5EPRA

Crystal structure of the human brpf1 bromodomain in complex with seed11
Total Genus 38
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
38
sequence length
112
structure length
112
Chain Sequence
MQLTPFLILLRKTLEQLQEKDTGNIFSEPVPLSEVPDYLDHIKKPMDFFTMKQNLEAYRYLNFDDFEEDFNLIVSNCLKYNAKDTIFYRAAVRLREQGGAVLRQARRQAEKM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Dna binding protein
molecule keywords Peregrin
publication title Twenty Crystal Structures of Bromodomain and PHD Finger Containing Protein 1 (BRPF1)/Ligand Complexes Reveal Conserved Binding Motifs and Rare Interactions.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 38
structure length 112
sequence length 112
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-11-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5eprA00
1JSPB 5TB6A 1EQFA 2D82A 2RNXA 5EWDA 4A9JA 5F5ZA 4A9OA 3P1CA 5D25A 4YATA 5FE5A 4NXJA 4YBMA 4CLBA 4WIVA 4Z1SA 5A5SA 2YW5A 3AADA 5IGMA 5A5PA 4YYIA 5IGKA 4YYMA 4CUQA 4UYGA 4ZC9A 4MENA 4UIXA 5A5RA 5LKXA 2R10A 2FSAA 4NYWA 5EI4A 2E7OA 4NQNA 4Z93A 5DW1A 4HXKA 5D3LA 5EGUA 5FE1A 5AD3A 3U5NA 5D0CA 5I83A 3U5LA 5HLSA 5AD2A 3P1FA 5CS8A 4O70A 4MR5A 4UYHA 4HBVA 4OGIA 4YY6A 4QSPA 3S91A 5FE4A 4Y03A 3MB4A 1X0JA 2E7NA 4J0RA 2OUOA 5DX4A 5CY9A 4QEWA 5HENA 4O7EA 4YADA 3TLPA 5ENBA 5KO4A 5DKCA 5H85A 3O34A 4N4IA 5CTLA 4NUEA 2N9GA 5E9KA 4CUTA 5LJ0A 3IU6A 5CP5A 5HJCA 5F36A 5KTXA 5DY7A 5EPBA 2RFJA 5E9MA 3MULA 3LQJA 3ZYUA 5D24A 3JVMA 4C67A 4LYWA 5EWWA 5HQ5A 4MR4A 3QZVA 5CQ3A 4NR9A 5E7DA 4F3IA 5EM3A 4QZSA 4LYIA 3MB3A 4E96A 5G4RA 4YY4A 5C87A 4OGJA 4QSRA 5IBNA 5G4SA 5A81A 2G4AA 4YBSA 5JI8A 4A9NA 5E3DA 2RNYA 3JVKA 5KU3A 5KTUA 3O37A 5CUCA 4XUAA 3RCWA 5FE0A 5F3AA 4O7BA 3UV5A 5ENFA 5KHMA 5CQAA 5C7NA 4ALGA 5E73A 5D3TA 2DKWA 5F62A 4NR6A 4A9LA 3U5PA 3MXFA 4QR4A 5H1VA 2GRCA 2I7KA 3U5KA 4YK0A 5CRMA 3SVFA 4YYKA 4UITA 5F2PA 3MQMA 4GPJA 5D3NA 5FE6A 4QB3A 5FH7A 4QBMA 4HBYA 4UIVA 5A5QA 5C89A 5D3JA 4TU6A 5IIDA 4HBWA 5EV9A 2YEKA 4XY8A 5FE2A 4DONA 5HM0A 4X2IA 4YYNA 3HMFA 4OUFA 5F61A 4WHUA 4J1PA 4N4FA 5CU8A 2R0SA 4Z1QA 4KV4A 1WUMA 4LR6A 4QEUA 4Z6IA 4YYHA 5E74A 4KCXA 2F6NA 5AMFA 5E3GA 3NXBA 5E0RA 3HMHA 5EQ1A 4A9EA 5FE8A 4YC9A 4QUTA 5F1HA 4HXLA 5ENEA 4QR3A 2RO1A 5ENCA 5EPRA 4A9FA 4QSUA 4PCEA 4QSVA 5DYXA 4ZW1A 3S92A 5IG6A 2YEMA 5F60A 4HXRA 3AQAA 4A9KA 4BW1A 3O33A 5FB1A 4UIYA 5COIA 3UVXA 1F68A 1N72A 5A5NA 2WP2A 4PY6A 5CUBA 5DFBA 3UVDA 3LQHA 4J3IA 3QZSA 2YDWA 5DLXA 4PKLA 5E9IA 3MUKA 2R0YA 4QUUA 3HMEA 5EISA 4O74A 5LJ2A 5II2A 5ENHA 4TT2A 5D26A 2DVQA 4MEPA 4Q0NA 4MR6A 4QYLA 5I7XA 5I80A 1JM4B 4TU4A 4PCIA 4YYDA 4J0SA 4UYDA 2RI7A 4O72A 4YAXA 5CQ4A 4A9HA 5HFRA 5LVQA 5ENGA 3DAIA 5CQ5A 5CQ8A 1WUGA 4BHWA 4CL9A 4O75A 4CUPA 4NYVA 4MEQA 4LDFA 4UIUA 2WP1A 4N3WA 4N4HA 2LSPB 2MJVB 4O77A 5EICA 5I7YA 2YQDA 4NYXA 4FLPA 5D7XA 5ENIA 5LKTA 5CRZA 4NR5A 2E3KA 2DVRA 2DWWA 4BW2A 4NUDA 5HQ6A 4HXSA 4N4GA 5FE3A 5K29A 4NS5A 4IR4A 5F25A 3U5JA 3UVYA 5FH8A 5DW2A 4YYGA 5TCMA 4QC1A 5ETBA 5HQ7A 3LXJA 5KTWA 5DFDA 4TYLA 5EP7A 4Z6HA 3ONIA 4UIWA 2L5EA 3FKMX 2YELA 5C85A 4XY9A 4NRCA 4O7CA 4QC3A 4IR3A 5C4QA 3JVLA 5FB0A 3D7CA 2KTBB 5I40A 5EWHA 4XYAA 4IR5A 5HELA 5BT4A 2L85A 5A85A 5ENJA 5ACYA 5DKHA 4LC2A 5A82A 5CUEA 5D3PA 3SVHA 4NUCA 4HBXA 5E9VA 5L98A 5CUAA 5FG4A 3O36A 4NRAA 4QSQA 5EWVA 3Q2FA 2F6JA 5FFVA 3GG3A 4C66A 4IR6A 5II1A 4Q0OA 4CURA 4ZQLA 5HRVA 5C8GA 4QSSA 2OO1A 5J0DA 4LRGA 4TT6A 5LKUA 5HCLA 4QSXA 4A9IA 3UVWA 5I88A 5LVRA 4UYFB 2RNWA 2H60A 4LYSA 3P1EA 4NR4A 2DATA 3G0JA 5I1QA 3U5MA 5E9YA 5A83A 4O7FA 5D3SA 5EU1A 3U5OA 4QYDA 5I29A 5L8UA 2I8NA 4A9MA 4O78A 5D3RA 4IORA 5FFWA 4QSTA 5I86A 4PS5A 4XUBA 3K2JA 5JWMA 1E6IA 4ALHA 5EPSA 4WHWA 5LJ1A 4BJXA 4NRBA 3SVGA 4TT4A 5IGLA 4UIZA 4NQMA 3P5OA 3UV4A 5CGPA 5FFYA 4QR5A 4HXPA 5A7CA 5FBXA 4MR3A 5CFWA 4NR8A 5DYUA 4O71A 5DLZA 2OSSA 5FE9A 4PTBA 5CZGA 4O76A 4YBTA 5DFCA 5LUUA 5EWCA 3O35A 2YYNA 3JVJA 5CQ7A 5IGNA 5H1UA 2NXBA 3QZTA 4KV1A 3I3JA 4LZRA 4BW4A 4QNSA 4HXOA 4HXMA 4YABA 4TQNA 4QEVA 5CUGA 5FG5A 3LQIA 5FDZA 5BT5A 4TZ2A 4QY4A 5E9LA 4BW3A 5DBMA 5FG6A 5HRWA 4UYFA 2RS9B 4UYEA 3UV2A 4YYJA 5F1LA 2L84A 5CQTA 5DYAA 4QSWA 4AKNA 2D9EA 2R0VA 5L96A 5L8TA 5BT3A 4RVRA 5FE7A 5LKZA 4TTEA 5HEMA 4TZ8A 5DYCA 4LZSA 4YH3A 5ETDA 1ZS5A 2DVVA 4TS8A 5L99A 4CUUA 3IU5A 2DVSA 5EVAA 4MEOA 3UW9A 3P1DA 5A5OA 4CFLA 4CUSA 3LJWA 5I89A 3DWYA 5DKDA 4YH4A 4O7AA 5CUDA 5FH6A 5HFQA 4CFKA 5CPEA 4HXNA 5HRXA 5H1TA 5AMEA 4IOQA 5EA1A 5D3HA 3G0LA 3Q2EA 5EK9A 4NR7A 4LZ2A 5F63A 5CQ6A 4IOOA 5L97A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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