5HCLA

Crystal structure of the first bromodomain of brd4 in complex with dma
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title N,N Dimethylacetamide a drug excipient that acts as bromodomain ligand for osteoporosis treatment.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Transcription/transcription inhibitor
total genus 48
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-01-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5hclA01
5HENA 5HQ6A 5DKDA 4A9EA 2L85A 4HXRA 5EU1A 5CUBA 3SVGA 1ZS5A 4LZRA 5FE3A 5HLSA 3JVKA 5I40A 5EWDA 4WIVA 5EV9A 5A5SA 3LQIA 3UVXA 5FG6A 2RNWA 5FH8A 5DLXA 4TU4A 3LJWA 4CUQA 3LQHA 5EPBA 4UIXA 1E6IA 4MENA 4NYWA 2R0VA 4IR5A 4XUBA 5EISA 5KTWA 4LYIA 5FE8A 2YDWA 4OUFA 5F25A 4CUPA 5LKUA 2RNXA 4WHWA 5CUAA 4HXMA 2DVVA 3SVFA 4QNSA 2YEKA 5I86A 2DVRA 5ACYA 5I80A 5EA1A 5BT5A 2DVQA 4HXNA 4NS5A 3UVYA 4O7FA 4QSRA 4UYHA 5ENIA 5F3AA 4QBMA 2FSAA 4O71A 5H1UA 5FE6A 4QSWA 4ALGA 3U5LA 5CU8A 4UYDA 5F61A 3U5JA 4YYDA 2OO1A 1X0JA 5A5RA 5EI4A 5I83A 5FDZA 4YABA 3MB4A 4YYKA 5I89A 5DFCA 3U5PA 5DFDA 3S91A 5C87A 4HXKA 2L5EA 4YYNA 3I3JA 5A7CA 4QEWA 4DONA 4LZ2A 5HJCA 4CLBA 5I7YA 4A9NA 5K29A 5D3RA 4YY6A 2DKWA 3FKMX 4A9LA 5LKXA 3O36A 3D7CA 5H1VA 4PCIA 4Z6IA 4PY6A 5F36A 3IU5A 3G0LA 5FE1A 5A85A 4O76A 5FH6A 5AMFA 4HXLA 4ALHA 2R0YA 5LJ2A 3O35A 5DYXA 5ENFA 4N4GA 4NQMA 4QB3A 5E7DA 2H60A 4QSPA 2I8NA 4NYXA 4KCXA 5ENHA 3ZYUA 5FE9A 5HFRA 4NRAA 5EWHA 5E9KA 1WUMA 4Q0OA 2E7NA 5C4QA 5HRXA 5D3TA 2RO1A 5C85A 4J0SA 2DWWA 5A5OA 4HXSA 5E9LA 5BT4A 4BW2A 2RFJA 5HRWA 3AQAA 5CPEA 3QZVA 3GG3A 2E3KA 5II1A 4NR8A 5A83A 5EPSA 4PKLA 4QC1A 5L8TA 4XY9A 5EPRA 5A5NA 4NUEA 4PCEA 5FB0A 5HM0A 5C89A 5LKZA 5CQ3A 5D3JA 4OGIA 4NXJA 4N4IA 5CUEA 5G4SA 5LJ0A 4QSUA 5HFQA 4NR4A 5H1TA 5I7XA 3LQJA 5FBXA 5I88A 4TTEA 3UV5A 5E9MA 4BW3A 4YBTA 3G0JA 4ZC9A 2RS9B 5FB1A 4HXPA 4QSQA 5FG4A 4YATA 4O7EA 3TLPA 4NQNA 2DATA 5IIDA 4QSSA 3MB3A 4MEPA 4O78A 4O7CA 5EK9A 5ENGA 4A9FA 4UIUA 4A9KA 4BHWA 4J1PA 4QZSA 5DY7A 5CFWA 3QZTA 5C7NA 2YELA 4OGJA 2GRCA 5D3LA 4TYLA 5DKHA 3UVWA 4IORA 5E74A 4HBWA 5HCLA 4NR9A 5CTLA 5ENEA 4MEOA 4ZW1A 5DYUA 3UVDA 4YYGA 4MR4A 4NRBA 4NUDA 5COIA 2D82A 5CUDA 5DYAA 4IR6A 5H85A 4NYVA 4BW1A 4YK0A 5CQTA 3RCWA 5IGMA 5E9IA 4QC3A 3JVJA 5IG6A 5CQ7A 2RI7A 4XY8A 3MQMA 4CUSA 4ZQLA 4QYLA 5CZGA 5D3SA 4XUAA 5D7XA 5E3GA 4Z93A 5EQ1A 3MXFA 2D9EA 5I1QA 5JI8A 2YYNA 3MUKA 5A81A 3HMEA 5JWMA 5HELA 3IU6A 4YBSA 5DYCA 5DX4A 3DAIA 3P1FA 4QUUA 4Y03A 5II2A 5CP5A 3Q2EA 3P1EA 4LZSA 5HEMA 4UYEA 4CUTA 4HBYA 4YBMA 5DW2A 4C67A 4J0RA 5CRMA 5LKTA 5F1LA 5KTXA 2YEMA 4A9IA 5CGPA 4NR6A 4CURA 3LXJA 4F3IA 4YAXA 2L84A 4QUTA 5ETDA 4C66A 4O77A 5CQ4A 4Q0NA 4KV1A 3P5OA 4AKNA 4YYHA 5D0CA 5L96A 1F68A 5E9YA 5TCMA 3UW9A 5FE0A 5LUUA 2NXBA 3U5OA 5KU3A 3P1CA 5F2PA 4Z6HA 5HQ7A 5ETBA 4TQNA 4QSVA 2DVSA 4UIVA 5TB6A 2F6JA 4RVRA 2OUOA 3QZSA 5HRVA 4TT2A 5IGKA 4TT6A 4HBXA 5AD2A 5FE4A 2R0SA 5D24A 3UV4A 4CFKA 4YYIA 4A9OA 4N4HA 4YH3A 4NR5A 5LJ1A 4YYJA 5EVAA 4YH4A 5LVRA 5EM3A 4LYWA 4A9JA 4LC2A 5D3NA 3U5MA 3O34A 4UIWA 1WUGA 4XYAA 2G4AA 4QR3A 3HMHA 1N72A 4GPJA 5EP7A 5F63A 1EQFA 5CRZA 2E7OA 5EGUA 5F5ZA 4IR3A 4YC9A 5EWCA 4UITA 4CL9A 4O72A 5I29A 3U5KA 4BW4A 4PTBA 5F60A 4QSTA 2RNYA 4KV4A 5ENCA 5E9VA 4O74A 5A5PA 2WP2A 5A82A 3ONIA 5IGLA 2F6NA 5EICA 5BT3A 5FH7A 4NRCA 4UIZA 3UV2A 4YADA 5CQ8A 3O37A 4LRGA 2N9GA 2YQDA 5EWWA 4Z1SA 3U5NA 4O7AA 5ENJA 5ENBA 4Z1QA 4N4FA 4FLPA 5FE5A 5CQ6A 4CUUA 2OSSA 5FE7A 4PS5A 3Q2FA 4HBVA 5FFYA 5FFVA 4TZ8A 5J0DA 5FG5A 5E73A 4TT4A 3SVHA 4QR5A 3MULA 2I7KA 5AMEA 4TU6A 5AD3A 4QEUA 2YW5A 4O70A 3JVMA 5F1HA 5CY9A 4LR6A 5KO4A 5LVQA 4UYFB 3NXBA 5D3PA 4MR6A 4UIYA 5HQ5A 4HXOA 5DKCA 4CFLA 4YYMA 3DWYA 4TS8A 5L99A 5CS8A 4QR4A 5C8GA 5DW1A 4X2IA 5CUCA 3JVLA 2WP1A 2R10A 4QSXA 4NR7A 5DFBA 1JM4B 3AADA 4IOQA 4QY4A 4MR3A 5IBNA 5F62A 5E0RA 4O7BA 4O75A 4WHUA 5DBMA 4NUCA 4LYSA 2KTBB 4IOOA 4QYDA 5DLZA 2MJVB 3O33A 5D26A 5L8UA 5E3DA 5FFWA 5D25A 4YY4A 5L97A 4IR4A 4UYGA 5CQAA 5D3HA 3S92A 3P1DA 4J3IA 4QEVA 5CUGA 5L98A 4A9MA 3K2JA 5EWVA 5KHMA 4MEQA 4N3WA 4MR5A 4UYFA 4LDFA 5A5QA 5IGNA 3HMFA 5CQ5A 4TZ2A 4A9HA 5G4RA 5KTUA 1JSPB 4BJXA 5FE2A 2LSPB 4E96A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5HENA 5HQ6A 5DKDA 4A9EA 2L85A 4HXRA 5EU1A 5CUBA 3SVGA 1ZS5A 4LZRA 5FE3A 5HLSA 3JVKA 5I40A 5EWDA 4WIVA 5EV9A 5A5SA 3LQIA 3UVXA 5FG6A 2RNWA 5FH8A 5DLXA 4TU4A 3LJWA 4CUQA 3LQHA 5EPBA 4UIXA 1E6IA 4MENA 4NYWA 2R0VA 4IR5A 4XUBA 5EISA 5KTWA 4LYIA 5FE8A 2YDWA 4OUFA 5F25A 4CUPA 5LKUA 2RNXA 4WHWA 5CUAA 4HXMA 2DVVA 3SVFA 4QNSA 2YEKA 5I86A 2DVRA 5ACYA 5I80A 5EA1A 5BT5A 2DVQA 4HXNA 4NS5A 3UVYA 4O7FA 4QSRA 4UYHA 5ENIA 5F3AA 4QBMA 2FSAA 4O71A 5H1UA 5FE6A 4QSWA 4ALGA 3U5LA 5CU8A 4UYDA 5F61A 3U5JA 4YYDA 2OO1A 1X0JA 5A5RA 5EI4A 5I83A 5FDZA 4YABA 3MB4A 4YYKA 5I89A 5DFCA 3U5PA 5DFDA 3S91A 5C87A 4HXKA 2L5EA 4YYNA 3I3JA 5A7CA 4QEWA 4DONA 4LZ2A 5HJCA 4CLBA 5I7YA 4A9NA 5K29A 5D3RA 4YY6A 2DKWA 3FKMX 4A9LA 5LKXA 3O36A 3D7CA 5H1VA 4PCIA 4Z6IA 4PY6A 5F36A 3IU5A 3G0LA 5FE1A 5A85A 4O76A 5FH6A 5AMFA 4HXLA 4ALHA 2R0YA 5LJ2A 3O35A 5DYXA 5ENFA 4N4GA 4NQMA 4QB3A 5E7DA 2H60A 4QSPA 2I8NA 4NYXA 4KCXA 5ENHA 3ZYUA 5FE9A 5HFRA 4NRAA 5EWHA 5E9KA 1ZKRA 1WUMA 4Q0OA 2E7NA 5C4QA 5HRXA 5D3TA 2RO1A 5C85A 4J0SA 2DWWA 5A5OA 4HXSA 5E9LA 5BT4A 4BW2A 2RFJA 5HRWA 3D1DA 3AQAA 5CPEA 3QZVA 3GG3A 2E3KA 5II1A 4NR8A 5A83A 5EPSA 4PKLA 4QC1A 5L8TA 4XY9A 3VKHA 5EPRA 5A5NA 4NUEA 4PCEA 5FB0A 5HM0A 5C89A 3VKGA 5LKZA 5CQ3A 5D3JA 4OGIA 4NXJA 4N4IA 5CUEA 5G4SA 5LJ0A 4QSUA 5HFQA 4NR4A 5H1TA 5I7XA 3LQJA 5FBXA 5I88A 4TTEA 3UV5A 5E9MA 4BW3A 4YBTA 3G0JA 4ZC9A 2RS9B 5FB1A 4HXPA 4QSQA 5FG4A 4YATA 4O7EA 3TLPA 4NQNA 2DATA 5IIDA 4QSSA 3MB3A 4MEPA 4O78A 4O7CA 5EK9A 5ENGA 4A9FA 4UIUA 4A9KA 4BHWA 4J1PA 4QZSA 5DY7A 5CFWA 3QZTA 3D1BA 5C7NA 2YELA 4OGJA 2GRCA 2EJNA 5D3LA 4TYLA 5DKHA 3UVWA 4IORA 5E74A 4HBWA 5HCLA 4NR9A 5CTLA 5ENEA 4MEOA 4ZW1A 5DYUA 3UVDA 4YYGA 4MR4A 4NRBA 4NUDA 5COIA 2D82A 5CUDA 5DYAA 4IR6A 5H85A 4NYVA 4BW1A 4YK0A 5CQTA 3RCWA 5IGMA 4AKGA 5E9IA 4QC3A 3JVJA 5IG6A 5CQ7A 2RI7A 4XY8A 3MQMA 4CUSA 4ZQLA 4QYLA 5CZGA 5D3SA 4XUAA 5D7XA 5E3GA 4Z93A 5EQ1A 3MXFA 2D9EA 5I1QA 5JI8A 2YYNA 3MUKA 5A81A 3HMEA 5JWMA 5HELA 3IU6A 4YBSA 4AKHA 5DYCA 5DX4A 3DAIA 3P1FA 4QUUA 4Y03A 5II2A 5CP5A 3Q2EA 3P1EA 4LZSA 5HEMA 4UYEA 4CUTA 4HBYA 4YBMA 5DW2A 4C67A 4J0RA 5CRMA 5LKTA 5F1LA 5KTXA 2YEMA 4A9IA 5CGPA 4NR6A 4CURA 3LXJA 4F3IA 4YAXA 2L84A 4QUTA 5ETDA 4C66A 4O77A 5CQ4A 4Q0NA 4KV1A 3P5OA 4AKNA 4YYHA 5D0CA 5L96A 1F68A 5E9YA 5TCMA 3UW9A 5FE0A 5LUUA 2NXBA 3U5OA 5KU3A 3P1CA 5F2PA 4Z6HA 5HQ7A 5ETBA 4TQNA 1PUOA 4QSVA 2DVSA 4UIVA 5TB6A 2F6JA 4RVRA 2OUOA 3QZSA 5HRVA 4TT2A 5IGKA 4TT6A 4HBXA 5AD2A 5FE4A 2R0SA 5D24A 3UV4A 4CFKA 4YYIA 4A9OA 4N4HA 4YH3A 4NR5A 5LJ1A 4YYJA 5EVAA 4YH4A 5LVRA 5EM3A 4LYWA 4A9JA 4LC2A 5D3NA 3U5MA 3O34A 4UIWA 1WUGA 4XYAA 2G4AA 4QR3A 3HMHA 1N72A 4GPJA 5EP7A 5F63A 1EQFA 5CRZA 2E7OA 5EGUA 5F5ZA 4IR3A 4YC9A 5EWCA 4UITA 4CL9A 4O72A 5I29A 3U5KA 4BW4A 4PTBA 5F60A 4QSTA 2RNYA 4KV4A 5ENCA 5E9VA 4O74A 4AKIA 5A5PA 3ERRA 2WP2A 5A82A 3ONIA 5IGLA 2F6NA 5EICA 5BT3A 5FH7A 4NRCA 4UIZA 3UV2A 4YADA 5CQ8A 3O37A 4LRGA 2N9GA 2YQDA 5EWWA 4Z1SA 3U5NA 4O7AA 5ENJA 5ENBA 4Z1QA 4N4FA 4FLPA 5FE5A 5CQ6A 4CUUA 2OSSA 5FE7A 4PS5A 3Q2FA 4HBVA 5FFYA 5FFVA 4TZ8A 5J0DA 5FG5A 5E73A 4TT4A 3SVHA 4QR5A 3MULA 2I7KA 5AMEA 4TU6A 5AD3A 4QEUA 2YW5A 4O70A 3JVMA 5F1HA 5CY9A 4LR6A 5KO4A 5LVQA 4UYFB 3NXBA 5D3PA 4MR6A 4UIYA 5HQ5A 4HXOA 5DKCA 4CFLA 4YYMA 3DWYA 4TS8A 5L99A 5CS8A 4QR4A 5C8GA 5DW1A 4X2IA 5CUCA 3JVLA 2WP1A 2R10A 4QSXA 4NR7A 5DFBA 1JM4B 3AADA 4IOQA 4QY4A 4MR3A 5IBNA 5F62A 5E0RA 4O7BA 4O75A 4WHUA 4AI6A 5DBMA 4NUCA 4LYSA 2KTBB 4IOOA 4QYDA 5DLZA 2MJVB 3O33A 5D26A 5L8UA 5E3DA 5FFWA 5D25A 4YY4A 5L97A 4IR4A 4UYGA 5CQAA 5D3HA 3S92A 3P1DA 4J3IA 4QEVA 5CUGA 5L98A 4A9MA 3K2JA 5EWVA 5KHMA 4MEQA 4N3WA 4MR5A 4UYFA 4LDFA 5A5QA 5IGNA 3HMFA 5CQ5A 4TZ2A 4A9HA 5G4RA 5KTUA 1JSPB 4BJXA 5FE2A 2LSPB 4E96A
chains in the Genus database with same CATH topology
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