5HQ7A

Crystal structure of fragment bound with brd4
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
125
structure length
125
Chain Sequence
MNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transcription
source organism Homo sapiens
publication title Crystal structure of fragment bound with Brd4
rcsb
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
total genus 42
structure length 125
sequence length 125
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5hq7A01
5DLXA 4KCXA 4TS8A 5HCLA 4KV4A 5F60A 3G0LA 5C89A 4NXJA 5AD2A 5DKCA 3O35A 4NR7A 4TTEA 5FG6A 4A9JA 4A9NA 3HMHA 4N4IA 5E9VA 4Q0NA 5CQ8A 5DYXA 4DONA 3NXBA 5LKZA 5EQ1A 5LJ0A 5CQ7A 5I89A 5HRWA 3QZSA 5FE5A 5EPRA 5DY7A 5A85A 4CL9A 5DBMA 5D3HA 5I40A 5FG4A 4OUFA 4A9FA 5CUCA 2DATA 5F36A 2R0SA 3AQAA 5TCMA 2OUOA 2RNWA 5E9KA 4IORA 2R0VA 4YYHA 4HXLA 5A7CA 5CQAA 4QSPA 5CFWA 4A9EA 4O7CA 5C87A 3SVFA 2OO1A 4YADA 4CUUA 5CQ4A 5HLSA 3LJWA 4CUSA 4Z6HA 4CUQA 4J3IA 5HQ6A 4YYGA 4YBSA 4ZQLA 4QR5A 3RCWA 4A9MA 5AD3A 3MB4A 4CLBA 4NR6A 4QUUA 2RS9B 4A9OA 4TT4A 3U5OA 4UIWA 2D9EA 4MENA 4Z1QA 4PTBA 5G4RA 3QZVA 4XUBA 5CQ3A 4LZ2A 4WHWA 5DFDA 5L97A 3O37A 4HXOA 3P1FA 5CUBA 4ALHA 4YAXA 5FB1A 5A5NA 5LJ2A 3JVMA 2FSAA 5LKXA 5E9LA 5FE1A 4XYAA 4O77A 4NYVA 4C66A 4YBMA 4QSTA 5IBNA 5EISA 5F63A 4YYKA 4MEOA 5F61A 4XUAA 5BT5A 4O7FA 3UW9A 2YYNA 2YDWA 5HENA 4YYMA 5D24A 3LQHA 5FB0A 2YEKA 4ZW1A 4AKNA 4HXPA 4HXSA 4O78A 4PKLA 5LUUA 5CUGA 3DAIA 4NYXA 4UYGA 5IGNA 5EVAA 5I80A 5FH6A 4C67A 4TYLA 4CFKA 5D25A 4IR6A 1WUMA 4J1PA 4TZ2A 5K29A 2MJVB 5I86A 4A9IA 5I7XA 5C8GA 5C85A 3JVJA 4QSSA 5DW2A 3SVHA 4N3WA 5C4QA 4UIUA 5I1QA 2E3KA 4A9LA 4QBMA 1E6IA 5E3GA 3Q2EA 5ENGA 4YYDA 3P1EA 4Z93A 4E96A 2WP1A 5EGUA 1ZS5A 5ENEA 5FE4A 5CS8A 4ZC9A 3UVWA 5FFWA 5KTWA 4MR4A 2YW5A 5A5PA 2YQDA 5E3DA 2WP2A 4CURA 5EM3A 3U5NA 3O33A 5E9MA 5LVQA 4QUTA 4UIVA 3P1DA 4TQNA 3HMEA 4YY4A 5KO4A 4QSQA 4YK0A 4A9KA 4YH4A 5FE6A 3UVDA 4MR6A 5F1LA 4N4GA 5HQ5A 3MULA 5D3RA 5IG6A 5CPEA 4QNSA 4QSWA 5ENJA 2F6NA 4YYIA 5DFBA 3ONIA 5HFQA 4NRCA 3UVXA 5ETBA 5F1HA 4Z6IA 2DKWA 4QZSA 5A5OA 5HFRA 4HBVA 3P1CA 5DYAA 2I7KA 5ETDA 5ENHA 4IR5A 2H60A 5E9IA 3FKMX 5DYUA 4UIYA 5HQ7A 5E74A 5LVRA 5EV9A 4QY4A 3P5OA 2DVSA 2I8NA 2R10A 4QEVA 4QSRA 4BJXA 4O76A 2DWWA 2DVVA 5E0RA 5I88A 3LQJA 4YABA 4XY9A 3TLPA 5F2PA 5CUDA 5I29A 4NUEA 5ENBA 4BW3A 4BW2A 5FH8A 4J0SA 4UYFA 2YEMA 4CUPA 5CY9A 4HXKA 5FH7A 4HBWA 4PS5A 4TU6A 5D3JA 5EWCA 2RNXA 1X0JA 4HXMA 5KU3A 4TT6A 2F6JA 4J0RA 4O7AA 5E7DA 4QC1A 4YYJA 4NUDA 5EICA 5C7NA 5FDZA 5D3LA 4O7EA 4TU4A 4HXRA 5F62A 4LYWA 4FLPA 5D3PA 5L98A 4NQMA 3S91A 2KTBB 4BW1A 5COIA 4PY6A 4O7BA 5JWMA 4X2IA 5A5RA 4UITA 5H1TA 4NR4A 5DFCA 5E9YA 5HJCA 4UIZA 5FG5A 3ZYUA 5G4SA 5BT3A 5I83A 1N72A 5A81A 5CQ5A 5EK9A 3U5JA 2N9GA 5L96A 4Z1SA 4TT2A 5FE3A 4QSXA 3AADA 4IOOA 5LKUA 5CQTA 2L84A 5KTUA 4O74A 4GPJA 4LYIA 4PCIA 4HBXA 5II2A 5CUAA 4N4HA 3UV2A 3HMFA 3UVYA 5L8UA 3O34A 3O36A 5FBXA 4Q0OA 4NRBA 3MUKA 1JM4B 5D26A 5A5QA 5CP5A 4N4FA 5FFYA 2L85A 5EA1A 5EI4A 4MEQA 5CRMA 5H1VA 4NS5A 4OGJA 4LRGA 5I7YA 4A9HA 4NQNA 3SVGA 5DLZA 4UYDA 4CFLA 5AMFA 4QYDA 5EPSA 5FE9A 3GG3A 3LQIA 3MB3A 4MR3A 4QYLA 5J0DA 1JSPB 5HRXA 4LR6A 4QR4A 4O72A 5KTXA 5TB6A 4NUCA 5CUEA 2E7NA 5H1UA 5A82A 4HBYA 5FE7A 5F3AA 5CTLA 4BHWA 4WIVA 4UIXA 4YH3A 3Q2FA 2OSSA 4QEUA 4LZRA 4MEPA 5DX4A 5HELA 5JI8A 3IU6A 5ACYA 5KHMA 4QC3A 4BW4A 5EWDA 5BT4A 4NR5A 4Y03A 3K2JA 3JVKA 2RFJA 4YATA 5D3SA 4CUTA 3U5KA 4KV1A 3MXFA 5E73A 5FE0A 5DW1A 5EWHA 4YBTA 2D82A 4NRAA 5D3TA 3G0JA 3MQMA 4TZ8A 5FFVA 4O70A 5DYCA 5HM0A 5LJ1A 5EWVA 5HEMA 5LKTA 5EPBA 4IOQA 4LDFA 4O71A 4MR5A 2LSPB 4UYHA 4QR3A 3UV5A 2RI7A 4QSVA 5ENFA 5FE8A 5AMEA 4LYSA 4LZSA 5D0CA 5L99A 5A83A 5D3NA 4IR3A 3U5MA 5IGMA 5HRVA 3D7CA 2GRCA 4YYNA 5F5ZA 5CQ6A 3U5PA 2DVRA 4OGIA 3S92A 2NXBA 2RNYA 4NR8A 4QSUA 4LC2A 4YY6A 2DVQA 4F3IA 3DWYA 5FE2A 5D7XA 2G4AA 2L5EA 2R0YA 3QZTA 4YC9A 5CRZA 1WUGA 4HXNA 4QB3A 5H85A 4WHUA 5CGPA 3LXJA 2YELA 4NYWA 5F25A 3U5LA 5IGKA 4QEWA 4UYEA 5DKDA 5EWWA 5IGLA 5DKHA 4XY8A 5II1A 5EP7A 4IR4A 2E7OA 4NR9A 4O75A 5EU1A 5IIDA 1F68A 5ENIA 5CU8A 3I3JA 3IU5A 1EQFA 4UYFB 5L8TA 4ALGA 3UV4A 4PCEA 5A5SA 3JVLA 5ENCA 2RO1A 5CZGA 4RVRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5DLXA 4KCXA 4TS8A 5HCLA 4KV4A 5F60A 3G0LA 5C89A 4NXJA 5AD2A 5DKCA 3O35A 4NR7A 4TTEA 5FG6A 4A9JA 4A9NA 3HMHA 4N4IA 5E9VA 4Q0NA 4AKGA 5CQ8A 5DYXA 4DONA 3NXBA 5LKZA 5EQ1A 5LJ0A 5CQ7A 5I89A 5HRWA 3QZSA 5FE5A 5EPRA 5DY7A 5A85A 4CL9A 5DBMA 5D3HA 5I40A 5FG4A 4OUFA 4A9FA 5CUCA 2DATA 5F36A 2R0SA 3AQAA 5TCMA 2OUOA 2RNWA 5E9KA 4IORA 2R0VA 4YYHA 4HXLA 5A7CA 5CQAA 4QSPA 5CFWA 4A9EA 4O7CA 5C87A 3SVFA 2OO1A 4YADA 4CUUA 5CQ4A 5HLSA 3LJWA 4CUSA 4Z6HA 4CUQA 4J3IA 5HQ6A 4YYGA 4YBSA 4ZQLA 4QR5A 3RCWA 4A9MA 5AD3A 3MB4A 4CLBA 4NR6A 4QUUA 2RS9B 4A9OA 4TT4A 3U5OA 4UIWA 2D9EA 4MENA 4Z1QA 4PTBA 5G4RA 3QZVA 4XUBA 5CQ3A 4LZ2A 4WHWA 5DFDA 5L97A 3O37A 4HXOA 3P1FA 5CUBA 4ALHA 4YAXA 5FB1A 5A5NA 5LJ2A 3JVMA 2FSAA 5LKXA 5E9LA 5FE1A 4XYAA 4O77A 4NYVA 4C66A 4YBMA 4QSTA 5IBNA 5EISA 5F63A 4YYKA 4MEOA 5F61A 4XUAA 5BT5A 4O7FA 3UW9A 2YYNA 2YDWA 5HENA 4YYMA 5D24A 3LQHA 3VKHA 5FB0A 2YEKA 4ZW1A 4AKNA 4HXPA 4AKIA 1PUOA 4HXSA 4O78A 4PKLA 5LUUA 5CUGA 3DAIA 4NYXA 4UYGA 5IGNA 5EVAA 5I80A 5FH6A 4C67A 4TYLA 4CFKA 5D25A 4IR6A 1WUMA 4J1PA 4TZ2A 5K29A 2MJVB 5I86A 4A9IA 5I7XA 5C8GA 5C85A 3JVJA 4QSSA 5DW2A 3SVHA 4N3WA 5C4QA 4UIUA 5I1QA 2E3KA 4A9LA 4QBMA 1E6IA 5E3GA 3Q2EA 5ENGA 4YYDA 3P1EA 4Z93A 4E96A 2WP1A 5EGUA 1ZS5A 5ENEA 5FE4A 5CS8A 4ZC9A 3UVWA 5FFWA 5KTWA 4MR4A 2YW5A 5A5PA 2YQDA 5E3DA 2WP2A 4CURA 5EM3A 3U5NA 3O33A 5E9MA 5LVQA 4QUTA 4UIVA 3P1DA 4TQNA 3HMEA 1ZKRA 4YY4A 5KO4A 4QSQA 4YK0A 4A9KA 4YH4A 5FE6A 3UVDA 4MR6A 5F1LA 4N4GA 5HQ5A 3MULA 5D3RA 5IG6A 5CPEA 4QNSA 4QSWA 5ENJA 2F6NA 4YYIA 5DFBA 3ONIA 5HFQA 4NRCA 3UVXA 5ETBA 5F1HA 4Z6IA 2DKWA 4QZSA 5A5OA 5HFRA 4HBVA 3P1CA 5DYAA 2I7KA 5ETDA 5ENHA 3VKGA 4IR5A 2H60A 5E9IA 3FKMX 5DYUA 4UIYA 5HQ7A 5E74A 5LVRA 5EV9A 4QY4A 3P5OA 2DVSA 2I8NA 2R10A 4QEVA 4QSRA 4BJXA 4O76A 2DWWA 2DVVA 5E0RA 5I88A 3LQJA 4YABA 4XY9A 3TLPA 5F2PA 5CUDA 5I29A 4NUEA 5ENBA 4BW3A 4BW2A 5FH8A 4J0SA 4UYFA 2YEMA 4CUPA 5CY9A 4HXKA 5FH7A 4HBWA 4PS5A 4AI6A 4TU6A 5D3JA 5EWCA 2RNXA 1X0JA 4HXMA 5KU3A 4TT6A 2F6JA 4J0RA 4O7AA 5E7DA 4QC1A 4YYJA 4NUDA 5EICA 5C7NA 5FDZA 5D3LA 4O7EA 4TU4A 4HXRA 5F62A 4LYWA 4FLPA 5D3PA 5L98A 4NQMA 3S91A 2KTBB 4BW1A 5COIA 4PY6A 4O7BA 5JWMA 4X2IA 5A5RA 4UITA 5H1TA 3D1DA 4NR4A 5DFCA 5E9YA 5HJCA 4UIZA 5FG5A 3ZYUA 5G4SA 5BT3A 5I83A 1N72A 5A81A 5CQ5A 5EK9A 3U5JA 2N9GA 5L96A 4Z1SA 4TT2A 5FE3A 4QSXA 3AADA 4IOOA 5LKUA 5CQTA 2L84A 5KTUA 4O74A 4GPJA 4LYIA 4PCIA 4HBXA 5II2A 5CUAA 4N4HA 3UV2A 3HMFA 3UVYA 5L8UA 3O34A 3O36A 5FBXA 4Q0OA 4NRBA 3MUKA 1JM4B 5D26A 5A5QA 5CP5A 4N4FA 5FFYA 2L85A 5EA1A 5EI4A 4MEQA 5CRMA 5H1VA 4NS5A 4OGJA 4LRGA 5I7YA 4A9HA 4NQNA 3SVGA 5DLZA 4UYDA 4CFLA 5AMFA 4QYDA 5EPSA 5FE9A 3GG3A 3LQIA 3MB3A 4MR3A 4QYLA 5J0DA 1JSPB 5HRXA 4LR6A 4QR4A 4O72A 5KTXA 5TB6A 4NUCA 5CUEA 2E7NA 5H1UA 5A82A 4HBYA 5FE7A 2EJNA 5F3AA 5CTLA 4BHWA 3D1BA 4WIVA 4UIXA 4YH3A 3Q2FA 2OSSA 4QEUA 4LZRA 4MEPA 5DX4A 5HELA 5JI8A 3IU6A 5ACYA 5KHMA 4QC3A 4BW4A 5EWDA 5BT4A 4NR5A 4Y03A 3K2JA 3JVKA 2RFJA 4YATA 5D3SA 4CUTA 3ERRA 3U5KA 4KV1A 3MXFA 5E73A 5FE0A 5DW1A 5EWHA 4YBTA 2D82A 4NRAA 5D3TA 3G0JA 3MQMA 4TZ8A 5FFVA 4O70A 5DYCA 5HM0A 5LJ1A 5EWVA 5HEMA 5LKTA 5EPBA 4IOQA 4LDFA 4O71A 4MR5A 2LSPB 4AKHA 4UYHA 4QR3A 3UV5A 2RI7A 4QSVA 5ENFA 5FE8A 5AMEA 4LYSA 4LZSA 5D0CA 5L99A 5A83A 5D3NA 4IR3A 3U5MA 5IGMA 5HRVA 3D7CA 2GRCA 4YYNA 5F5ZA 5CQ6A 3U5PA 2DVRA 4OGIA 3S92A 2NXBA 2RNYA 4NR8A 4QSUA 4LC2A 4YY6A 2DVQA 4F3IA 3DWYA 5FE2A 5D7XA 2G4AA 2L5EA 2R0YA 3QZTA 4YC9A 5CRZA 1WUGA 4HXNA 4QB3A 5H85A 4WHUA 5CGPA 3LXJA 2YELA 4NYWA 5F25A 3U5LA 5IGKA 4QEWA 4UYEA 5DKDA 5EWWA 5IGLA 5DKHA 4XY8A 5II1A 5EP7A 4IR4A 2E7OA 4NR9A 4O75A 5EU1A 5IIDA 1F68A 5ENIA 5CU8A 3I3JA 3IU5A 1EQFA 4UYFB 5L8TA 4ALGA 3UV4A 4PCEA 5A5SA 3JVLA 5ENCA 2RO1A 5CZGA 4RVRA
chains in the Genus database with same CATH topology
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