5I40A

Brd9 in complex with cpd1 (6-methyl-1,6-dihydro-7h-pyrrolo[2,3-c]pyridin-7-one)
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
102
structure length
102
Chain Sequence
STPIQQLLEHFLRQLQRKDPHGFFAFPVTDAIAPGYSMIIKHPMDFGTMKDKIVANEYKSVTEFKADFKLMCDNAMTYNRPDTVYYKLAKKILHAGFKMMSK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Diving into the Water: Inducible Binding Conformations for BRD4, TAF1(2), BRD9, and CECR2 Bromodomains.
pubmed doi rcsb
molecule tags Rna binding protein
source organism Homo sapiens
molecule keywords Bromodomain-containing protein 9
total genus 37
structure length 102
sequence length 102
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-02-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5i40A00
4BJXA 5FG5A 3P1CA 4Z6HA 5FE9A 5FBXA 4TT2A 4YYJA 4XUBA 5EM3A 5I89A 4A9OA 4QUUA 2D9EA 3UVWA 3UV5A 3QZTA 5LUUA 1JSPB 4ALGA 5F61A 4HXRA 5HM0A 5LJ2A 4QSVA 4AKNA 2G4AA 5FE0A 4YYGA 5F5ZA 5L99A 4MENA 5FB1A 4A9EA 4YYMA 5ACYA 5LVRA 4O75A 4A9HA 5I7XA 4NYXA 4DONA 5LVQA 5A82A 4IOOA 4LRGA 2LSPB 5ENBA 3RCWA 5CQ8A 3U5PA 4BW2A 5CQ3A 5KO4A 4LZRA 5A7CA 5F63A 4GPJA 5KHMA 5LKXA 4QSUA 5D24A 4HXOA 3O33A 4NR8A 2DVSA 4UYEA 5CFWA 3ONIA 5CZGA 4UITA 4QC1A 5DBMA 4YBMA 4QZSA 4PKLA 5HENA 5G4RA 4NR4A 2RO1A 4Q0OA 4PTBA 5EICA 5HLSA 4PCIA 5D7XA 5CY9A 5E9VA 5I29A 4YYKA 5A5NA 4QSPA 3MB3A 4BW1A 1X0JA 4IR4A 4YH4A 4O74A 4UIUA 4Z6IA 2YQDA 4LC2A 2RFJA 5L8TA 4WIVA 5BT4A 4MR5A 2R0SA 5II1A 4HXLA 5CUBA 3O34A 5F2PA 5EI4A 5A81A 4X2IA 5C7NA 5HRWA 4NUEA 2E7OA 4NUCA 4MEPA 5H1TA 4QSQA 5FE6A 4YYIA 4QYLA 5H85A 4YBTA 5DFBA 2RI7A 3MUKA 5EISA 3S91A 3QZVA 4NYVA 4MR3A 4YC9A 2YEMA 5ENFA 5CQ5A 4CUTA 4BW3A 2RS9B 5IGKA 1F68A 2DKWA 4CUSA 3O35A 4HBWA 4YATA 2OO1A 4TT6A 4QEUA 4A9FA 2KTBB 4NRCA 5EWCA 2DWWA 2RNWA 3Q2EA 5F60A 4YBSA 5H1UA 4IR5A 5CQ7A 3HMEA 4ALHA 4QR4A 3FKMX 4ZQLA 2E7NA 3LXJA 2I7KA 5CUCA 5DLZA 4QUTA 4QY4A 5D3JA 2R0YA 4YYDA 5I80A 2OSSA 1WUMA 3SVHA 5ENGA 5CU8A 5HJCA 4N4GA 4UYFA 4A9NA 3UW9A 5KTUA 5EP7A 4IOQA 5I83A 5E74A 4NRBA 2OUOA 4O76A 5D3NA 4HXSA 4NR7A 4YH3A 4NRAA 4QBMA 5COIA 2RNXA 2DVVA 5II2A 5E9IA 4A9IA 4Z93A 5EGUA 5F62A 5F3AA 5HEMA 4E96A 4C66A 4J0SA 4NR9A 4UYFB 4J3IA 4N4FA 5CQ4A 5FE5A 5KTWA 3UV2A 2F6NA 4NQMA 2D82A 3G0LA 5E9YA 5FE8A 5E0RA 5I86A 4YY4A 5C87A 5IGLA 4LZSA 4QR5A 4ZW1A 4BW4A 5CUDA 5HRXA 5CP5A 5AD2A 3DAIA 3LQHA 5FDZA 2R10A 3DWYA 2DVQA 5D3PA 5AMFA 4LYIA 4PCEA 4UIXA 3K2JA 3P5OA 5ENJA 5EQ1A 5DYCA 5D3TA 5A5RA 5A5OA 5TCMA 5L97A 4QSTA 4WHUA 5C4QA 5EA1A 5CUEA 4OGIA 5KTXA 3U5NA 4OGJA 4F3IA 4IR6A 4IR3A 5DFCA 3NXBA 5HQ7A 5AD3A 2E3KA 2R0VA 4LDFA 4O71A 5CUAA 1JM4B 4UIZA 5DKDA 4QEVA 4Z1QA 5HQ6A 2WP2A 4TT4A 5CUGA 4J0RA 4ZC9A 4NQNA 2H60A 3MXFA 4Q0NA 5EPSA 2L5EA 4O77A 3P1DA 5D3HA 5ETBA 4LYSA 4O78A 4MEOA 5BT5A 5EU1A 5DKCA 3MB4A 5CTLA 5L8UA 4TTEA 4TZ2A 3O37A 3Q2FA 5IG6A 4MR6A 5HQ5A 5EPBA 4IORA 5BT3A 4XY9A 1ZS5A 4QEWA 5HFQA 5CRMA 3U5MA 4CFKA 4Y03A 4UIYA 5DW2A 2FSAA 3GG3A 3LQIA 5FH8A 2L84A 4YYNA 5FE1A 5DW1A 4KV1A 4QYDA 4HBVA 4CUPA 5A83A 4QSRA 3HMFA 4PS5A 4YABA 4NR6A 4LR6A 2NXBA 3U5OA 5LKUA 5D0CA 4YAXA 5ENEA 3UV4A 5E7DA 2YDWA 5DFDA 4YADA 3P1EA 5I7YA 5IIDA 4NUDA 5DX4A 4UYGA 3IU6A 3MQMA 5DYXA 5CS8A 4O70A 2YELA 4YK0A 4A9JA 4O7CA 4CLBA 4CL9A 3JVJA 5LJ1A 4QSWA 4TQNA 4HBYA 5CQ6A 5A85A 4CUQA 4HXNA 4CURA 5EWHA 5CQTA 5ETDA 5C8GA 5FH7A 5E9KA 3SVFA 5D3SA 5L96A 4O7AA 5HCLA 2RNYA 5CQAA 3UVYA 1WUGA 5A5PA 4TU4A 3UVXA 1EQFA 5EWVA 5DY7A 5E3DA 5LKTA 5FE4A 5FG4A 5IGMA 4N4HA 3P1FA 5JWMA 3U5LA 5FFVA 5HFRA 5DYUA 4J1PA 5JI8A 1N72A 5A5QA 5I1QA 5C85A 4HXMA 2WP1A 2YYNA 4NR5A 4LZ2A 3JVLA 4TU6A 2YEKA 5DLXA 4KV4A 4XUAA 2YW5A 4MR4A 4NS5A 5E9LA 4O7BA 3S92A 5G4SA 4CFLA 5LJ0A 5ENCA 5CRZA 5FH6A 4QSXA 5ENIA 3I3JA 5CGPA 5CPEA 4NXJA 4KCXA 4YYHA 5ENHA 4UIWA 4A9KA 5EWDA 5FG6A 3G0JA 4RVRA 5TB6A 3AQAA 4C67A 4QNSA 5EPRA 4UIVA 4NYWA 4QSSA 5FE3A 4TYLA 4HXKA 5E3GA 5EWWA 5E9MA 3JVMA 4TZ8A 5L98A 4HXPA 4YY6A 5AMEA 4OUFA 5DKHA 4PY6A 5D3LA 5C89A 5E73A 3AADA 5D25A 2DATA 2DVRA 4LYWA 5J0DA 4A9LA 5F1LA 4N3WA 5HRVA 5DYAA 4XY8A 3LJWA 5EK9A 2MJVB 2I8NA 3SVGA 4HBXA 4MEQA 5FFYA 5FE7A 4UYDA 5K29A 4CUUA 5LKZA 4O7EA 3LQJA 5HELA 4WHWA 4Z1SA 4XYAA 5EVAA 5F25A 3QZSA 4O7FA 5EV9A 5FE2A 4QR3A 4UYHA 3O36A 2F6JA 2N9GA 3JVKA 4O72A 5F36A 4QB3A 3UVDA 2GRCA 5FFWA 5IGNA 3MULA 5I88A 5F1HA 3U5KA 3ZYUA 4BHWA 3D7CA 5H1VA 4A9MA 5I40A 5D26A 4FLPA 3TLPA 5KU3A 4N4IA 3IU5A 1E6IA 5A5SA 2L85A 4QC3A 5D3RA 3U5JA 5FB0A 5IBNA 4TS8A 3HMHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BJXA 5FG5A 3P1CA 4Z6HA 5FE9A 5FBXA 4TT2A 4YYJA 4XUBA 5EM3A 5I89A 4A9OA 4QUUA 2D9EA 3UVWA 3UV5A 3QZTA 5LUUA 1JSPB 4ALGA 5F61A 4HXRA 5HM0A 5LJ2A 4QSVA 4AKNA 2G4AA 5FE0A 4YYGA 5F5ZA 5L99A 4MENA 5FB1A 4A9EA 4YYMA 5ACYA 5LVRA 3VKHA 4O75A 1PUOA 4A9HA 5I7XA 4NYXA 4DONA 5LVQA 5A82A 4IOOA 4LRGA 2LSPB 5ENBA 3RCWA 5CQ8A 3U5PA 4BW2A 5CQ3A 5KO4A 4LZRA 5A7CA 5F63A 4GPJA 5KHMA 5LKXA 4QSUA 5D24A 4HXOA 3O33A 4NR8A 2DVSA 4UYEA 5CFWA 3ONIA 5CZGA 4UITA 4QC1A 5DBMA 4YBMA 4QZSA 4PKLA 5HENA 5G4RA 4NR4A 2RO1A 4Q0OA 4PTBA 5EICA 5HLSA 4PCIA 5D7XA 5CY9A 5E9VA 5I29A 4YYKA 5A5NA 4QSPA 3MB3A 4BW1A 1X0JA 3D1DA 4IR4A 4YH4A 4O74A 4UIUA 4Z6IA 2YQDA 4LC2A 2RFJA 5L8TA 4WIVA 5BT4A 4MR5A 2R0SA 5II1A 4HXLA 5CUBA 3O34A 5F2PA 5EI4A 5A81A 4X2IA 5C7NA 5HRWA 4NUEA 2E7OA 4NUCA 4MEPA 5H1TA 4QSQA 5FE6A 4YYIA 4QYLA 5H85A 4YBTA 5DFBA 2RI7A 3MUKA 5EISA 3S91A 3QZVA 4NYVA 4MR3A 4YC9A 2YEMA 5ENFA 5CQ5A 4CUTA 4BW3A 2RS9B 5IGKA 1F68A 2DKWA 4CUSA 3O35A 4HBWA 4YATA 2OO1A 4TT6A 4QEUA 4A9FA 2KTBB 3ERRA 4NRCA 5EWCA 2DWWA 2RNWA 3Q2EA 5F60A 4YBSA 5H1UA 4IR5A 5CQ7A 3HMEA 4ALHA 4QR4A 3FKMX 4ZQLA 2E7NA 3LXJA 2I7KA 5CUCA 5DLZA 4QUTA 4QY4A 5D3JA 2R0YA 4YYDA 5I80A 2OSSA 1WUMA 3SVHA 5ENGA 5CU8A 5HJCA 4N4GA 4UYFA 4A9NA 3UW9A 4AI6A 5KTUA 5EP7A 4IOQA 5I83A 5E74A 4NRBA 2OUOA 4O76A 5D3NA 4HXSA 4NR7A 4YH3A 4NRAA 4QBMA 5COIA 2RNXA 2DVVA 5II2A 5E9IA 4A9IA 4Z93A 5EGUA 5F62A 5F3AA 5HEMA 4E96A 4C66A 4J0SA 4NR9A 4UYFB 4J3IA 4N4FA 5CQ4A 5FE5A 5KTWA 3UV2A 2F6NA 4NQMA 2D82A 4AKHA 3G0LA 5E9YA 5FE8A 5E0RA 5I86A 4YY4A 5C87A 5IGLA 4AKIA 4LZSA 4QR5A 4ZW1A 4BW4A 5CUDA 5HRXA 5CP5A 1ZKRA 5AD2A 3DAIA 3LQHA 5FDZA 2R10A 3DWYA 2DVQA 5D3PA 5AMFA 4LYIA 4PCEA 4UIXA 3K2JA 3P5OA 5ENJA 5EQ1A 5DYCA 5D3TA 5A5RA 5A5OA 5TCMA 5L97A 4QSTA 4WHUA 5C4QA 5EA1A 5CUEA 4OGIA 5KTXA 3U5NA 4OGJA 4F3IA 4IR6A 4IR3A 5DFCA 3NXBA 5HQ7A 5AD3A 2E3KA 2R0VA 4LDFA 4O71A 5CUAA 1JM4B 4UIZA 5DKDA 4QEVA 4Z1QA 5HQ6A 2WP2A 4TT4A 5CUGA 4J0RA 4ZC9A 4NQNA 2H60A 3MXFA 4Q0NA 5EPSA 2L5EA 4O77A 3P1DA 5D3HA 5ETBA 4LYSA 4O78A 4MEOA 5BT5A 5EU1A 5DKCA 3MB4A 5CTLA 5L8UA 4TTEA 4TZ2A 3O37A 3Q2FA 5IG6A 4MR6A 5HQ5A 5EPBA 4IORA 5BT3A 4XY9A 1ZS5A 4QEWA 5HFQA 5CRMA 3U5MA 4CFKA 4Y03A 4UIYA 5DW2A 2FSAA 3GG3A 3LQIA 5FH8A 2L84A 4YYNA 5FE1A 5DW1A 4KV1A 4QYDA 4HBVA 4CUPA 5A83A 4QSRA 3HMFA 4PS5A 4YABA 4NR6A 4LR6A 2NXBA 3U5OA 5LKUA 5D0CA 4YAXA 5ENEA 3UV4A 5E7DA 2YDWA 5DFDA 4YADA 3P1EA 5I7YA 5IIDA 4NUDA 5DX4A 4UYGA 3IU6A 3MQMA 5DYXA 5CS8A 4O70A 2YELA 4YK0A 4A9JA 4O7CA 4CLBA 4CL9A 3JVJA 5LJ1A 4QSWA 4TQNA 4HBYA 5CQ6A 5A85A 4CUQA 4HXNA 4CURA 5EWHA 5CQTA 5ETDA 5C8GA 5FH7A 5E9KA 3SVFA 5D3SA 5L96A 4O7AA 5HCLA 2RNYA 5CQAA 3UVYA 1WUGA 5A5PA 4TU4A 3UVXA 1EQFA 5EWVA 5DY7A 5E3DA 5LKTA 5FE4A 5FG4A 5IGMA 4N4HA 3P1FA 5JWMA 3U5LA 5FFVA 5HFRA 5DYUA 4J1PA 5JI8A 1N72A 5A5QA 5I1QA 5C85A 4HXMA 2WP1A 2YYNA 4NR5A 4LZ2A 3JVLA 4TU6A 2YEKA 5DLXA 4KV4A 4XUAA 2YW5A 4MR4A 4NS5A 5E9LA 3VKGA 4O7BA 3S92A 5G4SA 4CFLA 5LJ0A 5ENCA 5CRZA 5FH6A 4QSXA 5ENIA 3I3JA 5CGPA 5CPEA 4NXJA 4KCXA 2EJNA 4YYHA 5ENHA 4UIWA 4A9KA 5EWDA 5FG6A 3G0JA 4RVRA 5TB6A 3AQAA 4C67A 4QNSA 5EPRA 4UIVA 4NYWA 4QSSA 5FE3A 4TYLA 4HXKA 5E3GA 5EWWA 5E9MA 3JVMA 4TZ8A 5L98A 4HXPA 4YY6A 4AKGA 5AMEA 4OUFA 5DKHA 4PY6A 5D3LA 5C89A 5E73A 3AADA 5D25A 2DATA 2DVRA 4LYWA 5J0DA 4A9LA 5F1LA 4N3WA 5HRVA 5DYAA 4XY8A 3LJWA 5EK9A 2MJVB 2I8NA 3SVGA 4HBXA 4MEQA 5FFYA 5FE7A 4UYDA 5K29A 4CUUA 5LKZA 4O7EA 3LQJA 5HELA 4WHWA 4Z1SA 4XYAA 5EVAA 5F25A 3QZSA 4O7FA 5EV9A 5FE2A 4QR3A 4UYHA 3O36A 2F6JA 2N9GA 3JVKA 4O72A 5F36A 4QB3A 3UVDA 2GRCA 5FFWA 5IGNA 3MULA 5I88A 5F1HA 3U5KA 3ZYUA 4BHWA 3D7CA 5H1VA 4A9MA 5I40A 5D26A 4FLPA 3TLPA 5KU3A 4N4IA 3IU5A 1E6IA 5A5SA 2L85A 4QC3A 5D3RA 3U5JA 5FB0A 5IBNA 4TS8A 3HMHA 3D1BA
chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4BJX A;  5FG5 A;  3P1C A;  4Z6H A;  5FE9 A;  5FBX A;  4TT2 A;  4YYJ A;  4XUB A;  5EM3 A;  5I89 A;  4A9O A;  4QUU A;  2D9E A;  3UVW A;  3UV5 A;  3QZT A;  5LUU A;  1JSP B;  4ALG A;  5F61 A;  4HXR A;  5HM0 A;  5LJ2 A;  4QSV A;  4AKN A;  2G4A A;  5FE0 A;  4YYG A;  5F5Z A;  5L99 A;  4MEN A;  5FB1 A;  4A9E A;  4YYM A;  5ACY A;  5LVR A;  4O75 A;  4A9H A;  5I7X A;  4NYX A;  4DON A;  5LVQ A;  5A82 A;  4IOO A;  4LRG A;  2LSP B;  5ENB A;  3RCW A;  5CQ8 A;  3U5P A;  4BW2 A;  5CQ3 A;  5KO4 A;  4LZR A;  5A7C A;  5F63 A;  4GPJ A;  5KHM A;  5LKX A;  4QSU A;  5D24 A;  4HXO A;  3O33 A;  4NR8 A;  2DVS A;  4UYE A;  5CFW A;  3ONI A;  5CZG A;  4UIT A;  4QC1 A;  5DBM A;  4YBM A;  4QZS A;  4PKL A;  5HEN A;  5G4R A;  4NR4 A;  2RO1 A;  4Q0O A;  4PTB A;  5EIC A;  5HLS A;  4PCI A;  5D7X A;  5CY9 A;  5E9V A;  5I29 A;  4YYK A;  5A5N A;  4QSP A;  3MB3 A;  4BW1 A;  1X0J A;  4IR4 A;  4YH4 A;  4O74 A;  4UIU A;  4Z6I A;  2YQD A;  4LC2 A;  2RFJ A;  5L8T A;  4WIV A;  5BT4 A;  4MR5 A;  2R0S A;  5II1 A;  4HXL A;  5CUB A;  3O34 A; 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