2L5EA

Complex between bd1 of brd3 and gata-1 c-tail
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
PLGSEVSNPSKPGRKTNQLQYMQNVVVKTLWKHQFAWPFYQPVDAIKLNLPDYHKIIKNPMDMGTIKKRLENNYYWSASECMQDFNTMFTNCYIYNKPTDDIVLMAQALEKIFLQKVAQMPQEEVEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Nuclear protein/transcription
molecule keywords Bromodomain-containing protein 3
publication title Structural basis and specificity of acetylated transcription factor GATA1 recognition by BET family bromodomain protein Brd3.
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
total genus 40
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-10-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 2l5eA01
5D3TA 5KHMA 2R0SA 4A9HA 5EK9A 2D82A 5EWVA 5HRWA 5EPSA 2N9GA 4NQMA 2NXBA 5A5PA 1EQFA 2DVQA 2H60A 2RO1A 4O77A 5ENCA 4O71A 4A9JA 5L8UA 5KTWA 3MULA 4Z6IA 4MEPA 4QSSA 3S91A 4UIZA 5II1A 4O7CA 4NYWA 3G0JA 2L85A 5II2A 5CZGA 4NUDA 4ALGA 5HJCA 4NR8A 4QUUA 4HBYA 4HXMA 4BW3A 2YEKA 2MJVB 4YATA 5FE9A 5IIDA 5ENGA 5EWWA 3RCWA 5DW1A 4IOQA 5G4RA 2YQDA 3LQHA 4O78A 4ZQLA 2FSAA 5FFYA 3O34A 5FH8A 4MR3A 3U5MA 5F3AA 5DFBA 5I83A 5CU8A 2R10A 5H1TA 5FG5A 3AADA 2YELA 5CUDA 3MB4A 4KV1A 3TLPA 4LR6A 5FE1A 2DVVA 4A9LA 4BW2A 4O7BA 5DLXA 3U5LA 5HM0A 5CQTA 5ENFA 2DATA 5D3RA 5HCLA 5ACYA 5ENHA 2YW5A 5CRZA 5A5SA 4UIXA 5EPRA 3FKMX 5L99A 4UYFB 5CP5A 2GRCA 5LKUA 3DAIA 4J3IA 4PY6A 4XY9A 4QSUA 3UVYA 5F62A 5FFWA 4XYAA 4ZC9A 5C89A 5LVRA 5A5RA 4A9MA 2WP1A 4UYHA 4YADA 5D7XA 4Z1QA 5I86A 4MR4A 5I7YA 3HMHA 3I3JA 4LZ2A 4QSRA 3HMFA 4NUCA 4CFLA 5F2PA 4YY4A 2RFJA 3MUKA 3IU6A 5DFCA 3MXFA 5L98A 4YYJA 4MEQA 5DFDA 4O75A 4A9EA 4QEVA 3P1CA 4YH4A 2F6NA 2I8NA 5HRVA 3UW9A 2E3KA 5EISA 5C8GA 4CURA 5KO4A 3UVDA 4Z93A 2RNYA 3P5OA 4YBMA 4PCEA 2RS9B 4QSQA 3QZTA 3SVHA 5FDZA 5HQ6A 4NS5A 2YEMA 5COIA 5IGMA 5I7XA 4YYHA 3P1EA 4F3IA 5D0CA 3JVLA 4YBTA 4MR5A 5A85A 3U5JA 3UVWA 4A9NA 5FH6A 4UIYA 4QYDA 3Q2EA 2OO1A 4QR4A 1N72A 1WUGA 4LYWA 5A82A 2G4AA 5JWMA 3GG3A 4QR5A 4C66A 4HXPA 5FE8A 2E7NA 2RNXA 5IGLA 2KTBB 3O33A 5BT5A 5A83A 4UIWA 4E96A 5IGNA 4ZW1A 5KU3A 5CUBA 4RVRA 3MB3A 2OUOA 4J1PA 5CTLA 5CQ3A 5EWHA 4O72A 5EA1A 5EPBA 4YYGA 4CLBA 5LKTA 4AKNA 4LRGA 4IOOA 2DVSA 4TQNA 5FB1A 4O76A 5D3JA 5FE2A 3ONIA 4N4FA 3SVGA 5C85A 5ENBA 4BHWA 4UITA 4QB3A 4Z6HA 4XUBA 5CFWA 5KTUA 2R0VA 4UIUA 5DYCA 5G4SA 5FG6A 5CQ4A 5BT4A 4CUPA 5KTXA 4A9OA 4PS5A 4HXKA 2RI7A 4YC9A 4HXRA 3O36A 5F36A 5HFRA 5ETDA 4BJXA 5HQ5A 2RNWA 5CRMA 3UVXA 4XY8A 5EQ1A 2LSPB 3U5KA 4TYLA 5I89A 3JVJA 5EU1A 4WHWA 5CUCA 5IGKA 4CUUA 5EM3A 4TT2A 1JM4B 5DYUA 2DKWA 3S92A 5D3SA 5E9MA 5EWCA 5D3LA 5A5QA 5LJ1A 5CUEA 5IBNA 4YYDA 4MENA 5E73A 4NR5A 5D25A 5EV9A 5D3HA 5ENJA 5F25A 5LVQA 4QC1A 4YY6A 5D24A 4NR4A 4HXNA 4N4IA 4A9FA 5LJ2A 5F61A 4QSXA 4QSTA 4HBVA 5F63A 4TTEA 5AMFA 5A5OA 3MQMA 4YYMA 5CQAA 5A5NA 4TS8A 2I7KA 2F6JA 5FFVA 5DY7A 4YH3A 3QZSA 4O7FA 5F5ZA 1WUMA 4IORA 5E3DA 3SVFA 5DKCA 4NQNA 4YYIA 4O70A 5BT3A 3P1FA 4NRAA 5L96A 4QBMA 4KCXA 2DVRA 2E7OA 5DLZA 5DW2A 5LJ0A 4QZSA 5A81A 4QY4A 4YAXA 4HXOA 5D26A 5E9KA 5HFQA 5FE5A 4TT4A 5A7CA 4TZ8A 5E9VA 5F1LA 3DWYA 2YDWA 4A9IA 5C87A 5ETBA 4YYNA 5I29A 5LKZA 5AD3A 4CUTA 2DWWA 4O74A 2D9EA 4NR7A 4UYEA 5ENIA 4OGIA 4A9KA 5HRXA 4QSPA 5D3PA 5CGPA 5AMEA 4OGJA 3U5PA 4BW1A 4QSWA 5CS8A 4NRBA 4Y03A 5FG4A 4PCIA 5I80A 1X0JA 5LUUA 4LDFA 4QSVA 3O37A 4J0RA 5CQ5A 5EWDA 4Q0OA 5CQ6A 3LQIA 4IR6A 4HXLA 5K29A 3UV4A 4QYLA 3G0LA 5CUAA 5HEMA 5LKXA 4N4GA 4LZSA 4CUQA 5HENA 3U5OA 5CUGA 3P1DA 4IR4A 5TCMA 4WIVA 4BW4A 5C4QA 4NUEA 4LZRA 4TU4A 4TZ2A 5TB6A 5EGUA 4CUSA 4J0SA 3NXBA 2L5EA 1F68A 5CQ8A 5DYAA 4UYDA 4ALHA 5AD2A 3HMEA 5DX4A 5C7NA 4MR6A 4C67A 4O7EA 4PTBA 5HELA 4MEOA 5E9LA 5H1UA 4QUTA 4IR5A 5E0RA 4TT6A 4UYFA 5D3NA 1E6IA 4UYGA 3LXJA 5EICA 4IR3A 4QR3A 4TU6A 5EI4A 3LJWA 5I88A 5ENEA 4HXSA 5FH7A 5FE0A 4CL9A 5CQ7A 2YYNA 3U5NA 4N4HA 2L84A 1ZS5A 4NR9A 5E74A 5E9YA 4FLPA 4QC3A 5DKHA 4QNSA 4YYKA 3K2JA 2OSSA 5HQ7A 5FE4A 4YABA 1JSPB 3AQAA 5E7DA 4PKLA 5HLSA 5I40A 3Q2FA 3D7CA 4UIVA 3UV2A 5FE7A 2WP2A 4NYXA 5L97A 5JI8A 2R0YA 4Z1SA 4YBSA 3LQJA 5EP7A 4HBXA 4QEUA 4O7AA 4NR6A 5FE6A 3QZVA 5L8TA 5DKDA 5FBXA 4GPJA 4QEWA 5J0DA 4LYSA 4NXJA 5F60A 4LYIA 5CPEA 5FE3A 5EVAA 5F1HA 4OUFA 4XUAA 5FB0A 4CFKA 5E9IA 5DYXA 5H85A 5CY9A 4X2IA 4Q0NA 4N3WA 5IG6A 5H1VA 5DBMA 3IU5A 3JVMA 5E3GA 5I1QA 3UV5A 3ZYUA 4LC2A 4HBWA 4NRCA 4NYVA 3O35A 4WHUA 4YK0A 3JVKA 4DONA 4KV4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5D3TA 5KHMA 2R0SA 4A9HA 4AKHA 5EK9A 2D82A 5EWVA 5HRWA 5EPSA 2N9GA 4NQMA 2NXBA 5A5PA 1EQFA 2DVQA 2H60A 2RO1A 4O77A 5ENCA 4O71A 4A9JA 5L8UA 5KTWA 3MULA 4Z6IA 4MEPA 4QSSA 3S91A 4UIZA 5II1A 4O7CA 4NYWA 3G0JA 2L85A 5II2A 5CZGA 4NUDA 4ALGA 5HJCA 4NR8A 4QUUA 4HBYA 4HXMA 4BW3A 2YEKA 2MJVB 4YATA 5FE9A 5IIDA 5ENGA 5EWWA 3RCWA 5DW1A 4IOQA 5G4RA 2YQDA 3LQHA 4O78A 4ZQLA 2FSAA 5FFYA 3O34A 4AKGA 5FH8A 4MR3A 3U5MA 5F3AA 5DFBA 5I83A 5CU8A 2R10A 5H1TA 5FG5A 3AADA 2YELA 5CUDA 3MB4A 4KV1A 3TLPA 4LR6A 5FE1A 2DVVA 4A9LA 4BW2A 4O7BA 5DLXA 3U5LA 5HM0A 5CQTA 5ENFA 2DATA 5D3RA 5HCLA 5ACYA 5ENHA 2YW5A 5CRZA 5A5SA 4UIXA 5EPRA 3FKMX 5L99A 4UYFB 5CP5A 2GRCA 5LKUA 3DAIA 4J3IA 4PY6A 4XY9A 4QSUA 3UVYA 5F62A 5FFWA 4XYAA 4ZC9A 5C89A 5LVRA 5A5RA 4A9MA 2WP1A 3ERRA 4UYHA 4YADA 5D7XA 4Z1QA 5I86A 4MR4A 5I7YA 3HMHA 3I3JA 4LZ2A 4QSRA 3HMFA 4NUCA 4CFLA 5F2PA 4YY4A 2RFJA 3MUKA 3IU6A 5DFCA 3MXFA 5L98A 4YYJA 4MEQA 5DFDA 4O75A 4A9EA 4QEVA 3P1CA 4YH4A 2F6NA 2I8NA 5HRVA 3UW9A 2E3KA 5EISA 5C8GA 4CURA 5KO4A 3UVDA 4Z93A 2RNYA 3P5OA 4YBMA 4PCEA 2RS9B 4QSQA 3QZTA 3SVHA 5FDZA 5HQ6A 4NS5A 2YEMA 5COIA 5IGMA 5I7XA 4YYHA 3P1EA 4F3IA 5D0CA 3JVLA 4YBTA 4MR5A 5A85A 3U5JA 3UVWA 4A9NA 5FH6A 4UIYA 4QYDA 3Q2EA 2OO1A 4QR4A 1N72A 1WUGA 4LYWA 5A82A 2G4AA 5JWMA 3GG3A 4QR5A 4C66A 4HXPA 5FE8A 2E7NA 2RNXA 5IGLA 2KTBB 3O33A 5BT5A 5A83A 4UIWA 4E96A 5IGNA 4ZW1A 5KU3A 5CUBA 4RVRA 3MB3A 2OUOA 4J1PA 5CTLA 5CQ3A 5EWHA 4O72A 5EA1A 5EPBA 4YYGA 4CLBA 5LKTA 4AKNA 4LRGA 4IOOA 2DVSA 4TQNA 5FB1A 4O76A 5D3JA 5FE2A 3ONIA 4N4FA 3SVGA 5C85A 5ENBA 4BHWA 4UITA 4QB3A 4Z6HA 4XUBA 5CFWA 5KTUA 2R0VA 4UIUA 5DYCA 5G4SA 5FG6A 5CQ4A 5BT4A 4CUPA 5KTXA 4A9OA 4PS5A 4HXKA 2RI7A 4YC9A 4HXRA 3O36A 5F36A 5HFRA 5ETDA 4BJXA 5HQ5A 2RNWA 5CRMA 3UVXA 4XY8A 5EQ1A 2LSPB 3U5KA 4TYLA 5I89A 3JVJA 5EU1A 4WHWA 5CUCA 5IGKA 4CUUA 5EM3A 3VKHA 4TT2A 1JM4B 5DYUA 2DKWA 3S92A 5D3SA 5E9MA 5EWCA 5D3LA 5A5QA 5LJ1A 5CUEA 5IBNA 4YYDA 4MENA 5E73A 4NR5A 5D25A 5EV9A 5D3HA 5ENJA 5F25A 5LVQA 4QC1A 4YY6A 5D24A 4NR4A 4HXNA 4N4IA 4A9FA 5LJ2A 5F61A 4QSXA 4QSTA 4HBVA 5F63A 4TTEA 5AMFA 5A5OA 3MQMA 4YYMA 5CQAA 5A5NA 4TS8A 2I7KA 2F6JA 5FFVA 5DY7A 4YH3A 3QZSA 3D1DA 4O7FA 5F5ZA 1WUMA 4IORA 5E3DA 3SVFA 5DKCA 4NQNA 4YYIA 4O70A 1PUOA 5BT3A 3P1FA 4NRAA 5L96A 4QBMA 4KCXA 2DVRA 2E7OA 5DLZA 5DW2A 5LJ0A 4QZSA 5A81A 4QY4A 4YAXA 4HXOA 5D26A 5E9KA 5HFQA 5FE5A 4TT4A 1ZKRA 5A7CA 4TZ8A 5E9VA 5F1LA 3DWYA 2YDWA 4A9IA 5C87A 5ETBA 4YYNA 5I29A 5LKZA 5AD3A 4CUTA 2DWWA 4O74A 2D9EA 4NR7A 4UYEA 5ENIA 3VKGA 4OGIA 4A9KA 5HRXA 4QSPA 5D3PA 5CGPA 5AMEA 4OGJA 3U5PA 4BW1A 4QSWA 5CS8A 4NRBA 4Y03A 5FG4A 4PCIA 5I80A 1X0JA 5LUUA 4LDFA 4QSVA 3O37A 4J0RA 5CQ5A 5EWDA 4Q0OA 5CQ6A 3LQIA 4IR6A 4HXLA 5K29A 3UV4A 4QYLA 3G0LA 5CUAA 5HEMA 5LKXA 4N4GA 4LZSA 4CUQA 5HENA 3U5OA 5CUGA 3P1DA 4IR4A 5TCMA 4WIVA 4BW4A 3D1BA 4AKIA 5C4QA 4NUEA 4LZRA 4TU4A 4TZ2A 5TB6A 5EGUA 4CUSA 4J0SA 3NXBA 2L5EA 1F68A 5CQ8A 5DYAA 4UYDA 4ALHA 5AD2A 3HMEA 5DX4A 5C7NA 4MR6A 4C67A 4O7EA 4PTBA 5HELA 4MEOA 5E9LA 5H1UA 4QUTA 4IR5A 5E0RA 4TT6A 4UYFA 5D3NA 1E6IA 4UYGA 3LXJA 5EICA 4IR3A 4QR3A 4TU6A 5EI4A 3LJWA 5I88A 5ENEA 4HXSA 5FH7A 5FE0A 4CL9A 5CQ7A 2YYNA 3U5NA 4N4HA 2L84A 1ZS5A 4NR9A 5E74A 5E9YA 4FLPA 4QC3A 5DKHA 4QNSA 4YYKA 3K2JA 2OSSA 5HQ7A 5FE4A 4YABA 1JSPB 3AQAA 5E7DA 4PKLA 5HLSA 5I40A 3Q2FA 3D7CA 4UIVA 3UV2A 5FE7A 2WP2A 4NYXA 5L97A 5JI8A 2R0YA 4Z1SA 4YBSA 3LQJA 5EP7A 4HBXA 4QEUA 4O7AA 4NR6A 5FE6A 3QZVA 5L8TA 5DKDA 5FBXA 4GPJA 4QEWA 5J0DA 4LYSA 4NXJA 5F60A 4LYIA 5CPEA 5FE3A 4AI6A 5EVAA 5F1HA 4OUFA 4XUAA 5FB0A 4CFKA 5E9IA 5DYXA 5H85A 5CY9A 4X2IA 4Q0NA 4N3WA 5IG6A 5H1VA 5DBMA 3IU5A 3JVMA 5E3GA 5I1QA 3UV5A 3ZYUA 4LC2A 4HBWA 4NRCA 4NYVA 3O35A 4WHUA 4YK0A 3JVKA 2EJNA 4DONA 4KV4A
chains in the Genus database with same CATH topology
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