The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
40
|
sequence length |
106
|
structure length |
106
|
Chain Sequence |
GHKEVQLKDQILGVLDYLEKQQSAWPFLKPVSLSEAPDYYDIIKEPTDILTMRRKARHGDYKTKEDFGIELKRMFDNCRLYNAPTTIYFKYANELQTLIWPKYEAI
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of bromodomain from Plasmodium faciparum GCN5, PF3D7_0823300
rcsb |
| molecule tags |
Transferase
|
| source organism |
Plasmodium falciparum
|
| molecule keywords |
Histone acetyltransferase GCN5, putative
|
| total genus |
40
|
| structure length |
106
|
| sequence length |
106
|
| chains with identical sequence |
B, C, D
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-06-18 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Histone Acetyltransferase; Chain A | Bromodomain-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5ENI A; 5DKH A; 4QR3 A; 4HXL A; 5DW2 A; 4QB3 A; 2OO1 A; 5HLS A; 4QSU A; 4NUC A; 5F5Z A; 4YH4 A; 4XY9 A; 5K29 A; 2I7K A; 2DVS A; 4RVR A; 4A9L A; 5CQT A; 1F68 A; 1JM4 B; 5H1T A; 4QYD A; 4QZS A; 4NR6 A; 4CUT A; 4UYD A; 4HXK A; 2L5E A; 2R0S A; 5D3N A; 5FE0 A; 3Q2E A; 4FLP A; 4UIX A; 5E9K A; 4O72 A; 5D24 A; 4PY6 A; 5CUG A; 5EWD A; 5FE7 A; 4QR5 A; 5D7X A; 4YYD A; 5CQ4 A; 5TCM A; 4PCE A; 4KV1 A; 5EQ1 A; 5CU8 A; 5LJ2 A; 5D3S A; 4O74 A; 4YAD A; 4PKL A; 5CUB A; 5FH6 A; 5CRM A; 5G4S A; 5CUA A; 4Z93 A; 3LXJ A; 5F1H A; 2RFJ A; 5KTU A; 4QSX A; 4O78 A; 3MQM A; 4CLB A; 5CP5 A; 4WHW A; 5JI8 A; 3UVD A; 4QC3 A; 5CRZ A; 5F61 A; 5L97 A; 5EVA A; 5EI4 A; 5EM3 A; 3MB3 A; 4TS8 A; 3O34 A; 2RNW A; 4QSW A; 4YC9 A; 4IOR A; 3HMF A; 3IU6 A; 5LJ1 A; 3DAI A; 4YYG A; 3ZYU A; 4BW2 A; 4LYS A; 5AD3 A; 5L99 A; 3DWY A; 5IBN A; 4UIZ A; 2OUO A; 3S91 A; 5FE1 A; 2YW5 A; 4Z1Q A; 5E9V A; 3O37 A; 2YYN A; 5DX4 A; 3U5L A; 5F36 A; 5F60 A; 4CUQ A; 4MR4 A; 5KTW A; 1N72 A; 4QYL A; 4O71 A; 4Z1S A; 4UYG A; 4E96 A; 3MUK A; 4MEO A; 5I88 A; 5HFQ A; 5FFW A; 4OGI A; 4QSS A; 4QST A; 4HXR A; 5BT3 A; 4NR9 A; 5EWW A; 2F6J A; 3P1E A; 5DYU A; 5EWV A; 4HXO A; 5FE6 A; 3QZV A; 3UW9 A; 4NYX A; 5DW1 A; 5I80 A; 2E7N A; 4UIU A; 5IGL A; 5I89 A; 5EPS A; 4QUT A; 4NRC A; 4N3W A; 4HXN A; 4XUA A; 2GRC A; 4ZW1 A; 5CUE A; 3FKM X; 4LRG A; 4Q0N A; 2DVQ A; 5CQ6 A; 4IR6 A; 5KHM A; 4O75 A; 3NXB A; 5F1L A; 4HBY A; 5I7X A; 5L8U A; 4YAB A; 5EWC A; 4QBM A; 4UIY A; 5H85 A; 4CUP A; 2RNY A; 5ENF A; 5D3P A; 4PTB A; 5HRW A; 5IID A; 4QSQ A; 5CFW A; 2RI7 A; 4NYW A; 4O7F A; 5EA1 A; 4YYI A; 5FDZ A; 4J3I A; 5LKX A; 4IOO A; 5C8G A; 3JVK A; 5EP7 A; 5DYX A; 3AQA A; 2L84 A; 4A9F A; 5HRV A; 3AAD A; 3P1F A; 2YEM A; 5FE4 A; 3RCW A; 5EWH A; 5CQ7 A; 5AME A; 5A82 A; 4LYI A; 2KTB B; 3LQJ A; 5D3J A; 5ETD A; 5FFV A; 5C89 A; 2E7O A; 4UYH A; 4NQM A; 2D82 A; 5A81 A; 4MEN A; 2E3K A; 3UV2 A; 4LZR A; 3G0J A; 5COI A; 5C87 A; 4QY4 A; 4NR7 A; 4GPJ A; 4LDF A; 3U5M A; 4A9E A; 4N4G A; 4UIW A; 5I83 A; 2H60 A; 4MR5 A; 5H1U A; 5EPB A; 5E7D A; 4TT2 A; 3UV4 A; 4TYL A; 4YK0 A; 5ENE A; 5CTL A; 4YYH A; 2NXB A; 5E74 A; 4OGJ A; 4A9M A; 4J1P A; 2I8N A; 5CQ8 A; 1EQF A; 2WP1 A; 4CFL A; 3JVM A; 4LYW A; 4UIV A; 3UVY A; 5II2 A; 5CZG A; 3IU5 A; 2DKW A; 4QSR A; 5II1 A; 4QNS A; 4LZ2 A; 4KCX A; 5I86 A; 5DKD A; 5CPE A; 3MXF A; 2R0Y A; 5IG6 A; 5I1Q A; 4QR4 A; 2DVV A; 4XY8 A; 5DBM A; 3U5N A; 5I7Y A; 5LJ0 A; 1JSP B; 3UVX A; 4UIT A; 2N9G A; 3MUL A; 5F63 A; 4YY6 A; 5A5O A; 4NUD A; 4QSP A; 4N4F A; 4IOQ A; 4NS5 A; 5IGM A; 5EPR A; 4HBX A; 5HQ6 A; 5A5P A; 5IGN A; 5ENC A; 3HME A; 2YEK A; 4A9K A; 5HRX A; 5G4R A; 5EV9 A; 4WIV A; 4NR4 A; 4C66 A; 4A9H A; 5TB6 A; 5E3G A; 5FE2 A; 4ALG A; 5HFR A; 2DVR A; 3QZT A; 4PS5 A; 4CUU A; 5CUC A; 4NR5 A; 5AD2 A; 4O76 A; 5HEM A; 4QSV A; 4TZ2 A; 5E0R A; 5LUU A; 3U5J A; 3ONI A; 5E9Y A; 2DWW A; 4YYN A; 4CUR A; 5DLZ A; 5D3H A; 2WP2 A; 3SVH A; 4NRA A; 5FFY A; 4YYM A; 2YEL A; 5L98 A; 3G0L A; 5FE9 A; 4O7A A; 4TU6 A; 5BT5 A; 5ACY A; 3MB4 A; 4BW1 A; 4O70 A; 4YH3 A; 5EIS A; 5F2P A; 4LZS A; 2YDW A; 4AKN A; 5EK9 A; 3O36 A; 5F3A A; 4MR3 A; 5A5Q A; 5C7N A; 4ZC9 A; 5FBX A; 4IR5 A; 3JVL A; 1WUG A; 5A5N A; 5A83 A; 4UYF A; 3K2J A; 4A9N A; 4ZQL A; 5ETB A; 5D3L A; 5E9M A; 4NYV A; 5EIC A; 2DAT A; 2FSA A; 4IR3 A; 4LR6 A; 4HXP A; 3S92 A; 4YBM A; 5DYA A; 4MR6 A; 4UYE A; 5DFC A; 5CUD A; 5CY9 A; 2R10 A; 5H1V A; 5ENB A; 5FG6 A; 4TT6 A; 2MJV B; 4YAT A; 4NR8 A; 5ENH A; 4CL9 A; 4NQN A; 4NUE A; 4OUF A; 5ENG A; 3UV5 A; 4O77 A; 4J0R A; 4Q0O A; 4MEP A; 4A9J A; 5C85 A; 5FG4 A; 5KU3 A; 4CFK A; 2RO1 A; 4X2I A; 4ALH A; 5DY7 A; 5DFD A; 4DON A; 4HBV A; 5FE8 A; 4BJX A; 4BW3 A; 1X0J A; 3SVG A; 5FE3 A; 5IGK A; 4QC1 A; 5DFB A; 2R0V A; 5EU1 A; 4HBW A; 5D25 A; 5BT4 A; 5ENJ A; 5C4Q A; 5HJC A; 4LC2 A; 1ZS5 A; 5F62 A; 4CUS A; 5I40 A; 5D26 A; 5CGP A; 3TLP A; 3LJW A; 5CQ5 A; 4NRB A; 2G4A A; 4O7B A; 5A5R A; 4TU4 A; 4YBS A; 5D3R A; 5HEL A; 4J0S A; 4YY4 A; 4A9I A; 5JWM A; 5HM0 A; 2YQD A; 3GG3 A; 5LKU A; 5LVR A; 4Z6H A; 4WHU A; 5A7C A; 1E6I A; 4XYA A; 3HMH A; 4HXM A; 2OSS A; 5F25 A; 5J0D A; 2D9E A; 4BW4 A; 3P5O A; 4QUU A; 5E73 A; 3D7C A; 5A85 A; 4TZ8 A; 2L85 A; 4UYF B; 4YYJ A; 5KTX A; 3QZS A; 4TTE A; 5KO4 A; 5LVQ A; 5D3T A; 5DLX A; 5DKC A; 4QEW A; 4YAX A; 5FB1 A; 3P1D A; 4HXS A; 4MEQ A; 2F6N A; 3JVJ A; 3U5K A; 4TQN A; 4KV4 A; 4O7E A; 5CQ3 A; 3SVF A; 5LKT A; 5E3D A; 5E9L A; 5L96 A; 5FB0 A; 4IR4 A; 5HCL A; 5DYC A; 5FH8 A; 3Q2F A; 4PCI A; 2RNX A; 5CS8 A; 5AMF A; 5L8T A; 4TT4 A; 3U5O A; 4Z6I A; 4O7C A; 3LQI A; 5FG5 A; 5FH7 A; 4QEV A; 4Y03 A; 5A5S A; 3LQH A; 5FE5 A; 5I29 A; 4N4I A; 4YBT A; 4A9O A; 4N4H A; 4F3I A; 2RS9 B; 5CQA A; 5EGU A; 3UVW A; 3O35 A; 4BHW A; 5E9I A; 5HEN A; 4YYK A; 1WUM A; 3O33 A; 4C67 A; 3P1C A; 4QEU A; 5HQ5 A; 5HQ7 A; 3U5P A; 3I3J A; 5LKZ A; 4NXJ A; 2LSP B; 4XUB A; 5D0C A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5ENI A; 3VKG A; 4AKG A; 5DKH A; 4QR3 A; 4HXL A; 5DW2 A; 4QB3 A; 2OO1 A; 5HLS A; 4QSU A; 4NUC A; 5F5Z A; 4YH4 A; 4XY9 A; 5K29 A; 2I7K A; 2DVS A; 4RVR A; 4A9L A; 5CQT A; 1F68 A; 1JM4 B; 5H1T A; 4QYD A; 4QZS A; 4NR6 A; 4CUT A; 4UYD A; 4HXK A; 2L5E A; 2R0S A; 5D3N A; 3D1D A; 5FE0 A; 3Q2E A; 4FLP A; 4UIX A; 5E9K A; 4O72 A; 5D24 A; 4PY6 A; 5CUG A; 5EWD A; 5FE7 A; 4QR5 A; 5D7X A; 4YYD A; 5CQ4 A; 5TCM A; 4PCE A; 4KV1 A; 5EQ1 A; 5CU8 A; 5LJ2 A; 5D3S A; 4O74 A; 4YAD A; 4PKL A; 5CUB A; 5FH6 A; 5CRM A; 5G4S A; 5CUA A; 4Z93 A; 3LXJ A; 5F1H A; 2RFJ A; 5KTU A; 4QSX A; 4O78 A; 3MQM A; 4CLB A; 5CP5 A; 4WHW A; 5JI8 A; 3UVD A; 4QC3 A; 5CRZ A; 5F61 A; 5L97 A; 5EVA A; 5EI4 A; 5EM3 A; 3MB3 A; 4TS8 A; 3O34 A; 2RNW A; 4QSW A; 4YC9 A; 4IOR A; 3HMF A; 3IU6 A; 5LJ1 A; 3DAI A; 4YYG A; 3ZYU A; 4BW2 A; 4LYS A; 5AD3 A; 5L99 A; 3DWY A; 5IBN A; 4UIZ A; 2OUO A; 3S91 A; 5FE1 A; 2YW5 A; 4Z1Q A; 5E9V A; 3O37 A; 2YYN A; 5DX4 A; 3U5L A; 5F36 A; 5F60 A; 4CUQ A; 4MR4 A; 5KTW A; 1N72 A; 4QYL A; 4O71 A; 4Z1S A; 4UYG A; 4E96 A; 3MUK A; 4MEO A; 5I88 A; 5HFQ A; 5FFW A; 4OGI A; 4QSS A; 4QST A; 4HXR A; 5BT3 A; 4NR9 A; 5EWW A; 2F6J A; 3P1E A; 5DYU A; 5EWV A; 4HXO A; 5FE6 A; 3QZV A; 3UW9 A; 4NYX A; 5DW1 A; 5I80 A; 2E7N A; 4UIU A; 5IGL A; 5I89 A; 5EPS A; 4QUT A; 4NRC A; 4N3W A; 4HXN A; 4XUA A; 2GRC A; 4ZW1 A; 5CUE A; 3FKM X; 4LRG A; 4Q0N A; 3VKH A; 2DVQ A; 5CQ6 A; 4IR6 A; 5KHM A; 4O75 A; 3NXB A; 5F1L A; 4HBY A; 5I7X A; 5L8U A; 4YAB A; 5EWC A; 4QBM A; 4UIY A; 5H85 A; 4CUP A; 2RNY A; 5ENF A; 5D3P A; 4PTB A; 5HRW A; 5IID A; 4QSQ A; 5CFW A; 2RI7 A; 4NYW A; 1PUO A; 4O7F A; 5EA1 A; 4YYI A; 5FDZ A; 4J3I A; 5LKX A; 4IOO A; 5C8G A; 3JVK A; 5EP7 A; 5DYX A; 3AQA A; 2L84 A; 4A9F A; 5HRV A; 3AAD A; 3P1F A; 2YEM A; 5FE4 A; 3RCW A; 5EWH A; 5CQ7 A; 5AME A; 5A82 A; 4LYI A; 2KTB B; 3LQJ A; 5D3J A; 5ETD A; 5FFV A; 5C89 A; 2E7O A; 4UYH A; 4NQM A; 2D82 A; 5A81 A; 4MEN A; 2E3K A; 3UV2 A; 4LZR A; 3G0J A; 5COI A; 5C87 A; 4QY4 A; 4NR7 A; 4GPJ A; 4LDF A; 3U5M A; 4A9E A; 4N4G A; 4UIW A; 5I83 A; 2H60 A; 4MR5 A; 5H1U A; 5EPB A; 5E7D A; 4TT2 A; 3UV4 A; 4TYL A; 4YK0 A; 5ENE A; 5CTL A; 4YYH A; 2NXB A; 5E74 A; 4OGJ A; 4AI6 A; 4A9M A; 4J1P A; 2I8N A; 5CQ8 A; 1EQF A; 2WP1 A; 4CFL A; 3JVM A; 4LYW A; 4UIV A; 3UVY A; 5II2 A; 5CZG A; 3IU5 A; 2DKW A; 4QSR A; 5II1 A; 4QNS A; 4LZ2 A; 4KCX A; 5I86 A; 5DKD A; 5CPE A; 3MXF A; 2R0Y A; 5IG6 A; 5I1Q A; 4QR4 A; 2DVV A; 4XY8 A; 5DBM A; 3U5N A; 5I7Y A; 5LJ0 A; 1JSP B; 3UVX A; 4UIT A; 2N9G A; 3MUL A; 5F63 A; 4YY6 A; 5A5O A; 4NUD A; 4QSP A; 4N4F A; 4IOQ A; 4NS5 A; 5IGM A; 5EPR A; 4HBX A; 5HQ6 A; 5A5P A; 5IGN A; 5ENC A; 3HME A; 2YEK A; 4A9K A; 5HRX A; 5G4R A; 5EV9 A; 4WIV A; 4NR4 A; 4C66 A; 4A9H A; 5TB6 A; 5E3G A; 5FE2 A; 4ALG A; 5HFR A; 2DVR A; 3QZT A; 4PS5 A; 4CUU A; 5CUC A; 4NR5 A; 5AD2 A; 4O76 A; 5HEM A; 4QSV A; 4TZ2 A; 5E0R A; 5LUU A; 3U5J A; 3ONI A; 5E9Y A; 2DWW A; 4YYN A; 4CUR A; 5DLZ A; 5D3H A; 2WP2 A; 3SVH A; 4NRA A; 5FFY A; 4YYM A; 2YEL A; 5L98 A; 3G0L A; 5FE9 A; 4O7A A; 4TU6 A; 5BT5 A; 5ACY A; 3MB4 A; 4BW1 A; 4O70 A; 4YH3 A; 5EIS A; 5F2P A; 4LZS A; 2YDW A; 4AKN A; 5EK9 A; 3O36 A; 5F3A A; 4MR3 A; 5A5Q A; 5C7N A; 4ZC9 A; 5FBX A; 4IR5 A; 3JVL A; 1WUG A; 5A5N A; 5A83 A; 4UYF A; 3K2J A; 4A9N A; 4ZQL A; 5ETB A; 5D3L A; 5E9M A; 4NYV A; 5EIC A; 2DAT A; 2FSA A; 4IR3 A; 4LR6 A; 4HXP A; 3S92 A; 4YBM A; 5DYA A; 4MR6 A; 4UYE A; 5DFC A; 5CUD A; 5CY9 A; 2R10 A; 5H1V A; 5ENB A; 5FG6 A; 4TT6 A; 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5HCL A; 5DYC A; 5FH8 A; 3Q2F A; 4PCI A; 2RNX A; 5CS8 A; 5AMF A; 5L8T A; 4TT4 A; 3U5O A; 4Z6I A; 4O7C A; 3LQI A; 5FG5 A; 5FH7 A; 4QEV A; 4Y03 A; 5A5S A; 3LQH A; 5FE5 A; 5I29 A; 4N4I A; 4YBT A; 4A9O A; 4N4H A; 4F3I A; 2RS9 B; 5CQA A; 5EGU A; 3UVW A; 3O35 A; 4BHW A; 5E9I A; 5HEN A; 4YYK A; 1WUM A; 3O33 A; 4C67 A; 3P1C A; 4QEU A; 5HQ5 A; 5HQ7 A; 3U5P A; 3I3J A; 5LKZ A; 4NXJ A; 2LSP B; 4XUB A; 5D0C A; #chains in the Genus database with same CATH homology 5ENI A; 5DKH A; 4QR3 A; 4HXL A; 5DW2 A; 4QB3 A; 2OO1 A; 5HLS A; 4QSU A; 4NUC A; 5F5Z A; 4YH4 A; 4XY9 A; 5K29 A; 2I7K A; 2DVS A; 4RVR A; 4A9L A; 5CQT A; 1F68 A; 1JM4 B; 5H1T A; 4QYD A; 4QZS A; 4NR6 A; 4CUT A; 4UYD A; 4HXK A; 2L5E A; 2R0S A; 5D3N A; 5FE0 A; 3Q2E A; 4FLP A; 4UIX A; 5E9K A; 4O72 A; 5D24 A; 4PY6 A; 5CUG A; 5EWD A; 5FE7 A; 4QR5 A; 5D7X A; 4YYD A; 5CQ4 A; 5TCM A; 4PCE A; 4KV1 A; 5EQ1 A; 5CU8 A; 5LJ2 A; 5D3S A; 4O74 A; 4YAD A; 4PKL A; 5CUB A; 5FH6 A; 5CRM A; 5G4S A; 5CUA A; 4Z93 A; 3LXJ A; 5F1H A; 2RFJ A; 5KTU A; 4QSX A; 4O78 A; 3MQM A; 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