3JVMA

Crystal structure of bromodomain 2 of mouse brd4
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
116
structure length
116
Chain Sequence
GAMGSKISEQLKCCSGILKEMFAKKHAAYAWPFYKPVDVEALGLHDYCDIIKHPMDMSTIKSKLESREYRDAQEFGADVRLMFSNCYKYNPPDHEVVAMARKLQDVFEMRFAKMPD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title Structures of the Dual Bromodomains of the P-TEFb-activating Protein Brd4 at Atomic Resolution
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
molecule tags Signaling protein
total genus 42
structure length 116
sequence length 116
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-09-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 3jvmA00
4CL9A 3JVJA 3QZTA 4IR5A 4TTEA 3U5KA 5F63A 4IR4A 3JVLA 4CFKA 5LKXA 3UV2A 3U5PA 4O75A 5CTLA 4O7BA 5DKCA 4YH3A 5E0RA 4NQMA 5C85A 4UITA 5EA1A 4MR6A 5EV9A 5CFWA 4BW3A 4C67A 5DW2A 4O7CA 4BW2A 5C8GA 5AMEA 4MEQA 5DW1A 4N4FA 4A9HA 4YBSA 5A5PA 3P1EA 5AD3A 3P5OA 3MULA 5FB0A 5LKUA 5LKZA 2E3KA 4BW1A 2DWWA 5A5NA 4O78A 2I7KA 4NR8A 2R0VA 4CUUA 5H1TA 4LZ2A 4A9IA 5II1A 5G4RA 2RI7A 3D7CA 5FH7A 5D3RA 5CY9A 5H85A 5HQ5A 4KCXA 4UYFA 2RS9B 4Z93A 4IOQA 4PTBA 3DAIA 4J3IA 5DYXA 4WHUA 4MR3A 5HEMA 1E6IA 4OGJA 5H1UA 2R0YA 1F68A 2R10A 4NR9A 5FE3A 5D24A 3UVDA 4XY8A 5FE2A 5IGLA 3UVWA 5HLSA 4YADA 5D25A 4CUTA 4YYKA 4F3IA 4YY6A 2WP2A 2G4AA 5LJ0A 1JM4B 4A9OA 5F3AA 4NUEA 4QNSA 2R0SA 4ZQLA 4CUPA 5E9VA 2LSPB 3MXFA 5CQAA 5FG5A 5KHMA 2YW5A 5DFDA 5FE9A 2DKWA 1JSPB 5FB1A 4WIVA 5D3SA 5J0DA 5F1LA 4TT4A 4QEUA 5ENBA 4NRCA 4TT2A 4NYWA 5DYAA 4NQNA 5CS8A 5E9KA 4QSWA 5HJCA 5KTWA 5D26A 4QYDA 4KV4A 4QSRA 5F2PA 3RCWA 4PKLA 5A5QA 3O36A 5EP7A 2KTBB 5E9LA 4LYSA 5ENIA 5CZGA 5CU8A 2NXBA 5ACYA 3JVMA 5EWCA 4O76A 5CP5A 4TS8A 5LKTA 3S91A 4HXRA 3LQIA 4YH4A 4YY4A 4MEOA 4ZC9A 4KV1A 5F25A 5L96A 5C89A 5F61A 5ETBA 3LQHA 4OGIA 2OO1A 4PCIA 4UIZA 3NXBA 4FLPA 1WUMA 4X2IA 5L8TA 4HBXA 4HXOA 5FE6A 5F5ZA 4NUCA 5CGPA 5I29A 5FFYA 5A7CA 4CFLA 4HXNA 5I40A 4O74A 5TCMA 5ENHA 4YYHA 4A9JA 2YQDA 4QBMA 4XUAA 2I8NA 4XUBA 5FE8A 5HFRA 3JVKA 5CQ8A 4BJXA 4NYXA 4YYMA 5HQ6A 4J0RA 4MEPA 4A9EA 5K29A 5EVAA 3UW9A 3Q2FA 3G0LA 2D82A 5G4SA 4UIWA 4A9KA 4NR7A 4UYDA 5ENCA 5JWMA 3IU5A 5EK9A 5CUGA 5IBNA 5DYCA 2YEKA 4QR4A 5CUBA 2E7NA 5EM3A 2OSSA 3O35A 5I80A 4IORA 2L5EA 5HENA 4HXPA 4QSQA 5H1VA 5E9IA 4XY9A 5CUEA 5HQ7A 5EWDA 4N3WA 5I88A 5E3DA 4HXSA 4Z6HA 5EPSA 5CQ6A 2DVRA 5DFBA 4UIVA 2RNWA 5EWWA 4A9LA 4YATA 5ETDA 4ALHA 5FG6A 3MUKA 5DX4A 4NR5A 5D3JA 4CLBA 3AQAA 5F36A 4YYNA 3AADA 2L84A 2YDWA 5DFCA 3LJWA 3QZSA 5E9YA 5AMFA 3O34A 4C66A 4LC2A 4TYLA 5JI8A 3U5OA 4NR4A 4LZSA 3U5JA 5A5OA 2F6JA 4YYIA 4TT6A 4PCEA 5F62A 5II2A 4ZW1A 5CQ5A 2YELA 5LVQA 2RNYA 4HBVA 2F6NA 5E9MA 2FSAA 2H60A 5FE4A 4CURA 3ONIA 4YBTA 2RFJA 2MJVB 3UV5A 4QC1A 4O7EA 5E7DA 5HFQA 4Z6IA 5DYUA 2OUOA 5I89A 5COIA 3UVXA 5F1HA 5ENGA 4A9MA 4HXLA 5I86A 4NRBA 3O33A 4NR6A 4QSVA 4WHWA 5EWHA 5I83A 4NYVA 4CUSA 4Q0OA 5L8UA 5C7NA 5HRWA 4HBYA 4UIXA 4QZSA 4PY6A 3P1DA 3SVFA 5F60A 3SVHA 3U5MA 5CQ7A 4LYWA 5EPRA 4QB3A 4TZ8A 5CQTA 5EPBA 4NRAA 1X0JA 4OUFA 3I3JA 5BT3A 5FG4A 4MR5A 4GPJA 3Q2EA 4IOOA 5IGNA 5IGMA 4QSUA 2WP1A 4UYEA 5FE5A 4J0SA 3ZYUA 3UVYA 5CPEA 5A5RA 2DVSA 4O7FA 4QR5A 5I1QA 5EI4A 5FE1A 3QZVA 5AD2A 5IIDA 5DLZA 4TU4A 4QEWA 4HXMA 1WUGA 4AKNA 4QSSA 5D3HA 2DVQA 4YAXA 4A9NA 5EICA 5A82A 5ENFA 4MENA 5EISA 4IR3A 4PS5A 5EQ1A 1EQFA 3K2JA 3U5LA 5FDZA 4J1PA 4O77A 5FH8A 3G0JA 4MR4A 4QY4A 5TB6A 5LJ1A 4YC9A 4YYGA 4O70A 5IG6A 4YBMA 4QC3A 3S92A 5C4QA 4BHWA 4HBWA 4O71A 5A83A 5A81A 3IU6A 2GRCA 4O7AA 5HCLA 4HXKA 5HRVA 5HELA 2D9EA 2YYNA 4Y03A 4QR3A 3UV4A 5E73A 4RVRA 4YYDA 3U5NA 4N4GA 5L99A 4ALGA 4UYHA 4QSPA 2RO1A 3O37A 5FBXA 4QUTA 3HMHA 4YK0A 4NXJA 2RNXA 5KU3A 5CUAA 4NS5A 5D0CA 2N9GA 5FE0A 5D3LA 4UIYA 3HMEA 4LRGA 3P1CA 2YEMA 5D7XA 2L85A 4QYLA 4E96A 5FFVA 5L97A 4QEVA 4TZ2A 5CUDA 4QUUA 5E74A 5ENJA 5LJ2A 5LUUA 4XYAA 5I7YA 5FE7A 1ZS5A 2DATA 3P1FA 3MQMA 5D3NA 5LVRA 5EGUA 5EU1A 4NUDA 5I7XA 3MB3A 5ENEA 4A9FA 4N4IA 4LYIA 4Z1QA 4BW4A 3GG3A 5DKHA 5BT4A 4Q0NA 4DONA 5DKDA 4CUQA 5CUCA 5D3TA 5IGKA 4TQNA 5KO4A 4N4HA 5DY7A 5C87A 4QSTA 4YABA 5E3GA 4UYFB 4UIUA 3DWYA 5FFWA 4YYJA 5CRMA 1N72A 5CQ3A 3SVGA 3TLPA 4LR6A 5KTUA 5DBMA 2E7OA 4UYGA 4O72A 4LZRA 5CRZA 5KTXA 5L98A 3LQJA 3LXJA 3FKMX 3MB4A 5A85A 4Z1SA 4IR6A 5A5SA 5HM0A 5BT5A 4LDFA 5DLXA 5FH6A 5HRXA 4QSXA 4TU6A 2DVVA 5CQ4A 5D3PA 5EWVA 3HMFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CL9A 3JVJA 3QZTA 4IR5A 4TTEA 3U5KA 5F63A 4IR4A 3JVLA 4CFKA 5LKXA 3UV2A 3U5PA 4O75A 5CTLA 4O7BA 5DKCA 4YH3A 1ZKRA 5E0RA 4NQMA 5C85A 4UITA 5EA1A 4MR6A 5EV9A 5CFWA 4BW3A 4C67A 5DW2A 4O7CA 4BW2A 5C8GA 5AMEA 4MEQA 5DW1A 4N4FA 4A9HA 4YBSA 5A5PA 3P1EA 5AD3A 3D1BA 3MULA 3P5OA 5FB0A 5LKUA 5LKZA 2E3KA 4BW1A 2DWWA 5A5NA 4O78A 2I7KA 4NR8A 2R0VA 4CUUA 5H1TA 4LZ2A 4A9IA 5II1A 5G4RA 2RI7A 3D7CA 5FH7A 5D3RA 5CY9A 5H85A 5HQ5A 4KCXA 4UYFA 2RS9B 4Z93A 4IOQA 4PTBA 3DAIA 4J3IA 5DYXA 4WHUA 4MR3A 5HEMA 1E6IA 4OGJA 5H1UA 2R0YA 1F68A 2R10A 4NR9A 5FE3A 5D24A 3UVDA 4XY8A 5FE2A 5IGLA 3UVWA 5HLSA 4YADA 5D25A 4CUTA 4YYKA 4F3IA 4YY6A 2WP2A 2G4AA 5LJ0A 1JM4B 4A9OA 5F3AA 4NUEA 4QNSA 2R0SA 4ZQLA 4CUPA 5E9VA 2LSPB 3MXFA 5CQAA 5FG5A 5KHMA 2YW5A 5DFDA 5FE9A 2DKWA 1JSPB 5FB1A 4WIVA 5D3SA 5J0DA 5F1LA 4TT4A 4QEUA 5ENBA 4NRCA 4TT2A 4NYWA 5DYAA 4NQNA 5CS8A 5E9KA 4QSWA 5HJCA 5KTWA 5D26A 4QYDA 4KV4A 4QSRA 5F2PA 3RCWA 4PKLA 5A5QA 3O36A 5EP7A 2KTBB 5E9LA 4LYSA 5ENIA 5CZGA 5CU8A 2NXBA 5ACYA 3JVMA 5EWCA 4O76A 5CP5A 4TS8A 5LKTA 3S91A 4HXRA 3LQIA 4YH4A 4YY4A 4MEOA 4ZC9A 4KV1A 5F25A 5L96A 5C89A 5F61A 5ETBA 3LQHA 4OGIA 2OO1A 4PCIA 4UIZA 3NXBA 4FLPA 3ERRA 1WUMA 4X2IA 5L8TA 4HBXA 4HXOA 5FE6A 5F5ZA 4NUCA 5CGPA 5I29A 5FFYA 5A7CA 4CFLA 4HXNA 5I40A 4O74A 5TCMA 5ENHA 4YYHA 4A9JA 2YQDA 4QBMA 4XUAA 2I8NA 4XUBA 5FE8A 3VKGA 5HFRA 3JVKA 5CQ8A 4BJXA 4NYXA 4YYMA 5HQ6A 4J0RA 4MEPA 4A9EA 5K29A 5EVAA 3UW9A 3Q2FA 3G0LA 2D82A 5G4SA 4UIWA 4A9KA 4NR7A 4UYDA 5ENCA 5JWMA 3IU5A 5EK9A 5CUGA 5IBNA 5DYCA 2YEKA 4QR4A 5CUBA 2E7NA 5EM3A 2OSSA 3O35A 5I80A 4IORA 2L5EA 5HENA 4HXPA 4QSQA 5H1VA 5E9IA 4XY9A 5CUEA 5HQ7A 5EWDA 4N3WA 5I88A 5E3DA 4HXSA 4Z6HA 5EPSA 5CQ6A 2DVRA 5DFBA 4UIVA 2RNWA 5EWWA 4A9LA 4YATA 5ETDA 4ALHA 5FG6A 3MUKA 5DX4A 4NR5A 5D3JA 4CLBA 3AQAA 5F36A 4YYNA 3AADA 2L84A 2YDWA 5DFCA 3LJWA 3QZSA 5E9YA 5AMFA 3O34A 4C66A 4LC2A 4TYLA 5JI8A 3U5OA 4NR4A 4LZSA 3U5JA 5A5OA 2F6JA 4YYIA 4TT6A 4PCEA 5F62A 5II2A 4AKHA 4ZW1A 5CQ5A 2YELA 5LVQA 2RNYA 4HBVA 2F6NA 5E9MA 2FSAA 2H60A 5FE4A 4AKIA 4CURA 3ONIA 4YBTA 2RFJA 2MJVB 3UV5A 4QC1A 4O7EA 5E7DA 5HFQA 4Z6IA 5DYUA 2OUOA 5I89A 5COIA 3UVXA 5F1HA 5ENGA 4A9MA 4HXLA 5I86A 4NRBA 3O33A 4NR6A 4QSVA 4WHWA 5EWHA 5I83A 4NYVA 4CUSA 4Q0OA 5L8UA 5C7NA 5HRWA 4HBYA 4UIXA 4QZSA 4PY6A 3P1DA 3SVFA 5F60A 3SVHA 3U5MA 5CQ7A 4LYWA 5EPRA 4QB3A 4TZ8A 5CQTA 5EPBA 4NRAA 1X0JA 4OUFA 3I3JA 5BT3A 5FG4A 4MR5A 4GPJA 3Q2EA 4IOOA 5IGNA 5IGMA 4QSUA 2WP1A 4UYEA 5FE5A 4J0SA 3ZYUA 3UVYA 5CPEA 5A5RA 2DVSA 4O7FA 4QR5A 5I1QA 5EI4A 5FE1A 3QZVA 5AD2A 5IIDA 5DLZA 4TU4A 4QEWA 4HXMA 1WUGA 4AKNA 4QSSA 5D3HA 2DVQA 4YAXA 4A9NA 3VKHA 5EICA 5A82A 5ENFA 4MENA 5EISA 4IR3A 4PS5A 5EQ1A 1EQFA 3K2JA 3U5LA 5FDZA 4J1PA 4O77A 5FH8A 3G0JA 4MR4A 4QY4A 5TB6A 3D1DA 5LJ1A 4YC9A 4YYGA 4O70A 5IG6A 4YBMA 4QC3A 3S92A 5C4QA 4BHWA 4HBWA 4O71A 5A83A 5A81A 3IU6A 2GRCA 4O7AA 5HCLA 4HXKA 5HRVA 5HELA 2D9EA 2YYNA 4Y03A 4QR3A 3UV4A 5E73A 4RVRA 4YYDA 3U5NA 4N4GA 5L99A 4ALGA 4UYHA 4QSPA 2RO1A 3O37A 5FBXA 4QUTA 3HMHA 4YK0A 4NXJA 2RNXA 5KU3A 5CUAA 4NS5A 5D0CA 2N9GA 5FE0A 5D3LA 4UIYA 3HMEA 4LRGA 4AI6A 2EJNA 3P1CA 2YEMA 5D7XA 2L85A 4QYLA 4E96A 5FFVA 5L97A 4QEVA 4TZ2A 5CUDA 4QUUA 5E74A 5ENJA 4AKGA 5LJ2A 5LUUA 4XYAA 5I7YA 5FE7A 1ZS5A 2DATA 3P1FA 3MQMA 5D3NA 5LVRA 5EGUA 5EU1A 4NUDA 5I7XA 3MB3A 5ENEA 4A9FA 4N4IA 4LYIA 4Z1QA 4BW4A 3GG3A 5DKHA 5BT4A 4Q0NA 4DONA 5DKDA 4CUQA 5CUCA 5D3TA 5IGKA 4TQNA 5KO4A 4N4HA 5DY7A 5C87A 4QSTA 4YABA 5E3GA 4UYFB 4UIUA 3DWYA 5FFWA 4YYJA 5CRMA 1N72A 5CQ3A 3SVGA 3TLPA 4LR6A 5KTUA 1PUOA 5DBMA 2E7OA 4UYGA 4O72A 4LZRA 5CRZA 5KTXA 5L98A 3LQJA 3LXJA 3FKMX 3MB4A 5A85A 4Z1SA 4IR6A 5A5SA 5HM0A 5BT5A 4LDFA 5DLXA 5FH6A 5HRXA 4QSXA 4TU6A 2DVVA 5CQ4A 5D3PA 5EWVA 3HMFA
chains in the Genus database with same CATH topology
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