4OGJA

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with the inhibitor tg-101348
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title Dual kinase-bromodomain inhibitors for rationally designed polypharmacology.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Transcription/inhibitor
total genus 41
structure length 127
sequence length 127
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-01-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4ogjA01
4YBTA 5DYAA 2NXBA 3HMEA 4QSRA 5II1A 4NUCA 5LVRA 4O7AA 4HBYA 4LC2A 3O35A 5E0RA 5D0CA 5CUCA 4O7EA 5E9LA 2E7OA 5HEMA 4NUEA 3DAIA 3AQAA 4O7BA 5F3AA 4BW4A 2FSAA 4TU6A 5CRMA 3DWYA 4IR5A 4Q0OA 5LKXA 5FE9A 2YELA 4QUUA 5L8TA 5ENEA 5LKUA 4QEUA 5LUUA 4LRGA 5IIDA 3UVYA 5FBXA 4ALGA 4TU4A 4YYNA 3UV4A 5CQ8A 4NR6A 5CZGA 5A5SA 2H60A 5CP5A 2R0YA 4TTEA 4UIWA 5FFYA 3MQMA 4TQNA 4HXMA 4IR6A 5I89A 4BW3A 5AMFA 5FE8A 4A9KA 2I8NA 4NUDA 5HENA 5FH8A 4IOQA 5CPEA 5I1QA 4Z1SA 4QSVA 4A9MA 2G4AA 4YATA 4YABA 4NYWA 5A85A 4PCIA 3P1CA 5LJ2A 2R10A 4FLPA 5F5ZA 5EICA 4QSPA 3Q2EA 4KCXA 5A81A 4HBVA 5A82A 1E6IA 4A9HA 3SVHA 4LYSA 3LJWA 4NRCA 3UV5A 4ZC9A 5FB1A 4HXLA 2YW5A 5BT3A 4UIXA 5EWDA 4XUBA 5IGMA 5IG6A 5JWMA 5K29A 2DVRA 3U5KA 5LKZA 5D3SA 4MEOA 4C67A 5HLSA 3AADA 4UIYA 4HXSA 5D3LA 2E7NA 4YYGA 4C66A 5FE0A 5I83A 5EVAA 4NR8A 5FDZA 5ENCA 4O77A 2DATA 3G0JA 1JSPB 5EWCA 5ENFA 2RS9B 2WP2A 4WHUA 2RO1A 3G0LA 3HMHA 2E3KA 4QR3A 3FKMX 4IR3A 3UW9A 5E74A 4A9OA 5ENHA 5CU8A 5A5NA 4QY4A 4UYEA 5HQ7A 4NR7A 4N3WA 2R0SA 4TT4A 2RNWA 4QBMA 5CQAA 5FE1A 4Y03A 3U5LA 4CFLA 5D25A 5KO4A 5JI8A 5KTWA 4O78A 4IORA 4X2IA 4YY4A 4LDFA 4YYKA 3U5JA 5DLXA 2L84A 4CFKA 5I29A 4OGIA 1EQFA 2WP1A 5D3HA 5HQ6A 4N4HA 5IGNA 4PKLA 2N9GA 5FE2A 5DYCA 5A83A 5L97A 5ACYA 5CGPA 5I7XA 3P1DA 4CUUA 4MEPA 5EI4A 4Z1QA 4OUFA 3QZVA 3NXBA 5DKCA 5I80A 3U5MA 5EK9A 4O7FA 3QZTA 2I7KA 4MR3A 5DFBA 5HRXA 2RI7A 2L85A 4XUAA 4YY6A 5FE6A 3S91A 3K2JA 4YC9A 4NS5A 4LYIA 4TT2A 4LZ2A 3UVXA 1F68A 3LQIA 4IR4A 4QSUA 4QSTA 4QUTA 4IOOA 2D9EA 4PCEA 4Z6IA 2R0VA 5F63A 4MEQA 4NR5A 5CQ7A 5E73A 4A9JA 2OUOA 5AD3A 5DW2A 4LYWA 2KTBB 5D3TA 5EQ1A 4CUSA 5I40A 4N4IA 4HXPA 5ENJA 5IGKA 5G4RA 4NRBA 4NYVA 5I88A 4NQNA 4QR4A 4N4FA 4XY8A 5EWVA 4RVRA 5D24A 2OO1A 5CRZA 5HM0A 4BW1A 5A7CA 4UYHA 3O37A 4MR6A 3MXFA 5C4QA 5A5RA 3MUKA 3MB3A 5DLZA 5EU1A 4CUQA 5DFCA 5EV9A 5A5OA 5L8UA 4A9LA 4QC1A 4HXOA 5CY9A 4TS8A 5I7YA 4HXRA 5A5QA 5CFWA 4YBSA 4J0SA 4NRAA 4QEVA 5ETDA 5DYUA 5EISA 5F1LA 3QZSA 4HXKA 5HELA 4J1PA 4QZSA 4QC3A 4O70A 4O76A 5ETBA 4A9FA 4ZW1A 5EM3A 4CURA 5FFVA 4Q0NA 2DVQA 2OSSA 5G4SA 5LKTA 5CQ5A 3SVFA 3U5PA 4BJXA 5FB0A 4PY6A 5EPRA 3JVLA 4QYDA 5F36A 5H85A 4CUPA 4TT6A 5H1VA 4GPJA 5HRVA 3ONIA 2F6NA 4LZRA 2LSPB 5CUGA 5FE7A 3UVDA 5ENBA 3LQHA 5H1UA 5DY7A 4Z6HA 2DKWA 4XY9A 5LJ1A 5CS8A 3SVGA 4A9NA 3JVKA 2D82A 5CQ6A 4YYJA 5HFQA 5TCMA 5EWHA 5EPBA 4UYGA 3TLPA 5J0DA 4O71A 3LXJA 5L96A 1WUMA 3ZYUA 2RNYA 5A5PA 4DONA 3UVWA 5ENGA 5E7DA 4PS5A 4ZQLA 5IBNA 4KV1A 5D26A 4HXNA 5E3GA 2RFJA 4OGJA 4YYIA 4HBXA 5BT4A 2YQDA 5IGLA 5DKHA 5FE5A 4QB3A 5DBMA 5L98A 5KTUA 5DW1A 1X0JA 5CUDA 3S92A 2F6JA 4NQMA 5II2A 5D3NA 5E9MA 3RCWA 4A9IA 4QEWA 3HMFA 5C7NA 5FH6A 5CQ4A 5FG6A 5L99A 1N72A 4O75A 5HCLA 4CL9A 5HRWA 4QNSA 5DFDA 2YEKA 4NXJA 5LJ0A 5D3JA 4PTBA 5EA1A 4QR5A 3O34A 4MR5A 5C8GA 5TB6A 4UIUA 5F61A 4YYHA 2YEMA 4YH4A 4HBWA 4WIVA 3GG3A 5KTXA 4J0RA 5EWWA 3IU5A 5HFRA 4A9EA 4XYAA 5C89A 4MENA 3IU6A 3JVJA 3U5NA 4YADA 4TZ2A 4UYDA 3MULA 3UV2A 4ALHA 4Z93A 3O36A 4O74A 4BW2A 5ENIA 4QSQA 4UYFB 4O7CA 5I86A 4QSSA 5F1HA 3P5OA 5FE4A 5CTLA 3U5OA 5DYXA 5EPSA 4KV4A 4UYFA 5DX4A 5COIA 5KU3A 5CQ3A 5E9YA 4TZ8A 4LZSA 2L5EA 3Q2FA 3I3JA 5CQTA 2DVSA 4YBMA 4NYXA 4UIZA 4YK0A 5E9VA 3P1EA 4J3IA 4AKNA 1ZS5A 5FE3A 5LVQA 5D3RA 1JM4B 5EP7A 4QSXA 4UITA 4NR4A 4QYLA 5BT5A 2DVVA 4NR9A 5F62A 4CLBA 4LR6A 4E96A 4F3IA 3LQJA 4TYLA 5CUBA 4O72A 3JVMA 5E3DA 5F25A 5CUEA 5EGUA 5FFWA 5DKDA 2MJVB 5C87A 4YAXA 3MB4A 3P1FA 4CUTA 1WUGA 4MR4A 5KHMA 4YYMA 2YDWA 5FH7A 5AD2A 3D7CA 5H1TA 5CUAA 4UIVA 5HJCA 5FG5A 4YH3A 5C85A 2DWWA 3O33A 4YYDA 5F60A 5D7XA 5AMEA 5E9KA 5E9IA 4QSWA 5D3PA 4BHWA 5FG4A 2RNXA 2YYNA 4WHWA 5F2PA 4N4GA 5HQ5A 2GRCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4YBTA 5DYAA 2NXBA 3HMEA 4QSRA 5II1A 4NUCA 5LVRA 4O7AA 4HBYA 4LC2A 3O35A 5E0RA 5D0CA 5CUCA 4O7EA 5E9LA 2E7OA 5HEMA 4NUEA 3DAIA 3AQAA 4O7BA 5F3AA 4BW4A 2FSAA 4TU6A 5CRMA 3DWYA 4AI6A 4IR5A 4Q0OA 5LKXA 5FE9A 2YELA 4QUUA 5L8TA 5ENEA 5LKUA 4QEUA 5LUUA 4LRGA 5IIDA 3UVYA 5FBXA 4ALGA 4TU4A 4YYNA 3UV4A 5CQ8A 4NR6A 5CZGA 5A5SA 2H60A 5CP5A 2R0YA 4TTEA 4UIWA 5FFYA 3MQMA 4TQNA 4HXMA 4IR6A 5I89A 4BW3A 5AMFA 3D1BA 5FE8A 4A9KA 2I8NA 4NUDA 5HENA 5FH8A 4IOQA 5CPEA 5I1QA 4Z1SA 4QSVA 4A9MA 2G4AA 4YATA 4YABA 4NYWA 5A85A 4PCIA 3P1CA 5LJ2A 2R10A 4FLPA 5F5ZA 5EICA 4QSPA 3Q2EA 4KCXA 5A81A 4HBVA 5A82A 1E6IA 4A9HA 3SVHA 4LYSA 3LJWA 4NRCA 3UV5A 4ZC9A 5FB1A 4HXLA 2YW5A 5BT3A 4UIXA 5EWDA 4XUBA 5IGMA 5IG6A 5JWMA 5K29A 2DVRA 3U5KA 5LKZA 5D3SA 4MEOA 4C67A 5HLSA 3AADA 4UIYA 4HXSA 4AKHA 5D3LA 2E7NA 4YYGA 4C66A 5FE0A 5I83A 5EVAA 4NR8A 5FDZA 5ENCA 4O77A 2DATA 3G0JA 1JSPB 5EWCA 5ENFA 2RS9B 2WP2A 4WHUA 2RO1A 3G0LA 3HMHA 2E3KA 4QR3A 3FKMX 4IR3A 3UW9A 5E74A 4A9OA 5ENHA 5CU8A 5A5NA 4QY4A 4UYEA 5HQ7A 4NR7A 4N3WA 2R0SA 4TT4A 2RNWA 4QBMA 5CQAA 5FE1A 4Y03A 3U5LA 4CFLA 5D25A 5KO4A 5JI8A 5KTWA 4O78A 4IORA 4X2IA 4YY4A 4LDFA 4YYKA 3U5JA 5DLXA 2L84A 4CFKA 5I29A 4OGIA 1EQFA 2WP1A 5D3HA 5HQ6A 4N4HA 5IGNA 4PKLA 2N9GA 5FE2A 5DYCA 5A83A 5L97A 5ACYA 5CGPA 5I7XA 3P1DA 4CUUA 4MEPA 5EI4A 4Z1QA 4OUFA 3QZVA 3NXBA 5DKCA 5I80A 3U5MA 5EK9A 4O7FA 3QZTA 2I7KA 4MR3A 5DFBA 5HRXA 2RI7A 2L85A 4XUAA 4YY6A 5FE6A 3S91A 3K2JA 4YC9A 4NS5A 4LYIA 4TT2A 4LZ2A 3UVXA 1F68A 3LQIA 4IR4A 4QSUA 4QSTA 4QUTA 4IOOA 2D9EA 4PCEA 4Z6IA 2R0VA 5F63A 4MEQA 4NR5A 5CQ7A 5E73A 4A9JA 2OUOA 5AD3A 5DW2A 4LYWA 2KTBB 5D3TA 5EQ1A 4CUSA 5I40A 4N4IA 4HXPA 5ENJA 5IGKA 5G4RA 4NRBA 4NYVA 5I88A 4NQNA 4QR4A 4N4FA 4XY8A 5EWVA 4RVRA 5D24A 2OO1A 5CRZA 5HM0A 4BW1A 5A7CA 4UYHA 3O37A 4MR6A 3MXFA 5C4QA 5A5RA 3MUKA 3MB3A 5DLZA 5EU1A 4CUQA 5DFCA 5EV9A 5A5OA 5L8UA 1PUOA 4A9LA 4QC1A 4HXOA 5CY9A 4TS8A 5I7YA 4HXRA 5A5QA 4AKIA 5CFWA 4YBSA 4J0SA 4NRAA 4QEVA 5ETDA 5DYUA 5EISA 5F1LA 3QZSA 4HXKA 5HELA 4J1PA 4QZSA 4QC3A 4O70A 4O76A 5ETBA 4A9FA 4ZW1A 5EM3A 4CURA 5FFVA 4Q0NA 2DVQA 2OSSA 5G4SA 5LKTA 5CQ5A 3SVFA 3U5PA 4BJXA 5FB0A 4PY6A 5EPRA 3JVLA 4QYDA 1ZKRA 5F36A 5H85A 4CUPA 4TT6A 5H1VA 4GPJA 5HRVA 3ONIA 2F6NA 4LZRA 2LSPB 5CUGA 5FE7A 3UVDA 5ENBA 3LQHA 5H1UA 5DY7A 4Z6HA 2DKWA 4XY9A 5LJ1A 5CS8A 3SVGA 4A9NA 3JVKA 2D82A 5CQ6A 4YYJA 5HFQA 5TCMA 5EWHA 5EPBA 4UYGA 3TLPA 5J0DA 4O71A 3LXJA 5L96A 1WUMA 3ZYUA 2RNYA 5A5PA 4DONA 3UVWA 5ENGA 5E7DA 4PS5A 4ZQLA 5IBNA 3D1DA 4KV1A 5D26A 4HXNA 5E3GA 2RFJA 4OGJA 4YYIA 4HBXA 4AKGA 5BT4A 2YQDA 5IGLA 5DKHA 5FE5A 4QB3A 2EJNA 5DBMA 5L98A 5KTUA 5DW1A 1X0JA 5CUDA 3S92A 2F6JA 4NQMA 5II2A 5D3NA 5E9MA 3RCWA 4A9IA 4QEWA 3HMFA 5C7NA 5FH6A 5CQ4A 5FG6A 5L99A 1N72A 4O75A 5HCLA 4CL9A 5HRWA 4QNSA 5DFDA 2YEKA 4NXJA 5LJ0A 5D3JA 4PTBA 5EA1A 4QR5A 3O34A 4MR5A 5C8GA 5TB6A 4UIUA 5F61A 4YYHA 2YEMA 4YH4A 4HBWA 4WIVA 3GG3A 5KTXA 4J0RA 5EWWA 3IU5A 5HFRA 4A9EA 4XYAA 5C89A 4MENA 3IU6A 3JVJA 3U5NA 4YADA 4TZ2A 4UYDA 3MULA 3UV2A 4ALHA 4Z93A 3O36A 4O74A 4BW2A 5ENIA 4QSQA 4UYFB 4O7CA 5I86A 4QSSA 5F1HA 3P5OA 5FE4A 5CTLA 3U5OA 5DYXA 5EPSA 4KV4A 4UYFA 5DX4A 5COIA 5KU3A 5CQ3A 5E9YA 4TZ8A 4LZSA 2L5EA 3Q2FA 3I3JA 5CQTA 2DVSA 4YBMA 4NYXA 4UIZA 4YK0A 5E9VA 3P1EA 4J3IA 4AKNA 1ZS5A 5FE3A 5LVQA 5D3RA 1JM4B 5EP7A 4QSXA 4UITA 4NR4A 4QYLA 5BT5A 2DVVA 4NR9A 5F62A 4CLBA 3ERRA 4LR6A 4E96A 4F3IA 3LQJA 4TYLA 5CUBA 4O72A 3JVMA 5E3DA 5F25A 5CUEA 5EGUA 5FFWA 5DKDA 2MJVB 5C87A 4YAXA 3MB4A 3P1FA 4CUTA 1WUGA 4MR4A 5KHMA 4YYMA 2YDWA 5FH7A 5AD2A 3D7CA 5H1TA 5CUAA 4UIVA 5HJCA 5FG5A 4YH3A 5C85A 2DWWA 3O33A 4YYDA 5F60A 5D7XA 5AMEA 5E9KA 5E9IA 4QSWA 5D3PA 4BHWA 5FG4A 2RNXA 2YYNA 4WHWA 5F2PA 3VKHA 4N4GA 5HQ5A 3VKGA 2GRCA
chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4YBT A;  5DYA A;  2NXB A;  3HME A;  4QSR A;  5II1 A;  4NUC A;  5LVR A;  4O7A A;  4HBY A;  4LC2 A;  3O35 A;  5E0R A;  5D0C A;  5CUC A;  4O7E A;  5E9L A;  2E7O A;  5HEM A;  4NUE A;  3DAI A;  3AQA A;  4O7B A;  5F3A A;  4BW4 A;  2FSA A;  4TU6 A;  5CRM A;  3DWY A;  4IR5 A;  4Q0O A;  5LKX A;  5FE9 A;  2YEL A;  4QUU A;  5L8T A;  5ENE A;  5LKU A;  4QEU A;  5LUU A;  4LRG A;  5IID A;  3UVY A;  5FBX A;  4ALG A;  4TU4 A;  4YYN A;  3UV4 A;  5CQ8 A;  4NR6 A;  5CZG A;  5A5S A;  2H60 A;  5CP5 A;  2R0Y A;  4TTE A;  4UIW A;  5FFY A;  3MQM A;  4TQN A;  4HXM A;  4IR6 A;  5I89 A;  4BW3 A;  5AMF A;  5FE8 A;  4A9K A;  2I8N A;  4NUD A;  5HEN A;  5FH8 A;  4IOQ A;  5CPE A;  5I1Q A;  4Z1S A;  4QSV A;  4A9M A;  2G4A A;  4YAT A;  4YAB A;  4NYW A;  5A85 A;  4PCI A;  3P1C A;  5LJ2 A;  2R10 A;  4FLP A;  5F5Z A;  5EIC A;  4QSP A;  3Q2E A;  4KCX A;  5A81 A;  4HBV A;  5A82 A;  1E6I A;  4A9H A;  3SVH A;  4LYS A;  3LJW A;  4NRC A;  3UV5 A;  4ZC9 A;  5FB1 A;  4HXL A;  2YW5 A;  5BT3 A;  4UIX A;  5EWD A;  4XUB A;  5IGM A;  5IG6 A; 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 4YBT A;  5DYA A;  2NXB A;  3HME A;  4QSR A;  5II1 A;  4NUC A;  5LVR A;  4O7A A;  4HBY A;  4LC2 A;  3O35 A;  5E0R A;  5D0C A;  5CUC A;  4O7E A;  5E9L A;  2E7O A;  5HEM A;  4NUE A;  3DAI A;  3AQA A;  4O7B A;  5F3A A;  4BW4 A;  2FSA A;  4TU6 A;  5CRM A;  3DWY A;  4AI6 A;  4IR5 A;  4Q0O A;  5LKX A;  5FE9 A;  2YEL A;  4QUU A;  5L8T A;  5ENE A;  5LKU A;  4QEU A;  5LUU A;  4LRG A;  5IID A;  3UVY A;  5FBX A;  4ALG A;  4TU4 A;  4YYN A;  3UV4 A;  5CQ8 A;  4NR6 A;  5CZG A;  5A5S A;  2H60 A;  5CP5 A;  2R0Y A;  4TTE A;  4UIW A;  5FFY A;  3MQM A;  4TQN A;  4HXM A;  4IR6 A;  5I89 A;  4BW3 A;  5AMF A;  3D1B A;  5FE8 A;  4A9K A;  2I8N A;  4NUD A;  5HEN A;  5FH8 A;  4IOQ A;  5CPE A;  5I1Q A;  4Z1S A;  4QSV A;  4A9M A;  2G4A A;  4YAT A;  4YAB A;  4NYW A;  5A85 A;  4PCI A;  3P1C A;  5LJ2 A;  2R10 A;  4FLP A;  5F5Z A;  5EIC A;  4QSP A;  3Q2E A;  4KCX A;  5A81 A;  4HBV A;  5A82 A;  1E6I A;  4A9H A;  3SVH A;  4LYS A;  3LJW A;  4NRC A;  3UV5 A;  4ZC9 A;  5FB1 A;  4HXL A;  2YW5 A;  5BT3 A;  4UIX A;  5EWD A;  4XUB A; 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