5A82A

Crystal structure of human atad2 bromodomain in complex with 4-(3r,4r) -4-(3-methyl-2-oxo-1,2-dihydro-1,7-naphthyridin-8-yl)aminopiperidin-3- yloxymethyl)-1-thiane-1,1-dione
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
SMQEEDTFRELRIFLRNVTHRLAIDKRFRVFTKPVDPDEVPDYVTVIKQPMDLSSVISKIDLHKYLTVKDYLRDIDLICSNALEYNPDRDPGDRLIRHRACALRDTAYAIIKEELDEDFEQLCEEIQESR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structure-Based Optimization of Naphthyridones Into Potent Atad2 Bromodomain Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ATPASE FAMILY AAA DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2
molecule tags Inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 54
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.6.1.3: Adenosinetriphosphatase.
pdb deposition date 2015-07-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5a82A00
4BHWA 4PCEA 4CL9A 3JVMA 4MENA 3LXJA 4NR5A 4HXRA 4AKNA 4N4HA 5J0DA 2NXBA 4ALHA 3K2JA 4YY6A 5H1TA 5DKHA 5F1HA 3FKMX 4LZSA 5F25A 2D82A 4UYHA 4CUTA 4O7CA 4J3IA 3U5MA 2OSSA 2RNYA 4LZRA 5CPEA 5IGNA 5CTLA 5A83A 5A82A 1N72A 4QSWA 4YY4A 4YYDA 5LKXA 4TT2A 3UVXA 4BW4A 5HQ5A 4IR4A 4QSVA 5FE4A 5D3JA 4UIUA 5KHMA 3P1CA 5H1UA 5FE6A 4TT4A 5E9YA 5FE9A 5BT5A 4PY6A 3MB4A 4QSXA 4O75A 4QSQA 4XUBA 5L97A 4QC3A 4N3WA 5KTWA 4A9KA 2R10A 5CQ3A 5D3RA 3JVLA 5A5RA 5CUBA 5LUUA 5CUEA 4PCIA 3UV5A 5FG5A 5C7NA 3AADA 3O37A 5E9KA 4O77A 4MR3A 5EU1A 5D3TA 5AMFA 3P1EA 5CQTA 2E7OA 3U5JA 5TB6A 3AQAA 5FFWA 4NUEA 5BT4A 3HMFA 4Z6HA 3ZYUA 4YBMA 4XY9A 5KTUA 5HLSA 5I89A 4TZ8A 3I3JA 5DW1A 4FLPA 5EICA 5CU8A 4XY8A 2I7KA 5D3LA 5EA1A 5FE5A 5FG4A 2L84A 5FBXA 4NRAA 1ZS5A 5ENCA 4YYJA 3P1FA 5E3GA 3U5NA 4CUQA 3UVWA 5CQ7A 4GPJA 4O70A 4HXNA 5L98A 3TLPA 4A9EA 4J1PA 4QEVA 5HRVA 4UITA 5EWWA 3U5KA 4CLBA 4MEOA 5F62A 5A5SA 4QUUA 4NQMA 5EWVA 2R0VA 3JVKA 5F60A 5LKTA 5I88A 1WUMA 4BW1A 5CQ5A 4HBVA 5LJ1A 4LYSA 4OUFA 3QZTA 5CS8A 5A7CA 4YYMA 4A9IA 5EPSA 4OGJA 5DX4A 4QR3A 5ENGA 2R0YA 5D3PA 5CQAA 5D0CA 5II2A 5CUAA 5ACYA 3QZSA 5CRZA 4UYDA 2DVVA 2H60A 4QYLA 5DYUA 4BW2A 2LSPB 4YH4A 5ENBA 5JI8A 4YABA 5L99A 2RFJA 5HRWA 3UW9A 4KV1A 5LJ0A 5LVRA 4ZC9A 1WUGA 4QEWA 4LYIA 5CP5A 5DFBA 5IBNA 4CUSA 4C67A 4LDFA 5E73A 5DY7A 4HBXA 4N4GA 4CUUA 5CUGA 3S91A 3MUKA 5CGPA 5IGKA 5HQ6A 4QSPA 5F5ZA 4MR6A 5I80A 4ZQLA 3LQIA 5KO4A 5EK9A 4QY4A 3U5LA 5G4RA 5I7YA 2YEMA 4J0SA 3RCWA 5F1LA 5IG6A 4E96A 1EQFA 5I29A 5HFRA 4UYEA 5A85A 4QSTA 4N4FA 5DFDA 5FH7A 4ZW1A 5I1QA 3O36A 4O71A 2I8NA 5DLXA 5FE8A 4A9FA 4WHUA 3JVJA 3DAIA 5FFYA 4TU4A 2L85A 5E9VA 5D3SA 1F68A 4MR4A 2DKWA 4YBSA 4J0RA 5FE2A 5L8TA 4HXOA 4UIWA 2RO1A 4PS5A 5HFQA 4UYFB 4QZSA 4NRBA 2L5EA 5HRXA 3UV4A 4UIZA 5EV9A 2G4AA 4MEQA 2E7NA 4YH3A 4QSSA 3O33A 5EPRA 4TYLA 5AMEA 4NR9A 4YATA 5A5NA 5E9IA 2D9EA 4QSUA 4HXMA 4IOQA 4NUDA 3D7CA 4Z6IA 4IR6A 5A81A 4F3IA 4A9HA 5D25A 4A9NA 4CURA 4O7AA 5LKUA 5D3HA 4C66A 4LRGA 5EWDA 5FFVA 5K29A 4N4IA 3P5OA 4IOOA 4Z93A 4XUAA 5FB1A 4YC9A 5EWHA 4Z1QA 5CUDA 4KV4A 4NRCA 3O35A 4CFLA 4QB3A 3GG3A 4NR7A 3HMHA 3SVFA 4NXJA 4YYGA 4CFKA 3MB3A 3UVYA 5I86A 4UYGA 5EPBA 4YYKA 2YW5A 5E9LA 2DVSA 4NR4A 5HJCA 2RNWA 4QYDA 5C4QA 2RS9B 4UIXA 4UYFA 2KTBB 5EISA 3MQMA 5A5QA 5E9MA 3LJWA 4QNSA 2DVQA 2F6JA 2DATA 3IU6A 2YQDA 5AD3A 5COIA 5D7XA 4X2IA 3DWYA 3O34A 4TTEA 3HMEA 5FB0A 4Y03A 4LZ2A 4TS8A 4NUCA 5IIDA 5DW2A 5ENFA 4LC2A 4QR5A 3SVGA 5FE1A 5I83A 3UVDA 5G4SA 4YYIA 5FH8A 3G0JA 5ENIA 4UIVA 4YADA 5C85A 5EVAA 2R0SA 5EQ1A 3P1DA 4A9JA 4YBTA 3UV2A 5EM3A 1JM4B 5FG6A 4O7EA 5FE0A 4HXPA 5ENHA 5CY9A 2OO1A 4UIYA 5I7XA 5C89A 4QUTA 4PTBA 4QEUA 4IORA 5II1A 4PKLA 2YYNA 5L8UA 5LKZA 3MULA 5EWCA 5EP7A 4IR5A 4WHWA 4TZ2A 4HXSA 5KU3A 5JWMA 3G0LA 2YDWA 5ENJA 5CQ8A 5EI4A 4LR6A 2MJVB 4NR8A 3S92A 4YYHA 4TQNA 5A5PA 3Q2FA 5LVQA 1JSPB 5CFWA 4HBYA 5ETDA 4A9OA 4HXLA 5DYCA 2WP1A 4TU6A 5E7DA 3MXFA 4YK0A 5IGMA 4O72A 2E3KA 4Q0OA 5DYXA 3LQJA 5TCMA 4NS5A 5CRMA 4A9LA 5IGLA 4NR6A 5CQ4A 5F3AA 5I40A 5F2PA 3QZVA 2FSAA 4ALGA 3LQHA 3U5PA 4HBWA 4TT6A 5D3NA 4BW3A 4CUPA 5HCLA 1X0JA 3SVHA 4O7FA 2F6NA 4Q0NA 5E3DA 2OUOA 5F63A 3IU5A 2RI7A 5H1VA 5HQ7A 5AD2A 5ETBA 4NQNA 5F61A 5BT3A 4NYXA 5DYAA 5HEMA 5C87A 4Z1SA 2WP2A 4QR4A 2YELA 4NYVA 5D26A 3NXBA 5DKCA 4IR3A 5EGUA 5ENEA 3Q2EA 4MR5A 1E6IA 4HXKA 5L96A 5HM0A 4O76A 4BJXA 4O78A 4A9MA 5F36A 4WIVA 5DLZA 4KCXA 4YAXA 5FDZA 5DKDA 5LJ2A 5DFCA 3U5OA 4YYNA 4XYAA 5HENA 5HELA 2YEKA 5A5OA 4QC1A 5C8GA 3ONIA 4DONA 5DBMA 4MEPA 4RVRA 5CZGA 4LYWA 4NYWA 5KTXA 5CQ6A 4O74A 2GRCA 5FE7A 5E74A 2N9GA 5H85A 4QBMA 4QSRA 5D24A 5E0RA 2RNXA 5CUCA 2DWWA 5FE3A 2DVRA 5FH6A 4O7BA 4OGIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BHWA 4PCEA 4CL9A 3VKGA 3JVMA 4MENA 3LXJA 4NR5A 4HXRA 4AKNA 4N4HA 5J0DA 2NXBA 4ALHA 3K2JA 4YY6A 5H1TA 5DKHA 5F1HA 3FKMX 4LZSA 5F25A 2D82A 4UYHA 4CUTA 4O7CA 4J3IA 3U5MA 2OSSA 2RNYA 4LZRA 5CPEA 5IGNA 5CTLA 5A83A 5A82A 1N72A 4QSWA 4YY4A 4YYDA 5LKXA 4TT2A 3UVXA 4BW4A 5HQ5A 4IR4A 4QSVA 5FE4A 5D3JA 4UIUA 5KHMA 3P1CA 5H1UA 5FE6A 4TT4A 5E9YA 5FE9A 5BT5A 4PY6A 3MB4A 4QSXA 4O75A 4QSQA 4XUBA 5L97A 4QC3A 4N3WA 5KTWA 4A9KA 2R10A 5CQ3A 5D3RA 3JVLA 5A5RA 5CUBA 5LUUA 5CUEA 4PCIA 3UV5A 5FG5A 5C7NA 3AADA 3O37A 5E9KA 4O77A 4MR3A 5EU1A 5D3TA 5AMFA 3P1EA 5CQTA 2E7OA 3U5JA 5TB6A 3AQAA 5FFWA 4NUEA 5BT4A 3HMFA 4Z6HA 3ZYUA 4YBMA 4XY9A 5KTUA 5HLSA 5I89A 4TZ8A 3I3JA 5DW1A 2EJNA 4FLPA 5EICA 5CU8A 4XY8A 2I7KA 5D3LA 5EA1A 5FE5A 5FG4A 2L84A 5FBXA 4NRAA 1ZS5A 5ENCA 4YYJA 3P1FA 5E3GA 3U5NA 4CUQA 3UVWA 5CQ7A 4GPJA 4O70A 4HXNA 5L98A 3TLPA 4A9EA 4J1PA 4QEVA 5HRVA 4UITA 5EWWA 3U5KA 4CLBA 4MEOA 5F62A 5A5SA 4QUUA 4NQMA 5EWVA 2R0VA 3JVKA 5F60A 5LKTA 5I88A 1WUMA 4BW1A 5CQ5A 4HBVA 5LJ1A 4LYSA 4OUFA 3QZTA 5CS8A 1PUOA 5A7CA 4YYMA 4A9IA 5EPSA 4OGJA 5DX4A 4QR3A 5ENGA 2R0YA 5D3PA 5CQAA 5D0CA 5II2A 3D1DA 5CUAA 5ACYA 3QZSA 5CRZA 4UYDA 2DVVA 2H60A 4QYLA 5DYUA 4BW2A 2LSPB 4YH4A 5ENBA 5JI8A 4YABA 5L99A 2RFJA 5HRWA 3UW9A 4KV1A 5LJ0A 5LVRA 4ZC9A 1WUGA 4QEWA 4LYIA 5CP5A 5DFBA 5IBNA 4CUSA 4C67A 4LDFA 5E73A 5DY7A 4HBXA 4N4GA 4CUUA 5CUGA 3S91A 3MUKA 5CGPA 5IGKA 5HQ6A 4QSPA 5F5ZA 4MR6A 5I80A 4ZQLA 3LQIA 5KO4A 5EK9A 4QY4A 3U5LA 5G4RA 5I7YA 2YEMA 4J0SA 4AKGA 3RCWA 5F1LA 5IG6A 4E96A 1EQFA 5I29A 5HFRA 4UYEA 5A85A 4QSTA 4N4FA 5DFDA 5FH7A 4ZW1A 5I1QA 3O36A 3D1BA 4O71A 2I8NA 5DLXA 5FE8A 3ERRA 4A9FA 4WHUA 3JVJA 3DAIA 5FFYA 4TU4A 2L85A 5E9VA 5D3SA 1F68A 4MR4A 2DKWA 4YBSA 4J0RA 5FE2A 5L8TA 4HXOA 4UIWA 2RO1A 4PS5A 5HFQA 4UYFB 4QZSA 4NRBA 2L5EA 5HRXA 3UV4A 4UIZA 5EV9A 2G4AA 4MEQA 2E7NA 4YH3A 4QSSA 3O33A 5EPRA 4TYLA 5AMEA 4NR9A 4YATA 5A5NA 5E9IA 2D9EA 4QSUA 4AKIA 4HXMA 4IOQA 4NUDA 3D7CA 4Z6IA 4IR6A 5A81A 4F3IA 4A9HA 5D25A 4A9NA 4CURA 4O7AA 5LKUA 5D3HA 4C66A 4LRGA 5EWDA 5FFVA 5K29A 4N4IA 3P5OA 4IOOA 4Z93A 4XUAA 5FB1A 4YC9A 5EWHA 4Z1QA 5CUDA 4KV4A 4NRCA 3O35A 4CFLA 4QB3A 3GG3A 4NR7A 3HMHA 3SVFA 4NXJA 4YYGA 4CFKA 3MB3A 3UVYA 5I86A 4UYGA 5EPBA 4YYKA 2YW5A 5E9LA 2DVSA 4NR4A 5HJCA 2RNWA 4QYDA 5C4QA 2RS9B 4UIXA 4UYFA 2KTBB 5EISA 3MQMA 5A5QA 5E9MA 3LJWA 4AKHA 4QNSA 2DVQA 2F6JA 2DATA 3IU6A 2YQDA 5AD3A 5COIA 5D7XA 4X2IA 3DWYA 3O34A 4TTEA 3HMEA 5FB0A 4Y03A 4LZ2A 4TS8A 4NUCA 5IIDA 5DW2A 5ENFA 4LC2A 4QR5A 3SVGA 5FE1A 5I83A 3UVDA 5G4SA 4YYIA 5FH8A 3G0JA 5ENIA 4UIVA 4YADA 5C85A 5EVAA 2R0SA 5EQ1A 3P1DA 4A9JA 4YBTA 3UV2A 5EM3A 1JM4B 5FG6A 4O7EA 5FE0A 4HXPA 5ENHA 1ZKRA 5CY9A 2OO1A 4UIYA 5I7XA 5C89A 4QUTA 4PTBA 4QEUA 4IORA 5II1A 4PKLA 2YYNA 5L8UA 5LKZA 3MULA 5EWCA 5EP7A 4IR5A 4WHWA 4TZ2A 4HXSA 5KU3A 5JWMA 3G0LA 2YDWA 5ENJA 5CQ8A 5EI4A 4LR6A 2MJVB 4NR8A 3S92A 4YYHA 4TQNA 5A5PA 3Q2FA 5LVQA 1JSPB 5CFWA 4HBYA 5ETDA 4A9OA 4HXLA 5DYCA 2WP1A 4TU6A 5E7DA 3MXFA 4YK0A 5IGMA 4O72A 2E3KA 4Q0OA 5DYXA 3LQJA 5TCMA 4NS5A 5CRMA 4A9LA 5IGLA 4NR6A 5CQ4A 5F3AA 5I40A 5F2PA 3QZVA 2FSAA 3VKHA 4ALGA 3LQHA 3U5PA 4HBWA 4TT6A 5D3NA 4BW3A 4CUPA 5HCLA 1X0JA 3SVHA 4O7FA 2F6NA 4Q0NA 5E3DA 2OUOA 5F63A 3IU5A 2RI7A 5H1VA 5HQ7A 5AD2A 5ETBA 4NQNA 5F61A 5BT3A 4NYXA 5DYAA 5HEMA 5C87A 4Z1SA 2WP2A 4QR4A 2YELA 4NYVA 5D26A 3NXBA 5DKCA 4AI6A 4IR3A 5EGUA 5ENEA 3Q2EA 4MR5A 1E6IA 4HXKA 5L96A 5HM0A 4O76A 4BJXA 4O78A 4A9MA 5F36A 4WIVA 5DLZA 4KCXA 4YAXA 5FDZA 5DKDA 5LJ2A 5DFCA 3U5OA 4YYNA 4XYAA 5HENA 5HELA 2YEKA 5A5OA 4QC1A 5C8GA 3ONIA 4DONA 5DBMA 4MEPA 4RVRA 5CZGA 4LYWA 4NYWA 5KTXA 5CQ6A 4O74A 2GRCA 5FE7A 5E74A 2N9GA 5H85A 4QBMA 4QSRA 5D24A 5E0RA 2RNXA 5CUCA 2DWWA 5FE3A 2DVRA 5FH6A 4O7BA 4OGIA
chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4BHW A;  4PCE A;  4CL9 A;  3JVM A;  4MEN A;  3LXJ A;  4NR5 A;  4HXR A;  4AKN A;  4N4H A;  5J0D A;  2NXB A;  4ALH A;  3K2J A;  4YY6 A;  5H1T A;  5DKH A;  5F1H A;  3FKM X;  4LZS A;  5F25 A;  2D82 A;  4UYH A;  4CUT A;  4O7C A;  4J3I A;  3U5M A;  2OSS A;  2RNY A;  4LZR A;  5CPE A;  5IGN A;  5CTL A;  5A83 A;  5A82 A;  1N72 A;  4QSW A;  4YY4 A;  4YYD A;  5LKX A;  4TT2 A;  3UVX A;  4BW4 A;  5HQ5 A;  4IR4 A;  4QSV A;  5FE4 A;  5D3J A;  4UIU A;  5KHM A;  3P1C A;  5H1U A;  5FE6 A;  4TT4 A;  5E9Y A;  5FE9 A;  5BT5 A;  4PY6 A;  3MB4 A;  4QSX A;  4O75 A;  4QSQ A;  4XUB A;  5L97 A;  4QC3 A;  4N3W A;  5KTW A;  4A9K A;  2R10 A;  5CQ3 A;  5D3R A;  3JVL A;  5A5R A;  5CUB A;  5LUU A;  5CUE A;  4PCI A;  3UV5 A;  5FG5 A;  5C7N A;  3AAD A;  3O37 A;  5E9K A;  4O77 A;  4MR3 A;  5EU1 A;  5D3T A;  5AMF A;  3P1E A;  5CQT A;  2E7O A;  3U5J A;  5TB6 A;  3AQA A;  5FFW A;  4NUE A;  5BT4 A;  3HMF A;  4Z6H A;  3ZYU A;  4YBM A;  4XY9 A;  5KTU A;  5HLS A;  5I89 A;  4TZ8 A;  3I3J A;  5DW1 A;  4FLP A;  5EIC A;  5CU8 A;  4XY8 A; 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