4YH3A

Crystal structure of human brd4(1) in complex with 4-[(2e)-3-(4-methoxyphenyl)-2-phenylprop-2-enoyl]-3,4-dihydroquinoxalin-2(1h)-one (compound 19a)
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
128
structure length
128
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEET
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Protein binding
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title Discovery of a new chemical series of BRD4(1) inhibitors using protein-ligand docking and structure-guided design.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 44
structure length 128
sequence length 128
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-02-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4yh3A01
5EVAA 5CZGA 3G0LA 5A5NA 5CS8A 3LQJA 5E0RA 4YC9A 4TU4A 4O77A 3U5MA 5DFBA 5DW2A 5EPBA 4A9IA 4QYDA 4A9FA 4N3WA 5DBMA 4O7AA 3S92A 2I8NA 5L98A 4XUBA 4N4GA 4NQNA 4E96A 5EK9A 5HFRA 4QSUA 1EQFA 5FG5A 4MR5A 2WP1A 5D24A 5CPEA 4TZ8A 5F1HA 3ZYUA 2DATA 4TT2A 5KU3A 4HXRA 4AKNA 5IIDA 1N72A 2G4AA 2NXBA 5FE4A 5FE8A 5FE3A 4MEOA 5KTUA 4MENA 3LJWA 4WHUA 4O71A 2L5EA 5A81A 3K2JA 5FB0A 2H60A 3QZVA 5FE1A 2YYNA 4YBMA 4TT4A 5D25A 4NXJA 4IR3A 4HXOA 5FFVA 5A85A 4MEPA 3IU5A 3D7CA 2DVQA 4NR9A 4CUTA 5LJ2A 4O78A 5FE5A 5TCMA 3UVXA 3P5OA 3U5OA 5CUEA 4YYNA 4CUPA 5CUCA 5ENGA 5CQTA 3MB3A 5A5QA 5TB6A 4PS5A 5CQ8A 2E7OA 3GG3A 5DYCA 2YEMA 5FE9A 4QY4A 2MJVB 4UYFA 5K29A 5CQ4A 5E9IA 5G4SA 4O7CA 5F36A 5F1LA 5EWHA 4QZSA 4NYVA 5BT5A 3O37A 4NRBA 5CQ5A 5D3LA 2FSAA 5EQ1A 5EGUA 5I89A 4CUUA 4Z6HA 2OSSA 5LKZA 4XY8A 3SVFA 5FFWA 3LQHA 5CFWA 2D82A 4Z1QA 5EM3A 5H1VA 2RS9B 4UIZA 5FB1A 5ENHA 4YY6A 4FLPA 3UV2A 4DONA 4N4HA 4QSSA 5LUUA 5EWVA 3G0JA 3O35A 5EP7A 4ZW1A 5ENBA 5E3DA 3DWYA 5KO4A 2D9EA 4LZSA 3U5KA 3O33A 4QR3A 5E9VA 5COIA 5CUDA 5C7NA 3O34A 4QSVA 4XUAA 3NXBA 5EWDA 5CY9A 4Z6IA 5ENIA 3U5JA 5I7YA 5HQ7A 5ETDA 5EWWA 5DYUA 5BT3A 2R10A 4PTBA 4UYFB 2DWWA 5FFYA 5D7XA 4QR4A 4WHWA 4LYIA 5EISA 5CRMA 5D3HA 4Q0OA 2RFJA 5E74A 4QEUA 5HJCA 4OGJA 5F3AA 3ONIA 4ZQLA 3RCWA 4XYAA 5A7CA 4N4FA 4HXMA 4KV1A 5C4QA 5F60A 4KV4A 2DKWA 4MR4A 4PCIA 4PCEA 5D3JA 1JSPB 4NUCA 4UIXA 5CU8A 5I40A 4QR5A 4CFLA 3DAIA 5KTXA 5CTLA 4RVRA 4A9MA 3AQAA 4OGIA 4YYGA 5F63A 5CRZA 4IOOA 5LJ0A 5L99A 4CFKA 4Z1SA 5A5PA 3P1FA 4YATA 4NYXA 4NR4A 4MR6A 5DLZA 5DYXA 5FH7A 4O7EA 5LKXA 3Q2EA 3UV4A 4IORA 4YADA 5A82A 4Z93A 5HM0A 5J0DA 2GRCA 5FG6A 3IU6A 2RI7A 2L84A 4TYLA 5EI4A 5JWMA 5A83A 4J3IA 5ENCA 4QUTA 3LXJA 5EPRA 5FG4A 5CQ3A 2DVSA 2E3KA 5HRXA 5F5ZA 1JM4B 5ACYA 4IR5A 4O7FA 4NUEA 4NRCA 2F6NA 4UIYA 5FE7A 1E6IA 4NR6A 4IR4A 5DKCA 5L8UA 4A9KA 5DY7A 4LDFA 4BW4A 5IBNA 5D3NA 4A9NA 5EICA 4O72A 3MULA 2I7KA 3U5LA 5C89A 4TS8A 5DKDA 4YH4A 4UYDA 5HCLA 4QC3A 3SVGA 3JVMA 4UIUA 5DKHA 4O7BA 4BW2A 2DVRA 5II2A 5IGKA 4Y03A 4KCXA 3MB4A 4LZ2A 3O36A 5E73A 4YY4A 3UVWA 5FH6A 5DLXA 5HENA 4YBTA 3HMEA 5I7XA 3HMFA 5HLSA 5C85A 4MR3A 5FE0A 4YYHA 4HXPA 2E7NA 5F25A 4UYGA 5DYAA 1X0JA 1WUGA 1WUMA 3JVKA 5L96A 4BHWA 4NS5A 5E7DA 4UITA 3I3JA 4GPJA 5D3TA 4QBMA 5LKUA 5EV9A 4IOQA 5CQ7A 4CUQA 4QB3A 5F62A 2DVVA 4ZC9A 4HXSA 2R0SA 4NR7A 2LSPB 4QC1A 5DW1A 5C87A 4YYMA 4A9JA 3JVLA 4OUFA 5EU1A 5E3GA 4CUSA 2YDWA 5D26A 5EWCA 4YK0A 5C8GA 4LRGA 4HXKA 3MQMA 3P1EA 5I83A 2RNYA 3FKMX 5II1A 4QUUA 4O76A 3S91A 4CL9A 5ENJA 5A5SA 4MEQA 5AMFA 5ETBA 4QSPA 5ENEA 4YAXA 4LYWA 5A5OA 3UVDA 4YYIA 4YH3A 2F6JA 5CGPA 5E9MA 4CURA 5H85A 4NRAA 4UIWA 4LR6A 5DFCA 3QZSA 5D0CA 4Q0NA 5DX4A 3AADA 4O70A 4NYWA 5ENFA 4LC2A 4PY6A 4C67A 4O74A 5HQ6A 5I29A 3U5NA 1ZS5A 4J1PA 4PKLA 5CQ6A 3JVJA 5IGLA 4NQMA 4BW1A 4HBWA 4HBYA 5CUBA 5HELA 4QEVA 2R0VA 2YEKA 5KHMA 5FE2A 4UIVA 5E9LA 5F2PA 4HBXA 2OUOA 5HEMA 1F68A 5CP5A 5L8TA 4LZRA 4HXNA 4YYDA 4A9LA 3P1CA 5DFDA 3QZTA 3UW9A 4NR8A 5IG6A 3LQIA 4J0RA 3UV5A 4QSQA 5LJ1A 4ALGA 5AD3A 5I80A 5I86A 5FBXA 4N4IA 5CQAA 5FE6A 3Q2FA 4YYKA 4X2IA 2RO1A 3SVHA 4YBSA 4NR5A 3P1DA 5G4RA 4XY9A 5FH8A 4NUDA 5I1QA 4QSTA 5H1UA 5HRVA 4QNSA 5L97A 4YABA 4A9OA 4HBVA 5CUAA 5CUGA 2N9GA 4UYEA 3U5PA 2WP2A 4YYJA 5HRWA 4J0SA 5BT4A 5JI8A 4IR6A 4A9EA 2RNXA 5FDZA 4A9HA 4HXLA 4QSWA 5AMEA 2YQDA 4QSRA 4BW3A 4QSXA 4TU6A 5E9YA 5IGNA 4UYHA 4QEWA 4TZ2A 5I88A 2R0YA 3TLPA 4C66A 4WIVA 5HFQA 2L85A 5LKTA 5EA1A 2YELA 4LYSA 4QYLA 4BJXA 3MUKA 4O75A 5D3SA 5F61A 2YW5A 5HQ5A 3HMHA 5IGMA 5LVQA 4TT6A 4TTEA 5A5RA 4ALHA 3UVYA 2OO1A 5E9KA 4CLBA 4F3IA 5EPSA 5H1TA 4TQNA 2KTBB 5KTWA 5LVRA 5AD2A 5D3RA 2RNWA 3MXFA 5D3PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5EVAA 5CZGA 3G0LA 5A5NA 5CS8A 3LQJA 5E0RA 4YC9A 4TU4A 4O77A 3U5MA 5DFBA 5DW2A 5EPBA 4A9IA 4QYDA 4A9FA 4N3WA 5DBMA 4O7AA 3S92A 2I8NA 5L98A 3ERRA 4XUBA 4N4GA 4NQNA 4AKIA 4E96A 5EK9A 5HFRA 4QSUA 1EQFA 5FG5A 4MR5A 2WP1A 5D24A 5CPEA 4TZ8A 5F1HA 3ZYUA 2DATA 4TT2A 5KU3A 4HXRA 4AKNA 5IIDA 1N72A 2G4AA 2NXBA 5FE4A 5FE8A 5FE3A 4MEOA 5KTUA 4MENA 3LJWA 4WHUA 4O71A 2L5EA 5A81A 3K2JA 5FB0A 2H60A 3QZVA 5FE1A 2YYNA 4YBMA 4TT4A 5D25A 4NXJA 4IR3A 4HXOA 5FFVA 2EJNA 5A85A 4MEPA 3IU5A 3D7CA 2DVQA 4NR9A 4CUTA 5LJ2A 4O78A 5FE5A 5TCMA 3UVXA 3P5OA 3U5OA 5CUEA 4YYNA 4CUPA 5CUCA 5ENGA 5CQTA 3MB3A 5A5QA 5TB6A 4PS5A 5CQ8A 2E7OA 3GG3A 5DYCA 2YEMA 5FE9A 4QY4A 2MJVB 4UYFA 5K29A 5CQ4A 5E9IA 5G4SA 4O7CA 5F36A 5F1LA 5EWHA 4QZSA 4NYVA 5BT5A 3O37A 4NRBA 5CQ5A 5D3LA 2FSAA 5EQ1A 4AKHA 5EGUA 5I89A 4CUUA 4Z6HA 2OSSA 5LKZA 4XY8A 3SVFA 5FFWA 3LQHA 5CFWA 2D82A 4Z1QA 5EM3A 5H1VA 2RS9B 4UIZA 5FB1A 5ENHA 4YY6A 4FLPA 3UV2A 4DONA 4N4HA 4QSSA 5LUUA 5EWVA 3G0JA 3O35A 5EP7A 4ZW1A 5ENBA 5E3DA 3DWYA 3VKHA 5KO4A 2D9EA 4LZSA 3U5KA 3O33A 4QR3A 5E9VA 5COIA 5CUDA 4AKGA 5C7NA 3O34A 4QSVA 4XUAA 3NXBA 5EWDA 5CY9A 4Z6IA 5ENIA 3U5JA 5I7YA 5HQ7A 5ETDA 3VKGA 5EWWA 5DYUA 5BT3A 2R10A 4PTBA 4UYFB 2DWWA 5FFYA 5D7XA 4QR4A 4WHWA 4LYIA 5EISA 5CRMA 5D3HA 4Q0OA 2RFJA 5E74A 4QEUA 5HJCA 4OGJA 5F3AA 3ONIA 4ZQLA 3RCWA 4XYAA 5A7CA 4N4FA 4HXMA 4KV1A 5C4QA 5F60A 4KV4A 2DKWA 4MR4A 4PCIA 1ZKRA 4PCEA 5D3JA 1JSPB 4NUCA 4UIXA 5CU8A 5I40A 4QR5A 4CFLA 3DAIA 5KTXA 5CTLA 4RVRA 4A9MA 3AQAA 4OGIA 4YYGA 5F63A 5CRZA 4IOOA 5LJ0A 5L99A 4CFKA 4Z1SA 5A5PA 3P1FA 4YATA 4NYXA 4NR4A 4MR6A 5DLZA 5DYXA 5FH7A 4O7EA 5LKXA 3Q2EA 3UV4A 4IORA 4YADA 5A82A 4Z93A 5HM0A 5J0DA 2GRCA 5FG6A 3IU6A 2RI7A 2L84A 4TYLA 5EI4A 5JWMA 5A83A 4J3IA 5ENCA 4QUTA 3LXJA 5EPRA 5FG4A 5CQ3A 2DVSA 2E3KA 5HRXA 5F5ZA 1JM4B 5ACYA 4IR5A 4O7FA 4NUEA 4NRCA 2F6NA 4UIYA 5FE7A 1E6IA 4NR6A 4IR4A 5DKCA 5L8UA 4A9KA 5DY7A 4LDFA 4BW4A 5IBNA 5D3NA 4A9NA 5EICA 4O72A 3MULA 2I7KA 3U5LA 5C89A 4TS8A 5DKDA 3D1BA 4YH4A 4UYDA 5HCLA 4QC3A 3SVGA 3JVMA 4UIUA 5DKHA 4O7BA 4BW2A 2DVRA 5II2A 5IGKA 4Y03A 4KCXA 3MB4A 4LZ2A 3O36A 5E73A 4YY4A 3UVWA 5FH6A 5DLXA 5HENA 4YBTA 3HMEA 5I7XA 3HMFA 5HLSA 5C85A 4MR3A 5FE0A 4YYHA 4HXPA 2E7NA 5F25A 4UYGA 5DYAA 1X0JA 1WUGA 1WUMA 3JVKA 5L96A 4BHWA 4NS5A 5E7DA 4UITA 3I3JA 4GPJA 5D3TA 4QBMA 5LKUA 5EV9A 4IOQA 5CQ7A 4CUQA 4QB3A 5F62A 2DVVA 4ZC9A 4HXSA 2R0SA 4NR7A 2LSPB 4QC1A 5DW1A 5C87A 4YYMA 4A9JA 3JVLA 4OUFA 5EU1A 5E3GA 4CUSA 2YDWA 5D26A 5EWCA 4YK0A 5C8GA 4LRGA 4HXKA 3MQMA 3P1EA 5I83A 2RNYA 3FKMX 5II1A 4QUUA 4O76A 3S91A 4CL9A 5ENJA 5A5SA 4MEQA 5AMFA 5ETBA 4QSPA 5ENEA 4YAXA 4LYWA 5A5OA 3UVDA 4YYIA 4YH3A 2F6JA 5CGPA 5E9MA 4CURA 5H85A 4NRAA 4UIWA 4LR6A 5DFCA 3QZSA 5D0CA 4Q0NA 5DX4A 3AADA 4O70A 4NYWA 5ENFA 4LC2A 4PY6A 4C67A 4O74A 5HQ6A 5I29A 3U5NA 1ZS5A 4J1PA 4PKLA 5CQ6A 3JVJA 5IGLA 4NQMA 4BW1A 4HBWA 4HBYA 5CUBA 5HELA 4QEVA 2R0VA 2YEKA 5KHMA 5FE2A 4UIVA 5E9LA 5F2PA 4HBXA 2OUOA 5HEMA 1F68A 5CP5A 5L8TA 4LZRA 4HXNA 4YYDA 4A9LA 3P1CA 1PUOA 5DFDA 3QZTA 3UW9A 4NR8A 5IG6A 3LQIA 4J0RA 3UV5A 4QSQA 5LJ1A 4ALGA 5AD3A 5I80A 5I86A 5FBXA 4N4IA 5CQAA 5FE6A 3Q2FA 4YYKA 4X2IA 2RO1A 3SVHA 4YBSA 4NR5A 3P1DA 5G4RA 4XY9A 5FH8A 4NUDA 4AI6A 5I1QA 4QSTA 5H1UA 5HRVA 4QNSA 5L97A 4YABA 4A9OA 4HBVA 5CUGA 5CUAA 2N9GA 4UYEA 3U5PA 2WP2A 4YYJA 5HRWA 4J0SA 5BT4A 5JI8A 4IR6A 4A9EA 2RNXA 5FDZA 4A9HA 4HXLA 4QSWA 5AMEA 2YQDA 4QSRA 4BW3A 4QSXA 4TU6A 5E9YA 5IGNA 4UYHA 4QEWA 4TZ2A 5I88A 2R0YA 3TLPA 4C66A 4WIVA 5HFQA 2L85A 5LKTA 5EA1A 2YELA 4LYSA 4QYLA 4BJXA 3MUKA 4O75A 5D3SA 5F61A 2YW5A 5HQ5A 3HMHA 5IGMA 5LVQA 4TT6A 4TTEA 5A5RA 4ALHA 3UVYA 2OO1A 5E9KA 4CLBA 4F3IA 5EPSA 5H1TA 4TQNA 2KTBB 5KTWA 5LVRA 5AD2A 5D3RA 2RNWA 3MXFA 5D3PA 3D1DA
chains in the Genus database with same CATH topology
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