4YH3A

Crystal structure of human brd4(1) in complex with 4-[(2e)-3-(4-methoxyphenyl)-2-phenylprop-2-enoyl]-3,4-dihydroquinoxalin-2(1h)-one (compound 19a)
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
128
structure length
128
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEET
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title Discovery of a new chemical series of BRD4(1) inhibitors using protein-ligand docking and structure-guided design.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Protein binding
total genus 44
structure length 128
sequence length 128
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-02-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4yh3A01
4NR9A 5F25A 5LKTA 2WP1A 3U5PA 4MEOA 5CGPA 4YY4A 5FE7A 4HBYA 5A81A 2L84A 5ACYA 2RNWA 2YEKA 5DW1A 5I88A 2E7NA 5BT5A 4HBWA 3O35A 4O75A 5AMFA 2R10A 4N3WA 5EWHA 5DFBA 5LUUA 5EGUA 4RVRA 5EP7A 4LZSA 5L8UA 2H60A 4NQNA 2L5EA 3JVMA 4TS8A 5HQ7A 5FE1A 4O71A 4LYSA 4XYAA 4Z93A 5I7XA 4YYJA 4HXSA 5L98A 3UV4A 5JI8A 4Z1QA 3O33A 4ALGA 4Q0OA 4YAXA 5LKXA 4QUTA 5EPRA 4YABA 4YBTA 4YH4A 2YELA 5E9LA 3HMEA 4LDFA 4ALHA 2YW5A 5FG5A 4NUCA 4MENA 4O7BA 5C7NA 4PKLA 5C4QA 4A9JA 5EISA 1E6IA 2RI7A 4DONA 5HEMA 3UV2A 4A9IA 5IG6A 2I7KA 4QSTA 5HQ6A 5F1HA 3U5KA 5D25A 4N4GA 4PY6A 4UYHA 5FB0A 3LQIA 5DFDA 2DVQA 3MB3A 2R0YA 4TQNA 4UIYA 5EWDA 5I89A 4HXMA 5CUGA 5KO4A 2DATA 3JVJA 4BJXA 3D7CA 5DYXA 4WIVA 4MR6A 2R0VA 3LXJA 5FH7A 4A9NA 5LJ0A 5CZGA 5HJCA 5LVQA 4YK0A 4KV4A 5F2PA 4QSSA 3O37A 5FH8A 5K29A 4IORA 2F6JA 4O7AA 5L97A 5I40A 4Y03A 4QSPA 4ZW1A 4PTBA 4E96A 5DKHA 5LKZA 5D3RA 5HQ5A 4J1PA 3QZVA 4QSRA 2D9EA 5F60A 4UIWA 5DX4A 2GRCA 3Q2FA 5ENBA 5CUCA 4NXJA 5EI4A 3S91A 4NR5A 5COIA 5E7DA 5KHMA 3U5JA 3AADA 5CRMA 4QY4A 4QZSA 5BT3A 5G4SA 4XUBA 3P1FA 3QZSA 4MEPA 3NXBA 4BW3A 4XY9A 3U5MA 4LRGA 5ENIA 2G4AA 5DYUA 5KTUA 5A5RA 4UITA 4YH3A 2YDWA 4QYDA 5E9YA 5E3GA 3UVWA 4CLBA 5D3LA 5CQ5A 3UVXA 3HMFA 4TZ8A 5FE4A 5A83A 5IBNA 3MXFA 4YYGA 4A9KA 2DVRA 3SVHA 3K2JA 4BHWA 2LSPB 3ZYUA 4HXRA 3U5NA 4QEUA 1WUMA 5FE0A 5D7XA 5II1A 4J3IA 4O70A 4OGIA 4LZRA 5E9KA 4FLPA 5H85A 4UYFB 5A5PA 1WUGA 4UIUA 5E9MA 5E9VA 5EQ1A 4NR6A 2DWWA 5CQAA 5F5ZA 2DKWA 2DVSA 5D3SA 5DLZA 4A9MA 5BT4A 5CY9A 3JVLA 4IR3A 5EWVA 4QEWA 5IGKA 5IIDA 4CUQA 4CFKA 5A82A 5IGMA 5FE9A 4CFLA 3P1DA 4PCIA 2RO1A 4QR4A 5L99A 4QSQA 4YADA 5H1VA 4QSUA 4HXOA 2R0SA 4YYHA 4MR3A 4ZC9A 5EWWA 4F3IA 2I8NA 2E3KA 2YQDA 4MEQA 4C66A 5EV9A 4X2IA 5LJ2A 5E9IA 5D24A 4AKNA 4YYNA 4O77A 3LJWA 5EVAA 2N9GA 4YYIA 5LJ1A 4LC2A 4O7FA 4A9HA 2F6NA 2RS9B 5CQTA 5TCMA 3SVFA 4Q0NA 5D3NA 5E3DA 5HELA 4O7CA 5J0DA 4PS5A 4BW1A 5DKCA 5DW2A 1F68A 4QC1A 4J0SA 4QEVA 4TU4A 5F1LA 4NR8A 4YYKA 4YY6A 4CUSA 2L85A 5H1UA 5I29A 4QYLA 4UYEA 5HENA 5A85A 5HRWA 5ETDA 4O72A 4XUAA 5EA1A 5HFRA 4IOQA 4TU6A 4UIXA 4Z6HA 4YYMA 4Z1SA 4TT4A 3DWYA 4CURA 5F36A 5FE6A 5EPBA 4MR4A 5LVRA 4NUDA 4MR5A 4OGJA 4QUUA 4C67A 5KTWA 3MQMA 4QSWA 5F62A 5FFVA 5CU8A 5A5OA 5HRXA 3AQAA 4LZ2A 5FFYA 4NUEA 1N72A 4KV1A 4O7EA 1EQFA 3SVGA 5C87A 5FDZA 4UYGA 4QSXA 3MUKA 2DVVA 5EK9A 5I83A 3MB4A 4TYLA 5D3HA 4IR5A 5C85A 3MULA 4TZ2A 5IGLA 4TTEA 4BW2A 4YYDA 5D3JA 4QNSA 5DKDA 2FSAA 5CUEA 3UV5A 4HBXA 5CUBA 5HLSA 2RFJA 2E7OA 4KCXA 4PCEA 2YYNA 5FG6A 3P5OA 4HXNA 3O34A 5II2A 5ENGA 5EWCA 1X0JA 5DY7A 5I1QA 4OUFA 3QZTA 2NXBA 5ENHA 4NR7A 3G0LA 4IOOA 5AD2A 4NYVA 5FG4A 5FH6A 2OO1A 5D3PA 3HMHA 4IR4A 3P1CA 4J0RA 5FE5A 5ENJA 5CQ3A 5F61A 1ZS5A 4O76A 5I86A 5KTXA 5TB6A 3UVYA 5CQ8A 3U5OA 4CL9A 5CUDA 4NR4A 5DFCA 5AD3A 4UIZA 5L96A 4HXKA 4N4FA 4TT2A 5LKUA 4ZQLA 4NRCA 5C8GA 5FBXA 5HCLA 4CUPA 4NRAA 5ENFA 5CQ6A 4O74A 5CQ4A 4QB3A 5H1TA 4LR6A 2RNXA 5CFWA 5G4RA 3FKMX 4LYWA 5E73A 5AMEA 4QC3A 5E74A 5FE3A 4YBMA 5HM0A 4UYFA 4YBSA 5FE2A 5C89A 3GG3A 5E0RA 1JM4B 5HRVA 4NS5A 5EU1A 4N4IA 5EPSA 4YATA 4NYXA 4NQMA 2RNYA 4HXPA 5CUAA 5HFQA 3RCWA 4CUUA 4WHWA 5ENCA 5CP5A 5I7YA 1JSPB 3JVKA 4CUTA 5DLXA 2MJVB 3IU5A 4TT6A 5F63A 4HBVA 5A7CA 5CQ7A 2KTBB 3DAIA 4A9EA 4NYWA 5DBMA 5EM3A 5ETBA 4QBMA 3IU6A 5DYAA 5IGNA 5EICA 5FB1A 2OUOA 3U5LA 3ONIA 4NRBA 4UIVA 2D82A 4O78A 3Q2EA 5ENEA 4YC9A 4A9FA 5D0CA 4QR3A 5FE8A 3P1EA 5A5QA 5DYCA 4WHUA 5L8TA 5F3AA 3TLPA 5A5NA 4HXLA 5CPEA 4GPJA 3I3JA 4BW4A 5JWMA 5I80A 3G0JA 3UW9A 4QSVA 4IR6A 2YEMA 4A9LA 5CS8A 5D26A 4XY8A 3UVDA 5A5SA 3S92A 4UYDA 3LQJA 5KU3A 3O36A 4A9OA 3LQHA 5D3TA 4QR5A 5CRZA 5FFWA 4Z6IA 4N4HA 2WP2A 5CTLA 2OSSA 4LYIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NR9A 5F25A 3ERRA 3VKHA 5LKTA 2WP1A 3U5PA 4MEOA 5CGPA 4YY4A 5FE7A 4HBYA 5A81A 2L84A 5ACYA 2RNWA 2YEKA 5DW1A 5I88A 2E7NA 5BT5A 4HBWA 3O35A 4O75A 5AMFA 2R10A 4N3WA 5EWHA 5DFBA 5LUUA 5EGUA 4RVRA 5EP7A 4LZSA 5L8UA 2H60A 4NQNA 2L5EA 3JVMA 4TS8A 5HQ7A 5FE1A 4O71A 4LYSA 4XYAA 4Z93A 5I7XA 4YYJA 4HXSA 5L98A 3UV4A 5JI8A 4Z1QA 3O33A 4ALGA 4Q0OA 4YAXA 5LKXA 4QUTA 5EPRA 4YABA 4YBTA 4YH4A 1PUOA 2YELA 5E9LA 3HMEA 4LDFA 4ALHA 2YW5A 5FG5A 4NUCA 4MENA 4O7BA 5C7NA 4PKLA 5C4QA 4A9JA 5EISA 1E6IA 2RI7A 4DONA 5HEMA 3UV2A 4A9IA 5IG6A 2I7KA 4QSTA 5HQ6A 5F1HA 3U5KA 5D25A 4N4GA 4PY6A 4UYHA 5FB0A 3LQIA 5DFDA 2DVQA 3MB3A 2R0YA 4TQNA 1ZKRA 4UIYA 5EWDA 5I89A 4AI6A 4HXMA 5CUGA 5KO4A 2DATA 3JVJA 4BJXA 3D7CA 5DYXA 4WIVA 4MR6A 2R0VA 3LXJA 5FH7A 4A9NA 5LJ0A 5CZGA 5HJCA 4AKIA 5LVQA 4YK0A 4KV4A 5F2PA 4QSSA 3O37A 5FH8A 5K29A 4IORA 2F6JA 4O7AA 5L97A 5I40A 4Y03A 4QSPA 4ZW1A 4PTBA 4E96A 5DKHA 5LKZA 5D3RA 5HQ5A 4J1PA 3QZVA 4QSRA 2D9EA 5F60A 4UIWA 5DX4A 2GRCA 3Q2FA 5ENBA 5CUCA 4NXJA 5EI4A 3S91A 4NR5A 5COIA 5E7DA 5KHMA 3U5JA 3AADA 5CRMA 4QY4A 4QZSA 5BT3A 5G4SA 4XUBA 3P1FA 3QZSA 4MEPA 3NXBA 4BW3A 4XY9A 3U5MA 4LRGA 5ENIA 4AKGA 2G4AA 5DYUA 5KTUA 5A5RA 4UITA 4YH3A 2YDWA 4QYDA 5E9YA 5E3GA 3UVWA 4CLBA 5D3LA 5CQ5A 3UVXA 3HMFA 4TZ8A 5FE4A 5A83A 5IBNA 3MXFA 4YYGA 4A9KA 2DVRA 3SVHA 3K2JA 4BHWA 2LSPB 3ZYUA 4HXRA 3U5NA 4QEUA 1WUMA 5FE0A 5D7XA 5II1A 4J3IA 4O70A 4OGIA 4LZRA 5E9KA 4FLPA 5H85A 4UYFB 5A5PA 1WUGA 4UIUA 5E9MA 5E9VA 5EQ1A 4NR6A 2DWWA 5CQAA 5F5ZA 2DKWA 2DVSA 5D3SA 5DLZA 4A9MA 5BT4A 5CY9A 3JVLA 4IR3A 5EWVA 4QEWA 5IGKA 5IIDA 4CUQA 4CFKA 5A82A 5IGMA 5FE9A 4CFLA 3P1DA 4PCIA 2RO1A 4QR4A 5L99A 4QSQA 4YADA 5H1VA 4QSUA 4HXOA 2R0SA 4YYHA 4MR3A 4ZC9A 5EWWA 4F3IA 2I8NA 2E3KA 2YQDA 4MEQA 4C66A 5EV9A 4X2IA 5LJ2A 5E9IA 5D24A 2EJNA 4AKNA 4YYNA 4O77A 3LJWA 5EVAA 2N9GA 4YYIA 5LJ1A 4LC2A 4O7FA 4A9HA 2F6NA 2RS9B 5CQTA 5TCMA 3SVFA 4Q0NA 5D3NA 5E3DA 5HELA 4O7CA 5J0DA 4PS5A 4BW1A 5DKCA 5DW2A 1F68A 4QC1A 4J0SA 4QEVA 4TU4A 5F1LA 4NR8A 4YYKA 4YY6A 4CUSA 2L85A 5H1UA 5I29A 4QYLA 4UYEA 5HENA 5A85A 5HRWA 5ETDA 4O72A 4XUAA 5EA1A 5HFRA 4IOQA 4TU6A 4UIXA 4Z6HA 4YYMA 4Z1SA 4TT4A 3DWYA 4CURA 5F36A 5FE6A 5EPBA 4MR4A 5LVRA 4NUDA 4MR5A 4OGJA 4QUUA 4C67A 5KTWA 3MQMA 4QSWA 5F62A 5FFVA 5CU8A 5A5OA 5HRXA 3AQAA 4LZ2A 5FFYA 4NUEA 1N72A 4KV1A 4O7EA 1EQFA 3SVGA 5C87A 5FDZA 4UYGA 4QSXA 3MUKA 2DVVA 5EK9A 5I83A 3MB4A 4TYLA 5D3HA 4IR5A 5C85A 3MULA 4TZ2A 5IGLA 4TTEA 4BW2A 4YYDA 5D3JA 4QNSA 5DKDA 2FSAA 5CUEA 3UV5A 4HBXA 5CUBA 5HLSA 2RFJA 2E7OA 4KCXA 4PCEA 2YYNA 5FG6A 3P5OA 4HXNA 3O34A 5II2A 5ENGA 5EWCA 1X0JA 5DY7A 5I1QA 4OUFA 3QZTA 2NXBA 5ENHA 4NR7A 3G0LA 4IOOA 5AD2A 4NYVA 5FG4A 5FH6A 2OO1A 5D3PA 3HMHA 4IR4A 3P1CA 4J0RA 5FE5A 5ENJA 5CQ3A 5F61A 1ZS5A 4O76A 5I86A 5KTXA 5TB6A 3UVYA 5CQ8A 3U5OA 4CL9A 5CUDA 4NR4A 5DFCA 5AD3A 4UIZA 5L96A 4HXKA 4N4FA 4TT2A 5LKUA 4ZQLA 4NRCA 5C8GA 5FBXA 5HCLA 4CUPA 4NRAA 5ENFA 5CQ6A 4O74A 5CQ4A 4QB3A 5H1TA 4LR6A 2RNXA 5CFWA 5G4RA 3FKMX 4LYWA 5E73A 5AMEA 4QC3A 5E74A 5FE3A 4YBMA 5HM0A 4UYFA 4YBSA 5FE2A 5C89A 3GG3A 5E0RA 1JM4B 5HRVA 4NS5A 5EU1A 4N4IA 5EPSA 4YATA 4NYXA 4NQMA 2RNYA 4HXPA 5CUAA 5HFQA 4AKHA 3RCWA 4CUUA 4WHWA 5ENCA 5CP5A 5I7YA 1JSPB 3VKGA 3JVKA 4CUTA 5DLXA 2MJVB 3IU5A 4TT6A 5F63A 4HBVA 5A7CA 5CQ7A 2KTBB 3DAIA 4A9EA 4NYWA 5DBMA 5EM3A 5ETBA 4QBMA 3IU6A 5DYAA 5IGNA 5EICA 5FB1A 2OUOA 3U5LA 3D1BA 3ONIA 4NRBA 4UIVA 2D82A 4O78A 3Q2EA 5ENEA 4YC9A 4A9FA 5D0CA 4QR3A 5FE8A 3P1EA 5A5QA 5DYCA 4WHUA 5L8TA 5F3AA 3TLPA 5A5NA 4HXLA 5CPEA 4GPJA 3I3JA 4BW4A 5JWMA 5I80A 3G0JA 3UW9A 4QSVA 4IR6A 2YEMA 4A9LA 5CS8A 5D26A 4XY8A 3UVDA 5A5SA 3S92A 4UYDA 3LQJA 5KU3A 3O36A 4A9OA 3LQHA 5D3TA 4QR5A 5CRZA 5FFWA 4Z6IA 4N4HA 2WP2A 5CTLA 2OSSA 3D1DA 4LYIA
chains in the Genus database with same CATH topology
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