5I40A

Brd9 in complex with cpd1 (6-methyl-1,6-dihydro-7h-pyrrolo[2,3-c]pyridin-7-one)
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
102
structure length
102
Chain Sequence
STPIQQLLEHFLRQLQRKDPHGFFAFPVTDAIAPGYSMIIKHPMDFGTMKDKIVANEYKSVTEFKADFKLMCDNAMTYNRPDTVYYKLAKKILHAGFKMMSK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Rna binding protein
molecule keywords Bromodomain-containing protein 9
publication title Diving into the Water: Inducible Binding Conformations for BRD4, TAF1(2), BRD9, and CECR2 Bromodomains.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 37
structure length 102
sequence length 102
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-02-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5i40A00
4YYHA 4PCIA 4TTEA 4Z1SA 3JVLA 4O7CA 5DKHA 5A83A 4KV4A 4CFKA 4YYJA 5ENGA 2OSSA 4O76A 4NXJA 5IGLA 5HQ7A 4A9MA 5HELA 5E9KA 4LC2A 5L98A 4UYFB 4UYDA 5D3SA 2KTBB 4CL9A 2L5EA 4X2IA 4BW1A 3UV2A 3UVWA 3P1EA 2R0SA 5ETBA 3U5KA 4CUPA 5A85A 5CFWA 4WIVA 4LRGA 5BT4A 4OGIA 4O78A 2L85A 4QSTA 5EICA 4MR5A 5AMFA 2FSAA 4UIXA 5FH6A 1E6IA 4YY4A 2YQDA 4QR4A 4IOOA 4N4FA 5C87A 5EP7A 1WUGA 5I1QA 5F62A 4BW2A 4YY6A 4OGJA 5CQ8A 4HBXA 5TCMA 5ENCA 3Q2EA 5DKDA 5HM0A 5FE0A 4CUSA 4QBMA 5F25A 4J3IA 4KCXA 4NR7A 4HBVA 2YW5A 5HRWA 5CUCA 2OO1A 5E73A 4MENA 4WHWA 3TLPA 3G0LA 4O74A 5D3JA 4CFLA 2DVVA 3D7CA 4O7EA 5CUDA 5A5QA 2DATA 4HXLA 3O36A 5I88A 5FB0A 5H1TA 4HXRA 5FE2A 5HJCA 5FDZA 4F3IA 3AADA 4LZRA 4LR6A 2E7NA 4ALGA 5L99A 3LJWA 2RNWA 2E7OA 2YEMA 5CU8A 5C4QA 4O72A 5HEMA 4O7FA 5F61A 5A5OA 4N4HA 4QEUA 3S91A 4XY9A 4TZ8A 3O35A 5EM3A 5D3RA 2OUOA 4TS8A 4TZ2A 4PTBA 4TU6A 5TB6A 5DYAA 4C67A 4YYDA 4HXMA 5FBXA 4XUAA 4A9FA 5HLSA 5H1VA 5CUBA 4A9EA 5CS8A 3JVKA 5CQ4A 4NQNA 4O7BA 3IU5A 2DWWA 4BHWA 3LQIA 4QSUA 5C7NA 4QY4A 5FH8A 5EISA 4YH4A 4CLBA 4PCEA 4MEOA 4GPJA 5HENA 5EA1A 4XY8A 5CY9A 4N4IA 5D3NA 5LJ0A 3U5LA 4QSSA 4QSWA 4O75A 5I29A 4XUBA 5EV9A 5BT3A 4IR6A 4NR9A 2R10A 2GRCA 5L96A 4CURA 4A9OA 5I86A 4UIWA 4E96A 4YABA 4YYKA 4Y03A 4QYDA 5D3PA 4A9LA 5BT5A 5FE7A 1X0JA 2RO1A 5HFQA 4ALHA 5DFCA 5EPSA 5A7CA 5LUUA 5A5PA 4NR6A 4QSPA 5FG6A 5D26A 5LKXA 5A5RA 4WHUA 5E9VA 5A81A 5A82A 5I80A 5CUEA 3UV5A 3K2JA 4YYGA 3HMFA 5C8GA 5ENBA 5EI4A 4LZ2A 5FG4A 3MUKA 4QSVA 3U5NA 4A9KA 5DYCA 4UYEA 4HXPA 4HBYA 5DFBA 4PS5A 4QB3A 5CZGA 4NS5A 4O70A 4HXKA 5FFVA 5EWHA 4NR4A 4NRAA 4A9IA 4Z6IA 4TYLA 5DYXA 4QNSA 3P1DA 5KU3A 3P1CA 5HQ6A 2RI7A 5CTLA 5DFDA 5D0CA 4UYGA 5I7YA 4NYVA 5H85A 5E9IA 4CUTA 1F68A 5ENJA 3QZVA 4YADA 3UVYA 2F6NA 2N9GA 4LYSA 5HFRA 3MXFA 4QUTA 4UIVA 5FE4A 2I7KA 2WP2A 4QEVA 4HXOA 4NQMA 3FKMX 5EWDA 4QSRA 4YC9A 4KV1A 4LYIA 3JVJA 5FFWA 5HCLA 4YK0A 4NRCA 4J0RA 4TT6A 2YDWA 5LKTA 5ENHA 3U5MA 4NUEA 5E74A 5F1HA 5CRMA 5E3GA 2D82A 4QC3A 5IBNA 5F3AA 4Q0NA 4TT2A 4QEWA 5EU1A 5HQ5A 4XYAA 4YYIA 4ZW1A 2G4AA 4NYXA 4ZQLA 4Z93A 3O34A 5CP5A 5IGKA 4TQNA 4YBTA 2DVQA 5D24A 3U5OA 2E3KA 5COIA 5EK9A 5EWWA 5DKCA 4IR4A 5KTUA 5K29A 3UVDA 4AKNA 3I3JA 4J1PA 4TU4A 5L97A 2DVRA 2R0VA 4YBSA 4UIUA 4YAXA 4MR6A 5DW1A 5F1LA 2R0YA 3G0JA 3U5PA 3ONIA 5EPBA 4YBMA 5CPEA 5AD2A 5I83A 3LXJA 5LKUA 2RS9B 5AMEA 4YYNA 5E9LA 1JM4B 1JSPB 3NXBA 5CQ3A 5CQ7A 4Q0OA 3O33A 4NR5A 5CGPA 5D7XA 5FE6A 5E3DA 4UIYA 5F60A 5IG6A 5J0DA 3QZTA 4BJXA 4N3WA 5E9MA 3LQJA 5I7XA 2YELA 5AD3A 5LVQA 4LDFA 5D3LA 5HRVA 4LYWA 2LSPB 4NRBA 5JWMA 5F5ZA 4C66A 5FG5A 3P5OA 5ENIA 2RNYA 5DYUA 4QYLA 4NR8A 5FE1A 2MJVB 4QSQA 3U5JA 3MULA 4QZSA 4PKLA 5EVAA 5FE3A 5DX4A 5F36A 3JVMA 2YYNA 5EWCA 5II2A 3Q2FA 4IR3A 5DLZA 5A5NA 4UIZA 3AQAA 4MEQA 3HMEA 4CUQA 4QR3A 5D25A 3P1FA 5C89A 2RFJA 5E0RA 5FE9A 4Z1QA 2L84A 3UW9A 4NYWA 3SVGA 5I89A 5LJ1A 5G4SA 2NXBA 4DONA 5ACYA 5CQ6A 4O7AA 1N72A 1EQFA 3DAIA 5F2PA 4IR5A 4Z6HA 1WUMA 2DVSA 5ETDA 4IOQA 5I40A 5FH7A 5A5SA 1ZS5A 4FLPA 3MQMA 5H1UA 5JI8A 4YYMA 2I8NA 4NUCA 5CRZA 4MEPA 3UVXA 4UYFA 3SVFA 4RVRA 4HXNA 5EWVA 5DBMA 2DKWA 3LQHA 2YEKA 5DW2A 5IGNA 3GG3A 3RCWA 4CUUA 3MB3A 5ENEA 4LZSA 5CQTA 5KTXA 5FE5A 5IIDA 3HMHA 4PY6A 4HXSA 3UV4A 4UYHA 4QSXA 5CQ5A 3S92A 4QUUA 4N4GA 5FFYA 5KTWA 5ENFA 2H60A 5DLXA 5KO4A 4NUDA 5C85A 4J0SA 4ZC9A 2D9EA 4IORA 4HBWA 5KHMA 3SVHA 4A9JA 5D3TA 5EPRA 4BW4A 5HRXA 5LVRA 5E9YA 2WP1A 5D3HA 3IU6A 5EGUA 4TT4A 4MR4A 4A9HA 5L8TA 3MB4A 5E7DA 5DY7A 5L8UA 4YH3A 5CQAA 4OUFA 4A9NA 4BW3A 5EQ1A 3O37A 2F6JA 3DWYA 3ZYUA 4QR5A 4QC1A 5FB1A 5CUGA 5LKZA 4O71A 4YATA 3QZSA 4MR3A 5II1A 5IGMA 4O77A 2RNXA 5G4RA 4UITA 5FE8A 5F63A 5LJ2A 5CUAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4YYHA 4PCIA 4TTEA 4Z1SA 3JVLA 4O7CA 5DKHA 5A83A 4KV4A 4CFKA 4YYJA 5ENGA 2OSSA 4O76A 4NXJA 5IGLA 5HQ7A 4A9MA 5HELA 5E9KA 4LC2A 5L98A 4UYFB 4UYDA 5D3SA 2KTBB 4CL9A 2L5EA 4X2IA 4BW1A 3UV2A 4AKGA 3UVWA 3P1EA 2R0SA 5ETBA 3U5KA 4CUPA 5A85A 5CFWA 4WIVA 4LRGA 5BT4A 4OGIA 4O78A 2L85A 4QSTA 5EICA 4MR5A 1PUOA 5AMFA 2FSAA 4UIXA 5FH6A 1E6IA 4YY4A 2YQDA 4QR4A 4IOOA 4N4FA 5C87A 5EP7A 1WUGA 5I1QA 5F62A 4BW2A 4YY6A 4OGJA 5CQ8A 4HBXA 5TCMA 5ENCA 3Q2EA 5DKDA 5HM0A 5FE0A 4CUSA 4QBMA 5F25A 4J3IA 4KCXA 4NR7A 4HBVA 2YW5A 5HRWA 5CUCA 2OO1A 5E73A 4MENA 4WHWA 3TLPA 3G0LA 4O74A 5D3JA 4CFLA 2DVVA 3D7CA 4O7EA 5CUDA 5A5QA 2DATA 4HXLA 3ERRA 3D1DA 3O36A 5I88A 5FB0A 5H1TA 4HXRA 5FE2A 5HJCA 5FDZA 4F3IA 3AADA 4LZRA 4LR6A 2E7NA 4ALGA 5L99A 3LJWA 2RNWA 2E7OA 2YEMA 5CU8A 5C4QA 4O72A 5HEMA 4O7FA 5F61A 5A5OA 4N4HA 4QEUA 3S91A 4XY9A 4TZ8A 3O35A 5EM3A 5D3RA 2OUOA 4TS8A 4TZ2A 4PTBA 4TU6A 5TB6A 5DYAA 4C67A 4YYDA 4HXMA 2EJNA 5FBXA 4XUAA 4A9FA 5HLSA 5H1VA 5CUBA 4A9EA 5CS8A 3JVKA 5CQ4A 4NQNA 4O7BA 3IU5A 2DWWA 4BHWA 3LQIA 4QSUA 5C7NA 4QY4A 5FH8A 5EISA 4YH4A 4CLBA 4PCEA 4MEOA 4GPJA 5HENA 5EA1A 4XY8A 5CY9A 4N4IA 5D3NA 3VKHA 5LJ0A 3U5LA 4QSSA 4QSWA 4O75A 5I29A 4XUBA 5EV9A 5BT3A 4IR6A 4NR9A 2R10A 2GRCA 5L96A 4CURA 4A9OA 5I86A 4UIWA 4E96A 4YABA 4YYKA 4Y03A 4QYDA 5D3PA 4A9LA 5BT5A 5FE7A 1X0JA 2RO1A 5HFQA 4ALHA 5DFCA 5EPSA 5A7CA 5LUUA 5A5PA 4NR6A 4QSPA 5FG6A 5D26A 5LKXA 5A5RA 4WHUA 5E9VA 5A81A 5A82A 5I80A 5CUEA 3UV5A 3K2JA 4YYGA 3HMFA 5C8GA 5ENBA 5EI4A 4LZ2A 5FG4A 3MUKA 4QSVA 3U5NA 4A9KA 5DYCA 4UYEA 4HXPA 4HBYA 5DFBA 4PS5A 4QB3A 5CZGA 4NS5A 4O70A 4HXKA 5FFVA 5EWHA 4NR4A 4NRAA 4A9IA 4Z6IA 4TYLA 5DYXA 4QNSA 3P1DA 5KU3A 3P1CA 5HQ6A 2RI7A 5CTLA 5DFDA 5D0CA 4UYGA 5I7YA 4NYVA 5H85A 5E9IA 4CUTA 1F68A 5ENJA 3QZVA 4YADA 3UVYA 2F6NA 2N9GA 4LYSA 5HFRA 3MXFA 4QUTA 4UIVA 5FE4A 2I7KA 2WP2A 4QEVA 4HXOA 4NQMA 3FKMX 5EWDA 4QSRA 4YC9A 4KV1A 4LYIA 3JVJA 5FFWA 5HCLA 4YK0A 4NRCA 4J0RA 4TT6A 2YDWA 5LKTA 5ENHA 3U5MA 4NUEA 5E74A 5F1HA 5CRMA 5E3GA 2D82A 4QC3A 5IBNA 5F3AA 4Q0NA 4TT2A 4QEWA 5EU1A 4AI6A 5HQ5A 4XYAA 4YYIA 4ZW1A 2G4AA 4NYXA 4ZQLA 4Z93A 3O34A 5CP5A 5IGKA 4TQNA 4YBTA 2DVQA 5D24A 3U5OA 4AKIA 2E3KA 5COIA 5EK9A 5EWWA 5DKCA 4IR4A 5KTUA 5K29A 3UVDA 4AKNA 3I3JA 4J1PA 4TU4A 5L97A 2DVRA 2R0VA 4YBSA 4UIUA 4YAXA 4MR6A 5DW1A 5F1LA 2R0YA 3G0JA 3U5PA 3ONIA 5EPBA 4YBMA 5CPEA 5AD2A 5I83A 3LXJA 5LKUA 2RS9B 5AMEA 4YYNA 5E9LA 1JM4B 1JSPB 3NXBA 5CQ3A 5CQ7A 4Q0OA 3O33A 4NR5A 5CGPA 5D7XA 5FE6A 5E3DA 4UIYA 5F60A 5IG6A 4AKHA 5J0DA 3QZTA 4BJXA 4N3WA 5E9MA 3LQJA 5I7XA 2YELA 5AD3A 5LVQA 4LDFA 5D3LA 5HRVA 4LYWA 2LSPB 4NRBA 5JWMA 5F5ZA 4C66A 5FG5A 3P5OA 5ENIA 2RNYA 5DYUA 4QYLA 4NR8A 5FE1A 2MJVB 4QSQA 3U5JA 3MULA 4QZSA 4PKLA 5EVAA 5FE3A 5DX4A 5F36A 3JVMA 2YYNA 5EWCA 5II2A 3Q2FA 4IR3A 5DLZA 5A5NA 4UIZA 3AQAA 4MEQA 3HMEA 4CUQA 4QR3A 5D25A 3P1FA 5C89A 2RFJA 5E0RA 5FE9A 4Z1QA 2L84A 3UW9A 4NYWA 3SVGA 5I89A 5LJ1A 5G4SA 2NXBA 4DONA 5ACYA 5CQ6A 4O7AA 1N72A 1EQFA 3DAIA 5F2PA 4IR5A 4Z6HA 1WUMA 2DVSA 5ETDA 4IOQA 5I40A 5FH7A 5A5SA 3VKGA 1ZS5A 4FLPA 3MQMA 5H1UA 5JI8A 4YYMA 2I8NA 4NUCA 5CRZA 4MEPA 3UVXA 4UYFA 3SVFA 4RVRA 4HXNA 5EWVA 5DBMA 2DKWA 3LQHA 2YEKA 5DW2A 5IGNA 3GG3A 3RCWA 4CUUA 3MB3A 5ENEA 4LZSA 5CQTA 5KTXA 5FE5A 5IIDA 3HMHA 4PY6A 1ZKRA 4HXSA 3UV4A 4UYHA 4QSXA 5CQ5A 3S92A 4QUUA 3D1BA 4N4GA 5FFYA 5KTWA 5ENFA 2H60A 5DLXA 5KO4A 4NUDA 5C85A 4J0SA 4ZC9A 2D9EA 4IORA 4HBWA 5KHMA 3SVHA 4A9JA 5D3TA 5EPRA 4BW4A 5HRXA 5LVRA 5E9YA 2WP1A 5D3HA 3IU6A 5EGUA 4TT4A 4MR4A 4A9HA 5L8TA 3MB4A 5E7DA 5DY7A 5L8UA 4YH3A 5CQAA 4OUFA 4A9NA 4BW3A 5EQ1A 3O37A 2F6JA 3DWYA 3ZYUA 4QR5A 4QC1A 5FB1A 5CUGA 5LKZA 4O71A 4YATA 3QZSA 4MR3A 5II1A 5IGMA 4O77A 2RNXA 5G4RA 4UITA 5FE8A 5F63A 5LJ2A 5CUAA
chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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