5LVQA

Crystal structure of human pcaf bromodomain in complex with compound-d (cpd-d), n-methyl-2-(tetrahydro-2h-pyran-4-yloxy)benzamide
Total Genus 38
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
38
sequence length
108
structure length
108
Chain Sequence
DPDQLYSTLKSILQQVKSHQSAWPFMEPVKRTEAPGYYEVIRFPMDLKTMSERLKNRYYVSKKLFMADLQRVFTNCKEYNPPESEYYKCANILEKFFFSKIKEAGLID
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase
molecule keywords Histone acetyltransferase KAT2B
publication title Discovery of New Bromodomain Scaffolds by Biosensor Fragment Screening.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 38
structure length 108
sequence length 108
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.3.1.48: Histone acetyltransferase.
pdb deposition date 2016-09-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5lvqA00
1E6IA 5I7XA 4YH3A 2OO1A 4O7CA 3U5NA 5CZGA 2DVRA 3U5PA 3QZSA 3P1FA 5DW2A 4PKLA 5FH6A 5I40A 4BHWA 5G4RA 4QSRA 4UYFB 4GPJA 4CLBA 4CFKA 5F36A 4XY8A 5E7DA 4A9IA 4N3WA 2OUOA 4HXLA 5A7CA 5HRWA 4OGJA 5DX4A 5CQ3A 5I86A 4A9MA 2DWWA 5EWHA 4QYLA 5J0DA 3JVMA 5ENBA 5BT3A 5EM3A 3MQMA 5CUEA 4YBMA 3QZVA 4IR4A 4E96A 5FFVA 5L8TA 3Q2EA 5CQTA 4BW3A 5L97A 5D3NA 5F1LA 3O34A 5II1A 4MR3A 4QB3A 5EVAA 4KV1A 3HMFA 4TZ2A 4WIVA 5FE1A 1JM4B 5FG4A 4QSUA 5KTXA 4UYEA 5A5PA 5A5NA 4RVRA 5ACYA 4TTEA 3D7CA 3P1CA 5EGUA 5IGLA 5EQ1A 3LQIA 4HXPA 4NUEA 4MR6A 4QZSA 2DVQA 3TLPA 2DATA 2I8NA 4O77A 5F5ZA 2E7OA 2WP2A 4YC9A 4NQMA 2R0SA 4YH4A 5E74A 5D7XA 2R10A 5LJ1A 3I3JA 3Q2FA 5EP7A 2YW5A 5DLZA 4MEOA 4WHWA 4IORA 4N4FA 2I7KA 5CUGA 1X0JA 5FFYA 3LJWA 5ENJA 3UVYA 5HQ6A 4A9NA 3UVXA 4PS5A 4XUBA 5F1HA 3SVGA 5H1UA 4NUCA 5A5QA 4QEVA 2YQDA 5LJ0A 4Z6HA 4HBVA 4A9EA 5DYUA 5L96A 4MENA 4O71A 4A9FA 1ZS5A 4O7AA 4OUFA 5CUAA 1WUGA 3P1DA 4IR6A 5E3GA 5L98A 4LZSA 2G4AA 5HEMA 5AMFA 5ENIA 4QSVA 4UYFA 4QSWA 3HMHA 5TCMA 4OGIA 4QC3A 5C7NA 3UV5A 5LJ2A 5IG6A 2RI7A 5AMEA 4PCIA 5LKUA 5TB6A 5CQ4A 5HFRA 4HBXA 5LKTA 4LYSA 5FDZA 4YYNA 5F60A 4TT4A 5D3TA 3K2JA 4F3IA 4J3IA 4A9HA 5ENEA 5AD3A 4LZRA 4CUTA 2DVSA 5D3LA 4QSQA 2H60A 4HXMA 4QY4A 3O37A 5LVQA 5CQ8A 5EPBA 3GG3A 5D3PA 2OSSA 4UYHA 4MEPA 4QR3A 2F6NA 2WP1A 3NXBA 4PTBA 4YBTA 5ENGA 3JVLA 3JVKA 4XUAA 1WUMA 3LXJA 5CRMA 1JSPB 3LQJA 5H85A 2GRCA 4YAXA 5EA1A 5C4QA 5A83A 5CQ7A 4CUQA 5D24A 2RNYA 3MULA 5C87A 2D82A 2RS9B 5CUCA 4QSSA 3UVDA 5KTWA 3AADA 5DFBA 4Z6IA 4IOQA 3RCWA 4Y03A 4HBWA 5DYCA 3O35A 5EV9A 5FE5A 5FE0A 4DONA 5EI4A 4NR8A 5CU8A 5A81A 5IGMA 3U5KA 5HLSA 5EICA 5LKZA 4AKNA 5KU3A 4BW4A 4YABA 5KTUA 3FKMX 4O7EA 5I29A 5D0CA 5HJCA 2DKWA 5F63A 5I88A 4IOOA 4LYWA 3DAIA 4UITA 5CQ5A 4HXSA 4TT2A 4QSPA 4Q0OA 5F3AA 3S91A 5HQ7A 5C85A 4UYDA 5JWMA 5FE7A 5CFWA 4QR4A 5A5RA 3SVHA 5AD2A 4UIUA 5CGPA 2L85A 3O36A 4UIVA 4TU6A 4C66A 5L99A 5G4SA 5C89A 5E9YA 3P1EA 2YEKA 4YATA 5EWCA 5CQ6A 5DBMA 5BT5A 5HM0A 4HXRA 4QYDA 4IR3A 5A5SA 2E3KA 4A9JA 5FE8A 5D26A 5EISA 4Z1QA 4A9OA 5DKDA 3P5OA 5COIA 5ENFA 4QSXA 3S92A 4MEQA 5IGKA 2MJVB 4PY6A 5CTLA 4LZ2A 4NUDA 5D3SA 4Q0NA 5F2PA 4CUPA 5D25A 5HCLA 2YDWA 3ZYUA 4QEUA 3UV2A 4ZQLA 3QZTA 4NS5A 4ZC9A 4O78A 5FE6A 3O33A 2R0VA 3AQAA 5EPSA 5ETBA 4LR6A 3UV4A 5E73A 2L84A 5FE9A 5CQAA 5CPEA 5ETDA 3MB4A 5I83A 5DFDA 3HMEA 5KHMA 4O72A 4O76A 5E9LA 4A9KA 5HRVA 4O74A 5FG5A 4O70A 2RNWA 5E3DA 5EWWA 4YYIA 3MB3A 4HXOA 4KCXA 5FE4A 5IBNA 4BW1A 5FFWA 2YELA 4MR5A 4O7BA 4UIZA 2N9GA 5LKXA 5F62A 4FLPA 5DYXA 2RFJA 5DY7A 5H1VA 4TU4A 5EU1A 3ONIA 5I1QA 5DKHA 4QC1A 2YYNA 2FSAA 4LRGA 4QEWA 5IIDA 4YY6A 3DWYA 5I89A 4QUTA 5FB1A 3UW9A 5CY9A 2KTBB 3MUKA 3UVWA 3LQHA 3SVFA 5CRZA 5H1TA 5K29A 5CS8A 4TZ8A 5FG6A 5E0RA 4NR7A 4NR4A 4QR5A 2LSPB 4N4IA 5IGNA 1N72A 2RO1A 4TYLA 4YBSA 5F25A 4J0SA 3G0JA 4Z1SA 5D3JA 5F61A 2NXBA 4YYHA 5HENA 4BJXA 2R0YA 3U5MA 4PCEA 5LUUA 5ENCA 5HFQA 3U5LA 4QSTA 4KV4A 2DVVA 5HRXA 5D3HA 2YEMA 5FH8A 4UIWA 5A85A 5I7YA 4CUSA 5CP5A 1EQFA 4NRBA 5DKCA 4YYDA 4QUUA 5HELA 2RNXA 4UYGA 3MXFA 1F68A 5A5OA 4CURA 5CUDA 4X2IA 4Z93A 5EK9A 5KO4A 2F6JA 4IR5A 3U5JA 4YYGA 5FBXA 5DYAA 5ENHA 4ZW1A 4LC2A 5DFCA 4YYKA 4O75A 5BT4A 5HQ5A 4LYIA 4YYMA 5DW1A 4NYWA 5I80A 4C67A 5C8GA 5D3RA 4ALGA 4YK0A 4NRCA 4YADA 4QNSA 4UIYA 4CL9A 5LVRA 5CUBA 4QBMA 4YY4A 4J0RA 5FE3A 2L5EA 4BW2A 4HBYA 4TT6A 5E9IA 3IU6A 3IU5A 4J1PA 4A9LA 5EPRA 5DLXA 4UIXA 4NRAA 3U5OA 4NQNA 4NR9A 2D9EA 3G0LA 4XYAA 4MR4A 4CFLA 5E9VA 5FB0A 4CUUA 5A82A 5II2A 4NR5A 5L8UA 4WHUA 4NR6A 4NYVA 4HXNA 4TQNA 5EWVA 5FE2A 4ALHA 5E9KA 2E7NA 4HXKA 4NYXA 4LDFA 5E9MA 5FH7A 4NXJA 4TS8A 5JI8A 4YYJA 3JVJA 4XY9A 5EWDA 4O7FA 4N4HA 4N4GA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1E6IA 5I7XA 4YH3A 2OO1A 4O7CA 3U5NA 5CZGA 2DVRA 3U5PA 3QZSA 3P1FA 5DW2A 4PKLA 5FH6A 5I40A 4BHWA 5G4RA 4QSRA 4UYFB 4GPJA 4CLBA 4CFKA 5F36A 4XY8A 5E7DA 4A9IA 4N3WA 2OUOA 4HXLA 5A7CA 5HRWA 4OGJA 5DX4A 5CQ3A 5I86A 4A9MA 2DWWA 5EWHA 4QYLA 5J0DA 3JVMA 5ENBA 5BT3A 5EM3A 3MQMA 5CUEA 4YBMA 3QZVA 4IR4A 4E96A 5FFVA 5L8TA 3Q2EA 5CQTA 4BW3A 5L97A 5D3NA 5F1LA 3O34A 5II1A 4MR3A 4QB3A 5EVAA 4KV1A 3HMFA 4TZ2A 4WIVA 5FE1A 1JM4B 5FG4A 4QSUA 5KTXA 4UYEA 5A5PA 5A5NA 4RVRA 5ACYA 4TTEA 3D7CA 3P1CA 5EGUA 5IGLA 5EQ1A 3LQIA 4HXPA 4NUEA 4MR6A 4QZSA 2DVQA 3TLPA 2DATA 2I8NA 4O77A 5F5ZA 2E7OA 2WP2A 4YC9A 4NQMA 2R0SA 4YH4A 5E74A 5D7XA 2R10A 5LJ1A 3I3JA 3Q2FA 5EP7A 2YW5A 5DLZA 4MEOA 4WHWA 4IORA 4N4FA 2I7KA 5CUGA 1X0JA 5FFYA 3LJWA 5ENJA 3UVYA 5HQ6A 4A9NA 3UVXA 4PS5A 4XUBA 5F1HA 3SVGA 5H1UA 4NUCA 5A5QA 4QEVA 2YQDA 5LJ0A 4Z6HA 4HBVA 4A9EA 5DYUA 5L96A 4MENA 4O71A 4A9FA 1ZS5A 4O7AA 4OUFA 5CUAA 1WUGA 3P1DA 4IR6A 5E3GA 5L98A 4LZSA 2G4AA 5HEMA 5AMFA 5ENIA 4QSVA 4UYFA 4QSWA 3HMHA 5TCMA 4OGIA 4QC3A 5C7NA 3UV5A 5LJ2A 5IG6A 2RI7A 5AMEA 4PCIA 5LKUA 5TB6A 5CQ4A 5HFRA 4HBXA 5LKTA 4LYSA 5FDZA 4YYNA 5F60A 4TT4A 4AKGA 5D3TA 3K2JA 4F3IA 4J3IA 4A9HA 5ENEA 5AD3A 1ZKRA 4LZRA 4CUTA 2DVSA 5D3LA 4QSQA 2H60A 4HXMA 4QY4A 3O37A 5LVQA 5CQ8A 5EPBA 3GG3A 5D3PA 2OSSA 4UYHA 4MEPA 4QR3A 2F6NA 2WP1A 3NXBA 4PTBA 4YBTA 5ENGA 3JVKA 3JVLA 4XUAA 1WUMA 3LXJA 5CRMA 1JSPB 3LQJA 5H85A 2GRCA 4YAXA 5EA1A 5C4QA 5A83A 5CQ7A 4CUQA 5D24A 2RNYA 3MULA 5C87A 2D82A 2RS9B 5CUCA 4QSSA 3ERRA 3UVDA 5KTWA 3AADA 5DFBA 4Z6IA 4IOQA 3RCWA 4Y03A 4HBWA 5DYCA 3O35A 5EV9A 5FE5A 5FE0A 4DONA 5EI4A 4NR8A 5CU8A 5A81A 5IGMA 3U5KA 5HLSA 3D1BA 5EICA 4AKHA 5LKZA 4AKNA 5KU3A 4BW4A 4YABA 5KTUA 3FKMX 4O7EA 4AKIA 5I29A 5D0CA 5HJCA 2DKWA 5F63A 5I88A 4IOOA 4LYWA 3DAIA 4UITA 5CQ5A 3VKGA 4HXSA 4TT2A 1PUOA 4QSPA 4Q0OA 5F3AA 3S91A 5HQ7A 5C85A 2EJNA 4UYDA 5JWMA 5FE7A 5CFWA 4QR4A 5A5RA 3SVHA 5AD2A 4UIUA 5CGPA 2L85A 3O36A 4UIVA 4TU6A 4C66A 5L99A 5G4SA 5C89A 3VKHA 5E9YA 3P1EA 2YEKA 4YATA 5EWCA 5CQ6A 5DBMA 5BT5A 5HM0A 4HXRA 4QYDA 4IR3A 5A5SA 2E3KA 4A9JA 5FE8A 5D26A 5EISA 4Z1QA 4A9OA 5DKDA 3P5OA 5COIA 5ENFA 4QSXA 3S92A 4MEQA 5IGKA 2MJVB 4PY6A 5CTLA 4LZ2A 4NUDA 5D3SA 4Q0NA 5F2PA 4CUPA 5D25A 5HCLA 2YDWA 3ZYUA 4AI6A 4QEUA 3UV2A 4ZQLA 3QZTA 4NS5A 4ZC9A 4O78A 5FE6A 3O33A 2R0VA 3AQAA 5EPSA 5ETBA 4LR6A 3UV4A 5E73A 2L84A 5FE9A 5CQAA 5CPEA 5ETDA 3MB4A 5I83A 5DFDA 3HMEA 5KHMA 4O72A 4O76A 5E9LA 4A9KA 5HRVA 4O74A 5FG5A 4O70A 2RNWA 5E3DA 5EWWA 4YYIA 3MB3A 4HXOA 4KCXA 5FE4A 5IBNA 4BW1A 5FFWA 2YELA 4MR5A 4O7BA 4UIZA 2N9GA 5LKXA 5F62A 4FLPA 5DYXA 2RFJA 5DY7A 5H1VA 4TU4A 5EU1A 3ONIA 5I1QA 5DKHA 4QC1A 2YYNA 2FSAA 4LRGA 4QEWA 5IIDA 4YY6A 3DWYA 5I89A 4QUTA 5FB1A 3UW9A 5CY9A 2KTBB 3MUKA 3UVWA 3LQHA 3SVFA 5CRZA 5H1TA 5K29A 5CS8A 4TZ8A 5FG6A 5E0RA 4NR7A 4NR4A 4QR5A 2LSPB 4N4IA 5IGNA 1N72A 2RO1A 4TYLA 4YBSA 5F25A 4J0SA 3G0JA 4Z1SA 5D3JA 5F61A 2NXBA 4YYHA 5HENA 4BJXA 2R0YA 3U5MA 4PCEA 5LUUA 5ENCA 5HFQA 3U5LA 4QSTA 4KV4A 2DVVA 5HRXA 5D3HA 2YEMA 5FH8A 4UIWA 5A85A 5I7YA 4CUSA 5CP5A 1EQFA 4NRBA 5DKCA 4YYDA 4QUUA 5HELA 2RNXA 4UYGA 3MXFA 1F68A 5A5OA 4CURA 5CUDA 4X2IA 4Z93A 5EK9A 5KO4A 2F6JA 4IR5A 3U5JA 4YYGA 5FBXA 5DYAA 5ENHA 4ZW1A 4LC2A 5DFCA 4YYKA 4O75A 5BT4A 5HQ5A 4LYIA 4YYMA 5DW1A 4NYWA 5I80A 4C67A 5C8GA 5D3RA 4ALGA 4YK0A 4NRCA 4YADA 4QNSA 4UIYA 4CL9A 5LVRA 5CUBA 4QBMA 4YY4A 4J0RA 5FE3A 2L5EA 4BW2A 4HBYA 4TT6A 5E9IA 3IU6A 3IU5A 4J1PA 4A9LA 5EPRA 5DLXA 4UIXA 4NRAA 3U5OA 4NQNA 4NR9A 2D9EA 3G0LA 4XYAA 4MR4A 3D1DA 4CFLA 5E9VA 5FB0A 4CUUA 5A82A 5II2A 4NR5A 5L8UA 4WHUA 4NR6A 4NYVA 4HXNA 4TQNA 5EWVA 5FE2A 4ALHA 5E9KA 2E7NA 4HXKA 4NYXA 4LDFA 5E9MA 5FH7A 4NXJA 4TS8A 5JI8A 4YYJA 3JVJA 4XY9A 5EWDA 4O7FA 4N4HA 4N4GA
chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1E6I A;  5I7X A;  4YH3 A;  2OO1 A;  4O7C A;  3U5N A;  5CZG A;  2DVR A;  3U5P A;  3QZS A;  3P1F A;  5DW2 A;  4PKL A;  5FH6 A;  5I40 A;  4BHW A;  5G4R A;  4QSR A;  4UYF B;  4GPJ A;  4CLB A;  4CFK A;  5F36 A;  4XY8 A;  5E7D A;  4A9I A;  4N3W A;  2OUO A;  4HXL A;  5A7C A;  5HRW A;  4OGJ A;  5DX4 A;  5CQ3 A;  5I86 A;  4A9M A;  2DWW A;  5EWH A;  4QYL A;  5J0D A;  3JVM A;  5ENB A;  5BT3 A;  5EM3 A;  3MQM A;  5CUE A;  4YBM A;  3QZV A;  4IR4 A;  4E96 A;  5FFV A;  5L8T A;  3Q2E A;  5CQT A;  4BW3 A;  5L97 A;  5D3N A;  5F1L A;  3O34 A;  5II1 A;  4MR3 A;  4QB3 A;  5EVA A;  4KV1 A;  3HMF A;  4TZ2 A;  4WIV A;  5FE1 A;  1JM4 B;  5FG4 A;  4QSU A;  5KTX A;  4UYE A;  5A5P A;  5A5N A;  4RVR A;  5ACY A;  4TTE A;  3D7C A;  3P1C A;  5EGU A;  5IGL A;  5EQ1 A;  3LQI A;  4HXP A;  4NUE A;  4MR6 A;  4QZS A;  2DVQ A;  3TLP A;  2DAT A;  2I8N A;  4O77 A;  5F5Z A;  2E7O A;  2WP2 A;  4YC9 A;  4NQM A;  2R0S A;  4YH4 A;  5E74 A;  5D7X A;  2R10 A;  5LJ1 A;  3I3J A;  3Q2F A;  5EP7 A;  2YW5 A;  5DLZ A;  4MEO A;  4WHW A;  4IOR A; 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