5L8UA

Crystal structure of baz2b bromodomain in complex with 3-amino-2-methylpyridine derivative 5
Total Genus 39
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
39
sequence length
116
structure length
116
Chain Sequence
SMSVKKPKRDDSKDLALCSMILTEMETHEDAWPFLLPVNLKLVPGYKKVIKKPMDFSTIREKLSSGQYPNLETFALDVRLVFDNCETFNEDDSDIGRAGHNMRKYFEKKWTDTFKV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B
publication title Derivatives of 3-Amino-2-methylpyridine as BAZ2B Bromodomain Ligands: In Silico Discovery and in Crystallo Validation.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Transcription
total genus 39
structure length 116
sequence length 116
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5l8uA00
4O70A 5FH8A 4O78A 5A5OA 4QB3A 5A5PA 5DFCA 4N4IA 5D3JA 5H1VA 4O7BA 4YBSA 5HQ5A 4KCXA 4QYDA 4HXPA 3G0JA 3UV5A 4Z6IA 5D7XA 2DVQA 5EVAA 5D25A 3SVGA 5FG6A 4PKLA 5CQ8A 5F60A 3P1FA 4O75A 2MJVB 3HMEA 3ONIA 5IGLA 5DX4A 4J1PA 3QZSA 4X2IA 4NYWA 5ENJA 5HFQA 4OGJA 2KTBB 5HCLA 1WUGA 1X0JA 5COIA 4NR8A 4NYVA 5LJ2A 4O71A 4O72A 3P5OA 5ENEA 5I86A 4HBVA 4A9FA 4F3IA 4N4HA 5HRWA 5EI4A 3HMHA 4LR6A 2YW5A 5I29A 4Q0OA 5FB0A 4LYWA 5CQ5A 4CFLA 2RO1A 5EWWA 4NRAA 5CU8A 2YQDA 5A82A 4UYGA 5EK9A 3O35A 3Q2EA 4CURA 5ETBA 5D3HA 4XUAA 4LZRA 4MEPA 4QSVA 4O7EA 5E9KA 5I88A 3RCWA 5KU3A 5EM3A 3UVXA 2RI7A 2FSAA 4YY4A 4XYAA 3DWYA 5LVQA 4O7CA 5CUCA 4UIZA 5A5QA 4PCEA 4WHWA 4IR4A 4A9IA 4CFKA 5FE7A 5HEMA 5F2PA 5FE9A 4YH4A 3MULA 5FFYA 5EWCA 3U5LA 5FE2A 5D3SA 5L8TA 5IGKA 3QZVA 3U5NA 1E6IA 3MUKA 5H1TA 4GPJA 5CQAA 4NUCA 3LQHA 5DY7A 4NXJA 4TS8A 3UV4A 4AKNA 2DVVA 3P1EA 5EICA 2L84A 5EA1A 5G4RA 4MR6A 5FFWA 3U5MA 5IGMA 4NR5A 3O37A 3P1DA 4QR4A 5IGNA 5JI8A 4YY6A 4CUQA 4YYGA 4CUSA 4NQNA 4O7FA 5FE1A 4NRCA 2WP2A 2F6NA 4HXNA 3JVJA 4QSRA 4CUUA 2OSSA 5JWMA 4YC9A 4YADA 4NR4A 4TT2A 4CUTA 4O76A 4YYJA 4IR6A 1EQFA 4LZSA 2DVSA 5CGPA 5FG5A 4YBTA 4TU6A 3NXBA 4YYMA 1ZS5A 4YYIA 5EPSA 3LXJA 3Q2FA 2YELA 4QC1A 4PTBA 5I1QA 5L98A 4A9NA 4BHWA 5KTXA 5E3GA 4IORA 4UITA 5EV9A 5HM0A 4N3WA 4MR5A 4TZ2A 5CFWA 4TZ8A 5FBXA 5IG6A 4TTEA 5FH7A 4HBWA 4TQNA 5G4SA 5KHMA 3U5OA 3MB3A 5KO4A 5HLSA 4TT6A 4IR5A 4ZC9A 4Z1SA 5FE3A 2E7OA 4NS5A 5D26A 4QNSA 3G0LA 5L97A 5CQTA 5A85A 5CUDA 3S91A 5D3TA 2WP1A 1JSPB 4Z93A 5C85A 4QSXA 4QR5A 4WHUA 4N4FA 5KTWA 3S92A 4A9HA 4OUFA 4UYDA 5I7XA 5AD3A 4MEQA 5EWDA 4CUPA 5C7NA 2NXBA 5CUGA 5E9MA 4UYFA 5ACYA 4OGIA 5A5RA 3JVKA 4YYDA 5CUAA 5F63A 5C89A 4A9OA 5CUEA 4UIUA 5E73A 3U5PA 3UVDA 3DAIA 4A9EA 5F1HA 5ENIA 4KV4A 5DKHA 4HBXA 5LVRA 3UV2A 5AMFA 2RS9B 5F3AA 5LJ0A 5F5ZA 4HBYA 5EU1A 5TCMA 5A81A 5K29A 5LKXA 5FE6A 5EP7A 5CQ6A 3JVMA 4QSUA 5F25A 5D0CA 4QEWA 5CQ3A 4Q0NA 4QBMA 2L5EA 5I83A 5EISA 4UYEA 5HELA 4MR3A 3LQIA 3TLPA 4NUDA 5FFVA 5HJCA 5C8GA 2OO1A 5FE0A 3D7CA 4BW1A 2F6JA 2GRCA 5DYUA 4A9MA 5CRMA 5DKDA 4ALHA 1F68A 3UW9A 5LJ1A 4Y03A 4BW3A 5DBMA 5EGUA 3QZTA 4LDFA 3U5KA 5DFDA 4XUBA 5E74A 3IU5A 3AADA 3UVWA 4BW4A 2OUOA 3K2JA 5L8UA 5CQ7A 5L96A 5HQ6A 4QSPA 5KTUA 4XY9A 5F36A 4IOOA 5AMEA 3O33A 2RNWA 2R0YA 2RNXA 3LJWA 5HRVA 5DLXA 5E9IA 4BW2A 4QUTA 4C67A 5DLZA 5ENHA 5LKTA 3MB4A 5FDZA 4UIVA 2D9EA 4HXSA 5CTLA 2E7NA 3P1CA 1N72A 4MEOA 5FE8A 5HQ7A 4IOQA 5II1A 3LQJA 5LKZA 4XY8A 4NR6A 5H1UA 5CS8A 5CRZA 5IIDA 5F62A 3MQMA 5D24A 4QSTA 4NYXA 4RVRA 5DW2A 4ZW1A 4CLBA 5CP5A 4PCIA 5ETDA 5FH6A 4YYHA 5DYXA 4HXKA 5L99A 4NUEA 4LC2A 4UYHA 4UIXA 2DKWA 3I3JA 4ALGA 2N9GA 3O36A 5I7YA 4KV1A 5CZGA 4C66A 4BJXA 4QSWA 4ZQLA 4HXLA 5EQ1A 5EPBA 5C87A 5H85A 2DATA 3ZYUA 4LZ2A 4QEUA 4A9LA 5I80A 2YEKA 5HENA 5F1LA 2D82A 5I40A 5A83A 2RFJA 5DW1A 5DYAA 4CL9A 4O74A 3O34A 4TT4A 4Z6HA 3GG3A 5ENBA 5BT5A 4TYLA 3JVLA 2L85A 4N4GA 4UYFB 4YYNA 4QZSA 4Z1QA 3FKMX 3UVYA 3AQAA 2DVRA 3SVFA 5LUUA 5EWVA 5A5SA 4A9JA 5D3NA 4QSQA 4QUUA 5E9LA 3HMFA 4WIVA 2DWWA 4YATA 5DFBA 5CUBA 4YBMA 4MENA 4UIWA 5ENGA 5EWHA 2I7KA 4YK0A 3U5JA 4NR7A 4YABA 5HRXA 4J0SA 3MXFA 4O77A 4QC3A 5BT4A 5C4QA 5CQ4A 1JM4B 2LSPB 4NRBA 5II2A 5A5NA 4YH3A 4HXMA 4A9KA 2G4AA 4TU4A 3SVHA 4LYIA 5F61A 2E3KA 2R0VA 4J0RA 4UIYA 5CY9A 5CPEA 2YYNA 5E3DA 5E0RA 2R10A 4QR3A 5E9VA 5AD2A 2RNYA 2I8NA 2H60A 5ENFA 5D3RA 5TB6A 2YEMA 5FE4A 4NQMA 5HFRA 4HXRA 5E9YA 5LKUA 5D3PA 4PY6A 4QYLA 5ENCA 4O7AA 4QY4A 5J0DA 4QSSA 4J3IA 4E96A 5FE5A 4DONA 5BT3A 2YDWA 5DKCA 5DYCA 5IBNA 5EPRA 5FG4A 5FB1A 4IR3A 4FLPA 4PS5A 5I89A 4LRGA 4LYSA 4MR4A 5D3LA 4HXOA 5A7CA 4QEVA 1WUMA 3IU6A 5E7DA 4YAXA 2R0SA 4YYKA 4NR9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4O70A 5FH8A 4O78A 5A5OA 4QB3A 5A5PA 5DFCA 4N4IA 5D3JA 5H1VA 4O7BA 4YBSA 5HQ5A 4KCXA 4QYDA 4HXPA 3G0JA 3UV5A 4Z6IA 5D7XA 2DVQA 5EVAA 5D25A 3SVGA 5FG6A 4PKLA 5CQ8A 5F60A 3P1FA 4O75A 2MJVB 3HMEA 3ONIA 5IGLA 5DX4A 4J1PA 3QZSA 4X2IA 4NYWA 5ENJA 5HFQA 4OGJA 2KTBB 5HCLA 1WUGA 1X0JA 5COIA 4NR8A 4NYVA 5LJ2A 4O71A 4O72A 3P5OA 5ENEA 5I86A 4HBVA 4A9FA 4F3IA 4N4HA 5HRWA 5EI4A 3HMHA 4LR6A 4AKHA 2YW5A 5I29A 4Q0OA 5FB0A 4LYWA 5CQ5A 4CFLA 2RO1A 5EWWA 4NRAA 5CU8A 2YQDA 5A82A 4UYGA 5EK9A 3O35A 3Q2EA 4CURA 5ETBA 5D3HA 4XUAA 4LZRA 4MEPA 4QSVA 1ZKRA 4O7EA 5E9KA 5I88A 3RCWA 5KU3A 5EM3A 3UVXA 2RI7A 2FSAA 4YY4A 4XYAA 3DWYA 5LVQA 4O7CA 5CUCA 4UIZA 5A5QA 4PCEA 4WHWA 4IR4A 4A9IA 4CFKA 5FE7A 5HEMA 5F2PA 5FE9A 4YH4A 3MULA 5FFYA 5EWCA 3U5LA 5FE2A 5D3SA 5L8TA 5IGKA 3QZVA 3U5NA 1E6IA 3MUKA 5H1TA 4GPJA 5CQAA 4NUCA 3LQHA 5DY7A 4NXJA 4TS8A 3UV4A 4AKNA 2DVVA 3P1EA 5EICA 2L84A 5EA1A 5G4RA 4MR6A 5FFWA 3U5MA 5IGMA 4NR5A 3O37A 3P1DA 4QR4A 5IGNA 5JI8A 4YY6A 4CUQA 4YYGA 4CUSA 4NQNA 4O7FA 5FE1A 4NRCA 2WP2A 2F6NA 4HXNA 3JVJA 4QSRA 4CUUA 2OSSA 5JWMA 4YC9A 4YADA 4NR4A 4TT2A 4CUTA 4O76A 4YYJA 4IR6A 1EQFA 4LZSA 2DVSA 5CGPA 5FG5A 4YBTA 4TU6A 3NXBA 4YYMA 1ZS5A 4YYIA 5EPSA 3LXJA 3Q2FA 2YELA 4QC1A 4PTBA 5I1QA 5L98A 4A9NA 4BHWA 5KTXA 5E3GA 4IORA 4UITA 5EV9A 5HM0A 4N3WA 4MR5A 4TZ2A 5CFWA 4TZ8A 5FBXA 5IG6A 4TTEA 5FH7A 4HBWA 4TQNA 5G4SA 5KHMA 3U5OA 3MB3A 5KO4A 5HLSA 4TT6A 4IR5A 4ZC9A 4Z1SA 5FE3A 2E7OA 4NS5A 5D26A 4QNSA 3G0LA 5L97A 5CQTA 5A85A 5CUDA 3S91A 5D3TA 2WP1A 1JSPB 3D1DA 4Z93A 5C85A 4QSXA 4QR5A 4WHUA 4N4FA 5KTWA 3S92A 4A9HA 4OUFA 4UYDA 5I7XA 5AD3A 4MEQA 5EWDA 4CUPA 5C7NA 2NXBA 5CUGA 5E9MA 4UYFA 5ACYA 4OGIA 5A5RA 3JVKA 4YYDA 5CUAA 5F63A 5C89A 4A9OA 5CUEA 4UIUA 5E73A 3U5PA 3UVDA 4AKIA 1PUOA 3DAIA 4A9EA 5F1HA 5ENIA 4KV4A 5DKHA 4HBXA 5LVRA 3UV2A 5AMFA 2RS9B 5F3AA 5LJ0A 5F5ZA 4HBYA 5EU1A 5TCMA 5A81A 5K29A 5LKXA 5FE6A 5EP7A 5CQ6A 3JVMA 4QSUA 5F25A 5D0CA 4QEWA 5CQ3A 4Q0NA 4QBMA 2L5EA 5I83A 5EISA 4UYEA 5HELA 4MR3A 3LQIA 3TLPA 4NUDA 5FFVA 5HJCA 5C8GA 2OO1A 5FE0A 3D7CA 4BW1A 2F6JA 2GRCA 5DYUA 4A9MA 5CRMA 5DKDA 4ALHA 1F68A 3UW9A 5LJ1A 4Y03A 4BW3A 5DBMA 5EGUA 3QZTA 4LDFA 3U5KA 5DFDA 4XUBA 5E74A 3IU5A 3AADA 3UVWA 4BW4A 2OUOA 3K2JA 5L8UA 5CQ7A 5L96A 5HQ6A 4QSPA 5KTUA 4XY9A 5F36A 4IOOA 5AMEA 3O33A 2RNWA 2R0YA 2RNXA 3LJWA 5HRVA 5DLXA 5E9IA 4BW2A 4QUTA 4C67A 5DLZA 5ENHA 5LKTA 3MB4A 5FDZA 4UIVA 2D9EA 4HXSA 5CTLA 2E7NA 3P1CA 1N72A 4MEOA 5FE8A 5HQ7A 4IOQA 5II1A 3LQJA 5LKZA 4XY8A 4NR6A 5H1UA 5CS8A 5CRZA 5IIDA 5F62A 3MQMA 5D24A 4QSTA 4NYXA 4RVRA 5DW2A 4ZW1A 4CLBA 5CP5A 4PCIA 5ETDA 5FH6A 4YYHA 5DYXA 4HXKA 5L99A 4NUEA 4LC2A 4UYHA 4UIXA 2DKWA 3I3JA 4ALGA 2N9GA 3O36A 5I7YA 4KV1A 5CZGA 4C66A 4BJXA 4QSWA 4ZQLA 3VKGA 4HXLA 5EQ1A 5EPBA 5C87A 5H85A 4AI6A 2DATA 3ZYUA 4LZ2A 4QEUA 4A9LA 5I80A 2YEKA 5HENA 5F1LA 2D82A 5I40A 5A83A 2RFJA 5DW1A 5DYAA 4CL9A 4O74A 3O34A 4TT4A 4Z6HA 3GG3A 5ENBA 5BT5A 4TYLA 3JVLA 2L85A 4N4GA 4UYFB 4YYNA 4QZSA 4Z1QA 3FKMX 3UVYA 3AQAA 2DVRA 3SVFA 5LUUA 5EWVA 5A5SA 4A9JA 5D3NA 4QSQA 4QUUA 5E9LA 3HMFA 4WIVA 2DWWA 4YATA 5DFBA 5CUBA 4YBMA 4MENA 4UIWA 5ENGA 2EJNA 2I7KA 5EWHA 4YK0A 3U5JA 4AKGA 4NR7A 4YABA 5HRXA 4J0SA 3MXFA 4O77A 4QC3A 5BT4A 5C4QA 5CQ4A 1JM4B 2LSPB 4NRBA 5II2A 5A5NA 4YH3A 4HXMA 3D1BA 4A9KA 2G4AA 4TU4A 3SVHA 4LYIA 5F61A 2E3KA 2R0VA 4J0RA 4UIYA 5CY9A 5CPEA 2YYNA 5E3DA 5E0RA 2R10A 4QR3A 5E9VA 5AD2A 2RNYA 2I8NA 2H60A 5ENFA 5D3RA 5TB6A 2YEMA 5FE4A 4NQMA 5HFRA 4HXRA 5E9YA 5LKUA 5D3PA 4PY6A 4QYLA 5ENCA 4O7AA 4QY4A 5J0DA 4QSSA 4J3IA 3ERRA 4E96A 5FE5A 4DONA 5BT3A 2YDWA 5DKCA 5DYCA 5IBNA 5EPRA 5FG4A 5FB1A 4IR3A 4FLPA 4PS5A 5I89A 4LRGA 4LYSA 4MR4A 3VKHA 5D3LA 4HXOA 5A7CA 4QEVA 1WUMA 3IU6A 5E7DA 4YAXA 2R0SA 4YYKA 4NR9A
chains in the Genus database with same CATH topology
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