4WHWA

Direct photocapture of bromodomains using tropolone chemical probes
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
124
structure length
124
Chain Sequence
MNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title Direct photocapture of bromodomains using tropolone chemical probes
rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Transcription/transcription inhibitor
total genus 41
structure length 124
sequence length 124
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4whwA01
3LQJA 5D0CA 4QZSA 2DATA 5CUEA 5ENJA 3HMHA 4NRAA 5A5SA 4YH3A 5HFQA 5LUUA 4LC2A 4PCIA 4UITA 4CLBA 5IGMA 4NRBA 3MB4A 5EPRA 5HENA 4XY8A 4E96A 4HXMA 1JM4B 5LKZA 5J0DA 4LZSA 4O7FA 5E74A 5D24A 5C8GA 4KV4A 4KCXA 5I86A 5AMEA 4O71A 5II1A 4UIXA 4A9HA 5BT3A 4QSTA 5BT5A 3UV4A 4FLPA 4QSQA 4NR5A 2YEKA 1X0JA 4QC1A 4ZQLA 5A81A 4J0SA 5CUAA 2DVVA 4QBMA 5G4SA 5EU1A 4MR4A 5E3GA 5F1HA 3U5OA 4YBTA 4LYWA 5E9VA 4J3IA 3P1FA 4O77A 5HRXA 5CUCA 5DYCA 5E9KA 5ENEA 5DYAA 5KTUA 5E9LA 5FG5A 5EI4A 4OGIA 5CFWA 5D3JA 5H1TA 4Z6IA 4YK0A 5D3TA 2D82A 4YY6A 3HMFA 4QYLA 4CUUA 5EK9A 2NXBA 3DAIA 5ENIA 4NR8A 4AKNA 5I40A 4LRGA 4HXPA 4BW4A 5DY7A 5L8UA 2RS9B 4UYEA 1N72A 5KO4A 4N4GA 5EWVA 4IR6A 5ETDA 4QSWA 5DW1A 4YYGA 5L98A 4MENA 5E9MA 1E6IA 5E7DA 4Z6HA 5LKTA 5HRWA 2DVQA 5A83A 5A5RA 4YC9A 3MXFA 3FKMX 5EP7A 4IR4A 5H85A 4BW2A 4BW1A 4NYVA 4TQNA 5LKXA 4QC3A 4HBYA 5FFWA 4HXKA 4O7EA 4Z1SA 4Z1QA 4YYHA 4WHWA 4A9KA 5ENHA 4LYIA 4QUUA 4MEQA 3JVJA 5CQ8A 3U5JA 4YYIA 2G4AA 5AMFA 5C85A 2DKWA 4Q0OA 4F3IA 5CQ3A 5D3SA 4QEWA 4X2IA 4J1PA 5CUGA 5ETBA 3O36A 5HQ7A 2RNWA 4QEVA 4O76A 1JSPB 2YYNA 5CZGA 4NR7A 2F6NA 5I7YA 4YY4A 5E9YA 5HJCA 5F1LA 4N4FA 5DKHA 4QSPA 5EISA 5C7NA 2OO1A 5EPBA 2L85A 3S92A 3U5MA 4A9MA 4UIVA 5FH7A 5D3NA 4O7CA 5KTWA 5C87A 1WUMA 3ONIA 4QR4A 4MEOA 4XUAA 4YYDA 4PTBA 5JWMA 5HM0A 5A5NA 3NXBA 3UVYA 5LKUA 5AD3A 3SVHA 4QSXA 2I8NA 1F68A 5D3RA 5I1QA 2YW5A 4O70A 5DX4A 4UIWA 4RVRA 1WUGA 2YDWA 5IG6A 5CUBA 5FFYA 4MR5A 3U5PA 4QSUA 3U5NA 4O7BA 5HLSA 4UYFA 4Q0NA 2KTBB 3U5LA 5FE9A 2E7OA 2E3KA 3O33A 5F25A 5I83A 3UVWA 3LJWA 4NUDA 5D25A 4NRCA 4HBVA 4NQNA 4UYGA 4XUBA 4IOQA 5IIDA 3S91A 3JVLA 4TYLA 4UIUA 4Y03A 4CFLA 4YYNA 4QUTA 4MR3A 1ZS5A 2YELA 5LVRA 3UVXA 5E3DA 5HRVA 3MULA 4A9LA 5AD2A 5EPSA 3RCWA 3QZSA 4LR6A 2MJVB 4LZ2A 4TT6A 4NS5A 4YBMA 2F6JA 5HCLA 5E0RA 3Q2FA 4IORA 5CRZA 3U5KA 5FBXA 3P1EA 5FE5A 3IU5A 4UIYA 4CFKA 4OUFA 3LXJA 2RNXA 4HXOA 4IOOA 4TT4A 2RI7A 5HFRA 5A85A 4LYSA 5EWHA 5I88A 5KTXA 3UVDA 4QYDA 4NYXA 5ENGA 5FE1A 3P1CA 4HXSA 5CQ7A 3Q2EA 4O7AA 4TU6A 2R0SA 4WIVA 5IBNA 5KU3A 5I80A 5HELA 5IGKA 4ZW1A 4ALGA 2RNYA 4YATA 3MUKA 4UYDA 5FE6A 5FH6A 4C66A 4CUSA 5ENCA 4YBSA 3UV2A 5EQ1A 5I89A 5EGUA 4O75A 3K2JA 4N4IA 2L84A 3IU6A 5DFBA 4QR3A 4PS5A 3TLPA 4NUEA 5D7XA 5DKDA 5LVQA 5G4RA 4TT2A 4HBWA 4WHUA 5ACYA 3G0JA 5II2A 3MQMA 5CTLA 5CP5A 5A82A 4NXJA 4QB3A 4XY9A 4ALHA 4C67A 3DWYA 3O34A 4HXNA 4A9NA 5DLXA 5FDZA 5DW2A 4XYAA 5DBMA 4LDFA 5ENFA 5A5OA 4HXLA 5A5PA 2R0VA 4N4HA 5CQ6A 4TU4A 5CQAA 3UW9A 4BHWA 2L5EA 4NR6A 5FG6A 4A9IA 4KV1A 4BW3A 4QNSA 2LSPB 5EA1A 2N9GA 5E73A 5FE3A 5F36A 5F62A 4CURA 5CRMA 4O72A 3O37A 5C4QA 4NR4A 4HBXA 5CU8A 4MEPA 4PY6A 2RFJA 5EWCA 5EICA 5DYXA 4CUPA 5FE7A 2FSAA 4QY4A 5I29A 2DWWA 5CQ5A 4DONA 5CQ4A 5DFCA 4CL9A 3P1DA 2R0YA 5IGNA 5F5ZA 2WP1A 5E9IA 4LZRA 4YYKA 5TCMA 4OGJA 5FE4A 4O78A 4N3WA 5FB0A 4YYJA 5HQ5A 4IR3A 4YADA 3GG3A 5D26A 4PKLA 5JI8A 5FH8A 2D9EA 4GPJA 3JVKA 5L99A 4YABA 5FFVA 5LJ2A 5LJ0A 4YH4A 5F61A 4CUQA 4NYWA 5C89A 4UYFB 2H60A 4NR9A 4IR5A 4PCEA 5COIA 2WP2A 5F3AA 5CGPA 2DVRA 5F63A 5CPEA 3QZTA 5F60A 5EWDA 4A9FA 5EM3A 5KHMA 4BJXA 5CY9A 3ZYUA 4NUCA 4UYHA 3UV5A 5CQTA 3D7CA 5CS8A 3AQAA 4HXRA 5I7XA 5DKCA 5D3HA 5D3LA 2RO1A 4QSSA 4TZ8A 3SVGA 3LQIA 4QEUA 3MB3A 5TB6A 3O35A 4YYMA 2YEMA 4ZC9A 2GRCA 4A9OA 4NQMA 5FB1A 5DYUA 2OSSA 5FE2A 5EVAA 2OUOA 3I3JA 5FE8A 3QZVA 5A7CA 2E7NA 5K29A 2DVSA 2I7KA 5BT4A 5IGLA 5ENBA 3P5OA 4YAXA 5HEMA 5DLZA 1EQFA 5FG4A 5DFDA 5EWWA 4QR5A 5L96A 4UIZA 5A5QA 5L97A 3AADA 4O74A 4TTEA 3HMEA 4TS8A 5HQ6A 4MR6A 3SVFA 5CUDA 5F2PA 5D3PA 4Z93A 4QSVA 3G0LA 5H1UA 2R10A 4CUTA 5EV9A 4A9JA 4TZ2A 4QSRA 4A9EA 3JVMA 3LQHA 2YQDA 5LJ1A 5L8TA 5H1VA 4J0RA 5FE0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3LQJA 5D0CA 4QZSA 2DATA 5CUEA 5ENJA 3HMHA 4NRAA 5A5SA 4YH3A 5HFQA 5LUUA 4LC2A 4PCIA 4UITA 4CLBA 5IGMA 4NRBA 3MB4A 5EPRA 5HENA 4XY8A 4E96A 1PUOA 4HXMA 1JM4B 5LKZA 5J0DA 4LZSA 4O7FA 5E74A 5D24A 5C8GA 4KV4A 4KCXA 5I86A 5AMEA 4O71A 5II1A 4UIXA 4A9HA 5BT3A 4QSTA 5BT5A 3UV4A 4FLPA 4QSQA 4NR5A 2YEKA 1X0JA 4QC1A 4ZQLA 5A81A 4J0SA 5CUAA 2DVVA 4QBMA 5G4SA 5EU1A 4MR4A 5E3GA 5F1HA 3U5OA 4YBTA 4LYWA 5E9VA 4J3IA 3P1FA 4O77A 5HRXA 5CUCA 5DYCA 5E9KA 5ENEA 5DYAA 5KTUA 5E9LA 5FG5A 5EI4A 4OGIA 5CFWA 5D3JA 5H1TA 4Z6IA 4YK0A 5D3TA 2D82A 4YY6A 3VKGA 3HMFA 4QYLA 4CUUA 5EK9A 2NXBA 3DAIA 5ENIA 4NR8A 4AKNA 5I40A 4LRGA 4HXPA 4BW4A 5DY7A 5L8UA 2RS9B 4UYEA 1N72A 5KO4A 4N4GA 5EWVA 4IR6A 5ETDA 4QSWA 5DW1A 4YYGA 5L98A 4MENA 5E9MA 1E6IA 5E7DA 4Z6HA 5LKTA 5HRWA 2DVQA 5A83A 5A5RA 4YC9A 3MXFA 3FKMX 5EP7A 4IR4A 5H85A 4BW2A 4BW1A 4NYVA 4TQNA 5LKXA 4QC3A 4HBYA 5FFWA 4HXKA 3D1BA 4O7EA 4Z1SA 4Z1QA 4YYHA 4WHWA 4A9KA 5ENHA 4LYIA 4QUUA 4AKHA 4MEQA 3JVJA 5CQ8A 3U5JA 4YYIA 2G4AA 5AMFA 5C85A 2DKWA 4Q0OA 4F3IA 5CQ3A 5D3SA 4QEWA 4X2IA 4J1PA 4AKGA 5CUGA 5ETBA 3O36A 5HQ7A 2RNWA 4QEVA 4O76A 1JSPB 2YYNA 5CZGA 4NR7A 2F6NA 5I7YA 4YY4A 5E9YA 5HJCA 5F1LA 4N4FA 5DKHA 4QSPA 5EISA 5C7NA 2OO1A 5EPBA 2L85A 3S92A 3U5MA 4A9MA 4UIVA 5FH7A 5D3NA 4O7CA 5KTWA 5C87A 1WUMA 3ONIA 4QR4A 4MEOA 4XUAA 4YYDA 4PTBA 5JWMA 5HM0A 5A5NA 3NXBA 3UVYA 5LKUA 5AD3A 3SVHA 4QSXA 2I8NA 1F68A 5D3RA 5I1QA 2YW5A 3D1DA 4O70A 5DX4A 4UIWA 4RVRA 1WUGA 2YDWA 5IG6A 5CUBA 5FFYA 4MR5A 3U5PA 4QSUA 3U5NA 4O7BA 5HLSA 4UYFA 4Q0NA 2KTBB 3U5LA 5FE9A 2E7OA 2E3KA 3O33A 5F25A 5I83A 3UVWA 3LJWA 4NUDA 5D25A 4NRCA 4HBVA 4NQNA 4UYGA 4XUBA 4IOQA 5IIDA 3S91A 3JVLA 4TYLA 4UIUA 4Y03A 4CFLA 4YYNA 4QUTA 4MR3A 1ZS5A 2YELA 5LVRA 3UVXA 5E3DA 5HRVA 3MULA 4A9LA 5AD2A 5EPSA 3RCWA 3QZSA 4LR6A 2MJVB 4LZ2A 4TT6A 4NS5A 4YBMA 2F6JA 5HCLA 5E0RA 3Q2FA 4IORA 5CRZA 3U5KA 5FBXA 3P1EA 5FE5A 3IU5A 4UIYA 4CFKA 4OUFA 3LXJA 4AI6A 2RNXA 4HXOA 4IOOA 4TT4A 2RI7A 5HFRA 5A85A 4LYSA 5EWHA 5I88A 5KTXA 3UVDA 4QYDA 4NYXA 5ENGA 5FE1A 3P1CA 4HXSA 5CQ7A 3Q2EA 4O7AA 4TU6A 2R0SA 3VKHA 4WIVA 5IBNA 5KU3A 5I80A 5HELA 5IGKA 4ZW1A 4ALGA 2RNYA 4YATA 3MUKA 4UYDA 5FE6A 5FH6A 4C66A 4CUSA 5ENCA 4YBSA 3UV2A 5EQ1A 5I89A 5EGUA 4O75A 3K2JA 4N4IA 2L84A 3IU6A 5DFBA 4QR3A 4PS5A 3TLPA 4NUEA 5D7XA 5DKDA 5LVQA 5G4RA 4TT2A 4HBWA 4WHUA 5ACYA 3G0JA 5II2A 3MQMA 5CTLA 5CP5A 5A82A 4NXJA 4QB3A 4XY9A 4ALHA 4C67A 3DWYA 3O34A 4HXNA 4A9NA 5DLXA 5FDZA 5DW2A 4XYAA 5DBMA 4LDFA 5ENFA 5A5OA 4HXLA 5A5PA 2R0VA 4N4HA 5CQ6A 4TU4A 5CQAA 3UW9A 4BHWA 4AKIA 2L5EA 4NR6A 5FG6A 4A9IA 4KV1A 4BW3A 4QNSA 2LSPB 5EA1A 2N9GA 5E73A 5FE3A 5F36A 5F62A 4CURA 5CRMA 4O72A 1ZKRA 3O37A 5C4QA 4NR4A 4HBXA 5CU8A 4MEPA 4PY6A 2RFJA 5EWCA 5EICA 5DYXA 4CUPA 5FE7A 2FSAA 4QY4A 5I29A 2DWWA 5CQ5A 4DONA 5CQ4A 5DFCA 4CL9A 3P1DA 2R0YA 5IGNA 5F5ZA 2WP1A 5E9IA 4LZRA 4YYKA 5TCMA 4OGJA 5FE4A 4O78A 4N3WA 5FB0A 4YYJA 5HQ5A 4IR3A 4YADA 3GG3A 5D26A 4PKLA 5JI8A 5FH8A 2D9EA 4GPJA 3JVKA 5L99A 4YABA 5FFVA 5LJ2A 5LJ0A 4YH4A 5F61A 4CUQA 4NYWA 5C89A 4UYFB 2H60A 4NR9A 4IR5A 4PCEA 5COIA 2WP2A 5F3AA 5CGPA 2DVRA 5F63A 5CPEA 3QZTA 5F60A 5EWDA 4A9FA 5EM3A 5KHMA 4BJXA 5CY9A 3ZYUA 4NUCA 4UYHA 3UV5A 5CQTA 3D7CA 5CS8A 3AQAA 4HXRA 5I7XA 5DKCA 5D3HA 5D3LA 2RO1A 4QSSA 4TZ8A 3SVGA 3LQIA 4QEUA 3MB3A 5TB6A 3O35A 4YYMA 2YEMA 4ZC9A 2GRCA 4A9OA 4NQMA 5FB1A 5DYUA 2OSSA 5FE2A 2EJNA 5EVAA 2OUOA 3I3JA 5FE8A 3QZVA 5A7CA 2E7NA 5K29A 2DVSA 2I7KA 5BT4A 5IGLA 5ENBA 3P5OA 4YAXA 5HEMA 5DLZA 1EQFA 5FG4A 5DFDA 5EWWA 4QR5A 5L96A 4UIZA 5A5QA 5L97A 3AADA 4O74A 4TTEA 3HMEA 4TS8A 5HQ6A 4MR6A 3SVFA 5CUDA 5F2PA 5D3PA 4Z93A 4QSVA 3G0LA 5H1UA 2R10A 4CUTA 3ERRA 5EV9A 4A9JA 4TZ2A 4QSRA 4A9EA 3JVMA 3LQHA 2YQDA 5LJ1A 5L8TA 5H1VA 4J0RA 5FE0A
chains in the Genus database with same CATH topology
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