5L8UA

Crystal structure of baz2b bromodomain in complex with 3-amino-2-methylpyridine derivative 5
Total Genus 39
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
39
sequence length
116
structure length
116
Chain Sequence
SMSVKKPKRDDSKDLALCSMILTEMETHEDAWPFLLPVNLKLVPGYKKVIKKPMDFSTIREKLSSGQYPNLETFALDVRLVFDNCETFNEDDSDIGRAGHNMRKYFEKKWTDTFKV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transcription
molecule keywords Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B
publication title Derivatives of 3-Amino-2-methylpyridine as BAZ2B Bromodomain Ligands: In Silico Discovery and in Crystallo Validation.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 39
structure length 116
sequence length 116
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5l8uA00
5L98A 5IGMA 3U5PA 4MEQA 2R10A 3U5LA 5DYAA 5CQ4A 5F36A 4TYLA 5EPBA 4NR4A 4C66A 5IGLA 4J1PA 5HM0A 4UIWA 5DW2A 5F5ZA 4MR6A 5KO4A 4WHWA 4Z1SA 5CUAA 5KTWA 4NYXA 5FH7A 4O70A 2RNWA 4UIYA 5D26A 5FH8A 5FG4A 4QY4A 5E9IA 5A5RA 5HRXA 4YATA 5CQ3A 5L96A 2DKWA 5A83A 4IOOA 4MEPA 4NYWA 4YBSA 3MXFA 4QSXA 5EM3A 5H1VA 3Q2FA 5KU3A 5FE9A 4UITA 2I7KA 5DFCA 4ZW1A 5LVRA 2R0VA 3UVXA 5HRWA 3O34A 5A85A 4A9IA 4YYKA 5F2PA 5FB1A 5I88A 4NR9A 5I40A 5CS8A 3S91A 3JVKA 5L97A 3QZTA 5J0DA 4XY8A 5EVAA 5AMEA 4QZSA 4PKLA 4CUTA 4HXSA 4YH4A 4QSPA 3SVFA 4LYIA 3IU6A 3JVLA 4HXMA 4LRGA 4HXOA 2DVVA 5C7NA 4IR6A 4IR5A 4YBTA 5A5OA 4YYMA 4QSVA 2I8NA 5D24A 4CUSA 3G0JA 5EQ1A 2E7NA 4PCIA 3GG3A 5D3PA 5ENIA 5C4QA 4O7EA 5E9KA 5AMFA 2L5EA 4XUBA 3O35A 2G4AA 3NXBA 5A81A 4UIZA 4A9JA 4O76A 4A9MA 5CQ6A 5HQ6A 4MEOA 5CFWA 4NRCA 4MR3A 4YYDA 4J0RA 4HBVA 5CY9A 4O75A 2FSAA 3ONIA 4KV4A 5CUCA 5HCLA 4YYNA 4J3IA 4KCXA 4LDFA 3UVWA 2NXBA 3U5MA 4YADA 5C89A 4CUUA 2YW5A 4LZRA 4YC9A 4A9EA 4YYJA 5EI4A 5D0CA 3QZVA 5LVQA 4YAXA 5I7XA 4HXPA 4NRAA 5E9VA 5HELA 5CQAA 4ZC9A 2DVQA 5A5PA 5DBMA 1WUGA 5D3NA 4NR8A 2F6NA 5CUBA 5COIA 5ENBA 4OGJA 4PY6A 4MENA 2D82A 1ZS5A 5ENEA 4HBXA 4NR7A 5D3LA 5L8TA 5DFBA 5HFRA 5AD3A 5F63A 4C67A 4QC3A 4QUTA 4J0SA 4N4GA 5CUDA 5I29A 2YYNA 5ACYA 4UYDA 5CUGA 5F62A 4NXJA 3UV4A 5D3HA 3MB3A 5I7YA 2F6JA 5DKHA 5FFYA 3UV2A 1EQFA 5FH6A 5F1LA 5CQ7A 4QYDA 4N3WA 3FKMX 2RI7A 4QSQA 5CQTA 5HJCA 4Z93A 4HXRA 5DW1A 3JVJA 4NQNA 5IGNA 3QZSA 5IIDA 2L85A 4BJXA 4LYSA 2WP1A 5FE7A 4QR4A 4TT6A 4HXLA 4O7FA 5H1TA 3MULA 5FE6A 4HBWA 4X2IA 5DLZA 5LKZA 4LYWA 5A5NA 4Z6HA 2OO1A 5FB0A 5CQ5A 3U5KA 3O36A 5LKXA 4YBMA 4NRBA 1WUMA 2D9EA 4MR5A 5FFVA 3UVYA 5FBXA 5FDZA 4NUDA 5F61A 5II1A 5LJ2A 3LXJA 5DYCA 4O7AA 4TS8A 4TZ2A 4QR5A 5K29A 2YEMA 4N4FA 5DKDA 1E6IA 2OUOA 5ENCA 3S92A 5D3SA 5F1HA 4QUUA 4HXNA 5DX4A 5EWCA 5EU1A 4Q0NA 5EICA 5AD2A 3HMEA 4XYAA 3O37A 5LKUA 4QEUA 5D3JA 4FLPA 5G4RA 5ENFA 4NR5A 4E96A 5FE2A 4TTEA 3IU5A 5EGUA 5JWMA 5H1UA 5CUEA 5F60A 4CFLA 4O72A 5FE5A 5EP7A 2RFJA 2DWWA 5EWDA 2RO1A 4AKNA 5EV9A 5C85A 4YK0A 2N9GA 4Z1QA 5EA1A 4QB3A 5F25A 4YABA 4OUFA 3HMHA 4TQNA 5CP5A 4XY9A 4UYGA 5FE1A 4NQMA 5L8UA 3LQJA 4QEVA 5HRVA 4CURA 5E9LA 4QR3A 4OGIA 5CRMA 3U5OA 4O74A 2KTBB 4BW2A 3LQHA 4TT2A 3RCWA 4A9HA 4HXKA 5KHMA 4XUAA 5DKCA 1JM4B 3UVDA 4NR6A 4QSWA 5TB6A 3DWYA 5CGPA 4A9KA 4UYFA 4YH3A 1F68A 1JSPB 5ENHA 2WP2A 4YY6A 4CLBA 5ETDA 4KV1A 5CTLA 4UYHA 4TU6A 5I1QA 5F3AA 5HFQA 5KTXA 5I86A 5LJ0A 2RNYA 5E3GA 4NYVA 4CUPA 5E9MA 3P1FA 5FE3A 2E3KA 2LSPB 5FG5A 5I80A 4N4HA 4UIUA 4ZQLA 5EK9A 3ZYUA 3UV5A 4Y03A 5EWHA 4A9OA 2YEKA 5FE0A 4TU4A 4CL9A 5E73A 4WIVA 4BHWA 2OSSA 4Z6IA 4O71A 4TT4A 5BT3A 5ETBA 5I89A 5D7XA 5CRZA 5D25A 5G4SA 5FE4A 5ENGA 2DVSA 5IG6A 5DFDA 4GPJA 3P1EA 4QYLA 5E0RA 5E9YA 4YY4A 5CU8A 4A9NA 4QC1A 5DY7A 5L99A 3D7CA 4TZ8A 4NUEA 5HQ5A 5II2A 3JVMA 3O33A 5EPSA 3P5OA 3I3JA 5C87A 4O77A 4IOQA 4YYHA 5I83A 5HLSA 1X0JA 4N4IA 4F3IA 4LC2A 2GRCA 3LQIA 4PCEA 3AADA 5E74A 4O7BA 4HBYA 2R0SA 5C8GA 4BW4A 5DYXA 2DVRA 5HEMA 4CFKA 5DYUA 4NS5A 5LJ1A 4ALHA 4LR6A 5A5SA 4YYIA 4UIXA 4DONA 5A7CA 4RVRA 5LKTA 3K2JA 2YELA 5DLXA 5E7DA 3G0LA 5KTUA 3MB4A 2MJVB 1N72A 5HQ7A 5EISA 3P1DA 3U5JA 2RS9B 4QSSA 3MQMA 4WHUA 4IR3A 4PTBA 2YQDA 3AQAA 5EWVA 3Q2EA 4LZ2A 2H60A 3MUKA 3DAIA 2L84A 5EWWA 5FE8A 4A9LA 3TLPA 3P1CA 4QSUA 5CQ8A 4IR4A 5CZGA 3LJWA 4QBMA 4QNSA 5IGKA 5JI8A 5BT4A 5BT5A 4BW3A 3SVHA 4QEWA 2R0YA 4O78A 3UW9A 3U5NA 4NUCA 3SVGA 5E3DA 4O7CA 2E7OA 2RNXA 4UYFB 3HMFA 5EPRA 5A82A 4YYGA 5CPEA 5IBNA 4UYEA 5H85A 4QSRA 4MR4A 4PS5A 4ALGA 4BW1A 4CUQA 4LZSA 5ENJA 4IORA 2DATA 5TCMA 5A5QA 4Q0OA 2YDWA 5HENA 5D3TA 4QSTA 5FFWA 5FG6A 4UIVA 5LUUA 4A9FA 5D3RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5L98A 5IGMA 3U5PA 4MEQA 2R10A 3U5LA 5DYAA 5CQ4A 5F36A 4TYLA 5EPBA 4NR4A 4C66A 5IGLA 4J1PA 5HM0A 4UIWA 5DW2A 5F5ZA 4MR6A 5KO4A 4WHWA 4Z1SA 5CUAA 5KTWA 4NYXA 5FH7A 4O70A 2RNWA 4UIYA 5D26A 5FH8A 5FG4A 4QY4A 5E9IA 5A5RA 5HRXA 4YATA 5CQ3A 5L96A 2DKWA 5A83A 4IOOA 4MEPA 4NYWA 4YBSA 3MXFA 4QSXA 5EM3A 5H1VA 3Q2FA 5KU3A 5FE9A 4UITA 2I7KA 5DFCA 4ZW1A 5LVRA 2R0VA 3UVXA 5HRWA 3O34A 5A85A 4A9IA 4YYKA 5F2PA 5FB1A 5I88A 4NR9A 5I40A 5CS8A 3S91A 3JVKA 5L97A 3QZTA 5J0DA 4XY8A 5EVAA 5AMEA 3VKHA 4QZSA 4PKLA 4CUTA 4HXSA 4YH4A 4QSPA 3SVFA 4LYIA 3IU6A 3JVLA 4HXMA 4LRGA 4HXOA 2DVVA 5C7NA 4IR6A 4IR5A 4YBTA 5A5OA 4YYMA 4QSVA 2I8NA 5D24A 4CUSA 4AI6A 3G0JA 5EQ1A 2E7NA 4PCIA 3GG3A 5D3PA 5ENIA 5C4QA 4O7EA 5E9KA 5AMFA 2L5EA 4XUBA 1PUOA 3O35A 2G4AA 3NXBA 5A81A 3D1BA 4UIZA 4A9JA 4O76A 2EJNA 4A9MA 5CQ6A 5HQ6A 4MEOA 5CFWA 4NRCA 4MR3A 4YYDA 4J0RA 4HBVA 5CY9A 4O75A 2FSAA 3ONIA 4KV4A 5CUCA 5HCLA 4AKIA 4YYNA 4J3IA 4KCXA 4LDFA 3UVWA 2NXBA 3U5MA 4YADA 5C89A 4CUUA 2YW5A 4LZRA 4YC9A 4A9EA 4YYJA 5EI4A 5D0CA 3QZVA 5LVQA 4YAXA 5I7XA 4HXPA 4NRAA 5E9VA 5HELA 5CQAA 4ZC9A 2DVQA 5A5PA 5DBMA 1WUGA 5D3NA 4NR8A 2F6NA 5CUBA 5COIA 5ENBA 4OGJA 4PY6A 4MENA 2D82A 1ZS5A 5ENEA 4HBXA 4NR7A 5D3LA 5L8TA 3ERRA 5DFBA 5HFRA 5AD3A 5F63A 4C67A 4QC3A 4QUTA 4J0SA 4N4GA 5CUDA 5I29A 2YYNA 5ACYA 4UYDA 5CUGA 5F62A 4NXJA 3UV4A 5D3HA 3MB3A 5I7YA 2F6JA 5DKHA 5FFYA 3UV2A 1EQFA 5FH6A 5F1LA 5CQ7A 4QYDA 4N3WA 3FKMX 2RI7A 4QSQA 5CQTA 5HJCA 4Z93A 4HXRA 5DW1A 3JVJA 4NQNA 5IGNA 3QZSA 5IIDA 2L85A 4BJXA 4LYSA 2WP1A 5FE7A 4QR4A 4TT6A 4HXLA 4O7FA 5H1TA 3MULA 5FE6A 4HBWA 4X2IA 5DLZA 5LKZA 4LYWA 5A5NA 4Z6HA 2OO1A 5FB0A 5CQ5A 3U5KA 3O36A 5LKXA 4YBMA 4NRBA 1WUMA 2D9EA 4MR5A 5FFVA 3UVYA 5FBXA 5FDZA 4NUDA 5F61A 5II1A 5LJ2A 3LXJA 5DYCA 4O7AA 4TS8A 4TZ2A 4QR5A 5K29A 2YEMA 4N4FA 5DKDA 1E6IA 2OUOA 5ENCA 3S92A 5D3SA 5F1HA 4QUUA 4HXNA 5DX4A 5EWCA 5EU1A 4Q0NA 5EICA 5AD2A 3HMEA 4XYAA 3O37A 5LKUA 4QEUA 5D3JA 4FLPA 5G4RA 5ENFA 4NR5A 4E96A 5FE2A 4TTEA 3IU5A 5EGUA 5JWMA 5H1UA 5CUEA 5F60A 4CFLA 3VKGA 4O72A 5FE5A 5EP7A 2RFJA 2DWWA 5EWDA 2RO1A 4AKNA 5EV9A 5C85A 4YK0A 2N9GA 4Z1QA 5EA1A 4QB3A 5F25A 4YABA 4OUFA 3HMHA 4TQNA 5CP5A 4XY9A 4UYGA 5FE1A 4NQMA 5L8UA 3LQJA 4QEVA 5HRVA 4CURA 5E9LA 4QR3A 4OGIA 5CRMA 3U5OA 4O74A 2KTBB 4BW2A 3LQHA 4TT2A 3RCWA 4A9HA 4AKGA 4HXKA 5KHMA 4XUAA 5DKCA 1JM4B 3UVDA 4NR6A 4QSWA 5TB6A 3DWYA 5CGPA 4A9KA 4UYFA 4YH3A 1F68A 1JSPB 5ENHA 2WP2A 4YY6A 4CLBA 5ETDA 4KV1A 5CTLA 4UYHA 4TU6A 5I1QA 5F3AA 5HFQA 5KTXA 5I86A 5LJ0A 2RNYA 5E3GA 4NYVA 4CUPA 5E9MA 3P1FA 5FE3A 2E3KA 2LSPB 5FG5A 5I80A 4N4HA 4UIUA 4ZQLA 5EK9A 3ZYUA 3UV5A 4Y03A 5EWHA 4A9OA 2YEKA 5FE0A 4TU4A 4CL9A 5E73A 3D1DA 4WIVA 4BHWA 2OSSA 4Z6IA 4O71A 4TT4A 5BT3A 5ETBA 5I89A 5D7XA 5CRZA 5D25A 5G4SA 5FE4A 5ENGA 2DVSA 5IG6A 5DFDA 4GPJA 3P1EA 4QYLA 5E0RA 5E9YA 4YY4A 5CU8A 4A9NA 4QC1A 5DY7A 5L99A 3D7CA 4TZ8A 4NUEA 5HQ5A 5II2A 3JVMA 3O33A 5EPSA 3P5OA 3I3JA 5C87A 4O77A 4IOQA 4YYHA 5I83A 5HLSA 1X0JA 4N4IA 4F3IA 4LC2A 2GRCA 3LQIA 4PCEA 3AADA 5E74A 4O7BA 4HBYA 2R0SA 1ZKRA 5C8GA 4BW4A 5DYXA 2DVRA 5HEMA 4CFKA 5DYUA 4NS5A 5LJ1A 4ALHA 4LR6A 5A5SA 4YYIA 4UIXA 4DONA 5A7CA 4RVRA 5LKTA 3K2JA 4AKHA 2YELA 5DLXA 5E7DA 3G0LA 5KTUA 3MB4A 2MJVB 1N72A 5HQ7A 5EISA 3P1DA 3U5JA 2RS9B 4QSSA 3MQMA 4WHUA 4IR3A 4PTBA 2YQDA 3AQAA 5EWVA 3Q2EA 4LZ2A 2H60A 3MUKA 3DAIA 2L84A 5EWWA 5FE8A 4A9LA 3TLPA 3P1CA 4QSUA 5CQ8A 4IR4A 5CZGA 3LJWA 4QBMA 4QNSA 5IGKA 5JI8A 5BT4A 5BT5A 4BW3A 3SVHA 4QEWA 2R0YA 4O78A 3UW9A 3U5NA 4NUCA 3SVGA 5E3DA 4O7CA 2E7OA 2RNXA 4UYFB 3HMFA 5EPRA 5A82A 4YYGA 5CPEA 5IBNA 4UYEA 5H85A 4QSRA 4MR4A 4PS5A 4ALGA 4BW1A 4CUQA 4LZSA 5ENJA 4IORA 2DATA 5TCMA 5A5QA 4Q0OA 2YDWA 5HENA 5D3TA 4QSTA 5FFWA 5FG6A 4UIVA 5LUUA 4A9FA 5D3RA
chains in the Genus database with same CATH topology
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