5EWHA

Crystal structure of the human brpf1 bromodomain in complex with seed19
Total Genus 38
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
38
sequence length
113
structure length
113
Chain Sequence
EMQLTPFLILLRKTLEQLQEKDTGNIFSEPVPLSEVPDYLDHIKKPMDFFTMKQNLEAYRYLNFDDFEEDFNLIVSNCLKYNAKDTIFYRAAVRLREQGGAVLRQARRQAEKM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Dna binding protein
molecule keywords Peregrin
publication title Twenty Crystal Structures of Bromodomain and PHD Finger Containing Protein 1 (BRPF1)/Ligand Complexes Reveal Conserved Binding Motifs and Rare Interactions.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 38
structure length 113
sequence length 113
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-11-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5ewhA00
4NR8A 5ACYA 4QEUA 5FE2A 3Q2EA 5J0DA 5I86A 3LXJA 5FE5A 3Q2FA 2DVQA 5I40A 2RNYA 5FFYA 4LZ2A 4A9KA 4QEWA 2DVSA 3QZTA 4O75A 3O33A 5F1HA 2DVRA 5KTXA 5HEMA 5E3DA 4IR6A 4QB3A 5DW2A 4O72A 4NS5A 3MQMA 5CUEA 5CQ7A 5EWDA 5I7YA 4YYJA 4QSVA 5EV9A 4TT6A 5CUBA 3S92A 4A9HA 2N9GA 4Z1SA 5FG5A 5I29A 5JWMA 4HXNA 1EQFA 5I1QA 4YY4A 5FH6A 5CQTA 3P1CA 3TLPA 4J3IA 4QR3A 2E3KA 4UIUA 5D3HA 4O7EA 2DWWA 3RCWA 5H1TA 4MENA 4CFLA 4Q0NA 3SVFA 5E74A 4GPJA 5A5OA 5LKXA 5DY7A 4QY4A 5IGNA 4A9EA 5F3AA 2L85A 4NXJA 4QYDA 4IR4A 2YYNA 5D25A 5L96A 4UYFB 4O71A 5E7DA 5DKDA 5FB0A 3MUKA 5I7XA 5EA1A 5CU8A 5KTUA 5I88A 4HXRA 5H1UA 5FE0A 5TB6A 2G4AA 5FE9A 5D3PA 4OUFA 4UITA 4KV1A 5CQ6A 5CQ4A 3U5OA 3UVWA 4QSWA 5C8GA 5FBXA 3AADA 4HXLA 3UW9A 5LJ1A 4KCXA 5FDZA 4CUQA 2RNXA 2DKWA 5L98A 4UIYA 4YYGA 5DBMA 3UVYA 4UIVA 5CTLA 5L8TA 4YY6A 4QR5A 5A85A 3D7CA 4QBMA 5D3JA 3LQIA 4XY9A 4QEVA 3DAIA 5A83A 3SVHA 5LKUA 4Y03A 4QZSA 5HELA 3LJWA 5CUAA 5EVAA 4O70A 3LQHA 5CQAA 5CQ5A 4QSUA 5LVRA 5DYUA 4IR5A 5DFCA 5E0RA 4NR9A 5G4RA 5BT4A 5DFDA 5FB1A 4QSSA 4LYSA 3QZSA 4J0SA 2OUOA 5HJCA 4XUAA 4QR4A 4YYKA 4YYMA 4YATA 5FFWA 4LZSA 4UYGA 5E9LA 5CP5A 5D0CA 5LUUA 4DONA 5C4QA 4WHWA 3GG3A 5FH7A 3NXBA 2OO1A 5F60A 5HENA 5D3NA 5COIA 2GRCA 5IGKA 4QSRA 3UVXA 4CL9A 5CQ3A 4PY6A 5HFQA 2YEKA 5F61A 3IU5A 5A5NA 5CUDA 4BW3A 2L84A 5ETDA 1X0JA 4O76A 4TZ8A 4OGJA 4NQNA 4AKNA 4ALGA 3K2JA 4NUDA 5AMEA 4ZQLA 4HXKA 5II2A 5IGMA 4ZW1A 2R0YA 4NYVA 4NYXA 4X2IA 2WP2A 5A5SA 5DLZA 5EK9A 4XYAA 3ZYUA 4HXMA 4IOQA 4LC2A 5D7XA 4TYLA 5E9YA 4XY8A 5FE6A 5CGPA 4Z6IA 5CPEA 5EWHA 5EGUA 5LKTA 2H60A 2E7OA 4NR6A 4IR3A 3P5OA 4MEQA 4BJXA 5EQ1A 5F62A 4PCEA 2FSAA 5ENBA 4XUBA 2D82A 5BT3A 5D26A 4BW1A 5KU3A 3G0LA 4MR4A 4O74A 4YYDA 4TT2A 3QZVA 5K29A 4IORA 5FFVA 1F68A 4UIXA 4KV4A 3P1FA 5DYXA 4IOOA 4A9MA 5F2PA 2I7KA 4HBYA 5D24A 3O34A 4TT4A 3UVDA 4A9FA 4NR7A 4YH3A 5FE8A 5KTWA 5CFWA 1WUMA 5ENIA 5EPBA 5KHMA 4NR5A 5D3SA 5CZGA 4A9NA 3MXFA 3AQAA 5ENEA 4UYDA 5ENGA 2I8NA 3U5NA 3I3JA 3JVJA 4ALHA 5DKHA 5HLSA 5ENJA 3U5PA 4LDFA 4QC3A 4YH4A 5A7CA 5ETBA 3O35A 3JVMA 4O78A 4A9IA 4YK0A 3JVKA 4NUEA 4PKLA 4A9JA 5H85A 3UV5A 5H1VA 4MR6A 4J1PA 5L97A 3MB4A 5HRWA 5EWWA 3S91A 5ENHA 5BT5A 3DWYA 2F6NA 5CRZA 4MR5A 5DFBA 4RVRA 5EI4A 4QUTA 4NUCA 1JSPB 2L5EA 4HXOA 5CUGA 4LR6A 5ENCA 5A81A 4YYHA 5HQ6A 4NQMA 4J0RA 4CUSA 4WIVA 5TCMA 4YYNA 4UYFA 4YC9A 4UYEA 4UYHA 1N72A 2YQDA 3O36A 4QSTA 5LVQA 5A82A 3UV2A 4TU6A 5DX4A 3U5LA 3JVLA 2R0SA 4TZ2A 4FLPA 5EWCA 2WP1A 4QSPA 4BHWA 4A9OA 4QUUA 5DYAA 5CS8A 2DATA 4LRGA 5EICA 4PS5A 4LYIA 5KO4A 4CURA 5FE4A 2LSPB 5HRXA 2RNWA 2YELA 4MEPA 4PTBA 5AD2A 5L8UA 2KTBB 5HQ5A 4HBVA 5EP7A 2R10A 3MB3A 5F36A 3U5MA 5F25A 2YW5A 4N4HA 4NYWA 5DKCA 5I80A 3P1EA 5D3TA 5FE1A 5AMFA 4QSXA 5DW1A 5JI8A 4F3IA 5D3RA 5E9IA 2OSSA 4YABA 4N4FA 4CUPA 5EPSA 4NRBA 4HBWA 4Q0OA 4QNSA 4TS8A 4C66A 5IBNA 5LKZA 4OGIA 4LZRA 2RFJA 4O7CA 4TTEA 2F6JA 4PCIA 5DYCA 4CUUA 5II1A 4HBXA 1E6IA 4YBTA 5CUCA 4CUTA 5EISA 5E9MA 5IGLA 4NR4A 4YAXA 5E3GA 3UV4A 5IIDA 2RS9B 3FKMX 4Z6HA 5E9VA 3G0JA 2MJVB 4UIWA 5A5RA 4YADA 4HXSA 4NRAA 4O7FA 3ONIA 5F63A 3HMEA 5C7NA 4N4IA 4BW4A 5C85A 5C87A 2NXBA 3IU6A 4C67A 1WUGA 3SVGA 4QC1A 5L99A 4Z93A 4O7AA 4NRCA 4YYIA 3U5JA 4CFKA 5A5PA 5A5QA 5FE7A 5HFRA 4N4GA 3MULA 4QSQA 5AD3A 5LJ2A 5HCLA 4Z1QA 4QYLA 3P1DA 5HM0A 5FE3A 2RI7A 4ZC9A 4WHUA 3O37A 5CQ8A 5E9KA 4CLBA 5HRVA 4N3WA 3HMHA 1ZS5A 4BW2A 5IG6A 4MR3A 4YBSA 5F1LA 2YDWA 2YEMA 5G4SA 4YBMA 4E96A 5FH8A 5I83A 2DVVA 4O7BA 5C89A 5D3LA 2RO1A 5I89A 3U5KA 5DLXA 3HMFA 4TU4A 5HQ7A 5F5ZA 5CRMA 5EM3A 1JM4B 5FG6A 5EWVA 4UIZA 5EU1A 4MEOA 3LQJA 5E73A 5EPRA 4TQNA 5CY9A 5LJ0A 2D9EA 4HXPA 5FG4A 2E7NA 5ENFA 4LYWA 4A9LA 2R0VA 4O77A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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