2DVVA

Crystal structure of the second bromodomain of the human brd2 protein
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
112
structure length
112
Chain Sequence
GSHMEQLKHCNGILKELLSKKHAAYAWPFYKPVDASALGLHDYHDIIKHPMDLSTVKRKMENRDYRDAQEFAADVRLMFSNCYKYNPPDHDVVAMARKLQDVFEFRYAKMPD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transcription
molecule keywords Bromodomain-containing protein 2
publication title Crystal structure of the second bromodomain of the human Brd2 protein
rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 42
structure length 112
sequence length 112
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-08-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 2dvvA00
5A82A 5ENIA 2F6NA 4J3IA 3U5LA 4NQMA 3Q2EA 3U5OA 5AMFA 5FE6A 5E9LA 4QSUA 4QC3A 2E7OA 2RFJA 3P1FA 4NUDA 5D3NA 4HXMA 3LJWA 4A9JA 4HXPA 4YH4A 5DFBA 4AKNA 5FE7A 2NXBA 2DVRA 4Z1QA 4NR6A 3LQIA 2I8NA 3P1DA 5I80A 4OUFA 2OUOA 3ONIA 5FH7A 3MULA 4QUUA 4A9LA 4CURA 2WP2A 4QSSA 4ZC9A 4PCEA 4LRGA 3JVMA 4O78A 4Q0OA 5JWMA 4PKLA 4A9KA 5F63A 3GG3A 5E73A 4A9HA 4TZ8A 4CUUA 4YYJA 4QYLA 4CUSA 5EPRA 5LKXA 5DKDA 1N72A 2YYNA 4LZ2A 4MEQA 4UIXA 4TTEA 5I7YA 1X0JA 5FFYA 2E3KA 4LYSA 5FG6A 5HM0A 4CFKA 5E0RA 4NR4A 1E6IA 5E9YA 5DFCA 5FE1A 5FE4A 5LKUA 5LUUA 5E74A 4KV1A 4N4GA 5DLZA 3FKMX 4MEPA 4Z1SA 5D3HA 4BHWA 5CUAA 4CL9A 5FH6A 4NYWA 5F1LA 5FE2A 4O71A 5F60A 5ENCA 5FFVA 4HXLA 5D7XA 4KCXA 5LVRA 3LQJA 2DVQA 5H1UA 4BJXA 5BT3A 5ENJA 5C8GA 3MXFA 4X2IA 4ALGA 2RO1A 2DKWA 5EISA 5L98A 4MENA 4YAXA 5FG5A 3MB3A 5FH8A 5IGLA 5AD2A 5CRZA 5LJ1A 4OGJA 4QC1A 4A9IA 4BW2A 2YEMA 4BW4A 5HQ7A 5CUGA 5EV9A 4NR5A 4IR4A 2R0SA 3O33A 4TT4A 4YYNA 5F2PA 2YW5A 4YC9A 4XY8A 5KTWA 4QUTA 4BW3A 5CUEA 4NYVA 1WUGA 5FDZA 3P5OA 4QSQA 5DYXA 1WUMA 5HLSA 4YYMA 2RI7A 5C87A 2YELA 3IU6A 5IG6A 5HRXA 4QY4A 5EICA 4YYDA 3LXJA 4UYEA 5D3PA 5A5QA 4YH3A 4NYXA 5A5NA 4YBMA 5DBMA 4UIUA 5I40A 3U5PA 5F25A 5G4SA 5BT4A 3QZTA 5A5OA 4HBYA 3P1CA 4LR6A 3UVDA 4HBWA 5FE3A 3DWYA 4NRCA 4MR4A 4TU4A 5BT5A 4O70A 3JVKA 4QSTA 5IIDA 5E9VA 4LYWA 5FE8A 3HMFA 3K2JA 2RS9B 4NRAA 3UVXA 4UYHA 5FE5A 5FBXA 3MQMA 4XUAA 5I1QA 4XY9A 5A81A 3SVHA 4WIVA 4A9EA 5FB0A 1EQFA 3I3JA 2MJVB 5HRWA 5EI4A 5E7DA 3AQAA 4LDFA 5CTLA 5D3SA 5A7CA 4HXRA 2G4AA 3MUKA 5L8UA 5CQTA 2GRCA 5DKCA 4XYAA 4QR5A 5L96A 5KTXA 3G0JA 1ZS5A 3P1EA 2I7KA 4NR8A 5HEMA 4NQNA 2RNXA 4F3IA 5FE0A 3JVJA 2L5EA 4TT6A 4DONA 5CZGA 5CUBA 5E9KA 5C89A 3RCWA 4YY6A 5CFWA 2OO1A 5FG4A 3Q2FA 5DYAA 5E9IA 4YATA 5F3AA 4IORA 3O34A 4OGIA 5ACYA 5AD3A 4TT2A 5EWDA 4WHWA 4O7CA 4IOQA 4UIWA 5CUCA 5IGKA 5D25A 5A5PA 4A9MA 5EGUA 5DX4A 3QZSA 4J0SA 4CUPA 4QEWA 5ENBA 2N9GA 4UYGA 2E7NA 5D3RA 3UVYA 5H1TA 5E9MA 4N4IA 5HQ6A 4MR5A 5C85A 3G0LA 4O7EA 5EQ1A 5CPEA 4NRBA 4QEUA 4HXSA 3UVWA 4O72A 4IR3A 4UIZA 2YDWA 2YQDA 4O75A 3U5KA 5I7XA 4QBMA 5I83A 5L8TA 5F61A 5CGPA 3ZYUA 5CQ6A 4CUQA 5EWVA 5I29A 5D26A 5D3JA 4PY6A 5D24A 5TB6A 4KV4A 2R0YA 4J1PA 4Z93A 2R10A 4TS8A 4FLPA 5CQ8A 3TLPA 5A85A 5HCLA 4QB3A 4PTBA 5FFWA 4E96A 5H1VA 5COIA 4HXKA 4TZ2A 5CRMA 4ALHA 4NR9A 3HMEA 4HBXA 5D0CA 5LJ0A 5EU1A 5E3GA 2D82A 3S92A 4PS5A 4YK0A 5DFDA 5K29A 5EWHA 4QSRA 4O77A 4UIYA 5CP5A 5CQAA 5DYUA 5ETBA 3U5MA 2FSAA 5FE9A 4IOOA 5F5ZA 4NXJA 3AADA 4QZSA 5DW2A 3NXBA 5CY9A 5DW1A 4ZW1A 4LC2A 4MR6A 4O74A 5C7NA 4QSXA 5LKZA 5I89A 4BW1A 4CUTA 4HXOA 4LZSA 5ENGA 4UYDA 5CU8A 5A5RA 4QR3A 5DYCA 5F1HA 4YY4A 4NUEA 5E3DA 2OSSA 5CQ3A 2DATA 4C67A 4YADA 4MR3A 5II1A 4Z6IA 4LZRA 4N4FA 5JI8A 5D3LA 5LVQA 3S91A 4A9NA 5KTUA 4QYDA 3U5JA 3O35A 5LJ2A 4HXNA 5CQ4A 4YYHA 5AMEA 5HFQA 5G4RA 5CUDA 2R0VA 4UYFA 5KHMA 4O7FA 4TQNA 5F36A 5EPBA 3QZVA 5IGNA 3O37A 4Q0NA 4NS5A 2H60A 5ENEA 2YEKA 5DY7A 4O76A 4QSPA 4ZQLA 2F6JA 4XUBA 2D9EA 4QEVA 2DVVA 4PCIA 4QNSA 5I88A 4IR6A 4Z6HA 3IU5A 4MEOA 4UIVA 4UYFB 5A83A 5EWWA 4YBTA 4CLBA 4O7BA 4NUCA 4RVRA 5HRVA 5ENHA 2RNWA 4YYIA 3SVFA 2L84A 4CFLA 5F62A 3UV5A 5HQ5A 4C66A 5I86A 5DKHA 4A9FA 5CQ5A 4QSWA 4LYIA 4YYGA 5II2A 5CQ7A 2RNYA 5ETDA 4Y03A 5HELA 4YBSA 4N4HA 5CS8A 5IGMA 4QR4A 4TU6A 5EA1A 5H85A 2L85A 2LSPB 2DWWA 1F68A 4QSVA 4YABA 5ENFA 5EPSA 5A5SA 5DLXA 5L99A 5LKTA 3O36A 3D7CA 3U5NA 4WHUA 4HBVA 5EVAA 4IR5A 5HJCA 5FB1A 5D3TA 3UV2A 5KU3A 1JSPB 2DVSA 1JM4B 4UITA 5L97A 4N3WA 4O7AA 5EP7A 5C4QA 5IBNA 3SVGA 4YYKA 2WP1A 2KTBB 4A9OA 5HENA 5EK9A 4TYLA 3HMHA 5EWCA 3LQHA 5EM3A 4GPJA 5HFRA 3MB4A 4J0RA 4NR7A 5KO4A 5J0DA 3JVLA 3UV4A 3DAIA 5TCMA 3UW9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5A82A 5ENIA 2F6NA 4J3IA 3U5LA 4NQMA 3Q2EA 3U5OA 5AMFA 5FE6A 5E9LA 4QSUA 4QC3A 2E7OA 2RFJA 3P1FA 4NUDA 5D3NA 4HXMA 3LJWA 4A9JA 4HXPA 4YH4A 5DFBA 4AKNA 5FE7A 2NXBA 2DVRA 4Z1QA 4NR6A 3LQIA 2I8NA 3P1DA 5I80A 4OUFA 2OUOA 3ONIA 5FH7A 3MULA 4QUUA 4A9LA 4CURA 2WP2A 4QSSA 4ZC9A 4PCEA 4LRGA 3JVMA 4O78A 4Q0OA 5JWMA 4PKLA 4A9KA 5F63A 3GG3A 5E73A 4A9HA 4TZ8A 4CUUA 4YYJA 4QYLA 4CUSA 5EPRA 5LKXA 5DKDA 1N72A 2YYNA 4LZ2A 4MEQA 4UIXA 4TTEA 5I7YA 1X0JA 5FFYA 2E3KA 4LYSA 5FG6A 5HM0A 4CFKA 5E0RA 4NR4A 1E6IA 5E9YA 5DFCA 5FE1A 5FE4A 5LKUA 5LUUA 5E74A 4KV1A 4N4GA 5DLZA 3FKMX 4MEPA 4Z1SA 5D3HA 4BHWA 5CUAA 4CL9A 5FH6A 4NYWA 5F1LA 5FE2A 4O71A 5F60A 5ENCA 5FFVA 4HXLA 5D7XA 4KCXA 5LVRA 3LQJA 2DVQA 5H1UA 4BJXA 5BT3A 5ENJA 5C8GA 3MXFA 4X2IA 4ALGA 2RO1A 2DKWA 5EISA 5L98A 4MENA 4YAXA 5FG5A 3MB3A 5FH8A 5IGLA 5AD2A 5CRZA 5LJ1A 4OGJA 4QC1A 4A9IA 4BW2A 2YEMA 4BW4A 5HQ7A 5CUGA 5EV9A 4NR5A 4IR4A 3O33A 2R0SA 4TT4A 4YYNA 3ERRA 5F2PA 2YW5A 4YC9A 4XY8A 5KTWA 4QUTA 4BW3A 5CUEA 4NYVA 1WUGA 5FDZA 3P5OA 4QSQA 5DYXA 1WUMA 5HLSA 4YYMA 2RI7A 5C87A 2YELA 3IU6A 5IG6A 5HRXA 4QY4A 5EICA 4YYDA 3LXJA 4UYEA 5D3PA 5A5QA 4YH3A 4NYXA 5A5NA 4YBMA 5DBMA 4UIUA 5I40A 3U5PA 5F25A 5G4SA 5BT4A 3QZTA 5A5OA 4HBYA 3P1CA 4LR6A 3UVDA 4HBWA 5FE3A 3DWYA 4NRCA 4MR4A 4TU4A 5BT5A 4O70A 3JVKA 4QSTA 5IIDA 5E9VA 4LYWA 5FE8A 3HMFA 3K2JA 2RS9B 4NRAA 3UVXA 4UYHA 5FE5A 4AKHA 5FBXA 3MQMA 4XUAA 5I1QA 4XY9A 5A81A 3SVHA 4WIVA 4A9EA 5FB0A 1EQFA 3I3JA 2MJVB 5HRWA 5EI4A 5E7DA 3AQAA 4LDFA 5CTLA 5D3SA 5A7CA 4HXRA 2G4AA 3MUKA 5L8UA 5CQTA 2GRCA 5DKCA 4XYAA 4QR5A 5L96A 5KTXA 3G0JA 1ZS5A 3P1EA 2I7KA 4NR8A 5HEMA 4NQNA 2RNXA 4F3IA 5FE0A 3JVJA 2L5EA 4TT6A 4DONA 5CZGA 3VKHA 5CUBA 5E9KA 5C89A 3RCWA 4YY6A 5CFWA 2OO1A 5FG4A 3Q2FA 5DYAA 5E9IA 4YATA 5F3AA 4IORA 3O34A 4OGIA 5ACYA 5AD3A 4TT2A 4AI6A 5EWDA 4WHWA 4O7CA 4IOQA 4UIWA 5CUCA 2EJNA 5IGKA 5D25A 5A5PA 4A9MA 5EGUA 5DX4A 3QZSA 4J0SA 4CUPA 4QEWA 5ENBA 2N9GA 4UYGA 2E7NA 5D3RA 3UVYA 5H1TA 5E9MA 4N4IA 5HQ6A 4MR5A 3VKGA 5C85A 3G0LA 4O7EA 5EQ1A 5CPEA 4NRBA 4QEUA 4HXSA 3UVWA 4O72A 4IR3A 4UIZA 2YDWA 2YQDA 4O75A 3U5KA 5I7XA 4QBMA 5I83A 5L8TA 5F61A 5CGPA 3ZYUA 5CQ6A 4CUQA 5EWVA 5I29A 3D1DA 5D26A 5D3JA 4PY6A 5D24A 5TB6A 4KV4A 2R0YA 4J1PA 4Z93A 2R10A 4TS8A 4FLPA 5CQ8A 1ZKRA 5A85A 3TLPA 5HCLA 4QB3A 4PTBA 5FFWA 4E96A 5H1VA 5COIA 4HXKA 4TZ2A 5CRMA 4ALHA 4NR9A 3HMEA 4HBXA 5D0CA 5LJ0A 5EU1A 5E3GA 2D82A 3S92A 4PS5A 4YK0A 5DFDA 5K29A 5EWHA 4QSRA 4O77A 4UIYA 5CP5A 5CQAA 5DYUA 5ETBA 3U5MA 2FSAA 5FE9A 4IOOA 5F5ZA 4NXJA 3AADA 4QZSA 5DW2A 3NXBA 5CY9A 5DW1A 4ZW1A 4LC2A 4MR6A 4O74A 5C7NA 4QSXA 5LKZA 5I89A 4BW1A 4CUTA 4HXOA 4LZSA 5ENGA 4UYDA 5CU8A 5A5RA 4QR3A 5DYCA 5F1HA 4YY4A 4NUEA 5E3DA 2OSSA 5CQ3A 2DATA 4C67A 4YADA 4MR3A 5II1A 4Z6IA 4LZRA 4N4FA 5JI8A 5D3LA 5LVQA 3S91A 4A9NA 5KTUA 4QYDA 3U5JA 3O35A 5LJ2A 4HXNA 5CQ4A 4YYHA 5AMEA 5HFQA 5G4RA 5CUDA 2R0VA 4UYFA 5KHMA 4O7FA 4TQNA 3D1BA 5F36A 5EPBA 3QZVA 5IGNA 3O37A 4Q0NA 4NS5A 2H60A 5ENEA 2YEKA 5DY7A 4O76A 4QSPA 4ZQLA 2F6JA 4XUBA 2D9EA 4QEVA 2DVVA 4PCIA 4QNSA 4AKIA 5I88A 4IR6A 4Z6HA 3IU5A 4MEOA 4UIVA 4UYFB 5A83A 5EWWA 4YBTA 4CLBA 4O7BA 4NUCA 4RVRA 5HRVA 5ENHA 2RNWA 4YYIA 3SVFA 2L84A 4CFLA 5F62A 3UV5A 5HQ5A 4C66A 5I86A 5DKHA 4A9FA 5CQ5A 4QSWA 4LYIA 4YYGA 5II2A 5CQ7A 4AKGA 2RNYA 5ETDA 4Y03A 5HELA 4YBSA 4N4HA 5CS8A 5IGMA 4QR4A 4TU6A 5EA1A 5H85A 2L85A 2LSPB 2DWWA 1F68A 4QSVA 4YABA 5ENFA 5EPSA 5A5SA 5DLXA 5L99A 5LKTA 3O36A 3D7CA 3U5NA 4WHUA 4HBVA 5EVAA 4IR5A 5HJCA 5FB1A 5D3TA 3UV2A 5KU3A 1JSPB 2DVSA 1JM4B 4UITA 5L97A 4N3WA 4O7AA 5EP7A 5C4QA 5IBNA 3SVGA 4YYKA 2WP1A 2KTBB 4A9OA 5HENA 5EK9A 4TYLA 3HMHA 5EWCA 3LQHA 5EM3A 4GPJA 5HFRA 3MB4A 4J0RA 4NR7A 5KO4A 5J0DA 3JVLA 1PUOA 3UV4A 3DAIA 5TCMA 3UW9A
chains in the Genus database with same CATH topology
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