4NQMA

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with a triazolo-phthalazine ligand
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title Crystal Structure of the first bromodomain of human BRD4 in complex with a triazolo-phthalazine ligand
rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Transcription/inhibitor
total genus 44
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-11-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4nqmA01
5FE9A 3SVHA 5TCMA 5AMEA 4BHWA 4A9HA 5E9VA 5CPEA 5IGNA 3JVJA 5EWWA 5ENFA 5LJ1A 4UITA 5ENJA 4AKNA 5C4QA 1X0JA 3P1FA 5A5OA 4LYWA 4QR5A 4A9LA 2LSPB 5DYAA 4NRAA 3DWYA 5D3SA 5D24A 5DKDA 5EISA 4YAXA 4NQNA 2YYNA 5ETBA 5CFWA 5CTLA 5FDZA 2D82A 2RI7A 5FE0A 5E9IA 1ZS5A 4LYIA 4QYLA 4UIZA 3HMEA 4UYHA 4IR5A 4NQMA 5ENCA 2YW5A 3O34A 5FE5A 3D7CA 2RNYA 5CUEA 5HJCA 2YELA 4O70A 4WHWA 5ENBA 1EQFA 4Z1SA 4TT6A 5HQ7A 4QNSA 3ONIA 3JVKA 5DLZA 4NS5A 5FG4A 5J0DA 4PKLA 3UVWA 4MR3A 2MJVB 4QR3A 5EA1A 4O78A 5EGUA 4YYHA 5F62A 5EWDA 2OUOA 3P5OA 5CZGA 4OGJA 4QC3A 5DKCA 2L5EA 1WUMA 5E73A 3UV2A 4NYWA 2R0YA 4HXMA 4CLBA 5HM0A 5E9KA 3U5LA 3O35A 5F1HA 3U5JA 1N72A 4QSPA 2E7NA 5F5ZA 2R0SA 5CUAA 5CRZA 2YEMA 2DWWA 5ENIA 3FKMX 3UVXA 5A83A 5CUDA 5CQ4A 5FH7A 4O71A 5IGMA 5JWMA 5CY9A 5A81A 4HBYA 3MXFA 1E6IA 5E74A 5CQ7A 4Z6HA 4IOOA 4F3IA 4NR7A 4O7AA 3Q2FA 5A5SA 4IORA 5E7DA 3O33A 4QSVA 2GRCA 5I29A 5HLSA 4IR4A 5F2PA 4NXJA 3P1DA 4YYGA 5BT3A 5DW2A 4A9MA 3QZSA 4NR4A 4UIWA 5FFVA 1WUGA 4QEVA 4NUEA 5HQ5A 2G4AA 5EM3A 3LXJA 5CQ5A 5ACYA 4FLPA 2I7KA 5E9YA 5EICA 3QZTA 1F68A 4C67A 4YH4A 5BT4A 4OGIA 5D3HA 4Z93A 4IR6A 5IG6A 5C8GA 4O7CA 3S91A 4A9OA 2NXBA 3MULA 3P1EA 4LZSA 5FB1A 5IGKA 5FH6A 4XY8A 4LDFA 4LZ2A 5ETDA 5I80A 2DVSA 2YDWA 5D26A 4A9FA 4CUPA 5CUGA 4YYIA 4LC2A 4HXSA 2E3KA 4MEPA 5DX4A 4KCXA 4PCIA 4NYXA 4NUCA 5F1LA 4QSWA 5KTXA 3UV4A 4CFKA 1JM4B 3LQJA 2YQDA 4YBSA 3LQIA 4TT4A 5LKTA 4PY6A 5EQ1A 4XUAA 2H60A 4NRCA 4MR5A 5L8UA 3JVLA 5I83A 3G0LA 5A82A 2E7OA 5BT5A 2DVVA 5DYCA 3U5NA 4Z6IA 4CUSA 4J3IA 3O36A 2D9EA 3HMFA 5EU1A 4TU6A 4PS5A 4QUUA 5DFBA 4XYAA 5A5QA 5EV9A 5G4RA 5HRVA 4QEUA 3LJWA 5EWVA 4O7BA 5I40A 4HXOA 5F25A 4C66A 5CQ6A 4NRBA 4YYDA 4YC9A 5CQ8A 4CFLA 5HQ6A 4YABA 5H1UA 5CS8A 4YADA 4UYFB 5L96A 5F36A 4ZQLA 4MEQA 5CRMA 5F63A 3IU5A 4QYDA 5EK9A 3SVGA 4NYVA 2FSAA 5KHMA 2R10A 4MR6A 4Y03A 5EWHA 5DFCA 4QB3A 3UVYA 4UYGA 2OO1A 5C7NA 2WP1A 5KTWA 4QUTA 5CQTA 5EP7A 4HXRA 2KTBB 5DFDA 4N4FA 5IIDA 4HBXA 5F61A 5FE4A 5DLXA 5E9MA 2I8NA 3RCWA 3NXBA 5ENGA 3S92A 5D3PA 4CURA 5FE3A 4LRGA 4MENA 4XY9A 3MUKA 5F60A 4CUUA 5I88A 1JSPB 5HRXA 5D3TA 2L85A 5LKUA 5JI8A 5LJ0A 3U5OA 5DKHA 4O75A 2DATA 4MEOA 4ALHA 4ALGA 4YY6A 4O72A 4NR8A 5LKXA 3SVFA 4QY4A 4RVRA 3DAIA 4IR3A 4YY4A 4DONA 4QSXA 4YATA 5HRWA 5LKZA 5I86A 4GPJA 5LJ2A 4QZSA 4YBTA 5L97A 5IBNA 5HEMA 5DBMA 4A9KA 4IOQA 2RFJA 5L8TA 3AADA 5I89A 2RNWA 4HBWA 4TQNA 5HFQA 5K29A 5LUUA 4QSTA 4TZ8A 4UIVA 3JVMA 3MB4A 4QBMA 5KU3A 5I7YA 4HBVA 4CUQA 5L98A 4QSRA 4LR6A 4NR6A 5DW1A 5DYUA 4A9IA 5D3LA 4O77A 3QZVA 5LVRA 3Q2EA 5E0RA 5HENA 5I1QA 5COIA 5A5NA 4ZC9A 5A5RA 5LVQA 5KO4A 5E3GA 4J0SA 4QSSA 2DVRA 5FH8A 5CQ3A 5CUCA 4XUBA 2RS9B 2OSSA 2F6NA 4CL9A 5TB6A 2L84A 5E3DA 5EI4A 5ENEA 5H1TA 5IGLA 4O76A 2WP2A 5C85A 2N9GA 5FFWA 4BJXA 4TS8A 5AMFA 3UVDA 4QEWA 4TZ2A 4N4GA 5EPSA 3K2JA 4YH3A 5D7XA 4O7FA 5DYXA 4Q0NA 4A9JA 5HCLA 4X2IA 5D25A 4KV4A 5EVAA 5H1VA 4QSQA 4ZW1A 4TT2A 4N4HA 4QC1A 3TLPA 4UIXA 5FE1A 4NUDA 3IU6A 4O74A 4J1PA 4QR4A 4KV1A 4A9EA 3U5KA 3ZYUA 4O7EA 5A5PA 5E9LA 3U5PA 5I7XA 5FE8A 5FG6A 5HFRA 5CQAA 4UYEA 3HMHA 5CGPA 3U5MA 5A7CA 4WIVA 4A9NA 2DVQA 4TTEA 4HXKA 5F3AA 4OUFA 4UYDA 5DY7A 4YYJA 4PTBA 4YYNA 3I3JA 4HXPA 5D3JA 2RNXA 3UW9A 4UIUA 4UIYA 5EPRA 2F6JA 5FBXA 4N3WA 5G4SA 5D3NA 4HXLA 4LYSA 4Z1QA 3AQAA 4TU4A 5KTUA 5D3RA 4E96A 4YBMA 5FG5A 3GG3A 4TYLA 4YYKA 2DKWA 5CP5A 3G0JA 5FFYA 4UYFA 5AD3A 5L99A 3UV5A 4PCEA 5C87A 4QSUA 4MR4A 5FE2A 5CU8A 5II1A 3LQHA 5II2A 5FE6A 2RO1A 5EPBA 5FE7A 2YEKA 4BW1A 4NR9A 4HXNA 5H85A 5C89A 4YK0A 4NR5A 4Q0OA 3P1CA 2R0VA 3O37A 4BW3A 4WHUA 4N4IA 5EWCA 4YYMA 5HELA 4LZRA 4BW2A 5CUBA 3MQMA 4CUTA 3MB3A 5D0CA 5AD2A 5FB0A 4J0RA 5ENHA 4BW4A 5A85A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5FE9A 3SVHA 5TCMA 5AMEA 4BHWA 4A9HA 5E9VA 5CPEA 5IGNA 3JVJA 5EWWA 5ENFA 5LJ1A 4UITA 5ENJA 4AKNA 5C4QA 1X0JA 3P1FA 5A5OA 4LYWA 4QR5A 4A9LA 2LSPB 5DYAA 4NRAA 3DWYA 5D3SA 5D24A 5DKDA 5EISA 4YAXA 4NQNA 2YYNA 5ETBA 5CFWA 5CTLA 5FDZA 2D82A 2RI7A 5FE0A 5E9IA 1ZS5A 4LYIA 4QYLA 4UIZA 3HMEA 4UYHA 4IR5A 4NQMA 5ENCA 2YW5A 3O34A 5FE5A 3D7CA 1PUOA 2RNYA 5CUEA 5HJCA 2YELA 4O70A 4WHWA 5ENBA 1EQFA 4Z1SA 4TT6A 4AKGA 5HQ7A 4QNSA 3ONIA 3JVKA 5DLZA 4NS5A 5FG4A 5J0DA 4PKLA 3UVWA 4MR3A 2MJVB 4QR3A 5EA1A 4O78A 5EGUA 4YYHA 5F62A 5EWDA 2OUOA 3P5OA 5CZGA 4OGJA 4QC3A 5DKCA 2L5EA 1WUMA 5E73A 3UV2A 4NYWA 2R0YA 4HXMA 4CLBA 5HM0A 5E9KA 3U5LA 3O35A 5F1HA 3U5JA 1N72A 4QSPA 2EJNA 2E7NA 5F5ZA 2R0SA 5CUAA 5CRZA 2YEMA 2DWWA 5ENIA 3FKMX 3UVXA 5A83A 5CUDA 5CQ4A 5FH7A 4O71A 5IGMA 5JWMA 5CY9A 5A81A 4HBYA 3MXFA 1E6IA 5E74A 5CQ7A 4Z6HA 4IOOA 4F3IA 4NR7A 4O7AA 3Q2FA 5A5SA 4IORA 5E7DA 3O33A 4QSVA 2GRCA 5I29A 5HLSA 4IR4A 5F2PA 4NXJA 3P1DA 4YYGA 5BT3A 5DW2A 4A9MA 3QZSA 4NR4A 4UIWA 5FFVA 1WUGA 4QEVA 4NUEA 5HQ5A 2G4AA 5EM3A 3LXJA 5CQ5A 5ACYA 4FLPA 2I7KA 5E9YA 5EICA 3QZTA 1F68A 4C67A 4YH4A 5BT4A 4OGIA 5D3HA 4Z93A 4IR6A 5IG6A 5C8GA 4O7CA 4AKHA 3S91A 4A9OA 2NXBA 3MULA 3P1EA 4LZSA 5FB1A 5IGKA 5FH6A 4XY8A 4LDFA 4LZ2A 5ETDA 5I80A 2DVSA 2YDWA 5D26A 4A9FA 4CUPA 5CUGA 4YYIA 4LC2A 4HXSA 2E3KA 4MEPA 5DX4A 4KCXA 4PCIA 4NYXA 4NUCA 5F1LA 4QSWA 5KTXA 3UV4A 4CFKA 1JM4B 3LQJA 2YQDA 4YBSA 3LQIA 4TT4A 5LKTA 4PY6A 5EQ1A 4XUAA 2H60A 4NRCA 4MR5A 5L8UA 3JVLA 5I83A 3G0LA 5A82A 2E7OA 5BT5A 2DVVA 5DYCA 3U5NA 4Z6IA 4CUSA 4J3IA 3O36A 2D9EA 3HMFA 5EU1A 4TU6A 4PS5A 4QUUA 5DFBA 4XYAA 5A5QA 5EV9A 5G4RA 5HRVA 4QEUA 3LJWA 5EWVA 3VKHA 4O7BA 5I40A 4HXOA 5F25A 4C66A 5CQ6A 4NRBA 4YYDA 4YC9A 5CQ8A 4CFLA 5HQ6A 4YABA 5H1UA 5CS8A 4YADA 4UYFB 5L96A 5F36A 4ZQLA 4MEQA 5CRMA 5F63A 3IU5A 4QYDA 5EK9A 3SVGA 4NYVA 2FSAA 5KHMA 2R10A 4MR6A 4Y03A 5EWHA 5DFCA 4QB3A 3UVYA 4UYGA 2OO1A 5C7NA 3ERRA 2WP1A 5KTWA 4QUTA 5CQTA 5EP7A 4HXRA 2KTBB 5DFDA 4N4FA 5IIDA 4HBXA 5F61A 5FE4A 5DLXA 5E9MA 2I8NA 3RCWA 3NXBA 5ENGA 3S92A 5D3PA 4CURA 5FE3A 4LRGA 4MENA 4XY9A 3MUKA 5F60A 4CUUA 5I88A 1JSPB 5HRXA 5D3TA 2L85A 5LKUA 5JI8A 5LJ0A 3U5OA 5DKHA 4O75A 2DATA 4MEOA 4ALHA 4ALGA 4YY6A 4O72A 4NR8A 5LKXA 3SVFA 4QY4A 4RVRA 3DAIA 4IR3A 4YY4A 3D1DA 4DONA 4QSXA 4YATA 5HRWA 5LKZA 5I86A 4GPJA 5LJ2A 4QZSA 4YBTA 5L97A 5IBNA 5HEMA 5DBMA 4A9KA 4IOQA 2RFJA 5L8TA 3AADA 5I89A 2RNWA 4HBWA 4TQNA 5HFQA 5K29A 5LUUA 4QSTA 4TZ8A 4UIVA 3JVMA 3MB4A 4QBMA 5KU3A 5I7YA 4HBVA 4CUQA 3D1BA 5L98A 4QSRA 4LR6A 4NR6A 5DW1A 5DYUA 4A9IA 5D3LA 4O77A 3QZVA 5LVRA 3Q2EA 5E0RA 5HENA 5I1QA 5COIA 5A5NA 4ZC9A 5A5RA 5LVQA 5KO4A 5E3GA 4J0SA 4QSSA 2DVRA 5FH8A 5CQ3A 5CUCA 4XUBA 2RS9B 2OSSA 2F6NA 4CL9A 5TB6A 2L84A 5E3DA 5EI4A 5ENEA 5H1TA 5IGLA 4O76A 2WP2A 5C85A 2N9GA 5FFWA 4BJXA 4TS8A 5AMFA 3UVDA 1ZKRA 4QEWA 4TZ2A 4N4GA 5EPSA 3K2JA 4YH3A 5D7XA 4O7FA 5DYXA 4Q0NA 4A9JA 5HCLA 4X2IA 5D25A 4KV4A 5EVAA 5H1VA 4QSQA 4AKIA 4ZW1A 4TT2A 4N4HA 4QC1A 3TLPA 4UIXA 5FE1A 4NUDA 3IU6A 4O74A 4J1PA 4QR4A 4KV1A 4A9EA 3U5KA 3ZYUA 4O7EA 5A5PA 5E9LA 3U5PA 5I7XA 5FE8A 5FG6A 5HFRA 5CQAA 4UYEA 3HMHA 5CGPA 3U5MA 5A7CA 4WIVA 4A9NA 2DVQA 4TTEA 4HXKA 5F3AA 4AI6A 4OUFA 4UYDA 5DY7A 4YYJA 4PTBA 4YYNA 3I3JA 4HXPA 5D3JA 2RNXA 3UW9A 4UIUA 4UIYA 5EPRA 2F6JA 5FBXA 4N3WA 5G4SA 5D3NA 4HXLA 4LYSA 4Z1QA 3AQAA 4TU4A 5KTUA 5D3RA 4E96A 4YBMA 5FG5A 3GG3A 4TYLA 4YYKA 2DKWA 5CP5A 3G0JA 5FFYA 4UYFA 5AD3A 5L99A 3UV5A 4PCEA 5C87A 4QSUA 4MR4A 5FE2A 5CU8A 5II1A 3LQHA 5II2A 5FE6A 2RO1A 5EPBA 5FE7A 2YEKA 4BW1A 4NR9A 4HXNA 5H85A 5C89A 4YK0A 4NR5A 4Q0OA 3P1CA 2R0VA 3O37A 4BW3A 4WHUA 4N4IA 5EWCA 4YYMA 5HELA 4LZRA 4BW2A 5CUBA 3MQMA 4CUTA 3MB3A 5D0CA 5AD2A 5FB0A 4J0RA 5ENHA 4BW4A 5A85A 3VKGA
chains in the Genus database with same CATH topology
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