4MR6A

Crystal structure of the second bromodomain of human brd2 in complex with a quinazolinone ligand (rvx-208)
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
110
structure length
110
Chain Sequence
LSEQLKHCNGILKELLSKKHAAYAWPFYKPVDASALGLHDYHDIIKHPMDLSTVKRKMENRDYRDAQEFAADVRLMFSNCYKYNPPDHDVVAMARKLQDVFEFRYAKMPD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transcription/transcription inhibitor
molecule keywords Bromodomain-containing protein 2
publication title RVX-208, an inhibitor of BET transcriptional regulators with selectivity for the second bromodomain.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 43
structure length 110
sequence length 110
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-09-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4mr6A00
5C7NA 5IGMA 2DWWA 4TU4A 5KO4A 5EM3A 5F60A 5I29A 3ONIA 3HMHA 4J1PA 5ENGA 3MQMA 4LRGA 4TQNA 4F3IA 4YBMA 1JM4B 5D25A 5C8GA 5D3HA 5II1A 5LJ0A 4J0SA 4TYLA 3JVMA 4UITA 4CUQA 4WHWA 1E6IA 4KV4A 2D82A 4Z1QA 5LKZA 4HXLA 5IGLA 4QB3A 5C85A 4NR9A 5F5ZA 5DLXA 3LJWA 4QR3A 4NRCA 4LZSA 4MR4A 4QEVA 5FG4A 4LYSA 3LQJA 5FFVA 5EWCA 5I83A 5CQ5A 5E0RA 5FB1A 4A9IA 5EQ1A 3HMFA 3RCWA 3MXFA 5DFBA 4YYIA 5CUDA 4LZ2A 5F1HA 3UV5A 5FE1A 5CPEA 4N4IA 3MB3A 4QSRA 2OUOA 4YYDA 5ENCA 2YDWA 5CTLA 1WUMA 4IOOA 4A9MA 5F25A 5DY7A 3O35A 5EPSA 2FSAA 4MR6A 5KTXA 4Z1SA 4BHWA 4C67A 4KCXA 3JVLA 2YW5A 3S91A 3SVGA 4J3IA 2RNWA 5FE9A 4QC3A 5E9IA 5FFWA 4Z6HA 2DVRA 4A9FA 3P5OA 4QY4A 4UIWA 4YYNA 4UIVA 4DONA 5FE3A 4A9KA 3NXBA 5ENEA 4N3WA 5FBXA 3QZTA 5HFRA 5D3RA 4QSTA 5DYAA 4Q0NA 5HRVA 4O7FA 5DFDA 5FE0A 4TS8A 5TB6A 4CURA 3P1FA 4QR4A 3U5JA 4AKNA 4YH4A 4O72A 5EI4A 5EWWA 5I86A 4YBSA 4TT4A 2R10A 3DWYA 5DX4A 5D3JA 5KU3A 4NS5A 5EPBA 5CUEA 4CUPA 5HQ6A 2L84A 5DFCA 3LXJA 3UV2A 5EWHA 3MUKA 5FB0A 2DVSA 5A82A 4NXJA 4YATA 4E96A 5AD2A 5ENBA 4LC2A 5FE5A 5FE7A 5CQ7A 4QUUA 4YH3A 5D3SA 3JVKA 4MEOA 5C4QA 5EP7A 5FDZA 4HBWA 1N72A 3UV4A 2YYNA 5AD3A 5KTUA 5HQ5A 5CUGA 5CGPA 4NRBA 5I1QA 2L5EA 2DATA 3O34A 5LVRA 5A83A 5FFYA 4LYIA 5II2A 4BJXA 4O7BA 4NR8A 5IIDA 3K2JA 4QSSA 5IG6A 4QZSA 5I88A 1EQFA 2NXBA 4Z6IA 5J0DA 4ZC9A 3AQAA 5HEMA 4UIYA 4BW2A 4MEPA 5H1VA 5CS8A 5E3DA 4QSUA 4QSWA 3QZVA 4J0RA 4HXKA 4NRAA 4X2IA 4TT6A 3SVFA 3LQIA 5D3TA 4QNSA 5CUCA 4QC1A 4YYGA 4OUFA 5D7XA 5EV9A 4HXOA 4QUTA 4NYXA 4CFLA 5LUUA 4YY6A 4NUDA 5A5PA 5BT3A 4HXPA 4YC9A 5A5QA 2RNXA 4IR5A 4QSQA 3UVXA 1ZS5A 4CUUA 4HBVA 5H1UA 5ENHA 5H85A 2RNYA 2E7OA 2DVVA 5E7DA 2D9EA 2I7KA 4YYHA 5CRZA 5KTWA 2YEKA 5DYCA 4A9HA 5DKHA 3P1CA 5E9VA 5CUBA 5HJCA 5FG6A 5E73A 2F6JA 5CFWA 3TLPA 4XY8A 4QSVA 3U5OA 5FH8A 5A5NA 5HRWA 5BT5A 5L99A 5LJ1A 5HCLA 5L98A 3O37A 4NQNA 2RS9B 4NR7A 4PCIA 5CY9A 5JI8A 5CUAA 3G0JA 5F61A 3U5NA 3IU5A 4PTBA 4ALHA 5CZGA 5HFQA 5DKDA 5L96A 3UVWA 5CQ6A 5FG5A 3HMEA 5F63A 2I8NA 5G4SA 5I7YA 4UYHA 4YBTA 5LKXA 5I40A 4O76A 5CQ4A 5DW1A 5HELA 3SVHA 5F3AA 5DYUA 4CUSA 4PCEA 4YAXA 4PY6A 5ENJA 5HENA 4CL9A 5E9LA 3U5PA 4A9OA 4QSPA 5AMEA 5BT4A 5A7CA 4Z93A 4O7CA 4TT2A 4OGIA 4UIUA 5EICA 4O7AA 5FE4A 3U5LA 4ALGA 4BW1A 4O74A 5I89A 4NYWA 3D7CA 4O70A 4GPJA 5TCMA 4C66A 5F2PA 2N9GA 5CU8A 5JWMA 4NR6A 4O7EA 5ETDA 4XYAA 3I3JA 4QEUA 4N4FA 4MR5A 4XUAA 4QBMA 5E3GA 4CFKA 4XY9A 4UIZA 4IR4A 3Q2FA 4WHUA 5HRXA 5G4RA 4QSXA 5IBNA 2E7NA 2E3KA 2YELA 5EGUA 4YYJA 3UVDA 2DKWA 4MEQA 5E9YA 4O75A 5HQ7A 4KV1A 5IGNA 4CUTA 5DKCA 3U5KA 4O77A 5EISA 4NUEA 5A5RA 2WP2A 3G0LA 3UVYA 4QYLA 5EWVA 3DAIA 5A81A 4IR6A 4HXNA 5A85A 5FH7A 4HXRA 3S92A 5HLSA 5CQ8A 4TU6A 3GG3A 4IORA 1JSPB 4NUCA 5FE8A 4UIXA 4PKLA 5D24A 5EVAA 4UYFB 5A5OA 5COIA 3AADA 1F68A 4NR4A 4NQMA 2OSSA 5ENIA 4YK0A 4TTEA 4A9EA 4BW3A 4ZQLA 5LVQA 5E74A 5D26A 4HBYA 1X0JA 5ETBA 2YQDA 4QR5A 4FLPA 2R0VA 4N4GA 3U5MA 3LQHA 4O78A 4HXMA 5KHMA 3JVJA 4A9JA 4A9LA 5IGKA 5CQAA 3MB4A 5D0CA 4HXSA 4UYGA 5HM0A 3Q2EA 4MR3A 4NR5A 2RI7A 4YYMA 2DVQA 4BW4A 4O71A 4ZW1A 4YYKA 2H60A 4QYDA 4HBXA 5CP5A 2OO1A 5K29A 4OGJA 4PS5A 5F36A 4UYFA 5I80A 5DBMA 3MULA 4YY4A 4IOQA 3FKMX 5FE6A 5LKTA 4Q0OA 2GRCA 5D3PA 5DW2A 3P1EA 2R0YA 5EPRA 5A5SA 5ACYA 5C87A 5I7XA 5DYXA 5L8TA 3IU6A 3O36A 5EWDA 4LR6A 2KTBB 5D3NA 3P1DA 5EU1A 3ZYUA 5L97A 3O33A 5LJ2A 5L8UA 2YEMA 5CRMA 5E9KA 3UW9A 4CLBA 5EK9A 5CQTA 5E9MA 4MENA 2MJVB 4WIVA 4Y03A 5F62A 5CQ3A 5C89A 2F6NA 4XUBA 5D3LA 5EA1A 4TZ8A 4LYWA 4IR3A 2G4AA 2RFJA 5AMFA 4YADA 5F1LA 4QEWA 4UYEA 2L85A 4TZ2A 5DLZA 2LSPB 5FH6A 4LZRA 5H1TA 2RO1A 3QZSA 4A9NA 4RVRA 1WUGA 4NYVA 5FE2A 5LKUA 4LDFA 2WP1A 5ENFA 4YABA 4N4HA 4UYDA 2R0SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5C7NA 5IGMA 2DWWA 4TU4A 5KO4A 5EM3A 5F60A 5I29A 3ONIA 3HMHA 4J1PA 5ENGA 3MQMA 4LRGA 4TQNA 4F3IA 4YBMA 1JM4B 5D25A 5C8GA 5D3HA 5II1A 5LJ0A 4J0SA 4TYLA 3JVMA 4UITA 4CUQA 4WHWA 1E6IA 4KV4A 2D82A 4Z1QA 5LKZA 4HXLA 5IGLA 4QB3A 5C85A 4NR9A 5F5ZA 5DLXA 3LJWA 4QR3A 4NRCA 4LZSA 4MR4A 2EJNA 4QEVA 5FG4A 4LYSA 3LQJA 5FFVA 5EWCA 5I83A 5CQ5A 5E0RA 5FB1A 4A9IA 5EQ1A 4AKIA 3HMFA 3RCWA 3MXFA 5DFBA 4YYIA 5CUDA 4LZ2A 5F1HA 3UV5A 5FE1A 5CPEA 4N4IA 3MB3A 4QSRA 2OUOA 4YYDA 5ENCA 2YDWA 5CTLA 3D1DA 1WUMA 4IOOA 4A9MA 5F25A 5DY7A 3O35A 5EPSA 2FSAA 4MR6A 5KTXA 4Z1SA 4BHWA 4C67A 4KCXA 3JVLA 2YW5A 3S91A 3SVGA 4J3IA 2RNWA 5FE9A 4QC3A 5E9IA 5FFWA 4Z6HA 2DVRA 4A9FA 3P5OA 1ZKRA 4QY4A 4UIWA 4YYNA 4UIVA 4DONA 5FE3A 4A9KA 3NXBA 5ENEA 4N3WA 5FBXA 3QZTA 5HFRA 5D3RA 4QSTA 5DYAA 4Q0NA 5HRVA 4O7FA 5DFDA 5FE0A 4TS8A 5TB6A 4CURA 3P1FA 4QR4A 3U5JA 4AKNA 4YH4A 4O72A 5EI4A 5EWWA 5I86A 4YBSA 4TT4A 2R10A 3DWYA 5DX4A 5D3JA 5KU3A 4NS5A 5EPBA 3D1BA 5CUEA 4CUPA 5HQ6A 2L84A 5DFCA 3LXJA 3UV2A 5EWHA 3MUKA 5FB0A 2DVSA 5A82A 4NXJA 4YATA 4E96A 5AD2A 5ENBA 4LC2A 5FE5A 5FE7A 5CQ7A 4QUUA 4YH3A 5D3SA 3JVKA 4MEOA 5C4QA 5EP7A 5FDZA 4HBWA 1N72A 3UV4A 2YYNA 5AD3A 5KTUA 5HQ5A 5CUGA 5CGPA 4NRBA 5I1QA 2L5EA 2DATA 3O34A 5LVRA 5A83A 5FFYA 4LYIA 5II2A 4BJXA 4O7BA 4NR8A 5IIDA 3K2JA 4QSSA 5IG6A 4QZSA 5I88A 1EQFA 2NXBA 4Z6IA 5J0DA 4ZC9A 3AQAA 5HEMA 4UIYA 4BW2A 4MEPA 5H1VA 5CS8A 5E3DA 4QSUA 4QSWA 3QZVA 4J0RA 4HXKA 4NRAA 4X2IA 4TT6A 3SVFA 3LQIA 5D3TA 4QNSA 5CUCA 4QC1A 4YYGA 4OUFA 5D7XA 5EV9A 4HXOA 4QUTA 4NYXA 4CFLA 5LUUA 4YY6A 4NUDA 5A5PA 5BT3A 4HXPA 4YC9A 5A5QA 2RNXA 4IR5A 4QSQA 3UVXA 1ZS5A 4CUUA 4HBVA 5H1UA 5ENHA 5H85A 2RNYA 2E7OA 2DVVA 5E7DA 2D9EA 2I7KA 4YYHA 5CRZA 5KTWA 2YEKA 5DYCA 4A9HA 5DKHA 3P1CA 5E9VA 5CUBA 5HJCA 5FG6A 5E73A 1PUOA 2F6JA 5CFWA 3TLPA 4XY8A 4QSVA 3U5OA 5FH8A 5A5NA 5HRWA 5BT5A 5L99A 5LJ1A 5HCLA 5L98A 3O37A 4NQNA 2RS9B 4NR7A 4PCIA 5CY9A 5JI8A 5CUAA 3G0JA 5F61A 3U5NA 3IU5A 4PTBA 4ALHA 5CZGA 5HFQA 5DKDA 5L96A 3UVWA 5CQ6A 5FG5A 3HMEA 5F63A 2I8NA 5G4SA 5I7YA 4UYHA 4YBTA 5LKXA 5I40A 4O76A 5CQ4A 5DW1A 5HELA 3SVHA 5F3AA 5DYUA 4CUSA 4PCEA 4YAXA 4PY6A 5ENJA 5HENA 3VKHA 4CL9A 5E9LA 3U5PA 4A9OA 4QSPA 5AMEA 5BT4A 5A7CA 4Z93A 4O7CA 4TT2A 4OGIA 4UIUA 5EICA 4O7AA 5FE4A 3U5LA 4ALGA 4BW1A 4O74A 5I89A 4NYWA 3D7CA 4O70A 4GPJA 5TCMA 4C66A 5F2PA 2N9GA 5CU8A 5JWMA 4NR6A 4O7EA 5ETDA 4XYAA 3I3JA 4QEUA 4N4FA 4MR5A 4XUAA 4AKGA 4QBMA 5E3GA 4CFKA 4XY9A 4UIZA 4IR4A 3Q2FA 4WHUA 5HRXA 5G4RA 4QSXA 5IBNA 2E7NA 2E3KA 2YELA 5EGUA 4YYJA 3UVDA 2DKWA 4MEQA 5E9YA 4O75A 5HQ7A 4KV1A 5IGNA 4CUTA 5DKCA 3U5KA 4O77A 5EISA 4NUEA 5A5RA 2WP2A 3G0LA 3UVYA 4QYLA 5EWVA 3DAIA 5A81A 4IR6A 4HXNA 5A85A 5FH7A 4HXRA 3S92A 5HLSA 5CQ8A 4TU6A 3GG3A 4IORA 1JSPB 4NUCA 5FE8A 4UIXA 4PKLA 5D24A 5EVAA 4UYFB 5A5OA 5COIA 3AADA 1F68A 4NR4A 4NQMA 2OSSA 5ENIA 4YK0A 4TTEA 4A9EA 4BW3A 4ZQLA 5LVQA 5E74A 5D26A 4HBYA 1X0JA 5ETBA 2YQDA 4QR5A 4FLPA 2R0VA 4N4GA 3U5MA 3LQHA 4O78A 4HXMA 5KHMA 3JVJA 4A9JA 4A9LA 5IGKA 5CQAA 3MB4A 5D0CA 4HXSA 4UYGA 5HM0A 3Q2EA 4MR3A 4NR5A 2RI7A 4YYMA 2DVQA 4BW4A 4O71A 4ZW1A 4YYKA 2H60A 4QYDA 3VKGA 4HBXA 5CP5A 2OO1A 5K29A 4OGJA 4PS5A 5F36A 4UYFA 5I80A 5DBMA 3MULA 4YY4A 4IOQA 3FKMX 5FE6A 5LKTA 4Q0OA 4AI6A 2GRCA 5D3PA 5DW2A 3P1EA 2R0YA 5EPRA 5A5SA 5ACYA 5C87A 5I7XA 5DYXA 5L8TA 3IU6A 3O36A 5EWDA 4LR6A 2KTBB 5D3NA 3P1DA 5EU1A 3ZYUA 5L97A 3O33A 5LJ2A 5L8UA 2YEMA 5CRMA 5E9KA 3UW9A 4CLBA 5EK9A 5CQTA 5E9MA 4MENA 2MJVB 4WIVA 4Y03A 5F62A 5CQ3A 5C89A 4AKHA 2F6NA 4XUBA 5D3LA 5EA1A 4TZ8A 4LYWA 4IR3A 2G4AA 2RFJA 5AMFA 4YADA 5F1LA 4QEWA 4UYEA 2L85A 4TZ2A 5DLZA 2LSPB 5FH6A 4LZRA 5H1TA 2RO1A 3QZSA 4A9NA 4RVRA 1WUGA 4NYVA 5FE2A 5LKUA 4LDFA 2WP1A 5ENFA 3ERRA 4YABA 4N4HA 4UYDA 2R0SA
chains in the Genus database with same CATH topology
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