4MEQA

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with a 5-methyl-triazolopyrimidine ligand
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title Discovery of Novel Small-Molecule Inhibitors of BRD4 Using Structure-Based Virtual Screening.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Transcription/transcription inhibitor
total genus 46
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-08-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4meqA01
4YY6A 4QSVA 5HQ7A 4LZRA 4QSWA 4TT4A 5EM3A 3MULA 4TTEA 5EWWA 4Z1SA 5DFCA 2H60A 3O34A 4QNSA 4QSRA 4QSUA 5EWVA 4YH4A 4Z1QA 4CL9A 4TS8A 5EPBA 5II2A 5CUDA 4XY9A 4MR3A 4NYWA 5A7CA 4LZ2A 5DX4A 5KHMA 3AQAA 3TLPA 5E74A 2E7OA 4BJXA 4YYHA 5CQ8A 4YYNA 4YY4A 5AD3A 3G0LA 4QBMA 5ETDA 4O70A 5FDZA 1JM4B 5F62A 3DAIA 4MR4A 1WUGA 5FE9A 4UIUA 3NXBA 5HQ5A 3ZYUA 5HFQA 4MENA 5EWCA 4UYEA 5ENGA 5LKZA 5CU8A 4HXPA 4N4IA 5IGKA 4XUAA 5D3RA 5AMEA 2FSAA 4UIWA 4NR5A 5CRMA 2DKWA 4KV1A 5HQ6A 5CQ4A 3P1CA 3SVFA 4O7CA 4QZSA 3P1DA 5BT4A 5BT5A 3P1FA 5H1UA 5DLXA 4BW1A 5E9KA 1E6IA 2WP1A 4QSSA 2DWWA 5DFBA 4BW4A 4YYDA 4YYIA 5JI8A 5D25A 3O37A 4QEVA 5II1A 5HRWA 5EI4A 5CQTA 4UIXA 5A83A 4PS5A 3U5LA 5COIA 5FB1A 5CUAA 4O7FA 5C8GA 5E9IA 2N9GA 4J1PA 5AMFA 4QYDA 3FKMX 4YYMA 2MJVB 4YBTA 5CGPA 4OUFA 5L98A 4QEWA 4NUDA 4NRAA 4NUEA 5E0RA 4O77A 5L96A 5L97A 3U5JA 5F3AA 5CFWA 4TYLA 5KTUA 2LSPB 4MEQA 3UVWA 2DVSA 4NR4A 5D0CA 5FH7A 3P5OA 4QSXA 4PY6A 4QC3A 2F6JA 5I7YA 2R10A 5KTWA 3AADA 4N3WA 3LQHA 4YYJA 4N4FA 5HEMA 4NYXA 5LVQA 4XY8A 4PCEA 5A5RA 5LKTA 2I8NA 4J3IA 4LYIA 4A9EA 5E9LA 1EQFA 5D3LA 4FLPA 5DYXA 5A5PA 5LJ2A 3Q2FA 4NR8A 2R0SA 5HLSA 4O7AA 5F5ZA 3QZSA 3MUKA 3JVJA 4YYKA 5FB0A 5TB6A 4NYVA 5C85A 4YADA 4OGIA 5LJ0A 5E7DA 5G4SA 5D24A 3UV4A 5HRXA 2RI7A 4MEPA 4QC1A 5DLZA 5JWMA 5LKXA 2YYNA 2KTBB 4Z6IA 5D7XA 5I88A 5EA1A 4HXNA 3P1EA 5FE3A 3HMHA 5DW2A 3UV5A 4O71A 4A9KA 4RVRA 5A5NA 4HXSA 4O75A 5I40A 5LUUA 4UYGA 5DYCA 4LR6A 5HELA 3O33A 5E3DA 2D82A 5BT3A 4GPJA 4MEOA 4IR4A 4N4GA 3LJWA 5E73A 5A81A 5A5QA 4LYSA 3UV2A 4HBVA 5F61A 4KV4A 5IGNA 5CS8A 4TT6A 3MB4A 5D3NA 4IR3A 4NUCA 5CPEA 4LYWA 4O78A 4CFKA 4CFLA 2RNXA 5EVAA 5CY9A 5H1VA 5FE8A 5ACYA 1N72A 4HXKA 4BW2A 2RNWA 4IORA 5A5SA 4ZQLA 5ENHA 4TQNA 4PKLA 5ENEA 5FE0A 5I83A 4BHWA 5CQ6A 2GRCA 2DATA 4O74A 5LJ1A 4O7BA 3QZTA 3LQIA 5FFWA 3O36A 3IU5A 3QZVA 4CUSA 3ONIA 4QEUA 5I89A 5EWHA 4A9MA 5FE7A 4WIVA 4A9HA 4UYDA 5D3PA 4CUPA 4C67A 4CUQA 5I1QA 5K29A 1JSPB 5ENBA 4E96A 4HBYA 4OGJA 5ETBA 4CLBA 4IR6A 3I3JA 5EISA 3JVMA 5EPSA 1X0JA 3SVHA 4PTBA 5D26A 3UVDA 5C7NA 5DY7A 2DVRA 4Z6HA 5IGMA 4HXRA 5EPRA 5F2PA 5DYUA 3MB3A 3IU6A 5EU1A 4WHUA 5KO4A 4BW3A 4LDFA 5HCLA 4Q0OA 2DVVA 3LQJA 5I80A 4ALHA 2WP2A 5G4RA 5EICA 5F25A 4IR5A 5FFVA 5CZGA 4IOQA 5CUBA 5HJCA 4YBSA 5FE6A 4UYHA 5LKUA 4C66A 4Z93A 5CQ3A 5I29A 4HBWA 3RCWA 2OO1A 2OUOA 4QYLA 4QUUA 5ENFA 4QR4A 5L8UA 3UVXA 5IG6A 5EQ1A 5A82A 5CTLA 2YW5A 5EV9A 5HM0A 3K2JA 2E7NA 3MQMA 4QUTA 4QY4A 5CQAA 5DFDA 4CUTA 4A9IA 4QSTA 5FE5A 1ZS5A 3SVGA 2YEMA 3O35A 4O76A 4YABA 3UW9A 2L84A 4XUBA 5D3TA 3U5KA 5F60A 3HMFA 5DKCA 5D3SA 5CUGA 4HXMA 2NXBA 2E3KA 4AKNA 2L85A 4XYAA 2R0VA 5DKDA 5EP7A 4YH3A 5FE1A 5ENCA 5ENJA 5IIDA 3JVLA 5FG6A 2YQDA 4YBMA 4NS5A 3U5PA 5E9YA 4NR9A 5EWDA 3U5MA 2D9EA 2RO1A 4NR6A 4TZ8A 2F6NA 4QSQA 3JVKA 4TZ2A 4UIZA 5TCMA 4UYFA 1WUMA 5FBXA 5IGLA 5FH8A 4IOOA 2RNYA 4A9OA 3Q2EA 4LC2A 1F68A 3U5NA 3DWYA 4Q0NA 3D7CA 4X2IA 2I7KA 4DONA 5FFYA 5E3GA 3MXFA 5FG5A 4HXOA 3G0JA 5CRZA 4NRBA 4ZC9A 4ALGA 4O7EA 4NQMA 4NRCA 4YAXA 5DKHA 5CUCA 5C4QA 5F1HA 4O72A 5CQ5A 5J0DA 4YATA 4J0SA 4TT2A 5CUEA 4QSPA 5E9VA 5L8TA 5D3HA 5C89A 4A9NA 4LZSA 5AD2A 5LVRA 4KCXA 4YC9A 5DW1A 5HRVA 3GG3A 4QR5A 5ENIA 4HBXA 5E9MA 3S92A 4YK0A 3HMEA 4N4HA 3U5OA 4CUUA 2DVQA 4HXLA 5EK9A 5H1TA 5A85A 4MR5A 4ZW1A 5F63A 4UIYA 4MR6A 2L5EA 5IBNA 5CQ7A 5D3JA 5H85A 4WHWA 5F1LA 4NR7A 4NXJA 5DBMA 4PCIA 5I86A 3LXJA 5KTXA 2YDWA 5HFRA 5A5OA 5FH6A 4A9JA 2RFJA 5KU3A 5I7XA 4QR3A 5FG4A 5EGUA 2G4AA 4UITA 4UYFB 5L99A 4QB3A 3UVYA 4LRGA 4F3IA 4J0RA 4A9LA 4TU6A 2YELA 4Y03A 3S91A 4NQNA 2YEKA 4TU4A 5CP5A 5F36A 5FE2A 5DYAA 5C87A 5FE4A 2R0YA 4CURA 4YYGA 5HENA 2RS9B 2OSSA 4UIVA 4A9FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4YY6A 4QSVA 5HQ7A 4LZRA 4QSWA 4TT4A 5EM3A 3MULA 4TTEA 5EWWA 4Z1SA 5DFCA 2H60A 3O34A 4QNSA 4AI6A 4QSRA 4QSUA 5EWVA 4YH4A 2EJNA 4Z1QA 4CL9A 4TS8A 5EPBA 5II2A 5CUDA 4XY9A 4MR3A 4NYWA 5A7CA 4LZ2A 5DX4A 5KHMA 3AQAA 3TLPA 5E74A 2E7OA 4BJXA 4YYHA 5CQ8A 4YYNA 4YY4A 5AD3A 3G0LA 4QBMA 5ETDA 4O70A 5FDZA 1JM4B 5F62A 3DAIA 4MR4A 1WUGA 5FE9A 4UIUA 3NXBA 5HQ5A 3ZYUA 5HFQA 4MENA 5EWCA 4UYEA 5ENGA 5LKZA 5CU8A 4HXPA 4N4IA 5IGKA 4XUAA 5D3RA 5AMEA 2FSAA 4UIWA 4NR5A 5CRMA 2DKWA 4KV1A 5HQ6A 5CQ4A 3P1CA 4AKIA 3SVFA 4O7CA 4QZSA 3P1DA 5BT4A 5BT5A 3VKHA 3P1FA 5H1UA 5DLXA 4BW1A 5E9KA 1E6IA 2WP1A 4QSSA 2DWWA 5DFBA 4BW4A 4YYDA 4YYIA 5JI8A 5D25A 3O37A 4QEVA 5II1A 5HRWA 5EI4A 5CQTA 4UIXA 5A83A 4PS5A 3U5LA 5COIA 5FB1A 5CUAA 4O7FA 5C8GA 5E9IA 2N9GA 4J1PA 5AMFA 4QYDA 3FKMX 4YYMA 2MJVB 4YBTA 5CGPA 4OUFA 5L98A 4QEWA 4NUDA 4NRAA 4NUEA 5E0RA 4O77A 5L96A 5L97A 3U5JA 5F3AA 5CFWA 4TYLA 5KTUA 2LSPB 3ERRA 4MEQA 3UVWA 2DVSA 4AKGA 4NR4A 5D0CA 5FH7A 3P5OA 4QSXA 4PY6A 4QC3A 2F6JA 5I7YA 2R10A 5KTWA 3AADA 4N3WA 3LQHA 4YYJA 4N4FA 5HEMA 4NYXA 5LVQA 4XY8A 4PCEA 5A5RA 5LKTA 2I8NA 4J3IA 4LYIA 4A9EA 4AKHA 5E9LA 1EQFA 5D3LA 4FLPA 5DYXA 5A5PA 5LJ2A 3Q2FA 4NR8A 2R0SA 5HLSA 4O7AA 5F5ZA 3QZSA 3MUKA 3JVJA 4YYKA 5FB0A 5TB6A 4NYVA 5C85A 4YADA 4OGIA 5LJ0A 5E7DA 5G4SA 5D24A 3UV4A 5HRXA 2RI7A 4MEPA 4QC1A 5DLZA 5JWMA 5LKXA 2YYNA 2KTBB 4Z6IA 5D7XA 5I88A 5EA1A 4HXNA 3D1DA 3P1EA 5FE3A 3HMHA 5DW2A 3UV5A 4O71A 3VKGA 4A9KA 4RVRA 5A5NA 4HXSA 4O75A 5I40A 5LUUA 4UYGA 5DYCA 4LR6A 5HELA 3O33A 5E3DA 2D82A 5BT3A 4GPJA 4MEOA 4IR4A 4N4GA 3LJWA 5E73A 5A81A 5A5QA 4LYSA 3UV2A 4HBVA 5F61A 4KV4A 5IGNA 5CS8A 4TT6A 3MB4A 5D3NA 4IR3A 4NUCA 5CPEA 4LYWA 4O78A 4CFKA 4CFLA 2RNXA 5EVAA 5CY9A 5H1VA 5FE8A 5ACYA 1N72A 4HXKA 4BW2A 2RNWA 4IORA 5A5SA 4ZQLA 5ENHA 4TQNA 1PUOA 4PKLA 5ENEA 5FE0A 5I83A 4BHWA 5CQ6A 2GRCA 2DATA 4O74A 5LJ1A 4O7BA 3QZTA 3LQIA 5FFWA 3O36A 3IU5A 3QZVA 4CUSA 3ONIA 4QEUA 5I89A 5EWHA 4A9MA 5FE7A 4WIVA 4A9HA 4UYDA 5D3PA 4CUPA 4C67A 4CUQA 5I1QA 5K29A 1JSPB 5ENBA 4E96A 4HBYA 4OGJA 5ETBA 4CLBA 4IR6A 3I3JA 5EISA 3JVMA 5EPSA 1X0JA 3SVHA 4PTBA 5D26A 3UVDA 5C7NA 5DY7A 2DVRA 4Z6HA 5IGMA 4HXRA 5EPRA 5F2PA 5DYUA 3MB3A 3IU6A 5EU1A 4WHUA 5KO4A 4BW3A 4LDFA 5HCLA 4Q0OA 2DVVA 3LQJA 3D1BA 5I80A 4ALHA 2WP2A 5G4RA 5EICA 5F25A 4IR5A 5FFVA 5CZGA 4IOQA 5CUBA 5HJCA 4YBSA 5FE6A 4UYHA 5LKUA 4C66A 4Z93A 5CQ3A 5I29A 4HBWA 3RCWA 2OO1A 2OUOA 4QYLA 4QUUA 5ENFA 4QR4A 5L8UA 3UVXA 5IG6A 5EQ1A 5A82A 5CTLA 2YW5A 5EV9A 5HM0A 3K2JA 2E7NA 3MQMA 4QUTA 4QY4A 5CQAA 5DFDA 4CUTA 4A9IA 4QSTA 5FE5A 1ZS5A 3SVGA 2YEMA 3O35A 4O76A 4YABA 3UW9A 2L84A 4XUBA 5D3TA 3U5KA 5F60A 3HMFA 5DKCA 5D3SA 5CUGA 4HXMA 2NXBA 2E3KA 4AKNA 2L85A 4XYAA 2R0VA 5DKDA 5EP7A 4YH3A 5FE1A 5ENCA 5ENJA 5IIDA 3JVLA 5FG6A 2YQDA 4YBMA 4NS5A 3U5PA 5E9YA 4NR9A 5EWDA 3U5MA 2D9EA 2RO1A 4NR6A 4TZ8A 2F6NA 4QSQA 3JVKA 4TZ2A 4UIZA 5TCMA 4UYFA 1WUMA 5FBXA 5IGLA 5FH8A 4IOOA 2RNYA 4A9OA 3Q2EA 4LC2A 1F68A 3U5NA 3DWYA 4Q0NA 3D7CA 4X2IA 2I7KA 4DONA 5FFYA 5E3GA 3MXFA 5FG5A 4HXOA 3G0JA 5CRZA 4NRBA 4ZC9A 4ALGA 4O7EA 4NQMA 4NRCA 4YAXA 5DKHA 5CUCA 5C4QA 5F1HA 4O72A 5CQ5A 5J0DA 4YATA 4J0SA 4TT2A 5CUEA 4QSPA 5E9VA 5L8TA 5D3HA 5C89A 4A9NA 4LZSA 5AD2A 5LVRA 4KCXA 4YC9A 5DW1A 5HRVA 3GG3A 4QR5A 5ENIA 4HBXA 5E9MA 3S92A 4YK0A 3HMEA 4N4HA 3U5OA 4CUUA 2DVQA 4HXLA 5EK9A 5H1TA 5A85A 4MR5A 4ZW1A 1ZKRA 5F63A 4UIYA 4MR6A 2L5EA 5IBNA 5CQ7A 5D3JA 5H85A 4WHWA 5F1LA 4NR7A 4NXJA 5DBMA 4PCIA 5I86A 3LXJA 5KTXA 2YDWA 5HFRA 5A5OA 5FH6A 4A9JA 2RFJA 5KU3A 5I7XA 4QR3A 5FG4A 5EGUA 2G4AA 4UITA 4UYFB 5L99A 4QB3A 3UVYA 4LRGA 4F3IA 4J0RA 4A9LA 4TU6A 2YELA 4Y03A 3S91A 4NQNA 2YEKA 4TU4A 5CP5A 5F36A 5FE2A 5DYAA 5C87A 5FE4A 2R0YA 4CURA 4YYGA 5HENA 2RS9B 2OSSA 4UIVA 4A9FA
chains in the Genus database with same CATH topology
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