5DW2A

X-ray crystal structure of human brd4(bd1) in complex with rvx297 to 1.12 a resolution
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title RVX-297- a novel BD2 selective inhibitor of BET bromodomains.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Protein binding/inhibitor
total genus 43
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-09-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5dw2A01
3TLPA 4Z6HA 2DKWA 5I89A 4HBXA 5II1A 4YABA 4O7EA 5CQ3A 2L5EA 5F63A 2DVRA 4LZRA 5FG5A 4C66A 5J0DA 2RFJA 4CUTA 2WP1A 4YBSA 3O35A 3DWYA 3HMHA 4KV1A 3ZYUA 2RI7A 5CUEA 4XUBA 4QSUA 2D9EA 4NR9A 4YH4A 3O33A 4J3IA 4HXSA 2I7KA 4QSSA 3RCWA 4MR5A 5CP5A 3P1CA 4A9MA 5HRWA 4QC1A 5CUGA 2GRCA 5HRXA 5DW2A 3U5LA 5CS8A 5LJ1A 4RVRA 5C4QA 4PCIA 5II2A 5F61A 5CQTA 4Z6IA 5HEMA 5AD3A 2KTBB 5DKCA 4NRAA 5AMFA 2YEKA 5E74A 4HXNA 4MR6A 5DYXA 4MEOA 5L8UA 4N3WA 4PCEA 4QSQA 2L85A 4UIVA 4WHWA 4XYAA 5EA1A 5ETDA 5F1HA 5F1LA 2WP2A 4HBWA 4A9IA 2DVQA 4QC3A 5KHMA 4A9EA 5EWWA 5C7NA 4N4FA 5EK9A 5A5SA 5LKXA 5D3HA 5HJCA 4C67A 4N4IA 2DVSA 5I88A 4HXPA 4YH3A 3D7CA 5DLZA 3U5JA 4Y03A 4NUEA 5EISA 4BW2A 5CTLA 5D25A 3HMFA 3UV4A 3U5KA 4XUAA 5LKUA 4TZ8A 2OSSA 4IR5A 5DLXA 5FH6A 4UYFB 3MUKA 5EQ1A 5CQ7A 4QSWA 4YYJA 2D82A 5EP7A 3UVDA 3LQJA 4NR7A 4BW1A 3UVWA 4YBTA 5AMEA 4PY6A 5ENEA 1JM4B 4UITA 4N4GA 4IOQA 5D26A 5D3RA 4QR4A 4TQNA 5G4SA 3P1EA 5FH8A 5EV9A 5C89A 5HQ5A 4NQNA 3G0JA 4YYGA 4QSPA 3MQMA 3SVFA 5FE6A 5HFRA 5I29A 2RS9B 5IGKA 5ENBA 5F5ZA 5DFBA 5A5NA 2N9GA 3UV5A 5C8GA 1WUMA 5C85A 4LZ2A 5D0CA 3HMEA 4UIWA 3O34A 4TU4A 5ENCA 5JI8A 2FSAA 5IG6A 5ETBA 4CFKA 5LJ2A 4TS8A 5EWVA 4A9KA 3O37A 5A5QA 3Q2FA 5CQAA 4PTBA 4LR6A 5D7XA 5FE1A 4DONA 2YQDA 5DY7A 4HXRA 5KTUA 4O70A 5I7XA 3MB4A 5IGNA 5A5PA 5FFYA 3MULA 1JSPB 2DVVA 4NRBA 5EM3A 5L8TA 1X0JA 5TCMA 3P1FA 5H1VA 1EQFA 4A9LA 5E7DA 2L84A 4O7AA 5KO4A 5LKZA 4QEWA 4MEPA 5D24A 5I86A 3JVKA 4J0RA 4QYDA 4FLPA 4QUUA 5L97A 4UYGA 3AADA 4UYFA 5EPRA 3I3JA 5CQ4A 3QZSA 5EICA 5I1QA 4A9HA 4Q0NA 2E7OA 4UIYA 3UW9A 5A81A 4LRGA 4NRCA 5CFWA 4O77A 3LXJA 5FB1A 5EWCA 4MENA 4J1PA 5FE8A 4O75A 3UVYA 4IORA 5KU3A 4NS5A 4UYDA 5D3JA 4NUDA 4QY4A 3QZTA 1N72A 5DKHA 4QEVA 4YYDA 5HELA 5FB0A 4Z1SA 5I80A 5DKDA 5D3PA 5DYAA 5E3DA 5F2PA 4CUUA 3JVLA 5D3TA 2YDWA 5CQ8A 5K29A 4TZ2A 5D3LA 3P5OA 4AKNA 4HXOA 4OGIA 2YEMA 3U5MA 4ALHA 4O7CA 5E9VA 4O78A 4CUSA 4YYIA 2G4AA 5HQ6A 5CU8A 4ALGA 3MXFA 3IU5A 4UIUA 5DFCA 4LDFA 4NR6A 4QSRA 5A85A 5F25A 4X2IA 4OUFA 5I7YA 4NYVA 3AQAA 4Z1QA 5CUCA 5IIDA 4QBMA 2OUOA 4QEUA 4YYHA 5E9LA 5ENFA 2YW5A 5AD2A 4ZC9A 5CQ5A 3IU6A 4CURA 2R0YA 4LZSA 2YELA 5CUBA 5A7CA 4O7FA 4QSTA 5LVQA 4TTEA 4QNSA 5CPEA 5E9KA 2OO1A 5E3GA 3O36A 3SVHA 5HENA 5FE0A 5BT5A 2DATA 3NXBA 4PS5A 2F6NA 5IGLA 5F60A 5ENIA 3LJWA 4YYKA 5ACYA 4O71A 4NQMA 5FFWA 4ZW1A 4CUQA 3LQIA 4YK0A 4CLBA 5F36A 4ZQLA 5A5OA 5FDZA 5LUUA 4IR4A 4CFLA 3P1DA 4A9FA 2RNWA 4QR5A 4HXLA 4QSVA 4GPJA 4LYWA 4QSXA 4YADA 3MB3A 5EWDA 4NXJA 5L96A 3S91A 4TT6A 5ENHA 5A82A 4QR3A 5LKTA 5H85A 4QUTA 5FFVA 4YYMA 3JVJA 1ZS5A 4WIVA 5H1UA 5A5RA 5L98A 4YY4A 5FE4A 1F68A 4YATA 4BW4A 4OGJA 4CL9A 3LQHA 5DYUA 4YYNA 4YAXA 5LJ0A 4NYXA 4YC9A 4XY8A 2NXBA 5CRMA 4Z93A 5JWMA 4NUCA 3DAIA 5FG4A 5E0RA 5HRVA 5HFQA 4UYHA 5CZGA 4O74A 4HBYA 4O72A 5DFDA 4KCXA 4HXMA 5FG6A 4BHWA 4PKLA 5ENGA 5EI4A 5E9MA 5FBXA 4O7BA 3S92A 5CRZA 4E96A 3K2JA 4TU6A 5DBMA 4YY6A 5DYCA 4KV4A 4QZSA 5HCLA 3U5NA 5G4RA 4CUPA 2E7NA 5H1TA 3U5OA 5ENJA 5EWHA 3FKMX 5EPSA 4UIXA 5F3AA 3UVXA 4LYSA 4NR8A 4A9OA 5BT4A 5CQ6A 3GG3A 2H60A 4N4HA 4TT4A 5I83A 2RO1A 5E73A 5COIA 5DX4A 4QB3A 5KTXA 5CUAA 5EGUA 5FE5A 5A83A 5C87A 5E9IA 5D3NA 1WUGA 2R0SA 4WHUA 2RNYA 4NR4A 5TB6A 2RNXA 4MR4A 2R10A 2YYNA 5I40A 5IBNA 5HM0A 5E9YA 4O76A 5FE9A 2DWWA 3QZVA 5FE2A 4TYLA 4UYEA 3G0LA 3JVMA 5KTWA 2I8NA 5CGPA 4TT2A 4BW3A 5LVRA 5FH7A 5CUDA 4NYWA 4J0SA 2LSPB 5HQ7A 4HXKA 5IGMA 5FE3A 5CY9A 4HBVA 2F6JA 3Q2EA 5D3SA 5HLSA 4LYIA 4MEQA 4IR6A 5DW1A 4A9JA 3SVGA 2R0VA 3UV2A 1E6IA 5EPBA 4BJXA 3U5PA 5EU1A 2E3KA 4YBMA 4Q0OA 4F3IA 5EVAA 4NR5A 4XY9A 5L99A 4LC2A 4IR3A 4MR3A 4QYLA 4UIZA 4A9NA 2MJVB 5BT3A 3ONIA 5FE7A 4IOOA 5F62A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TLPA 4Z6HA 3D1BA 2DKWA 5I89A 4HBXA 5II1A 4YABA 4O7EA 5CQ3A 2L5EA 5F63A 2DVRA 4LZRA 5FG5A 4C66A 5J0DA 2RFJA 4CUTA 2WP1A 4YBSA 3O35A 3DWYA 3HMHA 3ERRA 4KV1A 3ZYUA 2RI7A 5CUEA 4XUBA 4QSUA 2D9EA 4NR9A 4YH4A 3O33A 4J3IA 4HXSA 2I7KA 4QSSA 3RCWA 4MR5A 5CP5A 3P1CA 4A9MA 5HRWA 4QC1A 5CUGA 2GRCA 5HRXA 5DW2A 3U5LA 5CS8A 5LJ1A 4RVRA 5C4QA 3VKGA 4PCIA 5II2A 5F61A 5CQTA 4Z6IA 5HEMA 5AD3A 2KTBB 5DKCA 4NRAA 5AMFA 2YEKA 5E74A 4HXNA 4MR6A 5DYXA 4MEOA 5L8UA 4N3WA 4PCEA 4QSQA 2L85A 4UIVA 4WHWA 4XYAA 5EA1A 5ETDA 5F1HA 5F1LA 2WP2A 4HBWA 4A9IA 2DVQA 4QC3A 5KHMA 4A9EA 5EWWA 5C7NA 4N4FA 5EK9A 5A5SA 5LKXA 5D3HA 5HJCA 4C67A 4N4IA 2DVSA 5I88A 4HXPA 4YH3A 3D7CA 5DLZA 3U5JA 4Y03A 4NUEA 5EISA 4BW2A 5CTLA 5D25A 4AKIA 3HMFA 3UV4A 3U5KA 4XUAA 5LKUA 4TZ8A 2OSSA 4IR5A 5DLXA 5FH6A 4UYFB 3MUKA 5EQ1A 5CQ7A 4QSWA 4YYJA 2D82A 5EP7A 3UVDA 3LQJA 4NR7A 4BW1A 3UVWA 4YBTA 5AMEA 4PY6A 5ENEA 1JM4B 4UITA 4N4GA 4IOQA 5D26A 5D3RA 4QR4A 4TQNA 5G4SA 3P1EA 5FH8A 5EV9A 5C89A 5HQ5A 4NQNA 3G0JA 4YYGA 4QSPA 3MQMA 3SVFA 5FE6A 5HFRA 5I29A 2RS9B 4AI6A 4AKHA 5IGKA 5ENBA 5F5ZA 5DFBA 5A5NA 2EJNA 2N9GA 3UV5A 5C8GA 1WUMA 5C85A 4LZ2A 5D0CA 3HMEA 4UIWA 3O34A 4TU4A 5ENCA 5JI8A 2FSAA 5IG6A 5ETBA 4CFKA 5LJ2A 4TS8A 5EWVA 4A9KA 3O37A 5A5QA 3Q2FA 5CQAA 4PTBA 4LR6A 5D7XA 5FE1A 4DONA 2YQDA 5DY7A 4HXRA 5KTUA 4O70A 5I7XA 3MB4A 5IGNA 5A5PA 5FFYA 3MULA 1JSPB 2DVVA 4NRBA 5EM3A 5L8TA 1X0JA 5TCMA 3P1FA 5H1VA 1EQFA 4A9LA 5E7DA 2L84A 4O7AA 5KO4A 5LKZA 4QEWA 4MEPA 5D24A 5I86A 3JVKA 4J0RA 4QYDA 4FLPA 4QUUA 5L97A 4UYGA 3AADA 4UYFA 5EPRA 3I3JA 5CQ4A 3QZSA 5EICA 5I1QA 4A9HA 4Q0NA 2E7OA 4UIYA 3UW9A 5A81A 4LRGA 4NRCA 5CFWA 4O77A 3LXJA 5FB1A 5EWCA 4MENA 4J1PA 5FE8A 4O75A 3UVYA 4IORA 5KU3A 4NS5A 4UYDA 5D3JA 4NUDA 4QY4A 3QZTA 1N72A 5DKHA 4QEVA 4YYDA 5HELA 5FB0A 4Z1SA 5I80A 5DKDA 5D3PA 5DYAA 5E3DA 5F2PA 4CUUA 3JVLA 5D3TA 2YDWA 5CQ8A 5K29A 4TZ2A 5D3LA 3P5OA 4AKNA 4HXOA 4OGIA 2YEMA 3U5MA 4ALHA 4O7CA 5E9VA 4O78A 4CUSA 4YYIA 2G4AA 5HQ6A 5CU8A 4ALGA 3MXFA 3IU5A 4UIUA 5DFCA 4LDFA 4NR6A 4QSRA 5A85A 5F25A 4X2IA 4OUFA 5I7YA 4NYVA 3AQAA 4Z1QA 5CUCA 5IIDA 4QBMA 2OUOA 4QEUA 4YYHA 5E9LA 5ENFA 2YW5A 5AD2A 4ZC9A 5CQ5A 3IU6A 4CURA 2R0YA 4LZSA 2YELA 5CUBA 5A7CA 4O7FA 4QSTA 5LVQA 4TTEA 4QNSA 5CPEA 5E9KA 2OO1A 5E3GA 3O36A 3SVHA 5HENA 5FE0A 5BT5A 2DATA 3NXBA 4PS5A 2F6NA 5IGLA 5F60A 5ENIA 3LJWA 4YYKA 5ACYA 4O71A 4NQMA 5FFWA 4ZW1A 4CUQA 3LQIA 4YK0A 4CLBA 5F36A 4ZQLA 5A5OA 5FDZA 5LUUA 4IR4A 4CFLA 3P1DA 4A9FA 2RNWA 4QR5A 4HXLA 4QSVA 4GPJA 4LYWA 4QSXA 4YADA 3MB3A 5EWDA 4NXJA 5L96A 3S91A 4TT6A 5ENHA 5A82A 4QR3A 5LKTA 5H85A 3VKHA 4QUTA 5FFVA 4YYMA 3JVJA 1ZS5A 4WIVA 5H1UA 5A5RA 5L98A 4YY4A 5FE4A 1F68A 4YATA 4BW4A 4OGJA 4CL9A 3LQHA 5DYUA 4YYNA 4YAXA 5LJ0A 4NYXA 4YC9A 4XY8A 2NXBA 5CRMA 4Z93A 5JWMA 4NUCA 3DAIA 5FG4A 5E0RA 5HRVA 5HFQA 4UYHA 5CZGA 4O74A 4HBYA 3D1DA 4O72A 5DFDA 4KCXA 4HXMA 5FG6A 4BHWA 4PKLA 5ENGA 5EI4A 5E9MA 5FBXA 4O7BA 3S92A 5CRZA 4E96A 3K2JA 4TU6A 5DBMA 4YY6A 5DYCA 4KV4A 4QZSA 5HCLA 3U5NA 5G4RA 4CUPA 2E7NA 5H1TA 3U5OA 5ENJA 5EWHA 3FKMX 5EPSA 4UIXA 5F3AA 3UVXA 4LYSA 1ZKRA 4NR8A 4A9OA 5BT4A 5CQ6A 3GG3A 2H60A 4N4HA 4TT4A 5I83A 2RO1A 5E73A 5COIA 5DX4A 4QB3A 5KTXA 5CUAA 5EGUA 5FE5A 5A83A 5C87A 5E9IA 5D3NA 1WUGA 2R0SA 4WHUA 2RNYA 4NR4A 5TB6A 2RNXA 4MR4A 2R10A 2YYNA 5I40A 5IBNA 5HM0A 5E9YA 4O76A 5FE9A 2DWWA 3QZVA 5FE2A 4TYLA 4UYEA 3G0LA 3JVMA 5KTWA 2I8NA 5CGPA 4TT2A 4BW3A 5LVRA 5FH7A 5CUDA 4NYWA 4J0SA 2LSPB 5HQ7A 4HXKA 5IGMA 5FE3A 1PUOA 5CY9A 4HBVA 2F6JA 3Q2EA 5D3SA 5HLSA 4LYIA 4MEQA 4IR6A 5DW1A 4A9JA 3SVGA 2R0VA 3UV2A 1E6IA 5EPBA 4BJXA 3U5PA 5EU1A 4AKGA 2E3KA 4YBMA 4Q0OA 4F3IA 5EVAA 4NR5A 4XY9A 5L99A 4LC2A 4IR3A 4MR3A 4QYLA 4UIZA 4A9NA 2MJVB 5BT3A 3ONIA 5FE7A 4IOOA 5F62A
chains in the Genus database with same CATH topology
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