2L5EA

Complex between bd1 of brd3 and gata-1 c-tail
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
b'PLGSEVSNPSKPGRKTNQLQYMQNVVVKTLWKHQFAWPFYQPVDAIKLNLPDYHKIIKNPMDMGTIKKRLENNYYWSASECMQDFNTMFTNCYIYNKPTDDIVLMAQALEKIFLQKVAQMPQEEVEL'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural basis and specificity of acetylated transcription factor GATA1 recognition by BET family bromodomain protein Brd3.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bromodomain-containing protein 3
source organism Mus musculus
molecule tags Nuclear protein/transcription
total genus 40
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-10-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 2l5eA01
4Y03A 5DYCA 4YYHA 2N9GA 4YBTA 4XUBA 4YH3A 2RI7A 4Z93A 3JVJA 4HXSA 4QSWA 5CQ6A 3U5PA 5DYUA 5LKZA 4UIWA 3U5JA 4QR4A 4XY8A 4UIVA 5FFYA 5CUDA 4HBVA 4LZRA 4QUTA 5I89A 4Q0NA 5HENA 4QSXA 5HEMA 4TZ2A 4QBMA 1ZS5A 4YYMA 5HLSA 5AD2A 5CUCA 4WIVA 5HQ6A 3U5NA 2DVSA 4HXKA 4KV1A 5LJ2A 2FSAA 4F3IA 4YATA 4N4FA 2F6JA 5D3PA 4QEVA 2E7NA 4O75A 5DY7A 2R0VA 5I83A 5A5QA 5A5RA 3UVYA 4CURA 4CLBA 2RO1A 4NRAA 5IGNA 4O74A 5CY9A 2OSSA 4TS8A 3MXFA 4ZC9A 2L84A 4N4GA 5FFVA 4CUUA 5D26A 4QUUA 4XUAA 4AKNA 5CRMA 5EV9A 4KCXA 4CUTA 4YADA 5E9VA 3G0LA 4QYDA 2RNYA 4NR5A 5LKUA 4QSUA 5E9IA 3O35A 4OGIA 4LC2A 5CQ3A 5FDZA 3AQAA 3HMEA 1X0JA 5CUEA 4UYFA 4LR6A 5FE0A 4CUSA 5IIDA 5LJ1A 5CQAA 5CP5A 4Z1SA 5DLXA 4O7FA 5C4QA 3NXBA 5CU8A 4E96A 2YELA 5DFDA 5H1UA 3P1FA 4HXOA 5HJCA 3O37A 5JI8A 4CFLA 5CQTA 2GRCA 5FE7A 4HBWA 4HXPA 5EWDA 3UV5A 3IU5A 5JWMA 5EICA 5FG6A 5I7YA 4MR4A 5D3LA 5ENFA 5I88A 5EWCA 4UYHA 4CUPA 5AMFA 2RS9B 3DAIA 4WHUA 2RNWA 5D3HA 4Z1QA 5FE8A 4N4HA 3MULA 4YBSA 5L99A 3UVWA 3FKMX 5TB6A 3JVKA 5ENJA 5C7NA 2RFJA 5H85A 4NRCA 4NUDA 5IBNA 4LZ2A 4QSVA 4QSTA 4A9OA 3O33A 3ZYUA 5FE4A 5EISA 4A9EA 5LVQA 4A9FA 5EM3A 2R0YA 2WP1A 3AADA 5FH7A 5LJ0A 3MUKA 5CQ4A 4Q0OA 4A9LA 3U5KA 5ETBA 4QEUA 5A5NA 4IR4A 5CUAA 2DWWA 4BW2A 5K29A 4QR3A 5E9LA 5D7XA 5CQ8A 3LQJA 4YY4A 2MJVB 4MEOA 4HBYA 5D0CA 5FE2A 3HMHA 1WUGA 3O34A 5L96A 5L97A 5ENHA 4O72A 4N4IA 4OGJA 5I7XA 3S92A 5A82A 4IR6A 5COIA 5H1TA 4YH4A 4QZSA 5DW1A 5ENGA 4TT6A 4TU4A 4A9MA 5HELA 4NR7A 5LUUA 3IU6A 5CUBA 4GPJA 5IGKA 4UYGA 2DVQA 5KHMA 3UV2A 5FBXA 3MB4A 5FB1A 4O7AA 5CPEA 5FB0A 4Z6IA 5F63A 2E7OA 4PS5A 4ALGA 5A5SA 2L85A 5DX4A 4MEPA 4IOOA 4BHWA 4BW1A 2DVRA 4YAXA 5CTLA 4C67A 5E9KA 2G4AA 3QZVA 2RNXA 5E74A 3SVGA 3U5OA 4QSPA 2DATA 1N72A 5G4SA 5F1LA 5F25A 5HQ7A 4NR4A 3MQMA 4PTBA 2YDWA 3K2JA 5CGPA 5EPBA 2YEMA 4LYIA 4LYWA 2YW5A 5E3GA 5FE5A 2KTBB 4HXNA 4WHWA 4O77A 5FH6A 5A85A 5FG4A 4TT2A 5EI4A 5I80A 1F68A 4O70A 5F62A 5D25A 4BJXA 3Q2FA 5L8UA 4YY6A 5D3NA 3QZTA 3UW9A 2LSPB 4FLPA 4YYIA 5E0RA 5DKHA 3U5LA 3U5MA 5HQ5A 2D9EA 5FE3A 4UIZA 5LKTA 5EVAA 5E3DA 4LZSA 3UVXA 5F1HA 5EPSA 4X2IA 5EWWA 2L5EA 4QC3A 5II1A 3Q2EA 5E7DA 4HXLA 5F36A 3S91A 5BT5A 5CQ7A 2F6NA 4NXJA 1JSPB 4C66A 5ENCA 5A83A 5CFWA 4NS5A 5ACYA 4BW4A 4NUCA 5F3AA 3P1CA 5KU3A 3DWYA 5I29A 5LVRA 2R10A 4YYJA 3JVMA 3GG3A 5FE1A 4ZW1A 4CFKA 5D3JA 4PKLA 3I3JA 5D3TA 4QEWA 4MR5A 4QSRA 5EU1A 4QC1A 4CUQA 4UIXA 5ETDA 3UV4A 2YQDA 4OUFA 5FH8A 5A81A 4IR5A 5HRVA 5DFBA 1WUMA 5HRWA 2YYNA 4RVRA 4YABA 2R0SA 4PCEA 5L98A 4A9KA 3UVDA 4YYNA 4LYSA 5FE6A 4QR5A 5LKXA 3ONIA 2OUOA 5F2PA 4MENA 4A9JA 4ZQLA 4YBMA 5ENIA 1E6IA 4NR6A 4HXRA 3LXJA 4YYKA 5DYAA 5A5OA 4QYLA 5FFWA 5FE9A 3RCWA 2E3KA 2I8NA 4IOQA 5ENBA 4PCIA 4O7CA 5EK9A 3QZSA 4A9IA 4QSSA 4A9HA 2D82A 5E9YA 4NYXA 4J0SA 5DBMA 4TQNA 5EWVA 4DONA 5CS8A 4YYDA 5I40A 5ENEA 5E9MA 2I7KA 5E73A 3LQIA 5DLZA 3P1DA 5DKDA 5KTUA 5C85A 5L8TA 2YEKA 3MB3A 5HM0A 3LJWA 5C87A 4MR3A 4QY4A 5H1VA 1EQFA 3SVFA 5I1QA 4J0RA 4UIYA 5BT3A 4BW3A 5C8GA 4UITA 5A7CA 4KV4A 5FG5A 5IG6A 4NR9A 2NXBA 3G0JA 3TLPA 3D7CA 5DKCA 5A5PA 4NYVA 4O71A 3LQHA 3HMFA 2OO1A 5F5ZA 5BT4A 4TYLA 5IGLA 4J1PA 5CRZA 5TCMA 4A9NA 4XYAA 4NQNA 4YK0A 5AD3A 5CZGA 4NUEA 4HBXA 4TT4A 5EP7A 4O78A 4LRGA 4TZ8A 4IORA 4O7EA 3P5OA 5KTWA 4MR6A 5KO4A 1JM4B 5CUGA 3SVHA 5D3RA 4NR8A 5HRXA 5CQ5A 5HFRA 5D3SA 4UIUA 5II2A 4CL9A 4UYEA 5D24A 4O76A 4YYGA 4UYDA 4PY6A 5EPRA 4NRBA 2H60A 5J0DA 4O7BA 5HFQA 4NQMA 4LDFA 5DFCA 5EA1A 4TU6A 5DYXA 4TTEA 4HXMA 5C89A 4YC9A 4IR3A 4J3IA 4ALHA 5KTXA 4QB3A 4Z6HA 4QNSA 5G4RA 5F61A 2WP2A 5EGUA 3JVLA 5HCLA 3P1EA 4UYFB 5I86A 2DVVA 2DKWA 4QSQA 5EWHA 5DW2A 3O36A 4N3WA 5EQ1A 4NYWA 5AMEA 4MEQA 4XY9A 5IGMA 5F60A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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