4NQMA

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with a triazolo-phthalazine ligand
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transcription/inhibitor
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title Crystal Structure of the first bromodomain of human BRD4 in complex with a triazolo-phthalazine ligand
rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 44
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-11-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4nqmA01
4HXPA 4TZ2A 5I7XA 2OSSA 4O72A 5E0RA 4KV1A 5AD2A 5EISA 5F36A 5F61A 3U5KA 5D0CA 3DWYA 2L84A 5FG4A 5E7DA 4N3WA 4NUCA 3TLPA 1ZS5A 3Q2EA 5CPEA 4YYJA 5K29A 5CTLA 4LYSA 5CRMA 5D3LA 4A9IA 5LKZA 5ENBA 2YEMA 4LYWA 3GG3A 3SVGA 2F6NA 5LVRA 5EV9A 3SVHA 4QC1A 4J0RA 4MENA 5E3DA 4HXLA 4NR6A 4TU4A 4LZSA 2RNYA 4O74A 5CU8A 3IU5A 5IIDA 2GRCA 5A5RA 5FE4A 4ZQLA 5D26A 4NR7A 3O36A 4UIWA 4J1PA 2D82A 4XY8A 3MQMA 4NXJA 4HXOA 4NR8A 5A82A 4PCEA 4BJXA 2NXBA 1N72A 4TS8A 4CUQA 4YY4A 5FE2A 4UIXA 3FKMX 2F6JA 5LKXA 5EPSA 5ENGA 4MR4A 4YH3A 4YAXA 4PKLA 5FB1A 2DVVA 5DLXA 3DAIA 4A9LA 4A9HA 5IGKA 5D24A 3SVFA 5F60A 5EWHA 5FE5A 4YYIA 4O7FA 5FH6A 4IOQA 3P1DA 4OGIA 1WUGA 5CQ4A 4A9OA 4QUUA 5CS8A 5H1UA 4QR5A 5I29A 5L99A 5C89A 5E74A 5DW1A 4UYFB 5HEMA 1JSPB 4NRBA 4YYHA 3UVWA 2MJVB 3Q2FA 4TQNA 5FFYA 5HRVA 5CUCA 2FSAA 3RCWA 5A5OA 3JVMA 5DYUA 3QZSA 5D3JA 5G4RA 4PTBA 4J0SA 5COIA 5FG5A 5EK9A 4YBMA 5D3HA 5EPRA 4O78A 5TB6A 4QSQA 4KCXA 5AMFA 5E9YA 5FFVA 3JVKA 4GPJA 4BW2A 4HBYA 2KTBB 4QSSA 5ETBA 3UVYA 5I86A 3P1EA 4CL9A 4MR3A 4YH4A 4FLPA 5FE9A 3MB4A 5IGMA 5EU1A 5FE6A 5IBNA 4O7CA 5DYXA 5HM0A 5F25A 4CUTA 4N4IA 2YELA 5HQ5A 4YBTA 5C4QA 5FB0A 4C66A 5DX4A 3S92A 4A9KA 4TZ8A 5ETDA 5KU3A 5L8UA 5CRZA 4O7AA 4QR4A 2R0VA 2YW5A 5ENIA 4HBVA 5D3PA 4UIVA 4UIUA 4Z93A 3U5NA 5C8GA 5F1LA 5DKDA 5BT3A 4QEWA 4Z6HA 1EQFA 5DKHA 4CURA 4Z1QA 1F68A 5KTWA 4ALGA 3I3JA 5CQ8A 5LVQA 3O33A 4XUAA 4CFLA 4WHUA 5D3NA 5F62A 4IR5A 5HRXA 4XUBA 5I40A 5F2PA 5E9LA 4BW4A 2RI7A 3U5JA 5DY7A 4UYDA 3U5PA 4ZC9A 2DKWA 4Z6IA 5HQ6A 3ONIA 4O71A 5F5ZA 5LUUA 5I88A 2R0YA 5EPBA 5HQ7A 5F1HA 5EP7A 5A7CA 5ENCA 3QZVA 1X0JA 2I8NA 4Z1SA 2N9GA 4CLBA 4N4HA 5CY9A 4F3IA 2DWWA 4QC3A 5CZGA 3HMEA 4PY6A 4QEUA 5KTUA 4YYGA 3UW9A 5DLZA 4YY6A 5DW2A 4TT2A 2R0SA 5G4SA 5HCLA 4IOOA 4LZ2A 4HXSA 5EA1A 4QSUA 2DVQA 5D3RA 5EGUA 3UV2A 4QNSA 5ENHA 5EQ1A 5DKCA 4QY4A 5DYAA 4UYFA 5EI4A 2L85A 4QSTA 4YYNA 4QYDA 2YDWA 5A81A 5ACYA 5IGLA 4NR9A 3S91A 5I80A 4N4FA 5H1TA 5EWWA 3IU6A 5BT5A 5FH8A 4Q0OA 4QR3A 3MXFA 3U5MA 3MULA 4YYMA 2DATA 5I1QA 4NQMA 5EVAA 4C67A 4MEPA 4A9MA 5IG6A 4IR3A 5CQ3A 1WUMA 4E96A 5FG6A 1E6IA 5CUBA 4IR6A 5AD3A 4IR4A 3P1CA 5II1A 4QSVA 4YATA 2OUOA 2WP2A 2YYNA 4HXKA 2DVSA 3NXBA 5FFWA 4Q0NA 3ZYUA 5HRWA 5E9IA 5FE1A 5FE0A 5KO4A 5FDZA 4Y03A 5CQ7A 4A9NA 5FE7A 5I83A 3UV4A 5A5NA 5H85A 4NR4A 5EWVA 4QYLA 4NYXA 3U5OA 5C87A 1JM4B 5ENEA 3K2JA 4A9JA 5KTXA 4N4GA 5CUAA 3JVJA 3G0LA 3JVLA 5CUDA 4HXNA 3O34A 3LQIA 3O35A 4UYEA 5FBXA 5HENA 3G0JA 2WP1A 4ZW1A 4PS5A 5C85A 4NQNA 4MEQA 4TT4A 4O7EA 4QSWA 4UIYA 5EICA 4HBXA 3HMFA 5A5PA 2E3KA 2H60A 3O37A 2DVRA 5II2A 3UV5A 5IGNA 4YADA 4TYLA 5I89A 5L98A 4CUSA 4LR6A 4WHWA 4IORA 5HJCA 4LRGA 4QSPA 5CQ5A 5LJ1A 5F3AA 4TT6A 3LJWA 2R10A 4NYVA 3P1FA 5D3SA 5L97A 3LXJA 4QB3A 5L8TA 4OUFA 3UVDA 2L5EA 4XYAA 3AQAA 5KHMA 3HMHA 4OGJA 4YYDA 4NYWA 5CQ6A 4TU6A 5HFRA 4PCIA 4MR6A 5FE3A 5BT4A 4AKNA 5FE8A 3UVXA 4O76A 5CFWA 5C7NA 4LDFA 5A5SA 4CFKA 4HXMA 5I7YA 5DFCA 4QUTA 4BW3A 4QSRA 4O7BA 4HBWA 5DFBA 4YBSA 3D7CA 4KV4A 4QSXA 5CQAA 2RNXA 5E3GA 4LZRA 5CGPA 4NS5A 4NR5A 4O70A 5A83A 3LQJA 5FH7A 3MUKA 5CUGA 2RFJA 2RO1A 2RS9B 4YK0A 2D9EA 5ENJA 5HFQA 5L96A 4UYHA 4LC2A 5HELA 4J3IA 4BW1A 5LJ0A 4CUPA 4RVRA 5D25A 5DFDA 4XY9A 4LYIA 5CP5A 2E7OA 5CUEA 4A9EA 4MEOA 5D7XA 4DONA 2YQDA 2OO1A 5F63A 4YYKA 2YEKA 2LSPB 5LKUA 4NUEA 5EM3A 2I7KA 4UIZA 5JI8A 3AADA 5HLSA 3P5OA 5CQTA 5A5QA 2E7NA 5TCMA 3LQHA 3U5LA 3MB3A 3QZTA 4HXRA 4O75A 4O77A 5D3TA 5LKTA 2RNWA 5E9KA 4UYGA 4X2IA 5LJ2A 5ENFA 4NRCA 5E73A 5H1VA 4QBMA 5E9VA 4UITA 4MR5A 4A9FA 4CUUA 4YABA 4QZSA 4TTEA 5AMEA 4WIVA 5DBMA 4YC9A 5DYCA 5A85A 5EWDA 5JWMA 4NUDA 5E9MA 4QEVA 4ALHA 5EWCA 5J0DA 2G4AA 4NRAA 4BHWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4HXPA 4TZ2A 5I7XA 2OSSA 4O72A 5E0RA 4KV1A 5AD2A 5EISA 5F36A 5F61A 3U5KA 5D0CA 3DWYA 2L84A 5FG4A 4AKGA 5E7DA 4N3WA 4NUCA 3TLPA 1ZS5A 3Q2EA 5CPEA 3D1BA 4YYJA 5K29A 5CTLA 4LYSA 5CRMA 5D3LA 4A9IA 5LKZA 5ENBA 2YEMA 4LYWA 3GG3A 3SVGA 2F6NA 5LVRA 5EV9A 3SVHA 4QC1A 4J0RA 4MENA 5E3DA 4HXLA 4NR6A 4TU4A 4LZSA 2RNYA 4O74A 5CU8A 3IU5A 5IIDA 2GRCA 5A5RA 5FE4A 4ZQLA 5D26A 4NR7A 3O36A 4UIWA 4J1PA 2D82A 4XY8A 3MQMA 4NXJA 4HXOA 4NR8A 5A82A 4PCEA 4BJXA 2NXBA 1N72A 4TS8A 4CUQA 4YY4A 5FE2A 4UIXA 3FKMX 2F6JA 5LKXA 5EPSA 5ENGA 4MR4A 4YH3A 4YAXA 4PKLA 5FB1A 2DVVA 5DLXA 3DAIA 4A9LA 4A9HA 5IGKA 5D24A 3SVFA 5F60A 3VKHA 5EWHA 5FE5A 4YYIA 4O7FA 5FH6A 4IOQA 3P1DA 4OGIA 1WUGA 5CQ4A 4A9OA 4QUUA 5CS8A 5H1UA 4QR5A 5I29A 5L99A 5C89A 5E74A 5DW1A 4UYFB 5HEMA 1JSPB 4NRBA 4YYHA 3UVWA 2MJVB 3Q2FA 4TQNA 5FFYA 5HRVA 5CUCA 2FSAA 3RCWA 5A5OA 3JVMA 5DYUA 3QZSA 5D3JA 5G4RA 4PTBA 4J0SA 5COIA 5FG5A 5EK9A 4YBMA 5D3HA 5EPRA 4O78A 5TB6A 4QSQA 4KCXA 5AMFA 5E9YA 5FFVA 3JVKA 4GPJA 4BW2A 4HBYA 2KTBB 4QSSA 5ETBA 3UVYA 5I86A 3P1EA 4CL9A 4MR3A 4YH4A 4FLPA 5FE9A 3MB4A 5IGMA 5EU1A 5FE6A 3ERRA 5IBNA 4O7CA 5DYXA 5HM0A 5F25A 4CUTA 4N4IA 2YELA 5HQ5A 4YBTA 5C4QA 5FB0A 4C66A 5DX4A 3S92A 4A9KA 4TZ8A 5ETDA 5KU3A 5L8UA 5CRZA 4O7AA 4QR4A 2R0VA 2YW5A 5ENIA 4HBVA 5D3PA 4UIVA 4UIUA 4Z93A 3U5NA 5C8GA 5F1LA 5DKDA 5BT3A 4QEWA 4Z6HA 1EQFA 5DKHA 4CURA 4Z1QA 1F68A 5KTWA 4ALGA 3I3JA 5CQ8A 5LVQA 3O33A 4XUAA 4CFLA 4WHUA 5D3NA 5F62A 4IR5A 5HRXA 4XUBA 5I40A 5F2PA 5E9LA 4BW4A 2RI7A 3U5JA 5DY7A 4UYDA 3U5PA 4ZC9A 2DKWA 4Z6IA 5HQ6A 3ONIA 4O71A 5F5ZA 5LUUA 5I88A 2R0YA 5EPBA 5HQ7A 5F1HA 5EP7A 5A7CA 5ENCA 3QZVA 1X0JA 2I8NA 4Z1SA 2N9GA 4CLBA 4N4HA 5CY9A 4F3IA 2DWWA 4QC3A 4AI6A 5CZGA 3HMEA 4PY6A 4QEUA 5KTUA 4YYGA 3UW9A 5DLZA 4YY6A 3D1DA 5DW2A 4TT2A 2R0SA 5G4SA 5HCLA 4IOOA 4LZ2A 4HXSA 5EA1A 4QSUA 2DVQA 5D3RA 5EGUA 3UV2A 4QNSA 5ENHA 5EQ1A 5DKCA 4QY4A 5DYAA 4UYFA 5EI4A 2L85A 4QSTA 4YYNA 4QYDA 2YDWA 5A81A 5ACYA 5IGLA 4NR9A 3S91A 5I80A 4N4FA 5H1TA 5EWWA 3IU6A 5BT5A 5FH8A 4Q0OA 4QR3A 3MXFA 3U5MA 3MULA 4YYMA 2DATA 5I1QA 4NQMA 5EVAA 4C67A 4MEPA 4A9MA 5IG6A 4IR3A 5CQ3A 1WUMA 4AKHA 4E96A 5FG6A 1E6IA 5CUBA 4IR6A 5AD3A 4IR4A 3P1CA 5II1A 4QSVA 4YATA 2OUOA 4AKIA 2WP2A 2YYNA 4HXKA 2DVSA 3NXBA 5FFWA 4Q0NA 3ZYUA 5HRWA 5E9IA 5FE1A 5FE0A 5KO4A 5FDZA 4Y03A 5CQ7A 4A9NA 5FE7A 5I83A 3UV4A 5A5NA 5H85A 4NR4A 5EWVA 4QYLA 4NYXA 3U5OA 5C87A 1JM4B 5ENEA 3K2JA 4A9JA 5KTXA 4N4GA 5CUAA 3JVJA 3G0LA 3JVLA 5CUDA 4HXNA 3O34A 3LQIA 3O35A 4UYEA 5FBXA 5HENA 3G0JA 2WP1A 4ZW1A 4PS5A 5C85A 4NQNA 4MEQA 4TT4A 4O7EA 4QSWA 4UIYA 5EICA 4HBXA 3HMFA 5A5PA 2E3KA 2H60A 3O37A 2DVRA 5II2A 3UV5A 5IGNA 4YADA 4TYLA 5I89A 5L98A 4CUSA 4LR6A 4WHWA 4IORA 5HJCA 4LRGA 4QSPA 5CQ5A 5LJ1A 5F3AA 4TT6A 3LJWA 2R10A 4NYVA 3P1FA 5D3SA 5L97A 3LXJA 4QB3A 5L8TA 4OUFA 3UVDA 2L5EA 4XYAA 3AQAA 5KHMA 3HMHA 4OGJA 4YYDA 4NYWA 5CQ6A 4TU6A 5HFRA 4PCIA 4MR6A 5FE3A 5BT4A 4AKNA 5FE8A 3UVXA 4O76A 5CFWA 5C7NA 4LDFA 5A5SA 4CFKA 4HXMA 5I7YA 5DFCA 4QUTA 4BW3A 4QSRA 4O7BA 4HBWA 5DFBA 4YBSA 3D7CA 4KV4A 4QSXA 5CQAA 2RNXA 5E3GA 4LZRA 5CGPA 4NS5A 4NR5A 4O70A 5A83A 3LQJA 5FH7A 3MUKA 5CUGA 2RFJA 2RO1A 2RS9B 4YK0A 2D9EA 5ENJA 5HFQA 5L96A 4UYHA 1ZKRA 4LC2A 5HELA 4J3IA 4BW1A 5LJ0A 4CUPA 4RVRA 5D25A 5DFDA 4XY9A 4LYIA 5CP5A 2E7OA 5CUEA 4A9EA 4MEOA 5D7XA 4DONA 2YQDA 2OO1A 5F63A 4YYKA 2YEKA 2LSPB 5LKUA 4NUEA 5EM3A 2I7KA 4UIZA 5JI8A 3AADA 5HLSA 3P5OA 5CQTA 5A5QA 2E7NA 5TCMA 3LQHA 3U5LA 3MB3A 3QZTA 4HXRA 4O75A 4O77A 5D3TA 5LKTA 2RNWA 5E9KA 1PUOA 4UYGA 4X2IA 5LJ2A 5ENFA 4NRCA 5E73A 5H1VA 4QBMA 5E9VA 4UITA 4MR5A 4A9FA 4CUUA 4YABA 4QZSA 4TTEA 2EJNA 5AMEA 4WIVA 5DBMA 4YC9A 3VKGA 5DYCA 5A85A 5EWDA 5JWMA 4NUDA 5E9MA 4QEVA 4ALHA 5EWCA 5J0DA 2G4AA 4NRAA 4BHWA
chains in the Genus database with same CATH topology
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