5C4QA

Crystal structure analysis of bromodomain from leishmania donovani complexed with bromosporine
Total Genus 33
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
33
sequence length
118
structure length
118
Chain Sequence
MDVSKRPREEFHKEQCLSFVKKLWAADTLAMFHYPVSATEVPGYYDVVDTPMDLSTIRKNIEQGKYRTDTEVENDVVLMLSNALDFNEKGSQWHDLAKQLKKRYLTLAQESGLSFDAD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transcription
molecule keywords Bromodomain
publication title Crystal Structure Analysis of bromodomain from Leishmania donovani complexed with bromosporine
rcsb
source organism Leishmania donovani (strain bpk282a1)
total genus 33
structure length 118
sequence length 118
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-06-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5c4qA00
5HFRA 5F63A 4YYMA 4QNSA 2YYNA 4YATA 4TT4A 5DFDA 4N4IA 4O77A 5E9VA 3O37A 5FG4A 4PY6A 4YYIA 3IU5A 3P1DA 5DW1A 4QSUA 5HELA 4LR6A 5DYXA 5FG5A 5C8GA 4BHWA 1WUMA 4PKLA 5FBXA 4YYJA 5L8UA 4TZ2A 5A5PA 3UVXA 5I29A 5J0DA 4IR3A 5FE9A 5EICA 5CQ6A 4LZRA 5CY9A 4YBTA 4HXLA 5EPBA 5EPRA 4UIXA 4QSRA 5D3TA 4NXJA 5D3RA 3MQMA 5HQ6A 5LKXA 4CFLA 4QUTA 4LC2A 2R10A 4E96A 2YQDA 4UITA 3UVWA 4BW1A 3U5OA 4A9NA 4CURA 4A9LA 4TT6A 4QY4A 3QZSA 5CGPA 4QYLA 5ACYA 3MB3A 4A9MA 4O70A 4IOOA 4TS8A 4TTEA 5I89A 5I40A 5IGLA 4C67A 2DVQA 4ZW1A 2DATA 3O36A 4X2IA 4CL9A 5KTUA 4O7CA 4O72A 4QSPA 4YAXA 4CUPA 4QR3A 5E9IA 4IOQA 4MEQA 5LVRA 5TCMA 4XUAA 4Z93A 5G4RA 4F3IA 4HBVA 3P1CA 2R0SA 3FKMX 5JWMA 3P1FA 3I3JA 4CUUA 4YABA 4QUUA 4IORA 4Z1QA 5FFWA 2OUOA 2L84A 3UV5A 5K29A 4YYNA 4NR9A 5ENCA 4OUFA 5D24A 3MB4A 4TU4A 5D3HA 5A5NA 3U5KA 2YELA 5II1A 5EM3A 4UYGA 2R0VA 3HMFA 5D3SA 3G0JA 3LQIA 1ZS5A 3DAIA 5E0RA 5FH7A 2R0YA 3LQJA 5I88A 4NR8A 4MR6A 5BT4A 2I8NA 2FSAA 5DLXA 5F2PA 5FH6A 5A5RA 5EWHA 5L96A 5CRZA 3G0LA 4PS5A 4CUQA 5FE5A 3ZYUA 4QZSA 5CQ4A 2RI7A 2G4AA 5IGKA 4PCIA 4NQMA 3UW9A 5CRMA 5H85A 3U5NA 5HFQA 4QEWA 3QZVA 5D7XA 4BJXA 3RCWA 4O7EA 5CUCA 5HQ7A 5FDZA 5LKZA 5F1LA 2E7NA 5EP7A 4PTBA 4YH3A 4O7FA 4CLBA 3LJWA 3AADA 3O35A 3UVDA 1N72A 4BW4A 4HBWA 4HBYA 3S92A 3LQHA 5H1TA 2RNWA 3JVJA 5H1VA 4LYSA 4XY8A 4YYHA 3K2JA 4A9OA 4RVRA 5D3PA 4Z6HA 5A5SA 4UYHA 4GPJA 5ENJA 3QZTA 5KTXA 2KTBB 5DYAA 5E73A 2RS9B 4YYKA 3Q2EA 4QEUA 2D82A 4HXKA 4A9HA 2H60A 5E3GA 4IR5A 5AD2A 3SVGA 4YBSA 5HRXA 4HBXA 5ENGA 4KV1A 4IR6A 4O71A 5A85A 3UV2A 4YY4A 2D9EA 5FFYA 2NXBA 4ZQLA 4UIYA 2RNYA 5D26A 2DWWA 5F5ZA 4NRCA 3P1EA 5FE7A 2I7KA 2YDWA 4DONA 5CQAA 4A9FA 4CUTA 4WHUA 1JSPB 1EQFA 5CTLA 5FH8A 1WUGA 5FE0A 5FE4A 4LYIA 4J3IA 5L97A 5LVQA 3LXJA 5HRVA 4J1PA 5I7XA 5EQ1A 5HJCA 5KTWA 4N4FA 4BW3A 4CFKA 4A9JA 5TB6A 2DVSA 5DW2A 1F68A 5CUGA 5LKTA 4O74A 4MENA 5KU3A 5CQ3A 5EGUA 5DYUA 2N9GA 5E7DA 5AMFA 5D0CA 5A82A 4J0RA 5A81A 5EPSA 5I83A 5CU8A 4QSTA 4A9KA 5EK9A 5I86A 3GG3A 5C4QA 5EISA 5DY7A 3HMHA 5KO4A 4NYXA 5DKCA 2GRCA 4KCXA 3UVYA 3TLPA 2F6NA 4NQNA 5EU1A 4A9EA 4TZ8A 5A5OA 5F36A 4IR4A 4QSWA 4KV4A 3MULA 4QC3A 4UYEA 5F61A 3AQAA 3U5JA 5E9KA 5HENA 2E7OA 4XUBA 2E3KA 5JI8A 5CQ7A 5CQ5A 5A7CA 4Q0NA 5I80A 5H1UA 3O34A 5ETBA 4OGIA 5G4SA 4TT2A 3MUKA 4HXPA 4YADA 4MR4A 3P5OA 4YYDA 5HCLA 4NRBA 2OO1A 4UYFA 5A5QA 5II2A 5LJ2A 5E74A 4MEOA 4CUSA 4LZ2A 1E6IA 4NR7A 4J0SA 5AD3A 4Q0OA 5FE2A 4LRGA 5FFVA 2L5EA 3IU6A 4QSQA 5HEMA 5HLSA 2RO1A 4QYDA 3HMEA 4QR4A 5CP5A 4UIWA 3MXFA 5IGNA 4QSVA 5DKDA 4TU6A 5IGMA 5LUUA 3U5LA 5CQTA 4HXOA 5L98A 4HXRA 5D3NA 4O78A 4N4GA 4NUDA 3ONIA 4YYGA 5I7YA 5ETDA 5IIDA 4UYDA 4QR5A 5D3JA 5FB1A 5D3LA 4N4HA 2OSSA 4PCEA 3Q2FA 4O76A 5ENFA 4YC9A 5FG6A 5EWCA 4UIVA 4NYWA 4HXMA 5ENHA 5CUDA 3JVKA 5E9LA 5F1HA 4HXNA 5D25A 5DLZA 5AMEA 2DKWA 4NR4A 4QBMA 4NS5A 2L85A 4QEVA 4NYVA 5E9MA 5DX4A 3JVMA 5E3DA 4O75A 5FE8A 4N3WA 4HXSA 5CS8A 5EWDA 4A9IA 5F62A 5DFBA 5KHMA 2LSPB 4UYFB 4LYWA 2WP2A 5CUEA 4Y03A 5HRWA 4ALHA 5HQ5A 4QC1A 5C89A 5EI4A 4ALGA 5C85A 4MR3A 2F6JA 1X0JA 5LKUA 5FE6A 5C7NA 5CUAA 5A83A 1JM4B 3D7CA 5FE3A 5IBNA 3DWYA 4O7BA 5ENIA 4BW2A 5EA1A 4Z1SA 5CFWA 2DVRA 4NR6A 5IG6A 4Z6IA 5HM0A 5BT5A 3JVLA 5EWVA 3U5MA 5DKHA 2RFJA 3S91A 4WIVA 5L8TA 5L99A 4MR5A 4O7AA 5CQ8A 2RNXA 4LDFA 5F3AA 4NR5A 4AKNA 3SVHA 3UV4A 5CZGA 5DBMA 4XYAA 5EV9A 4UIZA 4YH4A 4YBMA 4OGJA 4MEPA 4NRAA 2DVVA 4QSXA 2WP1A 2YW5A 4UIUA 4QB3A 5LJ0A 5COIA 5BT3A 4QSSA 2YEMA 4TYLA 5ENBA 3NXBA 4XY9A 4WHWA 5EVAA 5CUBA 4YY6A 5EWWA 4NUEA 3SVFA 2MJVB 5LJ1A 5ENEA 5DFCA 5CPEA 4FLPA 4LZSA 5F60A 5FB0A 5I1QA 5F25A 3U5PA 4TQNA 4NUCA 4YK0A 5E9YA 2YEKA 5C87A 5DYCA 5FE1A 4ZC9A 3O33A 4C66A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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