5C87A

Crystal structure of the human brpf1 bromodomain in complex with seed2
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
112
structure length
112
Chain Sequence
MQLTPFLILLRKTLEQLQEKDTGNIFSEPVPLSEVPDYLDHIKKPMDFFTMKQNLEAYRYLNFDDFEEDFNLIVSNCLKYNAKDTIFYRAAVRLREQGGAVLRQARRQAEKM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Twenty Crystal Structures of Bromodomain and PHD Finger Containing Protein 1 (BRPF1)/Ligand Complexes Reveal Conserved Binding Motifs and Rare Interactions.
pubmed doi rcsb
molecule tags Dna binding protein
source organism Homo sapiens
molecule keywords Peregrin
total genus 41
structure length 112
sequence length 112
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-06-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5c87A00
5D3TA 2NXBA 5DYXA 5HRXA 4O75A 4O7EA 5DYCA 2DKWA 5C4QA 2E7OA 3G0JA 2RFJA 3LQIA 5A85A 5E9VA 5DKHA 4NR5A 4O7BA 2YW5A 5CY9A 1F68A 5FH8A 5CQ4A 5H1VA 3QZSA 3O35A 4C67A 2KTBB 5KTUA 4HBWA 4CFLA 5ETBA 5IGNA 5EPBA 4O77A 2L5EA 3P1FA 4ZW1A 5DY7A 5E73A 5D3SA 5IGLA 3O37A 2F6NA 4LZ2A 4TZ8A 2D82A 2YQDA 5DLZA 5L99A 4MR5A 5ENHA 4HXSA 4PY6A 1JM4B 3TLPA 4DONA 4TYLA 5LKZA 2RS9B 2N9GA 5CQAA 4LZRA 1EQFA 3MB3A 5AMFA 3G0LA 4NUEA 4UYDA 5FE2A 5I1QA 3RCWA 5FFWA 2YDWA 4J3IA 4MR3A 2YYNA 5D25A 5EP7A 3S92A 4QR5A 5D26A 4A9NA 3UVWA 5F60A 5D3LA 4WHUA 5CS8A 5A5QA 4XY8A 4A9IA 2RO1A 5CUGA 3U5KA 4A9LA 3P5OA 5FG4A 5J0DA 4HXOA 4QYDA 3O36A 4YBTA 4O74A 3JVLA 5EWWA 5F36A 4LRGA 2OO1A 2WP1A 4LR6A 5F25A 3UV5A 4HXKA 4PS5A 4XUBA 3UV4A 5C85A 3MQMA 5FB1A 3QZVA 4BHWA 5EVAA 2MJVB 3IU5A 5E9IA 4QR4A 2R0VA 5H1UA 4CUTA 4NR6A 5IBNA 5D3RA 4CUQA 5DKDA 4E96A 4YH3A 4HXMA 3U5PA 4UYFA 4BW4A 5E9MA 5EICA 5G4SA 3LQHA 4NQNA 3UVYA 4N4GA 2YELA 5FDZA 5ENBA 5BT4A 3HMEA 5EISA 5HEMA 4X2IA 5C89A 5HENA 5D24A 1WUMA 3Q2EA 5F2PA 3DAIA 5HRVA 5C7NA 3U5MA 4IR4A 4HXPA 5IGMA 4F3IA 5CQ7A 4TTEA 4CFKA 5HQ7A 5A5RA 4FLPA 4YADA 4NXJA 4N3WA 5HQ5A 4YH4A 3JVJA 4MR6A 4QSXA 3U5JA 5EQ1A 4O7CA 5CGPA 4UIYA 5EPSA 4UIUA 3MXFA 3S91A 5DKCA 4UYGA 4YBMA 5CFWA 4XYAA 4A9OA 5E74A 4IR3A 5A5PA 2DATA 3ONIA 2OUOA 4BJXA 4Z6IA 5TB6A 5IG6A 2RI7A 4QY4A 1E6IA 5DYUA 5FE7A 5AD3A 5F62A 5DLXA 5CQ6A 5FE4A 5A7CA 4XUAA 4J1PA 4QZSA 4XY9A 4NYXA 2L84A 5CU8A 4UIWA 5CUDA 4Y03A 4QSQA 4C66A 4A9EA 5L8TA 4YYDA 4Z6HA 5L98A 4YYIA 5KO4A 4CUUA 4N4IA 5A81A 3P1EA 4PTBA 4BW2A 5COIA 4MEPA 2YEMA 5HFQA 4TT4A 4LYSA 4PKLA 5L96A 4MR4A 3U5NA 4QC3A 4TU4A 4O70A 4AKNA 5HLSA 3IU6A 4IOOA 4UYHA 5DBMA 1N72A 4Z1QA 4ALHA 3P1CA 4A9KA 4YYGA 4QNSA 3SVFA 4TS8A 4QEUA 4QSWA 5FH6A 5LJ2A 5FE6A 1JSPB 4UIZA 4A9FA 4CURA 5E9LA 5E9YA 3LJWA 5TCMA 3NXBA 5F1LA 4NR8A 4TT6A 4YBSA 4N4HA 3O34A 4HBVA 5H1TA 3O33A 5IIDA 3DWYA 5A5OA 5DW1A 5CQTA 5KTWA 5EM3A 4TU6A 5CUAA 4YAXA 5CZGA 2DVQA 4GPJA 5KTXA 3FKMX 4A9HA 2RNYA 4YYJA 4QR3A 5HFRA 5CQ8A 2LSPB 3MUKA 4NR4A 2DVSA 4BW3A 5A83A 5D3PA 5AMEA 5E9KA 4QYLA 5G4RA 5IGKA 4LC2A 5CRZA 5FH7A 5LVQA 5FFYA 4QEWA 3AQAA 1ZS5A 3K2JA 5E7DA 3MULA 4Q0OA 4A9JA 4LYWA 4UIVA 4MEOA 4ZQLA 4IR5A 3U5LA 5H85A 5HELA 4HBXA 5K29A 4ZC9A 5CTLA 5JWMA 2F6JA 2DVRA 5CUBA 5C87A 1X0JA 2RNWA 4KV1A 5FG6A 5LJ0A 2E3KA 5ENCA 4J0SA 3HMFA 3QZTA 5D0CA 4IOQA 5I80A 1WUGA 2G4AA 5D3JA 5FFVA 4PCEA 5DW2A 3D7CA 2DVVA 5I83A 4NUCA 2FSAA 4NYVA 5F5ZA 4KV4A 4YC9A 2I7KA 2DWWA 5LVRA 4LYIA 4OGJA 4CUPA 4QUUA 5LUUA 4HXNA 5EWDA 3SVGA 4CL9A 4NS5A 5D3NA 4YYHA 5A82A 4NYWA 3UV2A 3GG3A 4MENA 5FE9A 5I89A 5FE3A 4O7AA 5I86A 5EU1A 4A9MA 4ALGA 5LKUA 2D9EA 5E3DA 5EK9A 5BT5A 5FE8A 4MEQA 5LJ1A 4KCXA 5F61A 5HQ6A 3I3JA 5EWHA 4YY4A 5HJCA 2YEKA 2OSSA 4HXLA 4Z1SA 5ETDA 4OUFA 4TT2A 4IR6A 5ACYA 2E7NA 5FE5A 4QB3A 5CPEA 3UVXA 2GRCA 4O7FA 4LDFA 4QSUA 3AADA 4O78A 5JI8A 4BW1A 4WIVA 4NRCA 5AD2A 5DX4A 4QBMA 3UVDA 3U5OA 3Q2FA 4QUTA 3UW9A 5A5NA 5ENEA 4CUSA 4RVRA 5D3HA 5LKXA 4YY6A 3LQJA 5FB0A 2R0YA 5L8UA 5A5SA 5EWVA 4UIXA 2L85A 4OGIA 5II2A 4YK0A 2I8NA 5I88A 5DFDA 4QSPA 4UYFB 4O76A 5F1HA 5KU3A 4YABA 4TZ2A 4N4FA 5CP5A 4UYEA 5C8GA 3P1DA 5E0RA 5ENIA 5ENGA 4YYNA 3ZYUA 2WP2A 5D7XA 4QSRA 4QSTA 3MB4A 5ENJA 3HMHA 4NUDA 2RNXA 4YATA 4QEVA 5F3AA 5F63A 4HBYA 5LKTA 4NQMA 5EV9A 2H60A 4HXRA 5HM0A 4WHWA 3JVKA 5FG5A 5CUEA 2R0SA 3JVMA 4UITA 5I7YA 4NR9A 4Z93A 5L97A 4IORA 4NRBA 4NRAA 5FE0A 5HCLA 5I29A 5DYAA 5CRMA 5EI4A 5KHMA 5E3GA 5II1A 4QC1A 5EA1A 5FBXA 5ENFA 5CUCA 4TQNA 5I40A 5FE1A 2R10A 5HRWA 4Q0NA 4YYMA 5DFBA 5EGUA 4QSVA 4PCIA 4LZSA 4O71A 4QSSA 3SVHA 4CLBA 4J0RA 5CQ5A 3LXJA 5EWCA 4YYKA 5BT3A 4O72A 5DFCA 5CQ3A 5I7XA 5EPRA 4NR7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5D3TA 2NXBA 5DYXA 5HRXA 4O75A 4O7EA 5DYCA 2DKWA 5C4QA 2E7OA 3G0JA 2RFJA 3LQIA 5A85A 4AKGA 5E9VA 5DKHA 3D1BA 4NR5A 4O7BA 2YW5A 5CY9A 1F68A 5FH8A 5CQ4A 5H1VA 3QZSA 3O35A 4C67A 2KTBB 5KTUA 4HBWA 4CFLA 5ETBA 5IGNA 5EPBA 4O77A 2L5EA 3P1FA 4ZW1A 5DY7A 5E73A 5D3SA 5IGLA 3O37A 2F6NA 4LZ2A 4TZ8A 2D82A 2YQDA 5DLZA 5L99A 4MR5A 5ENHA 4HXSA 4PY6A 1JM4B 3TLPA 4DONA 3D1DA 4TYLA 5LKZA 2RS9B 2N9GA 5CQAA 4LZRA 1EQFA 3MB3A 5AMFA 3G0LA 4NUEA 4UYDA 5FE2A 5I1QA 3RCWA 5FFWA 2YDWA 4J3IA 4MR3A 2YYNA 5D25A 5EP7A 3S92A 4QR5A 1PUOA 5D26A 4A9NA 3UVWA 5F60A 5D3LA 4WHUA 5CS8A 5A5QA 4XY8A 4A9IA 2RO1A 5CUGA 3U5KA 4A9LA 3P5OA 5FG4A 5J0DA 4HXOA 4QYDA 3O36A 4YBTA 4O74A 3JVLA 5EWWA 5F36A 4LRGA 2OO1A 2WP1A 2EJNA 4LR6A 4AKIA 5F25A 3UV5A 4HXKA 4PS5A 4XUBA 3UV4A 5C85A 3MQMA 5FB1A 3QZVA 4BHWA 5EVAA 2MJVB 3IU5A 5E9IA 4QR4A 2R0VA 5H1UA 4CUTA 4NR6A 5IBNA 5D3RA 4CUQA 5DKDA 4E96A 4YH3A 4HXMA 3U5PA 4UYFA 4BW4A 5E9MA 5EICA 5G4SA 3LQHA 4NQNA 3UVYA 4N4GA 2YELA 5FDZA 5ENBA 5BT4A 3HMEA 5EISA 5HEMA 4X2IA 5C89A 5HENA 5D24A 3VKGA 1WUMA 3Q2EA 5F2PA 3DAIA 5HRVA 5C7NA 3U5MA 4IR4A 4HXPA 5IGMA 4F3IA 5CQ7A 4TTEA 4CFKA 5HQ7A 5A5RA 4FLPA 4YADA 4NXJA 4N3WA 5HQ5A 4YH4A 3JVJA 4MR6A 4QSXA 3U5JA 5EQ1A 4O7CA 1ZKRA 5CGPA 4UIYA 5EPSA 4UIUA 3MXFA 3S91A 5DKCA 4UYGA 4YBMA 5CFWA 4XYAA 4A9OA 5E74A 4IR3A 4AI6A 5A5PA 2DATA 3ONIA 2OUOA 4BJXA 4Z6IA 5TB6A 5IG6A 2RI7A 4QY4A 1E6IA 5DYUA 5FE7A 5AD3A 5F62A 5DLXA 5CQ6A 5FE4A 5A7CA 4XUAA 4J1PA 4QZSA 4XY9A 4NYXA 2L84A 5CU8A 4UIWA 5CUDA 4Y03A 4QSQA 4C66A 4A9EA 5L8TA 4YYDA 4Z6HA 5L98A 4YYIA 5KO4A 4CUUA 4N4IA 5A81A 3P1EA 4PTBA 4BW2A 5COIA 4MEPA 2YEMA 5HFQA 4TT4A 4LYSA 4PKLA 5L96A 4MR4A 3U5NA 4QC3A 4TU4A 4O70A 4AKNA 5HLSA 3IU6A 4IOOA 4UYHA 5DBMA 1N72A 4Z1QA 4ALHA 3P1CA 4A9KA 4YYGA 4QNSA 3SVFA 4TS8A 4QEUA 4QSWA 5FH6A 5LJ2A 5FE6A 1JSPB 4UIZA 4A9FA 4CURA 5E9LA 5E9YA 3LJWA 5TCMA 3NXBA 5F1LA 4NR8A 4TT6A 4YBSA 4N4HA 3O34A 4HBVA 5H1TA 3O33A 5IIDA 3DWYA 5A5OA 5DW1A 5CQTA 5KTWA 5EM3A 4TU6A 5CUAA 4YAXA 5CZGA 2DVQA 4GPJA 5KTXA 3FKMX 4A9HA 2RNYA 4YYJA 4QR3A 5HFRA 5CQ8A 2LSPB 3MUKA 4NR4A 2DVSA 4BW3A 5A83A 5D3PA 5AMEA 5E9KA 4QYLA 5G4RA 5IGKA 4LC2A 5CRZA 5FH7A 5LVQA 5FFYA 4QEWA 3AQAA 1ZS5A 3K2JA 5E7DA 3MULA 4Q0OA 4A9JA 4LYWA 4UIVA 4MEOA 4ZQLA 4IR5A 3U5LA 5H85A 5HELA 4HBXA 5K29A 4ZC9A 5CTLA 5JWMA 2F6JA 2DVRA 5CUBA 5C87A 1X0JA 2RNWA 4KV1A 5FG6A 5LJ0A 2E3KA 5ENCA 4J0SA 3HMFA 3QZTA 5D0CA 4IOQA 5I80A 1WUGA 2G4AA 5D3JA 5FFVA 4PCEA 5DW2A 3D7CA 2DVVA 5I83A 4NUCA 2FSAA 4NYVA 5F5ZA 4KV4A 4YC9A 2I7KA 2DWWA 5LVRA 4LYIA 3VKHA 4OGJA 4CUPA 4QUUA 5LUUA 4HXNA 5EWDA 3SVGA 4CL9A 4NS5A 5D3NA 4YYHA 5A82A 4NYWA 3UV2A 3GG3A 4MENA 5FE9A 5I89A 5FE3A 4O7AA 5I86A 5EU1A 4A9MA 4ALGA 5LKUA 2D9EA 5E3DA 5EK9A 5BT5A 5FE8A 4MEQA 5LJ1A 4KCXA 5F61A 5HQ6A 3I3JA 5EWHA 4YY4A 5HJCA 2YEKA 2OSSA 4HXLA 4Z1SA 5ETDA 4OUFA 4TT2A 4IR6A 5ACYA 2E7NA 5FE5A 4QB3A 5CPEA 3UVXA 2GRCA 4O7FA 4LDFA 4QSUA 3AADA 4O78A 5JI8A 4BW1A 3ERRA 4WIVA 4NRCA 5AD2A 5DX4A 4QBMA 3UVDA 3U5OA 3Q2FA 4QUTA 3UW9A 5A5NA 5ENEA 4CUSA 4AKHA 4RVRA 5D3HA 5LKXA 4YY6A 3LQJA 5FB0A 2R0YA 5L8UA 5A5SA 5EWVA 4UIXA 2L85A 4OGIA 5II2A 4YK0A 2I8NA 5I88A 5DFDA 4QSPA 4UYFB 4O76A 5F1HA 5KU3A 4YABA 4TZ2A 4N4FA 5CP5A 4UYEA 5C8GA 3P1DA 5E0RA 5ENIA 5ENGA 4YYNA 3ZYUA 2WP2A 5D7XA 4QSRA 4QSTA 3MB4A 5ENJA 3HMHA 4NUDA 2RNXA 4YATA 4QEVA 5F3AA 5F63A 4HBYA 5LKTA 4NQMA 5EV9A 2H60A 4HXRA 5HM0A 4WHWA 3JVKA 5FG5A 5CUEA 2R0SA 3JVMA 4UITA 5I7YA 4NR9A 4Z93A 5L97A 4IORA 4NRBA 4NRAA 5FE0A 5HCLA 5I29A 5DYAA 5CRMA 5EI4A 5KHMA 5E3GA 5II1A 4QC1A 5EA1A 5FBXA 5ENFA 5CUCA 4TQNA 5I40A 5FE1A 2R10A 5HRWA 4Q0NA 4YYMA 5DFBA 5EGUA 4QSVA 4PCIA 4LZSA 4O71A 4QSSA 3SVHA 4CLBA 4J0RA 5CQ5A 3LXJA 5EWCA 4YYKA 5BT3A 4O72A 5DFCA 5CQ3A 5I7XA 5EPRA 4NR7A
chains in the Genus database with same CATH topology
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