5F5ZA

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with ma2-014
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transcription/transcription inhibitor
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title Potent Dual BET Bromodomain-Kinase Inhibitors as Value-Added Multitargeted Chemical Probes and Cancer Therapeutics.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 40
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5f5zA01
3AADA 2E7OA 5C8GA 5DY7A 4QBMA 3SVFA 5LVRA 2DVSA 5ENBA 5FG4A 3U5OA 2H60A 4O71A 4AKNA 5D3PA 4N4IA 4TQNA 5CQ3A 5D0CA 4E96A 4TTEA 4QEVA 5DKDA 4Q0OA 4UYEA 4OGIA 4WIVA 1WUMA 4J3IA 5G4SA 4IORA 4NXJA 5EVAA 5FE3A 2E3KA 2F6NA 5DKHA 4TZ2A 4MENA 5D3RA 2D9EA 5II2A 4YADA 3AQAA 3QZSA 2YW5A 5J0DA 4TYLA 3UV2A 4XYAA 1WUGA 5CPEA 2LSPB 4UITA 4A9EA 4KV1A 5CP5A 2R10A 3P1CA 4QYLA 5HRVA 3UV5A 4NYVA 5CU8A 4YATA 5H85A 4O7BA 5HEMA 5FFVA 5EV9A 4BJXA 5I88A 3ONIA 4ALGA 5D25A 5L98A 5CQ6A 2L5EA 5F61A 4NR4A 5BT3A 1ZS5A 3U5JA 2RNXA 2I7KA 3QZTA 4NUDA 5LKTA 4NR9A 4CURA 4NUEA 4QEWA 5COIA 2RNWA 2DVQA 2DVRA 5BT4A 3MUKA 2G4AA 2DATA 5DLZA 4MR4A 2RI7A 4NQMA 4HXRA 5A5PA 5HRXA 3P1EA 5IGMA 5E9YA 5A5QA 2OUOA 4HBWA 2R0VA 5DKCA 5EWDA 4QUTA 4QUUA 5D3TA 5HLSA 3UV4A 5L99A 5F1LA 4YAXA 4RVRA 5II1A 4QC1A 5H1UA 3JVMA 5TCMA 5DYCA 5FBXA 4CLBA 3G0LA 4QSQA 3O35A 4UIWA 3FKMX 5I86A 4Y03A 4PKLA 5CQ5A 4QSWA 3MQMA 5I80A 5CUEA 4A9KA 4MEPA 4TT2A 4IR5A 5C4QA 2I8NA 4UIYA 5ENEA 4HBXA 5FE7A 4UIZA 5F5ZA 2L84A 5HQ7A 5E9LA 4QSXA 5FE1A 4PCEA 4QB3A 5HQ6A 5ENGA 5HRWA 4LRGA 4TT4A 2F6JA 5F2PA 4YABA 5EWCA 4ALHA 4C67A 4BW2A 5DYAA 2DWWA 4BHWA 4A9JA 5FDZA 5C85A 5LJ2A 4NQNA 5A82A 5FH7A 4NRAA 5A5NA 5A81A 5EWHA 4F3IA 4YH4A 2DVVA 2R0SA 3LQJA 5ENFA 4TZ8A 1F68A 5CQ7A 4O7CA 3S92A 4QNSA 5DFDA 5LKZA 4YYDA 3MXFA 4WHWA 4XUBA 3LQIA 5HELA 4A9OA 4IR4A 2DKWA 3LQHA 3P1DA 5TB6A 5HM0A 4NYWA 4QSUA 3MB3A 5FE9A 4LC2A 4QSTA 4X2IA 5I7XA 4Z6IA 5I7YA 5ENHA 4O75A 5CUCA 4HXSA 3DWYA 4O72A 4YBMA 5F25A 5K29A 3G0JA 4YK0A 5EK9A 3UW9A 5LJ1A 3O36A 5HENA 5CS8A 5EA1A 2OSSA 5IG6A 5A5OA 4Z93A 4Z1QA 5E0RA 3ZYUA 2E7NA 4NYXA 5FH8A 4YC9A 5CQ8A 4PCIA 3UVXA 4YY4A 5EWVA 5DW1A 5DLXA 5FE0A 5CUDA 5D3SA 4YYIA 5I83A 5EU1A 5KHMA 4XY8A 3K2JA 2FSAA 3U5NA 4O76A 4QSRA 4QYDA 5ETDA 3LJWA 3Q2EA 5KTXA 5L8TA 5DYUA 4XY9A 3RCWA 5CRMA 5D7XA 5EP7A 4YYJA 3U5LA 4QZSA 3NXBA 3P1FA 5FG5A 5DYXA 5C89A 2YYNA 4LYIA 5DX4A 4O7AA 4YYKA 4QSSA 3IU5A 5C7NA 5A83A 4FLPA 5H1TA 2YDWA 2YELA 3JVLA 5HQ5A 4IR3A 5H1VA 5JI8A 5E9IA 4MEQA 4TT6A 2OO1A 5JWMA 4A9MA 2R0YA 3U5MA 2RO1A 5F1HA 3D7CA 4YY6A 4A9NA 3LXJA 4HXMA 4UIVA 4YBTA 5F63A 5HFQA 5CQ4A 4NR5A 3SVGA 4NRCA 5DFBA 5G4RA 3UVDA 4NR8A 2YEMA 3MULA 5LUUA 5HCLA 5EPRA 4HBVA 3UVYA 5C87A 4N4HA 4YYNA 5E9MA 3MB4A 5LJ0A 5AD3A 5CRZA 5FE4A 5FFWA 4QSPA 2L85A 4QR5A 5LVQA 4TU6A 5HFRA 5F60A 4A9LA 1X0JA 5E3GA 4HBYA 5E9KA 5EGUA 4GPJA 4YH3A 5E9VA 5FE8A 5ENCA 5E3DA 4UYGA 4Z6HA 5CUAA 5EI4A 2GRCA 5KU3A 5IIDA 4WHUA 5IBNA 4NR6A 5DFCA 3U5PA 5DW2A 4OGJA 5CZGA 5F36A 4UIUA 5FB1A 3Q2FA 5CQTA 2RFJA 5ACYA 4UYHA 3GG3A 3S91A 2RNYA 1JSPB 5A5SA 5IGLA 4BW1A 4LZRA 4N4GA 5D24A 5FG6A 2NXBA 4N4FA 5I1QA 4IOOA 5D3JA 5D26A 5AMFA 4A9HA 5A5RA 3HMFA 5KO4A 4PS5A 4BW4A 4UYFA 4BW3A 4CUQA 5ETBA 4CUSA 2WP1A 4MR5A 4UYDA 3O37A 5CY9A 4ZC9A 4O7FA 4ZW1A 5A7CA 5EISA 5FFYA 4QY4A 4MEOA 4LR6A 5D3LA 4A9IA 5FE2A 4LDFA 5AMEA 4O77A 5DBMA 5EM3A 4PY6A 2YEKA 4KV4A 5L97A 5LKXA 5D3HA 4NUCA 4HXOA 2KTBB 3O34A 4NR7A 4QR3A 5L8UA 4QEUA 4MR6A 4PTBA 4J0RA 4YYGA 5FB0A 3O33A 4QC3A 5EICA 5CFWA 5A85A 2D82A 4UIXA 4N3WA 3HMEA 4NS5A 5D3NA 5E73A 5FH6A 4CUTA 4Q0NA 5E7DA 3U5KA 4CUPA 2MJVB 4LYSA 1EQFA 4IOQA 5ENJA 4QR4A 3DAIA 4HXLA 2YQDA 5FE5A 4CFKA 5EPBA 5EWWA 4C66A 5CQAA 4MR3A 4CUUA 4NRBA 4IR6A 5CUBA 4YYHA 4LZSA 3JVJA 4ZQLA 4UYFB 5LKUA 5IGKA 3QZVA 5E74A 5I29A 4YYMA 1JM4B 5I40A 5EPSA 4Z1SA 4TS8A 3JVKA 4KCXA 4HXNA 2WP2A 4HXKA 4J0SA 4YBSA 5KTWA 5EQ1A 3P5OA 4TU4A 5BT5A 4J1PA 4LZ2A 4O78A 5HJCA 4DONA 5FE6A 5I89A 4CFLA 5F62A 5F3AA 3UVWA 3IU6A 4O70A 2RS9B 5CGPA 4OUFA 4HXPA 4QSVA 4XUAA 3HMHA 3I3JA 5ENIA 1N72A 5CTLA 4A9FA 5L96A 3SVHA 4LYWA 3TLPA 5IGNA 1E6IA 4CL9A 2N9GA 5KTUA 5CUGA 5AD2A 4O74A 4O7EA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3AADA 2E7OA 5C8GA 5DY7A 4QBMA 3SVFA 5LVRA 2DVSA 5ENBA 5FG4A 3U5OA 2H60A 4O71A 4AKNA 5D3PA 4N4IA 4TQNA 5CQ3A 5D0CA 4E96A 4TTEA 4QEVA 5DKDA 4Q0OA 4UYEA 4OGIA 4WIVA 1WUMA 4J3IA 5G4SA 4IORA 4NXJA 5EVAA 5FE3A 2E3KA 2F6NA 5DKHA 4TZ2A 4MENA 5D3RA 2D9EA 5II2A 4YADA 3AQAA 3QZSA 2YW5A 5J0DA 4TYLA 3UV2A 4XYAA 1WUGA 5CPEA 2LSPB 4UITA 4A9EA 4KV1A 5CP5A 2R10A 3P1CA 4QYLA 5HRVA 3UV5A 4NYVA 5CU8A 4YATA 5H85A 4O7BA 5HEMA 5FFVA 1ZKRA 5EV9A 4BJXA 5I88A 3ONIA 4ALGA 5D25A 5L98A 5CQ6A 2L5EA 5F61A 4NR4A 5BT3A 1ZS5A 3U5JA 2RNXA 2I7KA 3QZTA 4NUDA 5LKTA 4NR9A 4CURA 4NUEA 4QEWA 5COIA 2RNWA 2DVQA 2DVRA 5BT4A 3MUKA 2G4AA 2DATA 5DLZA 4MR4A 2RI7A 4NQMA 4HXRA 5A5PA 5HRXA 3P1EA 5IGMA 5E9YA 5A5QA 2OUOA 4HBWA 2R0VA 5DKCA 5EWDA 4QUTA 4QUUA 5D3TA 5HLSA 3UV4A 5L99A 5F1LA 4YAXA 4RVRA 5II1A 4QC1A 5H1UA 3JVMA 5TCMA 5DYCA 5FBXA 4CLBA 3G0LA 4QSQA 3O35A 4UIWA 3FKMX 5I86A 4Y03A 4PKLA 5CQ5A 4QSWA 3MQMA 5I80A 5CUEA 4A9KA 4MEPA 4TT2A 4IR5A 5C4QA 2I8NA 4UIYA 5ENEA 4HBXA 5FE7A 4UIZA 5F5ZA 2L84A 5HQ7A 5E9LA 4QSXA 5FE1A 4PCEA 4QB3A 5HQ6A 5ENGA 5HRWA 4LRGA 4TT4A 2F6JA 5F2PA 4YABA 5EWCA 4ALHA 4C67A 4BW2A 5DYAA 2DWWA 4BHWA 3D1DA 4AKHA 4A9JA 5FDZA 5C85A 5LJ2A 4NQNA 5A82A 5FH7A 4NRAA 5A5NA 5A81A 5EWHA 4F3IA 4YH4A 2DVVA 2R0SA 3LQJA 5ENFA 4TZ8A 1F68A 5CQ7A 4O7CA 3S92A 4QNSA 5DFDA 5LKZA 4YYDA 3MXFA 4WHWA 4XUBA 3LQIA 5HELA 4A9OA 4IR4A 2DKWA 3LQHA 3P1DA 5TB6A 5HM0A 4NYWA 4QSUA 3MB3A 5FE9A 3ERRA 4LC2A 4QSTA 4X2IA 5I7XA 4Z6IA 5I7YA 5ENHA 4O75A 5CUCA 4HXSA 3DWYA 4O72A 4YBMA 5F25A 5K29A 3G0JA 4YK0A 5EK9A 3UW9A 5LJ1A 3O36A 5HENA 5CS8A 5EA1A 4AI6A 2OSSA 5IG6A 5A5OA 4Z93A 4Z1QA 5E0RA 3ZYUA 2E7NA 4NYXA 5FH8A 4YC9A 5CQ8A 4PCIA 3UVXA 4YY4A 5EWVA 5DW1A 5DLXA 5FE0A 5CUDA 5D3SA 4YYIA 5I83A 5EU1A 5KHMA 4XY8A 3K2JA 2FSAA 3U5NA 4O76A 4QSRA 4QYDA 5ETDA 3LJWA 3Q2EA 5KTXA 5L8TA 5DYUA 4XY9A 3RCWA 5CRMA 5D7XA 5EP7A 4YYJA 3U5LA 4QZSA 3NXBA 3P1FA 5FG5A 5DYXA 5C89A 2YYNA 4LYIA 5DX4A 4O7AA 4YYKA 4QSSA 3IU5A 5C7NA 5A83A 4FLPA 5H1TA 2YDWA 2YELA 3JVLA 5HQ5A 4IR3A 5H1VA 5JI8A 5E9IA 4MEQA 4TT6A 2OO1A 5JWMA 4A9MA 2R0YA 3U5MA 2RO1A 5F1HA 3D7CA 4YY6A 4A9NA 3LXJA 4HXMA 4UIVA 4YBTA 5F63A 5HFQA 5CQ4A 4NR5A 3SVGA 4NRCA 5DFBA 5G4RA 3UVDA 4NR8A 2YEMA 3MULA 5LUUA 5HCLA 5EPRA 4HBVA 3UVYA 5C87A 4N4HA 4YYNA 5E9MA 3MB4A 5LJ0A 5AD3A 5CRZA 5FE4A 5FFWA 4QSPA 2L85A 4QR5A 5LVQA 4TU6A 2EJNA 5HFRA 5F60A 4A9LA 1X0JA 5E3GA 4HBYA 5E9KA 5EGUA 4GPJA 4YH3A 5E9VA 5FE8A 5ENCA 5E3DA 3VKHA 4UYGA 4Z6HA 5CUAA 5EI4A 4AKIA 2GRCA 5KU3A 5IIDA 4WHUA 5IBNA 4NR6A 5DFCA 3U5PA 5DW2A 4OGJA 5CZGA 5F36A 4UIUA 5FB1A 3Q2FA 5CQTA 2RFJA 5ACYA 4UYHA 3GG3A 3S91A 2RNYA 1JSPB 5A5SA 5IGLA 4BW1A 4LZRA 4N4GA 5D24A 5FG6A 2NXBA 4N4FA 5I1QA 4IOOA 5D3JA 5D26A 5AMFA 4A9HA 5A5RA 3HMFA 5KO4A 4PS5A 4BW4A 4UYFA 4BW3A 4CUQA 5ETBA 4CUSA 2WP1A 4MR5A 4UYDA 3O37A 5CY9A 4ZC9A 4O7FA 4ZW1A 5A7CA 5EISA 5FFYA 4QY4A 4MEOA 4LR6A 5D3LA 4A9IA 5FE2A 4LDFA 5AMEA 4O77A 5DBMA 5EM3A 4PY6A 2YEKA 4KV4A 5L97A 5LKXA 5D3HA 4NUCA 4HXOA 2KTBB 3O34A 3VKGA 4NR7A 4QR3A 5L8UA 4QEUA 4MR6A 4PTBA 4J0RA 4YYGA 5FB0A 3O33A 4QC3A 5EICA 5CFWA 5A85A 2D82A 4UIXA 4N3WA 3HMEA 4NS5A 5D3NA 5E73A 5FH6A 4CUTA 4Q0NA 5E7DA 3U5KA 4CUPA 2MJVB 4LYSA 1EQFA 4IOQA 5ENJA 4QR4A 3DAIA 4HXLA 2YQDA 5FE5A 1PUOA 4CFKA 5EPBA 5EWWA 4C66A 3D1BA 5CQAA 4MR3A 4CUUA 4NRBA 4IR6A 5CUBA 4YYHA 4LZSA 3JVJA 4ZQLA 4UYFB 5LKUA 5IGKA 3QZVA 5E74A 5I29A 4YYMA 1JM4B 5I40A 5EPSA 4Z1SA 4TS8A 3JVKA 4KCXA 4HXNA 4AKGA 2WP2A 4HXKA 4J0SA 4YBSA 5KTWA 5EQ1A 3P5OA 4TU4A 5BT5A 4J1PA 4LZ2A 4O78A 5HJCA 4DONA 5FE6A 5I89A 4CFLA 5F62A 5F3AA 3UVWA 3IU6A 4O70A 2RS9B 5CGPA 4OUFA 4HXPA 4QSVA 4XUAA 3HMHA 3I3JA 5ENIA 1N72A 5CTLA 4A9FA 5L96A 3SVHA 4LYWA 3TLPA 5IGNA 1E6IA 4CL9A 2N9GA 5KTUA 5CUGA 5AD2A 4O74A 4O7EA
chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3AAD A;  2E7O A;  5C8G A;  5DY7 A;  4QBM A;  3SVF A;  5LVR A;  2DVS A;  5ENB A;  5FG4 A;  3U5O A;  2H60 A;  4O71 A;  4AKN A;  5D3P A;  4N4I A;  4TQN A;  5CQ3 A;  5D0C A;  4E96 A;  4TTE A;  4QEV A;  5DKD A;  4Q0O A;  4UYE A;  4OGI A;  4WIV A;  1WUM A;  4J3I A;  5G4S A;  4IOR A;  4NXJ A;  5EVA A;  5FE3 A;  2E3K A;  2F6N A;  5DKH A;  4TZ2 A;  4MEN A;  5D3R A;  2D9E A;  5II2 A;  4YAD A;  3AQA A;  3QZS A;  2YW5 A;  5J0D A;  4TYL A;  3UV2 A;  4XYA A;  1WUG A;  5CPE A;  2LSP B;  4UIT A;  4A9E A;  4KV1 A;  5CP5 A;  2R10 A;  3P1C A;  4QYL A;  5HRV A;  3UV5 A;  4NYV A;  5CU8 A;  4YAT A;  5H85 A;  4O7B A;  5HEM A;  5FFV A;  5EV9 A;  4BJX A;  5I88 A;  3ONI A;  4ALG A;  5D25 A;  5L98 A;  5CQ6 A;  2L5E A;  5F61 A;  4NR4 A;  5BT3 A;  1ZS5 A;  3U5J A;  2RNX A;  2I7K A;  3QZT A;  4NUD A;  5LKT A;  4NR9 A;  4CUR A;  4NUE A;  4QEW A;  5COI A;  2RNW A;  2DVQ A;  2DVR A;  5BT4 A;  3MUK A;  2G4A A;  2DAT A;  5DLZ A;  4MR4 A;  2RI7 A;  4NQM A;  4HXR A;  5A5P A;  5HRX A;  3P1E A;  5IGM A;  5E9Y A;  5A5Q A;  2OUO A; 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