2YYNA

Crystal sturcture of human bromodomain protein
Total Genus 38
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
38
sequence length
113
structure length
113
Chain Sequence
KLTPIDKRKCERLLLFLYCHEMSLAFQDPVPLTVPDYYKIIKNPMDLSTIKKRLQEDYSMYSKPEDFVADFRLIFQNCAEFNEPDSEVANAGIKLENYFEELLKNLYPEKRFP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transcription
molecule keywords Transcription intermediary factor 1-alpha
publication title Crystal sturcture of human bromodomain protein
rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 38
structure length 113
sequence length 113
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.3.2.27: RING-type E3 ubiquitin transferase.
pdb deposition date 2007-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 2yynA00
2GRCA 4YBMA 5A7CA 4ALHA 4UIXA 5L99A 5CY9A 5FE9A 4YATA 4FLPA 4O70A 4Z1SA 5HEMA 3DAIA 4BW1A 4A9FA 4C66A 5I29A 5TB6A 4QSSA 5AMFA 2KTBB 3MB3A 4HXMA 4Z6IA 5EWWA 5HM0A 4NYWA 5EPBA 5LUUA 5EQ1A 4UYEA 5DKCA 4CLBA 1JSPB 5CUBA 4CUPA 4YBSA 4CUQA 5F3AA 5FE4A 4TZ8A 4BJXA 5A81A 5A5QA 4MR5A 4IOQA 4YYDA 3UVYA 4QUUA 4WIVA 5HCLA 5HELA 3AADA 4QY4A 4YYNA 5L8TA 4O76A 5IG6A 5D3JA 5EV9A 4ZW1A 2YDWA 4ZC9A 4QSTA 2DVRA 4UYDA 4J1PA 5D3LA 4TTEA 3IU5A 2L85A 3FKMX 2DATA 3MUKA 3UW9A 5D25A 5I86A 4UIYA 5CPEA 5L96A 3S91A 5ENJA 4Q0OA 4UIVA 2YYNA 4QZSA 3LXJA 5E9YA 5FG6A 4QSWA 2R0VA 3UVWA 4CUUA 5ACYA 2R0SA 1X0JA 5JI8A 4KV4A 5CUCA 3G0JA 2L5EA 4CUSA 4IOOA 3Q2FA 5CQ3A 5DFDA 4BW3A 4AKNA 4LR6A 4LYIA 4Z1QA 4NR9A 2L84A 4OUFA 5D3SA 3SVFA 4UYGA 5C85A 5LVQA 4N4HA 4QR5A 1EQFA 5E7DA 5C4QA 4LRGA 3P5OA 5FFVA 5KTWA 5DKDA 5FE5A 5IGNA 4YYJA 4YYMA 5FFYA 5DYXA 4BW4A 4NR6A 5FE7A 2YELA 4YAXA 3SVGA 5DFCA 5CUGA 5TCMA 3G0LA 5DLZA 4GPJA 4DONA 3LJWA 5C87A 5E74A 4OGIA 2DVVA 2OUOA 4E96A 5EWHA 4QEVA 2R0YA 4LZSA 5IGKA 4NXJA 4Z6HA 3P1CA 4PS5A 5KHMA 5FFWA 3O34A 4UIZA 4YABA 2H60A 5G4RA 4HBWA 4J0RA 5CQ8A 3U5JA 5A5RA 3SVHA 5A5NA 4PTBA 4F3IA 4HXOA 3TLPA 2RNXA 3NXBA 4J0SA 4UYFB 5AMEA 5ETDA 2G4AA 4NUCA 4HBVA 5DLXA 5HQ5A 4TS8A 4Z93A 3MULA 1JM4B 4J3IA 5LKZA 5DW1A 4NR4A 5F61A 4UYHA 5EK9A 3K2JA 5ENBA 5DBMA 5CQ5A 2DVQA 5FE0A 4LYSA 3P1EA 4O77A 2R10A 3O37A 4NQNA 5E9KA 3AQAA 4O7FA 5CZGA 2E3KA 3U5LA 4TQNA 4YK0A 5EM3A 5HRXA 1WUMA 3DWYA 5K29A 5D24A 5ENFA 4HXLA 3JVMA 4N4GA 4QSUA 4QNSA 2DKWA 4NRAA 5E3GA 4QSVA 5EICA 5G4SA 5JWMA 2NXBA 3UV5A 4YYHA 5IIDA 5CGPA 4BW2A 3MXFA 4HXKA 5HJCA 5ENEA 5F25A 4QBMA 5EU1A 4XY9A 5CP5A 4C67A 5KU3A 2I7KA 1WUGA 3QZVA 3ONIA 4A9NA 3UV2A 5E9VA 5H1UA 5C89A 5EWDA 2N9GA 4IR4A 5EI4A 3JVKA 1ZS5A 4PCEA 5EP7A 4TU6A 4NRCA 5EWCA 3LQIA 2YEMA 4YY6A 5H1TA 5L98A 5LJ1A 4NYXA 5CQ7A 3UV4A 5D3RA 4CL9A 4YY4A 5F1HA 4YYIA 5CRZA 4HXNA 4A9HA 4CFKA 5CS8A 4NYVA 5ENCA 4O74A 4UYFA 4MR6A 5A82A 4BHWA 4YYKA 4Q0NA 4HBXA 4ALGA 5DY7A 2RO1A 5EA1A 4O78A 5C8GA 4XUAA 4O75A 5IGMA 5CFWA 2RFJA 5FB0A 5F36A 3QZSA 5D3HA 4O7CA 5E73A 5EGUA 1E6IA 4LZ2A 4A9OA 2OO1A 4NQMA 4MR4A 3O33A 4LC2A 5E9MA 4HXSA 5FE2A 4ZQLA 4CFLA 2FSAA 5DYAA 3LQHA 3U5NA 2F6NA 4IR3A 3S92A 5FE8A 5HQ6A 2I8NA 3GG3A 2MJVB 2YW5A 1N72A 5HQ7A 4OGJA 5KTXA 5CQAA 3I3JA 5ENGA 4TT4A 3LQJA 4N4IA 4YBTA 5I83A 5F1LA 4NRBA 3JVLA 4NR8A 5FBXA 4QSQA 5D26A 4QYLA 5EPRA 4MEQA 4X2IA 5FE3A 5CUDA 5EISA 4YADA 5KTUA 4A9IA 4KV1A 4NR7A 5J0DA 4PKLA 4RVRA 4O7EA 2E7OA 2F6JA 5HLSA 5FB1A 5I88A 3Q2EA 4QR3A 5ETBA 5E9IA 5LVRA 4O7BA 4QYDA 4WHUA 4YYGA 2E7NA 2RNYA 5A5OA 5I7XA 4NR5A 4A9KA 2WP2A 4MR3A 4O71A 3U5OA 4KCXA 2YEKA 4HXPA 4PCIA 5F5ZA 5LKUA 5DYUA 4TT2A 5F2PA 4UITA 5DYCA 5L8UA 1F68A 5HFQA 5KO4A 3U5KA 3JVJA 5CQTA 5LJ0A 4IORA 5CUEA 4LZRA 4MEPA 5I89A 5A83A 3MB4A 5E0RA 4QUTA 4QSRA 4TU4A 2YQDA 5EVAA 5E9LA 5DKHA 3HMHA 3UVDA 4IR5A 4HBYA 4QC1A 5II2A 5D0CA 5BT5A 4TYLA 4XY8A 2D82A 4UIWA 4NS5A 3O35A 4LDFA 5D3TA 4QB3A 5COIA 5BT4A 3RCWA 4QEUA 5FG4A 4O7AA 5F63A 5CTLA 5FE6A 4YC9A 5FH7A 5CRMA 5LJ2A 4QSXA 4LYWA 4QR4A 4XUBA 4QSPA 4A9LA 5C7NA 5EPSA 5F62A 2RNWA 3O36A 5A85A 2LSPB 5II1A 4CUTA 5BT3A 5ENIA 3U5PA 4N3WA 5F60A 5HRVA 2DVSA 5E3DA 4Y03A 4PY6A 4WHWA 5AD3A 4MENA 5CUAA 5D7XA 5HRWA 4CURA 3HMFA 2OSSA 5A5SA 5D3PA 4O72A 4QEWA 5EWVA 5LKTA 5H85A 4A9EA 4NUDA 3IU6A 4NUEA 4YH3A 5IGLA 5DX4A 5FE1A 3P1FA 5IBNA 5DW2A 4XYAA 3ZYUA 2WP1A 5ENHA 4A9JA 5A5PA 3D7CA 3UVXA 4IR6A 4MEOA 5FG5A 3P1DA 5AD2A 3QZTA 5CQ6A 4N4FA 2RI7A 4TZ2A 5I7YA 5I40A 2D9EA 3MQMA 5CU8A 5HENA 4UIUA 5FH6A 5DFBA 4A9MA 5CQ4A 5I1QA 4QC3A 5FDZA 3HMEA 2RS9B 5I80A 4TT6A 5HFRA 3U5MA 5D3NA 5L97A 4YH4A 2DWWA 5FH8A 5LKXA 5H1VA 4HXRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2GRCA 4YBMA 5A7CA 4ALHA 4UIXA 5L99A 5CY9A 5FE9A 4YATA 4FLPA 4O70A 4Z1SA 5HEMA 3DAIA 4BW1A 4A9FA 4C66A 5I29A 5TB6A 4QSSA 5AMFA 2KTBB 3MB3A 4HXMA 4Z6IA 5EWWA 5HM0A 4NYWA 5EPBA 5LUUA 5EQ1A 4UYEA 5DKCA 4CLBA 1JSPB 5CUBA 4CUPA 4YBSA 4CUQA 5F3AA 5FE4A 4TZ8A 4BJXA 5A81A 5A5QA 4MR5A 4IOQA 4YYDA 3UVYA 4QUUA 4WIVA 5HCLA 5HELA 3AADA 4QY4A 4YYNA 5L8TA 4O76A 5IG6A 5D3JA 5EV9A 4ZW1A 2YDWA 4ZC9A 4QSTA 2DVRA 4UYDA 4J1PA 5D3LA 4TTEA 3IU5A 2L85A 3FKMX 2DATA 3MUKA 3UW9A 5D25A 5I86A 4UIYA 5CPEA 5L96A 3S91A 5ENJA 4Q0OA 4UIVA 2YYNA 4QZSA 3LXJA 5E9YA 5FG6A 4QSWA 2R0VA 3UVWA 4CUUA 5ACYA 2R0SA 1X0JA 5JI8A 4KV4A 5CUCA 3G0JA 2L5EA 4CUSA 4IOOA 3Q2FA 5CQ3A 5DFDA 4BW3A 4AKNA 4LR6A 4LYIA 4Z1QA 4NR9A 2L84A 4OUFA 5D3SA 3SVFA 4UYGA 5C85A 5LVQA 4N4HA 4QR5A 1EQFA 5E7DA 5C4QA 4LRGA 3P5OA 5FFVA 5KTWA 5DKDA 5FE5A 5IGNA 4YYJA 4YYMA 5FFYA 5DYXA 4BW4A 4NR6A 5FE7A 2YELA 4YAXA 3SVGA 3VKHA 5DFCA 5CUGA 5TCMA 3G0LA 5DLZA 4GPJA 4DONA 3LJWA 5C87A 5E74A 4OGIA 2DVVA 2OUOA 4E96A 5EWHA 4QEVA 2R0YA 4LZSA 5IGKA 4AKGA 4NXJA 4Z6HA 3P1CA 4PS5A 5KHMA 5FFWA 3O34A 4UIZA 4YABA 2H60A 5G4RA 4HBWA 4J0RA 5CQ8A 3U5JA 5A5RA 3SVHA 5A5NA 4PTBA 4F3IA 4HXOA 3TLPA 2RNXA 3NXBA 4J0SA 4UYFB 5AMEA 5ETDA 2G4AA 4NUCA 4HBVA 5DLXA 5HQ5A 4TS8A 4Z93A 3MULA 1JM4B 4J3IA 5LKZA 5DW1A 4NR4A 5F61A 4UYHA 5EK9A 3K2JA 5ENBA 5CQ5A 5DBMA 2DVQA 5FE0A 4LYSA 3P1EA 4O77A 2R10A 3O37A 4NQNA 5E9KA 3AQAA 4O7FA 5CZGA 2E3KA 3U5LA 4TQNA 4YK0A 5EM3A 5HRXA 1WUMA 3DWYA 5K29A 5D24A 5ENFA 4HXLA 3JVMA 4N4GA 4QSUA 4QNSA 2DKWA 4NRAA 5E3GA 4QSVA 5EICA 5G4SA 5JWMA 2NXBA 3UV5A 4YYHA 5IIDA 5CGPA 4BW2A 3MXFA 4HXKA 5HJCA 4AKHA 3VKGA 5ENEA 5F25A 4QBMA 5EU1A 4XY9A 5CP5A 4C67A 5KU3A 2I7KA 1WUGA 3QZVA 3ONIA 4A9NA 3UV2A 5E9VA 5H1UA 5C89A 5EWDA 3ERRA 2N9GA 4IR4A 5EI4A 3JVKA 1ZS5A 4PCEA 5EP7A 4TU6A 4NRCA 5EWCA 3LQIA 2YEMA 4YY6A 5H1TA 5L98A 4AKIA 5LJ1A 4NYXA 5CQ7A 3UV4A 5D3RA 4CL9A 4YY4A 5F1HA 4YYIA 5CRZA 4HXNA 4A9HA 4CFKA 5CS8A 4NYVA 5ENCA 4O74A 4UYFA 4MR6A 5A82A 4BHWA 4YYKA 4Q0NA 4HBXA 4ALGA 5DY7A 2RO1A 5EA1A 4O78A 5C8GA 4XUAA 4O75A 5IGMA 5CFWA 2RFJA 5FB0A 5F36A 3QZSA 5D3HA 4O7CA 5E73A 5EGUA 1E6IA 4LZ2A 4A9OA 2OO1A 4NQMA 4MR4A 3O33A 4LC2A 5E9MA 4HXSA 5FE2A 4ZQLA 4CFLA 2FSAA 5DYAA 3LQHA 3U5NA 2F6NA 4IR3A 3S92A 5FE8A 5HQ6A 2I8NA 3GG3A 2MJVB 2YW5A 1N72A 5HQ7A 4OGJA 5KTXA 5CQAA 3I3JA 5ENGA 4TT4A 3LQJA 4N4IA 4YBTA 5I83A 5F1LA 4NRBA 3JVLA 4NR8A 5FBXA 4QSQA 3D1DA 5D26A 4QYLA 5EPRA 4MEQA 4X2IA 5FE3A 5CUDA 5EISA 4YADA 5KTUA 4A9IA 4KV1A 4NR7A 5J0DA 4PKLA 4RVRA 4O7EA 2E7OA 2F6JA 5HLSA 5FB1A 5I88A 3Q2EA 4QR3A 5ETBA 5E9IA 5LVRA 4O7BA 4QYDA 4WHUA 4YYGA 2E7NA 2RNYA 5A5OA 5I7XA 4NR5A 4A9KA 2WP2A 4MR3A 4O71A 3U5OA 4KCXA 2YEKA 4HXPA 4PCIA 5F5ZA 5LKUA 5DYUA 1ZKRA 4TT2A 5F2PA 4UITA 5DYCA 5L8UA 1F68A 5HFQA 5KO4A 3U5KA 3JVJA 5CQTA 2EJNA 5LJ0A 4IORA 5CUEA 4LZRA 4MEPA 5I89A 5A83A 3MB4A 5E0RA 4QUTA 4QSRA 4TU4A 2YQDA 5EVAA 5E9LA 5DKHA 3HMHA 3UVDA 4IR5A 4HBYA 4QC1A 5II2A 5D0CA 5BT5A 4TYLA 4XY8A 2D82A 4UIWA 4NS5A 3O35A 4LDFA 5D3TA 4QB3A 5COIA 5BT4A 3RCWA 1PUOA 4QEUA 5FG4A 4O7AA 5F63A 5CTLA 5FE6A 4YC9A 5FH7A 5CRMA 5LJ2A 4QSXA 4LYWA 4QR4A 4XUBA 4QSPA 4A9LA 5C7NA 5EPSA 5F62A 2RNWA 3O36A 5A85A 2LSPB 5II1A 4CUTA 5BT3A 5ENIA 3U5PA 4N3WA 5F60A 5HRVA 2DVSA 5E3DA 4Y03A 4PY6A 4WHWA 5AD3A 4MENA 5CUAA 5D7XA 3D1BA 5HRWA 4CURA 3HMFA 2OSSA 5A5SA 5D3PA 4O72A 4QEWA 5EWVA 5LKTA 5H85A 4A9EA 4NUDA 3IU6A 4NUEA 4YH3A 5IGLA 5DX4A 5FE1A 3P1FA 5IBNA 5DW2A 4XYAA 3ZYUA 2WP1A 5ENHA 4A9JA 5A5PA 3D7CA 3UVXA 4IR6A 4AI6A 4MEOA 5FG5A 3P1DA 5AD2A 3QZTA 5CQ6A 4N4FA 2RI7A 4TZ2A 5I7YA 5I40A 2D9EA 3MQMA 5CU8A 5HENA 4UIUA 5FH6A 5DFBA 4A9MA 5CQ4A 5I1QA 4QC3A 5FDZA 3HMEA 2RS9B 5I80A 4TT6A 5HFRA 3U5MA 5D3NA 5L97A 4YH4A 2DWWA 5FH8A 5LKXA 5H1VA 4HXRA
chains in the Genus database with same CATH topology
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