  5FFY A;  4A9N A;  5A5S A;  4QEW A;  4QST A;  2RO1 A;  4E96 A;  3QZT A;  4Z1S A;  4O78 A;  2DVV A;  5CQT A;  4IR4 A;  3JVM A;  4UIW A;  5CUE A;  5A82 A;  5I1Q A;  4IR6 A;  5EGU A;  3U5M A;  5FH7 A;  4O7B A;  5C87 A;  3P1F A;  5KTU A;  5IGL A;  4HXS A;  3U5P A;  4QSR A;  4LYI A;  5FE2 A;  3D7C A;  5LKZ A;  3MXF A;  4UIY A;  5AD2 A;  5CY9 A;  3MUK A;  5FE6 A;  5H1V A;  2RNY A;  3O37 A;  3DWY A;  5I29 A;  3P1E A;  3U5O A;  4O74 A;  4MEO A;  4NR4 A;  5EK9 A;  2DVS A;  3LQI A;  4IOR A;  5EVA A;  5A5R A;  4LZR A;  4A9F A;  5I80 A;  3O34 A;  5FE9 A; 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