5CPEA

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with benzo[cd]indol-2(1h)-one ligand
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
HLVPRGSNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Discovery of Benzo[cd]indol-2(1H)-ones as Potent and Specific BET Bromodomain Inhibitors: Structure-Based Virtual Screening, Optimization, and Biological Evaluation
pubmed doi rcsb
molecule tags Signaling protein/inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
total genus 43
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-07-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5cpeA01
3O37A 5DFCA 4A9MA 4CL9A 5A82A 4NRBA 4GPJA 5CRMA 2KTBB 5I7XA 4YC9A 3MUKA 5CP5A 5EVAA 5HENA 4TYLA 5DKCA 2H60A 4IR4A 5KO4A 3P1CA 4Z93A 5FE0A 3RCWA 5EWVA 5I80A 4QEWA 5FE3A 2L85A 1X0JA 4QC1A 2OSSA 5D3NA 4A9KA 4QC3A 2YEMA 4PS5A 5F36A 5I83A 3D7CA 4TT2A 4UIWA 4UYFB 2DVSA 5IIDA 2LSPB 2RFJA 3MB4A 4YYMA 4TU6A 5BT4A 4XUAA 4UYHA 5E9YA 4QEVA 2RI7A 4QSXA 5ENCA 4YYKA 4RVRA 5EPSA 4A9LA 2RS9B 4A9JA 3IU6A 3O36A 4CUSA 4N4GA 5EA1A 3U5MA 4BW4A 3Q2FA 5FE4A 4Q0OA 4YYJA 3U5OA 5LKTA 5DLZA 5F61A 3LQJA 3K2JA 5F1LA 2YW5A 4UYFA 4BJXA 5L96A 4A9NA 4BW1A 5F5ZA 3UVYA 2N9GA 5CY9A 5FE1A 4J0SA 4HBXA 4UYEA 4PCEA 3QZTA 4PKLA 4FLPA 5A5PA 2YELA 4LZ2A 4QUTA 5HELA 5E9KA 4Y03A 4ZC9A 4BW2A 3HMFA 5ENFA 4IOOA 5DW2A 4QYLA 4E96A 4PCIA 3JVMA 5F62A 3QZSA 4ZW1A 2F6JA 4J3IA 5HJCA 5ENIA 5HFQA 2RNWA 2WP2A 4OUFA 5HQ5A 5A5RA 3G0LA 5F60A 4O7CA 5CUCA 3I3JA 4TS8A 4LYIA 5HRWA 4QY4A 1E6IA 5FH7A 3Q2EA 4CLBA 5EISA 4YYDA 5CTLA 5EWWA 5H1UA 4TZ2A 3O35A 5F2PA 5F3AA 5ACYA 5E0RA 5DX4A 4O75A 5E73A 4HXMA 5EQ1A 4NYWA 5CUBA 2R0VA 4PTBA 5DKHA 5CQ7A 4Z6HA 3JVLA 3HMHA 5D24A 5DY7A 3IU5A 5I89A 5J0DA 4YK0A 3QZVA 5EV9A 4HXOA 3DWYA 3GG3A 4NUDA 2MJVB 5I88A 4MR3A 4N4FA 3S92A 3LQIA 4QB3A 5C7NA 5COIA 5F63A 4UIYA 5I29A 4O7EA 4QR5A 3U5JA 4NR9A 4X2IA 5D3HA 5CQAA 3SVFA 5D26A 4O76A 2OO1A 4QSSA 5EPBA 5HM0A 4QEUA 4QSQA 4XY8A 4A9HA 2E7OA 5KTUA 5L99A 5LJ2A 4C66A 5CQ8A 5E9MA 2DATA 3LQHA 2YEKA 5IGMA 5ENEA 4YBTA 3ONIA 4LR6A 3P1FA 4O74A 5CFWA 3DAIA 4ALHA 5CQTA 5CQ4A 3S91A 4O77A 4J0RA 3P5OA 5EWDA 5FB0A 2YYNA 5KTXA 4KV4A 5ETBA 3UV2A 4O7FA 5L8UA 3P1DA 4O7BA 2DVVA 1ZS5A 5D3SA 5CS8A 5AMEA 5A5QA 4WIVA 2R10A 4NUEA 1F68A 5I40A 4IOQA 3JVKA 2E7NA 5DYCA 5BT3A 4MEPA 5A85A 5FE2A 4UIVA 4HXRA 4XUBA 2R0SA 5E74A 5ENGA 5H1TA 5FG5A 5JWMA 4NYXA 4YADA 4YBMA 4LC2A 5D0CA 2FSAA 5D3PA 5E7DA 5I7YA 5EGUA 2D9EA 3AADA 4OGJA 3ZYUA 5A7CA 2F6NA 5LKUA 4Q0NA 4QSRA 5HQ6A 4UYDA 4CFKA 5AD3A 5A5OA 5LKZA 5CPEA 3MQMA 3NXBA 4HXKA 5EWCA 5LJ1A 4UIUA 5FH8A 2DVRA 4HBWA 5DFDA 4QSUA 4IR5A 4HXLA 4YBSA 5KHMA 4NR7A 5C8GA 3LJWA 5LUUA 5CUAA 5DLXA 4LZSA 4NR4A 2OUOA 4O72A 2DKWA 4YYNA 4O70A 4MR5A 5H85A 3SVHA 2RO1A 4WHWA 3O33A 5TB6A 2L5EA 4NUCA 4CUQA 2L84A 5FFYA 4NR8A 2YQDA 4A9OA 4YY4A 5E3GA 5DYUA 5IG6A 3UW9A 2I7KA 5C87A 4QSPA 4CUPA 3MULA 4C67A 5D25A 5TCMA 4HXNA 2R0YA 5EICA 3LXJA 5FBXA 5F1HA 4LYWA 4YH4A 4O78A 5E3DA 5A81A 5FFWA 4NR6A 4QBMA 5HLSA 3SVGA 4NQMA 4O7AA 5L98A 4UITA 4XY9A 5EPRA 4TT4A 4LYSA 4NRAA 4NXJA 4QR3A 4Z1QA 5FG6A 4MEQA 5LVRA 5D3TA 5C4QA 1JSPB 4CUTA 5HCLA 5CUDA 4ALGA 5I86A 5D3LA 5A5NA 3UV5A 5FFVA 5KTWA 5FDZA 2YDWA 4IORA 1WUMA 5KU3A 5HRVA 3TLPA 3UVWA 4BHWA 5HRXA 5AMFA 5AD2A 4YAXA 4OGIA 3UVXA 5FG4A 4BW3A 4TTEA 4TQNA 5DYXA 5K29A 4KCXA 5HFRA 4N3WA 5A83A 4HBYA 4N4HA 5FE6A 4A9FA 4YH3A 1WUGA 5ENHA 5LJ0A 3UVDA 4NR5A 4NQNA 5A5SA 1EQFA 1JM4B 4DONA 5DW1A 5JI8A 3AQAA 4IR6A 2NXBA 4MR6A 4CFLA 4HXSA 5HEMA 2RNYA 3JVJA 3MB3A 4N4IA 5FB1A 4TT6A 5CQ5A 5HQ7A 5CQ6A 2E3KA 4AKNA 4F3IA 4NYVA 5FE9A 5G4RA 3UV4A 4PY6A 5ETDA 5FH6A 4CURA 4IR3A 3HMEA 4YYGA 5ENBA 5EWHA 5D3JA 5II2A 5II1A 5CZGA 4QYDA 4QUUA 5E9IA 5FE7A 4QSVA 5D7XA 4UIZA 3U5NA 5EK9A 4WHUA 4YABA 5CGPA 4QZSA 5CQ3A 4KV1A 4A9IA 4Z1SA 5IGKA 4UYGA 5D3RA 5C85A 4XYAA 5DBMA 5IBNA 1N72A 4LRGA 4TU4A 4NRCA 5I1QA 3P1EA 2I8NA 5DKDA 3G0JA 5EU1A 5IGLA 4LDFA 3U5LA 4CUUA 4NS5A 5C89A 4QR4A 4MENA 2D82A 2RNXA 4HBVA 5DFBA 5ENJA 2WP1A 5EI4A 4UIXA 2DWWA 3MXFA 5LKXA 4QSWA 3U5KA 4YYHA 4ZQLA 5IGNA 5CUEA 5BT5A 4YATA 5L97A 4Z6IA 5EP7A 5G4SA 4LZRA 3FKMX 5CRZA 4YYIA 5CU8A 4MR4A 4TZ8A 3O34A 5E9VA 5LVQA 5F25A 4A9EA 4O71A 4MEOA 5DYAA 5EM3A 5FE5A 2DVQA 4YY6A 2G4AA 5FE8A 4QSTA 4J1PA 5E9LA 4QNSA 3U5PA 5CUGA 5L8TA 2GRCA 5H1VA 4HXPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3O37A 5DFCA 4A9MA 4CL9A 5A82A 4NRBA 4GPJA 5CRMA 2KTBB 5I7XA 4YC9A 3MUKA 5CP5A 5EVAA 5HENA 4TYLA 5DKCA 2H60A 4IR4A 5KO4A 3P1CA 4Z93A 5FE0A 3RCWA 5EWVA 5I80A 4QEWA 5FE3A 2L85A 1X0JA 4QC1A 2OSSA 5D3NA 4A9KA 4QC3A 2YEMA 4AI6A 4PS5A 5F36A 5I83A 3D7CA 4TT2A 4UIWA 4UYFB 2DVSA 5IIDA 2LSPB 2RFJA 3MB4A 4YYMA 4TU6A 5BT4A 4XUAA 4UYHA 5E9YA 4QEVA 1ZKRA 2RI7A 4QSXA 5ENCA 4YYKA 4RVRA 5EPSA 4A9LA 2RS9B 4A9JA 3IU6A 3O36A 4CUSA 4N4GA 5EA1A 3U5MA 4BW4A 3Q2FA 5FE4A 4Q0OA 4YYJA 3U5OA 5LKTA 5DLZA 5F61A 3LQJA 3K2JA 5F1LA 2YW5A 4UYFA 4BJXA 5L96A 4A9NA 4BW1A 5F5ZA 3UVYA 2N9GA 5CY9A 5FE1A 4J0SA 4HBXA 4UYEA 4PCEA 3QZTA 4PKLA 4FLPA 5A5PA 2YELA 4LZ2A 3D1BA 4QUTA 1PUOA 5HELA 5E9KA 4Y03A 4ZC9A 4BW2A 3HMFA 5ENFA 4IOOA 5DW2A 4QYLA 4AKIA 4E96A 4PCIA 3JVMA 5F62A 3QZSA 4ZW1A 2F6JA 4J3IA 5HJCA 5ENIA 5HFQA 2RNWA 2WP2A 4OUFA 5HQ5A 5A5RA 3G0LA 5F60A 4O7CA 5CUCA 3I3JA 4TS8A 4LYIA 5HRWA 4QY4A 1E6IA 5FH7A 3Q2EA 4CLBA 5EISA 4YYDA 5CTLA 5EWWA 5H1UA 4TZ2A 3O35A 5F2PA 5F3AA 5ACYA 5E0RA 5DX4A 4O75A 5E73A 4HXMA 5EQ1A 4NYWA 5CUBA 3D1DA 2R0VA 4PTBA 5DKHA 5CQ7A 4Z6HA 3JVLA 3HMHA 5D24A 5DY7A 3IU5A 5I89A 5J0DA 4YK0A 3QZVA 5EV9A 4HXOA 3DWYA 3GG3A 4NUDA 2MJVB 5I88A 4MR3A 2EJNA 4N4FA 3S92A 3LQIA 4QB3A 5C7NA 5COIA 5F63A 4UIYA 5I29A 4O7EA 4QR5A 3U5JA 4NR9A 4X2IA 5D3HA 5CQAA 3SVFA 5D26A 4O76A 2OO1A 4QSSA 5EPBA 5HM0A 4QEUA 4QSQA 4XY8A 4A9HA 2E7OA 5KTUA 5L99A 5LJ2A 4C66A 5CQ8A 5E9MA 2DATA 3LQHA 2YEKA 5IGMA 5ENEA 4YBTA 3ONIA 4LR6A 3P1FA 4O74A 5CFWA 3DAIA 4ALHA 5CQTA 5CQ4A 3S91A 4O77A 4J0RA 3P5OA 5EWDA 5FB0A 2YYNA 5KTXA 4KV4A 5ETBA 3UV2A 4O7FA 5L8UA 3P1DA 4O7BA 4AKHA 2DVVA 1ZS5A 5D3SA 5CS8A 5AMEA 5A5QA 4WIVA 2R10A 4NUEA 1F68A 5I40A 4IOQA 3JVKA 2E7NA 5DYCA 5BT3A 4MEPA 5A85A 5FE2A 4UIVA 4HXRA 4XUBA 2R0SA 5E74A 5ENGA 5H1TA 5FG5A 5JWMA 4NYXA 4YADA 4YBMA 4LC2A 5D0CA 2FSAA 5D3PA 5E7DA 5I7YA 5EGUA 2D9EA 3AADA 4OGJA 3ZYUA 5A7CA 2F6NA 5LKUA 4Q0NA 4QSRA 5HQ6A 4UYDA 4CFKA 5AD3A 5A5OA 5LKZA 5CPEA 3MQMA 3NXBA 4HXKA 5EWCA 5LJ1A 4UIUA 5FH8A 2DVRA 4HBWA 5DFDA 4QSUA 4IR5A 4HXLA 4YBSA 5KHMA 4NR7A 5C8GA 3LJWA 5LUUA 5CUAA 5DLXA 4LZSA 4NR4A 2OUOA 4O72A 2DKWA 4YYNA 4O70A 3VKGA 4MR5A 5H85A 3SVHA 2RO1A 4WHWA 3O33A 5TB6A 4AKGA 2L5EA 4NUCA 4CUQA 2L84A 5FFYA 4NR8A 2YQDA 4A9OA 4YY4A 5E3GA 5DYUA 5IG6A 3UW9A 2I7KA 5C87A 4QSPA 4CUPA 3MULA 4C67A 5D25A 5TCMA 4HXNA 2R0YA 5EICA 3LXJA 5FBXA 5F1HA 4LYWA 4YH4A 4O78A 5E3DA 5A81A 5FFWA 4NR6A 4QBMA 5HLSA 3SVGA 4NQMA 4O7AA 5L98A 4UITA 4XY9A 5EPRA 4TT4A 4LYSA 4NRAA 4NXJA 4QR3A 4Z1QA 5FG6A 4MEQA 5LVRA 5D3TA 5C4QA 1JSPB 4CUTA 5HCLA 5CUDA 4ALGA 5I86A 5D3LA 5A5NA 3UV5A 5FFVA 5KTWA 3ERRA 5FDZA 2YDWA 4IORA 1WUMA 5KU3A 5HRVA 3TLPA 3UVWA 4BHWA 5HRXA 5AMFA 5AD2A 4YAXA 4OGIA 3UVXA 5FG4A 4BW3A 4TTEA 4TQNA 5DYXA 5K29A 4KCXA 5HFRA 4N3WA 5A83A 4HBYA 4N4HA 5FE6A 4A9FA 4YH3A 1WUGA 5ENHA 5LJ0A 3UVDA 4NR5A 4NQNA 5A5SA 1EQFA 1JM4B 4DONA 5DW1A 5JI8A 3AQAA 4IR6A 2NXBA 4MR6A 4CFLA 4HXSA 5HEMA 2RNYA 3JVJA 3MB3A 4N4IA 5FB1A 4TT6A 5CQ5A 5HQ7A 5CQ6A 2E3KA 4AKNA 4F3IA 4NYVA 5FE9A 5G4RA 3UV4A 4PY6A 5ETDA 5FH6A 4CURA 4IR3A 3HMEA 4YYGA 5ENBA 5EWHA 5D3JA 5II2A 5II1A 5CZGA 4QYDA 4QUUA 5E9IA 5FE7A 4QSVA 5D7XA 4UIZA 3U5NA 5EK9A 4WHUA 4YABA 5CGPA 4QZSA 5CQ3A 4KV1A 4A9IA 4Z1SA 5IGKA 4UYGA 5D3RA 5C85A 4XYAA 5DBMA 3VKHA 5IBNA 1N72A 4LRGA 4TU4A 4NRCA 5I1QA 3P1EA 2I8NA 5DKDA 3G0JA 5EU1A 5IGLA 4LDFA 3U5LA 4CUUA 4NS5A 5C89A 4QR4A 4MENA 2D82A 2RNXA 4HBVA 5DFBA 5ENJA 2WP1A 5EI4A 4UIXA 2DWWA 3MXFA 5LKXA 4QSWA 3U5KA 4YYHA 4ZQLA 5IGNA 5CUEA 5BT5A 4YATA 5L97A 4Z6IA 5EP7A 5G4SA 4LZRA 3FKMX 5CRZA 4YYIA 5CU8A 4MR4A 4TZ8A 3O34A 5E9VA 5LVQA 5F25A 4A9EA 4O71A 4MEOA 5DYAA 5EM3A 5FE5A 2DVQA 4YY6A 2G4AA 5FE8A 4QSTA 4J1PA 5E9LA 4QNSA 3U5PA 5CUGA 5L8TA 2GRCA 5H1VA 4HXPA
chains in the Genus database with same CATH topology
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