4QSSA

Structure of the bromodomain of human atpase family aaa domain-containing protein 2 (atad2) in complex with n-methyl-2-pyrrolidone (nmp)
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
SMQEEDTFRELRIFLRNVTHRLAIDKRFRVFTKPVDPDEVPDYVTVIKQPMDLSSVISKIDLHKYLTVKDYLRDIDLICSNALEYNPDRDPGDRLIRHRACALRDTAYAIIKEELDEDFEQLCEEIQESR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structure-based approaches towards identification of fragments for the low-druggability ATAD2 bromodomain
doi rcsb
molecule tags Signaling protein
source organism Homo sapiens
molecule keywords ATPase family AAA domain-containing protein 2
total genus 54
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.6.1.3: Adenosinetriphosphatase.
pdb deposition date 2014-07-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4qssA00
4O7EA 5ETBA 5KTXA 5EQ1A 2L5EA 5IGKA 2F6JA 2YEKA 4HXOA 1WUGA 4MR5A 5E3GA 5G4RA 5C7NA 4QSRA 5AMEA 5HELA 5FE7A 4QC1A 5DFBA 4O74A 4WHUA 4A9HA 4O78A 3O36A 5EPSA 5D3LA 4HXKA 2RFJA 5AMFA 4HBVA 3P1CA 1N72A 3SVGA 4UIXA 4MR3A 3HMFA 5E74A 3LXJA 5EK9A 5KHMA 4UIZA 5ENCA 5FB1A 2KTBB 4YYKA 1WUMA 3LJWA 5JWMA 4C66A 4PS5A 5ENEA 5CP5A 4N4FA 3U5JA 1ZS5A 4A9JA 4YY4A 5ENBA 2DVRA 5FFWA 5LVRA 2YELA 4Z1QA 2DVSA 3Q2FA 2RI7A 4QYDA 3LQHA 4YH4A 4IOQA 5FG5A 5HENA 4MR4A 4YABA 5EWVA 3AQAA 5H85A 4CLBA 4X2IA 5DKDA 3UVXA 3D7CA 5HRWA 5CQAA 4QSSA 4QEUA 3P1FA 5F25A 5ACYA 3LQIA 5CPEA 5EISA 5I86A 4Y03A 4CUPA 3IU6A 5FH7A 4HBWA 3LQJA 3S92A 2R10A 4O70A 5LUUA 5EVAA 5EICA 4QEWA 4UYFA 5DW1A 5FH6A 3I3JA 3UV4A 4NUEA 4PCEA 4XYAA 3UW9A 5FE1A 4QEVA 3UVWA 5J0DA 5L96A 4IOOA 5CGPA 3U5KA 5II1A 2OO1A 5F36A 4MEPA 2DWWA 3UVDA 5C4QA 4N4HA 4YC9A 4LC2A 5CQ3A 3NXBA 5EWDA 3U5LA 3JVMA 1E6IA 4HXRA 4YH3A 3FKMX 5EWCA 5KU3A 4O7BA 3MUKA 3QZVA 5L99A 4ZC9A 5CQTA 2E7NA 4NR4A 2WP1A 4HBXA 4OUFA 5C89A 2R0VA 3Q2EA 4LZ2A 5HEMA 5E9KA 5ENJA 5KTUA 4IR3A 5IGMA 5JI8A 4TT4A 4QY4A 5LVQA 4CURA 4TS8A 4E96A 4N4GA 4QB3A 3U5NA 4NR7A 5TCMA 5CQ4A 5CUGA 5FE4A 4YBTA 4NQMA 2YYNA 4XUBA 5AD3A 4NRAA 3AADA 5I83A 5FG4A 2YDWA 4BW4A 2G4AA 5CFWA 4YAXA 5A7CA 3MB4A 4BW3A 5D3HA 4YYIA 4HBYA 4O7CA 4A9NA 5A81A 4QYLA 5CS8A 4A9IA 4YY6A 4Z93A 3JVKA 4A9OA 4RVRA 5H1TA 4IORA 4AKNA 4IR6A 4LR6A 5FE5A 1JM4B 3DAIA 2LSPB 5EA1A 3HMHA 4UYHA 5L8UA 5G4SA 4LDFA 5ENHA 3MQMA 4UITA 4UIVA 3U5OA 5F5ZA 4YBMA 4QSQA 5E73A 5F2PA 4NR8A 5CQ5A 5EV9A 5HLSA 5HCLA 4CUSA 4J0SA 5CQ8A 4CUTA 2H60A 5FE2A 3RCWA 3JVJA 4C67A 3UV5A 2DVQA 1X0JA 5LKTA 4DONA 5DKHA 5FFVA 4UYFB 3MXFA 4ALGA 4CFKA 4OGIA 5EWWA 3S91A 4BW1A 5FE8A 4Q0NA 5LKXA 5F1HA 5F3AA 3MULA 3QZSA 4A9FA 4TT2A 5D3RA 5DY7A 5EGUA 2N9GA 2DKWA 4J0RA 5D3SA 4YYHA 4QBMA 4QR4A 4O7AA 4TU6A 4NRBA 4UYDA 4NR5A 2RS9B 4MEQA 3MB3A 4TU4A 2GRCA 4YYNA 5CUDA 5L97A 5CQ6A 4TZ2A 4TTEA 5BT3A 5F1LA 5CTLA 5DLZA 4QZSA 2YEMA 5A5RA 4O71A 5KTWA 3ONIA 5LKUA 3SVHA 5L8TA 5LKZA 5FDZA 2E3KA 5D3JA 2OUOA 5BT4A 4HXPA 5HQ7A 2D82A 3HMEA 4TT6A 4NR6A 4N4IA 4QSPA 5I88A 4YBSA 5DBMA 4OGJA 5D0CA 5LJ0A 4F3IA 4QUTA 3TLPA 3O35A 4O7FA 5H1VA 4HXNA 5D3NA 5E9YA 3JVLA 5I7XA 3ZYUA 5E0RA 4QSWA 4BW2A 5F63A 4IR5A 4LZSA 5HJCA 2D9EA 5ENGA 2YW5A 3UV2A 4PCIA 5CUAA 5D3TA 4FLPA 4NR9A 5E3DA 4NYVA 4KV1A 4CUUA 4O76A 4QSVA 4LYWA 5BT5A 4LYSA 4QC3A 5D26A 2RO1A 4Z1SA 5DFCA 4KV4A 3P5OA 4N3WA 5LJ1A 5A5SA 4O75A 4GPJA 4YYGA 5DYCA 4YK0A 4IR4A 5IG6A 3P1EA 5DYXA 5CRMA 3GG3A 5A83A 4QR5A 5CUEA 5FG6A 2DVVA 4CL9A 1F68A 3IU5A 5DLXA 4ZQLA 4ALHA 4O72A 5CRZA 5E9LA 3UVYA 4QR3A 2OSSA 4Z6IA 5E9VA 4YYJA 5H1UA 5FB0A 5I1QA 5E9IA 4QSUA 4TZ8A 5A5OA 5IIDA 5EU1A 4MR6A 5C8GA 4ZW1A 4J3IA 4XUAA 4A9KA 2L85A 5A5QA 5FH8A 5K29A 5CUBA 4PKLA 5DKCA 4MENA 2DATA 4NYXA 5IGNA 4BJXA 5DFDA 5A5PA 4QUUA 1JSPB 4UIYA 2RNYA 5E7DA 5I80A 3U5MA 5FE6A 2MJVB 3U5PA 5HRVA 5II2A 5HFRA 4UIWA 5F61A 5I40A 2F6NA 4LZRA 4UYEA 2R0YA 3K2JA 4YYMA 5CQ7A 5HM0A 5HQ6A 5IGLA 5C87A 5HRXA 5EM3A 4QSTA 5TB6A 4NXJA 4YADA 4WHWA 2I8NA 4NUDA 5COIA 5D3PA 4Z6HA 4KCXA 5D24A 2RNXA 4CFLA 2FSAA 4TYLA 3O34A 5FE3A 4PY6A 4MEOA 3O37A 4YATA 1EQFA 5EP7A 5IBNA 5CY9A 4A9LA 4QNSA 2I7KA 4O77A 5CZGA 4HXMA 5FE9A 5ENIA 5HQ5A 4CUQA 2L84A 4NUCA 5D7XA 5DYUA 3SVFA 5I29A 5D25A 5ENFA 5I7YA 4XY9A 5F60A 2NXBA 5FE0A 2RNWA 5F62A 5CU8A 4YYDA 5EWHA 5KO4A 5DYAA 4WIVA 4NRCA 3DWYA 4UIUA 4PTBA 2E7OA 5CUCA 4J1PA 3G0JA 5L98A 5LJ2A 5FFYA 5EPBA 3QZTA 4A9MA 3G0LA 5E9MA 5ETDA 2YQDA 4Q0OA 5A82A 4A9EA 4TQNA 5C85A 2WP2A 4BHWA 4HXSA 4NYWA 4LYIA 5AD2A 5DX4A 4QSXA 5HFQA 5EPRA 4UYGA 5A5NA 2R0SA 5DW2A 4NQNA 5EI4A 3P1DA 3O33A 5A85A 5FBXA 4XY8A 5I89A 4LRGA 4HXLA 4NS5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4O7EA 5ETBA 5KTXA 5EQ1A 2L5EA 5IGKA 2F6JA 2YEKA 4HXOA 1WUGA 4MR5A 5E3GA 5G4RA 5C7NA 4QSRA 5AMEA 5HELA 5FE7A 4QC1A 5DFBA 4O74A 4WHUA 4A9HA 4O78A 3O36A 5EPSA 5D3LA 4HXKA 2RFJA 4AI6A 5AMFA 4HBVA 3P1CA 1N72A 3SVGA 4UIXA 4MR3A 3HMFA 5E74A 3LXJA 5EK9A 5KHMA 4UIZA 5ENCA 5FB1A 2KTBB 4AKGA 4YYKA 1WUMA 3LJWA 5JWMA 4C66A 4PS5A 5ENEA 5CP5A 4N4FA 3U5JA 1ZS5A 4A9JA 4YY4A 5ENBA 2DVRA 5FFWA 5LVRA 2YELA 4Z1QA 2DVSA 3Q2FA 2RI7A 4QYDA 3LQHA 4AKIA 4YH4A 4IOQA 5FG5A 5HENA 4MR4A 4YABA 5EWVA 3AQAA 5H85A 4CLBA 4X2IA 5DKDA 3UVXA 3D7CA 5HRWA 5CQAA 4QSSA 4QEUA 3P1FA 5F25A 5ACYA 3LQIA 5CPEA 5EISA 5I86A 4Y03A 4CUPA 3IU6A 5FH7A 4HBWA 3LQJA 3S92A 2R10A 4O70A 5LUUA 5EVAA 5EICA 4QEWA 4UYFA 5DW1A 5FH6A 3I3JA 3UV4A 4NUEA 4PCEA 4XYAA 3UW9A 5FE1A 4QEVA 3UVWA 5J0DA 1PUOA 5L96A 4IOOA 5CGPA 3U5KA 5II1A 2OO1A 5F36A 4MEPA 2DWWA 3UVDA 5C4QA 3VKHA 4N4HA 4YC9A 4LC2A 5CQ3A 3NXBA 5EWDA 3U5LA 3JVMA 1E6IA 4HXRA 4YH3A 3FKMX 5EWCA 5KU3A 4O7BA 3MUKA 3QZVA 5L99A 4ZC9A 5CQTA 2E7NA 4NR4A 2WP1A 4HBXA 4OUFA 5C89A 2R0VA 3Q2EA 4LZ2A 5HEMA 5E9KA 5ENJA 5KTUA 4IR3A 5IGMA 5JI8A 4TT4A 4QY4A 5LVQA 4CURA 4TS8A 4E96A 4N4GA 4QB3A 3U5NA 4NR7A 5TCMA 5CQ4A 5CUGA 5FE4A 4YBTA 4NQMA 2YYNA 3D1BA 4XUBA 5AD3A 4NRAA 3AADA 5I83A 5FG4A 1ZKRA 2YDWA 4BW4A 2G4AA 5CFWA 4YAXA 5A7CA 3MB4A 4BW3A 5D3HA 4YYIA 4HBYA 4O7CA 4A9NA 5A81A 4QYLA 5CS8A 4A9IA 4YY6A 4Z93A 3JVKA 4A9OA 4RVRA 5H1TA 4IORA 4AKNA 4IR6A 4LR6A 5FE5A 1JM4B 3DAIA 2LSPB 5EA1A 3HMHA 4UYHA 5L8UA 5G4SA 4LDFA 5ENHA 3MQMA 4UITA 4UIVA 3U5OA 5F5ZA 4YBMA 4QSQA 5E73A 5F2PA 4NR8A 5CQ5A 5EV9A 5HLSA 5HCLA 4CUSA 4J0SA 5CQ8A 4CUTA 2H60A 5FE2A 3RCWA 3JVJA 4C67A 3UV5A 2DVQA 1X0JA 5LKTA 4DONA 5DKHA 5FFVA 4UYFB 3MXFA 4ALGA 4CFKA 4OGIA 5EWWA 3S91A 4BW1A 5FE8A 3VKGA 4Q0NA 5LKXA 5F1HA 5F3AA 3MULA 3QZSA 4A9FA 4TT2A 5D3RA 5DY7A 5EGUA 2N9GA 2DKWA 4J0RA 5D3SA 4YYHA 4QBMA 4QR4A 4O7AA 4TU6A 4NRBA 4UYDA 4NR5A 2RS9B 4MEQA 3MB3A 4TU4A 3D1DA 2GRCA 4YYNA 5CUDA 5L97A 5CQ6A 4TZ2A 4TTEA 5BT3A 5F1LA 5CTLA 5DLZA 4QZSA 2YEMA 5A5RA 4O71A 5KTWA 3ONIA 5LKUA 3SVHA 5L8TA 5LKZA 5FDZA 2E3KA 5D3JA 2OUOA 5BT4A 4HXPA 5HQ7A 2D82A 3HMEA 4TT6A 4NR6A 4N4IA 4QSPA 5I88A 4YBSA 5DBMA 4OGJA 5D0CA 5LJ0A 4F3IA 4QUTA 3TLPA 3O35A 4O7FA 5H1VA 4HXNA 5D3NA 5E9YA 3JVLA 5I7XA 3ZYUA 5E0RA 4QSWA 4BW2A 5F63A 4IR5A 4LZSA 5HJCA 2D9EA 5ENGA 2YW5A 3UV2A 4PCIA 5CUAA 5D3TA 4FLPA 4NR9A 5E3DA 4NYVA 4KV1A 4CUUA 4O76A 4QSVA 4LYWA 5BT5A 4LYSA 4QC3A 5D26A 2RO1A 4Z1SA 5DFCA 4KV4A 3P5OA 4N3WA 5LJ1A 5A5SA 4O75A 4GPJA 4YYGA 5DYCA 4YK0A 4IR4A 5IG6A 3P1EA 5DYXA 5CRMA 3GG3A 5A83A 4QR5A 5CUEA 5FG6A 2DVVA 4CL9A 1F68A 3IU5A 5DLXA 4ZQLA 4ALHA 4O72A 5CRZA 5E9LA 3UVYA 4QR3A 2OSSA 4Z6IA 5E9VA 4YYJA 5H1UA 5FB0A 5I1QA 5E9IA 4QSUA 4TZ8A 5A5OA 5IIDA 5EU1A 4MR6A 5C8GA 4ZW1A 4J3IA 4XUAA 4A9KA 2L85A 5A5QA 5FH8A 5K29A 5CUBA 4PKLA 5DKCA 4MENA 2DATA 4NYXA 5IGNA 4BJXA 5DFDA 3ERRA 5A5PA 4QUUA 1JSPB 4UIYA 2RNYA 5E7DA 5I80A 3U5MA 5FE6A 2MJVB 3U5PA 5HRVA 5II2A 5HFRA 4UIWA 5F61A 5I40A 2F6NA 4LZRA 4UYEA 2R0YA 3K2JA 4YYMA 5CQ7A 5HM0A 5HQ6A 5IGLA 4AKHA 5C87A 5HRXA 5EM3A 4QSTA 5TB6A 4NXJA 4YADA 4WHWA 2I8NA 4NUDA 5COIA 5D3PA 4Z6HA 4KCXA 5D24A 2RNXA 4CFLA 2FSAA 4TYLA 3O34A 5FE3A 4PY6A 4MEOA 3O37A 4YATA 1EQFA 5EP7A 5IBNA 5CY9A 4A9LA 4QNSA 2I7KA 4O77A 5CZGA 4HXMA 5FE9A 5ENIA 2EJNA 5HQ5A 4CUQA 2L84A 4NUCA 5D7XA 5DYUA 3SVFA 5I29A 5D25A 5ENFA 5I7YA 4XY9A 5F60A 2NXBA 5FE0A 2RNWA 5F62A 5CU8A 4YYDA 5EWHA 5KO4A 5DYAA 4WIVA 4NRCA 3DWYA 4UIUA 4PTBA 2E7OA 5CUCA 4J1PA 3G0JA 5L98A 5LJ2A 5FFYA 5EPBA 3QZTA 4A9MA 3G0LA 5E9MA 5ETDA 2YQDA 4Q0OA 5A82A 4A9EA 4TQNA 5C85A 2WP2A 4BHWA 4HXSA 4NYWA 4LYIA 5AD2A 5DX4A 4QSXA 5HFQA 5EPRA 4UYGA 5A5NA 2R0SA 5DW2A 4NQNA 5EI4A 3P1DA 3O33A 5A85A 5FBXA 4XY8A 5I89A 4LRGA 4HXLA 4NS5A
chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4O7E A;  5ETB A;  5KTX A;  5EQ1 A;  2L5E A;  5IGK A;  2F6J A;  2YEK A;  4HXO A;  1WUG A;  4MR5 A;  5E3G A;  5G4R A;  5C7N A;  4QSR A;  5AME A;  5HEL A;  5FE7 A;  4QC1 A;  5DFB A;  4O74 A;  4WHU A;  4A9H A;  4O78 A;  3O36 A;  5EPS A;  5D3L A;  4HXK A;  2RFJ A;  5AMF A;  4HBV A;  3P1C A;  1N72 A;  3SVG A;  4UIX A;  4MR3 A;  3HMF A;  5E74 A;  3LXJ A;  5EK9 A;  5KHM A;  4UIZ A;  5ENC A;  5FB1 A;  2KTB B;  4YYK A;  1WUM A;  3LJW A;  5JWM A;  4C66 A;  4PS5 A;  5ENE A;  5CP5 A;  4N4F A;  3U5J A;  1ZS5 A;  4A9J A;  4YY4 A;  5ENB A;  2DVR A;  5FFW A;  5LVR A;  2YEL A;  4Z1Q A;  2DVS A;  3Q2F A;  2RI7 A;  4QYD A;  3LQH A;  4YH4 A;  4IOQ A;  5FG5 A;  5HEN A;  4MR4 A;  4YAB A;  5EWV A;  3AQA A;  5H85 A;  4CLB A;  4X2I A;  5DKD A;  3UVX A;  3D7C A;  5HRW A;  5CQA A;  4QSS A;  4QEU A;  3P1F A;  5F25 A;  5ACY A;  3LQI A;  5CPE A;  5EIS A;  5I86 A;  4Y03 A;  4CUP A;  3IU6 A;  5FH7 A;  4HBW A;  3LQJ A;  3S92 A;  2R10 A;  4O70 A;  5LUU A;  5EVA A;  5EIC A;  4QEW A;  4UYF A;  5DW1 A;  5FH6 A;  3I3J A;  3UV4 A; 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