5EPRA

Crystal structure of the human brpf1 bromodomain in complex with seed11
Total Genus 38
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
38
sequence length
112
structure length
112
Chain Sequence
MQLTPFLILLRKTLEQLQEKDTGNIFSEPVPLSEVPDYLDHIKKPMDFFTMKQNLEAYRYLNFDDFEEDFNLIVSNCLKYNAKDTIFYRAAVRLREQGGAVLRQARRQAEKM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Dna binding protein
molecule keywords Peregrin
publication title Twenty Crystal Structures of Bromodomain and PHD Finger Containing Protein 1 (BRPF1)/Ligand Complexes Reveal Conserved Binding Motifs and Rare Interactions.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 38
structure length 112
sequence length 112
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-11-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5eprA00
4CUUA 4HBWA 4CURA 5E9YA 4XUAA 5FB1A 3P1EA 3IU5A 4QUUA 4TT2A 3G0LA 4MEOA 3UV5A 4O70A 3MQMA 5CY9A 4TU4A 4YYDA 5IGLA 4BHWA 4XYAA 5E9IA 4Y03A 5ENCA 1JSPB 5FE7A 4QEWA 4RVRA 5CU8A 4CUPA 5CS8A 2YEMA 3Q2EA 4NYWA 5ENGA 4CFKA 4PTBA 4TZ8A 5FE6A 4LYWA 4O7EA 5L8TA 5DFDA 4HXPA 4O72A 3P1FA 4Z93A 5DYAA 4N4GA 3U5JA 4NYXA 5HRVA 2R0YA 5D3NA 5DYCA 2NXBA 5A5RA 5EWWA 4NS5A 2L85A 2OUOA 4BW3A 4LZRA 5I88A 3LQHA 4UYFB 4NRAA 5ENFA 4Q0NA 3QZVA 1WUMA 4TTEA 3U5LA 3G0JA 5EK9A 3U5NA 3MULA 2KTBB 4O7FA 5ENJA 5JI8A 4HXMA 4CFLA 5DYUA 5AD2A 4YABA 4YYMA 5LVRA 5I7YA 5CQ4A 3ZYUA 4A9OA 5DFCA 5D3JA 5IGMA 4A9EA 5CQ6A 4YK0A 5TCMA 3GG3A 2F6NA 4Q0OA 4UYHA 5D25A 5A82A 3HMHA 3O36A 5FFWA 3QZSA 5I29A 4HXLA 2RNWA 4J1PA 4CL9A 3UVYA 4CUSA 5FFVA 5F63A 3LJWA 4UIUA 4O78A 2H60A 4IR5A 4NR9A 4OGIA 4DONA 5EWHA 5LKXA 3UVWA 3O33A 1EQFA 4QC3A 5ENHA 5C85A 5EP7A 5A7CA 4HBXA 4NR5A 4QSWA 4NUCA 3UV2A 5KTUA 4LR6A 1WUGA 2FSAA 5FE0A 2E3KA 4QSRA 4O7BA 4QR4A 4PCEA 5DW2A 5CQAA 4NR7A 3Q2FA 4QB3A 5FE8A 2N9GA 5C87A 2DVVA 2DVSA 5EPBA 4LYSA 3QZTA 5CFWA 3IU6A 4YADA 5CTLA 4PKLA 4N4HA 4TQNA 5FH8A 5I83A 5E9MA 5CUDA 3UVXA 4MR6A 5L97A 5I1QA 4NQMA 5EU1A 5E74A 4IR3A 4TYLA 5D0CA 3U5PA 5C4QA 5J0DA 5HCLA 5E9VA 3AQAA 5C7NA 2WP2A 5G4RA 5E7DA 4UYEA 5CUBA 2RFJA 4A9KA 5LUUA 5ENBA 4A9IA 2RI7A 4XY9A 5AMEA 5EWVA 5EWCA 5E3DA 4Z1SA 4QEUA 3S91A 4TU6A 4XUBA 5HEMA 5FE3A 5F1HA 3S92A 4QSUA 5HM0A 5HLSA 5DLXA 4O74A 2YEKA 3O35A 4UYFA 4WHUA 5FG4A 2YYNA 2R10A 1E6IA 4YATA 4UIYA 5KO4A 5FH6A 4YYHA 5EVAA 5F2PA 4YBMA 4MR4A 3JVJA 5LKTA 4NRBA 5D24A 4CLBA 3LXJA 4J3IA 5TB6A 5FE4A 5HRWA 4WIVA 4ALGA 2DVRA 5D7XA 4QSVA 5ETDA 4Z1QA 4QR5A 5A5NA 4QC1A 2L5EA 4O75A 3U5OA 5D26A 2D82A 3HMEA 4OUFA 4QUTA 5EM3A 2E7NA 5CUAA 4LYIA 4QSPA 3MB4A 4NQNA 2R0SA 5JWMA 4ALHA 4UIVA 4KCXA 4CUTA 2D9EA 5F36A 4FLPA 4HBVA 5C8GA 3DWYA 2DKWA 4UITA 4UIXA 5EI4A 5EWDA 5LVQA 4QYDA 4NYVA 2RS9B 5EISA 4NR8A 5CQ3A 3U5KA 5BT4A 5DY7A 4MENA 4XY8A 5F25A 4C66A 5L99A 3P1CA 5CQ5A 4MEPA 4E96A 5IGNA 5II2A 5A83A 5A81A 3I3JA 5LKUA 2DATA 5CUCA 5FE5A 5CRZA 5DKCA 4LC2A 4QSTA 4HBYA 5A5PA 5D3RA 2YDWA 5F3AA 3UVDA 5IGKA 5FB0A 5L96A 5F61A 5FFYA 5HELA 3MXFA 3JVMA 5F5ZA 5LJ2A 3NXBA 4TT4A 4NR6A 5HFRA 4ZW1A 4IOQA 5IIDA 4NUEA 5EICA 4LRGA 4A9HA 4QSXA 2YW5A 2LSPB 5D3TA 2I7KA 2F6JA 4GPJA 4MEQA 4TS8A 4YYKA 4BW2A 4O7CA 4HXRA 2R0VA 4BJXA 4NRCA 5HENA 5CZGA 5DLZA 3SVHA 4AKNA 4WHWA 4QNSA 2G4AA 5CQTA 4YH4A 5H1TA 5AMFA 3ONIA 4J0SA 5E0RA 5DYXA 5L8UA 4YBTA 4QYLA 5D3HA 5HQ7A 2YQDA 5E9KA 5LKZA 2RNYA 4A9JA 4X2IA 4N4FA 2RNXA 5FBXA 4YY6A 4KV1A 4QZSA 4UYDA 5H1VA 5HRXA 5CPEA 5CUEA 5DKDA 3MB3A 4OGJA 4HXNA 5A5SA 3SVGA 4Z6HA 4A9LA 4N4IA 4TZ2A 5KU3A 5DW1A 5KTXA 4ZQLA 4HXKA 5LJ0A 5BT3A 5IBNA 4QEVA 4MR5A 4O71A 4QR3A 2E7OA 5CRMA 4ZC9A 5FE2A 5CUGA 5K29A 5FE1A 2DWWA 4A9NA 5CGPA 4F3IA 3UW9A 4IR4A 5DFBA 5BT5A 5I86A 4N3WA 5F1LA 5E9LA 2RO1A 1JM4B 4MR3A 4HXSA 4PCIA 1ZS5A 4TT6A 3RCWA 5F62A 4YY4A 2I8NA 5HFQA 4QBMA 4KV4A 4UIZA 3P5OA 4LZSA 5EPSA 3FKMX 4LZ2A 5HQ5A 2MJVB 5IG6A 4J0RA 4NR4A 4NUDA 5C89A 5I40A 1X0JA 5ACYA 2L84A 4O76A 5FG5A 4QSSA 5FH7A 5D3PA 2DVQA 5EV9A 2GRCA 5ENEA 4QSQA 5CQ8A 3O37A 5D3SA 5A85A 4YYGA 4Z6IA 4A9FA 5LJ1A 3D7CA 3P1DA 5FE9A 4A9MA 3AADA 5ENIA 4O77A 5EPRA 5E3GA 5EA1A 4IR6A 5A5QA 4UIWA 5KHMA 1F68A 4YH3A 4YBSA 5E73A 5AD3A 5HJCA 3JVKA 4CUQA 5H1UA 5F60A 5I7XA 5G4SA 4UYGA 5KTWA 4BW4A 4YYJA 5DKHA 4C67A 5EQ1A 3LQIA 3K2JA 5COIA 2YELA 3JVLA 3UV4A 5II1A 5EGUA 3SVFA 5H85A 2OSSA 5DX4A 5A5OA 5CQ7A 3HMFA 4QY4A 5FG6A 4IORA 4HXOA 5I89A 4O7AA 4BW1A 3DAIA 3TLPA 2OO1A 4YYNA 5HQ6A 4LDFA 4PY6A 3MUKA 2WP1A 5DBMA 4YC9A 5I80A 5L98A 4YYIA 5D3LA 4IOOA 4NXJA 3O34A 4PS5A 3LQJA 5FDZA 5ETBA 3U5MA 5CP5A 1N72A 4YAXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CUUA 4HBWA 4CURA 5E9YA 4XUAA 5FB1A 3P1EA 3IU5A 4QUUA 4TT2A 3G0LA 4MEOA 3UV5A 4O70A 3MQMA 5CY9A 4TU4A 4YYDA 5IGLA 4BHWA 4XYAA 5E9IA 4Y03A 5ENCA 1JSPB 5FE7A 4QEWA 4RVRA 5CU8A 4CUPA 5CS8A 2YEMA 3Q2EA 4NYWA 5ENGA 4CFKA 4PTBA 4TZ8A 5FE6A 4LYWA 4O7EA 5L8TA 4AKGA 5DFDA 4HXPA 4O72A 3P1FA 4Z93A 5DYAA 4N4GA 3U5JA 4NYXA 5HRVA 2R0YA 5D3NA 5DYCA 2NXBA 5A5RA 5EWWA 4NS5A 2L85A 2OUOA 4BW3A 4LZRA 5I88A 3LQHA 4UYFB 4NRAA 5ENFA 4Q0NA 3QZVA 1WUMA 4TTEA 3U5LA 3G0JA 5EK9A 3U5NA 3MULA 2KTBB 4O7FA 5ENJA 5JI8A 4HXMA 4CFLA 5DYUA 5AD2A 4YABA 4YYMA 5LVRA 5I7YA 5CQ4A 3ZYUA 4A9OA 5DFCA 5D3JA 5IGMA 4A9EA 3VKHA 5CQ6A 4YK0A 5TCMA 3GG3A 2F6NA 4Q0OA 4UYHA 5D25A 5A82A 3HMHA 3O36A 5FFWA 3QZSA 5I29A 4HXLA 2RNWA 4J1PA 1PUOA 4CL9A 3UVYA 4CUSA 5FFVA 5F63A 3LJWA 4UIUA 4O78A 2H60A 4IR5A 4NR9A 4OGIA 4DONA 5EWHA 5LKXA 3UVWA 3O33A 1EQFA 4QC3A 5ENHA 5C85A 5EP7A 5A7CA 4HBXA 4NR5A 4QSWA 4NUCA 3UV2A 5KTUA 4LR6A 1WUGA 2FSAA 5FE0A 2E3KA 4QSRA 4O7BA 4QR4A 4PCEA 5DW2A 5CQAA 4NR7A 3Q2FA 4QB3A 5FE8A 2N9GA 5C87A 2DVVA 2DVSA 5EPBA 4LYSA 3QZTA 5CFWA 3IU6A 3VKGA 4YADA 5CTLA 4PKLA 4N4HA 4TQNA 5FH8A 5I83A 5E9MA 5CUDA 3UVXA 4MR6A 5L97A 5I1QA 4NQMA 5EU1A 5E74A 4IR3A 4TYLA 5D0CA 3U5PA 5C4QA 5J0DA 5HCLA 5E9VA 3AQAA 5C7NA 2WP2A 5G4RA 5E7DA 4UYEA 5CUBA 2RFJA 4A9KA 5LUUA 5ENBA 4A9IA 2RI7A 4XY9A 5AMEA 5EWVA 5EWCA 5E3DA 4Z1SA 4QEUA 3S91A 4TU6A 4XUBA 5HEMA 5FE3A 5F1HA 3S92A 4QSUA 5HM0A 5HLSA 5DLXA 4O74A 2YEKA 3O35A 4UYFA 4WHUA 5FG4A 2YYNA 2R10A 1E6IA 4YATA 4UIYA 5KO4A 5FH6A 4YYHA 5EVAA 5F2PA 4YBMA 4MR4A 3JVJA 5LKTA 4NRBA 5D24A 4CLBA 3LXJA 4J3IA 5TB6A 5FE4A 5HRWA 4WIVA 4ALGA 2DVRA 4QSVA 5D7XA 5ETDA 4Z1QA 4QR5A 5A5NA 4QC1A 2L5EA 4O75A 3U5OA 5D26A 2D82A 3HMEA 4OUFA 4QUTA 5EM3A 2E7NA 5CUAA 4LYIA 4QSPA 3MB4A 4NQNA 2R0SA 5JWMA 4ALHA 4UIVA 4KCXA 4CUTA 2D9EA 5F36A 4FLPA 4HBVA 5C8GA 3DWYA 2DKWA 4UITA 4UIXA 5EI4A 5EWDA 5LVQA 4QYDA 4NYVA 2RS9B 5EISA 4NR8A 5CQ3A 3U5KA 5BT4A 5DY7A 4MENA 4XY8A 5F25A 4C66A 5L99A 3P1CA 5CQ5A 4MEPA 4E96A 5IGNA 5II2A 5A83A 5A81A 3I3JA 5LKUA 2DATA 5CUCA 5FE5A 5CRZA 5DKCA 4LC2A 4QSTA 4HBYA 5A5PA 3D1DA 5D3RA 2YDWA 3ERRA 5F3AA 3UVDA 5IGKA 5FB0A 5L96A 5F61A 5FFYA 5HELA 3MXFA 3JVMA 5F5ZA 5LJ2A 3NXBA 4TT4A 4NR6A 5HFRA 4ZW1A 4IOQA 5IIDA 4NUEA 5EICA 4LRGA 4A9HA 4QSXA 2YW5A 2LSPB 5D3TA 2I7KA 2F6JA 4GPJA 4MEQA 4TS8A 4YYKA 4BW2A 4O7CA 4HXRA 2R0VA 4BJXA 4NRCA 5HENA 5CZGA 5DLZA 3SVHA 4AKNA 4WHWA 4QNSA 2G4AA 5CQTA 4YH4A 5H1TA 5AMFA 3ONIA 4J0SA 5E0RA 5DYXA 5L8UA 4YBTA 4QYLA 5D3HA 5HQ7A 2YQDA 5E9KA 5LKZA 2RNYA 3D1BA 4A9JA 4X2IA 4N4FA 2RNXA 5FBXA 4YY6A 4KV1A 4QZSA 4UYDA 5H1VA 5HRXA 5CPEA 5CUEA 2EJNA 5DKDA 3MB3A 4OGJA 4HXNA 5A5SA 3SVGA 4Z6HA 4A9LA 4N4IA 4TZ2A 5KU3A 5DW1A 5KTXA 4ZQLA 4HXKA 5LJ0A 5BT3A 5IBNA 4QEVA 4MR5A 4O71A 4QR3A 2E7OA 5CRMA 4ZC9A 5FE2A 5CUGA 5K29A 5FE1A 2DWWA 4A9NA 5CGPA 4F3IA 3UW9A 4IR4A 5DFBA 5BT5A 5I86A 4N3WA 5F1LA 5E9LA 2RO1A 1JM4B 4MR3A 4HXSA 4PCIA 1ZS5A 4TT6A 3RCWA 5F62A 4YY4A 2I8NA 5HFQA 4QBMA 4KV4A 4UIZA 3P5OA 4LZSA 5EPSA 3FKMX 4LZ2A 5HQ5A 2MJVB 5IG6A 4J0RA 4NR4A 4NUDA 5C89A 5I40A 1X0JA 5ACYA 2L84A 4O76A 5FG5A 4QSSA 5FH7A 5D3PA 2DVQA 4AKIA 5EV9A 2GRCA 5ENEA 4QSQA 5CQ8A 3O37A 5D3SA 5A85A 4YYGA 4Z6IA 4A9FA 4AI6A 5LJ1A 3D7CA 3P1DA 5FE9A 4A9MA 3AADA 5ENIA 4O77A 5EPRA 5E3GA 5EA1A 4IR6A 5A5QA 4UIWA 5KHMA 1F68A 4YH3A 4YBSA 5E73A 5AD3A 5HJCA 3JVKA 4CUQA 5H1UA 5F60A 5I7XA 4AKHA 5G4SA 4UYGA 5KTWA 4BW4A 4YYJA 5DKHA 4C67A 5EQ1A 3LQIA 3K2JA 5COIA 2YELA 3JVLA 3UV4A 5II1A 5EGUA 3SVFA 5H85A 2OSSA 5DX4A 5A5OA 5CQ7A 3HMFA 4QY4A 5FG6A 4IORA 4HXOA 1ZKRA 5I89A 4O7AA 4BW1A 3DAIA 3TLPA 2OO1A 4YYNA 5HQ6A 4LDFA 4PY6A 3MUKA 2WP1A 5DBMA 4YC9A 5I80A 5L98A 4YYIA 5D3LA 4IOOA 4NXJA 3O34A 4PS5A 3LQJA 5FDZA 5ETBA 3U5MA 5CP5A 1N72A 4YAXA
chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4CUU A;  4HBW A;  4CUR A;  5E9Y A;  4XUA A;  5FB1 A;  3P1E A;  3IU5 A;  4QUU A;  4TT2 A;  3G0L A;  4MEO A;  3UV5 A;  4O70 A;  3MQM A;  5CY9 A;  4TU4 A;  4YYD A;  5IGL A;  4BHW A;  4XYA A;  5E9I A;  4Y03 A;  5ENC A;  1JSP B;  5FE7 A;  4QEW A;  4RVR A;  5CU8 A;  4CUP A;  5CS8 A;  2YEM A;  3Q2E A;  4NYW A;  5ENG A;  4CFK A;  4PTB A;  4TZ8 A;  5FE6 A;  4LYW A;  4O7E A;  5L8T A;  5DFD A;  4HXP A;  4O72 A;  3P1F A;  4Z93 A;  5DYA A;  4N4G A;  3U5J A;  4NYX A;  5HRV A;  2R0Y A;  5D3N A;  5DYC A;  2NXB A;  5A5R A;  5EWW A;  4NS5 A;  2L85 A;  2OUO A;  4BW3 A;  4LZR A;  5I88 A;  3LQH A;  4UYF B;  4NRA A;  5ENF A;  4Q0N A;  3QZV A;  1WUM A;  4TTE A;  3U5L A;  3G0J A;  5EK9 A;  3U5N A;  3MUL A;  2KTB B;  4O7F A;  5ENJ A;  5JI8 A;  4HXM A;  4CFL A;  5DYU A;  5AD2 A;  4YAB A;  4YYM A;  5LVR A;  5I7Y A;  5CQ4 A;  3ZYU A;  4A9O A;  5DFC A;  5D3J A;  5IGM A;  4A9E A;  5CQ6 A;  4YK0 A;  5TCM A;  3GG3 A;  2F6N A;  4Q0O A;  4UYH A;  5D25 A;  5A82 A;  3HMH A;  3O36 A;  5FFW A;  3QZS A;  5I29 A;  4HXL A;  2RNW A; 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