4E96A

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with the inhibitor pfi-1
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
124
structure length
124
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Protein binding/inhibitor
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title Identification of a chemical probe for bromo and extra C-terminal bromodomain inhibition through optimization of a fragment-derived hit.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 43
structure length 124
sequence length 124
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4e96A01
4KV4A 4YYHA 5A7CA 5CQ5A 5HRXA 4QSTA 4OGJA 5I1QA 5E9YA 4LC2A 5C4QA 5JI8A 5DLZA 3U5PA 5D3NA 5ENEA 3JVJA 5JWMA 4NRCA 2YELA 5FE8A 3GG3A 3JVLA 3QZTA 5D3PA 3HMHA 4O71A 4QUUA 5DX4A 5CUDA 5EP7A 4NR8A 4PTBA 2WP2A 3UVDA 3QZVA 2KTBB 5EGUA 5L97A 2RO1A 5FB1A 4QR5A 5CGPA 3U5JA 4LYIA 5CU8A 5A81A 4NXJA 2DVVA 5D0CA 4PS5A 5HRVA 4YBSA 4LYSA 4NQNA 5F62A 4BJXA 4LZSA 4QSRA 5EI4A 5EVAA 4Z6HA 5EWDA 4IR5A 4YYMA 4Z6IA 3P5OA 3UVWA 4MEOA 4A9MA 4HBVA 4CUUA 3NXBA 5G4RA 3DAIA 4MENA 4UITA 1N72A 5L98A 4O78A 3UW9A 4QSUA 4N4HA 4CUSA 4HXOA 5DLXA 5ENBA 5L8TA 3MQMA 4FLPA 4CUPA 5L8UA 5EISA 4UYGA 5LKTA 4O75A 4RVRA 4O7FA 4NYWA 5HJCA 3P1FA 5EPRA 4CUQA 4HBWA 5DYCA 5CTLA 4O7EA 4Y03A 5ETBA 5CS8A 5ENGA 4YH3A 4YBMA 4NQMA 4QYLA 2RNXA 2YEMA 4NUCA 2E7NA 3SVGA 4QSPA 5EPBA 2RNWA 3UV2A 4UIXA 2YEKA 4MR4A 5IGKA 5I40A 4MR6A 4NYXA 2RFJA 3JVKA 5FE3A 4QY4A 4A9OA 4UIZA 4QR4A 4J3IA 3TLPA 4LZRA 4UIYA 5E9LA 4YY6A 4QB3A 2I8NA 4CFLA 5FBXA 2MJVB 4KV1A 5DYAA 4A9EA 4TZ8A 5F60A 5I7XA 4A9HA 5HEMA 5DBMA 4ALGA 5KTWA 2RNYA 4E96A 4NS5A 4UYFA 2GRCA 5I83A 4UYFB 5CPEA 2L5EA 4QC3A 4OUFA 4MEQA 3P1DA 4YBTA 5FFVA 3MB3A 4YH4A 5FE6A 2RS9B 4CFKA 5EICA 4TZ2A 5E9IA 5FDZA 5KTUA 5HQ6A 5FE7A 4O70A 5DFCA 3LQJA 5EV9A 2OSSA 3G0JA 5D25A 4QNSA 4MEPA 3O33A 5I88A 5ACYA 4HBXA 5I86A 2E3KA 4PKLA 5IGNA 5H1TA 5HELA 5E74A 5J0DA 3SVFA 5D24A 2I7KA 5FB0A 4LZ2A 4YATA 5FE9A 2R0SA 5TCMA 5FE5A 4Z1SA 3ONIA 4PCIA 4IR3A 5EWCA 5I80A 5G4SA 5DW1A 4IR4A 5FG6A 3RCWA 4NR5A 3LQIA 4O74A 4N4IA 1JM4B 4UIVA 2R0YA 5EWHA 4CURA 3U5NA 4BHWA 5FFYA 4C67A 4QC1A 3I3JA 4XUBA 5ETDA 5CQ3A 4QBMA 2F6NA 4QSSA 4XYAA 5CRMA 3P1EA 4Q0OA 3UV4A 5FH8A 5EPSA 4QR3A 5C89A 3G0LA 5A5QA 4UIUA 5I89A 5DY7A 1X0JA 4YABA 4YYGA 2YYNA 5EU1A 4MR5A 5A85A 4DONA 4ZW1A 5AD3A 4QSVA 5FG4A 4LYWA 5CP5A 4Z1QA 4X2IA 4NUDA 3P1CA 3IU5A 3HMFA 4TU4A 2E7OA 5HQ5A 5CUEA 2YDWA 5ENFA 2F6JA 5A5NA 5FG5A 4CL9A 4NR7A 2RI7A 5DFBA 4YYDA 5F25A 5IG6A 1JSPB 1WUGA 3O36A 5EQ1A 5F36A 5E73A 4TS8A 5I29A 4IR6A 5E3DA 3MULA 5I7YA 5EWWA 3S92A 4YYJA 3UVXA 3DWYA 5F61A 4XY9A 5F63A 5COIA 4TT4A 2YQDA 1F68A 2L85A 2DVQA 5A5OA 3U5OA 4QSXA 4HXSA 4TT2A 4YK0A 4A9KA 4UYDA 4F3IA 5F1LA 5H1UA 5CY9A 4O7CA 4Q0NA 5D3HA 5DKCA 5AD2A 4O76A 2N9GA 2DKWA 5LKZA 5AMFA 4TT6A 5LJ0A 4A9JA 5C87A 4YYKA 4KCXA 4NRBA 4BW2A 4QEWA 3S91A 4IORA 4HXMA 5CUCA 5KHMA 5D3RA 4TTEA 5ENHA 5CQ4A 5FE4A 5CQ6A 5DW2A 2L84A 4YAXA 4HXPA 5C8GA 5E9VA 5CQ7A 4NR9A 2R0VA 3AQAA 4O7BA 5LKXA 5ENJA 5DYXA 1WUMA 5F3AA 5FE1A 1ZS5A 3U5KA 4PY6A 5FH6A 4AKNA 5FE2A 5HENA 4J0SA 5L96A 3QZSA 4MR3A 5LKUA 5DYUA 4QSWA 5F1HA 3AADA 3O35A 4UYEA 4YADA 4LDFA 4A9LA 2G4AA 5CZGA 4CLBA 2D9EA 5F2PA 3O34A 4O72A 4WHWA 5CFWA 5IGLA 5EA1A 3MUKA 5CUGA 4ZQLA 5D3LA 3D7CA 4NR4A 4CUTA 5CQAA 5HLSA 3K2JA 4NRAA 2LSPB 2YW5A 3MXFA 5LUUA 5F5ZA 4BW3A 5CUAA 5TB6A 3MB4A 5D3JA 3JVMA 4HXLA 5BT4A 4LR6A 5HFRA 2D82A 5FH7A 5II1A 5C85A 4IOOA 5IIDA 5LJ1A 1EQFA 5FE0A 5CRZA 4WIVA 5H85A 4NUEA 4YY4A 5A5PA 5HFQA 2H60A 5E7DA 5KTXA 2DWWA 4UYHA 5BT5A 5DKHA 5D7XA 4QUTA 3LQHA 3UVYA 4YYNA 5D26A 2DVSA 4QEVA 4N4FA 4A9FA 5KU3A 5D3TA 4A9NA 4HXRA 5EWVA 5CQ8A 5A83A 5HRWA 2DVRA 4BW4A 5LJ2A 3U5LA 4C66A 5DKDA 5EK9A 2R10A 4J1PA 4HXKA 4QYDA 5AMEA 3O37A 5FFWA 5HQ7A 5ENCA 4Z93A 5IGMA 4ZC9A 5LVQA 2DATA 5DFDA 3LJWA 2NXBA 5A5SA 5EM3A 5HCLA 5A5RA 5IBNA 5L99A 4BW1A 4LRGA 2FSAA 4XUAA 4A9IA 4TQNA 3ZYUA 4PCEA 3SVHA 3Q2FA 5D3SA 1E6IA 5KO4A 4YC9A 5C7NA 4TYLA 3IU6A 4N3WA 5BT3A 3Q2EA 5E9MA 4N4GA 5H1VA 4HXNA 3UV5A 5E9KA 3FKMX 4OGIA 3HMEA 2OO1A 4NR6A 4NYVA 4XY8A 5LVRA 5II2A 5ENIA 2OUOA 5K29A 5CQTA 4O7AA 4QZSA 5HM0A 2WP1A 4QSQA 4WHUA 5E3GA 4GPJA 4UIWA 5CUBA 4J0RA 4O77A 3U5MA 4IOQA 4YYIA 4QEUA 5E0RA 4ALHA 4HBYA 4TU6A 5A82A 3LXJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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