2YYNA

Crystal sturcture of human bromodomain protein
Total Genus 38
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
38
sequence length
113
structure length
113
Chain Sequence
KLTPIDKRKCERLLLFLYCHEMSLAFQDPVPLTVPDYYKIIKNPMDLSTIKKRLQEDYSMYSKPEDFVADFRLIFQNCAEFNEPDSEVANAGIKLENYFEELLKNLYPEKRFP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Transcription intermediary factor 1-alpha
publication title Crystal sturcture of human bromodomain protein
rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Transcription
total genus 38
structure length 113
sequence length 113
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.3.2.27: RING-type E3 ubiquitin transferase.
pdb deposition date 2007-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 2yynA00
4KV4A 5DW2A 5L8UA 5CUGA 2N9GA 5E3GA 5DY7A 5HFQA 3LXJA 3U5MA 2F6NA 5FE8A 5L99A 4FLPA 5D3RA 2YQDA 4LYIA 3U5KA 2DVRA 4PCIA 4UIVA 5HELA 5EM3A 5KU3A 4O7BA 5A81A 5HFRA 4BW2A 3DWYA 2I7KA 4IOQA 5E9KA 5EK9A 3U5NA 2RO1A 3LQJA 5DYXA 4J0RA 4YK0A 1X0JA 4YABA 4UIZA 2L85A 5CQ8A 2D82A 5EWVA 5TB6A 1JM4B 4IORA 4TU4A 2R0YA 5ENFA 3UV5A 5C87A 4XYAA 4NUDA 4A9HA 5CP5A 4CUSA 5CPEA 4CL9A 3IU6A 4YYGA 4IOOA 4NYXA 3P5OA 3ONIA 4QY4A 5IBNA 2RNWA 4HBXA 3SVHA 2R0VA 2RFJA 4NYWA 5CRZA 4O77A 3Q2FA 5FG4A 2DVQA 4A9IA 2E7OA 4A9OA 5E7DA 4TTEA 3HMHA 3O36A 4NS5A 5CUBA 4A9EA 5I29A 4IR4A 4O71A 5DFCA 4QEWA 5D3SA 4KV1A 4PS5A 4LC2A 4QC3A 5KTXA 4O7EA 5FE1A 4DONA 4YYIA 4UYEA 5I88A 3JVLA 4WHWA 2YDWA 5HCLA 4QEUA 3DAIA 4RVRA 2KTBB 5ETBA 3O35A 5FFVA 4QSSA 4PKLA 4HXMA 4QSXA 5L97A 5LKUA 4Z1QA 5I40A 1E6IA 4YADA 4F3IA 2R10A 5FE3A 3UW9A 5CTLA 5FH6A 5F63A 5E73A 5E9YA 4NQNA 5EWDA 5FE7A 5E9IA 4QR4A 5FFYA 4LZSA 4ALHA 4TU6A 5F60A 5ENCA 4YYDA 5DYUA 4LYSA 2OSSA 5CQAA 4NRBA 4NR8A 3K2JA 2F6JA 3UVDA 4A9KA 5LKTA 4OGJA 5LVRA 5FFWA 3P1CA 4NUEA 5HJCA 5E74A 4HXKA 5D3PA 5HRXA 3LQHA 5FE2A 5IGKA 5I80A 2FSAA 4XUBA 4TQNA 2YEKA 5E9VA 5K29A 5AMFA 3QZVA 5CQ7A 3P1FA 4A9FA 5EISA 4NRAA 3MUKA 4YAXA 4YH4A 3U5LA 5DYAA 4XY8A 5EPSA 4NUCA 2L5EA 3G0LA 5FE6A 4A9JA 3MQMA 3D7CA 4O75A 5F1HA 4YC9A 4Z1SA 4NR6A 4NQMA 4N3WA 4N4FA 2RNYA 5H1TA 4QR3A 5IG6A 5JWMA 3MXFA 4HXRA 5DLXA 4TT4A 5IGLA 4Y03A 4CUTA 2L84A 3SVFA 4QC1A 3UV4A 4HXSA 4UYDA 4QSQA 4BJXA 2E3KA 5A5NA 5ETDA 4KCXA 4CUUA 3HMFA 4NRCA 4HXLA 3ZYUA 4YYKA 4YH3A 5DLZA 5I83A 5A5SA 4ZQLA 5FH7A 4IR5A 5ENJA 1N72A 5H85A 4LDFA 4GPJA 4HBWA 3QZTA 4Q0NA 5A83A 4HXPA 4MEOA 4LR6A 5EQ1A 5FE5A 5LJ0A 4QR5A 2YW5A 4O7AA 4TT6A 5E3DA 4MR3A 3O34A 4YYJA 2DVVA 2WP1A 4ZW1A 4QEVA 5F1LA 4NYVA 4QSUA 3U5OA 4PY6A 1WUGA 4O70A 4OGIA 4BW3A 4NXJA 5G4RA 5EP7A 5I1QA 3AADA 5D3HA 5KO4A 5JI8A 3G0JA 5CUAA 5I7YA 5CUEA 5D7XA 5C89A 5I89A 4PCEA 4CLBA 5A85A 3Q2EA 5CY9A 4IR6A 5HEMA 5HQ7A 5I7XA 4UITA 5E0RA 3TLPA 2YELA 5ACYA 4CFKA 5HENA 3P1DA 5DKHA 5DYCA 5D3TA 4QZSA 4Z93A 4HBVA 4A9LA 4YBSA 5D3LA 5IIDA 5CGPA 2NXBA 4Q0OA 3SVGA 5HLSA 5D3JA 4NR9A 3JVJA 4HXNA 5DX4A 5CZGA 5LJ2A 3LQIA 4LYWA 4QYLA 4Z6HA 4TZ2A 5FDZA 2YYNA 4CUPA 4J0SA 2I8NA 3HMEA 5IGNA 5CQ5A 4C67A 5A5QA 4QSVA 5CQ3A 5D24A 4PTBA 5LKZA 3MULA 4MEPA 1JSPB 5F25A 5E9MA 4WHUA 5EPBA 5D25A 4UYHA 5F3AA 5DFBA 5H1VA 5A7CA 5AD3A 4YBMA 4O74A 2OO1A 4MENA 4QUUA 5F61A 2LSPB 4J3IA 3UVYA 4A9MA 3S92A 4QSPA 3UVXA 5EA1A 5FE4A 2R0SA 4N4GA 3AQAA 5FG5A 5HM0A 4UIXA 4WIVA 4QBMA 4BW4A 5FE0A 4ALGA 5KTWA 5HQ5A 5LVQA 3MB3A 5BT4A 5EWCA 4MR6A 4MEQA 5E9LA 5HRWA 5D3NA 2YEMA 4CUQA 5L96A 3JVKA 3S91A 3FKMX 4Z6IA 4XY9A 4MR4A 5EVAA 4NR7A 5DBMA 5COIA 5L98A 5EICA 4BHWA 2RI7A 2DATA 5LKXA 4ZC9A 4YYNA 4LZRA 5FH8A 4YY6A 5TCMA 4TYLA 4O72A 5A5OA 3U5JA 4HBYA 5L8TA 4NR5A 4QNSA 4QUTA 5CUCA 4O78A 5EGUA 5ENIA 1WUMA 4NR4A 5A5RA 5ENEA 4TT2A 3LJWA 4QSTA 5KHMA 5ENGA 5HQ6A 4UIUA 4AKNA 2DVSA 2OUOA 5EWWA 5DKCA 4CURA 5AMEA 5EV9A 5FBXA 4YBTA 5DW1A 5CS8A 5EU1A 2MJVB 4N4IA 4LZ2A 4OUFA 5F5ZA 5CQ6A 5C4QA 5CQ4A 4CFLA 5H1UA 2D9EA 3O37A 5J0DA 4A9NA 5BT5A 5CU8A 2DWWA 4YYMA 5D0CA 2G4AA 5ENHA 5LUUA 3IU5A 4UYFB 5EPRA 3GG3A 4QSWA 4HXOA 4BW1A 5HRVA 5C85A 4O7CA 3QZSA 4QB3A 5EWHA 3NXBA 5FB0A 5D26A 4N4HA 4E96A 4IR3A 5LJ1A 5KTUA 5II1A 5C8GA 4MR5A 1F68A 5FE9A 4O7FA 5F36A 4UYGA 5DFDA 3RCWA 4YATA 2E7NA 4UYFA 4UIYA 5IGMA 3O33A 5CUDA 5FB1A 4LRGA 5C7NA 3JVMA 4J1PA 5AD2A 2RNXA 3U5PA 3MB4A 2RS9B 2WP2A 5BT3A 2H60A 4QSRA 5A82A 5I86A 5A5PA 5FG6A 5CQTA 2DKWA 4YYHA 4TZ8A 4UIWA 2GRCA 5CFWA 4X2IA 3P1EA 5G4SA 4TS8A 5F2PA 4C66A 3UV2A 1EQFA 5II2A 4YY4A 5DKDA 3UVWA 5CRMA 4QYDA 1ZS5A 4O76A 3I3JA 5F62A 5ENBA 4XUAA 5EI4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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