3JVMA

Crystal structure of bromodomain 2 of mouse brd4
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
116
structure length
116
Chain Sequence
GAMGSKISEQLKCCSGILKEMFAKKHAAYAWPFYKPVDVEALGLHDYCDIIKHPMDMSTIKSKLESREYRDAQEFGADVRLMFSNCYKYNPPDHEVVAMARKLQDVFEMRFAKMPD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Signaling protein
source organism Mus musculus
publication title Structures of the Dual Bromodomains of the P-TEFb-activating Protein Brd4 at Atomic Resolution
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
total genus 42
structure length 116
sequence length 116
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-09-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 3jvmA00
5BT5A 4N4GA 2DVSA 3TLPA 5BT4A 5EGUA 5D25A 4N4IA 4XUBA 3U5JA 4NR9A 3G0LA 5KTWA 3SVHA 5FE2A 2I8NA 5CTLA 5CY9A 4HXLA 2OUOA 5IG6A 1WUMA 4CL9A 5DLXA 5KO4A 2DVRA 2L84A 4YATA 5J0DA 4QSRA 5HFRA 3LQIA 5DX4A 3UVXA 4CURA 5ETDA 3S91A 2KTBB 5CGPA 4PY6A 5FB1A 5FBXA 4NXJA 4O7CA 5FFWA 5FE5A 4QSVA 4QSTA 4IOQA 3K2JA 4A9IA 4MEPA 3FKMX 5I88A 2F6JA 4QSPA 4YYDA 5EPBA 4LZSA 4OUFA 4UYDA 5CQ7A 5KU3A 4LYSA 4UYFA 4CUQA 4KCXA 5EISA 3UVDA 5K29A 5DYAA 4YYGA 5I80A 4NUCA 5DY7A 5ENGA 5A81A 4Z1QA 5A85A 2L5EA 4NR7A 2MJVB 4NUDA 4PKLA 4J3IA 5AMFA 4YYJA 2DWWA 2WP1A 4UIUA 4QEWA 5A82A 5G4RA 4LRGA 4QY4A 4QUTA 4J0SA 4YYIA 3JVJA 3HMFA 4TTEA 4N4FA 4CFLA 4MR3A 5IGMA 5AMEA 3MXFA 3Q2FA 4QSWA 5A5NA 5DYXA 5LUUA 4HBXA 2RO1A 5I7YA 5ENBA 5HJCA 5D24A 5L99A 2NXBA 3G0JA 3UVYA 4BJXA 4QEUA 3U5PA 5CUBA 4A9OA 4BW2A 3AQAA 5EICA 4BW1A 4NS5A 5DYUA 5EM3A 2F6NA 3SVGA 4A9HA 4FLPA 5FG6A 5D26A 4NR4A 4O70A 4BW3A 5H1TA 4QR4A 5EP7A 5HRVA 4TQNA 5LKZA 5E74A 3UV2A 4YADA 3P5OA 4NR6A 4QR5A 4YC9A 5EPRA 5E9YA 5E9VA 4NQMA 4TT4A 5I89A 4NQNA 3SVFA 5COIA 5HRWA 4OGJA 4C67A 3DAIA 4IR6A 5KTUA 4A9FA 5D3PA 5I86A 4A9NA 4HBWA 4Z6IA 4TZ8A 2DATA 5C85A 2WP2A 5F1HA 5CUAA 5HQ6A 5I40A 5ENCA 3U5MA 5DBMA 3MQMA 4HXKA 4O71A 5CQAA 4NRBA 3HMEA 4QSXA 4Z93A 4YBTA 5DW2A 5ENFA 4ZQLA 5HQ5A 4O7BA 4HBVA 2YQDA 5F63A 5F61A 4CUTA 3RCWA 4O75A 4MEQA 5CUCA 5CUDA 3ONIA 5EA1A 4CFKA 4HXMA 5ENHA 4XY8A 5JI8A 5HENA 4YYMA 5HLSA 4LYWA 3JVKA 5F3AA 5FDZA 4C66A 3P1CA 4NYXA 4IR3A 5H1UA 4YH4A 5CRMA 5CUEA 4A9KA 4HXRA 3O36A 4HBYA 4NYVA 5L96A 4E96A 5FH8A 3JVMA 4UITA 2RFJA 5C87A 4LC2A 5CP5A 4RVRA 5HQ7A 5DKHA 4YABA 3LXJA 5FE4A 5LVQA 4J1PA 5ENJA 5CUGA 5L98A 2RS9B 4XYAA 4UIVA 5F25A 5I7XA 4MEOA 5DLZA 2YW5A 4N3WA 4MR5A 4O7FA 4ALGA 2GRCA 2I7KA 4KV4A 5D3RA 5EV9A 4PTBA 5L97A 4NUEA 5ENIA 1ZS5A 3O37A 5CQ8A 3UW9A 4CUUA 5C4QA 4NR8A 5F60A 4TS8A 5FFVA 2R0SA 2RNYA 5D3HA 2RI7A 5EWVA 2LSPB 4F3IA 1EQFA 4QC3A 5E9IA 4ZC9A 4XY9A 5FB0A 5LJ2A 5FE7A 5HEMA 5E9KA 3UV4A 4TYLA 2D9EA 5FH6A 2YELA 2YEMA 4IORA 5CFWA 5D3NA 3MULA 5II2A 5I1QA 4YH3A 5LKXA 5CU8A 1E6IA 4PCIA 5F5ZA 5CPEA 5CQ6A 1JM4B 4IR4A 3UV5A 4QSUA 3ZYUA 1N72A 4WHUA 5IIDA 5HRXA 1F68A 5G4SA 3LQHA 2RNWA 4A9LA 4LDFA 4TT2A 5E9MA 3I3JA 3AADA 4QYDA 2R0VA 3P1DA 4TU6A 5DW1A 3U5KA 5IGKA 4Z1SA 5DFDA 5A83A 5DFBA 5HFQA 4O74A 4YY6A 5KHMA 5AD2A 3MB3A 4IR5A 5FE0A 5E7DA 4BHWA 5C7NA 4TT6A 4LYIA 4LR6A 5D3JA 4WHWA 5F2PA 5CQ4A 4YBMA 5EPSA 5TB6A 4QC1A 4HXOA 4GPJA 3P1EA 5BT3A 4QSQA 5I29A 3O35A 4YY4A 4AKNA 1JSPB 5D0CA 4NRCA 3GG3A 5EK9A 3QZVA 5CZGA 4O76A 5FE3A 4N4HA 5A5SA 5L8UA 3HMHA 4PS5A 5KTXA 2DVVA 5FG4A 5F62A 5CRZA 4CUPA 4YK0A 5FG5A 4QSSA 4UYHA 5ACYA 5A7CA 5JWMA 3O33A 5DYCA 2E3KA 5II1A 3DWYA 5C8GA 5CQ3A 5FH7A 3D7CA 5HCLA 4A9EA 5E3DA 4BW4A 5EQ1A 5I83A 5E73A 4QR3A 4LZRA 5IGLA 4X2IA 3MUKA 4PCEA 5LKTA 3U5NA 5LJ1A 4LZ2A 5EVAA 2R10A 3Q2EA 2E7OA 5D3LA 4CUSA 4QNSA 4CLBA 4A9JA 4Y03A 5EWHA 5AD3A 5A5QA 4KV1A 4Q0OA 5DKDA 5EI4A 5LVRA 4QBMA 5CS8A 5ETBA 5LJ0A 4O7EA 5D3TA 4HXPA 4UYFB 5FE1A 2FSAA 4A9MA 2H60A 2OO1A 4TZ2A 5DFCA 3U5LA 4YBSA 5DKCA 3O34A 4NYWA 2D82A 4YAXA 4HXSA 4UIXA 2N9GA 4MR4A 4QYLA 2YDWA 4Z6HA 3S92A 3IU5A 3NXBA 3IU6A 2DVQA 4UIZA 4DONA 4ZW1A 4YYNA 5EWDA 5A5RA 5TCMA 4J0RA 4ALHA 4UYGA 4YYHA 5F36A 3JVLA 5IGNA 5ENEA 4MENA 4O7AA 2OSSA 5FE8A 4NRAA 2YYNA 2E7NA 1X0JA 4MR6A 4O72A 5D7XA 4IOOA 5E9LA 3MB4A 4O77A 4HXNA 5D3SA 5IBNA 2YEKA 2RNXA 4UYEA 5LKUA 4TU4A 1WUGA 5E0RA 4NR5A 5HM0A 3P1FA 5FFYA 4WIVA 5FE9A 5L8TA 3LJWA 4O78A 5CQ5A 4Q0NA 5FE6A 5E3GA 2L85A 2DKWA 3QZTA 3U5OA 5HELA 4QZSA 4QUUA 4QB3A 5A5OA 4UIWA 3LQJA 5F1LA 5H85A 2R0YA 3UVWA 5CQTA 5EWWA 4QEVA 5EU1A 4OGIA 3QZSA 5A5PA 5C89A 5EWCA 5H1VA 4YYKA 4UIYA 4XUAA 2G4AA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5BT5A 4N4GA 2DVSA 3TLPA 5BT4A 5EGUA 5D25A 4N4IA 4XUBA 3U5JA 4NR9A 3G0LA 5KTWA 3SVHA 5FE2A 2I8NA 5CTLA 5CY9A 4HXLA 2OUOA 5IG6A 1WUMA 4CL9A 5DLXA 5KO4A 2DVRA 2L84A 4YATA 5J0DA 4QSRA 5HFRA 3LQIA 5DX4A 3UVXA 4CURA 5ETDA 3S91A 2KTBB 5CGPA 4PY6A 5FB1A 5FBXA 4NXJA 4O7CA 5FFWA 5FE5A 4QSVA 4QSTA 4IOQA 3K2JA 4A9IA 4MEPA 3FKMX 5I88A 2F6JA 4QSPA 4YYDA 5EPBA 4LZSA 4OUFA 4UYDA 5CQ7A 5KU3A 4LYSA 4UYFA 4CUQA 4KCXA 5EISA 3UVDA 5K29A 5DYAA 4YYGA 5I80A 4NUCA 5DY7A 5ENGA 5A81A 4Z1QA 5A85A 2L5EA 4NR7A 2MJVB 4NUDA 4PKLA 4J3IA 5AMFA 4YYJA 2DWWA 2WP1A 4UIUA 4QEWA 5A82A 5G4RA 4LRGA 4QY4A 4QUTA 4J0SA 4YYIA 3JVJA 3HMFA 4AKIA 4TTEA 4N4FA 4CFLA 4MR3A 5IGMA 5AMEA 3MXFA 3Q2FA 4QSWA 5A5NA 5DYXA 5LUUA 4HBXA 2RO1A 5I7YA 5ENBA 5HJCA 5D24A 5L99A 2NXBA 3G0JA 3UVYA 4BJXA 4QEUA 3U5PA 5CUBA 4A9OA 4BW2A 3AQAA 5EICA 4BW1A 4NS5A 5DYUA 5EM3A 2F6NA 3SVGA 4A9HA 4FLPA 5FG6A 5D26A 4NR4A 4O70A 4BW3A 5H1TA 4QR4A 5EP7A 5HRVA 4TQNA 5LKZA 5E74A 3UV2A 4YADA 3P5OA 4NR6A 4QR5A 4YC9A 5EPRA 5E9YA 5E9VA 4NQMA 4TT4A 5I89A 4NQNA 3SVFA 5COIA 5HRWA 4OGJA 4C67A 3DAIA 4IR6A 4AI6A 5KTUA 4A9FA 5D3PA 5I86A 4A9NA 4HBWA 4Z6IA 4TZ8A 2DATA 5C85A 2WP2A 5F1HA 5CUAA 5HQ6A 5I40A 5ENCA 3U5MA 5DBMA 3MQMA 4HXKA 4O71A 5CQAA 4NRBA 3HMEA 4QSXA 4Z93A 4YBTA 5DW2A 5ENFA 4ZQLA 5HQ5A 4O7BA 4HBVA 2YQDA 5F63A 5F61A 4CUTA 3RCWA 4O75A 4MEQA 5CUCA 5CUDA 3ONIA 5EA1A 4CFKA 4HXMA 5ENHA 4XY8A 5JI8A 5HENA 4YYMA 5HLSA 4LYWA 3JVKA 5F3AA 5FDZA 4C66A 3P1CA 4NYXA 4IR3A 5H1UA 4YH4A 5CRMA 5CUEA 4A9KA 4HXRA 3O36A 4HBYA 4NYVA 5L96A 4E96A 5FH8A 3JVMA 4UITA 2RFJA 5C87A 4LC2A 5CP5A 4RVRA 5HQ7A 5DKHA 4YABA 3LXJA 5FE4A 5LVQA 4J1PA 5ENJA 5CUGA 5L98A 2RS9B 4XYAA 4UIVA 5F25A 5I7XA 4MEOA 5DLZA 2YW5A 4N3WA 4MR5A 4O7FA 4ALGA 2GRCA 2I7KA 4KV4A 5D3RA 5EV9A 4PTBA 5L97A 4NUEA 5ENIA 1ZS5A 3O37A 5CQ8A 3UW9A 4CUUA 5C4QA 4NR8A 5F60A 4TS8A 5FFVA 2R0SA 2RNYA 5D3HA 2RI7A 5EWVA 2LSPB 4F3IA 1EQFA 4QC3A 5E9IA 4ZC9A 4XY9A 5FB0A 5LJ2A 5FE7A 1PUOA 5HEMA 5E9KA 3UV4A 4TYLA 2D9EA 5FH6A 2YELA 2YEMA 4IORA 5CFWA 5D3NA 3MULA 5II2A 5I1QA 4YH3A 5LKXA 5CU8A 1E6IA 4PCIA 5F5ZA 5CPEA 5CQ6A 1JM4B 4IR4A 3UV5A 4QSUA 3ZYUA 1N72A 4WHUA 5IIDA 5HRXA 1F68A 5G4SA 3LQHA 2RNWA 4A9LA 4LDFA 4TT2A 5E9MA 3I3JA 3AADA 4QYDA 2R0VA 3P1DA 4TU6A 5DW1A 3U5KA 5IGKA 4Z1SA 5DFDA 5A83A 5DFBA 5HFQA 4O74A 4YY6A 5KHMA 5AD2A 3MB3A 4IR5A 5FE0A 5E7DA 4BHWA 5C7NA 4TT6A 4LYIA 4LR6A 5D3JA 4WHWA 5F2PA 5CQ4A 4YBMA 5EPSA 5TB6A 4QC1A 4HXOA 4GPJA 3P1EA 5BT3A 4QSQA 5I29A 3O35A 4YY4A 4AKNA 1JSPB 5D0CA 4NRCA 3GG3A 5EK9A 3QZVA 5CZGA 4O76A 5FE3A 4N4HA 5A5SA 5L8UA 3HMHA 4PS5A 5KTXA 2DVVA 5FG4A 5F62A 5CRZA 4CUPA 4YK0A 5FG5A 4QSSA 4UYHA 5ACYA 5A7CA 5JWMA 3O33A 5DYCA 2E3KA 5II1A 3DWYA 5C8GA 5CQ3A 5FH7A 3D7CA 5HCLA 4A9EA 5E3DA 4BW4A 5EQ1A 5I83A 5E73A 4QR3A 4AKGA 4LZRA 3VKGA 5IGLA 4X2IA 3MUKA 4PCEA 5LKTA 3U5NA 5LJ1A 4LZ2A 5EVAA 2R10A 3Q2EA 2E7OA 1ZKRA 5D3LA 4CUSA 4QNSA 4CLBA 4A9JA 4Y03A 5EWHA 5AD3A 3D1DA 5A5QA 4KV1A 4Q0OA 5DKDA 5EI4A 5LVRA 4QBMA 5CS8A 5ETBA 5LJ0A 4O7EA 5D3TA 4HXPA 4UYFB 5FE1A 2FSAA 4A9MA 2H60A 2OO1A 4AKHA 4TZ2A 5DFCA 3U5LA 4YBSA 5DKCA 3O34A 4NYWA 2D82A 4YAXA 4HXSA 4UIXA 2N9GA 4MR4A 4QYLA 2EJNA 2YDWA 4Z6HA 3S92A 3IU5A 3NXBA 3IU6A 2DVQA 4UIZA 4DONA 4ZW1A 4YYNA 5EWDA 5A5RA 5TCMA 4J0RA 4ALHA 4UYGA 4YYHA 5F36A 3JVLA 5IGNA 5ENEA 4MENA 4O7AA 2OSSA 5FE8A 4NRAA 2YYNA 2E7NA 1X0JA 4MR6A 4O72A 5D7XA 3ERRA 3VKHA 4IOOA 5E9LA 3MB4A 4O77A 4HXNA 5D3SA 5IBNA 2YEKA 2RNXA 4UYEA 5LKUA 4TU4A 1WUGA 5E0RA 4NR5A 5HM0A 3P1FA 5FFYA 4WIVA 5FE9A 5L8TA 3LJWA 4O78A 5CQ5A 3D1BA 4Q0NA 5FE6A 5E3GA 2L85A 2DKWA 3QZTA 3U5OA 5HELA 4QZSA 4QUUA 4QB3A 5A5OA 4UIWA 3LQJA 5F1LA 5H85A 2R0YA 3UVWA 5CQTA 5EWWA 4QEVA 5EU1A 4OGIA 3QZSA 5A5PA 5C89A 5EWCA 5H1VA 4YYKA 4UIYA 4XUAA 2G4AA
chains in the Genus database with same CATH topology
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