3SVGA

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with a 3,5-dimethylisoxazol ligand
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title Crystal Structure of the first bromodomain of human BRD4 in complex with a 3,5-dimethylisoxazol ligand
rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Unknown function
total genus 45
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-07-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 3svgA01
3S91A 4QY4A 4NYWA 4NS5A 5ENJA 3DWYA 3ZYUA 4NUCA 4UIZA 2YYNA 5EPBA 4KV1A 4E96A 5I1QA 4J0SA 4Z1SA 2D9EA 3O33A 3UV5A 5FE5A 4N3WA 4QZSA 4TYLA 3HMEA 4Q0NA 5AMFA 4TT6A 5EISA 5LJ0A 4NR6A 4NUEA 3QZVA 4MEPA 3MUKA 5COIA 5HRWA 2N9GA 4IR4A 5I29A 5DX4A 5G4RA 2DATA 4IR6A 5D25A 1X0JA 2OO1A 1F68A 3MQMA 4QYDA 4LYWA 3P1EA 5TCMA 4YADA 4O7BA 4TS8A 5A5SA 5IGLA 5EP7A 4A9FA 5FFYA 2KTBB 3O35A 2I8NA 5D3TA 4QSPA 4N4IA 4MR6A 2DVSA 5EA1A 5LVRA 5F25A 5CQ7A 5DFCA 5I7XA 1N72A 5F1HA 4HXPA 5FE3A 5ETBA 5L99A 5FE9A 2L5EA 5CY9A 4A9NA 2WP1A 4UYDA 3U5MA 5FE7A 5FE2A 2DKWA 5CUDA 4CUQA 2YELA 4YY6A 4ZW1A 4MENA 2F6NA 5FFWA 2R10A 3JVLA 4YYHA 4HXLA 3LJWA 5KTUA 4LR6A 5IGNA 4UIWA 5H1UA 5I83A 5LUUA 4PKLA 4RVRA 5AD3A 4KV4A 5E9LA 4HBWA 4NYXA 5C8GA 4CFKA 3RCWA 5A82A 5ENFA 5E0RA 3Q2FA 4NR4A 5DKHA 5CRMA 4LYIA 4QSSA 5CUAA 5BT4A 3LQIA 5DW2A 4NUDA 5ENBA 5H1TA 5HCLA 3AADA 5DY7A 5DYAA 4LZRA 4IR5A 5DFDA 4YYGA 4QUUA 4CFLA 4HXSA 3MULA 2DVQA 4J1PA 4N4FA 5HELA 4CLBA 4NR9A 5LKXA 4QSXA 1WUMA 4UYEA 5CQ6A 3QZSA 4BW4A 3O34A 2RI7A 4O74A 5HEMA 5A83A 5TB6A 4NRCA 5CUGA 4BW3A 3U5OA 4A9OA 4XUAA 4Z1QA 2DWWA 2E7OA 2L85A 4IR3A 3TLPA 4O77A 4LC2A 4Z93A 2WP2A 4QEUA 5E9YA 5EWVA 4O7EA 4LDFA 3U5LA 3P1DA 3IU5A 4CUTA 5DKDA 4WIVA 4HBYA 4QEWA 4O71A 4QYLA 5CUEA 4QNSA 4LZSA 3U5NA 4A9IA 5D3SA 5CQ3A 5LVQA 5DLXA 4F3IA 3ONIA 4PTBA 5CZGA 5E9VA 4A9MA 5F5ZA 3P5OA 3IU6A 3UVDA 5L8UA 3LQHA 5ENCA 5HJCA 5C7NA 3U5JA 4QC1A 5EM3A 4FLPA 5HM0A 5EWHA 5IGMA 4O72A 5E74A 4MR3A 2DVRA 5FB1A 4QUTA 5I89A 5EGUA 5II1A 4TU6A 3UVYA 2L84A 3K2JA 4HXMA 5J0DA 5F61A 3UW9A 5C89A 4YATA 3O37A 5HENA 4CUPA 4YYMA 4YYNA 5CQ4A 2R0SA 5CPEA 2DVVA 5FB0A 4YYJA 4XUBA 1EQFA 5IBNA 4YC9A 4HXNA 5D3LA 4YYIA 4HBVA 5EWCA 5D7XA 4OGIA 3SVHA 4XY8A 5E9IA 5HQ6A 5HFRA 3JVKA 5LKZA 4N4GA 4QSRA 2OUOA 4IORA 5F36A 5L96A 5F60A 3LXJA 4NRBA 5LKTA 5I88A 2I7KA 5KTXA 4TZ8A 5D24A 2H60A 5KU3A 2E7NA 5IGKA 4DONA 2R0YA 4O7CA 5G4SA 3I3JA 5D3JA 3G0JA 5IG6A 5ACYA 4UYHA 4QB3A 5LKUA 5I86A 4ZC9A 4A9HA 5EICA 4PY6A 5EV9A 5FG4A 3AQAA 5DBMA 5JI8A 5II2A 3S92A 4YAXA 4MR5A 4UYFB 4QR4A 5HRXA 3JVJA 5EQ1A 5FE8A 4HXOA 5C85A 4TT2A 4ALGA 4QEVA 4O75A 4QSTA 4YBMA 4QSVA 5BT3A 4UIYA 4BW2A 4QR5A 5DKCA 5DW1A 4YK0A 4QC3A 3MB3A 4QSUA 5D0CA 5E7DA 3SVFA 4TZ2A 4A9LA 3UV4A 5FH7A 3P1FA 5CQ5A 5CS8A 5EWWA 5FH6A 5D3NA 3UVWA 5CQTA 4UIUA 5FE4A 5A5NA 3U5PA 4Z6HA 5FFVA 4WHWA 3JVMA 4YABA 2RNXA 4BW1A 5FE1A 5E9KA 4TTEA 3U5KA 2D82A 5EI4A 5EU1A 5F63A 5HFQA 1ZS5A 4QSWA 5CQ8A 4TQNA 5C4QA 3HMFA 5DFBA 5AMEA 3Q2EA 4O76A 4HXKA 4BHWA 4A9EA 5AD2A 4YY4A 3O36A 4NQMA 5KO4A 5CRZA 2NXBA 4LRGA 4UIVA 5D26A 4PS5A 5FG6A 5E3DA 4MEQA 2RO1A 4WHUA 5F3AA 5CUCA 5KTWA 5I80A 4YBTA 2GRCA 4CURA 2YW5A 4GPJA 5EVAA 4TT4A 5LJ1A 5IIDA 5EPRA 5D3PA 4J0RA 3FKMX 4KCXA 4NRAA 2YEMA 5EWDA 5F1LA 4IOQA 2FSAA 2LSPB 5CU8A 4Q0OA 5ENGA 4NR5A 5CGPA 3D7CA 3NXBA 4CUSA 5DYUA 5A5RA 4HXRA 5D3HA 5L97A 4MEOA 5C87A 4LZ2A 5L8TA 5F62A 4A9JA 4LYSA 4XYAA 4HBXA 5BT5A 5HQ7A 3DAIA 5KHMA 4X2IA 4C67A 5LJ2A 4O78A 3QZTA 4QR3A 3MXFA 2R0VA 5CQAA 3MB4A 4O70A 4C66A 4CUUA 5CP5A 5D3RA 5H85A 4PCIA 5E73A 4CL9A 2RS9B 5A5PA 2YDWA 4YH4A 4IOOA 4YBSA 4YH3A 5DYXA 5I40A 5HLSA 4QBMA 2RFJA 5FG5A 4N4HA 2RNYA 2YQDA 1E6IA 5E9MA 4BJXA 3SVGA 4YYDA 4ZQLA 5L98A 3GG3A 3HMHA 5F2PA 1JM4B 4O7FA 5FE6A 2YEKA 5JWMA 4NR7A 5A85A 5FDZA 4AKNA 5A5QA 2F6JA 4XY9A 4UITA 4UYGA 5A81A 5ENHA 4UIXA 5E3GA 5ENIA 5EK9A 5CUBA 4TU4A 2RNWA 4Y03A 5FBXA 5CFWA 5K29A 2G4AA 2E3KA 5FE0A 3G0LA 5A7CA 3UV2A 4YYKA 5DYCA 1JSPB 4Z6IA 2MJVB 5A5OA 4MR4A 4ALHA 4A9KA 5CTLA 4O7AA 4OUFA 5HRVA 3UVXA 5I7YA 5FH8A 5ENEA 3LQJA 4PCEA 5H1VA 5DLZA 4QSQA 4J3IA 5EPSA 2OSSA 1WUGA 4NR8A 4NQNA 3P1CA 4OGJA 4NYVA 4NXJA 4UYFA 5ETDA 5HQ5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3S91A 4QY4A 4NYWA 4NS5A 5ENJA 3DWYA 3ZYUA 4NUCA 4UIZA 2YYNA 5EPBA 4KV1A 4E96A 5I1QA 4J0SA 4Z1SA 2D9EA 3O33A 3UV5A 5FE5A 4N3WA 4QZSA 4TYLA 3HMEA 4Q0NA 5AMFA 4TT6A 5EISA 5LJ0A 4NR6A 4AKHA 4NUEA 3QZVA 4MEPA 3MUKA 5COIA 5HRWA 2N9GA 4IR4A 5I29A 5DX4A 5G4RA 2DATA 4IR6A 5D25A 1X0JA 2OO1A 1F68A 3MQMA 4QYDA 4LYWA 3P1EA 5TCMA 4YADA 4O7BA 4TS8A 5A5SA 5IGLA 5EP7A 4A9FA 5FFYA 2KTBB 3O35A 2I8NA 5D3TA 4QSPA 4N4IA 4MR6A 2DVSA 5EA1A 5LVRA 5F25A 5CQ7A 5DFCA 5I7XA 1N72A 5F1HA 4HXPA 5FE3A 5ETBA 5L99A 5FE9A 3VKGA 2L5EA 5CY9A 4A9NA 2WP1A 4UYDA 3U5MA 5FE7A 5FE2A 2DKWA 5CUDA 4CUQA 2YELA 4YY6A 4ZW1A 4MENA 2F6NA 5FFWA 2R10A 3JVLA 4YYHA 4HXLA 3LJWA 5KTUA 4LR6A 5IGNA 4UIWA 5H1UA 5I83A 5LUUA 4PKLA 4RVRA 5AD3A 4KV4A 5E9LA 4HBWA 4NYXA 5C8GA 4CFKA 3RCWA 5A82A 5ENFA 5E0RA 3Q2FA 4NR4A 5DKHA 5CRMA 4LYIA 4QSSA 5CUAA 5BT4A 3LQIA 5DW2A 4NUDA 5ENBA 5H1TA 5HCLA 3AADA 5DY7A 5DYAA 4LZRA 4IR5A 5DFDA 4YYGA 4QUUA 4CFLA 4HXSA 3MULA 2DVQA 4J1PA 4N4FA 5HELA 4CLBA 4NR9A 5LKXA 4QSXA 1WUMA 4UYEA 5CQ6A 3QZSA 4BW4A 3O34A 2RI7A 4O74A 5HEMA 5A83A 5TB6A 4NRCA 5CUGA 4BW3A 3U5OA 4A9OA 4XUAA 4Z1QA 2DWWA 2E7OA 2L85A 4IR3A 3TLPA 4O77A 4LC2A 4Z93A 2WP2A 4QEUA 4AKGA 5E9YA 5EWVA 4O7EA 4LDFA 3U5LA 3P1DA 3IU5A 4CUTA 5DKDA 4WIVA 4HBYA 4QEWA 4O71A 4QYLA 5CUEA 4QNSA 4LZSA 3U5NA 4A9IA 5D3SA 5CQ3A 5LVQA 5DLXA 4F3IA 3ONIA 4PTBA 5CZGA 5E9VA 4A9MA 5F5ZA 3P5OA 3IU6A 3UVDA 5L8UA 3LQHA 4AKIA 5ENCA 5HJCA 5C7NA 3U5JA 4QC1A 5EM3A 4FLPA 5HM0A 5EWHA 5IGMA 4O72A 5E74A 4MR3A 2DVRA 5FB1A 4QUTA 5I89A 5EGUA 5II1A 4TU6A 3UVYA 2L84A 3K2JA 4HXMA 5J0DA 5F61A 3UW9A 5C89A 4YATA 3O37A 5HENA 4CUPA 4YYMA 4YYNA 5CQ4A 2R0SA 5CPEA 2DVVA 5FB0A 4YYJA 4XUBA 1EQFA 5IBNA 4YC9A 4HXNA 5D3LA 4YYIA 4HBVA 5EWCA 4OGIA 5D7XA 3SVHA 4XY8A 5E9IA 5HQ6A 5HFRA 3JVKA 5LKZA 4N4GA 4QSRA 4AI6A 2OUOA 4IORA 5F36A 5L96A 5F60A 3LXJA 4NRBA 5LKTA 5I88A 2I7KA 5KTXA 4TZ8A 5D24A 2H60A 5KU3A 2E7NA 5IGKA 4DONA 2R0YA 4O7CA 1ZKRA 5G4SA 3I3JA 5D3JA 3G0JA 5IG6A 5ACYA 4UYHA 4QB3A 5LKUA 5I86A 4ZC9A 4A9HA 5EICA 4PY6A 5EV9A 5FG4A 3AQAA 5DBMA 5JI8A 5II2A 3S92A 4YAXA 4MR5A 4UYFB 4QR4A 5HRXA 3JVJA 5EQ1A 5FE8A 4HXOA 5C85A 4TT2A 4ALGA 4QEVA 4O75A 4QSTA 4YBMA 4QSVA 5BT3A 4UIYA 4BW2A 4QR5A 5DKCA 5DW1A 4YK0A 4QC3A 3MB3A 4QSUA 5D0CA 5E7DA 3SVFA 4TZ2A 4A9LA 3UV4A 5FH7A 3P1FA 5CQ5A 5CS8A 5EWWA 5FH6A 5D3NA 3UVWA 5CQTA 4UIUA 5FE4A 5A5NA 3U5PA 4Z6HA 5FFVA 4WHWA 3JVMA 4YABA 2RNXA 4BW1A 5FE1A 5E9KA 4TTEA 3U5KA 2D82A 5EI4A 5EU1A 5F63A 5HFQA 1ZS5A 4QSWA 5CQ8A 4TQNA 5C4QA 3HMFA 5DFBA 5AMEA 3Q2EA 4O76A 4HXKA 4BHWA 4A9EA 5AD2A 4YY4A 3O36A 4NQMA 5KO4A 5CRZA 2NXBA 4LRGA 4UIVA 5D26A 4PS5A 5FG6A 5E3DA 2EJNA 4MEQA 2RO1A 4WHUA 5F3AA 3D1DA 5CUCA 5KTWA 5I80A 4YBTA 2GRCA 4CURA 2YW5A 4GPJA 5EVAA 4TT4A 5LJ1A 5IIDA 1PUOA 5EPRA 5D3PA 4J0RA 3FKMX 4KCXA 4NRAA 2YEMA 5EWDA 5F1LA 4IOQA 2FSAA 2LSPB 5CU8A 4Q0OA 5ENGA 4NR5A 5CGPA 3D7CA 3NXBA 4CUSA 5DYUA 5A5RA 4HXRA 5D3HA 5L97A 4MEOA 5C87A 4LZ2A 5L8TA 5F62A 4A9JA 4LYSA 4XYAA 4HBXA 5BT5A 5HQ7A 3DAIA 5KHMA 4X2IA 4C67A 5LJ2A 4O78A 3QZTA 4QR3A 3MXFA 2R0VA 5CQAA 3MB4A 4O70A 4C66A 4CUUA 5CP5A 5D3RA 5H85A 4PCIA 5E73A 4CL9A 2RS9B 5A5PA 2YDWA 4YH4A 4IOOA 4YBSA 4YH3A 5DYXA 5I40A 5HLSA 4QBMA 2RFJA 5FG5A 4N4HA 2RNYA 2YQDA 1E6IA 5E9MA 4BJXA 3SVGA 4YYDA 4ZQLA 5L98A 3GG3A 3HMHA 5F2PA 1JM4B 4O7FA 5FE6A 2YEKA 5JWMA 4NR7A 5A85A 5FDZA 4AKNA 5A5QA 2F6JA 4XY9A 4UITA 4UYGA 5A81A 5ENHA 4UIXA 5E3GA 5ENIA 5EK9A 5CUBA 4TU4A 3VKHA 2RNWA 4Y03A 5FBXA 5CFWA 5K29A 2G4AA 2E3KA 5FE0A 3G0LA 5A7CA 3UV2A 4YYKA 5DYCA 1JSPB 4Z6IA 2MJVB 5A5OA 4MR4A 4ALHA 4A9KA 5CTLA 4O7AA 4OUFA 5HRVA 3UVXA 5I7YA 5FH8A 5ENEA 3LQJA 4PCEA 5H1VA 3D1BA 5DLZA 3ERRA 4QSQA 4J3IA 5EPSA 2OSSA 1WUGA 4NR8A 4NQNA 3P1CA 4OGJA 4NYVA 4NXJA 4UYFA 5ETDA 5HQ5A
chains in the Genus database with same CATH topology
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