5HQ7A

Crystal structure of fragment bound with brd4
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
125
structure length
125
Chain Sequence
MNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title Crystal structure of fragment bound with Brd4
rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Transcription
total genus 42
structure length 125
sequence length 125
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5hq7A01
5A85A 5F1HA 4IORA 5COIA 4YATA 4J0SA 4QSRA 2I7KA 5FH6A 4N3WA 3O36A 1X0JA 5ENJA 4TTEA 5EVAA 5FE1A 5EWVA 2E7OA 4TS8A 5FDZA 4YYJA 5CS8A 5CUGA 3P1FA 3RCWA 5CQ6A 2DWWA 2E3KA 5LJ0A 3I3JA 4TZ2A 4HXOA 4NR5A 5CUAA 5HQ7A 4WHWA 5I7XA 5F1LA 3AADA 3LJWA 3O35A 5C4QA 4QSQA 5C85A 3JVKA 4QEVA 3JVLA 4CUTA 1JM4B 5C7NA 3NXBA 4DONA 2F6JA 5CQ3A 5LJ1A 5A7CA 3AQAA 5G4RA 5I29A 4QEWA 5CRZA 2L5EA 4YH3A 4OUFA 2WP2A 2YW5A 4MEPA 5F3AA 4NRBA 5KHMA 5CUCA 4QR3A 4Y03A 2YQDA 4CUSA 5DYXA 5CZGA 4QEUA 1WUMA 3ONIA 1E6IA 4CUPA 5G4SA 5IGNA 2RO1A 4QSXA 5I1QA 4YBTA 3LQHA 3IU5A 4WIVA 5IG6A 5A5NA 3ZYUA 5I40A 5LKUA 3O33A 2RNWA 5II1A 2R0VA 4QB3A 5CQAA 5CRMA 5CQTA 2LSPB 5F62A 4A9OA 5FE3A 4HXPA 3UVYA 5D3LA 5FBXA 4HBVA 2L84A 5C8GA 5FG5A 5IIDA 2R0YA 3UW9A 4NRAA 5IGMA 4YY6A 4QC3A 5A5PA 2RS9B 5DFCA 4HXNA 5C87A 5FE6A 5IBNA 4A9HA 5KTUA 3LQJA 4HXSA 5I7YA 4PKLA 4YYKA 5IGLA 4YBSA 4O72A 5DKHA 5EM3A 5DLXA 4QSTA 4UIUA 2D9EA 3UV4A 2F6NA 3K2JA 4ZW1A 5CPEA 4QR4A 4ALHA 5EP7A 4HBWA 2N9GA 3DAIA 4F3IA 5AMFA 3S91A 4MR4A 4ZQLA 5I86A 4HXRA 4NQMA 4O75A 3SVFA 5JI8A 3U5OA 4FLPA 3U5PA 4KV4A 3IU6A 3MXFA 4C66A 4TT6A 3U5LA 4Z6IA 5E73A 5D3HA 1EQFA 5CP5A 5EWHA 4A9EA 4IR5A 4NXJA 5I80A 5DKDA 5KTXA 2RNXA 5CUEA 4CLBA 5A5OA 5CQ8A 5D24A 5EQ1A 3S92A 5HQ5A 2OUOA 4QC1A 5D3SA 5EICA 3UVDA 4QSUA 3D7CA 4KCXA 4J3IA 4O74A 5FFWA 4YH4A 3LQIA 5DY7A 5L98A 5A83A 4E96A 4QNSA 4QUTA 4XY8A 3U5JA 3QZTA 4TYLA 5ENBA 5FE8A 4O7AA 4Q0NA 4N4IA 4QSSA 4CUQA 5FE7A 4YYHA 5D0CA 4RVRA 4IOOA 4IOQA 5DYUA 4A9JA 3G0JA 4J0RA 5E9LA 4UYGA 5CQ7A 2D82A 2YDWA 5I88A 2R10A 5LJ2A 3HMHA 4HXMA 5D26A 5L97A 5H85A 5F36A 4Z93A 3UVWA 4A9KA 4BW1A 4O7FA 4QSWA 5EGUA 5LUUA 4BW4A 3MUKA 2RFJA 4LDFA 5E0RA 3U5MA 5FE0A 5FH8A 5FE5A 4UIWA 5EV9A 4QZSA 5HFQA 4A9LA 4MR6A 3TLPA 5DYAA 2R0SA 4QSPA 4QYDA 4AKNA 5EPRA 5CTLA 3DWYA 4HBXA 3MB4A 5DYCA 5HRVA 4LZRA 3O37A 4UIVA 3UV5A 5A5SA 4TQNA 2YYNA 4Z1SA 4Z1QA 4A9FA 1WUGA 4TU6A 5CGPA 5FE9A 4TT4A 5HM0A 4Q0OA 5KTWA 4O7CA 2YEKA 5EISA 4UIXA 4YYNA 2YEMA 3QZSA 2RNYA 5EA1A 4O77A 5ENGA 2DVRA 4PY6A 4IR6A 3FKMX 4O78A 5L96A 4QR5A 5F2PA 3SVGA 4QY4A 5L99A 4A9NA 4TU4A 4QYLA 4QBMA 4YC9A 5EK9A 5F25A 2DVSA 2NXBA 5H1VA 2DVQA 5I89A 4YBMA 2L85A 4NR8A 4PTBA 5HRWA 3P5OA 2GRCA 4IR4A 5C89A 4NYWA 4YYIA 5H1TA 5K29A 4NUCA 5E9YA 4N4FA 4ALGA 5DKCA 2H60A 5ENCA 5LVQA 5F61A 5TB6A 5CQ4A 2MJVB 4UYDA 5E74A 5DW1A 4YYDA 1N72A 5F60A 5FE4A 4LYSA 4OGIA 4TZ8A 2WP1A 5EWCA 4Z6HA 4YYGA 5CUBA 5LKTA 5D3PA 4YYMA 4MEOA 3JVJA 5CU8A 3LXJA 5D3NA 4TT2A 4YAXA 3QZVA 5E3GA 5HELA 3O34A 4MR5A 4BHWA 5EU1A 5H1UA 4PCEA 4BW2A 4UYEA 5CQ5A 5EPSA 4HXLA 4BW3A 5BT5A 4O71A 4UIYA 5ETBA 4CFLA 5CY9A 2RI7A 3JVMA 4LYWA 5D3RA 5DW2A 5FFYA 4CFKA 4YADA 4XUAA 5L8TA 2DVVA 4N4HA 4PCIA 5FG4A 5JWMA 1JSPB 4GPJA 4ZC9A 4IR3A 5DBMA 3MULA 1ZS5A 4NR6A 3U5NA 5FE2A 5J0DA 4XUBA 2KTBB 5D3JA 4UYFA 4N4GA 5EWWA 4A9MA 4NS5A 5A82A 4QUUA 3HMFA 2I8NA 5E9KA 3SVHA 3HMEA 2FSAA 4A9IA 4C67A 5E9VA 5DX4A 5FH7A 5AD3A 2G4AA 4YK0A 4NR9A 5L8UA 3U5KA 5A5RA 5EI4A 5HENA 5ENFA 2OO1A 5E9MA 4QSVA 4NRCA 2DATA 4LZ2A 3Q2FA 4MR3A 5HRXA 4XYAA 3P1DA 3P1CA 4NR4A 5DLZA 5HFRA 4CURA 4YY4A 5A5QA 3G0LA 4PS5A 4WHUA 5BT3A 5DFDA 5IGKA 4X2IA 5KU3A 4NUEA 4O70A 5TCMA 4NYXA 4LRGA 3Q2EA 5EPBA 4HBYA 5KO4A 3UV2A 5LKXA 5II2A 4MENA 5D7XA 4BJXA 4UYHA 5HCLA 5HQ6A 4HXKA 5DFBA 2E7NA 4MEQA 4LR6A 4CUUA 5FB0A 5FG6A 4CL9A 4J1PA 5HJCA 3P1EA 1F68A 5HLSA 5ENIA 3GG3A 5E3DA 5ENHA 2YELA 4UYFB 5CFWA 5D25A 5I83A 5F5ZA 2OSSA 4XY9A 5EWDA 3MB3A 4O7BA 4NR7A 5A81A 4NYVA 2DKWA 5FFVA 4O76A 5LKZA 5E9IA 5FB1A 5BT4A 5F63A 4NUDA 4YABA 4LC2A 4OGJA 5LVRA 4NQNA 5E7DA 5D3TA 4LZSA 3UVXA 5ACYA 4KV1A 5ENEA 5AMEA 5CUDA 5ETDA 4LYIA 5AD2A 4UIZA 4O7EA 5HEMA 3MQMA 4UITA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5A85A 5F1HA 4IORA 5COIA 4YATA 4J0SA 4QSRA 2I7KA 5FH6A 4N3WA 3O36A 1X0JA 5ENJA 4TTEA 5EVAA 5FE1A 5EWVA 2E7OA 4TS8A 5FDZA 4YYJA 5CS8A 5CUGA 3P1FA 3RCWA 5CQ6A 2DWWA 2E3KA 5LJ0A 3I3JA 4TZ2A 4HXOA 4NR5A 5CUAA 5HQ7A 4WHWA 5I7XA 5F1LA 3AADA 3LJWA 3O35A 5C4QA 4QSQA 5C85A 3JVKA 4QEVA 3JVLA 4CUTA 1JM4B 5C7NA 3VKHA 3NXBA 4DONA 2F6JA 5CQ3A 5LJ1A 5A7CA 3AQAA 5G4RA 5I29A 4QEWA 5CRZA 2L5EA 4YH3A 4OUFA 2WP2A 2YW5A 4MEPA 5F3AA 4NRBA 5KHMA 5CUCA 4QR3A 4Y03A 3VKGA 2YQDA 4CUSA 5DYXA 5CZGA 4QEUA 1WUMA 3ONIA 1E6IA 4CUPA 5G4SA 5IGNA 2RO1A 4QSXA 5I1QA 4YBTA 3LQHA 3IU5A 4WIVA 5IG6A 5A5NA 3ZYUA 5I40A 5LKUA 3O33A 2RNWA 5II1A 2R0VA 5CRMA 4QB3A 5CQAA 5CQTA 2LSPB 5F62A 4A9OA 5FE3A 4HXPA 1ZKRA 3UVYA 5D3LA 5FBXA 4HBVA 2L84A 5C8GA 5FG5A 5IIDA 2R0YA 3UW9A 4NRAA 5IGMA 4YY6A 4QC3A 5A5PA 2RS9B 5DFCA 4HXNA 5C87A 5FE6A 5IBNA 4A9HA 5KTUA 3LQJA 4HXSA 5I7YA 4PKLA 4YYKA 5IGLA 4YBSA 4O72A 5DKHA 5EM3A 5DLXA 4QSTA 4UIUA 2D9EA 3UV4A 2F6NA 3K2JA 4ZW1A 5CPEA 4QR4A 4ALHA 5EP7A 4HBWA 2N9GA 3DAIA 4F3IA 5AMFA 3S91A 4MR4A 4ZQLA 5I86A 4HXRA 4NQMA 4O75A 3SVFA 5JI8A 3U5OA 4FLPA 3U5PA 4KV4A 3IU6A 3MXFA 4C66A 4TT6A 3U5LA 4AKGA 4Z6IA 5E73A 5D3HA 1EQFA 5CP5A 5EWHA 4A9EA 4IR5A 4NXJA 5I80A 5DKDA 5KTXA 2RNXA 5CUEA 4CLBA 5A5OA 5CQ8A 5D24A 5EQ1A 3S92A 5HQ5A 2OUOA 4QC1A 5D3SA 5EICA 3UVDA 4QSUA 3D7CA 4KCXA 4J3IA 4O74A 5FFWA 4YH4A 3LQIA 5DY7A 5L98A 5A83A 4E96A 4QNSA 4QUTA 4XY8A 3U5JA 3QZTA 4TYLA 5ENBA 5FE8A 4AKIA 4O7AA 4Q0NA 4N4IA 4QSSA 4CUQA 5FE7A 3ERRA 4YYHA 2EJNA 5D0CA 4RVRA 4IOOA 4IOQA 5DYUA 4A9JA 3G0JA 4J0RA 5E9LA 4UYGA 5CQ7A 2D82A 2YDWA 5I88A 2R10A 5LJ2A 3HMHA 4HXMA 5D26A 5L97A 5H85A 5F36A 4Z93A 3UVWA 4A9KA 4BW1A 4O7FA 4QSWA 5EGUA 5LUUA 4BW4A 3MUKA 2RFJA 4LDFA 5E0RA 3U5MA 5FE0A 5FH8A 5FE5A 4UIWA 5EV9A 4QZSA 5HFQA 4A9LA 4MR6A 3TLPA 5DYAA 2R0SA 4QSPA 4QYDA 4AKNA 5EPRA 5CTLA 3DWYA 4HBXA 3MB4A 5DYCA 5HRVA 4LZRA 3O37A 4UIVA 3UV5A 5A5SA 4TQNA 2YYNA 4Z1SA 4Z1QA 4A9FA 1WUGA 4TU6A 5CGPA 5FE9A 4TT4A 5HM0A 4Q0OA 5KTWA 4O7CA 2YEKA 5EISA 4UIXA 4YYNA 2YEMA 3QZSA 2RNYA 5EA1A 4O77A 5ENGA 2DVRA 4PY6A 4IR6A 3FKMX 4O78A 5L96A 4AKHA 4QR5A 5F2PA 3SVGA 4QY4A 5L99A 4A9NA 4TU4A 4QYLA 4QBMA 4YC9A 5EK9A 5F25A 2DVSA 2NXBA 5H1VA 2DVQA 5I89A 4YBMA 2L85A 4NR8A 4PTBA 5HRWA 3P5OA 2GRCA 4IR4A 5C89A 4NYWA 4YYIA 5H1TA 5K29A 4NUCA 5E9YA 3D1BA 4N4FA 4ALGA 5DKCA 2H60A 5ENCA 5LVQA 5F61A 5TB6A 5CQ4A 2MJVB 4UYDA 5E74A 5DW1A 4YYDA 1N72A 5F60A 5FE4A 4LYSA 4OGIA 4TZ8A 4AI6A 2WP1A 5EWCA 4Z6HA 4YYGA 5CUBA 5LKTA 5D3PA 4YYMA 4MEOA 3JVJA 5CU8A 3LXJA 5D3NA 4TT2A 4YAXA 3QZVA 5E3GA 5HELA 3O34A 4MR5A 4BHWA 5EU1A 5H1UA 4PCEA 4BW2A 4UYEA 5CQ5A 5EPSA 4HXLA 3D1DA 4BW3A 5BT5A 4O71A 4UIYA 5ETBA 4CFLA 5CY9A 2RI7A 3JVMA 4LYWA 5D3RA 5DW2A 5FFYA 4CFKA 4YADA 4XUAA 5L8TA 2DVVA 4N4HA 4PCIA 5FG4A 5JWMA 1JSPB 4GPJA 4ZC9A 4IR3A 5DBMA 3MULA 1ZS5A 4NR6A 3U5NA 5FE2A 5J0DA 4XUBA 2KTBB 5D3JA 4UYFA 4N4GA 5EWWA 4A9MA 4NS5A 5A82A 4QUUA 3HMFA 2I8NA 5E9KA 3SVHA 3HMEA 2FSAA 4A9IA 4C67A 5E9VA 5DX4A 5FH7A 5AD3A 2G4AA 4YK0A 4NR9A 5L8UA 3U5KA 5A5RA 5EI4A 5HENA 5ENFA 2OO1A 5E9MA 4QSVA 4NRCA 2DATA 4LZ2A 3Q2FA 4MR3A 5HRXA 4XYAA 3P1DA 3P1CA 4NR4A 5DLZA 5HFRA 4CURA 4YY4A 5A5QA 3G0LA 4PS5A 4WHUA 1PUOA 5BT3A 5DFDA 5IGKA 4X2IA 5KU3A 4NUEA 4O70A 5TCMA 4NYXA 4LRGA 3Q2EA 5EPBA 4HBYA 5KO4A 3UV2A 5LKXA 5II2A 4MENA 5D7XA 4BJXA 4UYHA 5HCLA 5HQ6A 4HXKA 5DFBA 2E7NA 4MEQA 4LR6A 4CUUA 5FB0A 5FG6A 4CL9A 4J1PA 5HJCA 3P1EA 1F68A 5HLSA 5ENIA 3GG3A 5E3DA 5ENHA 2YELA 4UYFB 5CFWA 5D25A 5I83A 5F5ZA 2OSSA 4XY9A 5EWDA 3MB3A 4O7BA 4NR7A 5A81A 4NYVA 2DKWA 5FFVA 4O76A 5LKZA 5E9IA 5FB1A 5BT4A 5F63A 4NUDA 4YABA 4LC2A 4OGJA 5LVRA 4NQNA 5E7DA 5D3TA 4LZSA 3UVXA 5ACYA 4KV1A 5ENEA 5AMEA 5CUDA 5ETDA 4LYIA 5AD2A 4UIZA 4O7EA 5HEMA 3MQMA 4UITA
chains in the Genus database with same CATH topology
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