4O70A

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with dinaciclib
Total Genus 39
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
39
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
b'SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title Acetyl-lysine Binding Site of Bromodomain-Containing Protein 4 (BRD4) Interacts with Diverse Kinase Inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Transcription/inhibitor
total genus 39
structure length 127
sequence length 127
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-12-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4o70A01
4LZ2A 4QSWA 5F3AA 5IGMA 2DVQA 4YATA 4N4GA 5FFVA 4QSXA 4XUBA 5FB1A 5HRWA 2DVVA 5DW2A 5FE2A 5DFDA 3QZSA 5I86A 4KV4A 3U5LA 2RNXA 5DLXA 4QBMA 5D3PA 5CPEA 5DYAA 4QSUA 5F1LA 5TB6A 2E7OA 4QSQA 4CL9A 4QR5A 4TT4A 4N4FA 4UYFB 4OGJA 3P1DA 4Z6HA 5FH8A 4J1PA 5LVQA 4FLPA 5D3NA 5FE6A 5G4RA 5HRXA 4HBXA 5D26A 5HQ6A 4HXPA 4HBYA 4HBVA 4CUTA 4WIVA 5CY9A 5LKXA 5L8TA 5L98A 4BW4A 4LDFA 4AKNA 2YDWA 5D25A 4QSRA 4QR4A 4TS8A 4UYEA 3UVXA 5IG6A 4QUUA 5BT4A 5EQ1A 2R0SA 5EWCA 4YC9A 5ENGA 3MUKA 4GPJA 3HMFA 4PCEA 5I89A 5IBNA 5L96A 5DFBA 4TQNA 5KTWA 5H1UA 3U5JA 5A7CA 4F3IA 4YY6A 4YYGA 4CFKA 5I29A 5FBXA 3P1EA 5FE5A 4LYIA 3SVFA 3UVWA 5CQ6A 3U5PA 4QEVA 5HEMA 3GG3A 1F68A 2YELA 3P5OA 2WP1A 5HFQA 5AD3A 5H1TA 4ALGA 1JSPB 5EISA 4XY8A 2YEKA 4NXJA 4BHWA 5LJ2A 2L85A 5C4QA 4A9JA 5A5OA 4WHWA 4O7EA 5E9MA 2R0YA 2RO1A 5HLSA 4LC2A 5CU8A 5ENJA 5H1VA 3ZYUA 4A9NA 4N4HA 4NR4A 5DYXA 5CZGA 4BJXA 4XYAA 4YYKA 4NRBA 1WUGA 4QSVA 5HELA 4HXRA 3SVGA 4CLBA 3K2JA 4MEPA 5AD2A 5CGPA 4UYDA 4BW3A 5L97A 4NR9A 5HQ7A 2GRCA 5HJCA 5CUGA 5DKHA 5CS8A 4YYMA 3ONIA 3MQMA 2LSPB 2NXBA 5CRZA 4O74A 5F25A 4HXLA 4Z6IA 4YABA 5A5NA 5HFRA 4HXMA 4NRAA 4Q0NA 5EU1A 5A81A 5COIA 5E9VA 4RVRA 5ETDA 2KTBB 3AADA 5A5PA 5FE3A 4C66A 4MR4A 3MB4A 4NR7A 4UYFA 5D24A 4OUFA 1EQFA 4C67A 4QNSA 4IR5A 5ENIA 5CQTA 4YYNA 3U5OA 5FH6A 4ALHA 4CFLA 5HENA 5DFCA 3AQAA 2L5EA 5HCLA 5D3JA 5L99A 4LYWA 3SVHA 4QR3A 5D3TA 5EM3A 4Z1SA 4LYSA 5CRMA 3O36A 3IU6A 4PKLA 5EA1A 5CFWA 5IGKA 5FDZA 4NR5A 4NYXA 4O7AA 4ZW1A 5FFYA 5D3HA 5A5RA 5BT5A 4IORA 5EP7A 4A9EA 3TLPA 5KO4A 3LQIA 4TT2A 5D3RA 3HMEA 5CQ3A 4TYLA 4IR6A 2DWWA 3G0LA 4UIUA 4YH3A 4BW2A 4NRCA 5ENFA 4HXKA 5CUCA 4YYIA 3UVYA 4QYLA 3DAIA 2RNYA 2YQDA 3I3JA 3MB3A 5F61A 3RCWA 5C89A 4PCIA 4HXSA 4YBSA 4N3WA 5E3GA 4TU6A 4O77A 4TTEA 4HBWA 5ENBA 4UIZA 5DKCA 4PS5A 5FG5A 5CUAA 4QUTA 5EV9A 4N4IA 4NQMA 4QEWA 4Y03A 5CQ8A 3JVJA 5EGUA 5I7XA 3O35A 4NYVA 4MEOA 4TZ8A 5FE8A 4CUUA 4UYHA 5C87A 3P1CA 5DYUA 4LZRA 3G0JA 1WUMA 3LQHA 4YYJA 4QC3A 5ACYA 4QY4A 3U5NA 5FE4A 3UV5A 5DKDA 4DONA 4A9LA 3UV4A 5A82A 3QZVA 5I88A 4NUDA 2RFJA 2F6NA 4O78A 2L84A 4LRGA 5DYCA 5KTUA 4O76A 5EPBA 4YYDA 3LXJA 4NUCA 2E7NA 3UW9A 1X0JA 2WP2A 2DKWA 5C85A 5E73A 3MXFA 5E0RA 5D7XA 5FFWA 5EICA 5LJ0A 2E3KA 5EWVA 5DX4A 3IU5A 4CUSA 4KCXA 5KTXA 5E74A 5FE9A 5L8UA 5D3LA 5D3SA 4E96A 5CQ7A 5ENCA 3UV2A 5CUEA 5KU3A 4PTBA 5CTLA 5FB0A 5I83A 3LJWA 5E9KA 3JVMA 5A83A 2DVRA 4WHUA 4UIWA 4A9OA 2YW5A 3DWYA 4MEQA 3Q2FA 4IR3A 5DBMA 2RI7A 4YK0A 4MR3A 3U5MA 2F6JA 3HMHA 3U5KA 5FE0A 5CUDA 4HXOA 5C7NA 2OO1A 4YYHA 3LQJA 4A9HA 1ZS5A 5G4SA 4Q0OA 5AMEA 5HM0A 4J0SA 4A9IA 5I7YA 4QSPA 5J0DA 2I8NA 4TT6A 4YAXA 5FE7A 4NR8A 4J3IA 4CURA 5FG4A 4OGIA 5DLZA 2RNWA 4KV1A 4Z93A 5EWDA 5F62A 5H85A 5F1HA 4QC1A 5D0CA 2G4AA 4O7CA 2RS9B 3QZTA 4TZ2A 5EI4A 5A5QA 5F60A 5I40A 4O71A 2DATA 5CP5A 5KHMA 3S92A 4YY4A 4IOOA 3MULA 4UYGA 5HRVA 3D7CA 5IGLA 4YBTA 4YBMA 1N72A 4ZC9A 5IGNA 4X2IA 3Q2EA 2YYNA 4HXNA 4NR6A 4BW1A 5LUUA 4YH4A 5LKTA 5FE1A 5BT3A 3FKMX 4NYWA 2D82A 4A9FA 3JVKA 3JVLA 4QZSA 5ENEA 4Z1QA 4MENA 4NUEA 5K29A 5EPSA 5E3DA 5E9IA 3O37A 5II1A 5C8GA 2H60A 1E6IA 5LJ1A 5A5SA 4O72A 3P1FA 2R0VA 4NQNA 4MR5A 4NS5A 5F2PA 5LVRA 5CQ4A 4XY9A 5ETBA 4UIYA 3O33A 5I80A 4UIXA 4ZQLA 5EWWA 5TCMA 5HQ5A 5FG6A 4QSTA 3S91A 4XUAA 4TU4A 4IR4A 4UIVA 4O70A 5E9YA 2I7KA 4QB3A 5CQAA 2OSSA 3NXBA 4A9KA 4A9MA 5EWHA 5DW1A 5LKZA 4O7BA 5EPRA 4PY6A 5F63A 2D9EA 5II2A 4J0RA 2R10A 3O34A 5FH7A 2OUOA 5E9LA 4QEUA 2YEMA 5E7DA 2FSAA 5AMFA 5CUBA 2MJVB 5LKUA 4QSSA 5F36A 2N9GA 4UITA 4YADA 5CQ5A 4IOQA 5F5ZA 5JI8A 5EVAA 5IIDA 5DY7A 5A85A 4CUQA 1JM4B 4LZSA 5JWMA 4LR6A 2DVSA 4QYDA 5EK9A 4MR6A 4CUPA 5ENHA 3UVDA 4O75A 5I1QA 4O7FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LZ2A 4QSWA 5F3AA 5IGMA 2DVQA 4YATA 4N4GA 5FFVA 4QSXA 4XUBA 5FB1A 5HRWA 2DVVA 5DW2A 5FE2A 5DFDA 3QZSA 5I86A 4AI6A 4KV4A 3U5LA 2RNXA 5DLXA 4QBMA 5D3PA 5CPEA 5DYAA 4QSUA 5F1LA 5TB6A 2E7OA 4QSQA 4CL9A 4QR5A 4TT4A 4N4FA 4UYFB 4OGJA 3P1DA 4Z6HA 5FH8A 4J1PA 5LVQA 4FLPA 5D3NA 5FE6A 5G4RA 5HRXA 4HBXA 5D26A 5HQ6A 4HXPA 4HBYA 4HBVA 4CUTA 4WIVA 5CY9A 5LKXA 5L8TA 5L98A 4BW4A 4LDFA 4AKNA 2YDWA 5D25A 4QSRA 4QR4A 4TS8A 4UYEA 3UVXA 5IG6A 4QUUA 5BT4A 5EQ1A 2R0SA 5EWCA 4YC9A 5ENGA 3MUKA 4GPJA 3HMFA 4PCEA 5I89A 5IBNA 5L96A 5DFBA 4TQNA 5KTWA 5H1UA 3U5JA 5A7CA 4F3IA 4YY6A 4YYGA 4CFKA 5I29A 5FBXA 3P1EA 5FE5A 4LYIA 3SVFA 3UVWA 5CQ6A 3U5PA 4QEVA 5HEMA 3GG3A 1F68A 2YELA 3P5OA 2WP1A 5HFQA 5AD3A 5H1TA 4ALGA 1JSPB 5EISA 4XY8A 2YEKA 3ERRA 4NXJA 4BHWA 5LJ2A 2L85A 5C4QA 4A9JA 5A5OA 4WHWA 4O7EA 5E9MA 2R0YA 2RO1A 5HLSA 4LC2A 5CU8A 5ENJA 5H1VA 3ZYUA 4A9NA 4N4HA 4NR4A 5DYXA 5CZGA 4BJXA 4XYAA 4YYKA 4NRBA 1WUGA 4QSVA 5HELA 4HXRA 3SVGA 4CLBA 3K2JA 4MEPA 5AD2A 5CGPA 4UYDA 4BW3A 5L97A 4NR9A 5HQ7A 2GRCA 5HJCA 5CUGA 5DKHA 5CS8A 4YYMA 3ONIA 3MQMA 2LSPB 2NXBA 5CRZA 4O74A 5F25A 4HXLA 4Z6IA 4YABA 5A5NA 5HFRA 4HXMA 4NRAA 4Q0NA 5EU1A 5A81A 5COIA 5E9VA 4RVRA 5ETDA 2KTBB 3AADA 5A5PA 5FE3A 4C66A 4MR4A 3MB4A 4NR7A 4UYFA 5D24A 4OUFA 1EQFA 4C67A 4QNSA 4IR5A 5ENIA 5CQTA 4YYNA 3U5OA 5FH6A 4ALHA 4CFLA 5HENA 5DFCA 3AQAA 2L5EA 5HCLA 5D3JA 5L99A 2EJNA 4LYWA 3SVHA 4QR3A 5D3TA 5EM3A 4Z1SA 4LYSA 5CRMA 3O36A 3IU6A 4PKLA 5EA1A 5CFWA 5IGKA 5FDZA 4NR5A 4NYXA 4O7AA 4ZW1A 5FFYA 5D3HA 5A5RA 5BT5A 4IORA 5EP7A 4A9EA 3TLPA 5KO4A 3LQIA 4TT2A 5D3RA 3HMEA 5CQ3A 4TYLA 4IR6A 2DWWA 3G0LA 4UIUA 4YH3A 4BW2A 4NRCA 5ENFA 4HXKA 5CUCA 4YYIA 3UVYA 4QYLA 3DAIA 2RNYA 2YQDA 3I3JA 3MB3A 5F61A 3RCWA 5C89A 4PCIA 4HXSA 4YBSA 4N3WA 5E3GA 4TU6A 4O77A 4TTEA 4HBWA 5ENBA 4UIZA 5DKCA 4PS5A 5FG5A 5CUAA 4QUTA 5EV9A 4N4IA 4NQMA 4QEWA 4Y03A 5CQ8A 3JVJA 5EGUA 5I7XA 3O35A 4NYVA 4MEOA 4TZ8A 5FE8A 4CUUA 4UYHA 5C87A 3P1CA 5DYUA 4LZRA 3G0JA 1WUMA 3LQHA 4YYJA 4QC3A 5ACYA 4QY4A 3U5NA 5FE4A 3UV5A 5DKDA 4DONA 4A9LA 3UV4A 5A82A 3QZVA 5I88A 4NUDA 2RFJA 2F6NA 4O78A 2L84A 4LRGA 5DYCA 5KTUA 4AKIA 4O76A 5EPBA 4YYDA 3LXJA 4NUCA 2E7NA 3UW9A 1X0JA 2WP2A 2DKWA 5C85A 5E73A 3MXFA 5E0RA 5D7XA 5FFWA 5EICA 5LJ0A 2E3KA 5EWVA 5DX4A 3IU5A 4CUSA 4KCXA 5KTXA 3D1BA 5E74A 5FE9A 5L8UA 5D3LA 5D3SA 4E96A 5CQ7A 5ENCA 3UV2A 5CUEA 5KU3A 4PTBA 5CTLA 5FB0A 5I83A 3LJWA 5E9KA 3JVMA 5A83A 2DVRA 4WHUA 4AKHA 4UIWA 4A9OA 2YW5A 3DWYA 4MEQA 3Q2FA 4IR3A 5DBMA 2RI7A 4YK0A 4MR3A 3U5MA 2F6JA 3HMHA 3U5KA 5FE0A 5CUDA 4HXOA 5C7NA 2OO1A 4YYHA 3LQJA 4A9HA 1ZS5A 5G4SA 4Q0OA 5AMEA 5HM0A 4J0SA 4A9IA 5I7YA 4QSPA 5J0DA 2I8NA 4TT6A 4YAXA 5FE7A 4NR8A 4J3IA 4CURA 5FG4A 3VKHA 4OGIA 5DLZA 2RNWA 4KV1A 4Z93A 5EWDA 5F62A 5H85A 5F1HA 4QC1A 5D0CA 2G4AA 4O7CA 2RS9B 3QZTA 4TZ2A 5EI4A 5A5QA 5F60A 5I40A 4O71A 2DATA 5CP5A 5KHMA 3S92A 4YY4A 4IOOA 3MULA 4UYGA 5HRVA 3D7CA 5IGLA 4YBTA 4YBMA 1N72A 4ZC9A 5IGNA 4X2IA 3Q2EA 2YYNA 4HXNA 4NR6A 4BW1A 5LUUA 4YH4A 5LKTA 5FE1A 5BT3A 3FKMX 4NYWA 2D82A 4A9FA 3JVKA 3JVLA 4QZSA 5ENEA 4Z1QA 4MENA 4NUEA 5K29A 5EPSA 5E3DA 5E9IA 3O37A 5II1A 5C8GA 2H60A 1ZKRA 1E6IA 5LJ1A 5A5SA 4O72A 3P1FA 2R0VA 4NQNA 4MR5A 4NS5A 5F2PA 5LVRA 5CQ4A 4XY9A 5ETBA 4UIYA 3O33A 5I80A 4UIXA 4ZQLA 5EWWA 5TCMA 5HQ5A 5FG6A 4QSTA 3S91A 4XUAA 1PUOA 4TU4A 4IR4A 4UIVA 4O70A 5E9YA 2I7KA 3D1DA 4QB3A 5CQAA 2OSSA 3NXBA 4A9KA 4A9MA 5EWHA 5DW1A 5LKZA 4O7BA 5EPRA 3VKGA 4PY6A 5F63A 2D9EA 5II2A 4J0RA 2R10A 3O34A 5FH7A 2OUOA 5E9LA 4QEUA 2YEMA 5E7DA 2FSAA 5AMFA 5CUBA 2MJVB 5LKUA 4QSSA 5F36A 2N9GA 4UITA 4AKGA 4YADA 5CQ5A 4IOQA 5F5ZA 5JI8A 5EVAA 5IIDA 5DY7A 5A85A 4CUQA 1JM4B 4LZSA 5JWMA 4LR6A 2DVSA 4QYDA 5EK9A 4MR6A 4CUPA 5ENHA 3UVDA 4O75A 5I1QA 4O7FA
chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4LZ2 A;  4QSW A;  5F3A A;  5IGM A;  2DVQ A;  4YAT A;  4N4G A;  5FFV A;  4QSX A;  4XUB A;  5FB1 A;  5HRW A;  2DVV A;  5DW2 A;  5FE2 A;  5DFD A;  3QZS A;  5I86 A;  4KV4 A;  3U5L A;  2RNX A;  5DLX A;  4QBM A;  5D3P A;  5CPE A;  5DYA A;  4QSU A;  5F1L A;  5TB6 A;  2E7O A;  4QSQ A;  4CL9 A;  4QR5 A;  4TT4 A;  4N4F A;  4UYF B;  4OGJ A;  3P1D A;  4Z6H A;  5FH8 A;  4J1P A;  5LVQ A;  4FLP A;  5D3N A;  5FE6 A;  5G4R A;  5HRX A;  4HBX A;  5D26 A;  5HQ6 A;  4HXP A;  4HBY A;  4HBV A;  4CUT A;  4WIV A;  5CY9 A;  5LKX A;  5L8T A;  5L98 A;  4BW4 A;  4LDF A;  4AKN A;  2YDW A;  5D25 A;  4QSR A;  4QR4 A;  4TS8 A;  4UYE A;  3UVX A;  5IG6 A;  4QUU A;  5BT4 A;  5EQ1 A;  2R0S A;  5EWC A;  4YC9 A;  5ENG A;  3MUK A;  4GPJ A;  3HMF A;  4PCE A;  5I89 A;  5IBN A;  5L96 A;  5DFB A;  4TQN A;  5KTW A;  5H1U A;  3U5J A;  5A7C A;  4F3I A;  4YY6 A;  4YYG A;  4CFK A;  5I29 A;  5FBX A;  3P1E A;  5FE5 A;  4LYI A;  3SVF A;  3UVW A;  5CQ6 A;  3U5P A;  4QEV A;  5HEM A;  3GG3 A;  1F68 A;  2YEL A;  3P5O A;  2WP1 A;  5HFQ A;  5AD3 A; 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