5DW2A

X-ray crystal structure of human brd4(bd1) in complex with rvx297 to 1.12 a resolution
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Protein binding/inhibitor
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title RVX-297- a novel BD2 selective inhibitor of BET bromodomains.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 43
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-09-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5dw2A01
4A9IA 3QZVA 4Z1QA 2L5EA 4O7CA 2RS9B 3G0JA 3IU6A 5CGPA 4QR4A 5EV9A 5C87A 2R0SA 4QSRA 4UIZA 5CRMA 5L8TA 2DKWA 4GPJA 5KTXA 5HJCA 2R0VA 5FFVA 3I3JA 5G4RA 4HBXA 4NYWA 4YYMA 4NXJA 4NRAA 5I88A 5FG4A 5EPSA 5DX4A 3ZYUA 2E7NA 5F5ZA 4PS5A 5CU8A 5E3GA 2E3KA 3RCWA 4QB3A 5EPRA 4NR7A 5I80A 4MEPA 2E7OA 4X2IA 5CPEA 5A82A 5LVQA 4CUQA 2OSSA 5E9YA 5F3AA 3Q2EA 5HFRA 2RO1A 5FE3A 5KHMA 5HEMA 5HQ6A 2YEKA 2WP2A 4YH4A 3SVGA 5E9VA 5CRZA 5DW1A 5D3RA 5HRXA 4UIVA 5ETDA 5TB6A 2YELA 5AD2A 5D3JA 3UV4A 5L98A 5A85A 5DYCA 2DVSA 4MEQA 4NUDA 5DFDA 3U5MA 5C85A 4A9KA 4YAXA 5D3TA 5CUCA 4UIWA 5EPBA 5DYUA 4NS5A 4HBYA 4A9OA 5EU1A 4A9HA 4QR3A 3O34A 3UV2A 2I8NA 1JM4B 5EP7A 4Z93A 4YK0A 4YYKA 4QSTA 5I1QA 4A9MA 2OO1A 5A5SA 5CQ7A 3UVXA 4A9JA 4A9FA 4LZSA 4YYNA 5BT3A 5FE0A 4CUPA 4XY9A 2YDWA 5EGUA 4J1PA 5FE1A 4CL9A 4QSQA 5COIA 4YYIA 5KO4A 5HELA 4TS8A 4IR6A 4J0SA 5EICA 5DKDA 3JVJA 4Q0OA 4YBTA 1WUMA 4MENA 3MULA 4QZSA 3DWYA 5EM3A 4MEOA 3FKMX 4Z1SA 5CUGA 5CQ5A 5I40A 5HM0A 4NQMA 5E9LA 4O78A 5IG6A 4ALGA 3P1DA 5IBNA 5EISA 5A83A 4XYAA 2FSAA 4QEWA 4HXOA 4O7BA 4UYFA 4QEUA 3JVMA 5L97A 5L8UA 4MR6A 5C8GA 4HXRA 5FH6A 4KCXA 4CURA 5C89A 5DYXA 5AMEA 4UIYA 2OUOA 4LC2A 5EWWA 4NUEA 5FE6A 2WP1A 1JSPB 4FLPA 5FH8A 4TT6A 3D7CA 4NYVA 1X0JA 5D3HA 4O70A 5D3SA 4LYSA 5II1A 2H60A 5CUEA 5IIDA 5DW2A 2RI7A 5C7NA 4LR6A 4NRBA 5IGNA 5FE8A 5DKCA 3U5KA 4HXPA 4A9EA 2YEMA 5D3PA 4YY4A 5JI8A 4YYGA 4QC1A 5CY9A 3AADA 4IOOA 3O36A 5LJ0A 4KV1A 4NR4A 5FB1A 4TZ8A 5CQAA 5ACYA 4ALHA 3DAIA 5ENFA 4OGJA 4PCIA 4CLBA 5KTUA 5CS8A 5KU3A 5AMFA 3HMFA 4QR5A 4UYHA 5A5RA 2R0YA 2F6JA 4ZC9A 5I7XA 5IGKA 5HQ5A 4HXMA 3MQMA 4O75A 5D0CA 4CFLA 2I7KA 3S92A 3U5LA 4PCEA 5H85A 3O37A 4Z6IA 5FDZA 4NUCA 5I89A 3U5OA 5EWHA 5G4SA 4QY4A 5KTWA 4YH3A 3LQHA 5FE4A 5A5PA 4TYLA 1E6IA 3HMEA 5ETBA 4TQNA 4UIUA 3UVDA 5EK9A 4O74A 5DLZA 5HENA 4YC9A 4QBMA 4WIVA 5FE7A 4F3IA 4UYDA 4NR9A 5F2PA 3MUKA 5ENCA 5HQ7A 5FBXA 5E7DA 3NXBA 4LZRA 4IR5A 5CQ8A 5DFCA 3P1EA 4O72A 5TCMA 5DKHA 1WUGA 4TU4A 2RNXA 4O71A 4LDFA 5FG5A 5EWDA 5DBMA 5E73A 5FFYA 5CUDA 1EQFA 4WHWA 3UVWA 5LJ1A 2RNWA 5DY7A 4NYXA 5I86A 5E74A 5F1LA 4ZW1A 5LKUA 4UYGA 2YW5A 4LYWA 4OGIA 3LQIA 4WHUA 3LQJA 4TU6A 5D3LA 4BW1A 5HCLA 4C66A 4O7AA 5IGMA 3MXFA 1N72A 4QEVA 4TZ2A 5II2A 5ENIA 3ONIA 3QZSA 3O35A 4YYDA 5FG6A 4PY6A 5BT5A 4IR4A 2D82A 4NRCA 4UYFB 4CUSA 5I83A 5EWVA 5E0RA 4XUAA 3TLPA 4N4IA 4BW2A 2DVRA 5LVRA 2L85A 5ENEA 4AKNA 5EI4A 2D9EA 5FE2A 5ENGA 4LRGA 4HXSA 4QSXA 4QYLA 5HRVA 5LKXA 1F68A 4UIXA 4A9NA 4BW3A 5H1VA 4CFKA 5HRWA 4LZ2A 4UITA 5A5NA 2RNYA 3LXJA 4YYHA 4NR5A 5L99A 4TT4A 5HFQA 5CP5A 3AQAA 5CQ4A 4RVRA 5FB0A 5A5QA 2DVVA 3U5PA 3HMHA 2F6NA 2DATA 4YBMA 4HBWA 4J0RA 5H1TA 2N9GA 4QSSA 5BT4A 2L84A 4CUUA 4QSPA 3IU5A 5E3DA 5LKTA 2NXBA 4YABA 4YYJA 4QSWA 5LJ2A 4YADA 4E96A 4NQNA 5F1HA 4QSUA 4HBVA 4O7FA 5I29A 3SVHA 5EA1A 2KTBB 4QUTA 4BHWA 4PTBA 5CQTA 3UW9A 4ZQLA 2DVQA 4QUUA 4UYEA 4N4FA 3JVKA 4NR6A 4XY8A 3SVFA 4Y03A 5F62A 3UV5A 4MR3A 5D25A 4MR4A 3LJWA 5EWCA 5CZGA 5F61A 5A7CA 4KV4A 4TTEA 1ZS5A 5A81A 4BW4A 5FH7A 4N4HA 3U5JA 3QZTA 5A5OA 5CQ6A 2R10A 5F25A 4QYDA 4N4GA 5DLXA 4OUFA 3JVLA 5D3NA 4NR8A 4O7EA 5I7YA 4CUTA 3MB3A 4N3WA 3K2JA 3U5NA 4HXNA 3GG3A 3P5OA 5AD3A 5F63A 5L96A 5E9MA 4QC3A 4O76A 5EVAA 5E9KA 5F36A 4TT2A 5ENBA 5IGLA 4HXKA 5FE5A 5DFBA 4BJXA 5LUUA 4PKLA 4IORA 5D24A 5H1UA 2RFJA 2GRCA 3P1FA 3UVYA 3S91A 4O77A 5ENJA 5E9IA 3MB4A 5D7XA 2DWWA 2YQDA 5FFWA 5CQ3A 2LSPB 5CTLA 4MR5A 4QSVA 5D26A 5DYAA 4Z6HA 3P1CA 4YY6A 5K29A 4YBSA 5HLSA 5ENHA 5LKZA 3G0LA 5CFWA 2G4AA 3O33A 4IR3A 5EQ1A 4A9LA 4C67A 2YYNA 4HXLA 5F60A 5CUAA 4QNSA 5FE9A 4XUBA 4J3IA 3Q2FA 4YATA 2MJVB 4IOQA 5JWMA 4Q0NA 5C4QA 4LYIA 4DONA 5J0DA 5CUBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4A9IA 3QZVA 4Z1QA 2L5EA 4O7CA 2RS9B 3G0JA 3IU6A 5CGPA 4QR4A 5EV9A 5C87A 4AKGA 2R0SA 4QSRA 4UIZA 5CRMA 5L8TA 2DKWA 4GPJA 5KTXA 5HJCA 2R0VA 5FFVA 3I3JA 5G4RA 4HBXA 4NYWA 4YYMA 4NXJA 4NRAA 5I88A 5FG4A 5EPSA 5DX4A 3ZYUA 2E7NA 5F5ZA 4PS5A 5CU8A 5E3GA 2E3KA 3RCWA 4QB3A 5EPRA 4NR7A 5I80A 4MEPA 2E7OA 4X2IA 5CPEA 5A82A 5LVQA 4CUQA 2OSSA 5E9YA 5F3AA 3Q2EA 5HFRA 2RO1A 5FE3A 5KHMA 5HEMA 5HQ6A 2YEKA 2WP2A 4YH4A 3SVGA 5E9VA 3D1BA 5CRZA 5DW1A 5D3RA 5HRXA 4UIVA 5ETDA 5TB6A 2YELA 5AD2A 5D3JA 3UV4A 5L98A 5A85A 5DYCA 2DVSA 4MEQA 4NUDA 5DFDA 3U5MA 5C85A 3VKGA 4A9KA 4YAXA 5D3TA 5CUCA 4UIWA 5EPBA 5DYUA 4NS5A 4HBYA 4A9OA 5EU1A 4A9HA 4QR3A 3O34A 3UV2A 2I8NA 1JM4B 5EP7A 4Z93A 4YK0A 4YYKA 4QSTA 5I1QA 4A9MA 2OO1A 5A5SA 5CQ7A 3UVXA 4A9JA 4A9FA 4LZSA 4YYNA 5BT3A 5FE0A 4CUPA 4XY9A 2YDWA 5EGUA 4J1PA 5FE1A 4CL9A 4QSQA 5COIA 4YYIA 5KO4A 5HELA 3D1DA 4TS8A 4IR6A 4J0SA 5EICA 5DKDA 3JVJA 4Q0OA 4YBTA 1WUMA 4MENA 3MULA 4QZSA 3DWYA 5EM3A 4MEOA 3FKMX 4Z1SA 5CUGA 5CQ5A 5I40A 5HM0A 4NQMA 5E9LA 4O78A 5IG6A 4ALGA 3P1DA 5IBNA 5EISA 5A83A 4XYAA 2FSAA 4QEWA 4HXOA 4O7BA 4UYFA 4QEUA 3JVMA 5L97A 5L8UA 4MR6A 5C8GA 4HXRA 5FH6A 4KCXA 4CURA 5C89A 5DYXA 5AMEA 4UIYA 2OUOA 4LC2A 5EWWA 4NUEA 5FE6A 2WP1A 1JSPB 4FLPA 5FH8A 4TT6A 3D7CA 4NYVA 1X0JA 5D3HA 4O70A 5D3SA 4LYSA 5II1A 2H60A 4AI6A 5CUEA 5IIDA 5DW2A 2RI7A 5C7NA 4LR6A 4NRBA 5IGNA 5FE8A 5DKCA 3U5KA 4HXPA 4A9EA 2YEMA 5D3PA 4YY4A 5JI8A 4YYGA 4QC1A 5CY9A 3AADA 4IOOA 3O36A 5LJ0A 4KV1A 4NR4A 5FB1A 4TZ8A 5CQAA 5ACYA 4ALHA 3DAIA 5ENFA 4OGJA 4PCIA 4CLBA 5KTUA 5CS8A 5KU3A 5AMFA 3HMFA 4AKHA 4QR5A 4UYHA 5A5RA 2R0YA 2F6JA 4ZC9A 5I7XA 5IGKA 5HQ5A 4HXMA 3MQMA 4O75A 5D0CA 4CFLA 2I7KA 3S92A 3U5LA 4PCEA 5H85A 2EJNA 3O37A 4Z6IA 5FDZA 4NUCA 5I89A 3U5OA 1ZKRA 5EWHA 5G4SA 1PUOA 4QY4A 5KTWA 4YH3A 3LQHA 5FE4A 5A5PA 4TYLA 1E6IA 3HMEA 5ETBA 4AKIA 4TQNA 4UIUA 3UVDA 5EK9A 4O74A 5DLZA 5HENA 4YC9A 4QBMA 4WIVA 5FE7A 4F3IA 4UYDA 4NR9A 5F2PA 3MUKA 5ENCA 5HQ7A 5FBXA 5E7DA 3NXBA 4LZRA 4IR5A 5CQ8A 5DFCA 3P1EA 4O72A 5TCMA 5DKHA 1WUGA 4TU4A 2RNXA 4O71A 4LDFA 5FG5A 5EWDA 5DBMA 5E73A 5FFYA 5CUDA 1EQFA 4WHWA 3UVWA 5LJ1A 2RNWA 5DY7A 4NYXA 3VKHA 5I86A 5E74A 5F1LA 4ZW1A 5LKUA 4UYGA 2YW5A 4LYWA 4OGIA 3LQIA 4WHUA 3LQJA 4TU6A 5D3LA 4BW1A 5HCLA 4C66A 4O7AA 5IGMA 3MXFA 1N72A 4QEVA 4TZ2A 5II2A 5ENIA 3ONIA 3QZSA 3O35A 4YYDA 5FG6A 4PY6A 5BT5A 4IR4A 2D82A 4NRCA 4UYFB 4CUSA 5I83A 5EWVA 5E0RA 4XUAA 3TLPA 4N4IA 4BW2A 2DVRA 5LVRA 2L85A 5ENEA 4AKNA 5EI4A 2D9EA 5FE2A 5ENGA 4LRGA 4HXSA 4QSXA 4QYLA 5HRVA 5LKXA 1F68A 4UIXA 4A9NA 4BW3A 5H1VA 4CFKA 5HRWA 4LZ2A 4UITA 5A5NA 2RNYA 3LXJA 4YYHA 4NR5A 5L99A 4TT4A 5HFQA 5CP5A 3AQAA 5CQ4A 4RVRA 5FB0A 5A5QA 2DVVA 3U5PA 3HMHA 2F6NA 2DATA 4YBMA 4HBWA 4J0RA 5H1TA 2N9GA 4QSSA 5BT4A 2L84A 4CUUA 4QSPA 3IU5A 5E3DA 5LKTA 2NXBA 4YABA 4YYJA 4QSWA 5LJ2A 4YADA 4E96A 4NQNA 5F1HA 4QSUA 4HBVA 4O7FA 5I29A 3SVHA 5EA1A 2KTBB 4QUTA 4BHWA 4PTBA 5CQTA 3UW9A 4ZQLA 2DVQA 4QUUA 4UYEA 4N4FA 3JVKA 4NR6A 4XY8A 3SVFA 4Y03A 5F62A 3UV5A 4MR3A 5D25A 4MR4A 3LJWA 5EWCA 5CZGA 5F61A 5A7CA 4KV4A 4TTEA 1ZS5A 5A81A 4BW4A 5FH7A 4N4HA 3U5JA 3QZTA 5A5OA 5CQ6A 2R10A 5F25A 4QYDA 4N4GA 5DLXA 4OUFA 3JVLA 5D3NA 4NR8A 4O7EA 5I7YA 4CUTA 3MB3A 4N3WA 3K2JA 3U5NA 4HXNA 3GG3A 3P5OA 5AD3A 5F63A 5L96A 5E9MA 4QC3A 4O76A 5EVAA 5E9KA 5F36A 4TT2A 5ENBA 5IGLA 4HXKA 5FE5A 5DFBA 4BJXA 5LUUA 4PKLA 4IORA 5D24A 5H1UA 2RFJA 2GRCA 3P1FA 3UVYA 3S91A 4O77A 5ENJA 5E9IA 3MB4A 5D7XA 2DWWA 2YQDA 5FFWA 5CQ3A 2LSPB 5CTLA 4MR5A 4QSVA 5D26A 5DYAA 4Z6HA 3P1CA 4YY6A 5K29A 3ERRA 4YBSA 5HLSA 5ENHA 5LKZA 3G0LA 5CFWA 2G4AA 3O33A 4IR3A 5EQ1A 4A9LA 4C67A 2YYNA 4HXLA 5F60A 5CUAA 4QNSA 5FE9A 4XUBA 4J3IA 3Q2FA 4YATA 2MJVB 4IOQA 5JWMA 4Q0NA 5C4QA 4LYIA 4DONA 5J0DA 5CUBA
chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4A9I A;  3QZV A;  4Z1Q A;  2L5E A;  4O7C A;  2RS9 B;  3G0J A;  3IU6 A;  5CGP A;  4QR4 A;  5EV9 A;  5C87 A;  2R0S A;  4QSR A;  4UIZ A;  5CRM A;  5L8T A;  2DKW A;  4GPJ A;  5KTX A;  5HJC A;  2R0V A;  5FFV A;  3I3J A;  5G4R A;  4HBX A;  4NYW A;  4YYM A;  4NXJ A;  4NRA A;  5I88 A;  5FG4 A;  5EPS A;  5DX4 A;  3ZYU A;  2E7N A;  5F5Z A;  4PS5 A;  5CU8 A;  5E3G A;  2E3K A;  3RCW A;  4QB3 A;  5EPR A;  4NR7 A;  5I80 A;  4MEP A;  2E7O A;  4X2I A;  5CPE A;  5A82 A;  5LVQ A;  4CUQ A;  2OSS A;  5E9Y A;  5F3A A;  3Q2E A;  5HFR A;  2RO1 A;  5FE3 A;  5KHM A;  5HEM A;  5HQ6 A;  2YEK A;  2WP2 A;  4YH4 A;  3SVG A;  5E9V A;  5CRZ A;  5DW1 A;  5D3R A;  5HRX A;  4UIV A;  5ETD A;  5TB6 A;  2YEL A;  5AD2 A;  5D3J A;  3UV4 A;  5L98 A;  5A85 A;  5DYC A;  2DVS A;  4MEQ A;  4NUD A;  5DFD A;  3U5M A;  5C85 A;  4A9K A;  4YAX A;  5D3T A;  5CUC A;  4UIW A;  5EPB A;  5DYU A;  4NS5 A;  4HBY A;  4A9O A;  5EU1 A;  4A9H A;  4QR3 A;  3O34 A;  3UV2 A;  2I8N A;  1JM4 B;  5EP7 A;  4Z93 A;  4YK0 A;  4YYK A;  4QST A;  5I1Q A;  4A9M A; 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