5EA1A

Crystal structure of smarca4 bromodomain in complex with mpd
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
114
structure length
114
Chain Sequence
SPNPPNLTKKMKKIVDAVIKYKDSSSGRQLSEVFIQLPSRKELPEYYELIRKPVDFKKIKERIRNHKYRSLNDLEKDVMLLCQNAQTFNLEGSLIYEDSIVLQSVFTSVRQKIE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Transcription activator BRG1
publication title High-Throughput Fragment Docking into the BAZ2B Bromodomain: Efficient in Silico Screening for X-Ray Crystallography.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Transcription
total genus 44
structure length 114
sequence length 114
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.6.4.-:
pdb deposition date 2015-10-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5ea1A00
5ENBA 4O77A 3UVDA 5EWVA 3NXBA 3S91A 3IU6A 3O35A 3RCWA 4QSWA 4OGIA 5KHMA 5FE4A 3P1FA 5G4SA 5FE0A 2N9GA 4YC9A 5LKXA 2DVRA 4YY6A 5EQ1A 4YBMA 2RNYA 2DKWA 3IU5A 4TU6A 3D7CA 5ENEA 5F1LA 4IORA 5FB1A 5A5PA 4E96A 5L96A 5EU1A 4J1PA 5K29A 4ALGA 3UW9A 5A5QA 5DYUA 4QSUA 4HXMA 3ZYUA 5FB0A 2RNWA 4CUTA 4QYLA 5C4QA 4YYMA 4YADA 5E9MA 4NRCA 3JVKA 5EK9A 4UIZA 5D3JA 4UYDA 4QSVA 3U5JA 4NUCA 2RO1A 3QZSA 5E73A 4Z1SA 5AMFA 5D24A 5CUBA 5E9VA 5HQ5A 4MENA 3G0JA 2I8NA 5F1HA 4YYNA 4CUSA 5LVQA 5F5ZA 5HJCA 4YYIA 3LQIA 1F68A 5FE1A 4CURA 2R0YA 2RS9B 5HLSA 4LRGA 5BT4A 5KTUA 5I80A 4HBYA 5CPEA 5F3AA 5C8GA 5A5RA 4O70A 4CUPA 3SVFA 4O75A 5F36A 3JVLA 4YYGA 4MR4A 5CUDA 5HFQA 3Q2FA 4QSXA 4CUUA 3U5MA 5D3LA 5FE8A 4PS5A 5E3DA 2DATA 4NS5A 5HRXA 4TT4A 4HBVA 4QEUA 2F6JA 4Q0OA 3P1CA 4O72A 4QY4A 2L85A 5FE7A 2R0SA 4QNSA 4MR6A 4TT2A 5EWCA 4LZSA 4Q0NA 4UYHA 4NXJA 5D0CA 4RVRA 5CFWA 3U5OA 2DVSA 5ENFA 4CUQA 4YYJA 3QZVA 3LQJA 5E9YA 4MEPA 5H85A 3O37A 4QSSA 5C89A 4J0RA 4N3WA 4A9EA 4TQNA 5DYAA 4NUDA 3DAIA 4N4GA 4O7CA 3UV5A 4A9IA 4QEVA 5FH8A 4LDFA 4LC2A 5L8UA 5H1VA 4HXOA 4MR3A 5D3RA 5KTWA 4MEOA 5LJ0A 5E9KA 4NR9A 1N72A 4UYGA 5HQ7A 5HCLA 2G4AA 5FG6A 5A81A 3P1EA 5D3SA 5DKHA 2DVVA 5IGMA 5FH6A 5D3NA 5HENA 5CUGA 5CZGA 5L97A 5ENCA 2L5EA 4UIXA 4QC1A 5CUAA 2YW5A 4PKLA 4YBSA 5I7YA 5F63A 4YYHA 3LQHA 1X0JA 4YYKA 4TZ8A 5CQTA 5D7XA 4UIUA 5CQ8A 4KV4A 4UITA 4QEWA 5CS8A 5CUEA 2KTBB 3UV4A 5ACYA 5DX4A 5LUUA 4ZW1A 4HXSA 5D26A 5EWDA 4KV1A 4LYIA 5F25A 4LZRA 3G0LA 5KTXA 5IIDA 4OUFA 4XUBA 5C87A 2NXBA 5I7XA 4NYWA 5C85A 5JWMA 4NR4A 5CU8A 4BW4A 1EQFA 5HEMA 5H1TA 5G4RA 2OO1A 3AADA 4QSPA 4HXNA 5AMEA 2YELA 4NR5A 5E7DA 4WHUA 5LJ1A 5E74A 4Z93A 3O34A 5DW2A 5TB6A 2GRCA 5A82A 5F62A 3HMHA 4QUUA 4A9OA 3LXJA 4NR6A 3HMFA 3P1DA 3MQMA 3UVYA 4QR5A 5FDZA 3MB4A 2OUOA 4J3IA 5HQ6A 5I1QA 5CRMA 5FE6A 3QZTA 4C67A 2L84A 4YH4A 5CP5A 5EISA 4QYDA 4NQMA 2R10A 4XYAA 5EPBA 5CQ3A 2LSPB 5ETDA 4UYEA 4O74A 4PCEA 2RI7A 4NYXA 4YATA 5I86A 5A5NA 4MEQA 4NRAA 1JM4B 5EPRA 3U5NA 5COIA 4ZC9A 4YY4A 4O76A 5DLZA 5IGKA 2RFJA 5FE3A 2WP2A 5TCMA 4O7AA 4QSTA 4QSQA 5I29A 2YDWA 4YABA 5DYXA 5DBMA 4XY9A 5FE2A 4HBWA 4AKNA 3HMEA 5DFBA 5CQ7A 5DYCA 2OSSA 3LJWA 4HXKA 4F3IA 5EA1A 2YQDA 4XUAA 3SVHA 4YYDA 4IOOA 4O7EA 4CFLA 5II2A 4GPJA 4UIWA 5FE5A 4CL9A 5BT3A 5D3TA 5A85A 4HXRA 5ENJA 5L99A 5FFVA 4Z1QA 4N4HA 4BJXA 2I7KA 5E3GA 2R0VA 3ONIA 2DVQA 5C7NA 2RNXA 4FLPA 4QSRA 5JI8A 2D82A 5EICA 4UIYA 5AD3A 5FH7A 5DY7A 3S92A 2F6NA 4YAXA 4LYWA 1WUGA 5I40A 5IBNA 4YBTA 4ALHA 4LR6A 4QR3A 5EGUA 3O33A 5HELA 4HXPA 5DFDA 4KCXA 5DLXA 4NRBA 2YEMA 4UYFA 3UVWA 4NR8A 5ENHA 4QUTA 4NR7A 5HM0A 5CRZA 5II1A 4A9KA 3UV2A 5D25A 5DKDA 5CQAA 4IR6A 3MXFA 4MR5A 4IOQA 3TLPA 3MUKA 4WHWA 4QBMA 5ENIA 5CQ5A 5EWHA 4A9MA 5D3HA 5CQ4A 5FG4A 5FE9A 5IGNA 2YYNA 4O78A 4TTEA 2E7OA 2H60A 4DONA 5HFRA 5I88A 3Q2EA 5LVRA 4LYSA 4ZQLA 5IGLA 4UIVA 5ETBA 5LJ2A 4C66A 5KO4A 4NQNA 5KU3A 3FKMX 5EWWA 2D9EA 4PTBA 4IR4A 4YK0A 5F60A 4Z6HA 5L98A 4Y03A 3K2JA 3I3JA 4BW3A 5FFWA 5A83A 4BW1A 4WIVA 4YH3A 3SVGA 4A9HA 4LZ2A 4J0SA 3JVMA 5DKCA 4TZ2A 5L8TA 4QB3A 4A9FA 1ZS5A 2YEKA 4QR4A 5E9LA 4O7FA 5I83A 2WP1A 4N4IA 4CFKA 5CY9A 5LKUA 5CUCA 4Z6IA 4HBXA 4OGJA 5CGPA 4A9NA 2DWWA 3GG3A 4BW2A 5FBXA 4BHWA 5I89A 1JSPB 4O7BA 4CLBA 2E7NA 3AQAA 3MB3A 5FG5A 5EPSA 5H1UA 3U5KA 2MJVB 5D3PA 5A5OA 5LKTA 5HRVA 4O71A 5EVAA 4TT6A 2FSAA 5BT5A 5IG6A 5HRWA 5AD2A 3UVXA 4IR5A 4TYLA 5F2PA 2E3KA 5F61A 3DWYA 4A9LA 5J0DA 4A9JA 3P5OA 5EP7A 4NUEA 1WUMA 5DFCA 5EM3A 5A7CA 1E6IA 5ENGA 4PY6A 3O36A 5E9IA 4QC3A 5DW1A 5CQ6A 4TU4A 4XY8A 4QZSA 5EI4A 5E0RA 3JVJA 4N4FA 4PCIA 3MULA 5CTLA 3U5PA 5LKZA 4IR3A 4UYFB 5EV9A 5A5SA 4HXLA 4NYVA 4X2IA 4TS8A 3U5LA 5FFYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5ENBA 4O77A 3UVDA 5EWVA 3NXBA 3S91A 3IU6A 3O35A 3RCWA 4QSWA 4OGIA 5KHMA 5FE4A 3P1FA 5G4SA 5FE0A 2N9GA 4YC9A 5LKXA 2DVRA 4YY6A 5EQ1A 4YBMA 2RNYA 2DKWA 3IU5A 4TU6A 3D7CA 5ENEA 5F1LA 4IORA 5FB1A 5A5PA 4E96A 5L96A 5EU1A 4J1PA 5K29A 4ALGA 3UW9A 5A5QA 5DYUA 4QSUA 1ZKRA 4HXMA 3ZYUA 5FB0A 2RNWA 4CUTA 4QYLA 5C4QA 4YYMA 4YADA 5E9MA 4NRCA 3JVKA 5EK9A 4UIZA 5D3JA 4UYDA 4QSVA 3U5JA 4NUCA 2RO1A 3QZSA 5E73A 4Z1SA 5AMFA 5D24A 5CUBA 5E9VA 5HQ5A 4MENA 3G0JA 2I8NA 5F1HA 4YYNA 4CUSA 5LVQA 5F5ZA 5HJCA 4YYIA 3LQIA 1F68A 3VKGA 5FE1A 4CURA 2R0YA 2RS9B 5HLSA 4LRGA 5BT4A 5KTUA 5I80A 4HBYA 5CPEA 5F3AA 5C8GA 5A5RA 4O70A 4CUPA 3SVFA 4O75A 5F36A 4AKIA 3JVLA 4YYGA 4MR4A 5CUDA 5HFQA 3Q2FA 4QSXA 4CUUA 3U5MA 5D3LA 5FE8A 4AKGA 4PS5A 5E3DA 2DATA 4NS5A 5HRXA 4TT4A 4HBVA 4QEUA 2F6JA 4Q0OA 3P1CA 4O72A 4QY4A 2L85A 5FE7A 2R0SA 4QNSA 4MR6A 4TT2A 5EWCA 4LZSA 3D1BA 4Q0NA 4UYHA 4NXJA 5D0CA 4RVRA 5CFWA 3U5OA 2DVSA 5ENFA 4CUQA 4YYJA 3QZVA 3LQJA 5E9YA 4MEPA 5H85A 3O37A 4QSSA 5C89A 4J0RA 4N3WA 4A9EA 4TQNA 5DYAA 4NUDA 3DAIA 4N4GA 4O7CA 3UV5A 4A9IA 4QEVA 5FH8A 4LDFA 4LC2A 5L8UA 5H1VA 4HXOA 4MR3A 5D3RA 5KTWA 4MEOA 5LJ0A 5E9KA 4NR9A 1N72A 4UYGA 5HQ7A 5HCLA 2G4AA 5FG6A 5A81A 3P1EA 5D3SA 5DKHA 2DVVA 5IGMA 5FH6A 5D3NA 5HENA 5CUGA 5CZGA 5L97A 5ENCA 2L5EA 4UIXA 4QC1A 5CUAA 2YW5A 4PKLA 4YBSA 5I7YA 5F63A 4YYHA 3LQHA 1X0JA 4YYKA 4TZ8A 5CQTA 5D7XA 4UIUA 5CQ8A 4KV4A 4UITA 4QEWA 5CS8A 5CUEA 2KTBB 3UV4A 5ACYA 5DX4A 5LUUA 4ZW1A 4HXSA 5D26A 5EWDA 4KV1A 4LYIA 5F25A 4LZRA 3G0LA 5KTXA 1PUOA 4OUFA 5IIDA 4XUBA 5C87A 2NXBA 5I7XA 4NYWA 5C85A 5JWMA 4NR4A 5CU8A 4BW4A 1EQFA 5HEMA 5H1TA 5G4RA 2OO1A 3AADA 4QSPA 4HXNA 5AMEA 2YELA 4NR5A 5E7DA 4WHUA 5LJ1A 5E74A 4Z93A 3O34A 5DW2A 5TB6A 2GRCA 5A82A 5F62A 3HMHA 4QUUA 4A9OA 3LXJA 4NR6A 3HMFA 3P1DA 3MQMA 3UVYA 4QR5A 5FDZA 3MB4A 2OUOA 4J3IA 5HQ6A 5I1QA 5CRMA 5FE6A 3QZTA 3D1DA 4C67A 2L84A 4YH4A 5CP5A 5EISA 4QYDA 4NQMA 2R10A 4XYAA 5EPBA 5CQ3A 2LSPB 3ERRA 5ETDA 4UYEA 4O74A 4PCEA 2RI7A 4NYXA 4YATA 4AI6A 5I86A 5A5NA 4MEQA 4NRAA 1JM4B 5EPRA 3U5NA 5COIA 4ZC9A 4YY4A 4O76A 5DLZA 5IGKA 2RFJA 5FE3A 2WP2A 5TCMA 4O7AA 4QSTA 4QSQA 5I29A 2YDWA 4YABA 5DYXA 5DBMA 4XY9A 5FE2A 4HBWA 4AKNA 3HMEA 5DFBA 5CQ7A 5DYCA 2OSSA 3LJWA 4HXKA 4F3IA 5EA1A 2YQDA 4XUAA 3SVHA 4YYDA 4IOOA 4O7EA 4CFLA 5II2A 4GPJA 4UIWA 5FE5A 4CL9A 5BT3A 5D3TA 5A85A 4HXRA 5ENJA 5L99A 5FFVA 4Z1QA 4N4HA 4BJXA 2I7KA 5E3GA 2R0VA 3ONIA 2DVQA 5C7NA 2RNXA 4FLPA 4QSRA 5JI8A 2D82A 5EICA 4UIYA 5AD3A 5FH7A 5DY7A 3S92A 2F6NA 4YAXA 4LYWA 1WUGA 5I40A 5IBNA 4YBTA 4ALHA 4LR6A 4QR3A 5EGUA 3O33A 5HELA 4HXPA 5DFDA 4KCXA 5DLXA 4NRBA 2YEMA 4UYFA 3UVWA 4NR8A 5ENHA 4QUTA 4NR7A 5HM0A 5CRZA 5II1A 4A9KA 3UV2A 5D25A 5DKDA 5CQAA 4IR6A 3MXFA 4MR5A 4IOQA 3TLPA 3MUKA 4WHWA 4QBMA 5ENIA 5CQ5A 5EWHA 4A9MA 5D3HA 5CQ4A 5FG4A 5FE9A 5IGNA 2YYNA 4O78A 4TTEA 2E7OA 2H60A 4DONA 5HFRA 3VKHA 5I88A 3Q2EA 5LVRA 4LYSA 4ZQLA 5IGLA 4AKHA 4UIVA 5ETBA 5LJ2A 4C66A 5KO4A 4NQNA 5KU3A 3FKMX 5EWWA 2D9EA 4PTBA 4IR4A 4YK0A 5F60A 4Z6HA 5L98A 4Y03A 2EJNA 3K2JA 3I3JA 4BW3A 5FFWA 5A83A 4BW1A 4WIVA 4YH3A 3SVGA 4A9HA 4LZ2A 4J0SA 3JVMA 5DKCA 4TZ2A 5L8TA 4QB3A 4A9FA 1ZS5A 2YEKA 4QR4A 5E9LA 4O7FA 5I83A 2WP1A 4N4IA 4CFKA 5CY9A 5LKUA 5CUCA 4Z6IA 4HBXA 4OGJA 5CGPA 4A9NA 2DWWA 3GG3A 4BW2A 5FBXA 4BHWA 5I89A 1JSPB 4O7BA 4CLBA 2E7NA 3AQAA 3MB3A 5FG5A 5EPSA 5H1UA 3U5KA 2MJVB 5D3PA 5A5OA 5LKTA 5HRVA 4O71A 5EVAA 4TT6A 2FSAA 5BT5A 5IG6A 5HRWA 5AD2A 3UVXA 4IR5A 4TYLA 5F2PA 2E3KA 5F61A 3DWYA 4A9LA 5J0DA 4A9JA 3P5OA 5EP7A 4NUEA 1WUMA 5DFCA 5EM3A 5A7CA 1E6IA 5ENGA 4PY6A 3O36A 5E9IA 4QC3A 5DW1A 5CQ6A 4TU4A 4XY8A 4QZSA 5EI4A 5E0RA 3JVJA 4N4FA 4PCIA 3MULA 5CTLA 3U5PA 5LKZA 4IR3A 4UYFB 5EV9A 5A5SA 4HXLA 4NYVA 4X2IA 4TS8A 3U5LA 5FFYA
chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5ENB A;  4O77 A;  3UVD A;  5EWV A;  3NXB A;  3S91 A;  3IU6 A;  3O35 A;  3RCW A;  4QSW A;  4OGI A;  5KHM A;  5FE4 A;  3P1F A;  5G4S A;  5FE0 A;  2N9G A;  4YC9 A;  5LKX A;  2DVR A;  4YY6 A;  5EQ1 A;  4YBM A;  2RNY A;  2DKW A;  3IU5 A;  4TU6 A;  3D7C A;  5ENE A;  5F1L A;  4IOR A;  5FB1 A;  5A5P A;  4E96 A;  5L96 A;  5EU1 A;  4J1P A;  5K29 A;  4ALG A;  3UW9 A;  5A5Q A;  5DYU A;  4QSU A;  4HXM A;  3ZYU A;  5FB0 A;  2RNW A;  4CUT A;  4QYL A;  5C4Q A;  4YYM A;  4YAD A;  5E9M A;  4NRC A;  3JVK A;  5EK9 A;  4UIZ A;  5D3J A;  4UYD A;  4QSV A;  3U5J A;  4NUC A;  2RO1 A;  3QZS A;  5E73 A;  4Z1S A;  5AMF A;  5D24 A;  5CUB A;  5E9V A;  5HQ5 A;  4MEN A;  3G0J A;  2I8N A;  5F1H A;  4YYN A;  4CUS A;  5LVQ A;  5F5Z A;  5HJC A;  4YYI A;  3LQI A;  1F68 A;  5FE1 A;  4CUR A;  2R0Y A;  2RS9 B;  5HLS A;  4LRG A;  5BT4 A;  5KTU A;  5I80 A;  4HBY A;  5CPE A;  5F3A A;  5C8G A;  5A5R A;  4O70 A;  4CUP A;  3SVF A;  4O75 A;  5F36 A;  3JVL A;  4YYG A;  4MR4 A;  5CUD A;  5HFQ A;  3Q2F A;  4QSX A;  4CUU A;  3U5M A;  5D3L A; 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