5II1A

Crystal structure of the fifth bromodomain of human polybromo (pb1) in complex with 1-methylisochromeno[3,4-c]pyrazol-5(3h)-one
Total Genus 36
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
36
sequence length
112
structure length
112
Chain Sequence
SKYMTPMQQKLNEVYEAVKNYTDKRGRRLSAIFLRLPSRSELPDYYLTIKKPMDMEKIRSHMMANKYQDIDSMVEDFVMMFNNACTYNEPESLIYKDALVLHKVLLETRRDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Protein polybromo-1
publication title Discovery and Optimization of a Selective Ligand for the Switch/Sucrose Nonfermenting-Related Bromodomains of Polybromo Protein-1 by the Use of Virtual Screening and Hydration Analysis.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Transcription
total genus 36
structure length 112
sequence length 112
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-03-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5ii1A00
4MR4A 4PCEA 1WUGA 4F3IA 4O72A 4IORA 5EPSA 4O75A 5D3HA 2YEMA 5FFYA 4YATA 4YYGA 5A81A 5E3DA 5FH6A 5BT3A 4O7EA 2FSAA 4NYVA 5E3GA 4A9JA 1X0JA 4IR6A 5HFQA 2YEKA 5CU8A 5HQ6A 4YYIA 5FH8A 4YYNA 4QR3A 4QBMA 2YYNA 4QR4A 5L99A 4TZ2A 5EQ1A 3JVLA 4N3WA 5EGUA 2D9EA 3MB4A 4A9LA 4UYHA 5ETDA 4YBSA 4QEWA 3MULA 4IOQA 1E6IA 4WHUA 4QUUA 5F61A 4YY4A 3HMFA 5A7CA 3D7CA 5EWVA 5KTXA 5DBMA 5CQ7A 3ZYUA 2F6NA 5C85A 4QZSA 5CS8A 2R0SA 3S92A 5LVQA 1N72A 4KV4A 5FG4A 5TB6A 5D3PA 5F1LA 4XYAA 4CUUA 2RI7A 2E7OA 5DW2A 5AMFA 4TU4A 5DKDA 5HQ5A 5DYXA 4NR5A 4ZC9A 4HXSA 4LZ2A 4X2IA 4YBTA 5II1A 5C8GA 4CUQA 4YYMA 5G4RA 2R10A 5ENBA 2E3KA 4XY9A 5IG6A 4QSWA 4NRCA 4UITA 5E9KA 5DLZA 5LKZA 3HMEA 3Q2EA 4Z6HA 4YYHA 3O37A 3G0LA 3JVJA 4HBVA 4CURA 5I86A 5FFWA 2DVSA 2E7NA 4TT2A 3UV2A 4N4HA 5L8UA 2OUOA 4UIYA 5D3TA 4O7FA 5H1VA 4YYKA 4QSVA 4ALGA 5KU3A 3ONIA 5CUCA 5FG5A 5JI8A 5EPRA 2WP1A 3SVHA 5FE5A 5I29A 5CFWA 4WIVA 1F68A 4A9HA 4MEQA 5A82A 4BW1A 5CUGA 2RNYA 5CQ6A 2L84A 5EM3A 5A5RA 3UV5A 4YH3A 5FE8A 4J0SA 5A85A 3UVYA 2RFJA 5EWDA 2YW5A 3LXJA 4MR6A 5CQAA 4MR3A 5FE7A 3Q2FA 3LQIA 5CUEA 3SVFA 3QZTA 5ENCA 5CP5A 4A9FA 5IBNA 5E9MA 4YY6A 3UV4A 4O70A 5DYAA 3K2JA 4PTBA 4TS8A 5HRXA 5LKTA 5FE4A 5I40A 4YADA 2DATA 4UIZA 2MJVB 3I3JA 3O34A 3P1CA 3LQHA 4YAXA 5F63A 5HQ7A 5II2A 4TZ8A 4Y03A 4YABA 4AKNA 5DKCA 4NXJA 2RO1A 4Q0NA 4QYDA 4A9OA 3U5KA 5EWCA 5FE3A 3U5MA 5KHMA 5F62A 5CUDA 4HXMA 4HXPA 4LYIA 4O78A 3UVXA 4NR8A 4UIVA 1WUMA 5CQ4A 4PKLA 4DONA 3QZSA 5LJ2A 5EI4A 5F5ZA 2NXBA 4RVRA 4NRBA 5DFBA 5I88A 5A83A 4QUTA 5D26A 5ENJA 4J0RA 4BJXA 3NXBA 3S91A 5HENA 4LYWA 5D25A 5IIDA 4HBXA 4Z6IA 2YELA 3U5LA 3O35A 4KV1A 4UYFB 5DYCA 4CUTA 5FG6A 5H1UA 3TLPA 5HRWA 2RNWA 4HXLA 3U5PA 5DY7A 5KO4A 5L96A 5CRZA 5CUAA 2DKWA 4O77A 4Z1SA 4UIUA 5CGPA 1JSPB 2GRCA 4TYLA 5DFCA 4IR3A 5D24A 5E9YA 4NRAA 4MENA 3O36A 4N4GA 5A5NA 5ENEA 5LJ0A 4HBWA 4CL9A 4NR6A 5DYUA 5AD3A 5J0DA 4NR9A 4MR5A 5EICA 5G4SA 3DAIA 4NQMA 4QR5A 5C7NA 4QYLA 3LJWA 4C67A 1ZS5A 4NR4A 4LRGA 4OGJA 5D3JA 5C87A 4YBMA 3U5OA 3O33A 5E0RA 2L5EA 3AQAA 4MEOA 4QSPA 4TT4A 4ZW1A 5H1TA 4NQNA 5LKXA 5C4QA 2LSPB 4O74A 4A9MA 4IR5A 3DWYA 4QSXA 4UIWA 4ALHA 4O7BA 4BW2A 5L8TA 3P5OA 2R0YA 4QEVA 4FLPA 1JM4B 2I7KA 3RCWA 4XY8A 5ENFA 3LQJA 3MB3A 5DLXA 5IGKA 4QC3A 5BT4A 4CFLA 4OUFA 5K29A 5D3NA 5EP7A 5CY9A 3AADA 4TT6A 5CTLA 3U5JA 5I80A 3QZVA 5ENGA 4LDFA 5I83A 5CQ5A 4NYWA 4KCXA 5KTUA 5L97A 4UYDA 4QSQA 5E7DA 5FB1A 5CQTA 3IU6A 5I1QA 4J3IA 4HXKA 4ZQLA 5E9IA 4E96A 4UYFA 5AMEA 3SVGA 5FE6A 5A5SA 5I7YA 5FE1A 4HXOA 4CFKA 5CPEA 5D3LA 5A5QA 4PS5A 5E74A 4NYXA 4UIXA 2I8NA 4PCIA 5COIA 5EU1A 5DFDA 5EVAA 2DWWA 4A9IA 4Q0OA 3JVKA 4O7AA 3IU5A 2OSSA 2R0VA 4YK0A 5HELA 4YYJA 5D3SA 4OGIA 4BW3A 5F2PA 2WP2A 4QSTA 5CZGA 3P1DA 5FH7A 4O71A 4QY4A 5ACYA 5FDZA 4QEUA 2D82A 5F36A 2DVQA 2RNXA 4O76A 2F6JA 5H85A 5D3RA 4A9KA 4Z1QA 2YQDA 5EPBA 5LVRA 5CQ3A 5EA1A 5I89A 5BT5A 3UVWA 5FBXA 4J1PA 3UW9A 4NS5A 5A5PA 2YDWA 5DX4A 5ENHA 5E9LA 2DVVA 4LZSA 4WHWA 5FE0A 4LZRA 4N4FA 4HXNA 5LUUA 2DVRA 5F1HA 3FKMX 4YYDA 4XUAA 3MUKA 5E73A 4C66A 5F25A 4BW4A 5JWMA 3U5NA 4NUEA 4QSSA 4QSRA 5AD2A 5FE2A 4A9NA 4N4IA 5EWHA 4QC1A 5EV9A 5F3AA 5I7XA 1EQFA 3MXFA 4QNSA 5EISA 5HJCA 3P1FA 3P1EA 2G4AA 5FFVA 5LKUA 3HMHA 4IOOA 4PY6A 5D0CA 4TQNA 5HFRA 5HM0A 5TCMA 5EK9A 2H60A 5ETBA 4YH4A 4CUPA 3GG3A 5L98A 5HRVA 5FE9A 4HBYA 5HCLA 4NUDA 5LJ1A 5CQ8A 2L85A 4QB3A 4LYSA 4YC9A 5CUBA 5FB0A 4Z93A 3G0JA 4XUBA 5EWWA 3UVDA 5F60A 5IGNA 2N9GA 4HXRA 4UYEA 5ENIA 5C89A 4GPJA 4LR6A 4NR7A 5IGMA 4MEPA 3MQMA 2OO1A 4QSUA 5IGLA 4TTEA 2KTBB 4BHWA 5DKHA 5DW1A 4UYGA 4CLBA 5E9VA 2RS9B 4LC2A 5KTWA 4NUCA 5HLSA 4CUSA 4O7CA 4A9EA 5HEMA 4IR4A 5D7XA 3JVMA 5A5OA 4TU6A 5CRMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4MR4A 4PCEA 1WUGA 4F3IA 4O72A 4IORA 5EPSA 3VKGA 4O75A 5D3HA 3VKHA 2YEMA 5FFYA 4YATA 4YYGA 5A81A 5E3DA 5FH6A 5BT3A 4O7EA 2FSAA 4NYVA 5E3GA 4A9JA 1X0JA 4IR6A 5HFQA 2YEKA 5CU8A 5HQ6A 4YYIA 5FH8A 4YYNA 4QR3A 4QBMA 2YYNA 4QR4A 5L99A 4TZ2A 5EQ1A 3D1DA 3JVLA 4N3WA 5EGUA 2D9EA 3MB4A 4A9LA 4UYHA 5ETDA 4YBSA 4QEWA 3MULA 4IOQA 1E6IA 4WHUA 4QUUA 5F61A 4YY4A 3HMFA 5A7CA 3D7CA 5EWVA 5KTXA 5DBMA 5CQ7A 3ZYUA 2F6NA 5C85A 4QZSA 5CS8A 2R0SA 3S92A 5LVQA 1N72A 4KV4A 5FG4A 5TB6A 5D3PA 5F1LA 4XYAA 4CUUA 2RI7A 2E7OA 5DW2A 5AMFA 4TU4A 5DKDA 5HQ5A 5DYXA 4NR5A 4ZC9A 4HXSA 4LZ2A 4X2IA 4YBTA 5II1A 5C8GA 4CUQA 4YYMA 5G4RA 2R10A 5ENBA 2E3KA 4XY9A 5IG6A 4QSWA 4NRCA 4UITA 5E9KA 5DLZA 5LKZA 3HMEA 3Q2EA 4Z6HA 4YYHA 3O37A 3G0LA 3JVJA 4HBVA 4CURA 5I86A 5FFWA 2DVSA 2E7NA 4TT2A 3UV2A 4N4HA 5L8UA 2OUOA 4UIYA 5D3TA 4O7FA 5H1VA 4YYKA 4QSVA 4ALGA 5KU3A 3ONIA 5CUCA 5FG5A 5JI8A 5EPRA 2WP1A 3SVHA 5FE5A 5I29A 5CFWA 4WIVA 1F68A 4A9HA 4MEQA 5A82A 4BW1A 5CUGA 2RNYA 5CQ6A 2L84A 5EM3A 5A5RA 3UV5A 4YH3A 5FE8A 4J0SA 5A85A 3UVYA 2RFJA 5EWDA 2YW5A 3LXJA 4MR6A 5CQAA 4MR3A 5FE7A 3Q2FA 3LQIA 5CUEA 3SVFA 3QZTA 5ENCA 5CP5A 4A9FA 5IBNA 5E9MA 4YY6A 3UV4A 4O70A 5DYAA 3K2JA 4PTBA 4TS8A 5HRXA 5LKTA 5FE4A 5I40A 4YADA 2DATA 4UIZA 2MJVB 3I3JA 3O34A 3P1CA 3LQHA 4YAXA 5F63A 5HQ7A 5II2A 4TZ8A 4Y03A 4YABA 4AKNA 5DKCA 3ERRA 2RO1A 4NXJA 4Q0NA 4QYDA 4A9OA 3U5KA 5EWCA 5FE3A 3U5MA 5KHMA 5F62A 5CUDA 4HXMA 4HXPA 4LYIA 4O78A 3UVXA 4NR8A 4UIVA 1WUMA 5CQ4A 4PKLA 4DONA 3QZSA 5LJ2A 5EI4A 5F5ZA 2NXBA 4RVRA 4NRBA 5DFBA 5I88A 5A83A 4QUTA 5D26A 5ENJA 4J0RA 4BJXA 3NXBA 3S91A 5HENA 4LYWA 5D25A 5IIDA 4HBXA 4Z6IA 2YELA 3U5LA 3O35A 4KV1A 4UYFB 5DYCA 4CUTA 5FG6A 5H1UA 3TLPA 5HRWA 2RNWA 4HXLA 3U5PA 5DY7A 5KO4A 5L96A 5CRZA 5CUAA 2DKWA 4O77A 4Z1SA 4UIUA 5CGPA 1JSPB 2GRCA 4TYLA 5DFCA 4IR3A 5D24A 5E9YA 4NRAA 4MENA 3O36A 4N4GA 5A5NA 5ENEA 5LJ0A 4HBWA 4CL9A 4NR6A 5DYUA 5AD3A 5J0DA 4NR9A 4MR5A 5EICA 5G4SA 3DAIA 4NQMA 4QR5A 5C7NA 4QYLA 3LJWA 4C67A 1ZS5A 4NR4A 4LRGA 4OGJA 5D3JA 5C87A 4YBMA 3U5OA 3O33A 5E0RA 2L5EA 3AQAA 4MEOA 4QSPA 4TT4A 4ZW1A 5H1TA 4NQNA 5LKXA 5C4QA 2LSPB 4O74A 4A9MA 4IR5A 3DWYA 4QSXA 4UIWA 4ALHA 4O7BA 4BW2A 5L8TA 3P5OA 2R0YA 4QEVA 4FLPA 1JM4B 2I7KA 3RCWA 1PUOA 4XY8A 5ENFA 3LQJA 3MB3A 3D1BA 5DLXA 5IGKA 4QC3A 5BT4A 4CFLA 4OUFA 5K29A 5D3NA 5EP7A 5CY9A 3AADA 4TT6A 5CTLA 3U5JA 5I80A 3QZVA 5ENGA 4LDFA 5I83A 5CQ5A 4NYWA 4KCXA 5KTUA 5L97A 4UYDA 4QSQA 5E7DA 5FB1A 5CQTA 3IU6A 5I1QA 4J3IA 2EJNA 4HXKA 4ZQLA 5E9IA 4E96A 4UYFA 5AMEA 3SVGA 5FE6A 5A5SA 5I7YA 5FE1A 4HXOA 4CFKA 5CPEA 5D3LA 5A5QA 4PS5A 5E74A 4NYXA 4UIXA 2I8NA 4PCIA 5COIA 5EU1A 5DFDA 5EVAA 2DWWA 4A9IA 4Q0OA 3JVKA 4O7AA 3IU5A 4AKIA 2OSSA 2R0VA 1ZKRA 4YK0A 5HELA 4YYJA 5D3SA 4OGIA 4BW3A 5F2PA 2WP2A 4QSTA 5CZGA 3P1DA 5FH7A 4O71A 4QY4A 5ACYA 5FDZA 4QEUA 2D82A 5F36A 2DVQA 2RNXA 4O76A 2F6JA 5H85A 5D3RA 4A9KA 4Z1QA 2YQDA 5EPBA 5LVRA 5CQ3A 5EA1A 5I89A 5BT5A 3UVWA 5FBXA 4J1PA 4AKGA 4AKHA 3UW9A 4NS5A 5A5PA 2YDWA 5DX4A 5ENHA 5E9LA 2DVVA 4LZSA 4WHWA 5FE0A 4LZRA 4N4FA 4HXNA 5LUUA 2DVRA 5F1HA 3FKMX 4YYDA 4XUAA 3MUKA 5E73A 4C66A 5F25A 4BW4A 5JWMA 3U5NA 4NUEA 4QSSA 4QSRA 5AD2A 5FE2A 4A9NA 4N4IA 5EWHA 4QC1A 5EV9A 5F3AA 5I7XA 1EQFA 3MXFA 4QNSA 5EISA 5HJCA 3P1FA 3P1EA 2G4AA 5FFVA 5LKUA 3HMHA 4IOOA 4PY6A 5D0CA 4TQNA 5HFRA 5HM0A 5TCMA 5EK9A 2H60A 5ETBA 4YH4A 4CUPA 3GG3A 5L98A 5HRVA 5FE9A 4HBYA 5HCLA 4NUDA 5LJ1A 5CQ8A 2L85A 4QB3A 4LYSA 4YC9A 5CUBA 5FB0A 4Z93A 3G0JA 4XUBA 5EWWA 3UVDA 5F60A 5IGNA 2N9GA 4HXRA 4UYEA 5ENIA 5C89A 4GPJA 4LR6A 4NR7A 5IGMA 4MEPA 3MQMA 2OO1A 4QSUA 5IGLA 4TTEA 2KTBB 4BHWA 5DKHA 5DW1A 4UYGA 4CLBA 5E9VA 2RS9B 4LC2A 5KTWA 4AI6A 4NUCA 5HLSA 4CUSA 4O7CA 4A9EA 5HEMA 4IR4A 5D7XA 3JVMA 5A5OA 4TU6A 5CRMA
chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4MR4 A;  4PCE A;  1WUG A;  4F3I A;  4O72 A;  4IOR A;  5EPS A;  4O75 A;  5D3H A;  2YEM A;  5FFY A;  4YAT A;  4YYG A;  5A81 A;  5E3D A;  5FH6 A;  5BT3 A;  4O7E A;  2FSA A;  4NYV A;  5E3G A;  4A9J A;  1X0J A;  4IR6 A;  5HFQ A;  2YEK A;  5CU8 A;  5HQ6 A;  4YYI A;  5FH8 A;  4YYN A;  4QR3 A;  4QBM A;  2YYN A;  4QR4 A;  5L99 A;  4TZ2 A;  5EQ1 A;  3JVL A;  4N3W A;  5EGU A;  2D9E A;  3MB4 A;  4A9L A;  4UYH A;  5ETD A;  4YBS A;  4QEW A;  3MUL A;  4IOQ A;  1E6I A;  4WHU A;  4QUU A;  5F61 A;  4YY4 A;  3HMF A;  5A7C A;  3D7C A;  5EWV A;  5KTX A;  5DBM A;  5CQ7 A;  3ZYU A;  2F6N A;  5C85 A;  4QZS A;  5CS8 A;  2R0S A;  3S92 A;  5LVQ A;  1N72 A;  4KV4 A;  5FG4 A;  5TB6 A;  5D3P A;  5F1L A;  4XYA A;  4CUU A;  2RI7 A;  2E7O A;  5DW2 A;  5AMF A;  4TU4 A;  5DKD A;  5HQ5 A;  5DYX A;  4NR5 A;  4ZC9 A;  4HXS A;  4LZ2 A;  4X2I A;  4YBT A;  5II1 A;  5C8G A;  4CUQ A;  4YYM A;  5G4R A;  2R10 A;  5ENB A;  2E3K A;  4XY9 A;  5IG6 A;  4QSW A;  4NRC A;  4UIT A;  5E9K A;  5DLZ A;  5LKZ A;  3HME A;  3Q2E A;  4Z6H A;  4YYH A; 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