5F5ZA

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with ma2-014
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title Potent Dual BET Bromodomain-Kinase Inhibitors as Value-Added Multitargeted Chemical Probes and Cancer Therapeutics.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Transcription/transcription inhibitor
total genus 40
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5f5zA01
5E9IA 5I83A 4NR4A 4OUFA 5D3SA 5E0RA 4X2IA 5FE8A 4NR7A 5A5SA 3U5NA 5BT5A 4NYXA 5D3RA 4KCXA 5EWWA 5CQ5A 5F2PA 4E96A 4UIVA 4WHWA 5FE2A 5EVAA 4QSUA 4HXNA 2F6NA 4IR4A 5E9KA 5CZGA 4IOQA 5C87A 5EWDA 5D3HA 5FE4A 4HBVA 4MR4A 4BW1A 4YYNA 5FFVA 1F68A 1EQFA 3LXJA 4OGIA 5E9YA 1WUMA 3UVXA 4NQMA 5DKHA 5L8TA 1JM4B 5HM0A 5ENIA 2RFJA 4NRCA 2LSPB 3SVFA 2YELA 2OSSA 4A9FA 4NS5A 5E7DA 5D7XA 4YK0A 5K29A 2DVQA 4DONA 5EWHA 2OUOA 5LUUA 5FE9A 3O33A 4Z93A 5IGKA 5FE6A 4LZ2A 5LVRA 5F3AA 5TB6A 2DVRA 2YW5A 3MUKA 5I7XA 5A81A 4O72A 5DW1A 4NR6A 3K2JA 5F5ZA 4YBTA 5HRXA 2YQDA 4UYFB 5FH6A 4WHUA 5H1TA 5FDZA 4J1PA 5CQTA 4HXKA 5DFBA 5CGPA 1X0JA 5A82A 3UV2A 4CUQA 3U5LA 5EI4A 5KU3A 5E74A 2WP1A 5AMFA 4UIZA 3LQJA 4TT2A 5CUCA 3LJWA 5F25A 4UIYA 4QSQA 2OO1A 3S92A 5C4QA 5A7CA 4IR3A 3GG3A 4MEOA 5ENBA 3HMHA 5HCLA 4MR6A 5I80A 3TLPA 4F3IA 4ALHA 5CRZA 3SVHA 2R0VA 3MB4A 5FBXA 3UV4A 2I8NA 5DYAA 5COIA 4IR6A 5FE3A 4HBWA 4YH4A 2GRCA 5EM3A 3AQAA 5CQ8A 5F1LA 4YYHA 4UITA 5D26A 5DYXA 5I40A 5A5NA 4AKNA 4A9NA 4NYWA 2RI7A 4QSWA 2L85A 4XYAA 3IU5A 4YBMA 3O35A 5C89A 3MULA 4IORA 3HMFA 5CQ3A 5BT3A 4QR4A 5CUDA 2G4AA 4Q0OA 4N3WA 5HELA 2L5EA 5A85A 3P5OA 4O7FA 3P1EA 2RO1A 4TZ2A 4N4GA 5FH8A 5ENGA 4YYIA 5CTLA 5D3PA 2DVSA 5DX4A 4QSRA 5DFDA 5LJ1A 3MQMA 4UYHA 4A9LA 5D3TA 4NUCA 5F63A 1ZS5A 4MR5A 2DATA 5EP7A 5ENJA 5AD2A 2YEKA 4QZSA 4YY4A 4TTEA 2RNXA 4YAXA 5EU1A 5II2A 4NR8A 3UVYA 5IGNA 5A5RA 5TCMA 5DYCA 4ALGA 5D3JA 5KTXA 4LC2A 4LR6A 4QUUA 5CU8A 5CS8A 1WUGA 5LKZA 4QEVA 4TU4A 5LVQA 5CFWA 5FE7A 5J0DA 4TT4A 5E3GA 4YYGA 4CURA 4UIXA 3O36A 3UVWA 5F36A 4HXSA 5A83A 4QBMA 5F1HA 4A9MA 3JVMA 2N9GA 4N4IA 4CUPA 5HRWA 5D3NA 4MEPA 4YH3A 4QEWA 4CUTA 4NUDA 2FSAA 2R0YA 5FFWA 5H1UA 5IGMA 3O37A 5DYUA 5L99A 4YYDA 4ZW1A 5HQ5A 3JVKA 2DWWA 5KTWA 2E7NA 3U5MA 4YBSA 5EICA 4HBXA 4A9OA 5EPSA 4TYLA 4HXLA 3FKMX 4PS5A 5I86A 4C66A 4LDFA 4QSXA 4WIVA 5C85A 5C7NA 5IIDA 4BHWA 1N72A 2H60A 3DAIA 5EA1A 4LYWA 3ONIA 4J0SA 5F62A 3DWYA 3G0JA 5AD3A 5LKUA 4O75A 2L84A 4Z1SA 4LYSA 4J3IA 4YYKA 5KTUA 5EISA 3S91A 5HQ7A 4O7CA 5HENA 3NXBA 3Q2FA 5EPRA 4LZRA 4KV4A 5IGLA 4MR3A 5FE5A 5CQAA 3ZYUA 3MXFA 5ENEA 5EWCA 4NR9A 3P1DA 5H85A 4TT6A 4QC3A 4QR5A 4CFLA 5LJ2A 4PCIA 4O78A 4QSVA 5ENCA 5CY9A 2R0SA 5D0CA 4N4HA 5CQ4A 4O70A 3SVGA 4C67A 2DKWA 5HFRA 4PTBA 4UYFA 5FG6A 4Y03A 2R10A 4PCEA 5E9VA 5FG5A 4NUEA 3UW9A 4A9JA 4YADA 4QR3A 4YABA 4MEQA 4IOOA 1E6IA 4QB3A 5CQ7A 4HXMA 4YYJA 5JWMA 5LKTA 5FB0A 4Q0NA 5DKCA 4QSSA 3AADA 4YATA 5E3DA 4BJXA 3LQHA 3Q2EA 4MENA 3QZVA 4N4FA 5C8GA 4QY4A 4O76A 4YY6A 4RVRA 5I29A 2YYNA 3MB3A 4PY6A 1JSPB 4KV1A 4QUTA 3IU6A 4ZC9A 5LJ0A 3U5JA 5CUEA 5CUGA 5H1VA 5DLXA 5E73A 3U5OA 5I1QA 5I89A 3RCWA 2KTBB 5ACYA 4J0RA 4BW3A 3U5PA 4QSPA 5CPEA 5IBNA 5AMEA 3G0LA 4UIUA 5FH7A 4O71A 4O7EA 4QYLA 4UYEA 3HMEA 5FE0A 5DLZA 4XY8A 5CP5A 5HEMA 4CUUA 2I7KA 5D3LA 5EGUA 4IR5A 5DFCA 2RS9B 5L8UA 5HQ6A 3QZTA 4HXRA 4QNSA 5E9MA 2YEMA 5CRMA 2E7OA 2RNYA 4HBYA 4YYMA 4QEUA 2MJVB 4CUSA 4NXJA 2F6JA 4TS8A 3P1FA 5DY7A 3U5KA 5L97A 5F60A 4O74A 2D9EA 5KHMA 5HFQA 4UYGA 4YC9A 4Z6HA 5EPBA 5DW2A 5BT4A 3JVLA 5FE1A 5D24A 5KO4A 5G4SA 5ENHA 5DKDA 4Z1QA 4O77A 4GPJA 5LKXA 3P1CA 2E3KA 5FG4A 4QC1A 4LZSA 4NRBA 4HXPA 5A5PA 4TQNA 3JVJA 5II1A 2WP2A 4A9KA 4CFKA 5EQ1A 4FLPA 5E9LA 5I7YA 3I3JA 5D25A 5IG6A 4UYDA 4OGJA 3UVDA 4LRGA 5EV9A 5I88A 5JI8A 2YDWA 4XY9A 5FFYA 4CL9A 3O34A 5HRVA 2RNWA 4TZ8A 4CLBA 5L96A 4Z6IA 5A5QA 5ENFA 4TU6A 5CUAA 2DVVA 3LQIA 4NR5A 5EWVA 5CUBA 4QSTA 5F61A 5FB1A 4BW4A 4NRAA 2NXBA 4O7AA 5ETDA 4A9HA 5HLSA 5DBMA 4NYVA 4NQNA 4UIWA 4LYIA 3UV5A 2D82A 4O7BA 4PKLA 5HJCA 3D7CA 4XUAA 4QYDA 5L98A 5A5OA 5G4RA 5CQ6A 4BW2A 5ETBA 4A9IA 4HXOA 4A9EA 5EK9A 3QZSA 4XUBA 4ZQLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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