3HMHA

Crystal structure of the second bromodomain of human tbp-associated factor rna polymerase 1-like (taf1l)
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
139
structure length
139
Chain Sequence
b'GTENLYFQSMQVAFSFILDNIVTQKMMAVPDSWPFHHPVNKKFVPDYYKMIVNPVDLETIRKNISKHKYQSRESFLDDVNLILANSVKYNGPESQYTKTAQEIVNICYQTITEYDEHLTQLEKDICTAKEAALEEAELE'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Histone recognition and large-scale structural analysis of the human bromodomain family.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Transcription initiation factor TFIID 210 kDa subunit
source organism Homo sapiens
molecule tags Transcription
total genus 57
structure length 139
sequence length 139
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-05-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 3hmhA00
4YH3A 3ZYUA 3U5NA 5E7DA 4NQNA 4YH4A 4A9MA 5LKTA 4XY8A 4CL9A 5II2A 3P1FA 2DVRA 2RO1A 3UV2A 4ZC9A 5DX4A 5HQ5A 4HXPA 4QUTA 5TCMA 5ETBA 4CUQA 5LKUA 4WHWA 5CQ7A 4DONA 5CUCA 2E7OA 5FH7A 5FB1A 4LC2A 3U5JA 4MR6A 3HMEA 4TT6A 5D7XA 4HXMA 4YYKA 3AADA 1ZS5A 5D3HA 4YATA 5IGKA 5I89A 5I86A 4LYSA 3LQJA 5A5QA 3MQMA 2I7KA 5HFRA 5D0CA 2OUOA 2MJVB 4IOQA 4LZ2A 5DKHA 5DYCA 5I83A 5CU8A 5CGPA 4TZ8A 1F68A 3RCWA 5H1TA 4NRCA 4Z1QA 5FE7A 5EISA 4NUEA 2RFJA 4QSWA 5FE3A 4KV4A 4A9JA 4YABA 3U5OA 3SVGA 3MULA 4NUCA 4Z1SA 5EPSA 5CUBA 4E96A 4Y03A 4GPJA 4C66A 5ENEA 5A5NA 4LRGA 4F3IA 5CQTA 5HRWA 4Z6HA 1N72A 2KTBB 2L84A 5ENIA 4C67A 5D3TA 4A9LA 5KTXA 2DVQA 5EWDA 5I40A 3O35A 4QC3A 5L8UA 5BT4A 4OGJA 5AMEA 5C85A 4TU4A 4QUUA 3UV4A 2YDWA 5EVAA 4N4FA 4Q0NA 4QR3A 4UITA 5CZGA 5A7CA 4HXKA 5FH6A 1JM4B 4YC9A 2D82A 2YQDA 4QC1A 3D7CA 2L5EA 4NQMA 4X2IA 2R10A 5LUUA 5DFCA 5HM0A 2L85A 2R0YA 5C89A 4XUBA 5E9VA 4HBWA 3I3JA 4NR4A 4UYGA 3AQAA 4N4HA 4HXNA 4YYGA 4BJXA 4YYNA 4KCXA 2OSSA 3MXFA 2G4AA 4O71A 4CUTA 3K2JA 3U5MA 5J0DA 4J0RA 5FE4A 4N4GA 4QEWA 2DVVA 4UIXA 2D9EA 5F3AA 5LJ1A 5BT3A 5FFWA 5A83A 4UIZA 2RNYA 2N9GA 4YYMA 2WP2A 5F62A 4QB3A 4YK0A 3DAIA 5FG5A 4UYEA 5ENGA 3GG3A 4OGIA 5K29A 5CQ8A 5D3RA 5CPEA 4YBTA 4A9KA 5E9KA 4NR9A 3P1EA 3QZVA 5A85A 5A82A 4UYFB 4ZQLA 5TB6A 4QYLA 4XUAA 3O33A 5HFQA 5I7YA 4J1PA 2FSAA 4UYHA 5H1UA 5G4SA 5EPRA 3UV5A 5D3PA 5H1VA 3Q2EA 4LZRA 5A81A 4CFLA 4O76A 2DVSA 5CQAA 5IG6A 5II1A 5E3DA 2DATA 4NYVA 2LSPB 4HXSA 4NR5A 3U5KA 4MR5A 3IU5A 5CQ6A 3U5LA 5I1QA 2E3KA 5EWVA 5DKDA 5L98A 4IR6A 3SVFA 4AKNA 4IR5A 4QSPA 5F61A 5CP5A 3HMFA 4NYWA 5D3JA 3UVYA 5LVQA 4PY6A 5DYUA 5E0RA 4YYDA 5DFBA 5EWCA 4BW1A 4CFKA 2OO1A 5FE8A 5G4RA 5D25A 3O36A 5KU3A 4QY4A 2YW5A 5JWMA 2YEKA 5DYAA 5IBNA 3LXJA 5D3LA 5ENCA 5ENJA 4YYIA 4YYHA 4NS5A 3FKMX 4O7FA 5HRVA 5DKCA 3IU6A 5E9IA 4OUFA 5ENHA 5KTUA 4A9NA 5ENBA 2DWWA 4UIUA 5D3SA 5JI8A 4J0SA 2F6NA 4QSTA 5E9YA 5C87A 3ONIA 4A9FA 5ENFA 4TZ2A 3O34A 4O72A 4QEVA 4QSQA 4XY9A 5HCLA 3JVJA 5AD2A 4FLPA 3S92A 4A9EA 2WP1A 4TQNA 4YBSA 4Z93A 5E73A 4O7CA 4IOOA 5F2PA 4UYFA 3UVWA 4YY4A 5CUGA 5FE0A 3P1DA 4NRBA 2RI7A 3QZSA 2RS9B 5HQ7A 4QSUA 5CRZA 5EK9A 3P5OA 4YAXA 5EM3A 3O37A 3UVDA 5I7XA 3LQIA 5LVRA 4QR5A 5L97A 4YYJA 4UIWA 5HRXA 5L96A 4LYWA 5FE9A 3DWYA 4YADA 5CUDA 5FB0A 5CS8A 5F1LA 5D3NA 5HQ6A 5FG6A 4HXOA 4NYXA 4UYDA 3Q2FA 4MEPA 3S91A 3JVMA 4Z6IA 4QNSA 5HLSA 4YBMA 5DW2A 5AMFA 4QSSA 5CQ3A 4O77A 4IR3A 4YY6A 5EU1A 4NR7A 5FG4A 5A5SA 5KHMA 4CURA 5CTLA 5CQ4A 5EICA 4ALGA 4PKLA 5L99A 1EQFA 4ZW1A 4QYDA 2RNXA 4IORA 4KV1A 4BHWA 5HENA 5A5RA 4QZSA 5EV9A 5E3GA 4IR4A 5I80A 2E7NA 3JVKA 5EP7A 4MR3A 5I29A 5C7NA 2F6JA 4PTBA 4NXJA 5HJCA 5LKZA 4QBMA 4CLBA 5FH8A 5EPBA 3LJWA 4UIYA 4A9OA 4HXRA 4Q0OA 2R0SA 4MENA 4O7BA 5LKXA 5DLZA 4BW4A 5L8TA 4CUSA 3TLPA 5KO4A 5BT5A 5IGMA 2GRCA 5EQ1A 5FE2A 4LDFA 5D24A 5CY9A 1JSPB 4NUDA 4QSRA 4PCEA 4J3IA 4O7EA 4LR6A 4A9HA 2H60A 2NXBA 5ACYA 4NRAA 4WHUA 5IGLA 1X0JA 3MB4A 5FFYA 4QSXA 4BW3A 5EA1A 4PS5A 3UW9A 4QR4A 4CUPA 5FE5A 5LJ0A 4A9IA 4O7AA 4MEOA 2RNWA 5HEMA 5AD3A 4TU6A 5IIDA 4RVRA 3NXBA 5DFDA 4MEQA 3G0LA 2YELA 4O75A 4TT4A 4WIVA 5EI4A 5COIA 5F5ZA 3P1CA 5FBXA 5C8GA 5F25A 3UVXA 1E6IA 5KTWA 5H85A 4O78A 4NR6A 4QSVA 1WUGA 2YYNA 4O74A 5E9MA 5DW1A 3U5PA 5CQ5A 4TYLA 5I88A 4HBXA 5A5OA 4BW2A 2DKWA 5CFWA 3MB3A 5FFVA 5F36A 5FDZA 5E74A 3MUKA 5FE6A 4MR4A 5EGUA 5EWHA 3G0JA 4NR8A 5CUEA 4O70A 5F60A 4HBVA 4XYAA 4N4IA 5CUAA 5HELA 1WUMA 5DBMA 4QEUA 5F1HA 4CUUA 5LJ2A 4PCIA 4UIVA 5F63A 4ALHA 4HBYA 5DY7A 3LQHA 5DYXA 5DLXA 5D26A 3QZTA 4TT2A 4LYIA 5IGNA 5CRMA 5A5PA 5ETDA 5C4QA 5FE1A 2R0VA 4TTEA 4TS8A 3SVHA 5E9LA 3JVLA 4LZSA 3HMHA 4HXLA 4N3WA 5EWWA 2I8NA 2YEMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4YH3A 3ZYUA 3U5NA 5E7DA 4NQNA 4YH4A 4A9MA 5LKTA 4XY8A 4CL9A 5II2A 3P1FA 2DVRA 2RO1A 3UV2A 4ZC9A 5DX4A 5HQ5A 4HXPA 4QUTA 5TCMA 3D1BA 5ETBA 4CUQA 5LKUA 4WHWA 5CQ7A 4DONA 5CUCA 2E7OA 5FH7A 5FB1A 4LC2A 3U5JA 4MR6A 3HMEA 4TT6A 5D7XA 4HXMA 4YYKA 3AADA 1ZS5A 5D3HA 4YATA 5IGKA 5I89A 5I86A 4LYSA 3LQJA 5A5QA 3MQMA 2I7KA 5HFRA 5D0CA 2OUOA 2MJVB 4IOQA 4LZ2A 5DKHA 5DYCA 5I83A 5CU8A 5CGPA 4TZ8A 1F68A 3RCWA 5H1TA 4NRCA 4Z1QA 5FE7A 5EISA 4NUEA 2RFJA 4QSWA 4AKGA 5FE3A 4KV4A 4A9JA 4YABA 3U5OA 3SVGA 3MULA 1ZKRA 4NUCA 4Z1SA 5EPSA 5CUBA 4E96A 4Y03A 4GPJA 4C66A 5ENEA 5A5NA 4LRGA 4F3IA 5CQTA 5HRWA 4Z6HA 1N72A 2KTBB 2L84A 5ENIA 4C67A 5D3TA 4A9LA 5KTXA 2DVQA 5EWDA 5I40A 3O35A 4QC3A 5L8UA 5BT4A 4OGJA 5AMEA 5C85A 4TU4A 4QUUA 3UV4A 2YDWA 5EVAA 4N4FA 4Q0NA 4QR3A 4UITA 5CZGA 5A7CA 4HXKA 5FH6A 1JM4B 4YC9A 2D82A 2YQDA 4QC1A 3D7CA 2L5EA 4NQMA 3VKHA 4X2IA 2R10A 5LUUA 5DFCA 5HM0A 2L85A 2R0YA 5C89A 4XUBA 5E9VA 4HBWA 3I3JA 4NR4A 4UYGA 3AQAA 4N4HA 4HXNA 4YYGA 4BJXA 4YYNA 4KCXA 2OSSA 3MXFA 2G4AA 4O71A 4CUTA 3K2JA 3U5MA 5J0DA 4J0RA 5FE4A 4N4GA 4QEWA 2DVVA 4UIXA 2D9EA 1PUOA 5F3AA 5LJ1A 5BT3A 5FFWA 5A83A 4UIZA 2RNYA 2N9GA 4YYMA 2WP2A 5F62A 4QB3A 4YK0A 3DAIA 5FG5A 4UYEA 5ENGA 3GG3A 4OGIA 5K29A 5CQ8A 5D3RA 5CPEA 4YBTA 4A9KA 5E9KA 4NR9A 3P1EA 3QZVA 5A85A 5A82A 4UYFB 4ZQLA 5TB6A 4QYLA 4XUAA 3O33A 5HFQA 5I7YA 4J1PA 2FSAA 4UYHA 5H1UA 5G4SA 5EPRA 3UV5A 5D3PA 5H1VA 3Q2EA 4LZRA 5A81A 4CFLA 4O76A 2DVSA 5CQAA 5IG6A 5II1A 5E3DA 2DATA 4NYVA 2LSPB 4HXSA 4NR5A 3U5KA 4MR5A 3IU5A 5CQ6A 3U5LA 5I1QA 2E3KA 3ERRA 4AKHA 5EWVA 5DKDA 5L98A 4IR6A 3SVFA 4AKNA 4IR5A 4QSPA 5F61A 4AKIA 5CP5A 3HMFA 4NYWA 5D3JA 3UVYA 5LVQA 4PY6A 5DYUA 5E0RA 4YYDA 5DFBA 5EWCA 4BW1A 4CFKA 2OO1A 5FE8A 5G4RA 5D25A 3O36A 5KU3A 4QY4A 2YW5A 5JWMA 2YEKA 5DYAA 5IBNA 3LXJA 5D3LA 5ENCA 5ENJA 4YYIA 4YYHA 4NS5A 3FKMX 4O7FA 5HRVA 5DKCA 3IU6A 5E9IA 4OUFA 5ENHA 5KTUA 4A9NA 5ENBA 2DWWA 4UIUA 5D3SA 5JI8A 4J0SA 2F6NA 4QSTA 5E9YA 5C87A 3ONIA 4A9FA 5ENFA 4TZ2A 3O34A 4O72A 4QEVA 4QSQA 4XY9A 5HCLA 3JVJA 5AD2A 4FLPA 3S92A 4A9EA 2WP1A 4TQNA 4YBSA 4Z93A 5E73A 4O7CA 4IOOA 5F2PA 4UYFA 3VKGA 3UVWA 4YY4A 5CUGA 5FE0A 3P1DA 4NRBA 2RI7A 3QZSA 2RS9B 5HQ7A 4QSUA 5CRZA 5EK9A 3P5OA 4YAXA 5EM3A 3O37A 3UVDA 5I7XA 3LQIA 5LVRA 4QR5A 5L97A 4YYJA 4UIWA 5HRXA 5L96A 4LYWA 5FE9A 3DWYA 4YADA 5CUDA 5FB0A 5CS8A 5F1LA 5D3NA 5HQ6A 5FG6A 4HXOA 4NYXA 4UYDA 3Q2FA 4MEPA 3S91A 3JVMA 4Z6IA 4QNSA 5HLSA 4YBMA 5DW2A 5AMFA 4QSSA 5CQ3A 4O77A 2EJNA 4IR3A 4YY6A 5EU1A 4NR7A 5FG4A 5A5SA 5KHMA 4CURA 5CTLA 5CQ4A 5EICA 4ALGA 4PKLA 5L99A 1EQFA 4ZW1A 4QYDA 2RNXA 4IORA 4KV1A 4BHWA 5HENA 5A5RA 4QZSA 5EV9A 5E3GA 4IR4A 5I80A 2E7NA 3JVKA 5EP7A 4MR3A 5I29A 5C7NA 2F6JA 4PTBA 4NXJA 5HJCA 5LKZA 4QBMA 4CLBA 5FH8A 5EPBA 3LJWA 4UIYA 4A9OA 4HXRA 4Q0OA 2R0SA 4MENA 4O7BA 5LKXA 5DLZA 4BW4A 5L8TA 4CUSA 3TLPA 5KO4A 5BT5A 5IGMA 2GRCA 5EQ1A 5FE2A 4LDFA 5D24A 5CY9A 1JSPB 4NUDA 4QSRA 4PCEA 4J3IA 4O7EA 4LR6A 4A9HA 2H60A 2NXBA 5ACYA 4NRAA 4WHUA 5IGLA 1X0JA 3MB4A 5FFYA 4QSXA 4BW3A 5EA1A 4PS5A 3UW9A 4QR4A 4CUPA 5FE5A 5LJ0A 4A9IA 4O7AA 4MEOA 2RNWA 5HEMA 5AD3A 4TU6A 5IIDA 4RVRA 3NXBA 5DFDA 4MEQA 3G0LA 2YELA 4O75A 4TT4A 4WIVA 5EI4A 5COIA 5F5ZA 3P1CA 5FBXA 5C8GA 5F25A 3UVXA 1E6IA 5KTWA 5H85A 4O78A 4NR6A 4QSVA 1WUGA 2YYNA 4O74A 5E9MA 5DW1A 3U5PA 5CQ5A 4TYLA 5I88A 4HBXA 5A5OA 4BW2A 2DKWA 5CFWA 3MB3A 5FFVA 5F36A 5FDZA 5E74A 3MUKA 5FE6A 3D1DA 4MR4A 5EGUA 5EWHA 3G0JA 4NR8A 5CUEA 4O70A 5F60A 4HBVA 4XYAA 4N4IA 5CUAA 5HELA 1WUMA 5DBMA 4QEUA 5F1HA 4CUUA 5LJ2A 4PCIA 4UIVA 4AI6A 5F63A 4ALHA 4HBYA 5DY7A 3LQHA 5DYXA 5DLXA 5D26A 3QZTA 4TT2A 4LYIA 5IGNA 5CRMA 5A5PA 5ETDA 5C4QA 5FE1A 2R0VA 4TTEA 4TS8A 3SVHA 5E9LA 3JVLA 4LZSA 3HMHA 4HXLA 4N3WA 5EWWA 2I8NA 2YEMA
chains in the Genus database with same CATH topology
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