5C4QA

Crystal structure analysis of bromodomain from leishmania donovani complexed with bromosporine
Total Genus 33
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
33
sequence length
118
structure length
118
Chain Sequence
MDVSKRPREEFHKEQCLSFVKKLWAADTLAMFHYPVSATEVPGYYDVVDTPMDLSTIRKNIEQGKYRTDTEVENDVVLMLSNALDFNEKGSQWHDLAKQLKKRYLTLAQESGLSFDAD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Bromodomain
publication title Crystal Structure Analysis of bromodomain from Leishmania donovani complexed with bromosporine
rcsb
source organism Leishmania donovani (strain bpk282a1)
molecule tags Transcription
total genus 33
structure length 118
sequence length 118
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-06-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5c4qA00
4QEWA 2E7NA 3JVKA 3D7CA 4QYDA 5CUBA 5A5PA 5C87A 2D9EA 2LSPB 3SVGA 5CRZA 4UYDA 5H85A 4Z6HA 3SVHA 4ALHA 4MEPA 3U5KA 4PKLA 4WIVA 5DYAA 5I88A 4LDFA 4UITA 4YH3A 5FH6A 4CUQA 4MR4A 5EVAA 5JI8A 5AD3A 4NQNA 5CS8A 4QYLA 3I3JA 2D82A 4XUAA 4MEOA 5EK9A 5LJ2A 4IR4A 5FB0A 4Z1QA 1JSPB 5LKUA 4LC2A 5BT4A 5I86A 4A9IA 5DFDA 5FE4A 3SVFA 5HFQA 5EQ1A 5HQ6A 4UIUA 5CQ6A 5KU3A 4LYIA 5EP7A 5E74A 4O76A 4LZ2A 4HXPA 4IR5A 5HM0A 5CY9A 2G4AA 5F36A 4QZSA 4IORA 5CRMA 5LVQA 3MXFA 5HENA 1WUGA 4C66A 5AMEA 5F63A 5H1TA 5E9VA 3S92A 5E9YA 5HCLA 4LYWA 5FH8A 4A9JA 5IGMA 3IU6A 5ETBA 5IGKA 4A9NA 5KTXA 2RNWA 5C7NA 4NUDA 5H1VA 3MB3A 5IBNA 4LYSA 5CQTA 4QNSA 4TS8A 3P5OA 5DKCA 4N4GA 3HMHA 4O7FA 2N9GA 3UVXA 4YYJA 2RO1A 2YW5A 5F62A 4CFLA 5C8GA 4YH4A 5ENHA 5AD2A 3QZVA 4UYHA 3O33A 2WP2A 5D3TA 5L99A 2I8NA 3UV5A 2OUOA 4NYWA 5EISA 5FE9A 5LKZA 5E9IA 5F60A 3U5JA 5LVRA 4C67A 2YELA 4NRAA 3G0JA 4UYFB 5F1LA 5AMFA 4QSVA 2RI7A 3O35A 4QR3A 4TT4A 4KCXA 5D3HA 4QSWA 5A5NA 4LZSA 4MR6A 5EV9A 5DW1A 4OGJA 3QZTA 5EWDA 5ACYA 4IOOA 5ETDA 5CFWA 2YQDA 4QB3A 2F6JA 5A7CA 5A85A 5F1HA 5EWCA 3K2JA 4LRGA 3P1EA 4ZQLA 5EI4A 4NR9A 5DFBA 4UIWA 5FE6A 5DBMA 4WHUA 2DATA 4F3IA 5G4RA 2E7OA 5EWVA 5E3GA 3Q2FA 5IGNA 5F2PA 4CUTA 4IR3A 5C89A 5LJ0A 1ZS5A 4NYVA 3O37A 2R10A 5HQ7A 4TZ2A 2DVVA 3MB4A 5II2A 4YK0A 5EWWA 4YBMA 4XY8A 4NR6A 4YATA 5A5RA 3UV4A 5FE1A 4A9KA 4NR5A 4NR7A 4QSPA 5FG5A 5I40A 4UIZA 2R0YA 5DFCA 5IIDA 4KV1A 5L8UA 5F5ZA 4NR8A 4HXNA 3FKMX 2L84A 1X0JA 5CQ8A 4YYKA 3UVDA 1WUMA 4MR3A 4J3IA 5HFRA 5I80A 4NRBA 3UVYA 2E3KA 4TTEA 5EICA 5EM3A 5CQ3A 4J0SA 5E9LA 4QUUA 4TT2A 5CP5A 4AKNA 5DY7A 5EPSA 5D25A 5D3SA 4BJXA 4MEQA 4J0RA 5A5SA 2KTBB 5E9MA 4RVRA 3HMEA 4XYAA 4O7EA 4TYLA 2R0SA 5CUGA 5FFWA 2YEKA 5F25A 4HBVA 5LKTA 4QY4A 5CUDA 4ZC9A 1E6IA 4TT6A 4A9MA 4GPJA 5I7XA 5CU8A 5LUUA 4O75A 3QZSA 1N72A 3LJWA 4TZ8A 4PCEA 5KHMA 5BT3A 4BW2A 5L96A 4O7CA 5G4SA 5CUEA 4UIVA 4YYHA 5DYUA 3S91A 3Q2EA 2DWWA 4J1PA 3DWYA 3IU5A 5E3DA 3U5NA 4CURA 5D26A 4O7AA 5I83A 3U5MA 4HXOA 5C4QA 5IG6A 4BW1A 4PY6A 2YEMA 3LXJA 3P1DA 5HJCA 4YBTA 3ZYUA 4CUSA 5CUCA 4YY6A 4HBXA 4TU6A 4XY9A 5L8TA 4A9OA 4QSQA 3O36A 4HBYA 4BW4A 5L97A 4O74A 3HMFA 5L98A 2GRCA 4DONA 5DYCA 5DLZA 5FB1A 2RNYA 4X2IA 3JVMA 4UIYA 4XUBA 4N3WA 5FFVA 4QBMA 3U5OA 5D3LA 4Z93A 5D0CA 5F61A 5FE7A 5C85A 2OO1A 5HRXA 5HEMA 5E9KA 4A9EA 5A5QA 3O34A 4CLBA 4CUPA 4IR6A 4UIXA 3GG3A 4QC1A 5EWHA 3TLPA 5ENFA 3UW9A 5A81A 4Z6IA 4A9LA 5FFYA 4QUTA 2DVQA 2DVSA 5FE3A 2L85A 4CL9A 2MJVB 2F6NA 4QSXA 5EPRA 2WP1A 2YDWA 4IOQA 3U5PA 4NS5A 4Q0OA 4QEUA 4YC9A 4YABA 4QSTA 4O77A 4NUEA 5CUAA 4TU4A 4OGIA 4YYMA 5HRVA 1EQFA 4N4FA 4HXKA 1F68A 5DKDA 5CQ7A 5K29A 4N4HA 2OSSA 4HXSA 3ONIA 2RFJA 3MULA 4HXRA 4NR4A 5E7DA 2R0VA 5EA1A 5FG6A 5DLXA 5D24A 4N4IA 5EGUA 5I1QA 4MR5A 4QEVA 1JM4B 2I7KA 5ENGA 4NUCA 4PCIA 5HLSA 3JVLA 3AADA 5LKXA 2NXBA 5ENEA 5TB6A 5A5OA 4BW3A 5DYXA 5F3AA 5I89A 4UYFA 4QR5A 3NXBA 3MUKA 4YYIA 5LJ1A 4O70A 5CPEA 4NXJA 5I7YA 4QSRA 5A83A 4YY4A 5DX4A 5IGLA 4HXMA 4O78A 5DW2A 4YYDA 4Z1SA 4E96A 4ALGA 4BHWA 5FH7A 4Y03A 5HQ5A 4KV4A 5D3PA 5BT5A 3UVWA 4NRCA 4YBSA 5D3NA 4CFKA 5FBXA 5CGPA 4OUFA 4Q0NA 5DKHA 5JWMA 2L5EA 2DVRA 4UYGA 5CZGA 4YYGA 4WHWA 5KTWA 4MENA 5D3RA 5KTUA 3JVJA 4LR6A 4CUUA 5FDZA 5ENJA 5D3JA 5FE2A 4PS5A 3UV2A 5CQ4A 5KO4A 5ENBA 3AQAA 4O72A 4YYNA 3MQMA 3U5LA 4QSSA 3P1CA 2RS9B 3LQHA 5FE8A 5HELA 4UYEA 4HXLA 2DKWA 4QC3A 5FE5A 4LZRA 4O71A 4A9FA 5TCMA 2YYNA 3LQIA 5EU1A 3P1FA 5J0DA 3DAIA 3LQJA 3RCWA 5A82A 5FE0A 5I29A 2H60A 5E0RA 5ENIA 4FLPA 5D7XA 5ENCA 5FG4A 4QSUA 5CTLA 4A9HA 4HBWA 4TQNA 2RNXA 2FSAA 4NQMA 5CQAA 4O7BA 5COIA 5H1UA 4YAXA 4PTBA 4YADA 4QR4A 5EPBA 5E73A 4ZW1A 4NYXA 5II1A 3G0LA 5CQ5A 5HRWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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