3G0JA

Crystal structure of the fifth bromodomain of human poly-bromodomain containing protein 1 (pb1)
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
117
structure length
117
Chain Sequence
ISPKKSKYMTPMQQKLNEVYEAVKNYTDKRGRRLSAIFLRLPSRSELPDYYLTIKKPMDMEKIRSHMMANKYQDIDSMVEDFVMMFNNACTYNEPESLIYKDALVLHKVLLETRRDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Crystal Structure of the fifth Bromodomain of Human Poly-bromodomain containing protein 1 (PB1)
rcsb
molecule tags Transcription
source organism Homo sapiens
molecule keywords Protein polybromo-1
total genus 40
structure length 117
sequence length 117
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-01-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 3g0jA00
4HXSA 4XY8A 2OSSA 4TZ8A 2N9GA 5I7YA 4LYSA 4QZSA 2D9EA 4HXOA 5EGUA 5EWHA 4BW4A 5G4RA 2NXBA 4QR3A 4QSSA 4UIVA 5EWDA 5TB6A 3MB4A 5L97A 4O74A 3U5KA 5IIDA 5F5ZA 4CUUA 4IOOA 3HMEA 4UIXA 5DLZA 2YDWA 5D3SA 4A9KA 5DFCA 4A9MA 4QR5A 5EWVA 5CFWA 4QC3A 5E3DA 4YY4A 5DLXA 4KV1A 5A83A 4O7CA 3MULA 4YYKA 3UW9A 5EP7A 5H85A 4YY6A 3UVYA 2R0VA 4YABA 2DATA 2E7OA 4TT4A 4TQNA 5LKTA 4QUTA 4CUPA 5FH8A 3O34A 5FG6A 5E0RA 3AQAA 5HELA 4TU6A 2R0SA 5C89A 3JVLA 4QSTA 3ZYUA 5E9YA 3P1FA 4ZC9A 5CQ4A 4C66A 4IR4A 2WP1A 3HMFA 4NS5A 5A85A 4HXNA 5CUDA 5FE7A 2RS9B 5EISA 1E6IA 4CFLA 4CUSA 4YYDA 4Z93A 5L98A 4J1PA 2YQDA 4YBMA 4PTBA 4ALHA 4CUQA 4J0SA 5K29A 4QYLA 4A9FA 2F6NA 4O7EA 4E96A 2RNWA 5D3RA 5FB1A 2KTBB 2G4AA 1WUMA 4TT6A 5I1QA 1WUGA 3LJWA 5I80A 2YYNA 4MEQA 4MR5A 4OGJA 3IU5A 5ENEA 4A9NA 5H1VA 5JI8A 5FH6A 5I86A 4NYWA 2L85A 3GG3A 4LDFA 4BW1A 4ZQLA 5FDZA 4NR8A 5A7CA 4OGIA 4QUUA 5EU1A 3U5OA 2MJVB 5CUGA 5A5QA 5D24A 4WHWA 4O77A 5KTUA 5DY7A 2RI7A 4CURA 2H60A 3LQHA 3D7CA 4HXMA 5BT4A 4MEPA 5F36A 5E9IA 4UYDA 5HRXA 5F1LA 5KU3A 4QSPA 4NR7A 4LR6A 5DBMA 5A5OA 5IGNA 5D3JA 3UVWA 4OUFA 4CL9A 5IGLA 4A9EA 2RFJA 4NYVA 5A5SA 4QSUA 2L84A 5ETDA 4FLPA 5LJ2A 4TYLA 4YYGA 5DW1A 4CLBA 5FBXA 4RVRA 5AD2A 2RO1A 4MR4A 1X0JA 2D82A 5CQ6A 5HRVA 4WHUA 5FG4A 4UIWA 5H1TA 4YH4A 5EPBA 5A5RA 2DVSA 5CUCA 4CFKA 2E7NA 4O7BA 4YBSA 5F60A 5CPEA 3U5JA 5A5PA 4YK0A 4NRBA 5CP5A 5ETBA 4Z1SA 4YATA 5C87A 3U5PA 4MENA 3UV2A 5BT5A 3SVFA 5HEMA 3IU6A 2R0YA 5KTWA 5C4QA 5A82A 5DX4A 5KHMA 4TTEA 4O76A 2F6JA 4NQMA 4UYGA 5ACYA 4YYHA 4KV4A 5FFYA 4LRGA 5IBNA 4O72A 5HCLA 4A9HA 5ENBA 3ONIA 4N4GA 4HXRA 4NUDA 3LXJA 4QEWA 5D3HA 4HXKA 3P5OA 5HFRA 4UYFA 4HXPA 4XUBA 4NYXA 5FE3A 4UIUA 2YEKA 5CQ8A 4QEUA 4O78A 3UVXA 5LJ1A 3QZSA 5DFBA 5CUBA 4ZW1A 5D7XA 4UITA 5FG5A 3MXFA 4O7AA 5HFQA 5FE5A 5CY9A 4PKLA 5HENA 4GPJA 5I88A 5AD3A 3RCWA 5H1UA 4Z6IA 5F62A 3U5NA 4KCXA 5AMFA 5DFDA 4QSVA 5C7NA 4TZ2A 4BW3A 5CGPA 4DONA 4UYHA 3QZTA 1F68A 5TCMA 5LVQA 2WP2A 4N4IA 3UV5A 4A9OA 4ALGA 5J0DA 4O70A 5DYUA 5HRWA 3DAIA 3O35A 4IR3A 4LZSA 4Y03A 3UVDA 3Q2EA 4NQNA 2YEMA 5KTXA 3O37A 5FE2A 5FE9A 4YADA 5DKHA 4J0RA 4QSWA 3MUKA 2DWWA 3SVGA 1JSPB 4QC1A 4IR6A 4QY4A 1EQFA 4LZ2A 5HQ7A 3I3JA 5CQ7A 3JVKA 5EK9A 5FH7A 4YYIA 2RNYA 5L99A 4PCIA 5DKDA 5E7DA 5CS8A 5CUEA 5ENJA 4F3IA 5HQ6A 1JM4B 5ENGA 4YC9A 4QSXA 4WIVA 5D3TA 5EPRA 5EV9A 2DVRA 5COIA 3P1DA 4NUCA 5E73A 5DYCA 3JVMA 5KO4A 4AKNA 2OO1A 4TS8A 3U5MA 3U5LA 5LJ0A 5C85A 5ENFA 5F1HA 5LUUA 1ZS5A 5I7XA 4Q0NA 4HBVA 5HJCA 4NR5A 3LQJA 2GRCA 5E3GA 2I7KA 2I8NA 3O36A 4XY9A 4IOQA 4PY6A 4O75A 5DYXA 3S92A 3SVHA 4CUTA 5IG6A 5EI4A 3Q2FA 5EVAA 5FE1A 5L8TA 4PCEA 5DW2A 5EQ1A 5E74A 5F25A 3NXBA 4X2IA 5CQAA 3S91A 4A9JA 5E9VA 5D3PA 4N3WA 5AMEA 5I83A 4NR4A 2R10A 5FB0A 4C67A 2OUOA 4NR6A 5F2PA 3P1CA 5D25A 5CTLA 5HLSA 4N4FA 2RNXA 3P1EA 3MB3A 3JVJA 4NRCA 5FE0A 5IGMA 4BHWA 5ENIA 3MQMA 5A81A 4NUEA 3UV4A 4XUAA 5LKXA 2DVVA 4BW2A 4N4HA 4A9LA 2DKWA 2L5EA 4YH3A 4BJXA 5C8GA 3FKMX 5I29A 5EPSA 5D0CA 5ENHA 3G0JA 4Q0OA 4MEOA 5LKZA 4QB3A 2LSPB 4YBTA 2YW5A 5CU8A 5CZGA 5DYAA 5E9KA 4QSRA 5E9LA 4LZRA 4LYWA 3AADA 5BT3A 4YYJA 5F63A 5EA1A 5FE4A 3O33A 5LKUA 5E9MA 4UYEA 5CQ5A 4TT2A 5EM3A 4Z6HA 3K2JA 5FFVA 3DWYA 4HBYA 4MR6A 5FFWA 3QZVA 4NR9A 4XYAA 5D26A 5CQTA 4QBMA 5F61A 4HXLA 4YYMA 5IGKA 2E3KA 4O7FA 5EICA 4MR3A 4IR5A 5G4SA 5F3AA 3TLPA 4QNSA 4QEVA 4TU4A 4Z1QA 2FSAA 5CQ3A 5DKCA 5FE8A 5FE6A 4PS5A 5II2A 4A9IA 4YYNA 2DVQA 4QYDA 5D3NA 4UIZA 3G0LA 5CRMA 4UIYA 4UYFB 5L96A 5EWCA 4O71A 3LQIA 5D3LA 5JWMA 4LC2A 5CRZA 4QSQA 4J3IA 5L8UA 5A5NA 2YELA 4YAXA 4NXJA 3HMHA 4NRAA 4LYIA 1N72A 5I40A 5ENCA 5LVRA 4HBXA 5HM0A 4IORA 5HQ5A 4HBWA 5II1A 4QR4A 5EWWA 5CUAA 5I89A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4HXSA 4XY8A 2OSSA 4TZ8A 2N9GA 5I7YA 1PUOA 4LYSA 4QZSA 2D9EA 4HXOA 5EGUA 5EWHA 4BW4A 5G4RA 2NXBA 4QR3A 4QSSA 3VKGA 4UIVA 5EWDA 5TB6A 3MB4A 5L97A 4O74A 3U5KA 5IIDA 5F5ZA 4CUUA 4IOOA 3HMEA 4UIXA 5DLZA 2YDWA 5D3SA 4A9KA 5DFCA 4A9MA 4QR5A 5EWVA 5CFWA 4QC3A 5E3DA 4YY4A 5DLXA 4KV1A 5A83A 4O7CA 3MULA 4YYKA 3UW9A 5EP7A 5H85A 4YY6A 3UVYA 2R0VA 4YABA 2DATA 2E7OA 4TT4A 4TQNA 5LKTA 4QUTA 4CUPA 5FH8A 3O34A 5FG6A 5E0RA 3AQAA 5HELA 4TU6A 2R0SA 5C89A 3JVLA 4QSTA 3ZYUA 5E9YA 3P1FA 4ZC9A 5CQ4A 4C66A 4IR4A 2WP1A 3HMFA 4NS5A 5A85A 4HXNA 5CUDA 5FE7A 2RS9B 5EISA 1E6IA 4CFLA 4CUSA 4YYDA 4Z93A 5L98A 4J1PA 2YQDA 4YBMA 4PTBA 4ALHA 4CUQA 4J0SA 5K29A 4QYLA 4A9FA 2F6NA 4O7EA 4E96A 2RNWA 5D3RA 5FB1A 4AKHA 2KTBB 2G4AA 1WUMA 4TT6A 5I1QA 1WUGA 3LJWA 5I80A 2YYNA 4MEQA 4MR5A 4OGJA 3IU5A 5ENEA 4A9NA 5H1VA 5JI8A 5FH6A 5I86A 4NYWA 2L85A 3GG3A 4LDFA 4BW1A 4ZQLA 5FDZA 4NR8A 5A7CA 4OGIA 4QUUA 5EU1A 3U5OA 2MJVB 5CUGA 5A5QA 5D24A 4WHWA 4O77A 5KTUA 5DY7A 2RI7A 4CURA 2H60A 3LQHA 3D7CA 4HXMA 5BT4A 4MEPA 5F36A 5E9IA 4UYDA 5HRXA 5F1LA 5KU3A 4QSPA 4NR7A 4LR6A 5DBMA 5A5OA 5IGNA 5D3JA 3UVWA 4OUFA 4CL9A 5IGLA 4A9EA 2RFJA 4NYVA 5A5SA 4QSUA 2L84A 5ETDA 4FLPA 5LJ2A 4TYLA 4YYGA 5DW1A 4CLBA 5FBXA 4RVRA 5AD2A 2RO1A 4MR4A 1X0JA 2D82A 5CQ6A 5HRVA 4WHUA 5FG4A 4UIWA 5H1TA 4YH4A 5EPBA 5A5RA 2DVSA 5CUCA 4CFKA 2E7NA 4O7BA 4YBSA 5F60A 5CPEA 3U5JA 5A5PA 4YK0A 4NRBA 4AKIA 4AKGA 5CP5A 5ETBA 4Z1SA 4YATA 5C87A 3U5PA 4MENA 3UV2A 5BT5A 3SVFA 5HEMA 3IU6A 2R0YA 5KTWA 5C4QA 5A82A 5DX4A 5KHMA 4TTEA 4O76A 2F6JA 4NQMA 4UYGA 5ACYA 4YYHA 4KV4A 5FFYA 4LRGA 5IBNA 4O72A 5HCLA 4A9HA 5ENBA 3ONIA 4N4GA 4HXRA 4NUDA 3LXJA 4QEWA 5D3HA 4HXKA 3P5OA 5HFRA 4UYFA 4HXPA 4XUBA 4NYXA 5FE3A 4UIUA 2YEKA 5CQ8A 4QEUA 4O78A 3UVXA 5LJ1A 3QZSA 5DFBA 5CUBA 4ZW1A 5D7XA 4UITA 5FG5A 3MXFA 4O7AA 5HFQA 5FE5A 5CY9A 4PKLA 5HENA 4GPJA 5I88A 5AD3A 3RCWA 5H1UA 4Z6IA 5F62A 3U5NA 4KCXA 5AMFA 5DFDA 4QSVA 5C7NA 4TZ2A 4BW3A 5CGPA 4DONA 4UYHA 3QZTA 1F68A 5TCMA 5LVQA 2WP2A 4N4IA 3UV5A 4A9OA 4ALGA 5J0DA 4O70A 5DYUA 5HRWA 3DAIA 3O35A 4IR3A 4LZSA 4Y03A 3UVDA 3Q2EA 4NQNA 2YEMA 5KTXA 3O37A 5FE2A 5FE9A 4YADA 5DKHA 4J0RA 4QSWA 3MUKA 2DWWA 3SVGA 1JSPB 4QC1A 4IR6A 4QY4A 1EQFA 4LZ2A 5HQ7A 3I3JA 5CQ7A 3JVKA 5EK9A 5FH7A 4YYIA 2RNYA 5L99A 4PCIA 5DKDA 5E7DA 3D1BA 5CS8A 5CUEA 5ENJA 4F3IA 5HQ6A 1JM4B 5ENGA 4YC9A 4QSXA 4WIVA 5D3TA 5EPRA 5EV9A 2DVRA 5COIA 3P1DA 4NUCA 5E73A 5DYCA 3JVMA 5KO4A 3ERRA 4AKNA 2OO1A 4TS8A 3U5MA 3U5LA 5LJ0A 5C85A 5ENFA 5F1HA 5LUUA 1ZS5A 5I7XA 4Q0NA 4HBVA 5HJCA 4NR5A 3LQJA 2GRCA 5E3GA 2I7KA 2I8NA 3O36A 4XY9A 4IOQA 4PY6A 4O75A 5DYXA 3VKHA 3S92A 3SVHA 4CUTA 5IG6A 5EI4A 3Q2FA 5EVAA 5FE1A 5L8TA 4PCEA 5DW2A 5EQ1A 5E74A 5F25A 3NXBA 4X2IA 5CQAA 3S91A 4A9JA 5E9VA 5D3PA 4N3WA 5AMEA 5I83A 4NR4A 2R10A 5FB0A 4C67A 2OUOA 4AI6A 4NR6A 5F2PA 3P1CA 5D25A 5CTLA 5HLSA 4N4FA 2RNXA 3P1EA 3MB3A 3JVJA 4NRCA 5FE0A 5IGMA 4BHWA 5ENIA 3MQMA 5A81A 4NUEA 3UV4A 4XUAA 5LKXA 2DVVA 4BW2A 4N4HA 3D1DA 4A9LA 2DKWA 2L5EA 4YH3A 4BJXA 5C8GA 3FKMX 5I29A 5EPSA 5D0CA 5ENHA 3G0JA 4Q0OA 4MEOA 5LKZA 4QB3A 2LSPB 4YBTA 2YW5A 5CU8A 5CZGA 5DYAA 5E9KA 4QSRA 5E9LA 4LZRA 4LYWA 3AADA 5BT3A 4YYJA 5F63A 5EA1A 5FE4A 3O33A 5LKUA 5E9MA 4UYEA 5CQ5A 4TT2A 5EM3A 4Z6HA 3K2JA 5FFVA 3DWYA 4HBYA 4MR6A 5FFWA 3QZVA 4NR9A 4XYAA 5D26A 5CQTA 4QBMA 5F61A 4HXLA 4YYMA 5IGKA 2E3KA 4O7FA 5EICA 4MR3A 4IR5A 5G4SA 2EJNA 5F3AA 3TLPA 4QNSA 4QEVA 4TU4A 4Z1QA 2FSAA 5CQ3A 5DKCA 5FE8A 5FE6A 4PS5A 5II2A 4A9IA 4YYNA 2DVQA 4QYDA 5D3NA 4UIZA 3G0LA 5CRMA 4UIYA 4UYFB 5L96A 5EWCA 4O71A 3LQIA 5D3LA 5JWMA 4LC2A 5CRZA 4QSQA 4J3IA 5L8UA 1ZKRA 5A5NA 2YELA 4YAXA 4NXJA 3HMHA 4NRAA 4LYIA 1N72A 5I40A 5ENCA 5LVRA 4HBXA 5HM0A 4IORA 5HQ5A 4HBWA 5II1A 4QR4A 5EWWA 5CUAA 5I89A
chains in the Genus database with same CATH topology
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