5HQ7A

Crystal structure of fragment bound with brd4
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
125
structure length
125
Chain Sequence
MNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transcription
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title Crystal structure of fragment bound with Brd4
rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 42
structure length 125
sequence length 125
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5hq7A01
5I88A 4YBSA 3GG3A 3TLPA 4ZW1A 5EK9A 3P1EA 5D3PA 2G4AA 5DFCA 5CQAA 5H1TA 5LJ0A 4UYDA 4QSWA 2WP2A 4Z1SA 5JWMA 5HQ7A 2L84A 5FE1A 3LQJA 5DKCA 4YK0A 5I29A 3AQAA 4HXNA 4NR8A 5KU3A 5TCMA 3U5LA 5FFYA 5L96A 5DYAA 5FE2A 1X0JA 3JVMA 4HBYA 4A9JA 5ENGA 5A7CA 4QUTA 5EQ1A 5AD3A 1WUGA 4O77A 5EM3A 4HXSA 4TQNA 4YYMA 4UIUA 5EWVA 5D26A 5FG6A 5A5RA 5EI4A 4N3WA 4O70A 4ZQLA 5ENHA 2DKWA 5AMEA 3MB3A 4LYWA 4LYIA 5HEMA 5D3RA 4O75A 4UITA 2YW5A 4A9IA 4OGJA 5D3SA 5HFQA 2OUOA 4QNSA 4CUQA 4X2IA 2DVRA 4BJXA 5FE5A 5FG5A 4XUAA 2YQDA 4N4FA 5ETDA 5C7NA 2RS9B 3P1CA 5CPEA 3SVHA 5COIA 5HRXA 5DLXA 5DYUA 4TU4A 2R0VA 5DLZA 5LUUA 2NXBA 4HXLA 5CQ8A 5HCLA 4Z93A 5E9MA 4KV4A 5EA1A 4NYXA 4TS8A 4BW3A 4LZSA 5EICA 5II2A 3DWYA 4BHWA 4O7EA 5F1LA 2DVVA 5DKDA 5EPSA 4J1PA 3U5NA 4ZC9A 5F25A 5CTLA 5IG6A 5E0RA 5CQ4A 5EISA 4OUFA 4TT6A 5FH7A 5CUAA 5TB6A 3U5OA 2R0SA 3JVLA 2DVQA 4HXPA 4QZSA 5CU8A 4A9NA 3IU5A 4WHUA 3O34A 5FB1A 2YDWA 4UIZA 3O33A 5D3JA 5I86A 4CFKA 2RNWA 2DWWA 1ZS5A 4YY6A 4QBMA 3UV2A 3LJWA 4A9HA 5CQ7A 3MXFA 4TU6A 4O7CA 4Y03A 4HBXA 4LZ2A 5FE8A 4NXJA 4IR6A 4N4IA 4YBTA 4LYSA 3MUKA 3MULA 5C87A 3JVJA 3MB4A 5LJ1A 3IU6A 4QEUA 5C85A 5DW2A 2L85A 4PTBA 5A5SA 5IBNA 5EVAA 5FBXA 4LR6A 4NRCA 4CFLA 5I7XA 2DATA 4C66A 5HFRA 4CUTA 4YYIA 4AKNA 5EU1A 4FLPA 4N4HA 2LSPB 5EWCA 5I80A 4ALHA 3ONIA 5A5QA 5BT5A 5FG4A 4NUCA 3P1DA 3HMFA 4O7AA 4QSRA 3NXBA 1F68A 4XUBA 4A9LA 2E7OA 5CFWA 5D7XA 5A85A 2R0YA 4IR4A 4NYWA 4A9EA 5K29A 3U5JA 4UIXA 5EV9A 5E73A 3UVDA 5A83A 3P5OA 5CQ5A 4BW2A 5J0DA 5CUGA 3S92A 5A5PA 4QSVA 5L99A 4TZ2A 2RNYA 4YYGA 4O72A 5EWDA 5EGUA 4TT4A 4XY9A 4UIWA 4YAXA 5H1VA 5FE0A 5LKUA 4MEOA 3UVWA 3LQHA 4LRGA 3MQMA 4MR4A 4J0SA 5CGPA 4HBVA 5LKXA 4LDFA 4YADA 5ENJA 4A9OA 4J0RA 3U5KA 5D25A 4LZRA 4QR4A 5FDZA 5ENEA 4QR5A 4NR4A 5L97A 2D9EA 5CZGA 5ENIA 4XY8A 5ENCA 4NQNA 4QSPA 5C4QA 5C8GA 4QUUA 1EQFA 3UVYA 4O7FA 5HM0A 5KTUA 2MJVB 3Q2FA 5LKZA 3QZTA 2OO1A 3JVKA 5CQ3A 5E9IA 4MEPA 2R10A 5FB0A 3SVFA 4CUUA 4DONA 4QY4A 5IGLA 3G0LA 4IR3A 5CUDA 5ETBA 4O76A 3UW9A 2I8NA 3AADA 2I7KA 2YYNA 3K2JA 3RCWA 4QSUA 4UIVA 3HMHA 5KHMA 5CQ6A 5JI8A 1JM4B 4TZ8A 4QYLA 5HELA 2N9GA 5A81A 4F3IA 5E9VA 5HJCA 4PS5A 2RI7A 4QC1A 5G4RA 5E9YA 5FFVA 2DVSA 3LQIA 5C89A 5I7YA 4UYFA 4WIVA 5LKTA 4QEWA 2OSSA 4MR6A 4A9FA 3SVGA 3FKMX 4NS5A 4MENA 3U5MA 5HQ6A 4Q0OA 5DW1A 5KTXA 5FH6A 5II1A 4NUEA 5F5ZA 4C67A 3O37A 4BW1A 5HENA 2E3KA 5E7DA 5F36A 2YEMA 5D24A 5EP7A 5A5OA 5FE6A 5FE7A 4O78A 4QSSA 4RVRA 5E9LA 3UVXA 5HLSA 5FE4A 5E3GA 4UYFB 4NR6A 4O71A 4Z6HA 4N4GA 1E6IA 4HXMA 4TYLA 5ENBA 5HRWA 2YEKA 5ENFA 5I89A 4O7BA 3U5PA 5LVQA 4E96A 4UYGA 4YYDA 5KTWA 4HBWA 4ALGA 5BT3A 4YYKA 3UV5A 5D3TA 4YABA 2F6NA 4NUDA 4PY6A 5L8TA 4IOQA 5E3DA 4NR9A 4QYDA 3O36A 5AD2A 3LXJA 5H1UA 5CRMA 5F3AA 4GPJA 5FFWA 4A9KA 4TT2A 4QSXA 5CUEA 5D0CA 5DYXA 5EWWA 5F61A 3HMEA 3UV4A 5DKHA 3G0JA 4IR5A 5FE3A 4YH4A 5LJ2A 3P1FA 4TTEA 5DYCA 5F62A 4YYNA 4CLBA 5HQ5A 4WHWA 5D3HA 4CURA 3ZYUA 3Q2EA 3D7CA 4MEQA 5F63A 4CUSA 4HXKA 3O35A 5BT4A 4UYEA 4NQMA 5IGMA 4Z6IA 2RNXA 2D82A 5LVRA 4UYHA 4HXRA 2KTBB 5CS8A 5E9KA 4NR5A 5IIDA 5E74A 5A5NA 4UIYA 2F6JA 5DFBA 2L5EA 4J3IA 4MR5A 3I3JA 5CY9A 4YYHA 3S91A 4QR3A 4Z1QA 5DY7A 4NR7A 4HXOA 3DAIA 4YY4A 1WUMA 5L98A 5I40A 4KCXA 2RO1A 4QSQA 4PCIA 5D3LA 5DBMA 4MR3A 4CL9A 5FE9A 5I83A 5FH8A 5CQTA 5F60A 5CUCA 4NRAA 5IGNA 5L8UA 3QZSA 5H85A 4BW4A 5AMFA 5D3NA 5ACYA 2WP1A 5DX4A 4QSTA 5I1QA 4PCEA 4QEVA 2RFJA 2YELA 2E7NA 4IOOA 4LC2A 5DFDA 5G4SA 5EPBA 2H60A 4KV1A 4A9MA 4NYVA 5EPRA 5F2PA 5IGKA 5CP5A 5CRZA 2FSAA 2GRCA 4CUPA 4YATA 1N72A 4Q0NA 4YC9A 5F1HA 4XYAA 1JSPB 5HRVA 4YBMA 4NRBA 3QZVA 5A82A 4YH3A 4PKLA 5CUBA 5KO4A 4OGIA 4YYJA 4O74A 4QB3A 4QC3A 5EWHA 4IORA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4AKIA 5I88A 4YBSA 3GG3A 3TLPA 4ZW1A 5EK9A 3P1EA 5D3PA 2G4AA 5DFCA 5CQAA 5H1TA 5LJ0A 4UYDA 4QSWA 2WP2A 4Z1SA 5JWMA 5HQ7A 2L84A 5FE1A 3LQJA 5DKCA 4YK0A 5I29A 3AQAA 4HXNA 4NR8A 5KU3A 5TCMA 3U5LA 1ZKRA 5FFYA 5L96A 5DYAA 5FE2A 1X0JA 3D1BA 3JVMA 4HBYA 4A9JA 5ENGA 5A7CA 4QUTA 5EQ1A 5AD3A 1WUGA 4O77A 5EM3A 4HXSA 4TQNA 4YYMA 4UIUA 5EWVA 5D26A 5FG6A 5A5RA 5EI4A 4N3WA 4O70A 4ZQLA 5ENHA 2DKWA 5AMEA 3MB3A 4LYWA 4LYIA 5HEMA 5D3RA 4O75A 4UITA 2YW5A 4A9IA 4OGJA 5D3SA 5HFQA 2OUOA 4QNSA 4CUQA 4X2IA 2DVRA 4BJXA 5FE5A 5FG5A 4XUAA 2YQDA 4N4FA 5ETDA 5C7NA 2RS9B 3P1CA 5CPEA 3SVHA 3VKHA 5COIA 5HRXA 5DLXA 5DYUA 4TU4A 2R0VA 5DLZA 5LUUA 2NXBA 4HXLA 5CQ8A 5HCLA 4Z93A 5E9MA 4KV4A 5EA1A 4NYXA 4TS8A 4BW3A 4LZSA 5EICA 5II2A 3DWYA 4BHWA 4O7EA 5F1LA 2DVVA 5DKDA 5EPSA 4J1PA 3U5NA 4ZC9A 5F25A 5CTLA 5IG6A 5E0RA 5CQ4A 5EISA 4OUFA 4TT6A 5FH7A 5CUAA 5TB6A 3U5OA 2R0SA 3JVLA 2DVQA 4HXPA 4QZSA 5CU8A 4A9NA 3IU5A 4WHUA 3O34A 5FB1A 2YDWA 4UIZA 3O33A 5D3JA 5I86A 4CFKA 2RNWA 2DWWA 1ZS5A 4YY6A 4QBMA 3UV2A 3LJWA 4A9HA 5CQ7A 3MXFA 4TU6A 4O7CA 4Y03A 4HBXA 4LZ2A 5FE8A 4NXJA 4IR6A 4N4IA 4YBTA 4LYSA 3MUKA 3MULA 5C87A 3JVJA 3MB4A 5LJ1A 3IU6A 4QEUA 5C85A 5DW2A 2L85A 4PTBA 5A5SA 5IBNA 5EVAA 5FBXA 4LR6A 4NRCA 4CFLA 5I7XA 2DATA 4C66A 5HFRA 4CUTA 4YYIA 4AKNA 5EU1A 4FLPA 4N4HA 2LSPB 5EWCA 5I80A 4ALHA 3ONIA 5A5QA 5BT5A 5FG4A 4NUCA 3P1DA 3HMFA 4O7AA 4QSRA 3NXBA 1F68A 4XUBA 4A9LA 2E7OA 5CFWA 5D7XA 5A85A 2R0YA 4IR4A 4NYWA 4A9EA 5K29A 3U5JA 4UIXA 5EV9A 5E73A 2EJNA 3UVDA 5A83A 3P5OA 5CQ5A 4BW2A 5J0DA 5CUGA 3S92A 5A5PA 4QSVA 5L99A 4TZ2A 2RNYA 4YYGA 4O72A 5EWDA 5EGUA 4TT4A 4XY9A 4UIWA 4YAXA 5H1VA 5FE0A 5LKUA 4MEOA 3UVWA 3LQHA 4LRGA 3MQMA 4MR4A 4J0SA 5CGPA 4HBVA 5LKXA 4LDFA 4YADA 5ENJA 4A9OA 4J0RA 3U5KA 5D25A 4LZRA 4QR4A 5FDZA 5ENEA 4QR5A 4NR4A 5L97A 2D9EA 5CZGA 5ENIA 4XY8A 5ENCA 4NQNA 4QSPA 5C4QA 5C8GA 4QUUA 1EQFA 3UVYA 4O7FA 5HM0A 5KTUA 2MJVB 3Q2FA 5LKZA 3QZTA 2OO1A 3JVKA 5CQ3A 5E9IA 4MEPA 2R10A 5FB0A 3SVFA 4CUUA 4DONA 4QY4A 5IGLA 3G0LA 4IR3A 5CUDA 5ETBA 4O76A 3UW9A 2I8NA 3AADA 2I7KA 2YYNA 3K2JA 3RCWA 4QSUA 4UIVA 3HMHA 5KHMA 5CQ6A 5JI8A 1JM4B 4TZ8A 4QYLA 5HELA 2N9GA 5A81A 4F3IA 5E9VA 5HJCA 4PS5A 2RI7A 4QC1A 5G4RA 5E9YA 5FFVA 2DVSA 3LQIA 5C89A 5I7YA 4UYFA 4WIVA 5LKTA 4QEWA 2OSSA 4MR6A 4A9FA 3SVGA 3FKMX 4NS5A 4MENA 3U5MA 5HQ6A 4Q0OA 5DW1A 5KTXA 5FH6A 5II1A 4NUEA 5F5ZA 4C67A 3O37A 4BW1A 5HENA 2E3KA 5E7DA 5F36A 3D1DA 2YEMA 5D24A 5EP7A 5A5OA 5FE6A 5FE7A 4O78A 4QSSA 4RVRA 5E9LA 3UVXA 5HLSA 5FE4A 5E3GA 4UYFB 4NR6A 4O71A 4Z6HA 4N4GA 1E6IA 4HXMA 4TYLA 5ENBA 5HRWA 2YEKA 5ENFA 5I89A 4O7BA 4AKGA 3U5PA 5LVQA 4E96A 4UYGA 4YYDA 5KTWA 4HBWA 4ALGA 5BT3A 4YYKA 3UV5A 5D3TA 4YABA 2F6NA 3ERRA 4NUDA 4PY6A 5L8TA 4IOQA 5E3DA 4NR9A 4QYDA 3O36A 5AD2A 3LXJA 5H1UA 5CRMA 5F3AA 4GPJA 4AI6A 5FFWA 4A9KA 4TT2A 4QSXA 5CUEA 5D0CA 5DYXA 5EWWA 5F61A 3HMEA 3UV4A 5DKHA 3G0JA 4IR5A 5FE3A 4YH4A 5LJ2A 3P1FA 4TTEA 5DYCA 3VKGA 5F62A 4YYNA 4CLBA 5HQ5A 4WHWA 5D3HA 4CURA 3ZYUA 3Q2EA 3D7CA 4MEQA 5F63A 4CUSA 4HXKA 3O35A 5BT4A 4UYEA 4NQMA 5IGMA 4Z6IA 2RNXA 2D82A 5LVRA 4UYHA 4HXRA 2KTBB 5CS8A 5E9KA 4NR5A 5IIDA 5E74A 5A5NA 4UIYA 2F6JA 5DFBA 2L5EA 4J3IA 4MR5A 3I3JA 5CY9A 4YYHA 3S91A 4QR3A 4Z1QA 5DY7A 4NR7A 4HXOA 3DAIA 4YY4A 1WUMA 5L98A 5I40A 4AKHA 4KCXA 2RO1A 4QSQA 4PCIA 5D3LA 5DBMA 4MR3A 4CL9A 5FE9A 5I83A 5FH8A 5CQTA 5F60A 5CUCA 4NRAA 5IGNA 5L8UA 3QZSA 5H85A 4BW4A 5AMFA 5D3NA 5ACYA 2WP1A 5DX4A 4QSTA 5I1QA 4PCEA 4QEVA 2RFJA 2YELA 2E7NA 4IOOA 4LC2A 5DFDA 5G4SA 5EPBA 2H60A 4KV1A 4A9MA 4NYVA 5EPRA 5F2PA 5IGKA 5CP5A 5CRZA 2FSAA 2GRCA 4CUPA 4YATA 1N72A 4Q0NA 4YC9A 5F1HA 4XYAA 1JSPB 5HRVA 4YBMA 4NRBA 3QZVA 5A82A 4YH3A 1PUOA 4PKLA 5CUBA 5KO4A 4OGIA 4YYJA 4O74A 4QB3A 4QC3A 5EWHA 4IORA
chains in the Genus database with same CATH topology
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