5FH8A

Crystal structure of the fifth bromodomain of human pb1 in complex with compound 28
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
112
structure length
112
Chain Sequence
SKYMTPMQQKLNEVYEAVKNYTDKRGRRLSAIFLRLPSRSELPDYYLTIKKPMDMEKIRSHMMANKYQDIDSMVEDFVMMFNNACTYNEPESLIYKDALVLHKVLLETRRDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transcription
molecule keywords Protein polybromo-1
publication title Identification and Development of 2,3-Dihydropyrrolo[1,2-a]quinazolin-5(1H)-one Inhibitors Targeting Bromodomains within the Switch/Sucrose Nonfermenting Complex.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 42
structure length 112
sequence length 112
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5fh8A00
4CURA 4A9OA 5LJ0A 5CQ8A 4LYSA 4CUSA 5FB1A 5DLZA 4YYMA 3P1DA 3U5JA 1X0JA 5E9MA 4YYHA 5FE7A 4OUFA 5J0DA 4QSVA 4CLBA 3LQJA 5I7YA 5A5NA 5E74A 2MJVB 5AD3A 3P1CA 4NS5A 2DATA 4TU4A 4O7BA 4UIZA 5JI8A 4YH3A 4RVRA 4PS5A 5E9YA 5ENFA 4CL9A 4IR4A 4LR6A 4CUTA 4YABA 5HLSA 2DVRA 5FFWA 5D25A 3P1FA 4OGJA 4HBVA 5A5OA 4NQMA 5JWMA 5DW2A 5TB6A 3HMHA 5EU1A 5L8TA 4WHWA 3P5OA 4HXMA 2DVSA 5LVQA 4MR5A 5DBMA 4TU6A 4GPJA 5EVAA 5COIA 3O33A 5CUAA 5C8GA 3G0LA 4AKNA 2L84A 3Q2FA 4A9KA 2E7NA 5D3RA 3UVXA 5E73A 4YYNA 2N9GA 4HBWA 4A9IA 5A5SA 4QSQA 2WP2A 5HCLA 4N4IA 5EPBA 5D3JA 2RNYA 4QSWA 3DAIA 5EV9A 5CFWA 5KTUA 4O7FA 5L99A 4Z6IA 3D7CA 4YYKA 2DVVA 5A5QA 4NUCA 5CUDA 2YQDA 4MENA 5FBXA 4HXNA 4ZW1A 5I29A 5F36A 5C4QA 5HM0A 4CUPA 4KV1A 4UIYA 5ENBA 4BJXA 1ZS5A 3SVGA 5FE5A 4QUTA 4HXKA 5EI4A 5H1UA 4Q0OA 2KTBB 4Z6HA 5I80A 4J1PA 3I3JA 5FE2A 3U5OA 2RS9B 3IU5A 3ZYUA 5CQ7A 3O34A 5HRVA 4O7CA 5DYAA 5EISA 5EWDA 4TT6A 2L85A 4PY6A 4O72A 4TT2A 5C7NA 5L97A 4YAXA 5E0RA 4MR4A 4NRCA 5A5RA 4LYWA 3SVHA 1N72A 5D3PA 4QZSA 4CFLA 4PCIA 4Z93A 5E7DA 5CQ6A 4QR4A 2OSSA 4YH4A 5F5ZA 4YBTA 3P1EA 2RNXA 4NUDA 3LXJA 4BW2A 2WP1A 5ENCA 4QNSA 1E6IA 3LQIA 2F6NA 5HQ6A 4UYFB 1WUGA 5BT4A 5G4SA 3DWYA 5FE6A 5EM3A 4XUAA 4TQNA 4HXLA 4O7EA 4O77A 5HQ7A 4C67A 5DFDA 5I86A 5FE3A 3JVLA 5IBNA 5CQ3A 4YADA 5LJ2A 4HBYA 5CRMA 4A9FA 4YYIA 5ETBA 5CQ4A 4QUUA 4XY8A 2RO1A 4TS8A 5KTWA 4O74A 5HRXA 4HBXA 4N4FA 5CQAA 5KTXA 3RCWA 4N4HA 4BW1A 4QYLA 3UV4A 5C87A 5G4RA 4QYDA 3AQAA 4A9LA 2DKWA 4QSSA 2FSAA 4LDFA 5HQ5A 2YW5A 4IOQA 5L8UA 5KO4A 4Z1SA 4NRBA 5ACYA 4YBSA 4A9NA 5HEMA 4YK0A 5EP7A 3K2JA 2E7OA 5D24A 4QB3A 5ETDA 5F3AA 5C89A 4HXRA 5EA1A 5IGNA 5C85A 4WIVA 2L5EA 5FFVA 5E9IA 5LJ1A 3SVFA 5LVRA 4WHUA 5CUGA 2F6JA 3MQMA 5DFCA 5CU8A 3MB4A 5I88A 4O71A 5H1TA 5IGKA 5HFRA 5CZGA 5D7XA 4BHWA 4A9HA 5TCMA 4NR5A 3UVDA 5I1QA 5D0CA 4LRGA 5EGUA 1JM4B 4J0RA 5EWHA 5I89A 4TZ2A 4OGIA 5HRWA 4KCXA 5E3DA 4QSTA 4NR7A 3O37A 4NYXA 3O35A 4NUEA 3IU6A 5FE0A 5EWCA 4NR4A 5DKHA 5A83A 2I7KA 3UVWA 5FH6A 5FH8A 3ONIA 5ENJA 4NR6A 5F62A 5A82A 5IIDA 3LJWA 5CUEA 5FE1A 4QSPA 4UIWA 5LKUA 5L98A 2R0YA 5F1LA 3O36A 4QC1A 5HELA 5E9LA 4NXJA 4QBMA 5KU3A 5AD2A 4NYWA 2R0VA 4MEQA 5E9VA 5DYUA 2DVQA 4UIXA 5EQ1A 5D3LA 5LKXA 3FKMX 4UYFA 2D82A 5DX4A 5DYXA 4YY4A 3QZSA 4NR9A 5LKZA 4NYVA 4YY6A 5FDZA 5HENA 4IR5A 5I7XA 2R10A 4IOOA 4QY4A 4KV4A 4UYDA 5ENHA 5FH7A 4HXPA 5DFBA 4PKLA 4QSXA 4A9MA 5F61A 4LZSA 5H85A 4CUUA 1JSPB 5F2PA 5L96A 4UYEA 2G4AA 5ENEA 3UV5A 4UITA 4ZQLA 3MULA 3U5LA 5CTLA 5FE8A 2YEMA 4MR3A 5DY7A 4IR6A 5FB0A 3NXBA 4XY9A 5LUUA 2RI7A 4QR3A 3UV2A 3U5PA 5CY9A 4XUBA 5F60A 4O78A 5AMEA 5E3GA 3U5MA 4QSUA 4O70A 4LZRA 5FFYA 4UYGA 5FE4A 4O76A 5I40A 5A85A 1F68A 5CS8A 2YEKA 4NRAA 3G0JA 5DYCA 4N3WA 2LSPB 5EPSA 4HXOA 5KHMA 5CPEA 4Y03A 4YYJA 4UIVA 5F63A 5IG6A 4J3IA 2NXBA 5F25A 4N4GA 5DW1A 2D9EA 5A81A 2R0SA 2OO1A 4QEVA 4XYAA 4E96A 4MEPA 5FG6A 4LZ2A 4UYHA 4CUQA 3LQHA 4MEOA 5A5PA 5DKCA 4TTEA 4TYLA 5F1HA 5D3NA 4O7AA 3GG3A 5FG5A 4Q0NA 4NQNA 5BT3A 1EQFA 4BW3A 4DONA 4LC2A 4YATA 3JVJA 3AADA 4YBMA 4Z1QA 3U5NA 2DWWA 5H1VA 4QEUA 4QEWA 4ALGA 5ENIA 4F3IA 5FE9A 3TLPA 2RNWA 4PCEA 4UIUA 5EK9A 4YC9A 2I8NA 4BW4A 4A9JA 5BT5A 3JVKA 2OUOA 3S92A 5I83A 3QZTA 3MUKA 3UVYA 3UW9A 4LYIA 4TZ8A 5CUBA 5ENGA 5D3SA 5HFQA 5IGLA 5CGPA 4A9EA 1WUMA 5II1A 4MR6A 4YYDA 3QZVA 3HMEA 5EWVA 4YYGA 4HXSA 5EPRA 5CP5A 4QR5A 5EWWA 2YDWA 4IR3A 5CQTA 5II2A 5DLXA 5AMFA 4NR8A 4IORA 2RFJA 5FG4A 5D3HA 4FLPA 5LKTA 4ALHA 4O75A 4PTBA 4ZC9A 2E3KA 4J0SA 4CFKA 2YELA 4QSRA 5D3TA 5EICA 3S91A 2YYNA 3JVMA 3U5KA 4QC3A 5HJCA 5CQ5A 3Q2EA 3MB3A 5E9KA 5DKDA 3HMFA 2H60A 5CUCA 5D26A 2GRCA 5CRZA 4C66A 5A7CA 5IGMA 4X2IA 5K29A 4TT4A 3MXFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CURA 4A9OA 4AKIA 5LJ0A 5CQ8A 4LYSA 4CUSA 5FB1A 5DLZA 4YYMA 3P1DA 3U5JA 1X0JA 5E9MA 4YYHA 5FE7A 4OUFA 5J0DA 4QSVA 4CLBA 3LQJA 5I7YA 5A5NA 5E74A 2MJVB 5AD3A 3P1CA 4NS5A 2DATA 4TU4A 4O7BA 4UIZA 5JI8A 4YH3A 4RVRA 4PS5A 5E9YA 5ENFA 4CL9A 4IR4A 4LR6A 4CUTA 4YABA 5HLSA 2DVRA 5FFWA 5D25A 3P1FA 4OGJA 4HBVA 3VKHA 5A5OA 4NQMA 5JWMA 5DW2A 5TB6A 3HMHA 5EU1A 3ERRA 5L8TA 4WHWA 3P5OA 4HXMA 2DVSA 5LVQA 4MR5A 5DBMA 4TU6A 4GPJA 5EVAA 5COIA 3O33A 5CUAA 5C8GA 3G0LA 4AKNA 2L84A 3Q2FA 4A9KA 2E7NA 5D3RA 3UVXA 5E73A 4YYNA 2N9GA 4HBWA 4A9IA 5A5SA 4QSQA 2WP2A 5HCLA 3D1BA 4N4IA 5EPBA 5D3JA 2RNYA 4QSWA 3DAIA 5EV9A 5CFWA 5KTUA 4O7FA 5L99A 4Z6IA 3D7CA 4YYKA 2DVVA 5A5QA 4NUCA 5CUDA 2YQDA 4MENA 5FBXA 4HXNA 4ZW1A 5I29A 5F36A 5C4QA 5HM0A 4CUPA 4KV1A 4UIYA 5ENBA 4BJXA 1ZS5A 3SVGA 5FE5A 4QUTA 4HXKA 5EI4A 5H1UA 4Q0OA 2KTBB 4Z6HA 5I80A 4J1PA 3I3JA 5FE2A 3U5OA 2RS9B 4AI6A 3IU5A 3ZYUA 5CQ7A 3O34A 5HRVA 4O7CA 5DYAA 5EISA 5EWDA 4TT6A 2L85A 4PY6A 4O72A 4TT2A 5C7NA 5L97A 4YAXA 5E0RA 4MR4A 4NRCA 5A5RA 4LYWA 3SVHA 1N72A 5D3PA 4QZSA 4CFLA 4PCIA 4Z93A 5E7DA 5CQ6A 4QR4A 2OSSA 4YH4A 5F5ZA 4YBTA 3P1EA 2RNXA 4NUDA 3LXJA 4BW2A 2WP1A 5ENCA 4QNSA 1E6IA 3LQIA 2F6NA 5HQ6A 4UYFB 1WUGA 5BT4A 5G4SA 3DWYA 5FE6A 5EM3A 4XUAA 4TQNA 4HXLA 4O7EA 4O77A 5HQ7A 4C67A 5DFDA 5I86A 5FE3A 3JVLA 5IBNA 5CQ3A 4YADA 5LJ2A 4HBYA 5CRMA 4A9FA 4YYIA 5ETBA 5CQ4A 4QUUA 4XY8A 2RO1A 4TS8A 5KTWA 4O74A 5HRXA 4HBXA 4N4FA 5CQAA 5KTXA 3RCWA 4N4HA 4BW1A 4QYLA 3UV4A 5C87A 5G4RA 4QYDA 3AQAA 4A9LA 2DKWA 4QSSA 2FSAA 4LDFA 5HQ5A 2YW5A 4IOQA 5L8UA 5KO4A 4Z1SA 4NRBA 5ACYA 4YBSA 4A9NA 5HEMA 4YK0A 5EP7A 3K2JA 2E7OA 5D24A 4QB3A 5ETDA 5F3AA 5C89A 4HXRA 5EA1A 5IGNA 5C85A 4WIVA 2L5EA 5FFVA 5E9IA 5LJ1A 3SVFA 5LVRA 4WHUA 5CUGA 2F6JA 3MQMA 5DFCA 5CU8A 3MB4A 5I88A 4O71A 5H1TA 5IGKA 5HFRA 5CZGA 5D7XA 4BHWA 4A9HA 5TCMA 4NR5A 3UVDA 5I1QA 5D0CA 4LRGA 5EGUA 1JM4B 4J0RA 5EWHA 5I89A 4TZ2A 4OGIA 5HRWA 4KCXA 5E3DA 4QSTA 4NR7A 3O37A 4NYXA 3O35A 4NUEA 3IU6A 5FE0A 5EWCA 4NR4A 5DKHA 5A83A 2I7KA 3UVWA 5FH6A 5FH8A 3ONIA 5ENJA 4NR6A 5F62A 5A82A 5IIDA 3LJWA 5CUEA 5FE1A 4QSPA 4UIWA 5LKUA 5L98A 2R0YA 5F1LA 3O36A 4QC1A 5HELA 5E9LA 4NXJA 4QBMA 5KU3A 5AD2A 4NYWA 2R0VA 4MEQA 5E9VA 5DYUA 2DVQA 4UIXA 5EQ1A 5D3LA 5LKXA 3FKMX 4UYFA 2D82A 5DX4A 5DYXA 4YY4A 3QZSA 4NR9A 5LKZA 4NYVA 4YY6A 5FDZA 5HENA 4IR5A 5I7XA 2R10A 4IOOA 4QY4A 4KV4A 4UYDA 5ENHA 3D1DA 5FH7A 4HXPA 5DFBA 4PKLA 4QSXA 4A9MA 5F61A 4LZSA 5H85A 4CUUA 1JSPB 5F2PA 5L96A 4UYEA 2G4AA 5ENEA 3UV5A 4UITA 4ZQLA 3MULA 3U5LA 5CTLA 5FE8A 2YEMA 4MR3A 5DY7A 4IR6A 5FB0A 3NXBA 4AKGA 4XY9A 5LUUA 2RI7A 2EJNA 4QR3A 3UV2A 3U5PA 5CY9A 4XUBA 5F60A 4O78A 5AMEA 5E3GA 3U5MA 4QSUA 4O70A 1PUOA 4LZRA 5FFYA 4UYGA 5FE4A 4O76A 3VKGA 5I40A 5A85A 1F68A 5CS8A 2YEKA 4NRAA 3G0JA 5DYCA 4N3WA 2LSPB 5EPSA 4HXOA 5KHMA 5CPEA 4Y03A 4YYJA 4UIVA 5F63A 5IG6A 4J3IA 2NXBA 5F25A 4N4GA 5DW1A 2D9EA 5A81A 2R0SA 2OO1A 4AKHA 4QEVA 4XYAA 4E96A 4MEPA 5FG6A 4LZ2A 4UYHA 4CUQA 3LQHA 4MEOA 5A5PA 5DKCA 4TTEA 4TYLA 5F1HA 5D3NA 4O7AA 3GG3A 5FG5A 4Q0NA 4NQNA 5BT3A 1EQFA 4BW3A 4DONA 4LC2A 4YATA 3JVJA 3AADA 4YBMA 4Z1QA 3U5NA 2DWWA 5H1VA 4QEUA 4QEWA 4ALGA 5ENIA 4F3IA 5FE9A 3TLPA 2RNWA 4PCEA 4UIUA 5EK9A 4YC9A 2I8NA 4BW4A 4A9JA 5BT5A 1ZKRA 3JVKA 2OUOA 3S92A 5I83A 3QZTA 3MUKA 3UVYA 3UW9A 4LYIA 4TZ8A 5CUBA 5ENGA 5D3SA 5HFQA 5IGLA 5CGPA 4A9EA 1WUMA 5II1A 4MR6A 4YYDA 3QZVA 3HMEA 5EWVA 4YYGA 4HXSA 5EPRA 5CP5A 4QR5A 5EWWA 2YDWA 4IR3A 5CQTA 5II2A 5DLXA 5AMFA 4NR8A 4IORA 2RFJA 5FG4A 5D3HA 4FLPA 5LKTA 4ALHA 4O75A 4PTBA 4ZC9A 2E3KA 4J0SA 4CFKA 2YELA 4QSRA 5D3TA 5EICA 3S91A 2YYNA 3JVMA 3U5KA 4QC3A 5HJCA 5CQ5A 3Q2EA 3MB3A 5E9KA 5DKDA 3HMFA 2H60A 5CUCA 5D26A 2GRCA 5CRZA 4C66A 5A7CA 5IGMA 4X2IA 5K29A 4TT4A 3MXFA
chains in the Genus database with same CATH topology
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