4QSSA

Structure of the bromodomain of human atpase family aaa domain-containing protein 2 (atad2) in complex with n-methyl-2-pyrrolidone (nmp)
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
SMQEEDTFRELRIFLRNVTHRLAIDKRFRVFTKPVDPDEVPDYVTVIKQPMDLSSVISKIDLHKYLTVKDYLRDIDLICSNALEYNPDRDPGDRLIRHRACALRDTAYAIIKEELDEDFEQLCEEIQESR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structure-based approaches towards identification of fragments for the low-druggability ATAD2 bromodomain
doi rcsb
molecule keywords ATPase family AAA domain-containing protein 2
molecule tags Signaling protein
source organism Homo sapiens
total genus 54
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.6.1.3: Adenosinetriphosphatase.
pdb deposition date 2014-07-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4qssA00
5A5NA 4CUUA 5FG5A 5LVQA 4KV1A 4NR9A 4MEOA 5HLSA 5I88A 4UYFB 5F36A 4HBXA 5L99A 4QBMA 2H60A 5HQ7A 5KTUA 5F2PA 1X0JA 4QUTA 3QZVA 5JI8A 5ENGA 4CL9A 5HM0A 5A83A 4HXOA 4YYNA 3UV4A 5CUEA 3UVYA 5HRVA 5HRXA 4YY6A 5EWCA 5FE6A 5D3HA 5I40A 2RI7A 4QSSA 3G0JA 5I7XA 5CRMA 5DKHA 4QSWA 5L96A 3LQHA 4CURA 5CZGA 3UW9A 3ZYUA 4HXRA 5EV9A 3UVDA 4TT2A 3UVWA 4YBTA 5ENCA 2MJVB 3AADA 2YYNA 5C87A 4O74A 2YEKA 4XYAA 3RCWA 4MR3A 4YYMA 2RNYA 5DYCA 3JVLA 4J3IA 4O72A 4UYFA 4LZRA 4NRAA 5JWMA 5IBNA 5LVRA 5TB6A 5I89A 5H1VA 5DFCA 2YDWA 4NQMA 4PKLA 4IORA 4BW4A 4UITA 4WHWA 4QSQA 5CP5A 4LYIA 4CUSA 5I7YA 5FB1A 5A7CA 4MR4A 5L8TA 4UIWA 4ZC9A 4LDFA 5A82A 4Z93A 5EISA 3O33A 4KCXA 5A5SA 2L5EA 2KTBB 4HBVA 3P1CA 5DYUA 3IU6A 3O37A 2YEMA 4Q0NA 4Q0OA 5EGUA 1F68A 4MR5A 4NUDA 4QB3A 5ENFA 5FFVA 5DY7A 4N3WA 4HXNA 5CQ5A 2F6NA 4YK0A 4YBSA 5DW2A 5D3RA 5D0CA 5F5ZA 5FG6A 4YYHA 5DKCA 5F61A 4LZ2A 5DFBA 5CFWA 4N4HA 5F25A 4YAXA 3HMEA 5EQ1A 4MEQA 5A81A 4FLPA 4QYDA 5HQ6A 5LKZA 4HXLA 5CUBA 3MB3A 2FSAA 4TYLA 5D3LA 5DBMA 2DVRA 4HBWA 4QYLA 5HELA 5D26A 4CLBA 4Z6HA 5COIA 4BHWA 4YYGA 5A5PA 5DLZA 2RNWA 5F1HA 3LQJA 4HXKA 3P1EA 3UV2A 2R0VA 5E0RA 4IOOA 3MXFA 4YADA 5H1TA 4QSXA 1JM4B 3O34A 5AD2A 2OSSA 5C8GA 5KHMA 5L98A 4Y03A 3IU5A 3MULA 4UYDA 3LQIA 5FH7A 4GPJA 5KU3A 5K29A 5A5OA 4O78A 4YYJA 2DATA 4UYHA 4NRCA 5C89A 4WHUA 3S92A 5DYAA 5EM3A 5C85A 4ALGA 5KO4A 4CFLA 5CUGA 5E3DA 4LC2A 4ALHA 5D3SA 5L8UA 4PY6A 4QEWA 5FFWA 4YYDA 5F62A 4PCEA 2L85A 5D3JA 3JVKA 4IR4A 4J1PA 4YY4A 5A5QA 3O36A 4NYXA 5EWHA 4UIYA 4OGJA 5EICA 2LSPB 4BW3A 3UVXA 4NYVA 2YW5A 4HBYA 3P1DA 3QZSA 5BT3A 5H1UA 5LJ1A 4N4IA 5AMFA 5D3TA 2L84A 5E9KA 5G4RA 4UIUA 4NXJA 2I8NA 4XY9A 3LJWA 4QR5A 4HXMA 5LJ0A 4YYKA 1ZS5A 4O7AA 3NXBA 4MEPA 2NXBA 5CY9A 3HMFA 5I1QA 5A85A 5KTXA 4BJXA 4PS5A 2D82A 5II1A 3U5MA 4QR3A 4TU6A 2DVSA 5ENBA 4E96A 3JVJA 5FH8A 3U5OA 4UYEA 2RO1A 5ETBA 3JVMA 5D3PA 4O71A 3SVHA 2YQDA 4O77A 4O76A 4YH3A 4A9OA 4Z1QA 5IGKA 4QSVA 5L97A 5DFDA 4QC1A 2WP1A 4HXPA 4TZ2A 4AKNA 4QY4A 4TS8A 4TT6A 5EU1A 5BT4A 2R0YA 1N72A 1WUMA 4YATA 4ZQLA 5E9LA 2WP2A 4O7CA 5LJ2A 4TU4A 4XUAA 5CRZA 5FE8A 4LYWA 2R0SA 3S91A 5D24A 5FE3A 4N4GA 4Z1SA 2RFJA 4RVRA 4TQNA 4LRGA 5FE4A 5E9VA 5FE0A 5EP7A 4NS5A 4UIVA 5HEMA 4CUQA 5I86A 4YC9A 5F60A 3G0LA 5BT5A 5ENJA 2R10A 5E73A 5CQAA 4TZ8A 3U5PA 3U5NA 5E9YA 4QR4A 5EPBA 4J0SA 4NUCA 4UIZA 5DKDA 4PTBA 2OUOA 4WIVA 5FH6A 5C4QA 5E9IA 4A9IA 2E7NA 5CUAA 3U5KA 5TCMA 1JSPB 2DWWA 3P1FA 3DWYA 5HFQA 3AQAA 3HMHA 4IR3A 3ONIA 5EWDA 5ENIA 4F3IA 5ETDA 4C66A 4QUUA 5F3AA 5CU8A 4NR5A 5EVAA 4YABA 2OO1A 5HQ5A 5E7DA 5FE5A 5IGNA 4DONA 5ENEA 5F1LA 4QEVA 5J0DA 3QZTA 4YH4A 4NR6A 4NUEA 4O70A 5CQ3A 5A5RA 2I7KA 3UV5A 5II2A 4KV4A 4A9LA 5HCLA 4NR8A 5EPRA 2E3KA 3I3JA 5FE1A 4BW1A 4NRBA 4UIXA 5LKXA 5KTWA 4LYSA 4QC3A 4UYGA 4LR6A 5FFYA 4CUTA 5LKTA 2F6JA 4MR6A 4O7BA 5CQTA 5DW1A 4O7EA 4O7FA 4QSUA 5H85A 5FE9A 2DVVA 4CUPA 5CS8A 5AD3A 5CUDA 5FBXA 2DVQA 2N9GA 4QSPA 4BW2A 2RNXA 5HENA 5E74A 4NYWA 5IGMA 2DKWA 4TT4A 4A9HA 5FG4A 4MENA 1WUGA 2G4AA 5EK9A 4YBMA 3FKMX 3U5JA 4C67A 3TLPA 3Q2FA 5D3NA 5CPEA 3U5LA 4A9KA 5F63A 4Z6IA 4NR4A 5EPSA 3Q2EA 5IIDA 4LZSA 3MB4A 4NR7A 5HRWA 3O35A 5EWWA 3DAIA 4OGIA 2YELA 5EI4A 5I83A 5CQ4A 5FE2A 4QSTA 4CFKA 4PCIA 4QSRA 4ZW1A 5CUCA 4A9NA 2E7OA 5G4SA 4A9JA 5FE7A 4OUFA 1E6IA 4J0RA 4NQNA 5IG6A 2RS9B 4TTEA 5I80A 4QNSA 3MQMA 5E9MA 4XUBA 1EQFA 4IR6A 4A9EA 5LUUA 4IR5A 5EA1A 5ENHA 5ACYA 5IGLA 5D7XA 4YYIA 5HFRA 5EWVA 3MUKA 5HJCA 3GG3A 4QEUA 4X2IA 5CQ7A 4A9MA 3K2JA 5FB0A 5DYXA 5I29A 3D7CA 5E3GA 4XY8A 4O75A 5CQ8A 5AMEA 3SVGA 4N4FA 5FDZA 4A9FA 2D9EA 3P5OA 5LKUA 5C7NA 5CQ6A 4HXSA 5DX4A 5CTLA 5CGPA 5DLXA 4QZSA 5D25A 3LXJA 2GRCA 3SVFA 4IOQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5A5NA 4CUUA 5FG5A 5LVQA 4KV1A 4NR9A 4MEOA 5HLSA 5I88A 4UYFB 5F36A 4HBXA 5L99A 4QBMA 2H60A 5HQ7A 5KTUA 5F2PA 1X0JA 3D1DA 3QZVA 4QUTA 5JI8A 5ENGA 4CL9A 5HM0A 5A83A 4HXOA 4YYNA 3UV4A 5CUEA 3UVYA 5HRVA 5HRXA 4YY6A 5EWCA 5FE6A 5D3HA 5I40A 2RI7A 4QSSA 3G0JA 5I7XA 5CRMA 5DKHA 4QSWA 5L96A 3LQHA 4CURA 5CZGA 3UW9A 3ZYUA 4HXRA 5EV9A 3UVDA 4TT2A 3UVWA 4YBTA 5ENCA 2MJVB 3AADA 2YYNA 5C87A 4O74A 2YEKA 4XYAA 3RCWA 4MR3A 4YYMA 2RNYA 5DYCA 3JVLA 4J3IA 4O72A 4UYFA 4LZRA 4NRAA 5JWMA 5IBNA 5LVRA 5TB6A 5I89A 5H1VA 5DFCA 2YDWA 4NQMA 4PKLA 4IORA 4BW4A 4UITA 4WHWA 4QSQA 5CP5A 4LYIA 4CUSA 5I7YA 5FB1A 5A7CA 4MR4A 5L8TA 4UIWA 4ZC9A 4LDFA 5A82A 4Z93A 5EISA 3O33A 4KCXA 5A5SA 2L5EA 2KTBB 4HBVA 3P1CA 5DYUA 3IU6A 3O37A 2YEMA 4Q0NA 4Q0OA 5EGUA 1F68A 4MR5A 4NUDA 4QB3A 5ENFA 5FFVA 5DY7A 4N3WA 4HXNA 5CQ5A 2F6NA 4YK0A 4YBSA 5DW2A 5D3RA 5D0CA 5F5ZA 5FG6A 4YYHA 5DKCA 5F61A 4LZ2A 5DFBA 5CFWA 4N4HA 5F25A 4YAXA 3HMEA 5EQ1A 4MEQA 5A81A 4FLPA 3VKGA 4QYDA 5HQ6A 5LKZA 4HXLA 5CUBA 3MB3A 2FSAA 4TYLA 5D3LA 5DBMA 2DVRA 4HBWA 4QYLA 5HELA 5D26A 4CLBA 4Z6HA 5COIA 4BHWA 4YYGA 5A5PA 5DLZA 2RNWA 5F1HA 3LQJA 4HXKA 3P1EA 3UV2A 2R0VA 5E0RA 4IOOA 3MXFA 4YADA 5H1TA 4QSXA 1JM4B 3O34A 5AD2A 2OSSA 1ZKRA 5C8GA 5KHMA 5L98A 4Y03A 3IU5A 3MULA 4UYDA 3LQIA 5FH7A 4GPJA 5KU3A 5K29A 5A5OA 4O78A 4YYJA 2DATA 4UYHA 4NRCA 5C89A 4WHUA 3S92A 5DYAA 5EM3A 5C85A 4ALGA 5KO4A 4CFLA 5CUGA 5E3DA 4LC2A 4ALHA 5D3SA 5L8UA 4PY6A 4QEWA 5FFWA 4YYDA 5F62A 4PCEA 2L85A 5D3JA 3JVKA 4IR4A 4J1PA 4YY4A 5A5QA 3O36A 4NYXA 5EWHA 4UIYA 4OGJA 5EICA 2LSPB 4BW3A 3UVXA 4NYVA 2YW5A 4HBYA 3P1DA 3QZSA 5BT3A 5H1UA 5LJ1A 4N4IA 5AMFA 5D3TA 2L84A 5E9KA 5G4RA 4UIUA 4NXJA 2I8NA 4XY9A 3LJWA 4QR5A 4HXMA 5LJ0A 4YYKA 1ZS5A 4O7AA 3NXBA 4MEPA 2NXBA 5CY9A 3HMFA 5I1QA 5A85A 5KTXA 4BJXA 4PS5A 2D82A 5II1A 3U5MA 4QR3A 4TU6A 2DVSA 5ENBA 4E96A 3JVJA 5FH8A 3U5OA 4UYEA 2RO1A 5ETBA 3JVMA 5D3PA 4O71A 3SVHA 2YQDA 4O77A 4O76A 4YH3A 4A9OA 4Z1QA 5IGKA 4QSVA 5L97A 5DFDA 4QC1A 2WP1A 4HXPA 4TZ2A 4AKNA 4QY4A 4TS8A 4TT6A 5EU1A 5BT4A 2R0YA 1N72A 1WUMA 4YATA 4ZQLA 5E9LA 2WP2A 4O7CA 5LJ2A 4TU4A 4XUAA 5CRZA 5FE8A 4LYWA 2R0SA 3S91A 5D24A 5FE3A 4N4GA 4Z1SA 2RFJA 4RVRA 4TQNA 4LRGA 5FE4A 5E9VA 5FE0A 5EP7A 4NS5A 4UIVA 5HEMA 4CUQA 5I86A 4YC9A 5F60A 3G0LA 5BT5A 5ENJA 2R10A 5E73A 5CQAA 4TZ8A 3U5PA 3U5NA 5E9YA 4QR4A 5EPBA 4J0SA 4NUCA 2EJNA 4UIZA 5DKDA 4PTBA 1PUOA 2OUOA 4WIVA 5FH6A 5C4QA 5E9IA 4A9IA 2E7NA 5CUAA 3U5KA 5TCMA 1JSPB 2DWWA 3P1FA 3DWYA 5HFQA 3AQAA 3HMHA 4IR3A 3ONIA 5EWDA 5ENIA 4F3IA 5ETDA 4C66A 4QUUA 5F3AA 5CU8A 4NR5A 5EVAA 4YABA 2OO1A 5HQ5A 5E7DA 3ERRA 5FE5A 5IGNA 4DONA 5ENEA 5F1LA 4QEVA 5J0DA 3QZTA 4YH4A 4NR6A 4NUEA 4O70A 5CQ3A 4AKGA 5A5RA 2I7KA 3UV5A 5II2A 4KV4A 4A9LA 5HCLA 4NR8A 5EPRA 2E3KA 3I3JA 5FE1A 4BW1A 4NRBA 4UIXA 5LKXA 5KTWA 4LYSA 4QC3A 4UYGA 4LR6A 5FFYA 4CUTA 5LKTA 2F6JA 4MR6A 4O7BA 5CQTA 5DW1A 4O7EA 4O7FA 3VKHA 4QSUA 5H85A 5FE9A 2DVVA 4CUPA 5CS8A 5AD3A 5CUDA 5FBXA 2DVQA 2N9GA 4QSPA 4BW2A 2RNXA 5HENA 5E74A 4AKIA 4NYWA 5IGMA 2DKWA 4TT4A 4AKHA 4A9HA 3D1BA 5FG4A 4MENA 4AI6A 1WUGA 2G4AA 5EK9A 4YBMA 3FKMX 3U5JA 4C67A 3TLPA 3Q2FA 5D3NA 5CPEA 3U5LA 4A9KA 5F63A 4Z6IA 4NR4A 5EPSA 3Q2EA 5IIDA 4LZSA 3MB4A 4NR7A 5HRWA 3O35A 5EWWA 3DAIA 4OGIA 2YELA 5EI4A 5I83A 5CQ4A 5FE2A 4QSTA 4CFKA 4PCIA 4QSRA 4ZW1A 5CUCA 4A9NA 2E7OA 5G4SA 4A9JA 5FE7A 4OUFA 1E6IA 4J0RA 4NQNA 5IG6A 2RS9B 4TTEA 5I80A 4QNSA 3MQMA 5E9MA 4XUBA 1EQFA 4IR6A 4A9EA 5LUUA 4IR5A 5EA1A 5ENHA 5ACYA 5IGLA 5D7XA 4YYIA 5HFRA 5EWVA 3MUKA 5HJCA 3GG3A 4QEUA 4X2IA 5CQ7A 4A9MA 3K2JA 5FB0A 5DYXA 5I29A 3D7CA 5E3GA 4XY8A 4O75A 5CQ8A 5AMEA 3SVGA 4N4FA 5FDZA 4A9FA 2D9EA 3P5OA 5LKUA 5C7NA 5CQ6A 4HXSA 5DX4A 5CTLA 5CGPA 5DLXA 4QZSA 5D25A 3LXJA 2GRCA 3SVFA 4IOQA
chains in the Genus database with same CATH topology
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