4NQMA

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with a triazolo-phthalazine ligand
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transcription/inhibitor
source organism Homo sapiens
publication title Crystal Structure of the first bromodomain of human BRD4 in complex with a triazolo-phthalazine ligand
rcsb
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
total genus 44
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-11-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4nqmA01
5LJ2A 3MB3A 4UYFA 4Z6IA 4KV4A 5FE9A 4C66A 5CUEA 5ETDA 5JI8A 5KO4A 5H85A 4O70A 4CUTA 4NRBA 4NR5A 5CQ8A 5DBMA 5FG6A 4OUFA 3LQIA 2R0SA 4XY8A 5F61A 5F3AA 5ENEA 5CGPA 4PKLA 3HMEA 5CUDA 4QSRA 5L96A 4TTEA 4TS8A 5E3DA 3D7CA 5EISA 4YYDA 5E9KA 5A81A 5E7DA 5FBXA 5AMFA 3Q2FA 5FB0A 5H1VA 5CQ7A 5F1HA 4CLBA 5BT4A 4UIVA 2OUOA 4NR4A 4HBYA 3MULA 5E9MA 5I86A 4YABA 2I8NA 5I89A 5EQ1A 5CRZA 2N9GA 4YYIA 4UYHA 5ENHA 5A85A 5D3RA 3MQMA 4MEPA 4QUTA 5FE6A 3DAIA 5A5QA 4O72A 5E9LA 5CUAA 4O71A 3JVLA 5CS8A 5COIA 5IGMA 4KCXA 1EQFA 5LJ1A 2YW5A 5F2PA 2L5EA 4Z1SA 5C87A 5D3HA 5IIDA 5CQ5A 3DWYA 4MEQA 3NXBA 3S91A 4QYLA 4YK0A 4IORA 4QSWA 5DKHA 5EI4A 4Y03A 2R0YA 5EWCA 5CQAA 5BT3A 5DW1A 4CURA 4UIWA 5EV9A 3QZSA 5L97A 1WUMA 5D7XA 4TU4A 5KTUA 4E96A 3IU6A 2F6NA 5DY7A 5D3TA 5FE2A 5A82A 5LVRA 5HQ6A 4QSUA 4QSVA 2YEKA 4HXPA 3UV4A 3Q2EA 1F68A 2RFJA 4YBSA 5DYXA 5EP7A 4QUUA 4QEWA 5E73A 4O76A 5I7XA 5C8GA 5EPBA 3U5JA 4HBVA 4PCIA 4YATA 5EK9A 4YC9A 2GRCA 4N4GA 5CU8A 2DATA 4XY9A 2E7OA 5EPRA 5H1UA 2RS9B 5HM0A 5FH6A 5CQ3A 5FE0A 5D3LA 5E3GA 5FE3A 2E3KA 5HEMA 4YBMA 4O7EA 4BHWA 5AD3A 5I40A 4A9HA 4QR4A 5H1TA 5HRVA 4LDFA 4N4HA 4YH3A 4N4IA 4CUSA 5IG6A 1ZS5A 5IGKA 5A5OA 1JM4B 5KHMA 2E7NA 4NR9A 5L8UA 4MR3A 5D3PA 5I88A 4UIXA 4QSTA 5KU3A 3P1DA 4CUPA 3U5LA 4O75A 1N72A 4IOOA 4QSSA 5CRMA 3MUKA 4IOQA 5F36A 3UVDA 3G0JA 2FSAA 4QEUA 4MR5A 4N3WA 4LYSA 4TQNA 4NUCA 3O34A 4LRGA 3U5OA 4YYGA 5LKUA 5ACYA 4ZW1A 5ENIA 5KTWA 4Q0OA 2YELA 4MENA 4BW4A 3UV2A 4A9JA 5CQ4A 4IR6A 4QSXA 4UIUA 5II2A 4A9EA 5A5RA 5ENGA 5HFQA 3MB4A 1E6IA 4HXNA 4CFLA 5DFDA 5JWMA 5EVAA 3UVWA 4OGIA 2I7KA 5A5PA 5F25A 4RVRA 5L99A 5HCLA 5C7NA 2NXBA 4IR4A 5EWVA 4A9MA 5A7CA 3I3JA 3JVKA 4O7AA 5E0RA 5D26A 4HXRA 3P1EA 5FFYA 4TU6A 5IGNA 5ENBA 5HENA 2WP1A 4DONA 5EPSA 3LJWA 5D3NA 4NYXA 4CFKA 5EGUA 5FH7A 4LZSA 5DYUA 3U5MA 2D9EA 4QSPA 5CTLA 4O77A 5HELA 3IU5A 5FE8A 5HQ5A 4PTBA 3MXFA 4XUAA 4YYNA 4QR5A 4IR5A 2RNYA 4MR4A 5TB6A 4ALGA 5DLXA 4LYIA 2H60A 5EM3A 4YH4A 4O74A 4A9LA 3UVXA 3JVMA 4LR6A 4UITA 3LQHA 4C67A 4MEOA 5J0DA 5FFWA 5DX4A 5I1QA 2R0VA 5FE4A 5FE7A 3SVHA 2MJVB 5TCMA 5I29A 2DKWA 2YQDA 5LVQA 5G4RA 3SVFA 4IR3A 3AQAA 5I80A 3LXJA 5C89A 4QC1A 4YBTA 4YAXA 5LKTA 2RNXA 4TZ8A 4LZ2A 5DYAA 5CY9A 5A5NA 4ALHA 4TT4A 5FE5A 5BT5A 1WUGA 1JSPB 4NYWA 4QB3A 4O7CA 4J0RA 4WIVA 3TLPA 4A9IA 4YYJA 4Z93A 3UV5A 4X2IA 5F1LA 5FB1A 3SVGA 2OO1A 4PCEA 5CP5A 5DKDA 4Z1QA 5D0CA 3UW9A 4BW3A 3P1FA 3QZTA 3K2JA 4QEVA 4YY4A 4WHWA 5F62A 3U5NA 5DLZA 4LC2A 5FG5A 5G4SA 5CQ6A 3JVJA 4NRCA 2YDWA 5CFWA 5EICA 4OGJA 4TT2A 3HMHA 5E9VA 4QYDA 4ZC9A 2D82A 5A5SA 4O7FA 4UIYA 2WP2A 5FE1A 4YYMA 3O33A 3O35A 4XUBA 4NR7A 3P5OA 4GPJA 4QC3A 3FKMX 2KTBB 2RO1A 4UYGA 3G0LA 3AADA 2YYNA 5FFVA 4PS5A 2R10A 4HXSA 5D25A 5CQTA 5DKCA 5E9IA 4UIZA 4A9FA 3ZYUA 5HFRA 3U5KA 5FDZA 5L8TA 4TT6A 5F5ZA 3HMFA 4Q0NA 4A9KA 2DVRA 4HXKA 5ENFA 5C85A 4PY6A 5D24A 3U5PA 3QZVA 5DFCA 5KTXA 5CUCA 2RNWA 5CZGA 4NUEA 2YEMA 4KV1A 5ENJA 5EWDA 2LSPB 4NXJA 5IBNA 5ENCA 5II1A 4QY4A 2L84A 5D3SA 4J3IA 5HQ7A 5DFBA 4LYWA 5L98A 4AKNA 4LZRA 4CUUA 4ZQLA 5F60A 4BJXA 3GG3A 5LKZA 5LUUA 3P1CA 4HXLA 4QBMA 5C4QA 2L85A 5HRXA 3LQJA 4UYDA 4Z6HA 4J0SA 3O37A 4HXMA 5E9YA 4HBWA 2DVVA 4QZSA 4YYHA 4QR3A 5I7YA 4NRAA 2F6JA 4A9OA 4UYFB 4NS5A 4QSQA 5AMEA 4MR6A 5HJCA 4CUQA 5FH8A 3ONIA 2OSSA 1X0JA 4NUDA 5HLSA 4O7BA 4YADA 5ETBA 4F3IA 4HBXA 4O78A 5HRWA 4CL9A 3UVYA 4A9NA 2RI7A 5CUGA 4NR6A 4YYKA 4BW1A 3O36A 5FG4A 5EA1A 3S92A 4BW2A 5AD2A 4N4FA 4WHUA 2DVQA 4NYVA 3RCWA 4FLPA 4HXOA 5F63A 5LJ0A 2DWWA 5EWWA 2DVSA 5E74A 2G4AA 4NR8A 5CUBA 5D3JA 5DW2A 4YY6A 4J1PA 4NQMA 5CPEA 5EWHA 5IGLA 4TYLA 5A83A 4TZ2A 4XYAA 4QNSA 5LKXA 5K29A 4NQNA 5EU1A 5I83A 5DYCA 4UYEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5LJ2A 3MB3A 4UYFA 4Z6IA 4KV4A 5FE9A 4C66A 5CUEA 5ETDA 5JI8A 5KO4A 5H85A 4O70A 4CUTA 4NRBA 4NR5A 5CQ8A 5DBMA 5FG6A 4OUFA 3LQIA 2R0SA 4XY8A 5F61A 5F3AA 5ENEA 5CGPA 4PKLA 3HMEA 5CUDA 4QSRA 5L96A 4TTEA 4TS8A 5E3DA 3D7CA 5EISA 4YYDA 5E9KA 5A81A 5E7DA 5FBXA 5AMFA 3Q2FA 5FB0A 5H1VA 5CQ7A 5F1HA 4CLBA 5BT4A 4UIVA 2OUOA 4NR4A 4HBYA 3MULA 5E9MA 5I86A 4YABA 2I8NA 5I89A 5EQ1A 5CRZA 2N9GA 4YYIA 4UYHA 5ENHA 5A85A 5D3RA 3MQMA 4MEPA 4QUTA 5FE6A 3DAIA 5A5QA 4O72A 5E9LA 5CUAA 4O71A 3JVLA 5CS8A 5COIA 5IGMA 4KCXA 1EQFA 2EJNA 5LJ1A 2YW5A 5F2PA 2L5EA 4Z1SA 5C87A 5D3HA 5IIDA 5CQ5A 3DWYA 4MEQA 3NXBA 3S91A 4QYLA 4YK0A 4IORA 4QSWA 5DKHA 5EI4A 4Y03A 2R0YA 5EWCA 5CQAA 4AKGA 5BT3A 5DW1A 4CURA 4UIWA 5EV9A 3QZSA 5L97A 1WUMA 5D7XA 4TU4A 5KTUA 4E96A 3IU6A 2F6NA 5DY7A 5D3TA 5FE2A 5A82A 5LVRA 5HQ6A 4QSUA 4QSVA 2YEKA 4HXPA 3UV4A 3Q2EA 1F68A 2RFJA 4YBSA 5DYXA 4AKIA 5EP7A 4QUUA 4QEWA 5E73A 4O76A 5I7XA 5C8GA 3ERRA 1ZKRA 5EPBA 4HBVA 3U5JA 4PCIA 4YATA 5EK9A 4YC9A 2GRCA 4N4GA 5CU8A 2DATA 4XY9A 2E7OA 5EPRA 5H1UA 2RS9B 5HM0A 5FH6A 5CQ3A 5FE0A 5D3LA 5E3GA 5FE3A 2E3KA 5HEMA 4YBMA 4O7EA 4BHWA 5AD3A 5I40A 4A9HA 4QR4A 5H1TA 5HRVA 4LDFA 4N4HA 4YH3A 4N4IA 4CUSA 5IG6A 1ZS5A 5IGKA 5A5OA 1JM4B 5KHMA 2E7NA 4NR9A 5L8UA 4MR3A 5D3PA 5I88A 4UIXA 4QSTA 5KU3A 3P1DA 4CUPA 3U5LA 4O75A 1N72A 4IOOA 4QSSA 5CRMA 3MUKA 4IOQA 5F36A 3UVDA 3G0JA 2FSAA 4QEUA 4MR5A 4N3WA 4LYSA 4TQNA 4NUCA 3O34A 4LRGA 3U5OA 4YYGA 5LKUA 5ACYA 4ZW1A 5ENIA 5KTWA 4Q0OA 2YELA 4MENA 4BW4A 3UV2A 4A9JA 5CQ4A 4IR6A 4QSXA 4UIUA 5II2A 4A9EA 5A5RA 5ENGA 5HFQA 3MB4A 1E6IA 4HXNA 3D1BA 4CFLA 3VKHA 5DFDA 5JWMA 5EVAA 3UVWA 4OGIA 2I7KA 5A5PA 5F25A 4RVRA 5L99A 5HCLA 5C7NA 2NXBA 4IR4A 5EWVA 4A9MA 5A7CA 3I3JA 3VKGA 3JVKA 4O7AA 5E0RA 5D26A 4HXRA 3P1EA 5FFYA 4TU6A 5IGNA 5ENBA 5HENA 2WP1A 4DONA 5EPSA 3LJWA 5D3NA 4NYXA 4CFKA 5EGUA 5FH7A 4LZSA 5DYUA 3U5MA 2D9EA 4QSPA 5CTLA 4O77A 5HELA 3IU5A 5FE8A 5HQ5A 4PTBA 3MXFA 4XUAA 4YYNA 4QR5A 4IR5A 2RNYA 4MR4A 5TB6A 4ALGA 5DLXA 4LYIA 2H60A 5EM3A 4YH4A 4O74A 4A9LA 3UVXA 1PUOA 3JVMA 4LR6A 4UITA 3LQHA 4C67A 4MEOA 5J0DA 5FFWA 5DX4A 5I1QA 2R0VA 5FE4A 5FE7A 3SVHA 2MJVB 5TCMA 5I29A 2DKWA 2YQDA 5LVQA 5G4RA 3SVFA 4IR3A 3AQAA 5I80A 3LXJA 5C89A 4QC1A 4YBTA 4YAXA 5LKTA 2RNXA 4AKHA 4TZ8A 4LZ2A 5DYAA 5CY9A 5A5NA 4ALHA 4TT4A 5FE5A 5BT5A 1WUGA 1JSPB 4NYWA 4QB3A 4O7CA 4J0RA 4WIVA 3TLPA 4A9IA 4YYJA 4Z93A 3UV5A 4X2IA 5F1LA 5FB1A 3SVGA 2OO1A 4PCEA 5CP5A 5DKDA 4Z1QA 5D0CA 3UW9A 4BW3A 3P1FA 3QZTA 3K2JA 4QEVA 4YY4A 4WHWA 5F62A 3U5NA 5DLZA 4LC2A 5FG5A 5G4SA 5CQ6A 3JVJA 4NRCA 2YDWA 5CFWA 5EICA 4OGJA 4TT2A 3HMHA 5E9VA 4QYDA 4ZC9A 2D82A 5A5SA 4O7FA 4UIYA 2WP2A 5FE1A 4YYMA 3O33A 3O35A 4XUBA 4NR7A 3P5OA 4GPJA 4QC3A 3FKMX 2KTBB 3D1DA 2RO1A 4UYGA 3G0LA 3AADA 2YYNA 5FFVA 4PS5A 2R10A 4HXSA 5D25A 5CQTA 5DKCA 5E9IA 4UIZA 4A9FA 3ZYUA 5HFRA 3U5KA 5FDZA 5L8TA 4TT6A 5F5ZA 3HMFA 4Q0NA 4A9KA 2DVRA 4HXKA 5ENFA 5C85A 4PY6A 5D24A 3U5PA 3QZVA 5DFCA 5KTXA 5CUCA 2RNWA 5CZGA 4NUEA 2YEMA 4KV1A 5ENJA 5EWDA 2LSPB 4NXJA 5IBNA 5ENCA 5II1A 4QY4A 2L84A 5D3SA 4J3IA 5HQ7A 5DFBA 4LYWA 5L98A 4AKNA 4LZRA 4CUUA 4ZQLA 5F60A 4BJXA 3GG3A 5LKZA 5LUUA 3P1CA 4HXLA 4QBMA 5C4QA 2L85A 5HRXA 3LQJA 4UYDA 4Z6HA 4J0SA 3O37A 4HXMA 5E9YA 4HBWA 2DVVA 4QZSA 4YYHA 4QR3A 5I7YA 4NRAA 2F6JA 4A9OA 4UYFB 4NS5A 4QSQA 5AMEA 4MR6A 5HJCA 4CUQA 5FH8A 3ONIA 2OSSA 1X0JA 4NUDA 5HLSA 4O7BA 4YADA 5ETBA 4F3IA 4AI6A 4HBXA 4O78A 5HRWA 4CL9A 3UVYA 4A9NA 2RI7A 5CUGA 4NR6A 4YYKA 4BW1A 3O36A 5FG4A 5EA1A 3S92A 4BW2A 5AD2A 4N4FA 4WHUA 2DVQA 4NYVA 3RCWA 4FLPA 4HXOA 5F63A 5LJ0A 2DWWA 5EWWA 2DVSA 5E74A 2G4AA 4NR8A 5CUBA 5D3JA 5DW2A 4YY6A 4J1PA 4NQMA 5CPEA 5EWHA 5IGLA 4TYLA 5A83A 4TZ2A 4XYAA 4QNSA 5LKXA 5K29A 4NQNA 5EU1A 5I83A 5DYCA 4UYEA
chains in the Genus database with same CATH topology
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