4KV1A

Crystal structure of brd4 bromodomain 1 in complex with acetylated rel peptide
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
128
structure length
128
Chain Sequence
ASMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title Brd4 maintains constitutively active NF-kappa B in cancer cells by binding to acetylated RelA.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Transcription
total genus 43
structure length 128
sequence length 128
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-05-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4kv1A01
4CFKA 4A9NA 5H1UA 3UVWA 5CU8A 1E6IA 5F36A 5LKTA 3AQAA 5LVRA 3P1CA 4O78A 5D3RA 2FSAA 5CQ6A 5D3PA 5AMFA 4UIUA 1ZS5A 2DVRA 5A85A 4UIYA 5H1VA 5HM0A 5EI4A 4J3IA 4YABA 2H60A 4NQMA 5FE0A 2RO1A 4A9HA 2I7KA 3Q2FA 3U5PA 4QB3A 3P5OA 5FFVA 5FE3A 4BW3A 5FG6A 4Y03A 5HEMA 5D3TA 4MR4A 2WP2A 1WUGA 4WHWA 3SVFA 3HMFA 4YH4A 5A5SA 5I40A 3U5MA 3UVXA 5FB1A 3ZYUA 4ZC9A 4CUTA 3MB4A 4C67A 4QUTA 2D82A 4AKNA 5A83A 4Z1QA 5DW2A 4YC9A 4PCEA 4YYNA 4TS8A 5A5OA 4A9FA 5F62A 5HENA 5E9KA 5D26A 4LRGA 4A9LA 3G0LA 5EP7A 5DYXA 4O7AA 2F6JA 5CUCA 5LKUA 4HBYA 4TZ8A 5CP5A 5E73A 2YDWA 5FBXA 5BT5A 4UYDA 5KO4A 5FE6A 4PY6A 4QSWA 2MJVB 4BJXA 5LJ2A 4O71A 2L5EA 5L98A 4QBMA 4CLBA 2WP1A 5CTLA 3S92A 5KTWA 4NQNA 5EK9A 3P1FA 3LQIA 2DVVA 4TQNA 4IOQA 2GRCA 5FE8A 4KCXA 4QSRA 2DATA 4GPJA 5J0DA 3K2JA 5CQ7A 5L8UA 5TB6A 5F1LA 5IGLA 3Q2EA 5D3LA 3D7CA 5HCLA 5ENGA 4Z93A 4UIWA 4NUDA 5FH8A 4LR6A 5I7YA 4NRAA 2RFJA 5KTXA 5LKZA 4TZ2A 4LC2A 3S91A 5HQ6A 4PCIA 4HXOA 4A9MA 5CFWA 3UV4A 5CRMA 4YYDA 5ETDA 4CUUA 5HFQA 2D9EA 3AADA 5E9LA 3JVMA 4YY4A 5CUGA 5D7XA 5ACYA 4J0RA 5E9YA 5II1A 4PTBA 4LYWA 5LUUA 3RCWA 4OGIA 4TT2A 5E0RA 3O34A 4HXLA 5DLZA 4YYJA 4QR5A 4IORA 4O70A 1EQFA 5E9VA 5HRWA 2YEMA 5FE4A 2F6NA 5E3DA 4YYGA 4UIXA 5F3AA 5I1QA 5FFYA 5CS8A 3UV2A 3O37A 4UITA 5EPBA 4YH3A 4CUSA 5CUAA 2E7NA 5A5RA 3IU6A 4TU6A 4TT4A 3U5LA 5LKXA 4IR5A 4KV1A 4PS5A 5TCMA 4UIZA 2LSPB 4QSVA 4O7FA 4NR9A 4HBXA 2DWWA 5CUBA 5DKHA 4F3IA 3QZSA 5ENJA 2YELA 2L85A 5A81A 5LJ1A 4NR8A 4Z6IA 4E96A 3JVKA 4MR5A 2RNXA 4O7EA 4Q0NA 3U5OA 5EPRA 5EQ1A 4KV4A 4QZSA 5FG4A 4BW1A 4XUAA 5E9MA 5LVQA 4QNSA 5KTUA 5EGUA 5D3SA 4MR6A 3UVYA 4QYLA 5CRZA 4WIVA 4ZW1A 5C89A 5FE7A 5HLSA 5ENBA 5F1HA 3SVGA 4OGJA 1WUMA 5EWVA 4MR3A 2R0SA 4O74A 4O7CA 5AMEA 4TYLA 5BT3A 2RNYA 5HRVA 4NR7A 5AD2A 2R0VA 5G4RA 1N72A 4HXKA 4QY4A 5I88A 4Z6HA 4YK0A 5CQ4A 5I83A 4O77A 5HQ7A 5IGMA 4HBWA 5FE1A 4QEWA 5CQ8A 5A5PA 5II2A 4YY6A 2E7OA 4UYEA 4NYVA 3MUKA 4UYHA 5D24A 3HMEA 3HMHA 5DKCA 4A9IA 4BW2A 3U5JA 5E9IA 4QR3A 4UYFB 5JWMA 5K29A 5IGKA 5DFBA 3UW9A 5EWHA 5F25A 3NXBA 4QSSA 3SVHA 4NYWA 4UYFA 2RNWA 5I89A 4TT6A 2YYNA 3DAIA 4Q0OA 5FE5A 4NRCA 5FB0A 1X0JA 3LXJA 4YBMA 2N9GA 4A9KA 5A82A 4CL9A 4YADA 2DVQA 3O33A 3JVLA 5DKDA 4O7BA 5ENEA 5D3JA 5I86A 3P1EA 2I8NA 4QSTA 4YATA 5FE9A 2OO1A 4ALHA 4NRBA 5DYUA 5IG6A 4N3WA 5DX4A 4MENA 4CURA 2G4AA 5DY7A 3LJWA 4QC1A 3IU5A 5EICA 5IBNA 4UYGA 5FE2A 4OUFA 5ENFA 2YW5A 5CQ3A 5F63A 5L97A 5EPSA 4Z1SA 4YYIA 5ENHA 4HXSA 5ETBA 3G0JA 4DONA 5H1TA 4YYHA 5BT4A 4NR5A 4NR6A 4LZSA 4WHUA 4LZRA 5CPEA 1F68A 3GG3A 1JM4B 5I29A 5D3HA 5A5NA 5DFCA 4J0SA 4HXMA 3MXFA 4O75A 5D3NA 5COIA 4FLPA 4YYKA 3LQHA 2L84A 5DW1A 5AD3A 5C87A 4NYXA 5CZGA 5ENIA 4MEPA 5I80A 5LJ0A 5IGNA 4QSUA 5FFWA 4N4IA 2R10A 4LZ2A 4CFLA 5JI8A 4QEVA 5FH7A 3I3JA 3O36A 4ALGA 3MB3A 4O72A 4YAXA 5E7DA 4MEQA 5DLXA 5EM3A 5EWCA 4IOOA 2KTBB 3O35A 2DKWA 5HFRA 3UV5A 3MQMA 5EVAA 5FH6A 5EWDA 5FDZA 4N4FA 5EV9A 4CUPA 3TLPA 4XY8A 4LYSA 5C7NA 4NR4A 5KU3A 3U5KA 4HXPA 2YEKA 4HBVA 4QEUA 5CQ5A 4X2IA 4UIVA 5CY9A 2E3KA 3DWYA 3MULA 5D25A 3U5NA 1JSPB 5DFDA 5HQ5A 2R0YA 4A9JA 4TTEA 4QYDA 5HRXA 5CQTA 4CUQA 5A5QA 2OSSA 2DVSA 4YBSA 4RVRA 5CUEA 2RS9B 4NXJA 5DYCA 5DYAA 3P1DA 3QZVA 5G4SA 4O76A 5E74A 5HELA 5L99A 5CGPA 3FKMX 4HXNA 4YBTA 4LYIA 4QC3A 5IIDA 2RI7A 4ZQLA 5EU1A 5H85A 5CUDA 5F60A 5C8GA 4C66A 5EISA 2YQDA 5HJCA 5I7XA 5FG5A 4QSQA 4QR4A 4PKLA 4LDFA 5F61A 5F2PA 5ENCA 5L96A 4QSPA 3QZTA 4N4HA 4QUUA 2NXBA 4HXRA 4BW4A 4XY9A 5C85A 5CQAA 5E3GA 5A7CA 3UVDA 4MEOA 5D0CA 4A9EA 4IR4A 4NUEA 4YYMA 5EA1A 4A9OA 2OUOA 3LQJA 4IR6A 5EWWA 5C4QA 4XYAA 4QSXA 4XUBA 5DBMA 5F5ZA 3JVJA 4IR3A 4NS5A 4BHWA 4TU4A 3ONIA 5KHMA 4J1PA 5L8TA 4NUCA 4N4GA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CFKA 4A9NA 5H1UA 3UVWA 5CU8A 1E6IA 5F36A 3VKHA 5LKTA 3AQAA 5LVRA 3P1CA 4O78A 5D3RA 2FSAA 5CQ6A 5D3PA 5AMFA 4UIUA 1ZS5A 2DVRA 5A85A 2EJNA 4UIYA 5H1VA 5HM0A 5EI4A 4J3IA 4YABA 2H60A 4NQMA 5FE0A 2RO1A 4A9HA 2I7KA 3Q2FA 3U5PA 4QB3A 3P5OA 5FFVA 5FE3A 4BW3A 5FG6A 4Y03A 5HEMA 5D3TA 4MR4A 2WP2A 1WUGA 4WHWA 3SVFA 3HMFA 4YH4A 5A5SA 5I40A 3U5MA 3UVXA 5FB1A 3ZYUA 4ZC9A 4CUTA 3MB4A 4C67A 4QUTA 2D82A 4AKNA 5A83A 4Z1QA 5DW2A 4YC9A 4PCEA 4YYNA 4TS8A 5A5OA 4A9FA 5F62A 5HENA 5E9KA 5D26A 4LRGA 4A9LA 3G0LA 5EP7A 5DYXA 4O7AA 2F6JA 5CUCA 5LKUA 4HBYA 4TZ8A 5CP5A 5E73A 2YDWA 5FBXA 5BT5A 4UYDA 5KO4A 3VKGA 5FE6A 4PY6A 4QSWA 2MJVB 4BJXA 5LJ2A 4O71A 2L5EA 5L98A 4QBMA 4CLBA 2WP1A 5CTLA 3S92A 5KTWA 4NQNA 5EK9A 3P1FA 3LQIA 1ZKRA 2DVVA 4TQNA 4IOQA 2GRCA 5FE8A 4KCXA 4QSRA 2DATA 4GPJA 5J0DA 3K2JA 5CQ7A 5L8UA 5TB6A 5F1LA 5IGLA 3Q2EA 5D3LA 3D7CA 5HCLA 5ENGA 4Z93A 4UIWA 4NUDA 5FH8A 4LR6A 5I7YA 4NRAA 2RFJA 5KTXA 5LKZA 4TZ2A 4LC2A 3S91A 5HQ6A 4PCIA 4HXOA 4A9MA 5CFWA 3UV4A 5CRMA 4YYDA 5ETDA 4CUUA 5HFQA 2D9EA 3AADA 5E9LA 3JVMA 4YY4A 5CUGA 5D7XA 5ACYA 4J0RA 5E9YA 5II1A 4PTBA 4LYWA 5LUUA 3RCWA 4OGIA 4TT2A 5E0RA 3O34A 4HXLA 5DLZA 4YYJA 4QR5A 4IORA 4O70A 1EQFA 5E9VA 5HRWA 2YEMA 5FE4A 2F6NA 5E3DA 4YYGA 4UIXA 5F3AA 5I1QA 5FFYA 5CS8A 3UV2A 3O37A 4UITA 5EPBA 4YH3A 4CUSA 5CUAA 2E7NA 5A5RA 3IU6A 4TU6A 4TT4A 3U5LA 5LKXA 4IR5A 4KV1A 4PS5A 5TCMA 4UIZA 2LSPB 4QSVA 4O7FA 4NR9A 4HBXA 2DWWA 5CUBA 5DKHA 4F3IA 3QZSA 5ENJA 2YELA 2L85A 5A81A 5LJ1A 4NR8A 4Z6IA 4E96A 3JVKA 4MR5A 2RNXA 4O7EA 4Q0NA 3U5OA 5EPRA 5EQ1A 4KV4A 4QZSA 5FG4A 4BW1A 4XUAA 5E9MA 5LVQA 4QNSA 5KTUA 5EGUA 5D3SA 4MR6A 3UVYA 4QYLA 5CRZA 4WIVA 4ZW1A 5C89A 5FE7A 5HLSA 5ENBA 5F1HA 1PUOA 3SVGA 4OGJA 1WUMA 5EWVA 4MR3A 2R0SA 4O74A 4O7CA 5AMEA 4TYLA 5BT3A 2RNYA 5HRVA 4NR7A 5AD2A 2R0VA 5G4RA 1N72A 4HXKA 4QY4A 5I88A 4Z6HA 4YK0A 5CQ4A 5I83A 4O77A 5HQ7A 5IGMA 4HBWA 5FE1A 4QEWA 5CQ8A 5A5PA 5II2A 4YY6A 2E7OA 4UYEA 4NYVA 3MUKA 4UYHA 5D24A 3HMEA 3HMHA 5DKCA 4A9IA 4BW2A 3U5JA 5E9IA 4QR3A 4UYFB 5JWMA 5K29A 5IGKA 5DFBA 3UW9A 5EWHA 5F25A 3NXBA 4QSSA 3SVHA 4NYWA 4UYFA 2RNWA 5I89A 4TT6A 2YYNA 3DAIA 4Q0OA 5FE5A 4NRCA 5FB0A 1X0JA 3LXJA 4YBMA 2N9GA 4A9KA 5A82A 4CL9A 4YADA 2DVQA 3O33A 4AKGA 3JVLA 5DKDA 4O7BA 5ENEA 5D3JA 5I86A 4AKHA 3P1EA 2I8NA 4QSTA 4YATA 5FE9A 2OO1A 4ALHA 4NRBA 5DYUA 5IG6A 4N3WA 5DX4A 4MENA 4CURA 2G4AA 5DY7A 3LJWA 4QC1A 3IU5A 5EICA 5IBNA 4UYGA 5FE2A 4OUFA 5ENFA 2YW5A 5CQ3A 5F63A 5L97A 5EPSA 4Z1SA 4YYIA 5ENHA 4HXSA 5ETBA 3G0JA 4DONA 5H1TA 4YYHA 5BT4A 4NR5A 4NR6A 4LZSA 4WHUA 4LZRA 5CPEA 1F68A 3GG3A 1JM4B 5I29A 5D3HA 5A5NA 5DFCA 4J0SA 4HXMA 3MXFA 4O75A 5D3NA 5COIA 4FLPA 4YYKA 3LQHA 2L84A 5DW1A 5AD3A 5C87A 4NYXA 5CZGA 5ENIA 4MEPA 5I80A 5LJ0A 5IGNA 4QSUA 5FFWA 4N4IA 2R10A 4LZ2A 4CFLA 5JI8A 4QEVA 5FH7A 3I3JA 3O36A 4ALGA 3MB3A 4O72A 4YAXA 5E7DA 4MEQA 5DLXA 5EM3A 5EWCA 4IOOA 2KTBB 3O35A 2DKWA 5HFRA 3UV5A 3MQMA 5EVAA 5FH6A 5EWDA 5FDZA 4N4FA 5EV9A 4CUPA 3TLPA 4XY8A 4LYSA 5C7NA 4NR4A 5KU3A 3U5KA 4AKIA 4HXPA 2YEKA 4HBVA 4QEUA 5CQ5A 4X2IA 4UIVA 5CY9A 2E3KA 3DWYA 3MULA 5D25A 3U5NA 1JSPB 5DFDA 5HQ5A 2R0YA 3ERRA 4A9JA 4TTEA 4QYDA 5HRXA 5CQTA 4CUQA 5A5QA 2OSSA 2DVSA 4YBSA 4RVRA 5CUEA 2RS9B 4NXJA 5DYCA 5DYAA 3P1DA 3QZVA 5G4SA 4O76A 5E74A 5HELA 5L99A 5CGPA 3FKMX 4HXNA 4YBTA 4LYIA 4QC3A 5IIDA 4AI6A 2RI7A 4ZQLA 5EU1A 5H85A 5CUDA 3D1BA 5F60A 5C8GA 4C66A 5EISA 2YQDA 5HJCA 5I7XA 5FG5A 4QSQA 4QR4A 4PKLA 4LDFA 3D1DA 5F61A 5F2PA 5ENCA 5L96A 4QSPA 3QZTA 4N4HA 4QUUA 2NXBA 4HXRA 4BW4A 4XY9A 5C85A 5CQAA 5E3GA 5A7CA 3UVDA 4MEOA 5D0CA 4A9EA 4IR4A 4NUEA 4YYMA 5EA1A 4A9OA 2OUOA 3LQJA 4IR6A 5EWWA 5C4QA 4XYAA 4QSXA 4XUBA 5DBMA 5F5ZA 3JVJA 4IR3A 4NS5A 4BHWA 4TU4A 3ONIA 5KHMA 4J1PA 5L8TA 4NUCA 4N4GA
chains in the Genus database with same CATH topology
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