3SVGA

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with a 3,5-dimethylisoxazol ligand
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Unknown function
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title Crystal Structure of the first bromodomain of human BRD4 in complex with a 3,5-dimethylisoxazol ligand
rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 45
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-07-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 3svgA01
5CQ8A 5FE4A 5D3SA 4Z93A 4HBXA 4TU6A 4PKLA 5FE3A 3MQMA 3RCWA 5CQ3A 5FG4A 4QUUA 4QSPA 5CS8A 5G4RA 4J0RA 4YH4A 5EWDA 5IIDA 5H1VA 5E73A 3O37A 2YEKA 2DATA 4YYGA 4PTBA 4OUFA 3IU6A 4A9NA 4TZ2A 4HXOA 5KTWA 4UIYA 5E3DA 5FH7A 5FE7A 2H60A 4XY8A 4ALHA 4UIVA 3UW9A 5HCLA 4LZRA 5HENA 5LKZA 4QR4A 3GG3A 3UV5A 5BT3A 5EM3A 4IOQA 5F25A 5HM0A 2RFJA 5CUAA 3G0JA 5F1HA 4KCXA 4J1PA 3LQJA 4HXPA 2RS9B 4A9FA 4UIXA 5C87A 4YYKA 5HRWA 5L96A 5IGNA 5H1TA 3HMHA 4HBYA 5AD2A 5A5RA 2R0SA 2YW5A 5C8GA 4HXMA 4YBMA 4UYGA 4IR6A 4N4HA 3UV2A 5ENFA 3AQAA 5D0CA 4MEOA 5FE2A 5J0DA 3UV4A 5DKDA 3JVMA 4HXLA 3K2JA 2F6JA 4J3IA 4MR4A 5DFDA 4LZ2A 4QSWA 5L8TA 5EPSA 5D24A 4IR3A 4XY9A 5BT4A 4NR6A 2RNWA 5CZGA 5F5ZA 5DX4A 5CQ6A 1WUGA 5D3LA 5EWVA 5DYXA 4YADA 2YEMA 4YH3A 5CPEA 4O74A 3SVFA 5HQ5A 5K29A 4UIWA 4A9LA 4YBSA 2N9GA 2GRCA 5LVRA 2LSPB 3P1DA 4CUUA 5AD3A 5LJ0A 3S92A 5A85A 4IR4A 5F61A 3U5KA 3DWYA 4ALGA 4O7FA 5ENEA 4LYWA 2YQDA 5HQ7A 4IR5A 4NYWA 4NS5A 3U5NA 4QSQA 4O76A 5FDZA 1E6IA 5FH8A 5FB1A 4Z1SA 4QB3A 4HXNA 5E9KA 3UVXA 5C89A 4UYDA 4UYHA 4O7AA 4FLPA 1X0JA 5CU8A 3O36A 4QEVA 5F63A 5E9LA 5FH6A 4NR8A 4QUTA 4QEUA 5HLSA 3U5OA 4Q0NA 4N3WA 4QC1A 4QSRA 4Y03A 5LKUA 4HXRA 4RVRA 5CTLA 5EQ1A 5EWHA 4CLBA 5EP7A 5ENIA 4NYVA 5D25A 2DWWA 4UITA 3QZTA 4YY6A 5FB0A 5G4SA 5ENCA 5KO4A 5EPBA 5KU3A 5D26A 4NRAA 2RNYA 3QZVA 4QC3A 4A9KA 5A5QA 5F60A 3FKMX 5C85A 4CUSA 4HXKA 5DYCA 4QR5A 5A5SA 4YYJA 2E7OA 4CURA 5JI8A 3JVKA 5H85A 3TLPA 4NQNA 4XUAA 5JWMA 5F3AA 5CY9A 4MR3A 5IG6A 4Z6HA 4A9MA 5E74A 5DKCA 3MXFA 4YK0A 5HFQA 4MR5A 4TU4A 4OGIA 5HFRA 5DFBA 4BHWA 4Q0OA 4NXJA 4BW4A 5D3TA 5I80A 5IBNA 5HELA 4XUBA 4KV4A 5EVAA 2I7KA 3QZSA 4YYMA 4QSVA 3U5JA 4UYEA 4YAXA 3MULA 1JSPB 4UIUA 5FE0A 3LXJA 4HXSA 4A9OA 2DVRA 5A83A 3NXBA 5L98A 2WP1A 5DBMA 3MUKA 5HRXA 4ZW1A 1N72A 4QSXA 3AADA 4QEWA 4QSSA 4NUEA 4QYLA 4O75A 3U5LA 4NRBA 4O7BA 2NXBA 2L5EA 5DW1A 5F1LA 5E9VA 5TB6A 5AMFA 5CP5A 4QZSA 5FE1A 4MEQA 3MB3A 5F36A 2OUOA 4PY6A 4DONA 5EI4A 4TS8A 5FE5A 4NR5A 5I83A 5CUBA 5EGUA 3I3JA 5CQ4A 5LUUA 5KTXA 5I7XA 4TZ8A 4MR6A 5A7CA 5FE6A 5II1A 2YELA 4HBVA 2MJVB 4MEPA 5I40A 4UYFA 5I88A 2R10A 2DVVA 4O77A 4BW1A 2OSSA 5LKXA 4WHUA 5IGLA 5EU1A 4YATA 5IGMA 4TT2A 4LDFA 3ONIA 3LJWA 3P1EA 3U5MA 5DW2A 4CUPA 5A5NA 4CUTA 4LYSA 4UIZA 4ZC9A 5LJ2A 3UVWA 5CQTA 4LZSA 4OGJA 4YYIA 1JM4B 5F62A 4CFKA 5I86A 3DAIA 4BW2A 5E9IA 4LC2A 4F3IA 4WIVA 5C4QA 5DY7A 2YYNA 3LQHA 4QSTA 5LKTA 2E3KA 5FG5A 3O34A 3G0LA 4NUCA 4YABA 5CUDA 4NUDA 5EISA 5E9YA 5FFWA 5D3JA 4N4IA 4O72A 4UYFB 4TYLA 5EICA 5D7XA 3S91A 5A5OA 4QNSA 4TTEA 2R0VA 5DYAA 2G4AA 5HQ6A 4TT6A 4O71A 5L8UA 4NYXA 1EQFA 5II2A 2KTBB 4HBWA 4CFLA 5CQ5A 2L84A 5C7NA 2D82A 5ENHA 4N4FA 2R0YA 5EA1A 2F6NA 5EV9A 5L99A 2L85A 3U5PA 5I29A 2OO1A 3JVJA 4NQMA 4LR6A 3IU5A 2RI7A 4KV1A 5CUEA 5EK9A 4A9HA 5ETBA 5KHMA 5D3NA 5E0RA 3UVYA 4J0SA 4TT4A 5ACYA 3MB4A 4O7CA 4A9JA 4NR9A 4YYDA 5CRMA 2FSAA 2YDWA 4MENA 2RNXA 1WUMA 4Z1QA 5HJCA 4CL9A 4YBTA 5ETDA 2E7NA 4QBMA 4N4GA 3D7CA 5TCMA 5EPRA 5I89A 5I7YA 4C67A 5DKHA 5F2PA 5FG6A 3ZYUA 4O7EA 4YC9A 5CUCA 2DVSA 2WP2A 5LVQA 4LYIA 5DFCA 5AMEA 3P5OA 4YY4A 1ZS5A 3JVLA 3UVDA 4NRCA 5CRZA 4ZQLA 5KTUA 4AKNA 5BT5A 5COIA 5CQAA 5H1UA 5CQ7A 4XYAA 5E7DA 5ENBA 4QSUA 5FFVA 5CFWA 5E3GA 2RO1A 5ENJA 5A82A 4C66A 3HMEA 5LJ1A 2DVQA 4NR4A 5EWCA 4CUQA 5E9MA 4PCEA 5HEMA 3HMFA 4TQNA 4PS5A 4IOOA 3SVGA 5DLXA 5I1QA 4X2IA 4QYDA 5A81A 3P1CA 2I8NA 3LQIA 5FFYA 4E96A 3Q2EA 4LRGA 4Z6IA 5HRVA 4O78A 5ENGA 5FE9A 1F68A 4YYNA 4QR3A 4NR7A 5EWWA 3O33A 5DLZA 5D3HA 3P1FA 4A9EA 4BJXA 4QY4A 5D3RA 5CUGA 4IORA 5CGPA 5A5PA 3SVHA 4O70A 3Q2FA 4YYHA 4PCIA 4GPJA 4BW3A 5FBXA 5D3PA 5FE8A 2DKWA 4WHWA 5IGKA 5DYUA 4A9IA 2D9EA 5L97A 3O35A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5CQ8A 5FE4A 5D3SA 4Z93A 4HBXA 4TU6A 4PKLA 5FE3A 3MQMA 3RCWA 5CQ3A 5FG4A 4QUUA 4QSPA 5CS8A 5G4RA 4J0RA 4YH4A 5EWDA 5IIDA 5H1VA 5E73A 3O37A 2YEKA 2DATA 4YYGA 4PTBA 4OUFA 3IU6A 4A9NA 4TZ2A 4HXOA 5KTWA 4UIYA 5E3DA 5FH7A 5FE7A 2H60A 4XY8A 4ALHA 4UIVA 3UW9A 5HCLA 4LZRA 5HENA 5LKZA 4QR4A 3GG3A 3UV5A 5BT3A 5EM3A 4IOQA 5F25A 4AKGA 5HM0A 2RFJA 5CUAA 3G0JA 5F1HA 4KCXA 4J1PA 3LQJA 4HXPA 2RS9B 4A9FA 4UIXA 5C87A 3VKHA 4YYKA 5HRWA 5L96A 5IGNA 5H1TA 3HMHA 4HBYA 5AD2A 5A5RA 2R0SA 2YW5A 5C8GA 4HXMA 4YBMA 4UYGA 4IR6A 4N4HA 3UV2A 5ENFA 3AQAA 5D0CA 4MEOA 5FE2A 5J0DA 3UV4A 5DKDA 3JVMA 4HXLA 3K2JA 2F6JA 4J3IA 4MR4A 5DFDA 4LZ2A 4QSWA 5L8TA 5EPSA 5D24A 4IR3A 4XY9A 5BT4A 4NR6A 2RNWA 5CZGA 5F5ZA 5DX4A 5CQ6A 1WUGA 3ERRA 5D3LA 5EWVA 5DYXA 4YADA 2YEMA 4YH3A 4AKIA 5CPEA 4O74A 3SVFA 5HQ5A 5K29A 4UIWA 4A9LA 4YBSA 2N9GA 4AI6A 2GRCA 5LVRA 2LSPB 3P1DA 4CUUA 5AD3A 5LJ0A 3S92A 5A85A 3D1BA 4IR4A 5F61A 3U5KA 3DWYA 4ALGA 4O7FA 5ENEA 4LYWA 2YQDA 5HQ7A 4IR5A 1ZKRA 4NYWA 4NS5A 3U5NA 4QSQA 4O76A 5FDZA 1E6IA 5FH8A 5FB1A 4Z1SA 4QB3A 4HXNA 5E9KA 3UVXA 5C89A 4UYDA 4UYHA 4O7AA 4FLPA 1X0JA 5CU8A 3VKGA 3O36A 4QEVA 5F63A 5E9LA 5FH6A 4NR8A 4QUTA 4QEUA 5HLSA 3U5OA 4Q0NA 4N3WA 4QC1A 4QSRA 4Y03A 5LKUA 4HXRA 4RVRA 5CTLA 5EQ1A 5EWHA 4CLBA 5EP7A 5ENIA 4NYVA 5D25A 2DWWA 4UITA 3QZTA 4YY6A 5FB0A 5G4SA 5ENCA 5KO4A 5EPBA 5KU3A 5D26A 4NRAA 2RNYA 3QZVA 4QC3A 4A9KA 5A5QA 5F60A 3FKMX 5C85A 4CUSA 4HXKA 5DYCA 4QR5A 5A5SA 4YYJA 2E7OA 4CURA 5JI8A 3JVKA 5H85A 3TLPA 4NQNA 4XUAA 5JWMA 5F3AA 5CY9A 4MR3A 5IG6A 4Z6HA 4A9MA 5E74A 5DKCA 3MXFA 4YK0A 5HFQA 4MR5A 4TU4A 4OGIA 5HFRA 5DFBA 4BHWA 4Q0OA 4NXJA 4BW4A 5D3TA 5I80A 5IBNA 5HELA 4XUBA 4KV4A 5EVAA 2I7KA 3QZSA 4YYMA 4QSVA 3U5JA 4UYEA 4YAXA 3MULA 1JSPB 4UIUA 5FE0A 3LXJA 4HXSA 4A9OA 2DVRA 5A83A 3NXBA 5L98A 2WP1A 5DBMA 1PUOA 3MUKA 5HRXA 4ZW1A 2EJNA 1N72A 4QSXA 3AADA 4QEWA 4QSSA 4NUEA 4QYLA 4O75A 3U5LA 4NRBA 4O7BA 2NXBA 2L5EA 5DW1A 5F1LA 5E9VA 5TB6A 5AMFA 5CP5A 4QZSA 5FE1A 4MEQA 3MB3A 5F36A 2OUOA 4PY6A 4DONA 5EI4A 4TS8A 5FE5A 4NR5A 5I83A 5CUBA 5EGUA 3I3JA 5CQ4A 5LUUA 5KTXA 5I7XA 4TZ8A 4MR6A 5A7CA 5FE6A 5II1A 2YELA 4HBVA 2MJVB 4MEPA 5I40A 4UYFA 5I88A 2R10A 2DVVA 4O77A 4BW1A 2OSSA 5LKXA 4WHUA 5IGLA 5EU1A 4YATA 5IGMA 4TT2A 4LDFA 3ONIA 3LJWA 4AKHA 3P1EA 3U5MA 5DW2A 4CUPA 5A5NA 4CUTA 4LYSA 4UIZA 4ZC9A 5LJ2A 3UVWA 5CQTA 4LZSA 4OGJA 4YYIA 1JM4B 5F62A 4CFKA 5I86A 3DAIA 4BW2A 5E9IA 4LC2A 4F3IA 4WIVA 5C4QA 5DY7A 2YYNA 3LQHA 4QSTA 5LKTA 2E3KA 5FG5A 3O34A 3G0LA 4NUCA 4YABA 5CUDA 4NUDA 5EISA 5E9YA 5FFWA 5D3JA 4N4IA 4O72A 4UYFB 4TYLA 5EICA 5D7XA 3S91A 5A5OA 4QNSA 4TTEA 2R0VA 5DYAA 2G4AA 5HQ6A 4TT6A 4O71A 5L8UA 4NYXA 1EQFA 5II2A 2KTBB 4HBWA 4CFLA 5CQ5A 2L84A 5C7NA 2D82A 5ENHA 4N4FA 2R0YA 5EA1A 2F6NA 5EV9A 5L99A 2L85A 3U5PA 5I29A 2OO1A 3JVJA 4NQMA 4LR6A 3IU5A 2RI7A 4KV1A 5CUEA 5EK9A 4A9HA 5ETBA 5KHMA 5D3NA 5E0RA 3UVYA 4J0SA 4TT4A 5ACYA 3MB4A 4O7CA 4A9JA 4NR9A 4YYDA 5CRMA 2FSAA 2YDWA 4MENA 2RNXA 1WUMA 4Z1QA 5HJCA 4CL9A 4YBTA 5ETDA 2E7NA 4QBMA 4N4GA 3D7CA 5TCMA 5EPRA 5I89A 5I7YA 4C67A 5DKHA 5F2PA 5FG6A 3ZYUA 4O7EA 4YC9A 5CUCA 2DVSA 2WP2A 5LVQA 4LYIA 5DFCA 5AMEA 3P5OA 4YY4A 1ZS5A 3JVLA 3UVDA 4NRCA 5CRZA 4ZQLA 5KTUA 4AKNA 5BT5A 5COIA 5CQAA 5H1UA 5CQ7A 4XYAA 5E7DA 5ENBA 4QSUA 5FFVA 5CFWA 5E3GA 2RO1A 5ENJA 5A82A 4C66A 3HMEA 5LJ1A 3D1DA 2DVQA 4NR4A 5EWCA 4CUQA 5E9MA 4PCEA 5HEMA 3HMFA 4TQNA 4PS5A 4IOOA 3SVGA 5DLXA 5I1QA 4X2IA 4QYDA 5A81A 3P1CA 2I8NA 3LQIA 5FFYA 4E96A 3Q2EA 4LRGA 4Z6IA 5HRVA 4O78A 5ENGA 5FE9A 1F68A 4YYNA 4QR3A 4NR7A 5EWWA 3O33A 5DLZA 5D3HA 3P1FA 4A9EA 4BJXA 4QY4A 5D3RA 5CUGA 4IORA 5CGPA 5A5PA 3SVHA 4O70A 3Q2FA 4YYHA 4PCIA 4GPJA 4BW3A 5FBXA 5D3PA 5FE8A 2DKWA 4WHWA 5IGKA 5DYUA 4A9IA 2D9EA 5L97A 3O35A
chains in the Genus database with same CATH topology
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