4MEQA

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with a 5-methyl-triazolopyrimidine ligand
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Discovery of Novel Small-Molecule Inhibitors of BRD4 Using Structure-Based Virtual Screening.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
molecule tags Transcription/transcription inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 46
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-08-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4meqA01
5CUCA 5EWCA 5EWWA 3S91A 4NUEA 4HXMA 5D26A 5KTUA 5D3RA 2MJVB 3LQJA 4YYHA 5AD2A 5ENJA 5H1UA 4A9JA 5DFDA 2YYNA 5FH7A 2RO1A 3JVLA 4YYMA 4Y03A 4UYFB 3U5LA 5EM3A 5G4RA 3O33A 5A81A 1ZS5A 5I89A 4IR4A 4TU6A 3UVXA 5DW1A 5ENHA 5HFQA 5II2A 5CQ7A 5IBNA 5CGPA 5KO4A 5FH6A 2RNWA 4IOQA 3UV2A 4UIYA 5CUAA 4NYVA 5EV9A 4YYJA 2I8NA 2YDWA 4HBVA 4QSVA 2E7OA 5HEMA 2KTBB 4A9KA 5DBMA 5IIDA 5ETDA 5CRZA 4UYEA 2RNYA 5CQ5A 5L96A 5J0DA 4N4FA 4RVRA 5DKDA 2D9EA 4UYDA 3HMFA 4HXNA 5C85A 5ACYA 5F5ZA 5E3DA 5F60A 4UYHA 4QYDA 5CQ4A 4QSTA 5E74A 5A85A 4YYKA 3JVJA 2YELA 3P1EA 4NR8A 4GPJA 5CFWA 3S92A 4TU4A 4QSPA 3Q2EA 5IGMA 4NR7A 5KU3A 3O37A 4MR6A 5EICA 4YY6A 2RFJA 5FG5A 4UIXA 3LQHA 3I3JA 5I83A 5E0RA 4QB3A 4J0RA 5A7CA 4X2IA 2DWWA 2RS9B 4NR9A 5CTLA 5JWMA 5AMFA 5FDZA 5D3LA 3UV4A 5KTXA 1N72A 5I1QA 4QR4A 5JI8A 3MB3A 5DFBA 5D3NA 5D7XA 4CUUA 5BT5A 4Z1QA 4OGJA 4A9NA 3UW9A 2YEKA 5D0CA 5LJ0A 5EU1A 4IR6A 4LC2A 5HM0A 5CP5A 5CY9A 4Z6IA 4UIUA 3AADA 4O76A 5FE2A 4FLPA 3O36A 3AQAA 3UVWA 2RNXA 5D3PA 4HXRA 4QR5A 5DLZA 5HLSA 5DYXA 5FE9A 1F68A 4TQNA 4O7FA 5A5RA 4NR6A 3MUKA 3ZYUA 2DVSA 2L5EA 4J3IA 4MENA 4NUDA 5EQ1A 3QZVA 5D3HA 4YAXA 5FFYA 5E9YA 4KCXA 5I86A 2RI7A 5E7DA 4YY4A 5I40A 3U5OA 3K2JA 4O70A 4XY8A 4ZC9A 2YQDA 3NXBA 4WHUA 2OUOA 3TLPA 5ENBA 5F61A 5HQ6A 3O34A 5II1A 5ENEA 5IG6A 4CUQA 5EVAA 4CFKA 1E6IA 4BW2A 5LKZA 4YYIA 3ONIA 5FB0A 5LKXA 4J1PA 4C66A 3P5OA 4NRCA 3IU5A 5E3GA 1X0JA 4QSUA 4N4IA 4TT4A 5HCLA 2L85A 2WP2A 5E9KA 4LZ2A 3SVFA 4KV4A 5A5OA 4TZ8A 4YYGA 2E7NA 5K29A 4TT2A 5ENGA 1WUGA 4OUFA 4YADA 4QNSA 4HXLA 5C4QA 4O77A 4O78A 4YH4A 5ENCA 5FBXA 4TT6A 4PCIA 3UVYA 5I80A 5HRXA 2G4AA 5DLXA 4HXPA 5EK9A 4BJXA 5EP7A 5G4SA 5HQ7A 4C67A 5AD3A 4QSQA 3Q2FA 4UIVA 5LVRA 4YATA 3P1DA 2DVRA 4QSSA 5FE6A 2R0YA 4NS5A 2FSAA 5HELA 3O35A 4XY9A 5HFRA 2GRCA 4YBSA 4QC1A 4DONA 4MEQA 4Z1SA 4PKLA 2H60A 3MULA 4OGIA 5AMEA 4Z93A 5I7YA 5EA1A 3UVDA 4HXSA 1EQFA 4UIWA 5DYUA 5ENFA 5COIA 5DYAA 5FE1A 4CURA 4O71A 4A9HA 2F6NA 2DATA 4QEWA 4A9FA 5L8TA 2F6JA 2R0SA 5DY7A 3P1FA 2DVVA 4HBXA 4ALGA 4PCEA 4LDFA 4O7CA 5KHMA 4QY4A 5EWDA 5EPSA 5A82A 5H1VA 5HRWA 4NQNA 4WHWA 4MEPA 4N3WA 5CRMA 4O72A 4QSWA 5F1HA 4XUBA 3GG3A 5EWHA 3DAIA 3U5PA 3QZTA 5E9VA 5LUUA 4QUUA 5CQAA 5CQTA 4UYGA 5DYCA 4NYXA 5F2PA 3FKMX 5F3AA 3JVKA 4NUCA 4BW3A 4Q0OA 5A83A 4QC3A 5L98A 4NR4A 4UITA 5EGUA 5CZGA 4UYFA 4BHWA 4QEUA 5L8UA 5CQ3A 4HBYA 4IR3A 1JSPB 3IU6A 3JVMA 3P1CA 4PY6A 5LVQA 4A9IA 5F62A 5HRVA 4YC9A 4O7AA 4NXJA 4LZRA 4IOOA 2NXBA 4E96A 3DWYA 5CPEA 4QZSA 2R10A 4IORA 4TS8A 5FG4A 3SVGA 2R0VA 5A5NA 5C8GA 5CUBA 3G0JA 4YBTA 4O7EA 5CQ6A 4LZSA 5EPBA 3MQMA 2YW5A 4HXOA 3U5JA 5LKTA 5CUEA 3RCWA 4CUTA 4YK0A 5D25A 4MEOA 4BW1A 3LXJA 2LSPB 5FE0A 3HMEA 5L97A 5DW2A 4WIVA 5KTWA 5HQ5A 5IGNA 4QR3A 5BT3A 5FH8A 4NQMA 4LYIA 2N9GA 4IR5A 4N4GA 5D24A 5F63A 2L84A 3HMHA 3SVHA 5I29A 5H85A 5F25A 5I7XA 5D3JA 3UV5A 4LRGA 4J0SA 5E73A 5D3SA 4BW4A 5CQ8A 5I88A 4A9MA 4HBWA 5LJ2A 4QBMA 3G0LA 4XYAA 4YYNA 4CFLA 5LJ1A 5L99A 4MR3A 5DKCA 5DX4A 4QEVA 4A9LA 4YYDA 5FE5A 5FE7A 5CUDA 4F3IA 4AKNA 5H1TA 4CLBA 5TCMA 5ENIA 4ZW1A 3QZSA 1WUMA 4MR4A 5IGKA 3U5MA 4CUPA 5CS8A 4LYWA 5F1LA 4CL9A 5EISA 5TB6A 2I7KA 5BT4A 4Z6HA 4NYWA 4QUTA 5FB1A 4YBMA 2OO1A 2D82A 3D7CA 5EI4A 5E9IA 4LYSA 5HENA 2DKWA 5C7NA 5C87A 4ALHA 5HJCA 3MXFA 4O7BA 4QSXA 5CUGA 5CU8A 5EPRA 4YABA 5FE8A 4LR6A 4NRAA 3LJWA 5DKHA 4YH3A 5A5PA 4UIZA 5FFWA 5EWVA 5C89A 2E3KA 5F36A 4A9EA 4TZ2A 5LKUA 3U5NA 2WP1A 4NR5A 4MR5A 5FE4A 2OSSA 5A5SA 4NRBA 4CUSA 4KV1A 4TTEA 5DFCA 4HXKA 4N4HA 4PTBA 5FE3A 2YEMA 5FFVA 5E9LA 5E9MA 5ETBA 4QSRA 4A9OA 4ZQLA 5A5QA 4O74A 4PS5A 4QYLA 5D3TA 4Q0NA 4TYLA 3LQIA 4XUAA 3U5KA 3MB4A 2DVQA 5FG6A 1JM4B 5IGLA 4O75A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5CUCA 5EWCA 5EWWA 3S91A 4NUEA 4HXMA 5D26A 5KTUA 5D3RA 2MJVB 3LQJA 4YYHA 5AD2A 5ENJA 5H1UA 4A9JA 5DFDA 2YYNA 5FH7A 2RO1A 3JVLA 4YYMA 4Y03A 4UYFB 3U5LA 5EM3A 5G4RA 3O33A 5A81A 1ZS5A 5I89A 4IR4A 4TU6A 3UVXA 5DW1A 5ENHA 5HFQA 5II2A 5CQ7A 5IBNA 5CGPA 5KO4A 5FH6A 2RNWA 4IOQA 3UV2A 4UIYA 5CUAA 4NYVA 5EV9A 4YYJA 2I8NA 2YDWA 4HBVA 4QSVA 2E7OA 5HEMA 2KTBB 4A9KA 5DBMA 5IIDA 5ETDA 5CRZA 4UYEA 2RNYA 5CQ5A 5L96A 5J0DA 4N4FA 4RVRA 5DKDA 2D9EA 4UYDA 3HMFA 4HXNA 5C85A 5ACYA 5F5ZA 5E3DA 5F60A 4UYHA 4QYDA 5CQ4A 4QSTA 5E74A 5A85A 4YYKA 3JVJA 2YELA 3P1EA 4NR8A 3VKHA 4GPJA 5CFWA 3S92A 4TU4A 4QSPA 3Q2EA 5IGMA 4NR7A 5KU3A 3O37A 4MR6A 5EICA 4YY6A 2RFJA 5FG5A 4UIXA 3LQHA 3I3JA 5I83A 3ERRA 5E0RA 4QB3A 4J0RA 5A7CA 4X2IA 2DWWA 2RS9B 4NR9A 5CTLA 5JWMA 5AMFA 5FDZA 5D3LA 3UV4A 5KTXA 1N72A 5I1QA 4QR4A 5JI8A 3MB3A 5DFBA 5D3NA 5D7XA 4CUUA 5BT5A 4Z1QA 4OGJA 4A9NA 4AKIA 3UW9A 2YEKA 5D0CA 5LJ0A 5EU1A 4IR6A 4LC2A 5HM0A 5CP5A 5CY9A 4Z6IA 4UIUA 3AADA 4O76A 5FE2A 4FLPA 3O36A 3AQAA 3UVWA 2RNXA 5D3PA 4HXRA 4QR5A 5DLZA 5HLSA 5DYXA 5FE9A 1F68A 4TQNA 4O7FA 5A5RA 4NR6A 3MUKA 3ZYUA 2DVSA 2L5EA 4J3IA 4MENA 4NUDA 5EQ1A 3QZVA 5D3HA 4YAXA 5FFYA 5E9YA 4KCXA 5I86A 2RI7A 5E7DA 4YY4A 5I40A 3U5OA 3K2JA 4O70A 4XY8A 4ZC9A 2YQDA 3NXBA 4WHUA 2OUOA 3TLPA 5ENBA 5F61A 5HQ6A 3O34A 5II1A 5ENEA 5IG6A 4CUQA 5EVAA 4CFKA 1E6IA 4BW2A 5LKZA 4AI6A 4YYIA 3ONIA 5FB0A 5LKXA 4J1PA 4C66A 3P5OA 4NRCA 3IU5A 5E3GA 1X0JA 4QSUA 1PUOA 4N4IA 4TT4A 5HCLA 2L85A 2WP2A 5E9KA 4LZ2A 3SVFA 4KV4A 5A5OA 4TZ8A 4YYGA 2E7NA 5K29A 4TT2A 5ENGA 1WUGA 4OUFA 4YADA 4QNSA 4HXLA 5C4QA 4O77A 4O78A 4YH4A 5ENCA 5FBXA 4TT6A 4PCIA 3UVYA 5I80A 5HRXA 2G4AA 5DLXA 4HXPA 4AKHA 5EK9A 4BJXA 5EP7A 5G4SA 5HQ7A 4C67A 5AD3A 4QSQA 3Q2FA 4UIVA 5LVRA 4YATA 3P1DA 4QSSA 2DVRA 5FE6A 2R0YA 4NS5A 2FSAA 5HELA 3O35A 4XY9A 5HFRA 2GRCA 4YBSA 4QC1A 4DONA 4MEQA 4Z1SA 4PKLA 2H60A 3MULA 4OGIA 5AMEA 4Z93A 5I7YA 5EA1A 3UVDA 4HXSA 1EQFA 4UIWA 5DYUA 5ENFA 5COIA 5DYAA 5FE1A 4CURA 4AKGA 4O71A 4A9HA 2F6NA 2DATA 4QEWA 4A9FA 5L8TA 2F6JA 2R0SA 5DY7A 3P1FA 2DVVA 4HBXA 4ALGA 4PCEA 4LDFA 4O7CA 5KHMA 4QY4A 5EWDA 5EPSA 5A82A 5H1VA 5HRWA 4NQNA 4WHWA 4MEPA 4N3WA 5CRMA 4O72A 4QSWA 5F1HA 4XUBA 3GG3A 5EWHA 3DAIA 3U5PA 3QZTA 3VKGA 5E9VA 5LUUA 4QUUA 5CQAA 5CQTA 4UYGA 5DYCA 4NYXA 5F2PA 3FKMX 5F3AA 3JVKA 4NUCA 4BW3A 4Q0OA 5A83A 4QC3A 5L98A 4NR4A 4UITA 5EGUA 5CZGA 4UYFA 4BHWA 4QEUA 5L8UA 5CQ3A 4HBYA 4IR3A 1JSPB 3IU6A 3JVMA 3P1CA 4PY6A 5LVQA 4A9IA 5F62A 5HRVA 4YC9A 4O7AA 4NXJA 4LZRA 4IOOA 2NXBA 4E96A 3DWYA 5CPEA 4QZSA 2R10A 4IORA 4TS8A 5FG4A 3SVGA 2R0VA 5A5NA 5C8GA 5CUBA 3G0JA 4YBTA 4O7EA 5CQ6A 4LZSA 5EPBA 3MQMA 2YW5A 4HXOA 3U5JA 5LKTA 5CUEA 3RCWA 4CUTA 4YK0A 5D25A 4MEOA 4BW1A 3D1DA 3LXJA 2LSPB 5FE0A 3HMEA 5L97A 5DW2A 4WIVA 5KTWA 5HQ5A 5IGNA 4QR3A 3D1BA 5BT3A 5FH8A 4NQMA 4LYIA 2N9GA 4IR5A 4N4GA 5D24A 5F63A 2L84A 3HMHA 3SVHA 5I29A 5H85A 5F25A 5I7XA 5D3JA 3UV5A 4LRGA 4J0SA 5E73A 5D3SA 4BW4A 5CQ8A 5I88A 4A9MA 4HBWA 5LJ2A 4QBMA 3G0LA 4XYAA 4YYNA 4CFLA 5LJ1A 5L99A 4MR3A 5DKCA 5DX4A 4QEVA 4A9LA 4YYDA 5FE5A 5FE7A 5CUDA 4F3IA 4AKNA 5H1TA 4CLBA 5TCMA 5ENIA 4ZW1A 3QZSA 1WUMA 4MR4A 5IGKA 3U5MA 4CUPA 5CS8A 4LYWA 5F1LA 4CL9A 5EISA 5TB6A 2I7KA 5BT4A 4Z6HA 4NYWA 4QUTA 5FB1A 4YBMA 2EJNA 2OO1A 2D82A 3D7CA 5EI4A 5E9IA 4LYSA 5HENA 2DKWA 5C7NA 5C87A 4ALHA 5HJCA 3MXFA 4O7BA 4QSXA 5CUGA 5CU8A 5EPRA 4YABA 5FE8A 4LR6A 4NRAA 3LJWA 5DKHA 4YH3A 5A5PA 4UIZA 5FFWA 5EWVA 5C89A 2E3KA 5F36A 4A9EA 4TZ2A 5LKUA 3U5NA 2WP1A 4NR5A 4MR5A 5FE4A 2OSSA 5A5SA 4NRBA 4CUSA 4KV1A 4TTEA 5DFCA 4HXKA 4N4HA 4PTBA 5FE3A 2YEMA 5FFVA 5E9LA 5E9MA 5ETBA 4QSRA 4A9OA 4ZQLA 5A5QA 4O74A 1ZKRA 4PS5A 4QYLA 5D3TA 4Q0NA 4TYLA 3LQIA 4XUAA 3U5KA 3MB4A 2DVQA 5FG6A 1JM4B 5IGLA 4O75A
chains in the Genus database with same CATH topology
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 5CUC A;  5EWC A;  5EWW A;  3S91 A;  4NUE A;  4HXM A;  5D26 A;  5KTU A;  5D3R A;  2MJV B;  3LQJ A;  4YYH A;  5AD2 A;  5ENJ A;  5H1U A;  4A9J A;  5DFD A;  2YYN A;  5FH7 A;  2RO1 A;  3JVL A;  4YYM A;  4Y03 A;  4UYF B;  3U5L A;  5EM3 A;  5G4R A;  3O33 A;  5A81 A;  1ZS5 A;  5I89 A;  4IR4 A;  4TU6 A;  3UVX A;  5DW1 A;  5ENH A;  5HFQ A;  5II2 A;  5CQ7 A;  5IBN A;  5CGP A;  5KO4 A;  5FH6 A;  2RNW A;  4IOQ A;  3UV2 A;  4UIY A;  5CUA A;  4NYV A;  5EV9 A;  4YYJ A;  2I8N A;  2YDW A;  4HBV A;  4QSV A;  2E7O A;  5HEM A;  2KTB B;  4A9K A;  5DBM A;  5IID A;  5ETD A;  5CRZ A;  4UYE A;  2RNY A;  5CQ5 A;  5L96 A;  5J0D A;  4N4F A;  4RVR A;  5DKD A;  2D9E A;  4UYD A;  3HMF A;  4HXN A;  5C85 A;  5ACY A;  5F5Z A;  5E3D A;  5F60 A;  4UYH A;  4QYD A;  5CQ4 A;  4QST A;  5E74 A;  5A85 A;  4YYK A;  3JVJ A;  2YEL A;  3P1E A;  4NR8 A;  4GPJ A;  5CFW A;  3S92 A;  4TU4 A;  4QSP A;  3Q2E A;  5IGM A;  4NR7 A;  5KU3 A;  3O37 A;  4MR6 A;  5EIC A;  4YY6 A;  2RFJ A;  5FG5 A;  4UIX A;  3LQH A;  3I3J A;  5I83 A;  5E0R A;  4QB3 A; 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