5HCLA

Crystal structure of the first bromodomain of brd4 in complex with dma
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transcription/transcription inhibitor
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title N,N Dimethylacetamide a drug excipient that acts as bromodomain ligand for osteoporosis treatment.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 48
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-01-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5hclA01
2NXBA 5C89A 5L8TA 1ZS5A 4UYFA 5I1QA 3LQHA 4N4FA 4QR3A 5AD2A 5D24A 5CQ5A 4A9KA 5A5RA 5E74A 2RNYA 5E0RA 5FFYA 4Z6IA 5I83A 1E6IA 5L97A 5HM0A 5LKZA 5FE9A 5DKDA 5HFRA 5D3TA 5EQ1A 4HBWA 5L98A 4HXMA 5IGKA 4QYLA 3P1EA 3Q2FA 4Z1SA 2L5EA 4UIUA 2DVSA 4YYJA 4UIZA 4O74A 5AMFA 5I80A 4OGJA 4GPJA 5DLZA 5A5NA 4NRAA 4IR5A 1WUMA 4QSPA 4HXPA 4XY8A 5EWCA 2YDWA 4CL9A 5CY9A 5FG6A 5I88A 4J1PA 5E9IA 4TU6A 4UIWA 5HQ5A 3JVKA 5IBNA 4C66A 5LJ1A 4WHUA 4TS8A 4BW2A 4O7BA 5KU3A 4QC1A 4CURA 4HXSA 5CQ4A 4LDFA 2L85A 5FE7A 3JVLA 4MEQA 4KV1A 5DFCA 3O33A 3MUKA 5D3SA 5FB1A 5FE6A 2F6JA 4YADA 3S91A 4A9OA 4N3WA 5LKXA 3SVGA 4MR4A 4NYWA 4O7AA 5DYAA 4UYGA 4IR4A 5E9KA 5E9LA 3O36A 4QBMA 5BT4A 5A5QA 3HMEA 4QSQA 3ZYUA 5DKHA 3NXBA 4LYSA 4HBXA 5DYXA 4HBVA 5EPSA 5D25A 2FSAA 4ZC9A 2R10A 4QR5A 5E7DA 5A7CA 4QSSA 4Y03A 5EVAA 4ALGA 5DBMA 2E7NA 4MR5A 2DATA 5D3LA 5KTUA 3G0LA 5FE4A 4UITA 5BT3A 3SVHA 3LJWA 4RVRA 3UV4A 3AQAA 5DW1A 5G4RA 3FKMX 4UIVA 5F60A 2DWWA 4TZ2A 4QYDA 4TZ8A 5CUCA 5DY7A 4UIYA 5CUDA 4HXNA 3TLPA 2RS9B 4YK0A 4YBSA 5FG5A 4MR3A 2MJVB 5EPBA 4A9MA 5ENGA 4NRCA 4IORA 5A5PA 4O75A 4YABA 5CU8A 5C87A 3JVJA 5FE2A 4HXRA 2I8NA 3QZSA 5EP7A 4QUUA 5HQ6A 5HCLA 3QZTA 4QZSA 5DKCA 4YAXA 3K2JA 5C85A 5LVQA 3UVDA 5HRWA 4XYAA 5EK9A 5I40A 5D7XA 5DYUA 4C67A 2RNXA 3IU6A 4A9EA 3P1DA 2DVRA 5FE0A 2I7KA 5ETDA 4QY4A 4QUTA 5I29A 4O77A 2R0YA 2E7OA 5ETBA 4IR6A 4J0SA 4PCIA 3MQMA 3MXFA 5ENEA 4YYDA 4O78A 3UVYA 2F6NA 5EWVA 3D7CA 2RO1A 4QEVA 5IGLA 5D3HA 2WP1A 4NQMA 2R0SA 3UV5A 5IGMA 3O35A 5ENFA 5H1UA 3P1CA 4NR4A 4PKLA 5EICA 5CQAA 4NR8A 4E96A 4LR6A 3MULA 5FE3A 5HEMA 4TTEA 5L96A 4NR6A 2YW5A 5G4SA 4CUUA 4QSWA 2GRCA 2R0VA 3LQIA 5E73A 4TU4A 5HQ7A 4Z93A 5EI4A 5D0CA 4PTBA 5KTXA 5CTLA 5E9YA 4MEPA 5CZGA 4XUBA 4A9JA 5D3PA 4Z6HA 5ENHA 5E9MA 5HRXA 4LYWA 3U5PA 5ENCA 5IG6A 5HLSA 5A82A 5CQ6A 4A9IA 4N4IA 2YQDA 4YBTA 3UVXA 4OGIA 5D3NA 5DX4A 5DFDA 5FE8A 5DLXA 4A9FA 4NYVA 4O76A 5D3RA 5I7YA 5HRVA 2OSSA 4QEUA 3P1FA 4Z1QA 5D26A 5DYCA 5EU1A 3UVWA 5FE5A 5H1TA 4BW1A 4YYMA 5F2PA 5EWWA 5CRZA 4TT4A 4YC9A 5EGUA 4YBMA 5EPRA 2YEKA 2YYNA 5TB6A 4QSVA 4UYDA 4O70A 5AD3A 2YEMA 5CUBA 3S92A 2E3KA 4AKNA 4IOQA 5ENJA 3SVFA 4NYXA 5F1HA 4YY6A 5E9VA 5EISA 4CUSA 4BW4A 4LZSA 4NR9A 4YY4A 4QSTA 5FFWA 2KTBB 3QZVA 3GG3A 4HBYA 5II2A 3HMHA 3P5OA 5A83A 4CUPA 4X2IA 4CUQA 4LC2A 3IU5A 4QNSA 4IOOA 5FH6A 4LYIA 4N4HA 4F3IA 4NUEA 4MENA 4QSUA 5FH8A 1N72A 5A5SA 4LZRA 2RI7A 3UW9A 4Q0OA 3UV2A 5L8UA 4XUAA 4KV4A 4CUTA 5LVRA 4TQNA 4UYEA 4CLBA 5CQ3A 5K29A 4O71A 5F25A 4YYKA 5LJ0A 4NR7A 5EM3A 5CS8A 5ENIA 5EV9A 2G4AA 5KHMA 4A9HA 4O7FA 5A5OA 4PS5A 4OUFA 1JSPB 2H60A 4QSRA 3O34A 5CFWA 5J0DA 4QC3A 4TYLA 3ONIA 4QEWA 4IR3A 3AADA 5EWHA 5FH7A 5IGNA 2YELA 4ZW1A 2LSPB 4TT6A 5DFBA 5F61A 4YYHA 4HXOA 5ENBA 4CFKA 3Q2EA 5CUEA 5HJCA 5AMEA 4BW3A 4QB3A 4UIXA 5II1A 3MB4A 4O7CA 5JI8A 4DONA 4NXJA 4J0RA 5CUAA 3G0JA 4LRGA 4WHWA 4BJXA 4QR4A 5E3GA 4BHWA 3I3JA 5DW2A 4A9LA 4HXKA 5FG4A 2DKWA 4FLPA 2RNWA 1JM4B 4Q0NA 4ZQLA 4YYNA 4UYFB 3LQJA 5D3JA 4XY9A 2WP2A 4YH3A 5H85A 5CQ7A 3U5MA 5IIDA 5A85A 2OUOA 5HFQA 4NUCA 4YH4A 5HENA 1X0JA 3U5OA 5COIA 3DAIA 4NQNA 2DVVA 4CFLA 3DWYA 5F63A 5I89A 4KCXA 5JWMA 5C4QA 3LXJA 5EWDA 4HXLA 4YYGA 4N4GA 5LKTA 3U5NA 4J3IA 2D9EA 4NS5A 5CQ8A 5F62A 5ACYA 3O37A 5FBXA 5CUGA 5BT5A 5L99A 4YATA 3HMFA 5LKUA 5CP5A 5H1VA 4UYHA 4A9NA 5FE1A 5I7XA 4WIVA 3MB3A 4TT2A 5EA1A 5HELA 5F36A 5LUUA 5F3AA 2L84A 4O7EA 5CGPA 4O72A 5C8GA 5I86A 4QSXA 2DVQA 4PY6A 5KO4A 1WUGA 4NR5A 3U5LA 1EQFA 3JVMA 4YYIA 4PCEA 3RCWA 5LJ2A 5KTWA 5E3DA 3U5JA 2OO1A 5C7NA 5TCMA 5FB0A 5FFVA 5FDZA 5CQTA 2N9GA 5A81A 5F5ZA 4NRBA 4ALHA 3U5KA 4NUDA 5CPEA 1F68A 4MEOA 2D82A 2RFJA 5CRMA 5F1LA 4MR6A 4LZ2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2NXBA 5C89A 5L8TA 1ZS5A 4UYFA 5I1QA 3LQHA 4N4FA 4QR3A 5AD2A 5D24A 5CQ5A 4A9KA 5A5RA 5E74A 2RNYA 5E0RA 5FFYA 4Z6IA 5I83A 1E6IA 5L97A 5HM0A 5LKZA 5FE9A 5DKDA 5HFRA 5D3TA 5EQ1A 4HBWA 5L98A 4HXMA 5IGKA 4QYLA 3P1EA 3Q2FA 4Z1SA 4AI6A 2L5EA 4UIUA 2DVSA 4YYJA 4UIZA 4O74A 5AMFA 5I80A 4OGJA 4GPJA 5DLZA 5A5NA 4NRAA 4IR5A 1WUMA 3D1DA 4HXPA 4QSPA 4XY8A 5EWCA 2YDWA 4CL9A 5CY9A 5FG6A 5I88A 4J1PA 5E9IA 4TU6A 4UIWA 5HQ5A 3JVKA 5IBNA 4C66A 5LJ1A 4WHUA 4TS8A 4BW2A 4O7BA 2EJNA 5KU3A 4QC1A 4CURA 4HXSA 5CQ4A 4LDFA 2L85A 5FE7A 3JVLA 4MEQA 4KV1A 5DFCA 3O33A 3MUKA 5D3SA 5FB1A 5FE6A 2F6JA 4AKIA 4YADA 3S91A 4A9OA 4N3WA 5LKXA 3SVGA 4MR4A 4NYWA 4O7AA 5DYAA 4UYGA 4IR4A 5E9KA 5E9LA 3O36A 4QBMA 5BT4A 5A5QA 3HMEA 4QSQA 3ZYUA 5DKHA 3NXBA 4LYSA 4HBXA 5DYXA 4HBVA 5EPSA 5D25A 2FSAA 4ZC9A 2R10A 4QR5A 5E7DA 5A7CA 4QSSA 4Y03A 5EVAA 4ALGA 5DBMA 2E7NA 4MR5A 2DATA 5D3LA 5KTUA 3G0LA 5FE4A 4UITA 5BT3A 3SVHA 3LJWA 4RVRA 3UV4A 3AQAA 5DW1A 5G4RA 3FKMX 4UIVA 5F60A 2DWWA 4TZ2A 4QYDA 4TZ8A 5CUCA 5DY7A 4UIYA 5CUDA 4HXNA 3TLPA 2RS9B 4YK0A 4YBSA 5FG5A 4MR3A 2MJVB 5EPBA 4A9MA 5ENGA 4NRCA 4IORA 5A5PA 4O75A 4YABA 5CU8A 5C87A 3JVJA 5FE2A 4HXRA 2I8NA 3QZSA 5EP7A 4QUUA 5HQ6A 5HCLA 3QZTA 4QZSA 5DKCA 4YAXA 3K2JA 5C85A 5LVQA 3UVDA 5HRWA 4XYAA 5EK9A 5I40A 5D7XA 5DYUA 4C67A 2RNXA 3IU6A 4A9EA 3P1DA 2DVRA 5FE0A 2I7KA 5ETDA 4QY4A 4QUTA 5I29A 4O77A 2R0YA 3ERRA 2E7OA 5ETBA 4IR6A 3VKGA 4J0SA 4PCIA 3MQMA 3MXFA 5ENEA 4YYDA 4O78A 3UVYA 2F6NA 5EWVA 3D7CA 2RO1A 4QEVA 5IGLA 5D3HA 2WP1A 4NQMA 2R0SA 3UV5A 5IGMA 3O35A 5ENFA 5H1UA 3P1CA 4NR4A 4PKLA 5EICA 5CQAA 4NR8A 4E96A 4LR6A 3MULA 5FE3A 5HEMA 4TTEA 5L96A 4NR6A 2YW5A 5G4SA 4CUUA 4QSWA 2GRCA 2R0VA 3LQIA 5E73A 4TU4A 5HQ7A 4Z93A 5EI4A 5D0CA 4PTBA 5KTXA 5CTLA 5E9YA 4MEPA 5CZGA 4XUBA 4A9JA 5D3PA 4Z6HA 5ENHA 5E9MA 5HRXA 4LYWA 3U5PA 5ENCA 5IG6A 5HLSA 5A82A 5CQ6A 4A9IA 4N4IA 2YQDA 4YBTA 3UVXA 4OGIA 5D3NA 5DX4A 5DFDA 5FE8A 5DLXA 4A9FA 4NYVA 4O76A 5D3RA 5I7YA 5HRVA 2OSSA 4QEUA 3P1FA 4Z1QA 5D26A 5DYCA 3D1BA 5EU1A 3UVWA 3VKHA 5FE5A 5H1TA 4BW1A 4YYMA 5F2PA 5EWWA 5CRZA 4TT4A 4YC9A 5EGUA 4YBMA 5EPRA 2YEKA 2YYNA 5TB6A 4QSVA 4UYDA 4O70A 5AD3A 2YEMA 5CUBA 3S92A 2E3KA 4AKNA 4IOQA 5ENJA 3SVFA 4NYXA 5F1HA 4YY6A 5E9VA 5EISA 4CUSA 4BW4A 4LZSA 4NR9A 4YY4A 4QSTA 5FFWA 2KTBB 3QZVA 3GG3A 4HBYA 5II2A 3HMHA 3P5OA 5A83A 4CUPA 4X2IA 4CUQA 4LC2A 3IU5A 4QNSA 4IOOA 5FH6A 4LYIA 4N4HA 4F3IA 4NUEA 4MENA 4QSUA 5FH8A 1N72A 5A5SA 1ZKRA 4LZRA 2RI7A 3UW9A 4Q0OA 3UV2A 5L8UA 4XUAA 4KV4A 4CUTA 5LVRA 4TQNA 4UYEA 4AKGA 4CLBA 5CQ3A 5K29A 4O71A 5F25A 4YYKA 5LJ0A 4NR7A 5EM3A 5CS8A 5ENIA 5EV9A 2G4AA 5KHMA 4A9HA 4O7FA 5A5OA 4PS5A 4OUFA 1JSPB 2H60A 4QSRA 3O34A 5CFWA 5J0DA 4QC3A 4TYLA 3ONIA 4QEWA 4IR3A 3AADA 5EWHA 5FH7A 5IGNA 2YELA 4ZW1A 2LSPB 4TT6A 5DFBA 5F61A 4YYHA 4HXOA 5ENBA 4CFKA 3Q2EA 5CUEA 5HJCA 5AMEA 4BW3A 4QB3A 4UIXA 5II1A 3MB4A 4O7CA 5JI8A 4DONA 4NXJA 4J0RA 5CUAA 3G0JA 4LRGA 4WHWA 4BJXA 4QR4A 5E3GA 4BHWA 3I3JA 5DW2A 4A9LA 4HXKA 5FG4A 2DKWA 4FLPA 2RNWA 1JM4B 4Q0NA 4ZQLA 4YYNA 4UYFB 3LQJA 5D3JA 4XY9A 2WP2A 4YH3A 5H85A 5CQ7A 3U5MA 5IIDA 5A85A 2OUOA 5HFQA 4NUCA 4YH4A 5HENA 1X0JA 3U5OA 5COIA 3DAIA 4NQNA 2DVVA 4CFLA 3DWYA 5F63A 5I89A 4KCXA 5JWMA 5C4QA 3LXJA 5EWDA 4HXLA 4YYGA 4N4GA 5LKTA 3U5NA 4J3IA 2D9EA 4NS5A 5CQ8A 5F62A 5ACYA 3O37A 5FBXA 5CUGA 5BT5A 5L99A 4YATA 3HMFA 5LKUA 5CP5A 5H1VA 4UYHA 4A9NA 5FE1A 5I7XA 4WIVA 3MB3A 4TT2A 5EA1A 5HELA 5F36A 5LUUA 5F3AA 2L84A 4O7EA 5CGPA 4O72A 5C8GA 5I86A 4QSXA 1PUOA 2DVQA 4PY6A 5KO4A 4AKHA 1WUGA 4NR5A 3U5LA 1EQFA 3JVMA 4YYIA 4PCEA 3RCWA 5LJ2A 5KTWA 5E3DA 3U5JA 2OO1A 5C7NA 5TCMA 5FB0A 5FFVA 5FDZA 5CQTA 2N9GA 5A81A 5F5ZA 4NRBA 4ALHA 3U5KA 4NUDA 5CPEA 1F68A 4MEOA 2D82A 2RFJA 5CRMA 5F1LA 4MR6A 4LZ2A
chains in the Genus database with same CATH topology
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