5DW2A

X-ray crystal structure of human brd4(bd1) in complex with rvx297 to 1.12 a resolution
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title RVX-297- a novel BD2 selective inhibitor of BET bromodomains.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Protein binding/inhibitor
total genus 43
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-09-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5dw2A01
2NXBA 4BW1A 5A5SA 3U5PA 5I1QA 5E0RA 5L8TA 4QSSA 5F1HA 5L8UA 5A81A 2E7OA 2H60A 4LYIA 4OGJA 4HXNA 2LSPB 4E96A 5G4RA 2DVVA 3D7CA 4HBWA 3RCWA 2RS9B 5HELA 4WIVA 4O70A 5EWWA 3O36A 4OGIA 4QUUA 1E6IA 4WHWA 3SVGA 2YYNA 2YQDA 3U5LA 5H1UA 2E3KA 4IR5A 4UYFA 3AADA 5FH6A 4O78A 5EPSA 4J0SA 4TZ2A 5DBMA 5LVRA 2OO1A 5DFCA 4KV4A 5G4SA 4O7AA 5DY7A 5L98A 5HFQA 2YELA 4MR5A 3MB3A 4J1PA 4O77A 5I89A 2YDWA 4TU6A 5CTLA 4UIZA 5LJ1A 4ZW1A 2D9EA 4BJXA 5HEMA 5LVQA 4QNSA 5ENBA 4QYDA 1ZS5A 4IOQA 4QSQA 5FG5A 2WP2A 5AD2A 3IU6A 2R10A 4PS5A 3O33A 4HXPA 5D3SA 3JVKA 4LYWA 3K2JA 5F25A 5ACYA 5D24A 5HRXA 5DYCA 5D3NA 5F61A 4X2IA 4ZC9A 4QSPA 3LJWA 4TU4A 4QSVA 4YYNA 4O7BA 3MB4A 2R0YA 4QR5A 5H85A 5DFDA 5C8GA 4YH4A 4QB3A 5F3AA 4HBVA 3G0JA 5E9IA 5CRMA 5FH7A 5KHMA 4A9KA 2DVSA 4YATA 5E3GA 4UIXA 5F62A 4UITA 4LZRA 5EV9A 5CY9A 5LKZA 2RO1A 5DYAA 4NR6A 5D25A 5F60A 4UYHA 5D3HA 4TS8A 5CUBA 1WUMA 5DKHA 5J0DA 2F6JA 5TB6A 3I3JA 4O76A 5EI4A 5LUUA 2YEKA 3TLPA 4QYLA 5DKDA 5DW1A 5A5NA 5K29A 4QBMA 4IR3A 3IU5A 5HCLA 5CUAA 4Z93A 5FE6A 5DFBA 5F5ZA 4NUDA 4XYAA 5CQ5A 4PCEA 4A9IA 5E9LA 5ENHA 4N4HA 4O74A 4N4FA 5EPRA 5BT5A 2RI7A 3P5OA 5D7XA 3QZSA 3P1CA 3ONIA 3SVHA 3UW9A 4PKLA 5ETBA 4NQNA 3AQAA 4IR6A 5AD3A 5DLZA 5HRVA 4XUAA 3P1DA 5C87A 3Q2FA 5D3RA 5DYUA 4Q0NA 5FFYA 5I88A 4YK0A 4A9HA 5C7NA 3LQHA 5A5RA 4HBYA 5AMFA 5ENJA 4YBMA 3GG3A 4N4GA 4AKNA 4F3IA 3UV4A 4DONA 5E9KA 5EQ1A 5H1TA 3Q2EA 2N9GA 5EGUA 5H1VA 4ALGA 4CFKA 4NR9A 4LR6A 3JVMA 5CQAA 4NR5A 5F1LA 4UYEA 5EA1A 3QZVA 4KV1A 4UIUA 5DKCA 5CPEA 5EISA 4QSUA 2DVQA 4PY6A 2R0VA 2KTBB 2YW5A 4QY4A 2L84A 5F2PA 4O72A 4Z1QA 5IG6A 5I7XA 4BHWA 4QZSA 5DX4A 3UVXA 4UYDA 3UV5A 1JSPB 2L85A 5A5QA 5F63A 4YBSA 5FE5A 4J3IA 5DYXA 5EICA 3S92A 5COIA 5CRZA 5I80A 5FFVA 4QUTA 5IGNA 4HXRA 5FDZA 4QSTA 4NXJA 2F6NA 5HQ5A 5CGPA 4QSXA 5HRWA 4HXSA 4YYJA 3SVFA 5BT4A 4ZQLA 5HENA 5IGKA 5EU1A 4MR4A 5A83A 5FG6A 5I29A 5A85A 4MR3A 5FBXA 4QSWA 4BW3A 3LQIA 5DW2A 5CQ4A 5DLXA 4YABA 2D82A 2RNXA 4MEOA 4A9LA 2E7NA 4A9NA 4A9MA 4YYGA 4NRBA 5CUGA 5FH8A 5ENGA 5FE3A 4NRCA 5FFWA 4O71A 5I83A 4NYVA 4LZ2A 4YC9A 5E9VA 1F68A 5CQTA 5EWVA 5L97A 4HXKA 5EVAA 5D0CA 5FB1A 4YY6A 5LKUA 5E9MA 4YYDA 5LKTA 5KTWA 5IIDA 5KTXA 4CFLA 5D26A 5CQ6A 1WUGA 4MENA 5I7YA 4O7EA 5E9YA 4MEPA 4LC2A 3LQJA 4TQNA 1EQFA 2L5EA 3U5JA 3U5NA 4YADA 3LXJA 4YYMA 3DAIA 4Z6IA 4BW2A 5CFWA 4NS5A 2RNYA 3MULA 5C85A 5FE7A 4YYKA 4C66A 2OSSA 5FE9A 5A5PA 5CS8A 5EWCA 5LJ0A 5ETDA 5BT3A 5E3DA 2DWWA 5EK9A 4TT6A 4XY8A 4Y03A 4IR4A 3JVJA 3HMHA 4TT4A 3O34A 4LYSA 5CQ7A 4TT2A 4CLBA 3JVLA 5CP5A 4QC1A 4YAXA 4CUTA 3QZTA 5A7CA 4LZSA 4YBTA 4XY9A 4BW4A 4PTBA 4CUQA 4PCIA 3UVWA 5JWMA 5CUEA 4UIYA 3O35A 5D3PA 4QR3A 4GPJA 5E7DA 4NRAA 5CQ8A 4LRGA 5LJ2A 4NYWA 3FKMX 4NUCA 4A9JA 5HM0A 4Z1SA 5EWHA 4HXOA 4TTEA 4QEVA 5FE1A 5HQ7A 5HFRA 5KTUA 5KU3A 5I40A 5D3TA 2GRCA 4MR6A 5HJCA 1X0JA 3UVDA 4RVRA 4O7FA 4CL9A 5FE8A 5ENCA 4UYGA 2R0SA 4IOOA 4OUFA 4UIWA 4TZ8A 5IGLA 5TCMA 4CURA 3P1EA 2I8NA 3UV2A 5A5OA 4YH3A 5FG4A 4YY4A 4C67A 3G0LA 5A82A 5L96A 4YYHA 5C89A 3UVYA 5C4QA 5II1A 3HMEA 2RFJA 4QSRA 4NUEA 3U5OA 4O7CA 2DVRA 4CUPA 2RNWA 2WP1A 5L99A 4NR8A 4O75A 4N3WA 4CUSA 5HQ6A 4UIVA 5CZGA 4IORA 5D3JA 5FE4A 5II2A 5EP7A 5AMEA 4A9FA 4TYLA 2G4AA 4QEWA 3ZYUA 2FSAA 5FB0A 4HXMA 2MJVB 5KO4A 3DWYA 3HMFA 4YYIA 5IBNA 2DKWA 5FE0A 3NXBA 1N72A 4J0RA 5I86A 4NYXA 4HXLA 4QEUA 5IGMA 3U5KA 4ALHA 4XUBA 5E73A 4Q0OA 4FLPA 5CUCA 4KCXA 3S91A 5CU8A 4N4IA 5EWDA 1JM4B 4Z6HA 3MUKA 4A9EA 3O37A 5FE2A 5CUDA 5CQ3A 4NR4A 4UYFB 4MEQA 2I7KA 3MQMA 2YEMA 5EM3A 4HBXA 4LDFA 5ENIA 5EPBA 5JI8A 5E74A 4NR7A 5F36A 5ENFA 5HLSA 3P1FA 4WHUA 5LKXA 4A9OA 4CUUA 4QC3A 3MXFA 5D3LA 3U5MA 4QR4A 4NQMA 2DATA 2OUOA 5ENEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2NXBA 4BW1A 5A5SA 3U5PA 5I1QA 5E0RA 5L8TA 4QSSA 5F1HA 5L8UA 5A81A 2E7OA 2H60A 4LYIA 4OGJA 4HXNA 2LSPB 4E96A 5G4RA 2DVVA 3D7CA 4HBWA 3RCWA 2RS9B 5HELA 4WIVA 4O70A 5EWWA 3O36A 4OGIA 4QUUA 1E6IA 4WHWA 3SVGA 2YYNA 2YQDA 3U5LA 5H1UA 2E3KA 4IR5A 4UYFA 3AADA 5FH6A 4O78A 5EPSA 4J0SA 4TZ2A 5DBMA 5LVRA 2OO1A 4KV4A 5DFCA 5G4SA 4O7AA 5DY7A 5L98A 4AKHA 5HFQA 2YELA 4MR5A 3MB3A 4J1PA 4O77A 5I89A 2YDWA 4TU6A 5CTLA 4UIZA 5LJ1A 4ZW1A 2D9EA 4BJXA 5HEMA 5LVQA 4QNSA 5ENBA 4QYDA 1ZS5A 4IOQA 4QSQA 5FG5A 2WP2A 5AD2A 3IU6A 2R10A 4PS5A 3O33A 4HXPA 5D3SA 3JVKA 4LYWA 3K2JA 5F25A 5ACYA 5D24A 5HRXA 3VKHA 5DYCA 5D3NA 5F61A 3ERRA 4X2IA 4ZC9A 4QSPA 3LJWA 4TU4A 4QSVA 4YYNA 4O7BA 3MB4A 2R0YA 4QR5A 5H85A 5DFDA 5C8GA 4YH4A 4QB3A 5F3AA 4HBVA 3G0JA 5E9IA 5CRMA 1PUOA 5FH7A 5KHMA 4A9KA 2DVSA 4YATA 5E3GA 4UIXA 5F62A 4UITA 4LZRA 5EV9A 5CY9A 5LKZA 2RO1A 5DYAA 4NR6A 5D25A 5F60A 4UYHA 5D3HA 4TS8A 5CUBA 1WUMA 5DKHA 5J0DA 2F6JA 5TB6A 4AI6A 1ZKRA 3I3JA 4O76A 5EI4A 5LUUA 2YEKA 3TLPA 4QYLA 5DKDA 5DW1A 5A5NA 5K29A 4QBMA 4IR3A 3IU5A 5HCLA 5CUAA 4Z93A 5FE6A 5DFBA 5F5ZA 4NUDA 4XYAA 5CQ5A 4PCEA 4A9IA 5E9LA 5ENHA 4AKIA 4N4HA 4O74A 4N4FA 5EPRA 5BT5A 2RI7A 3P5OA 5D7XA 3QZSA 3P1CA 3ONIA 3SVHA 3UW9A 4PKLA 5ETBA 4NQNA 3AQAA 4IR6A 5AD3A 5DLZA 5HRVA 4XUAA 3P1DA 5C87A 3Q2FA 5D3RA 5DYUA 4Q0NA 5FFYA 5I88A 4YK0A 4A9HA 5C7NA 3LQHA 5A5RA 4HBYA 5AMFA 5ENJA 4YBMA 3GG3A 4N4GA 4AKNA 4F3IA 3UV4A 4DONA 5E9KA 5EQ1A 5H1TA 3Q2EA 2N9GA 5EGUA 5H1VA 4ALGA 4CFKA 4NR9A 4LR6A 3JVMA 5CQAA 4NR5A 5F1LA 4UYEA 5EA1A 3QZVA 4KV1A 4UIUA 5DKCA 5CPEA 5EISA 4QSUA 2DVQA 4PY6A 2R0VA 2KTBB 2YW5A 4QY4A 2L84A 5F2PA 4O72A 4Z1QA 5IG6A 5I7XA 4BHWA 4QZSA 5DX4A 3UVXA 4UYDA 3UV5A 1JSPB 2L85A 5A5QA 5F63A 4YBSA 5FE5A 4J3IA 5DYXA 5EICA 3S92A 5COIA 5CRZA 5I80A 5FFVA 4QUTA 5IGNA 4HXRA 5FDZA 4QSTA 4NXJA 2F6NA 5HQ5A 5CGPA 4QSXA 5HRWA 4HXSA 4YYJA 3SVFA 5BT4A 4ZQLA 5HENA 5IGKA 5EU1A 4MR4A 5A83A 5FG6A 5I29A 5A85A 3D1DA 4MR3A 5FBXA 4QSWA 4BW3A 3LQIA 5DW2A 5CQ4A 5DLXA 4YABA 2D82A 2RNXA 4MEOA 4A9LA 2E7NA 4A9NA 4A9MA 4YYGA 4NRBA 5CUGA 5FH8A 5ENGA 5FE3A 4NRCA 5FFWA 4O71A 5I83A 4NYVA 4LZ2A 4YC9A 5E9VA 1F68A 5CQTA 5EWVA 5L97A 4HXKA 5EVAA 5D0CA 5FB1A 4YY6A 5LKUA 5E9MA 4YYDA 5LKTA 5KTWA 5IIDA 5KTXA 4CFLA 5D26A 5CQ6A 1WUGA 4MENA 5I7YA 4O7EA 5E9YA 4MEPA 4LC2A 3LQJA 4TQNA 1EQFA 2L5EA 3U5JA 3U5NA 4YADA 3LXJA 4YYMA 3DAIA 4Z6IA 4BW2A 5CFWA 4NS5A 2RNYA 3MULA 5C85A 5FE7A 4YYKA 4C66A 3VKGA 2OSSA 5FE9A 5A5PA 5CS8A 5EWCA 5LJ0A 5ETDA 5BT3A 5E3DA 2DWWA 5EK9A 4TT6A 4XY8A 4Y03A 4IR4A 3JVJA 3HMHA 4TT4A 3O34A 4LYSA 5CQ7A 4TT2A 4CLBA 3JVLA 5CP5A 4QC1A 4YAXA 4CUTA 3QZTA 5A7CA 3D1BA 4LZSA 4YBTA 4XY9A 4AKGA 4BW4A 4PTBA 4CUQA 4PCIA 3UVWA 5JWMA 5CUEA 4UIYA 3O35A 5D3PA 4QR3A 4GPJA 5E7DA 4NRAA 5CQ8A 4LRGA 5LJ2A 4NYWA 3FKMX 4NUCA 4A9JA 5HM0A 4Z1SA 5EWHA 4HXOA 4TTEA 4QEVA 5FE1A 5HQ7A 5HFRA 5KTUA 5KU3A 5I40A 5D3TA 2GRCA 4MR6A 5HJCA 1X0JA 3UVDA 4RVRA 4O7FA 4CL9A 5FE8A 5ENCA 4UYGA 2R0SA 4IOOA 4OUFA 4UIWA 4TZ8A 5IGLA 5TCMA 4CURA 3P1EA 2I8NA 3UV2A 5A5OA 4YH3A 5FG4A 4YY4A 4C67A 3G0LA 5A82A 5L96A 4YYHA 2EJNA 5C89A 3UVYA 5C4QA 5II1A 3HMEA 2RFJA 4QSRA 4NUEA 3U5OA 4O7CA 2DVRA 4CUPA 2RNWA 2WP1A 5L99A 4NR8A 4O75A 4N3WA 4CUSA 5HQ6A 4UIVA 5CZGA 4IORA 5D3JA 5FE4A 5II2A 5EP7A 5AMEA 4A9FA 4TYLA 2G4AA 4QEWA 3ZYUA 2FSAA 5FB0A 4HXMA 2MJVB 5KO4A 3DWYA 3HMFA 4YYIA 5IBNA 2DKWA 5FE0A 3NXBA 1N72A 4J0RA 5I86A 4NYXA 4HXLA 4QEUA 5IGMA 3U5KA 4ALHA 4XUBA 5E73A 4Q0OA 4FLPA 5CUCA 4KCXA 3S91A 5CU8A 4N4IA 5EWDA 1JM4B 4Z6HA 3MUKA 4A9EA 3O37A 5FE2A 5CUDA 5CQ3A 4NR4A 4UYFB 4MEQA 2I7KA 3MQMA 2YEMA 5EM3A 4HBXA 4LDFA 5ENIA 5EPBA 5JI8A 5E74A 4NR7A 5F36A 5ENFA 5HLSA 3P1FA 4WHUA 5LKXA 4A9OA 4CUUA 4QC3A 3MXFA 5D3LA 3U5MA 4QR4A 4NQMA 2DATA 2OUOA 5ENEA
chains in the Genus database with same CATH topology
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