2L5EA

Complex between bd1 of brd3 and gata-1 c-tail
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
PLGSEVSNPSKPGRKTNQLQYMQNVVVKTLWKHQFAWPFYQPVDAIKLNLPDYHKIIKNPMDMGTIKKRLENNYYWSASECMQDFNTMFTNCYIYNKPTDDIVLMAQALEKIFLQKVAQMPQEEVEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Nuclear protein/transcription
source organism Mus musculus
publication title Structural basis and specificity of acetylated transcription factor GATA1 recognition by BET family bromodomain protein Brd3.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bromodomain-containing protein 3
total genus 40
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-10-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 2l5eA01
5E9YA 4CFLA 3P1CA 3SVFA 4YBSA 5ENJA 5EPBA 5A83A 5DYXA 5EWVA 4HBWA 2KTBB 4TU4A 5CRMA 2OSSA 4UIZA 4LYSA 4F3IA 5TCMA 4HXLA 2WP2A 2R0SA 2E7OA 5I86A 2DVVA 4YYMA 4O78A 4Q0OA 5CUBA 5F3AA 5C87A 5EPSA 4WIVA 3U5NA 2RS9B 4BW3A 5CUDA 4NXJA 5C85A 2FSAA 1JM4B 4X2IA 5IGKA 4J0SA 5I1QA 5KTXA 4NQNA 5LJ2A 5H1TA 4NR6A 3IU5A 5CUEA 4TYLA 4TQNA 4QC1A 4TT2A 4LYIA 3G0LA 5H1VA 5HLSA 5EWCA 2RI7A 4NR4A 5LKZA 5JWMA 4NR9A 1WUGA 5D3SA 5ETBA 4UYGA 4ZC9A 4UYDA 4WHWA 5LJ1A 5FE5A 5DX4A 5DY7A 5EV9A 5LVRA 4A9LA 4LDFA 4QZSA 4PTBA 5L97A 5COIA 4HXKA 3K2JA 4O75A 4A9NA 5EQ1A 4CLBA 4N4FA 5IGMA 5KU3A 3P1EA 5FE3A 3AQAA 5CY9A 4IR6A 5D3RA 2OUOA 5A5PA 5EI4A 4BW1A 5DKCA 5FE6A 4A9HA 5CQ7A 4YC9A 5TB6A 2OO1A 5EVAA 4YYJA 4UIXA 5DFCA 4LC2A 3SVGA 2DVSA 5I83A 5E0RA 4PKLA 4YYIA 2G4AA 5ENBA 5CUGA 4J1PA 4TT6A 5A5QA 5ENHA 3MB4A 4HXOA 5CQ6A 4MEQA 3U5JA 4ALGA 2DVRA 5F36A 5DYCA 5H1UA 4KCXA 4HXRA 3D7CA 3S91A 5CQ4A 4O7AA 5DFDA 5FBXA 5IGLA 3UV5A 4Y03A 5II2A 2R0YA 4UIWA 5FH7A 3UVDA 2WP1A 5DFBA 4TT4A 4J3IA 4QB3A 2RNYA 4OGJA 5L8TA 4Z93A 5DW1A 3U5LA 5DW2A 2L85A 4QSTA 4YYNA 5D3HA 5L8UA 5FFYA 4HXSA 5D3PA 4LRGA 4O71A 4A9JA 5CUCA 4IR4A 4J0RA 5FG4A 4PCEA 3P5OA 5E73A 5EPRA 5C8GA 2E7NA 2DKWA 5EWWA 5F61A 4QR5A 4NRAA 3MQMA 5F60A 5CP5A 5CS8A 5EICA 2R0VA 3TLPA 5HQ7A 4N4GA 4NR8A 4XUBA 5D3NA 3HMHA 4HXNA 4QR3A 5EP7A 5LUUA 5CPEA 3MUKA 4OUFA 4YATA 5DLZA 4O7CA 3Q2EA 4QC3A 3UV4A 4PY6A 2YEMA 4DONA 5HRVA 4Z6HA 3U5MA 5CQ3A 4UIVA 4C67A 4MR4A 3UW9A 5CRZA 4UYFA 4ZQLA 4O7EA 5JI8A 5CQ5A 2N9GA 4YADA 2R10A 5CZGA 4O70A 4YK0A 4UYHA 4HBVA 5DLXA 4QSVA 4A9KA 5EWHA 4MR6A 4XYAA 5F1HA 4TZ2A 5AMEA 4NS5A 5G4SA 1WUMA 3LJWA 4C66A 2NXBA 2GRCA 5FE1A 4QNSA 4QSRA 3GG3A 4LR6A 5HELA 4A9OA 5DKDA 5I80A 3Q2FA 5CU8A 5ETDA 3I3JA 2D82A 4QYLA 3DWYA 5EU1A 5EISA 4OGIA 5A82A 5BT4A 4TS8A 5LKXA 4IR5A 5KTUA 4YBMA 4YYDA 4HXPA 3DAIA 5CQTA 4IOQA 5HM0A 5HEMA 5D3TA 5EM3A 5I88A 5HJCA 5H85A 5E3GA 3UVXA 5A85A 3IU6A 2RFJA 4XY8A 4QEUA 4YY4A 5LVQA 3UVWA 5CFWA 5ACYA 5HENA 5L99A 5FFVA 5FH8A 4A9IA 5D3JA 5LKUA 3U5PA 3UVYA 4IOOA 4HBXA 3O35A 2YEKA 3HMEA 4O7BA 4GPJA 3MXFA 4QUUA 5EA1A 4QSUA 4UYFB 4MEOA 4LYWA 4PCIA 2YELA 3ONIA 4A9MA 4CUSA 5D0CA 4NQMA 5I89A 5AD3A 3P1FA 5FFWA 4UIYA 3RCWA 5A7CA 5ENEA 5IBNA 5F2PA 4ALHA 4Z1QA 5E9VA 5HCLA 5ENGA 4YYKA 5HFRA 5G4RA 5CQ8A 4Z1SA 4QR4A 4KV4A 5D7XA 5C4QA 5D24A 4QY4A 5D3LA 5A81A 3O36A 4XUAA 5HQ5A 4HBYA 3JVMA 4FLPA 5F5ZA 2F6NA 4TZ8A 1F68A 4NRCA 4CURA 4NUDA 5II1A 3O34A 4YABA 4MENA 3G0JA 4HXMA 2L5EA 5DKHA 4NUEA 4CUUA 5LJ0A 4IR3A 5HRXA 4Q0NA 4QSQA 5ENCA 2DVQA 2RO1A 5A5NA 2D9EA 4QSXA 4QUTA 5FG5A 4QYDA 4LZRA 3LQIA 2DWWA 3U5OA 4N4IA 2I7KA 5C7NA 3U5KA 5ENFA 5AD2A 4QSWA 5E9KA 5F25A 4QEWA 5IG6A 4BW2A 4NR5A 4LZSA 4PS5A 4N3WA 4TTEA 4YYGA 2YQDA 4QSSA 4AKNA 4CUPA 4E96A 5FE8A 5D26A 4MEPA 3LXJA 5HRWA 4MR5A 5EWDA 1N72A 5HFQA 5KHMA 5ENIA 5E7DA 2H60A 5BT5A 4NYXA 4XY9A 4BJXA 4UIUA 5BT3A 1ZS5A 5F62A 5D25A 1X0JA 4KV1A 4TU6A 4NUCA 5J0DA 3QZSA 3MULA 5A5SA 5I7XA 3S92A 2YW5A 3O33A 4IORA 5E9MA 5CUAA 5F1LA 3MB3A 5A5OA 4O76A 3O37A 2LSPB 5CGPA 4A9EA 5DYUA 1JSPB 4BHWA 3QZVA 5FE9A 3FKMX 3AADA 3JVJA 4O77A 4RVRA 2I8NA 4MR3A 2F6JA 5IIDA 5HQ6A 3UV2A 4QSPA 4Z6IA 2MJVB 2YDWA 4QEVA 4YH4A 4CUQA 5I7YA 4YYHA 5E74A 5FE4A 4NYWA 4CUTA 2YYNA 5CTLA 5A5RA 4O72A 2RNXA 4CFKA 4YAXA 4LZ2A 5FB1A 5FDZA 4UYEA 4A9FA 4YBTA 3P1DA 5DYAA 5FE0A 3LQHA 3ZYUA 5FB0A 5I29A 4NYVA 5EK9A 2E3KA 4WHUA 5AMFA 2DATA 4YY6A 5C89A 5L96A 3JVKA 4O7FA 5I40A 5FE7A 3HMFA 5E3DA 5KTWA 1E6IA 4NR7A 5FE2A 5K29A 5DBMA 5F63A 2L84A 3JVLA 5L98A 5FG6A 4CL9A 3QZTA 4BW4A 5EGUA 5IGNA 3LQJA 4N4HA 1EQFA 4O74A 3SVHA 4NRBA 4QBMA 4UITA 5FH6A 5E9IA 3NXBA 4YH3A 5LKTA 2RNWA 5CQAA 5E9LA 4ZW1A 5KO4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5E9YA 4CFLA 3P1CA 3SVFA 4YBSA 5ENJA 5EPBA 5A83A 5DYXA 5EWVA 4HBWA 2KTBB 4TU4A 5CRMA 2OSSA 4UIZA 4LYSA 4F3IA 5TCMA 4HXLA 2WP2A 2R0SA 2E7OA 5I86A 2DVVA 4YYMA 4O78A 4Q0OA 5CUBA 5F3AA 5C87A 5EPSA 4WIVA 3U5NA 2RS9B 4BW3A 5CUDA 4NXJA 5C85A 2FSAA 1JM4B 4X2IA 3D1DA 5IGKA 4J0SA 5I1QA 5KTXA 4NQNA 5LJ2A 5H1TA 4NR6A 3IU5A 5CUEA 4TYLA 4TQNA 4QC1A 4TT2A 4AKHA 4LYIA 3G0LA 5H1VA 5HLSA 5EWCA 2RI7A 4NR4A 5LKZA 5JWMA 4NR9A 1WUGA 5D3SA 5ETBA 4UYGA 4ZC9A 4UYDA 4WHWA 5LJ1A 5FE5A 5DX4A 5DY7A 5EV9A 5LVRA 4A9LA 4LDFA 4QZSA 4PTBA 5L97A 5COIA 4HXKA 3K2JA 4O75A 4A9NA 5EQ1A 4CLBA 4N4FA 5IGMA 5KU3A 3P1EA 5FE3A 3AQAA 5CY9A 4IR6A 5D3RA 2OUOA 5A5PA 5EI4A 4BW1A 5DKCA 5FE6A 4A9HA 5CQ7A 4YC9A 5TB6A 2OO1A 5EVAA 4YYJA 4UIXA 5DFCA 4LC2A 3SVGA 2DVSA 5I83A 5E0RA 4PKLA 4YYIA 2G4AA 5ENBA 5CUGA 4J1PA 4TT6A 5A5QA 5ENHA 3MB4A 4HXOA 5CQ6A 4MEQA 3U5JA 4ALGA 2DVRA 5F36A 5DYCA 5H1UA 4KCXA 4HXRA 3D7CA 3S91A 5CQ4A 4O7AA 5DFDA 5FBXA 5IGLA 3UV5A 4Y03A 5II2A 2R0YA 4UIWA 5FH7A 3UVDA 2WP1A 5DFBA 4TT4A 4J3IA 4QB3A 2RNYA 4OGJA 5L8TA 4Z93A 5DW1A 3U5LA 5DW2A 2L85A 4QSTA 4YYNA 5D3HA 5L8UA 5FFYA 4HXSA 5D3PA 4LRGA 4O71A 4A9JA 5CUCA 4IR4A 4J0RA 3VKHA 5FG4A 4PCEA 3P5OA 5E73A 5EPRA 5C8GA 2E7NA 2DKWA 5EWWA 5F61A 4QR5A 4NRAA 3MQMA 5F60A 5CP5A 5CS8A 5EICA 2R0VA 3TLPA 5HQ7A 4N4GA 4NR8A 4XUBA 5D3NA 3HMHA 4HXNA 4QR3A 5EP7A 5LUUA 5CPEA 3MUKA 4OUFA 4YATA 2EJNA 5DLZA 4O7CA 3Q2EA 4QC3A 3UV4A 4PY6A 2YEMA 4DONA 5HRVA 4Z6HA 3U5MA 5CQ3A 4UIVA 4C67A 4MR4A 3UW9A 5CRZA 4UYFA 4ZQLA 4O7EA 5JI8A 5CQ5A 2N9GA 4YADA 2R10A 5CZGA 4O70A 4YK0A 4UYHA 4HBVA 5DLXA 4QSVA 4A9KA 5EWHA 4MR6A 4XYAA 5F1HA 4TZ2A 5AMEA 4NS5A 5G4SA 1WUMA 3LJWA 4C66A 2NXBA 2GRCA 5FE1A 4QNSA 4QSRA 3GG3A 4LR6A 5HELA 4A9OA 5DKDA 5I80A 3Q2FA 5CU8A 5ETDA 3I3JA 2D82A 4QYLA 3DWYA 5EU1A 5EISA 1ZKRA 4OGIA 5A82A 5BT4A 4TS8A 5LKXA 4IR5A 5KTUA 4YBMA 4YYDA 4HXPA 3DAIA 5CQTA 4IOQA 5HM0A 5HEMA 5D3TA 5EM3A 3ERRA 5I88A 5HJCA 5H85A 5E3GA 3UVXA 5A85A 3IU6A 2RFJA 4XY8A 4QEUA 4YY4A 5LVQA 3UVWA 5CFWA 5ACYA 5HENA 4AKGA 5L99A 5FFVA 5FH8A 4A9IA 5D3JA 5LKUA 3U5PA 3UVYA 4IOOA 4HBXA 3O35A 2YEKA 3HMEA 4O7BA 4GPJA 3MXFA 4QUUA 5EA1A 4QSUA 4UYFB 4MEOA 4LYWA 4PCIA 2YELA 3ONIA 4A9MA 4CUSA 5D0CA 4NQMA 5I89A 5AD3A 3P1FA 5FFWA 4UIYA 3RCWA 3D1BA 5A7CA 5ENEA 5IBNA 5F2PA 4ALHA 4Z1QA 5E9VA 1PUOA 5HCLA 5ENGA 4YYKA 5HFRA 5G4RA 5CQ8A 4Z1SA 4QR4A 4KV4A 5D7XA 5C4QA 5D24A 4QY4A 5D3LA 5A81A 3O36A 4XUAA 5HQ5A 4HBYA 3JVMA 4FLPA 5F5ZA 2F6NA 4TZ8A 1F68A 4NRCA 4CURA 4NUDA 5II1A 3O34A 4YABA 4MENA 3G0JA 4HXMA 2L5EA 5DKHA 4NUEA 4CUUA 5LJ0A 4IR3A 5HRXA 4Q0NA 4QSQA 5ENCA 2DVQA 2RO1A 5A5NA 2D9EA 4QSXA 4QUTA 5FG5A 4QYDA 4LZRA 3LQIA 2DWWA 3U5OA 4N4IA 2I7KA 5C7NA 3U5KA 5ENFA 5AD2A 4QSWA 5E9KA 5F25A 4QEWA 5IG6A 4BW2A 4NR5A 4LZSA 4PS5A 4N3WA 4TTEA 4YYGA 2YQDA 4QSSA 4AKNA 4CUPA 4E96A 5FE8A 5D26A 4MEPA 3LXJA 5HRWA 4MR5A 5EWDA 1N72A 5HFQA 5KHMA 5ENIA 5E7DA 2H60A 5BT5A 4NYXA 4XY9A 4BJXA 4UIUA 5BT3A 1ZS5A 5F62A 5D25A 1X0JA 4KV1A 4TU6A 4NUCA 5J0DA 3QZSA 3MULA 5A5SA 5I7XA 3S92A 2YW5A 4AI6A 3O33A 4IORA 5E9MA 5CUAA 5F1LA 3MB3A 5A5OA 4O76A 3O37A 2LSPB 5CGPA 4A9EA 5DYUA 1JSPB 4BHWA 3QZVA 5FE9A 3FKMX 3AADA 3JVJA 4O77A 4RVRA 2I8NA 4MR3A 2F6JA 5IIDA 5HQ6A 3UV2A 4QSPA 4Z6IA 2MJVB 2YDWA 4QEVA 4YH4A 4CUQA 5I7YA 4YYHA 5E74A 5FE4A 4NYWA 4CUTA 2YYNA 5CTLA 5A5RA 4O72A 2RNXA 4CFKA 4YAXA 4LZ2A 5FB1A 5FDZA 4UYEA 4A9FA 4YBTA 3P1DA 5DYAA 5FE0A 3LQHA 3ZYUA 5FB0A 3VKGA 5I29A 4NYVA 5EK9A 2E3KA 4WHUA 5AMFA 2DATA 4YY6A 5C89A 5L96A 3JVKA 4O7FA 5I40A 5FE7A 3HMFA 5E3DA 5KTWA 1E6IA 4NR7A 5FE2A 5K29A 5DBMA 5F63A 2L84A 3JVLA 5L98A 5FG6A 4CL9A 3QZTA 4BW4A 5EGUA 5IGNA 3LQJA 4N4HA 1EQFA 4O74A 3SVHA 4NRBA 4QBMA 4UITA 5FH6A 5E9IA 4AKIA 3NXBA 4YH3A 5LKTA 2RNWA 5CQAA 5E9LA 4ZW1A 5KO4A
chains in the Genus database with same CATH topology
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