4NQMA

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with a triazolo-phthalazine ligand
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title Crystal Structure of the first bromodomain of human BRD4 in complex with a triazolo-phthalazine ligand
rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Transcription/inhibitor
total genus 44
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-11-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4nqmA01
5A5QA 5F25A 4O78A 2RNYA 4QSSA 5A5PA 3UVWA 4LRGA 5E9MA 5F62A 3IU6A 5CQAA 5EISA 4YYNA 4UIXA 5ENEA 3O37A 4A9HA 5CY9A 5BT3A 4UIZA 5DW2A 4HXSA 3U5PA 5EU1A 5E0RA 5A5NA 2RI7A 2YEKA 5HRXA 5ENFA 1N72A 4O7FA 5DFDA 4A9KA 3UV4A 5FE7A 5JI8A 5CGPA 5DBMA 5ENHA 5KTWA 5L8UA 4BJXA 4IR6A 5FE1A 3Q2FA 5C85A 3HMHA 4RVRA 5FE0A 3JVLA 4QC3A 4XUBA 5LKZA 4YC9A 3O34A 2H60A 5C8GA 1WUGA 4ALHA 4KCXA 5I80A 2E3KA 3MQMA 4Z6HA 3QZTA 5DKCA 5EV9A 5CFWA 3DAIA 5EQ1A 4NS5A 4HXPA 5DLZA 3D7CA 5HFRA 5DFBA 4XUAA 4UYDA 5C7NA 2NXBA 4QR4A 3UW9A 1WUMA 4YYDA 5IGMA 5ENBA 4NRAA 4UYFA 4TT6A 4XY8A 4QSWA 5IGNA 4KV4A 4NR9A 4NXJA 5CUBA 4O70A 5FBXA 4Z1SA 4PCEA 3K2JA 4NYVA 5I7XA 2RFJA 5HCLA 4OUFA 5F36A 4HXLA 4CUTA 5HEMA 5AD3A 4N4HA 5E74A 5FE9A 3SVGA 4BW2A 5C87A 5DY7A 2DVQA 4PY6A 4NUEA 4O77A 4CLBA 4MENA 4O7BA 5CPEA 4CFKA 4N4IA 5IGLA 3LQJA 5F60A 3ZYUA 2G4AA 2DWWA 5A5SA 5EGUA 3I3JA 3MXFA 4TS8A 5KO4A 2YW5A 2DVRA 4PKLA 4TZ8A 2L84A 4WHWA 5IIDA 2YQDA 5F5ZA 3ONIA 4PTBA 3MB3A 5AD2A 5A5OA 5I89A 4J3IA 5CQTA 4IR4A 5EA1A 5EWCA 4ALGA 5I1QA 4PCIA 3JVMA 4UYEA 5FE5A 5AMEA 4OGJA 4QYLA 5FE6A 4A9IA 4YATA 4IOQA 4HBVA 4TT2A 5D3HA 5D3LA 5E9YA 5H1TA 5E9KA 5E7DA 2DVSA 3UVYA 4OGIA 5I40A 5LKTA 4A9FA 5EVAA 4UYFB 4KV1A 4CURA 4A9OA 3UVDA 4A9MA 5E3GA 3RCWA 4HBXA 4YYIA 3JVKA 5F3AA 4TQNA 4IR5A 4MEPA 4YYMA 5HLSA 4QEWA 5EPBA 4LDFA 5COIA 5ENJA 5FH8A 5A7CA 1F68A 5D3JA 3AADA 4NYWA 4O76A 3HMEA 2MJVB 3S91A 4GPJA 5A85A 1X0JA 4O7EA 4O71A 4HXNA 3SVFA 5F1LA 5CUAA 5D3NA 4HXOA 5FFWA 4CUPA 5A5RA 5DYXA 4N4FA 2RO1A 4A9JA 4QEVA 4C67A 5FG4A 2DKWA 5CQ3A 4NR5A 4QZSA 4NR8A 5D25A 4QSUA 2F6JA 5CP5A 2GRCA 5EICA 2OUOA 4LYSA 4UIYA 5D26A 5D7XA 2YYNA 3DWYA 4NUCA 3GG3A 5C89A 5DYAA 1JSPB 4NQNA 5DYCA 4NQMA 2DATA 4CUSA 4TU6A 4LR6A 4O72A 4YADA 4CL9A 5DX4A 5LJ1A 5EI4A 3HMFA 5L98A 4Y03A 3MB4A 5I7YA 5LVRA 5IG6A 3MULA 5FB1A 2D82A 1EQFA 4UIVA 5D24A 3QZVA 4XY9A 4Z93A 5LJ2A 4A9EA 3Q2EA 4Z6IA 4YYHA 5H85A 5L97A 3LJWA 2KTBB 4QSRA 5E9LA 4WIVA 4AKNA 4YY4A 2F6NA 5CUCA 4QC1A 5ENCA 2WP2A 5CQ5A 4BHWA 5HENA 2L85A 4LYIA 3O35A 5CTLA 4LC2A 4IOOA 5H1UA 3P1EA 5E9VA 5I29A 5LKUA 4QUUA 4CUQA 5IGKA 5D3SA 5II1A 3AQAA 5KU3A 4UYGA 4QSXA 2R0YA 3P1FA 5FB0A 5ENIA 4O7AA 1JM4B 3LQIA 5LUUA 4MEOA 5L96A 2E7OA 3JVJA 4NR7A 5AMFA 5KTXA 4HXKA 4YBSA 3LXJA 5CQ6A 4MEQA 3UV2A 2D9EA 2R0SA 5H1VA 5IBNA 1E6IA 3P1CA 5CRMA 4UYHA 4DONA 5TCMA 1ZS5A 5HRWA 4YBMA 5KTUA 4PS5A 4QSVA 3G0LA 4QSPA 5EWHA 4YAXA 3UV5A 4LYWA 3FKMX 4IORA 4BW4A 5DLXA 2E7NA 4E96A 5E3DA 4Z1QA 4HXMA 4Q0NA 5JWMA 2YDWA 3G0JA 3IU5A 5BT4A 5I88A 5CQ7A 5FE8A 4QSTA 4QY4A 2RNWA 5FE3A 3S92A 5BT5A 2I7KA 3U5KA 4YY6A 4YBTA 5EPRA 4TT4A 2OSSA 4TTEA 2WP1A 4A9NA 4CFLA 5HQ7A 5D3PA 5I83A 5LKXA 4IR3A 4QB3A 4NR4A 4QUTA 4ZQLA 2RNXA 4O7CA 5FG5A 4J0SA 4MR4A 2N9GA 5FE4A 2R0VA 4LZSA 4LZRA 4TYLA 4X2IA 3O36A 2YEMA 4QYDA 5KHMA 5HJCA 4WHUA 5HM0A 2RS9B 4UIUA 5HQ5A 5EWVA 5HQ6A 5TB6A 2DVVA 4YH4A 5E73A 4C66A 4LZ2A 3TLPA 5L8TA 4QR3A 5CUDA 2FSAA 5A83A 4HXRA 5E9IA 5FG6A 4NUDA 5F2PA 5C4QA 5L99A 2YELA 5HFQA 4CUUA 4TZ2A 4NYXA 4YH3A 5FH7A 4QBMA 5FFVA 5EM3A 4J0RA 5F63A 5EWWA 4N3WA 4NRCA 4Q0OA 5A81A 5G4RA 2R10A 5FDZA 4ZC9A 2I8NA 3UVXA 5F61A 5EPSA 5D3RA 3MUKA 5EP7A 5CS8A 4QSQA 3U5MA 3U5OA 4YYJA 2LSPB 5LVQA 5A82A 5CQ4A 2L5EA 5ETDA 5CUGA 5ENGA 3U5JA 4XYAA 5FH6A 3U5NA 2OO1A 5HRVA 5DKHA 3SVHA 5ETBA 4FLPA 4UIWA 4NR6A 5II2A 5FE2A 5CRZA 4NRBA 4MR6A 3NXBA 4UITA 5G4SA 4O75A 4MR5A 4YK0A 5CU8A 4BW3A 5EK9A 4N4GA 5F1HA 4ZW1A 5CUEA 4QEUA 4YYGA 5HELA 5EWDA 4TU4A 5CZGA 5FFYA 4BW1A 5D0CA 4A9LA 5J0DA 3U5LA 5DKDA 4YABA 4YYKA 4MR3A 5CQ8A 5D3TA 3LQHA 4O74A 5I86A 4F3IA 4J1PA 4HBYA 4QNSA 5DYUA 3P5OA 4HBWA 5ACYA 3P1DA 5K29A 3O33A 4QR5A 3QZSA 5DFCA 5LJ0A 5DW1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5A5QA 5F25A 4O78A 2RNYA 4QSSA 5A5PA 3UVWA 4LRGA 5E9MA 5F62A 3IU6A 5CQAA 5EISA 4YYNA 3D1DA 4UIXA 5ENEA 3O37A 4A9HA 5CY9A 5BT3A 4UIZA 5DW2A 4HXSA 3U5PA 5EU1A 5E0RA 5A5NA 2RI7A 2YEKA 5HRXA 5ENFA 1N72A 4O7FA 5DFDA 4A9KA 3UV4A 5FE7A 5JI8A 5CGPA 5DBMA 5ENHA 5KTWA 5L8UA 4BJXA 4IR6A 5FE1A 3Q2FA 5C85A 3HMHA 4RVRA 5FE0A 3JVLA 4QC3A 4XUBA 5LKZA 4YC9A 4AI6A 3O34A 2H60A 5C8GA 1WUGA 4ALHA 4KCXA 5I80A 2E3KA 3MQMA 4Z6HA 3QZTA 5DKCA 5EV9A 5CFWA 3DAIA 5EQ1A 4NS5A 4HXPA 5DLZA 3D7CA 5HFRA 5DFBA 4XUAA 4UYDA 5C7NA 2NXBA 4QR4A 3UW9A 1WUMA 4YYDA 5IGMA 5ENBA 4NRAA 4UYFA 4TT6A 4XY8A 4QSWA 5IGNA 4KV4A 4NR9A 4NXJA 5CUBA 4O70A 5FBXA 4Z1SA 4PCEA 3K2JA 4NYVA 5I7XA 2RFJA 5HCLA 4OUFA 5F36A 4HXLA 4CUTA 5HEMA 5AD3A 4N4HA 5E74A 5FE9A 3D1BA 3SVGA 4BW2A 5C87A 5DY7A 2DVQA 4PY6A 4NUEA 4O77A 4CLBA 4MENA 4O7BA 5CPEA 4CFKA 4N4IA 5IGLA 3LQJA 5F60A 3ZYUA 2G4AA 2DWWA 5A5SA 5EGUA 3I3JA 3MXFA 4TS8A 5KO4A 2YW5A 2DVRA 4PKLA 4TZ8A 2L84A 4WHWA 3VKHA 5IIDA 2YQDA 5F5ZA 3ONIA 4PTBA 3MB3A 5AD2A 5A5OA 5I89A 4J3IA 5CQTA 4IR4A 5EA1A 5EWCA 4ALGA 5I1QA 4PCIA 3JVMA 4UYEA 5FE5A 4AKGA 5AMEA 4OGJA 4QYLA 5FE6A 4A9IA 4YATA 4IOQA 4HBVA 4TT2A 5D3HA 5D3LA 5E9YA 5H1TA 5E9KA 5E7DA 2DVSA 1ZKRA 3UVYA 4OGIA 5I40A 5LKTA 4A9FA 5EVAA 4UYFB 4KV1A 4CURA 4A9OA 3UVDA 4A9MA 5E3GA 3RCWA 4HBXA 4YYIA 3JVKA 5F3AA 4TQNA 4IR5A 4MEPA 4YYMA 5HLSA 4QEWA 5EPBA 4LDFA 5COIA 5ENJA 5FH8A 5A7CA 1F68A 5D3JA 3AADA 4NYWA 4O76A 3HMEA 2MJVB 3S91A 4GPJA 3ERRA 5A85A 1X0JA 4O7EA 4O71A 4HXNA 3SVFA 5F1LA 5CUAA 5D3NA 4HXOA 5FFWA 4CUPA 5A5RA 5DYXA 4N4FA 2RO1A 4A9JA 4QEVA 4C67A 5FG4A 2DKWA 5CQ3A 4NR5A 4QZSA 4NR8A 5D25A 4QSUA 2F6JA 5CP5A 2GRCA 5EICA 2OUOA 4LYSA 4UIYA 5D26A 5D7XA 2YYNA 3DWYA 4NUCA 3GG3A 5C89A 5DYAA 1JSPB 4NQNA 5DYCA 4NQMA 2DATA 4CUSA 4TU6A 4LR6A 4O72A 4YADA 4CL9A 5DX4A 5LJ1A 5EI4A 3HMFA 5L98A 4Y03A 3MB4A 5I7YA 5LVRA 5IG6A 3MULA 5FB1A 2D82A 1EQFA 4UIVA 5D24A 3QZVA 4XY9A 4Z93A 5LJ2A 4A9EA 3Q2EA 4Z6IA 4YYHA 5H85A 5L97A 3LJWA 2KTBB 4QSRA 5E9LA 4WIVA 4AKNA 4YY4A 2F6NA 5CUCA 4QC1A 5ENCA 2WP2A 5CQ5A 3VKGA 4BHWA 5HENA 2L85A 4LYIA 3O35A 5CTLA 4LC2A 4IOOA 5H1UA 3P1EA 5E9VA 5I29A 5LKUA 4QUUA 4CUQA 5IGKA 5D3SA 5II1A 3AQAA 5KU3A 4UYGA 4QSXA 2R0YA 3P1FA 5FB0A 5ENIA 4O7AA 1JM4B 3LQIA 5LUUA 4MEOA 5L96A 2E7OA 3JVJA 4NR7A 5AMFA 5KTXA 4HXKA 4YBSA 3LXJA 5CQ6A 4MEQA 3UV2A 2D9EA 2R0SA 5H1VA 5IBNA 1E6IA 3P1CA 5CRMA 4UYHA 4DONA 5TCMA 1ZS5A 5HRWA 4YBMA 5KTUA 4PS5A 4QSVA 3G0LA 4QSPA 5EWHA 4YAXA 3UV5A 4LYWA 3FKMX 4IORA 4BW4A 5DLXA 2E7NA 4E96A 5E3DA 4Z1QA 4HXMA 4Q0NA 5JWMA 2YDWA 3G0JA 3IU5A 5BT4A 5I88A 5CQ7A 5FE8A 4QSTA 4QY4A 2RNWA 5FE3A 3S92A 5BT5A 2I7KA 3U5KA 4YY6A 4YBTA 5EPRA 4TT4A 2OSSA 4TTEA 2WP1A 4A9NA 4CFLA 5HQ7A 5D3PA 5I83A 5LKXA 4IR3A 4QB3A 4NR4A 4QUTA 4ZQLA 2RNXA 4O7CA 5FG5A 4J0SA 4MR4A 2N9GA 5FE4A 2R0VA 4LZSA 4LZRA 4TYLA 4X2IA 1PUOA 3O36A 2YEMA 4QYDA 5KHMA 5HJCA 4AKHA 4WHUA 5HM0A 2RS9B 4UIUA 5HQ5A 5EWVA 5HQ6A 2EJNA 5TB6A 2DVVA 4YH4A 5E73A 4C66A 4LZ2A 3TLPA 5L8TA 4QR3A 5CUDA 2FSAA 5A83A 4HXRA 5E9IA 5FG6A 4NUDA 5F2PA 5C4QA 5L99A 2YELA 5HFQA 4CUUA 4TZ2A 4NYXA 4YH3A 5FH7A 4QBMA 5FFVA 5EM3A 4J0RA 5F63A 5EWWA 4N3WA 4NRCA 4Q0OA 5A81A 5G4RA 2R10A 5FDZA 4ZC9A 2I8NA 3UVXA 4AKIA 5F61A 5EPSA 5D3RA 3MUKA 5EP7A 5CS8A 4QSQA 3U5MA 3U5OA 4YYJA 2LSPB 5LVQA 5A82A 5CQ4A 2L5EA 5ETDA 5CUGA 5ENGA 3U5JA 4XYAA 5FH6A 3U5NA 2OO1A 5HRVA 5DKHA 3SVHA 5ETBA 4FLPA 4UIWA 4NR6A 5II2A 5FE2A 5CRZA 4NRBA 4MR6A 3NXBA 4UITA 5G4SA 4O75A 4MR5A 4YK0A 5CU8A 4BW3A 5EK9A 4N4GA 5F1HA 4ZW1A 5CUEA 4QEUA 4YYGA 5HELA 5EWDA 4TU4A 5CZGA 5FFYA 4BW1A 5D0CA 4A9LA 5J0DA 3U5LA 5DKDA 4YABA 4YYKA 4MR3A 5CQ8A 5D3TA 3LQHA 4O74A 5I86A 4F3IA 4J1PA 4HBYA 4QNSA 5DYUA 3P5OA 4HBWA 5ACYA 3P1DA 5K29A 3O33A 4QR5A 3QZSA 5DFCA 5LJ0A 5DW1A
chains in the Genus database with same CATH topology
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