4KV1A

Crystal structure of brd4 bromodomain 1 in complex with acetylated rel peptide
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
128
structure length
128
Chain Sequence
b'ASMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title Brd4 maintains constitutively active NF-kappa B in cancer cells by binding to acetylated RelA.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Transcription
total genus 43
structure length 128
sequence length 128
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-05-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4kv1A01
3JVKA 2N9GA 1EQFA 4AKNA 5IGMA 4QSRA 5L8TA 3MB4A 5EU1A 3ONIA 5A5SA 4O71A 4O7EA 4QSXA 2RNYA 4QNSA 1WUGA 2R0VA 4NRBA 4O76A 5C7NA 1JM4B 5A5PA 4UIVA 4KCXA 4HXPA 5DY7A 4NR5A 4NRAA 5ETDA 5FE6A 5HQ5A 4UYGA 5CUGA 2R0YA 4YYGA 5AMFA 5F1HA 3O35A 5E9VA 4YYKA 4O75A 5CRZA 5F5ZA 4NUEA 4O78A 5DKDA 5E9KA 4MENA 4XYAA 5LKTA 2OUOA 2DVRA 5FH8A 2F6NA 4QUUA 5KU3A 5ENGA 5D3HA 5C8GA 4O7FA 5CUDA 3JVJA 4O70A 5LVRA 3HMFA 5E9LA 3UVWA 3SVFA 4CURA 4IR3A 4LDFA 4NR4A 5II1A 3U5JA 5F61A 5FG6A 4QBMA 4A9MA 2D9EA 5D3SA 5D25A 5LJ2A 3P1EA 4TU6A 4KV1A 5L8UA 3LXJA 4BW2A 3QZSA 4OUFA 4O72A 3UV5A 5HFRA 5DFDA 4OGIA 4F3IA 4MEQA 5E0RA 3O36A 5CP5A 5EWWA 4UITA 5A82A 5FE7A 5CFWA 3TLPA 5EISA 5EV9A 2E7OA 4WIVA 4MR5A 3GG3A 5EK9A 2OO1A 4CUUA 4CLBA 4HBYA 4OGJA 5DW1A 5DX4A 5LKZA 5FG4A 5HRWA 5I7XA 4UYHA 5F36A 4LYSA 5FE3A 4TT4A 5DW2A 4CL9A 5HLSA 4YAXA 5I80A 4TQNA 4LRGA 4O7AA 4UIZA 5ENFA 5HM0A 4BJXA 2YYNA 5C85A 1JSPB 2RS9B 3MULA 5COIA 4GPJA 5EWHA 4QB3A 4A9JA 4QY4A 5E73A 3AADA 3AQAA 4QSQA 4A9NA 4IR6A 5HRVA 4N4HA 4YYJA 4CUTA 5ENHA 3UV2A 5F3AA 3I3JA 3LQIA 4O77A 4E96A 4C66A 4PY6A 5AD2A 5CS8A 4TYLA 3RCWA 3JVMA 3O37A 5FDZA 4NR6A 5HEMA 3LQJA 3P1FA 2MJVB 2GRCA 5FBXA 3SVGA 5II2A 2L85A 5ENIA 5CQ7A 3P5OA 5F60A 3P1CA 4A9LA 4HXSA 3U5OA 5F63A 4ZC9A 5L99A 4O74A 4YH3A 2OSSA 4TT2A 5IGNA 5D24A 2L84A 1X0JA 5BT3A 4TZ2A 5AMEA 4QR3A 4XUBA 4ALGA 5FE1A 4N4FA 5E3GA 5EP7A 5FE4A 4HBWA 4QYLA 5DFCA 5F25A 5LKUA 4NYWA 2R10A 3DWYA 4NYVA 5KTXA 5D3JA 5HQ6A 4UYFA 1WUMA 4LYIA 5C89A 3Q2FA 4CUQA 5KTWA 5DFBA 4UIUA 4TS8A 5FE2A 4Z93A 5DYCA 4YY4A 2YEKA 4UIXA 4BW4A 4RVRA 3S91A 5LVQA 4QR4A 4UYFB 4UIYA 5CQ6A 5IIDA 4XY8A 4BW1A 4Z1QA 5L96A 4LZ2A 5DYUA 5I29A 4PS5A 5L97A 5ETBA 4YYIA 5CTLA 1E6IA 5D3LA 5CGPA 5FB0A 4YATA 4O7CA 5LJ0A 2YQDA 3MXFA 4HXOA 4ZW1A 4QSUA 2NXBA 5EPRA 4HXKA 4YK0A 4NS5A 4NXJA 5J0DA 2R0SA 4YBSA 4TT6A 4YYMA 5CQ3A 5KO4A 5E7DA 3JVLA 3MUKA 3HMEA 5DLXA 5KTUA 4HXMA 5CQ4A 5HQ7A 4YC9A 3U5MA 5A85A 4QYDA 5ENJA 5EA1A 4C67A 4Z6IA 4MR6A 3G0LA 4HXRA 4LZSA 4LYWA 4UYEA 5CUBA 3UW9A 4NR7A 3UV4A 4NR9A 4PTBA 3D7CA 4FLPA 5ACYA 4WHWA 5HJCA 5I88A 5EWDA 2WP2A 4YBMA 5CPEA 4BW3A 4QEUA 4A9HA 5BT4A 5I1QA 5EPBA 5FFVA 3Q2EA 5I89A 4WHUA 5ENBA 2E3KA 5A7CA 4NR8A 4UIWA 5AD3A 3LQHA 4Q0OA 5A5NA 5E9MA 5CU8A 5ENCA 2YELA 5H1UA 5HRXA 2KTBB 5D3TA 2LSPB 5CQTA 5H85A 5E74A 2I8NA 5FH6A 2DVSA 3O34A 5CRMA 4YYNA 4IR4A 3UVXA 5F2PA 5D3RA 4CFKA 5C87A 4X2IA 4Q0NA 4N4IA 4BHWA 4CFLA 2F6JA 5F62A 5I86A 4J3IA 3HMHA 5H1VA 2FSAA 5ENEA 3G0JA 5IGLA 2RNWA 5CZGA 5EM3A 2H60A 4Z6HA 4MEOA 2RNXA 5CUAA 4QSPA 5HCLA 5DLZA 5EPSA 2DKWA 5EQ1A 5LJ1A 2D82A 4IORA 5CQ5A 2DWWA 4HBXA 5HFQA 5I83A 3UVDA 5G4SA 4DONA 5TB6A 5FE9A 4N3WA 5CQ8A 4MEPA 3U5NA 4QC1A 5G4RA 4A9KA 3NXBA 4UYDA 4QR5A 5DKCA 1N72A 5EWVA 5HENA 3U5PA 5EWCA 5C4QA 3QZTA 5D3NA 4J0RA 4MR3A 2G4AA 4YY6A 5FE5A 4NUCA 4PKLA 4QSSA 5FG5A 5F1LA 4NYXA 5I40A 4NUDA 5L98A 4QC3A 2WP1A 2I7KA 4PCEA 5HELA 4A9FA 2YEMA 4PCIA 4A9IA 4XY9A 4J0SA 5IG6A 5EICA 3UVYA 2DVQA 4QZSA 5LUUA 3IU5A 5CUCA 4QEWA 4HXNA 5CUEA 5I7YA 4TU4A 2L5EA 4QEVA 3IU6A 4CUPA 5IGKA 5FE0A 3K2JA 3P1DA 4QUTA 5A83A 5FE8A 4HBVA 4IOQA 4NQNA 5CQAA 4YADA 4YYDA 5E9IA 5D3PA 4ZQLA 5E3DA 4A9EA 3U5KA 5EVAA 5KHMA 5D0CA 5A5OA 3QZVA 4IOOA 4O7BA 5EGUA 4XUAA 5DYXA 5BT5A 5IBNA 2YDWA 5A5QA 2DATA 2RI7A 5DBMA 1F68A 4ALHA 3MB3A 4MR4A 5A5RA 4TZ8A 4J1PA 4TTEA 5FH7A 4YYHA 4YABA 4Z1SA 5FB1A 5JI8A 3SVHA 5TCMA 5E9YA 5H1TA 5K29A 4Y03A 3ZYUA 5DKHA 5D26A 4NRCA 3O33A 1ZS5A 4NQMA 4IR5A 2E7NA 4LC2A 5DYAA 5A81A 4KV4A 3FKMX 4LR6A 4YBTA 5FFWA 5JWMA 5EI4A 2DVVA 3MQMA 2YW5A 4N4GA 4A9OA 5D7XA 4HXLA 4LZRA 3DAIA 3S92A 2RO1A 4CUSA 4QSWA 3U5LA 4QSTA 2RFJA 5FFYA 5CY9A 4QSVA 3LJWA 5LKXA 4YH4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3JVKA 2N9GA 1EQFA 4AKNA 5IGMA 4AKHA 4QSRA 5L8TA 3MB4A 5EU1A 3ONIA 5A5SA 4O71A 4O7EA 4QSXA 2RNYA 4QNSA 1WUGA 2R0VA 4NRBA 4O76A 5C7NA 1JM4B 5A5PA 4UIVA 4KCXA 4HXPA 5DY7A 4NR5A 4NRAA 5ETDA 5FE6A 5HQ5A 4UYGA 5CUGA 2R0YA 4YYGA 2EJNA 5AMFA 5F1HA 3O35A 5E9VA 4YYKA 4O75A 5CRZA 5F5ZA 4NUEA 4O78A 5DKDA 5E9KA 4MENA 4XYAA 5LKTA 2OUOA 2DVRA 5FH8A 2F6NA 4QUUA 5KU3A 5ENGA 5D3HA 5C8GA 4O7FA 5CUDA 3JVJA 4O70A 5LVRA 3HMFA 5E9LA 3UVWA 3SVFA 4CURA 4IR3A 4LDFA 4NR4A 5II1A 3U5JA 5F61A 5FG6A 4QBMA 4A9MA 2D9EA 5D3SA 5D25A 5LJ2A 3P1EA 4TU6A 4KV1A 5L8UA 3LXJA 4BW2A 3QZSA 4OUFA 4O72A 3UV5A 5HFRA 5DFDA 4OGIA 4F3IA 4MEQA 5E0RA 3O36A 5CP5A 5EWWA 4UITA 5A82A 5FE7A 5CFWA 3TLPA 5EISA 5EV9A 2E7OA 4WIVA 4MR5A 3GG3A 5EK9A 2OO1A 4CUUA 4CLBA 4HBYA 4OGJA 5DW1A 5DX4A 5LKZA 5FG4A 5HRWA 5I7XA 4UYHA 5F36A 4LYSA 5FE3A 4TT4A 5DW2A 4CL9A 5HLSA 4YAXA 5I80A 4TQNA 4LRGA 4O7AA 4UIZA 5ENFA 5HM0A 4BJXA 2YYNA 5C85A 1JSPB 2RS9B 3MULA 5COIA 4GPJA 5EWHA 4QB3A 4A9JA 4QY4A 5E73A 3AADA 3AQAA 4QSQA 4A9NA 4IR6A 5HRVA 4N4HA 4YYJA 4CUTA 5ENHA 3UV2A 5F3AA 3I3JA 3LQIA 4O77A 4E96A 4C66A 4PY6A 5AD2A 5CS8A 4TYLA 3RCWA 3JVMA 3O37A 5FDZA 4NR6A 5HEMA 3LQJA 3P1FA 2MJVB 2GRCA 5FBXA 3SVGA 5II2A 2L85A 5ENIA 5CQ7A 3P5OA 5F60A 3P1CA 4A9LA 4HXSA 3U5OA 5F63A 4ZC9A 5L99A 4O74A 4YH3A 2OSSA 4TT2A 5IGNA 5D24A 2L84A 1X0JA 5BT3A 4TZ2A 5AMEA 4QR3A 4XUBA 4ALGA 5FE1A 4N4FA 5E3GA 5EP7A 5FE4A 4HBWA 4QYLA 1PUOA 5DFCA 5F25A 5LKUA 4NYWA 2R10A 3DWYA 4NYVA 5KTXA 5D3JA 5HQ6A 4UYFA 1WUMA 4LYIA 5C89A 3Q2FA 4CUQA 5KTWA 5DFBA 4UIUA 4TS8A 5FE2A 4Z93A 5DYCA 4YY4A 2YEKA 4UIXA 4BW4A 4RVRA 3S91A 5LVQA 4QR4A 4UYFB 4UIYA 5CQ6A 5IIDA 4XY8A 4BW1A 4Z1QA 5L96A 4LZ2A 5DYUA 5I29A 4PS5A 5L97A 5ETBA 4YYIA 5CTLA 1E6IA 5D3LA 5CGPA 5FB0A 4YATA 4O7CA 5LJ0A 2YQDA 3MXFA 4HXOA 4ZW1A 4QSUA 2NXBA 5EPRA 3VKGA 4HXKA 4YK0A 4NS5A 4NXJA 5J0DA 2R0SA 4YBSA 4TT6A 4YYMA 5CQ3A 5KO4A 5E7DA 3JVLA 3MUKA 3HMEA 5DLXA 5KTUA 4HXMA 5CQ4A 5HQ7A 4YC9A 3U5MA 5A85A 4QYDA 5ENJA 5EA1A 4C67A 4Z6IA 4MR6A 3G0LA 4HXRA 4LZSA 4LYWA 4UYEA 5CUBA 3UW9A 4AKIA 4NR7A 3UV4A 4NR9A 4PTBA 3D7CA 4FLPA 5ACYA 4WHWA 5HJCA 5I88A 5EWDA 2WP2A 4YBMA 3D1DA 5CPEA 4BW3A 4QEUA 4A9HA 5BT4A 5I1QA 5EPBA 5FFVA 3Q2EA 5I89A 4WHUA 5ENBA 2E3KA 5A7CA 4NR8A 4UIWA 5AD3A 3LQHA 4Q0OA 5A5NA 5E9MA 5CU8A 5ENCA 2YELA 5H1UA 5HRXA 2KTBB 5D3TA 2LSPB 5CQTA 5H85A 5E74A 2I8NA 5FH6A 2DVSA 3O34A 5CRMA 4YYNA 4IR4A 3UVXA 5F2PA 5D3RA 4CFKA 5C87A 4X2IA 3VKHA 3D1BA 4Q0NA 4N4IA 4BHWA 4CFLA 2F6JA 5F62A 5I86A 4J3IA 3HMHA 5H1VA 2FSAA 5ENEA 3G0JA 5IGLA 2RNWA 5CZGA 5EM3A 2H60A 4Z6HA 4MEOA 2RNXA 5CUAA 4QSPA 5HCLA 5DLZA 5EPSA 2DKWA 5EQ1A 5LJ1A 2D82A 4IORA 5CQ5A 2DWWA 4AI6A 4HBXA 5HFQA 5I83A 3ERRA 5G4SA 3UVDA 4DONA 5TB6A 5FE9A 4N3WA 5CQ8A 4MEPA 3U5NA 4QC1A 5G4RA 4A9KA 3NXBA 4UYDA 4QR5A 5DKCA 1N72A 5EWVA 5HENA 3U5PA 5EWCA 5C4QA 3QZTA 5D3NA 4J0RA 4MR3A 2G4AA 4YY6A 5FE5A 4NUCA 4PKLA 4QSSA 5FG5A 5F1LA 4NYXA 5I40A 4NUDA 5L98A 4QC3A 2WP1A 2I7KA 4PCEA 5HELA 4A9FA 2YEMA 4PCIA 4A9IA 4XY9A 4J0SA 5IG6A 5EICA 3UVYA 2DVQA 4QZSA 5LUUA 3IU5A 5CUCA 4QEWA 4HXNA 5CUEA 5I7YA 4TU4A 2L5EA 4QEVA 3IU6A 4CUPA 5IGKA 5FE0A 3K2JA 3P1DA 4QUTA 5A83A 5FE8A 4HBVA 4IOQA 4NQNA 5CQAA 4YADA 4YYDA 5E9IA 5D3PA 4ZQLA 5E3DA 4A9EA 3U5KA 5EVAA 5KHMA 5D0CA 5A5OA 3QZVA 4IOOA 4O7BA 5EGUA 4XUAA 5DYXA 5BT5A 5IBNA 2YDWA 5A5QA 2DATA 2RI7A 5DBMA 1F68A 4ALHA 3MB3A 4MR4A 5A5RA 4TZ8A 4J1PA 4TTEA 5FH7A 4YYHA 4YABA 4Z1SA 5FB1A 5JI8A 3SVHA 5TCMA 5E9YA 5H1TA 5K29A 4AKGA 4Y03A 3ZYUA 5DKHA 5D26A 4NRCA 3O33A 1ZS5A 4NQMA 4IR5A 2E7NA 4LC2A 5DYAA 5A81A 4KV4A 3FKMX 4LR6A 4YBTA 5FFWA 5JWMA 1ZKRA 5EI4A 2DVVA 3MQMA 2YW5A 4N4GA 4A9OA 5D7XA 4HXLA 4LZRA 3DAIA 3S92A 2RO1A 4CUSA 4QSWA 3U5LA 4QSTA 2RFJA 5FFYA 5CY9A 4QSVA 3LJWA 5LKXA 4YH4A
chains in the Genus database with same CATH topology
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