4N4GA

Crystal structure of the bromo-pwwp of the mouse zinc finger mynd-type containing 11 isoform alpha
Total Genus 63
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
63
sequence length
213
structure length
209
Chain Sequence
NKQEMGTYLRFIVSRMKERAIDGKDSKHPMYRRLVHSAVDVPTIQEKVNEGKYRSYEEFKADAQLLLHNTVIFYGADSEQADIARMLYKDTCHELDELQLCKNCFYLSNARPDNWFCYPCIPNHELVWAKMKGFGFWPAKVMQKEDNQVDVRFFGHHHQRAWIPSENIQDITVNVHRLHVKRSMGWKKACDELELHQRFLREGRFWKSK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title ZMYND11 links histone H3.3K36me3 to transcription elongation and tumour suppression
pubmed doi rcsb
molecule tags Transcription
source organism Mus musculus
molecule keywords Zinc finger MYND domain-containing protein 11
total genus 63
structure length 209
sequence length 213
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-10-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
A PF00855 PWWP PWWP domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4n4gA01
2.30.30.140 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 4n4gA02
4A9IA 5L96A 5D3LA 2K3XA 3UWNA 3OYDA 4TQNA 4FLPA 4O78A 5CQAA 5DKDA 4HXOA 2EQKA 5FE1A 3MEVA 5H1TA 4ZQLA 4Q0NA 1WGSA 2LDMA 5E9VA 4Y03A 5KTXA 4YATA 5DLZA 4CUUA 5I83A 4QUUA 5ENBA 2M0OA 4O75A 4LZRA 4BW1A 3ASKA 3UVWA 3Q1JA 3H8ZA 4NYWA 4UITA 4QZSA 5ETDA 4O77A 4QSTA 2GFAA 3OMCA 3LQJA 4KV4A 5I86A 5E74A 5LJ2A 2GRCA 5DYAA 3L2VA 4HXKA 4NRAA 4NRBA 4YABA 3LQIA 2CKKA 2L89A 3OYJA 5A5OA 3ONIA 3MP8A 5HENA 5E73A 4UC4A 4O74A 5E9LA 3FLGA 3DAIA 5HLSA 4Z02A 5A5PA 4NXJA 3U5MA 2R5MA 4YC9A 4QEUA 4PLIA 4BHWA 4KV1A 3P1DA 4HXPA 4NRCA 4YBTA 5C89A 2RI5A 5EM3A 3OYEA 4WHUA 3OB9A 4TZ8A 3EAEA 5IGMA 4O72A 5EWHA 3UW9A 5A5QA 1F68A 4YH3A 5TCMA 4C5EA 5F25A 5HRVA 4FU6A 3MULA 4QEWA 5FG4A 5A83A 5A81A 5BT5A 3S3MA 3P5OA 5COIA 5CQ7A 4QQGA 3QKJA 5KE3A 4YYJA 4QQDA 4YYGA 2WP2A 4LD6A 4OGIA 4A9FA 5I7XA 5L97A 5BT3A 2I7KA 5F5ZA 5DBMA 5D3JA 2D82A 4CLBA 1SSFA 2MWPA 5E9YA 3DB4A 4X34A 3ME9A 4IOQA 5CQTA 5LKUA 3OYMA 5F62A 4QC3A 5CIUA 4QR4A 4QSVA 5CGPA 5ENGA 3O8VA 2X4XA 2OSSA 4E7IA 2RO0A 3F70A 5HQ7A 5EV9A 4BDZA 4WIVA 4PS5A 5I88A 3P8HA 2X4WA 4CUSA 2JTFA 5E0RA 4J1PA 4A9KA 2L84A 4ZTFA 2YELA 4NQMA 4II1A 3UVXA 4BDYA 4LDFA 4XYAA 2PQWA 2M1HA 4YYKA 5FE6A 5EK9A 5DFBA 3CEYA 3L2RA 5FFYA 3FDRA 4YAXA 4QSWA 3SVFA 4RG2A 4YBSA 4E96A 4TS8A 3OYAA 3K2JA 5EISA 3Q2EA 5AD2A 3OYNA 5HJCA 3GG3A 5HEMA 1OI1A 5DYCA 2JZ2A 4E7KA 5ENCA 4QY4A 3UV4A 4HBXA 4UIYA 4HXMA 4O71A 2RFJA 2QQSA 4HBWA 5C8GA 4QC1A 5FE0A 5HFRA 5F61A 5KCHA 5FE5A 2F6JA 5EWVA 5I7YA 5LKXA 4BD3A 3UT1A 5LVRA 3LXJA 4J0RA 4RVRA 5DW2A 5HELA 4C5GA 4TTEA 1G5VA 2RHXA 3QIIA 4N4IA 4J0SA 5E9KA 3UVDA 5IIDA 1WJRA 4OVAA 3LGFA 4A9JA 5L99A 5E9MA 2L8DA 3OYFA 5DW1A 4NQNA 4A9EA 2R0VA 4LRGA 5IGNA 4IUUA 3OS2A 5G4RA 2I8NA 3O36A 5L8TA 3SVGA 5D6WA 5EVAA 4HBYA 4IR3A 3E9GA 4BACA 4Z1SA 5A5SA 1XNIA 2DIQA 2GFUA 4IUTA 4LC2A 4AKNA 4UYDA 5F1HA 2RNYA 2EKOA 5LKZA 3P8DA 4OGJA 2EFIA 4UYFB 4XY9A 2DVVA 5FH8A 3DB3A 4LYWA 4IR4A 5A85A 5ETBA 3G0LA 4L59A 4CUQA 5FRMA 2DVRA 3DLMA 5CQ8A 1ZS5A 4O7BA 4YK0A 3SD4A 2XK0A 5IG6A 2L85A 3L42A 2E7NA 2IG0A 3MQMA 4HCZA 4N3WA 5CUAA 1WJQA 4C5HA 5C4QA 4IKFA 4O7EA 4QR3A 3U5OA 4PCEA 5I40A 3META 4HXRA 4NYVA 3Q2FA 5A82A 5ENIA 4YADA 5ENEA 4LYSA 4PY6A 5F3AA 5L8UA 2E5QA 2VYTA 4CUTA 4E7LA 4GPJA 4UYGA 3MB3A 2FSAA 3U5JA 5JWMA 2F5KA 1X0JA 4PTBA 3QZVA 5FH6A 4Z6HA 2BUDA 5EPBA 5CQ3A 5AD3A 3PMTA 4A4GA 3RCWA 4O7CA 4NUCA 2R10A 5HFQA 5J26A 3OYIA 5EWCA 4UYFA 4O76A 5EGUA 3MO8A 4LZSA 4MEPA 2WP1A 3O33A 2NLUA 3MB4A 2R58A 5D6XA 2G3RA 3P1EA 5E3DA 5A5NA 4ZC9A 5EPSA 4IORA 5II2A 5HQ6A 4ALHA 2YQDA 1WJSA 4LZ2A 5EI4A 4CL9A 4QUTA 5DLXA 5ENHA 4BW3A 5ACYA 3LGLA 2E3KA 4NR6A 4A4FA 3L2WA 4ZTJA 4UIVA 5D3TA 3U5NA 2O4XB 4BJXA 4J3IA 2HQEA 4IUPA 5KHMA 5K29A 4A9OA 5F60A 5DKCA 2KTBB 5AMEA 4MR5A 3OYCA 3P1CA 2LSPB 5H85A 4WHWA 5CQ4A 3LX7A 1E6IA 5FDZA 4IUQA 3JVKA 4QSXA 5EQ1A 3U5KA 5D3RA 1WUMA 4CUPA 5A5RA 2LTOA 4O7AA 2RI3A 3KUFA 4FL6A 4ZW1A 5EA1A 5C0MA 2RNWA 3M9QA 3OY9A 5D7XA 3MP1A 5FE9A 2F6NA 2R0SA 4QYLA 5C7NA 2YEMA 2LVMA 5KCOA 5FE4A 5L98A 5CZGA 3QZSA 4NR8A 5CUGA 4A9LA 4YYNA 5CY9A 4QB3A 5G4SA 5CPEA 2RJDA 4X2IA 3OYBA 3IU6A 3FC3A 5H1UA 2K3YA 5FFVA 5C87A 2DIGA 5FG6A 2O4XA 2RHIA 4TU4A 4UYEA 3L2QA 2E7OA 3S92A 2HQXA 5LVQA 3E9FA 2RJEA 3L2UA 2R0YA 1KHCA 5D3HA 2DVQA 5FE3A 4HBVA 5EPRA 5E3GA 3ZEHA 3OYGA 5D6YA 2M16A 4BE0A 2YEKA 4CURA 4IR5A 5DX4A 5ENJA 1H3ZA 5DYXA 4PKLA 2MWOA 5CUDA 3FEOA 3MEAA 3HMHA 4MEOA 4QSPA 1MHNA 4YYIA 3NXBA 3LH0A 3DWYA 2RJFA 5FE7A 4NR5A 5EU1A 5KE2A 4Z6IA 5DY7A 2R5AA 4PLLA 4XUBA 5EWWA 5I29A 5E9IA 4YH4A 5J0DA 2RHUA 5KU3A 2XDPA 4Q5WA 1OYXA 1OZ3A 3FKMX 4ALGA 5D3NA 4YY6A 4QNSA 3OS0A 4XUAA 4B9XA 4MR6A 5IBNA 3NTKA 5HQ5A 4MEQA 5FE2A 5CQ5A 4XY8A 4BE2A 2R57A 1EQFA 4NYXA 4YBMA 2GF7A 3S91A 4Z93A 4QR5A 5KO4A 3C4SA 3JVJA 2RO1A 5FBXA 4QSRA 2RI7A 3LYIA 5KH6A 4E7JA 3GOXA 3PNWC 5F1LA 4NR7A 2E6NA 5FROA 5IGKA 4IUVA 2DATA 5CP5A 2MJVB 5EWDA 2X35A 5CS8A 5TB6A 4UIWA 2B8AA 4BW4A 4O70A 3ZYUA 2QQRA 4A4HA 4C66A 1N27A 2FHDA 3QZTA 4TT6A 3LQHA 4TU6A 2X4YA 2DWWA 2P0KA 3BDLA 2DAQA 2EQUA 4QVZA 4QW2A 5IAYA 3S3NA 4NUEA 2N9GA 2OUOA 3U5PA 5F36A 5ENFA 5CRZA 4A9HA 3MUKA 5FB1A 5F2PA 4A9NA 4MR3A 4OUFA 4LYIA 3JVLA 4TT4A 5II1A 5CTLA 5HM0A 4HXSA 1OZ2A 4NR9A 5AMFA 3OYLA 3O37A 3H6ZA 4PCIA 4IR6A 2RNXA 4YYDA 2OO1A 4N4FA 3HMFA 4CFKA 5KTUA 5I80A 2LCCA 4BE1A 4F3IA 2RHYA 4O7FA 3OMGA 3U5LA 4HXLA 4HXNA 2NXBA 4QBMA 5JI8A 4LR6A 3G0JA 4UIXA 2L5EA 2EQJA 5DKHA 5D24A 2H60A 2L3RA 5D25A 3MEWA 3I3JA 5HRXA 5LJ0A 3O34A 4QYDA 4QSQA 2WACA 2RHZA 4QEVA 5BT4A 5D26A 2DKWA 2G4AA 3MXFA 5FB0A 3LJWA 5DYUA 5J39A 3MP6A 3QJ6A 1N72A 3D7CA 5KTWA 5H1VA 5HRWA 5I1QA 4UIZA 3UV5A 3PFSA 3OYKA 3UVYA 5C85A 4PL6A 5CUBA 1JSPB 3NTHA 5E7DA 2RI2A 4B9WA 3HMEA 4TZ2A 4YYHA 5I89A 4IURA 3O35A 5HCLA 2YDWA 2D9EA 3OQ5A 4MENA 3TLPA 3AQAA 4N4HA 3MEUA 5DFDA 5IGLA 5FRNA 5FE8A 2BKDN 4UYHA 4DONA 4NS5A 2LRQA 3NTIA 4NR4A 5CUCA 3QBYA 5DFCA 2YW5A 5EICA 2D9TA 3OS1A 4E7HA 3AADA 2EQMA 4C5IA 4CRIA 2RS9B 3P1FA 3S3OA 5F63A 4YYMA 4TYLA 4TT2A 5FFWA 3JVMA 4N4GA 4CFLA 1RI0A 3IU5A 5A7CA 5FH7A 2YYNA 3OYHA 2BIVA 5CRMA 5CFWA 5CQ6A 3SVHA 5LJ1A 4MR4A 5D0CA 3LLRA 4EDUA 4BW2A 2YRVA 3OA6A 3UV2A 4A4EA 4NUDA 4QSSA 4IOOA 4C67A 4UIUA 5C6SA 1JM4B 2DVSA 4KCXA 1WUGA 2RJCA 3PMIA 5LKTA 4QSUA 4GY5A 5EP7A 5D3PA 5CUEA 4Z1QA 4Q0OA 5D3SA 4QQ6A 4A9MA 5LUUA 5CU8A 4YY4A 5FG5A 5IN1A 3S6WA 5M9OA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2RQRA 3OW2P 1WHHA 2K3XA 3UWNA 2YHTA 4FLPA 5CQAA 5I22A 1VQ9Q 4M77C 2EQKA 5H1TA 1AD5A 2ZZDA 1IZ6A 2D8JA 4MDXA 1UEBA 4Y03A 2HKNA 3M0SA 4GLKA 3JCMQ 3A8OB 1V1CA 4QVCA 3ASKA 1M1KC 3UVWA 4C0GA 3TSWA 2YUOA 3H8ZA 4QZSA 2YSQA 4O77A 1Z9ZA 4KV4A 2DZ9A 2VXEA 5DYAA 5EG2A 1YI2T 1N8RU 4NRBA 2EJ9A 1PCXA 5KYUA 3ONIA 5HENA 4UC4A 4O74A 4J6YA 4BB7A 3DAIA 2DBKA 1YCYA 2QTVA 1K8AR 3U5MA 1YJ9T 2A08A 4BI3A 2QGGA 4PLIA 4HXPA 4NRCA 2RI5A 5C89A 5EM3A 3OYEA 4TZ8A 4AI6A 1OX8A 3TCJA 4PJLA 4O72A 5EWHA 3UW9A 1F68A 5GJVB 5IHIA 2JMAA 4CC7A 5TCMA 2YDLA 4LN2A 5GMKj 5HRVA 4QEWA 1N8RR 1UG1A 1MMDA 1T0JA 1YFNA 4BI4A 1Z9QA 4F7UE 1K8AC 3ZBDA 4LD6A 5IXFA 2MK5A 3CCSA 5L97A 1K73U 4RTUA 1KSWA 1UGRB 2I7KA 5DBMA 2DD4A 3EH1A 2DYIA 4DBQA 4JLIA 4D8DA 2LP5A 4WF2A 4FW1A 4AFUC 3DB4A 4X34A 4XTXA 3FJ5A 3OYMA 1PD0A 4QSVA 2LQ8A 4JRIA 5CGPA 3O8VA 3RKWA 5GAN4 4ELZC 2QG9B 4Z89A 2DEUA 4CC4B 4BDZA 4ME7A 5I88A 2XG8D 3P8HA 3G6EA 5GAN6 5FU7B 1VQPT 1SF9A 2AT1B 4M77A 1K73R 1QWEA 1ZHIA 2HSEB 1YITA 2QA4A 3LH5A 2JM9A 2XI9A 3FDRA 4YAXA 4FSXA 4RG2A 3OYAA 5GMKh 3K2JA 1BI0A 2A7YA 3Q2EA 5AD2A 1UJ0A 2VVKA 2JNGA 5HJCA 2CP5A 3BE3A 4OGCA 2RQWA 2DPPB 5GANg 1W2BA 5DYCA 1VQ8T 4E7KA 1S72Q 1NYGA 1K73C 2YRCA 5I21A 4QY4A 1VQKA 4R56A 4DEXA 4UIYA 4XTVA 2DMOA 1UHFA 2RFJA 2E65A 2Y4XA 1AVZC 2SEMA 4QC1A 1RAAB 5HFRA 4F17A 5LJ3j 2V8JA 2L5QA 5EWVA 1RAHB 3UT1A 1TU0B 2EKHA 4TTEA 1G5VA 2HL3A 1SPKA 2FRYA 2BTTA 2DX1A 4J0SA 5E9KA 3UVDA 1FX7A 1NBEB 2DL3A 1FMKA 3CCJQ 1QP3A 3HL8A 2FEIA 1AWJA 3ZFJA 1LJOA 4D8KA 1VQLA 5IGNA 5G4RA 2I8NA 2K5LA 5L8TA 1M4ZA 2JMCA 2P4RA 4FYVB 4IUTA 4AKNA 3D7SB 4HKEA 1I5OB 1Y71A 3QG1A 4UYFB 1PUOA 4C8QD 4CUQA 5FRMA 2F69A 5CQ8A 1WI7A 3SD4A 3HTRA 1YWOA 2XIDA 5IG6A 2E7NA 4N3WA 1NM7A 1O9SA 2ED0A 4O7EA 2DM1A 4QR3A 2QAZA 1Y7XA 5I40A 4FYXB 3NHNA 3Q2FA 4J8OA 5ENEA 3CMEQ 4LYSA 1WX6A 3QWYA 2P0PA 1FYNA 2VWFA 4GPJA 3BDUA 5ECAA 5LJ3h 4F04B 1YJWT 4PTBA 3M0RA 3QUIA 5AD3A 2R10A 5EWCA 4O76A 4MEPA 4J6XA 2M0YA 2EJFA 1XQHA 4LNPA 2R58A 3QYGB 3JB9J 4MDWA 5A5NA 1WIEA 1K4US 5II2A 5GAMj 1NYFA 4ALHA 2LC4A 1ZSZB 3RUXA 4AKGA 1YP5A 2CUDA 4OB1B 4QUTA 5DLXA 2AHJB 1HXDA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3OS0 A;  4XUA A;  4B9X A;  4MR6 A;  5IBN A;  3NTK A;  5HQ5 A;  4MEQ A;  5FE2 A;  5CQ5 A;  4XY8 A;  4BE2 A;  2R57 A;  1EQF A;  4NYX A;  4YBM A;  2GF7 A;  3S91 A;  4Z93 A;  4QR5 A;  5KO4 A;  3C4S A;  3JVJ A;  2RO1 A;  5FBX A;  4QSR A;  2RI7 A;  3LYI A;  5KH6 A;  4E7J A;  3GOX A;  3PNW C;  5F1L A;  4NR7 A;  2E6N A;  5FRO A;  5IGK A;  4IUV A;  2DAT A;  5CP5 A;  2MJV B;  5EWD A;  2X35 A;  5CS8 A;  5TB6 A;  4UIW A;  2B8A A;  4BW4 A;  4O70 A;  3ZYU A;  2QQR A;  4A4H A;  4C66 A;  1N27 A;  2FHD A;  3QZT A;  4TT6 A;  3LQH A;  4TU6 A;  2X4Y A;  2DWW A;  2P0K A;  3BDL A;  2DAQ A;  2EQU A;  4QVZ A;  4QW2 A;  5IAY A;  3S3N A;  4NUE A;  2N9G A;  2OUO A;  3U5P A;  5F36 A;  5ENF A;  5CRZ A;  4A9H A;  3MUK A;  5FB1 A;  5F2P A;  4A9N A;  4MR3 A;  4OUF A;  4LYI A;  3JVL A;  4TT4 A;  5II1 A;  5CTL A;  5HM0 A;  4HXS A;  1OZ2 A;  4NR9 A;  5AMF A;  3OYL A;  3O37 A;  3H6Z A;  4PCI A;  4IR6 A;  2RNX A;  4YYD A;  2OO1 A;  4N4F A;  3HMF A;  4CFK A;  5KTU A;  5I80 A;  2LCC A;  4BE1 A;  4F3I A;  2RHY A;  4O7F A;  3OMG A; 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 5CRM A;  5CFW A;  5CQ6 A;  3SVH A;  5LJ1 A;  4MR4 A;  5D0C A;  3LLR A;  4EDU A;  4BW2 A;  2YRV A;  3OA6 A;  3UV2 A;  4A4E A;  4NUD A;  4QSS A;  4IOO A;  4C67 A;  4UIU A;  5C6S A;  1JM4 B;  2DVS A;  4KCX A;  1WUG A;  2RJC A;  3PMI A;  5LKT A;  4QSU A;  4GY5 A;  5EP7 A;  5D3P A;  5CUE A;  4Z1Q A;  4Q0O A;  5D3S A;  4QQ6 A;  4A9M A;  5LUU A;  5CU8 A;  4YY4 A;  5FG5 A;  5IN1 A;  3S6W A;  5M9O A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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