3LJWA

Crystal structure of the second bromodomain of human polybromo
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
118
structure length
118
Chain Sequence
GSSPAYLKEILEQLLEAIVVATNPSGRLISELFQKLPSKVQYPDYYAIIKEPIDLKTIAQRIQNGSYKSIHAMAKDIDLLAKNAKTYNEPGSQVFKDANSIKKIFYMKKAEIEHHEMA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transcription
molecule keywords Protein polybromo-1
publication title Structural insights into selective histone H3 recognition by the human Polybromo bromodomain 2.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 41
structure length 118
sequence length 118
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-01-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 3ljwA00
5E74A 4QSPA 2N9GA 5EQ1A 5FE7A 2YDWA 2KTBB 5H85A 2OSSA 1WUMA 4NR9A 4OGIA 5EPRA 5AMFA 4QR4A 5D3NA 4CUSA 4YYHA 4LZSA 2MJVB 4N4GA 2DVQA 5CQ6A 5DY7A 4TTEA 4LC2A 5KTUA 4PKLA 4BW3A 4QUUA 4LYSA 5KO4A 4A9JA 2DVRA 4LYIA 5D3TA 5D24A 5ENGA 5E9KA 3S92A 5E73A 3O33A 4QNSA 4LRGA 5FE8A 5CUBA 4C66A 4A9FA 4A9EA 3JVMA 4QYLA 4A9HA 5IGMA 3HMEA 2L5EA 4QC1A 4UYGA 4IR6A 4NRAA 4UYFA 5EWDA 4CFLA 2NXBA 4YAXA 5A5NA 4MEQA 3NXBA 4J3IA 4Z1SA 5DBMA 4QBMA 4TU6A 3TLPA 4MR3A 5I7YA 4NR8A 4Z1QA 5HRWA 5HQ5A 4YK0A 5F5ZA 4TYLA 5II1A 2I7KA 5A5PA 5DW2A 5FE2A 4HBVA 3SVGA 5EPBA 2YW5A 5FE1A 3P5OA 1JM4B 4J0RA 4YABA 4O71A 4XUBA 3U5JA 5HFRA 5I86A 4QSWA 5JWMA 4NR4A 4Q0OA 4NS5A 4J0SA 4O77A 4QYDA 4CLBA 3LQHA 4IOQA 2YELA 5ETBA 4N4FA 4CURA 5FE3A 4UIZA 4YH3A 4PCIA 5A83A 4QEUA 2YEMA 5H1VA 4A9OA 4QEWA 5C4QA 5CQ4A 5C87A 4O7AA 4A9LA 3Q2FA 5CUGA 5CPEA 5HEMA 4UIUA 5COIA 5I7XA 5LKZA 5CQ8A 4OUFA 5ACYA 5EA1A 5E9IA 3UVDA 3UV5A 3P1EA 5CTLA 4PY6A 5F1LA 4NXJA 5L99A 2RS9B 4Z6IA 4PS5A 5A82A 5CUCA 4O7FA 4ALGA 5HFQA 5HRVA 5FBXA 5KHMA 5DYAA 5H1UA 5L8TA 4KV1A 5FB1A 3Q2EA 5ETDA 3UVXA 5KU3A 4YYNA 4QSXA 5LVQA 4ZW1A 5I40A 5DW1A 5C89A 5IBNA 5F62A 3S91A 3MUKA 5I83A 3AQAA 5DKHA 5A81A 4UYHA 4TS8A 5HLSA 3UV4A 4YBMA 2GRCA 5FE6A 4HXKA 4CFKA 5KTXA 2YQDA 4IOOA 5FFVA 5HELA 4MEPA 4WIVA 2WP1A 4ZQLA 4NUDA 5IGNA 2G4AA 4HBXA 3O36A 4CUTA 5EV9A 5C7NA 1F68A 5FFYA 5I1QA 3UVYA 4UYEA 4YYIA 3QZTA 5FG4A 5A85A 4NRCA 4MEOA 4O72A 5IIDA 5LKUA 4PCEA 4YADA 4HBYA 4MR4A 2DWWA 5EM3A 4QSTA 5D26A 3MB4A 5II2A 5EWHA 3HMHA 2E3KA 2F6JA 4QR3A 4X2IA 2RFJA 5BT3A 2R0VA 5D3LA 3ZYUA 5CRZA 4QSQA 5AD3A 5K29A 3MQMA 5EI4A 5A5SA 4MENA 4QY4A 4LDFA 4O70A 4UIYA 4NUCA 4A9NA 5FH6A 5LJ2A 3UW9A 4Z93A 3DWYA 4CUQA 5ENFA 4UYDA 2YYNA 4E96A 4TZ2A 2R0SA 4MR5A 5EWVA 3O37A 5E3GA 4YYMA 4BW1A 4TQNA 5LVRA 3MULA 5DYUA 1ZS5A 5CGPA 4KV4A 5F61A 5A5OA 2DKWA 5AD2A 3DAIA 2RNYA 5FE4A 5FB0A 3UVWA 5CS8A 5DFCA 4A9IA 2R0YA 2DATA 5I89A 2OUOA 4ALHA 5HENA 5E7DA 4O76A 3JVLA 2RO1A 5I80A 3U5KA 5KTWA 3I3JA 2LSPB 4NYXA 3LQJA 3LXJA 5DX4A 4YYGA 3P1DA 4TU4A 5L98A 4NR5A 4UIVA 4TT6A 1JSPB 3GG3A 5E3DA 4QSRA 5AMEA 4N3WA 5IG6A 3LQIA 4LYWA 4BW2A 5H1TA 2F6NA 2E7OA 3UV2A 4IR3A 5HJCA 5DKDA 4UITA 5F63A 2L85A 3P1CA 5CQ7A 5F1HA 5CY9A 4UIWA 5L96A 3U5LA 5HQ7A 4NQMA 5D0CA 4YH4A 4YYKA 3O34A 5F2PA 5F3AA 5LUUA 4A9KA 4TT4A 5L97A 3U5MA 5CQ3A 5I88A 5IGKA 4XUAA 5I29A 5EWWA 5ENCA 4O7CA 5DYCA 4HXPA 5ENBA 3P1FA 5A5RA 4HBWA 3QZVA 4YY4A 5LKXA 4N4HA 4OGJA 5DFBA 5L8UA 3G0LA 5E9VA 3D7CA 5F36A 1X0JA 3IU5A 4XY8A 4NQNA 4GPJA 4FLPA 5FH7A 4QSSA 5ENEA 5HCLA 5F60A 4RVRA 5DYXA 4J1PA 5TB6A 4O78A 3FKMX 4YC9A 5EISA 3RCWA 5FG5A 4NUEA 5CQAA 4CUPA 4Q0NA 5CQ5A 4LZ2A 5G4SA 5EWCA 4XYAA 4QSVA 2H60A 2DVVA 5DLZA 5D3HA 2OO1A 5CUAA 4YBSA 2FSAA 5D3JA 4NR7A 5CUEA 4A9MA 3IU6A 1N72A 5D3SA 3U5NA 2E7NA 5CRMA 5ENIA 3HMFA 4NR6A 2R10A 4Y03A 4ZC9A 5C8GA 4DONA 5LJ1A 4NYWA 2YEKA 4MR6A 5ENJA 5DLXA 2RNXA 4C67A 3ONIA 3AADA 4QC3A 1E6IA 5CFWA 4Z6HA 5E9MA 4QR5A 3G0JA 5EVAA 5FFWA 4UIXA 4QZSA 4PTBA 2RI7A 5E9YA 2D9EA 4NRBA 4HXRA 5CP5A 4XY9A 5G4RA 5A5QA 5A7CA 3QZSA 5C85A 4HXOA 5EGUA 4BHWA 4CL9A 4WHWA 5F25A 5FH8A 5TCMA 5LKTA 4QUTA 2WP2A 4YY6A 5LJ0A 5JI8A 5EK9A 5EPSA 2L84A 4CUUA 3LJWA 5ENHA 5FE0A 5E0RA 3JVJA 4IR4A 4HXNA 4AKNA 4YYJA 4BJXA 5CQTA 5D25A 5E9LA 5CUDA 3K2JA 4HXMA 4QSUA 4YYDA 5FG6A 2DVSA 2I8NA 4HXSA 4O7BA 3JVKA 4O75A 4BW4A 5FE9A 4IORA 5DKCA 4WHUA 5D3PA 4QB3A 5BT4A 4N4IA 5DFDA 5EU1A 3U5PA 5FDZA 5J0DA 3U5OA 4HXLA 3MXFA 5FE5A 1WUGA 3SVFA 3SVHA 2RNWA 4UYFB 5D3RA 4YATA 5HM0A 4YBTA 4NYVA 5D7XA 4LZRA 5EICA 5HQ6A 4LR6A 4TZ8A 5CU8A 5BT5A 5HRXA 4KCXA 4QEVA 3O35A 4O7EA 4TT2A 5EP7A 4IR5A 4F3IA 2D82A 5IGLA 3MB3A 4O74A 5CZGA 1EQFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5E74A 1PUOA 2N9GA 4QSPA 5EQ1A 5FE7A 3VKHA 2YDWA 2KTBB 5H85A 2OSSA 1WUMA 4NR9A 4OGIA 5EPRA 5AMFA 4QR4A 5D3NA 4CUSA 4YYHA 4LZSA 2MJVB 4N4GA 2DVQA 5CQ6A 5DY7A 4TTEA 4LC2A 5KTUA 4PKLA 4BW3A 4QUUA 4LYSA 5KO4A 4A9JA 2DVRA 4LYIA 5D3TA 5D24A 5ENGA 5E9KA 3S92A 5E73A 3O33A 4QNSA 4LRGA 5FE8A 5CUBA 4C66A 4A9FA 4A9EA 3JVMA 4QYLA 4A9HA 5IGMA 3HMEA 3D1BA 2L5EA 4QC1A 4UYGA 4IR6A 4NRAA 4UYFA 5EWDA 3D1DA 4CFLA 2NXBA 4YAXA 5A5NA 4MEQA 3NXBA 4J3IA 4Z1SA 5DBMA 4QBMA 4TU6A 3TLPA 4MR3A 5I7YA 4NR8A 4Z1QA 5HRWA 5HQ5A 4YK0A 5F5ZA 4TYLA 5II1A 2I7KA 5A5PA 5DW2A 5FE2A 4HBVA 3SVGA 5EPBA 2YW5A 5FE1A 3P5OA 1JM4B 4J0RA 4YABA 4O71A 4XUBA 3U5JA 5HFRA 5I86A 4QSWA 5JWMA 4NR4A 4Q0OA 4NS5A 4J0SA 4O77A 4QYDA 4CLBA 3LQHA 4IOQA 2YELA 5ETBA 4N4FA 4CURA 5FE3A 4UIZA 4YH3A 4PCIA 5A83A 4QEUA 2YEMA 5H1VA 4A9OA 4QEWA 5C4QA 5CQ4A 5C87A 4O7AA 4A9LA 3Q2FA 5CUGA 5CPEA 5HEMA 4UIUA 5COIA 5I7XA 5LKZA 5CQ8A 4OUFA 5ACYA 5EA1A 5E9IA 3UVDA 3UV5A 3P1EA 5CTLA 4PY6A 5F1LA 4NXJA 5L99A 2RS9B 4Z6IA 4PS5A 5A82A 5CUCA 4O7FA 4ALGA 5HFQA 5HRVA 3ERRA 5FBXA 5KHMA 5DYAA 3VKGA 4AKIA 5H1UA 5L8TA 4KV1A 5FB1A 3Q2EA 5ETDA 3UVXA 5KU3A 4YYNA 4QSXA 5LVQA 4ZW1A 5I40A 5DW1A 5C89A 5IBNA 5F62A 3S91A 3MUKA 5I83A 3AQAA 5DKHA 5A81A 4UYHA 4TS8A 5HLSA 3UV4A 4YBMA 2GRCA 5FE6A 4HXKA 4CFKA 5KTXA 2YQDA 4IOOA 5FFVA 5HELA 4MEPA 4WIVA 2WP1A 4ZQLA 4NUDA 5IGNA 2G4AA 4HBXA 3O36A 4CUTA 5EV9A 5C7NA 1F68A 5FFYA 5I1QA 3UVYA 4UYEA 4YYIA 3QZTA 5FG4A 5A85A 4AKGA 4NRCA 4MEOA 4O72A 5IIDA 5LKUA 4PCEA 4YADA 4HBYA 4MR4A 2DWWA 5EM3A 4QSTA 5D26A 3MB4A 5II2A 5EWHA 3HMHA 2E3KA 2F6JA 4QR3A 4X2IA 2RFJA 5BT3A 2R0VA 5D3LA 3ZYUA 5CRZA 4QSQA 5AD3A 5K29A 3MQMA 5EI4A 5A5SA 4MENA 4QY4A 4LDFA 4O70A 4UIYA 4NUCA 4A9NA 5FH6A 5LJ2A 3UW9A 4Z93A 3DWYA 4CUQA 5ENFA 4UYDA 2YYNA 4E96A 4TZ2A 2R0SA 4MR5A 5EWVA 3O37A 5E3GA 4YYMA 4BW1A 4TQNA 5LVRA 3MULA 5DYUA 1ZS5A 5CGPA 4KV4A 5F61A 5A5OA 2DKWA 5AD2A 3DAIA 2RNYA 5FE4A 5FB0A 3UVWA 5CS8A 5DFCA 4A9IA 2R0YA 2DATA 5I89A 2OUOA 4ALHA 5HENA 5E7DA 4O76A 3JVLA 2RO1A 5I80A 3U5KA 5KTWA 3I3JA 2LSPB 4NYXA 3LQJA 3LXJA 5DX4A 4YYGA 3P1DA 4TU4A 5L98A 4NR5A 4UIVA 4TT6A 1JSPB 3GG3A 5E3DA 4QSRA 5AMEA 4N3WA 5IG6A 3LQIA 4LYWA 4BW2A 5H1TA 2F6NA 2E7OA 3UV2A 4IR3A 5HJCA 5DKDA 4UITA 5F63A 2L85A 3P1CA 5CQ7A 5F1HA 5CY9A 4UIWA 5L96A 3U5LA 5HQ7A 4NQMA 5D0CA 4YH4A 4YYKA 3O34A 5F2PA 5F3AA 5LUUA 4A9KA 4TT4A 5L97A 3U5MA 5CQ3A 5I88A 5IGKA 4XUAA 5I29A 5EWWA 5ENCA 4O7CA 5DYCA 4HXPA 5ENBA 3P1FA 5A5RA 4HBWA 3QZVA 4YY4A 5LKXA 4N4HA 4OGJA 5DFBA 5L8UA 3G0LA 5E9VA 3D7CA 5F36A 1X0JA 3IU5A 4XY8A 4NQNA 4GPJA 4FLPA 4AKHA 5FH7A 4QSSA 5ENEA 5HCLA 5F60A 4RVRA 5DYXA 4J1PA 5TB6A 4O78A 3FKMX 4YC9A 5EISA 3RCWA 5FG5A 4NUEA 5CQAA 4CUPA 4Q0NA 5CQ5A 1ZKRA 4LZ2A 5G4SA 5EWCA 4XYAA 4QSVA 2H60A 2DVVA 5DLZA 5D3HA 2OO1A 5CUAA 4YBSA 2FSAA 5D3JA 4NR7A 5CUEA 4A9MA 3IU6A 1N72A 5D3SA 3U5NA 2E7NA 5CRMA 5ENIA 3HMFA 4NR6A 2R10A 4Y03A 4ZC9A 5C8GA 4DONA 5LJ1A 4NYWA 2YEKA 4MR6A 5ENJA 5DLXA 2RNXA 4C67A 3ONIA 3AADA 4QC3A 1E6IA 5CFWA 4Z6HA 5E9MA 4QR5A 3G0JA 5EVAA 5FFWA 4UIXA 4QZSA 4PTBA 2RI7A 5E9YA 2D9EA 4NRBA 4HXRA 5CP5A 4XY9A 5G4RA 5A5QA 5A7CA 3QZSA 5C85A 4HXOA 5EGUA 4BHWA 4CL9A 4WHWA 5F25A 5FH8A 5TCMA 5LKTA 4QUTA 2WP2A 2EJNA 4YY6A 5LJ0A 5JI8A 5EK9A 5EPSA 2L84A 4CUUA 3LJWA 5ENHA 5FE0A 5E0RA 3JVJA 4AI6A 4IR4A 4HXNA 4AKNA 4YYJA 4BJXA 5CQTA 5D25A 5E9LA 5CUDA 3K2JA 4HXMA 4QSUA 4YYDA 5FG6A 2DVSA 2I8NA 4HXSA 4O7BA 3JVKA 4O75A 4BW4A 5FE9A 4IORA 5DKCA 4WHUA 5D3PA 4QB3A 5BT4A 4N4IA 5DFDA 5EU1A 3U5PA 5FDZA 5J0DA 3U5OA 4HXLA 3MXFA 5FE5A 1WUGA 3SVFA 3SVHA 2RNWA 4UYFB 5D3RA 4YATA 5HM0A 4YBTA 4NYVA 5D7XA 4LZRA 5EICA 5HQ6A 4LR6A 4TZ8A 5CU8A 5BT5A 5HRXA 4KCXA 4QEVA 3O35A 4O7EA 4TT2A 5EP7A 4IR5A 4F3IA 2D82A 5IGLA 3MB3A 4O74A 5CZGA 1EQFA
chains in the Genus database with same CATH topology
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