5E9MA

Crystal structure of baz2b bromodomain in complex with n-methyltrimethylacetamide
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
116
structure length
116
Chain Sequence
SMSVKKPKRDDSKDLALCSMILTEMETHEDAWPFLLPVNLKLVPGYKKVIKKPMDFSTIREKLSSGQYPNLETFALDVRLVFDNCETFNEDDSDIGRAGHNMRKYFEKKWTDTFKV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B
publication title High-Throughput Fragment Docking into the BAZ2B Bromodomain: Efficient in Silico Screening for X-Ray Crystallography.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Transcription
total genus 40
structure length 116
sequence length 116
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-10-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5e9mA00
3LQIA 4LZSA 4PS5A 4BW3A 4CFLA 5C85A 4N4HA 2D82A 5D3LA 5IIDA 5LKTA 3JVKA 5DW2A 2H60A 3D7CA 3QZTA 4J1PA 4QSWA 4LYIA 5DFBA 4Y03A 2I8NA 4YABA 2E7OA 4XY9A 4YK0A 5CQ8A 5A83A 5E9LA 5AMEA 4TTEA 4QR3A 3LJWA 2OO1A 5EISA 4TQNA 5HFRA 4TT6A 3G0LA 5A5NA 4LZRA 2F6NA 5AD2A 4KCXA 2YEKA 5EU1A 5HCLA 5HM0A 4IORA 4O7AA 5L8TA 1X0JA 5I7XA 5D24A 3MXFA 3U5KA 4O78A 5C87A 5E73A 4FLPA 4QEUA 3JVLA 4TZ8A 3TLPA 5KHMA 5LKUA 3U5JA 4Z1SA 4QR5A 4HXOA 5ENGA 4DONA 5FB1A 5I83A 3Q2EA 3LXJA 4O77A 2R0SA 4NUCA 5EWCA 4O71A 5EQ1A 5KTUA 5ENIA 1E6IA 3HMEA 5ENFA 5F5ZA 5E9YA 5CUGA 5FFVA 4UYDA 4KV4A 4TU4A 4YYMA 4UYHA 5FE2A 4QSRA 4PCIA 4YAXA 4CUQA 4O75A 3P1FA 4TT2A 5LJ0A 4UIUA 5IG6A 5H1VA 3U5OA 4IOQA 1WUMA 2RFJA 3UVYA 3UVWA 3K2JA 5E9VA 4YY4A 4MEQA 5ETDA 5KTWA 4A9HA 5F1LA 4QSSA 4UYFB 2DVSA 5FH6A 4Z6IA 5I40A 3AADA 4BW2A 4C66A 2DWWA 4BW4A 4QY4A 4CLBA 5H1UA 5FFWA 4XUAA 5IGLA 4QBMA 3FKMX 4YY6A 2RI7A 4PY6A 5DFCA 4IOOA 4TT4A 2RNXA 3NXBA 5HELA 5DX4A 5FE9A 5FG4A 2N9GA 5DKHA 4A9EA 5HQ5A 3HMFA 5FE0A 3O35A 4J0RA 2E3KA 5TB6A 4BHWA 3SVHA 5ENCA 4QUTA 5C89A 5DLXA 5FE8A 4HXLA 4MR4A 4Q0NA 5EM3A 5HRXA 3UVDA 1ZS5A 5H85A 3U5NA 5I80A 5FFYA 4CUUA 5JWMA 4NYVA 5ETBA 5DFDA 3MB4A 4LC2A 3P5OA 5DBMA 4X2IA 5II2A 5G4RA 5AD3A 5I86A 4OGIA 5HQ7A 4A9IA 4O7CA 5ENHA 5ACYA 5L8UA 2L84A 2GRCA 5L99A 5CQ6A 4YYNA 5EWDA 3UW9A 5LUUA 4WHWA 4O7EA 3SVFA 4NXJA 4QYDA 2YQDA 3UVXA 4QYLA 4WHUA 5JI8A 5FE4A 3S91A 4LZ2A 4MR3A 5EWHA 5HFQA 2R0VA 5A5QA 5FG5A 3MULA 3LQJA 5F2PA 5EWWA 4QSPA 4YYJA 4YATA 4A9KA 5I7YA 5EPRA 2NXBA 3ZYUA 4MR5A 5EV9A 5A5RA 5ENBA 5DKCA 1JSPB 2R10A 4GPJA 3MUKA 5CZGA 5CRZA 5COIA 5L97A 5TCMA 5EGUA 5F60A 3U5LA 5D0CA 4UIXA 4J3IA 4ZW1A 5CUCA 5DLZA 5I29A 4QZSA 5HRWA 2RO1A 4XUBA 5LVQA 3SVGA 5EICA 5CPEA 3U5MA 5C8GA 5E9MA 5LJ2A 3O33A 5D3JA 4NRBA 5F3AA 4Z1QA 5II1A 4YYGA 4UIWA 3QZVA 4LYSA 5HQ6A 5K29A 5DW1A 4UIYA 4YYIA 4PCEA 5D3SA 4N4FA 4HBXA 5E3DA 4A9FA 4RVRA 4QSUA 2DKWA 4UIVA 2YELA 5F62A 4HXKA 4C67A 5E7DA 5EWVA 2DVVA 5LKXA 3O34A 4LRGA 4NR4A 5D7XA 5DY7A 4A9NA 2E7NA 5IGKA 4BJXA 5DYAA 1WUGA 4A9JA 5A82A 4YH3A 5ENEA 3UV5A 5F63A 5CUAA 5D3PA 5A5SA 5CQTA 5BT3A 5A5PA 5HEMA 5CGPA 5CQ7A 4F3IA 4NRAA 2RS9B 4O76A 5EVAA 4YYHA 2G4AA 5FDZA 4YYDA 4QSTA 1F68A 4NYWA 3DWYA 4YBTA 4CUPA 1N72A 4O72A 4NS5A 4UITA 4YH4A 5EPBA 5FH7A 5FE5A 3Q2FA 5HLSA 4HBYA 4N4GA 2DVRA 4N3WA 4TU6A 3QZSA 4MR6A 4LYWA 5FBXA 5LKZA 5F25A 4YYKA 4YC9A 2RNYA 2WP1A 4IR6A 4NR9A 5LVRA 4HXPA 5I88A 2D9EA 5D3HA 3JVMA 5CTLA 4LDFA 4NR8A 5J0DA 4KV1A 4QNSA 2WP2A 5E74A 4CL9A 3UV2A 5CFWA 5BT5A 4ALGA 5KTXA 4O7BA 4O70A 4CUSA 3S92A 2OSSA 4MEOA 1EQFA 4UYEA 3UV4A 4AKNA 5E0RA 4NR6A 4NQNA 4A9LA 2YDWA 4UYGA 4MEPA 5KO4A 5LJ1A 4MENA 5IBNA 3ONIA 5EI4A 4HXRA 2LSPB 5C7NA 4IR4A 4A9OA 5I89A 5F1HA 3P1DA 4NRCA 5CQAA 3U5PA 4TZ2A 4TYLA 5L96A 4PTBA 5H1TA 4QSVA 3MB3A 4HBWA 5IGMA 2YEMA 3HMHA 5CU8A 4QC3A 5HENA 2YW5A 5AMFA 4XYAA 4NQMA 5D26A 4BW1A 5FG6A 5CQ4A 5D3NA 5FH8A 5F61A 5CRMA 5EPSA 5EA1A 2DVQA 4IR3A 4Q0OA 4WIVA 4O74A 3JVJA 5CP5A 4QR4A 5CQ5A 5DYXA 5CS8A 4QC1A 2F6JA 3O36A 5HRVA 4QSXA 5A5OA 5A85A 5DKDA 5D25A 4UIZA 5G4SA 5D3RA 5E9KA 4IR5A 2FSAA 3MQMA 4ALHA 4O7FA 5CUEA 5CQ3A 2MJVB 5FE3A 2OUOA 5CUBA 4LR6A 4NUEA 2L85A 5KU3A 2I7KA 4Z6HA 4NR7A 3P1CA 4YBMA 5FB0A 5F36A 2RNWA 4OUFA 4N4IA 4NR5A 3DAIA 5I1QA 5EK9A 5A81A 3GG3A 5D3TA 3P1EA 4XY8A 3RCWA 5C4QA 1JM4B 4PKLA 3G0JA 4ZC9A 3IU6A 3LQHA 4QUUA 4Z93A 5DYUA 4ZQLA 2DATA 4HXNA 4UYFA 3IU5A 4CUTA 4QEWA 5E9IA 5FE6A 4CURA 5E3GA 4E96A 4A9MA 4YADA 2YYNA 2L5EA 5BT4A 5DYCA 3AQAA 2R0YA 5FE1A 4CFKA 5CY9A 5EP7A 4TS8A 4HBVA 4NUDA 5IGNA 3I3JA 4NYXA 5CUDA 5ENJA 5A7CA 4HXSA 5L98A 4OGJA 5FE7A 4J0SA 3O37A 5HJCA 4QEVA 4HXMA 4QSQA 4QB3A 2KTBB 4YBSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3LQIA 4LZSA 4PS5A 4BW3A 4CFLA 5C85A 4N4HA 2D82A 5D3LA 5IIDA 5LKTA 3JVKA 5DW2A 2H60A 3D7CA 3QZTA 4J1PA 4QSWA 4LYIA 5DFBA 4Y03A 2I8NA 4YABA 2E7OA 4XY9A 4YK0A 5CQ8A 5A83A 5E9LA 5AMEA 4TTEA 4QR3A 3LJWA 2OO1A 5EISA 4TQNA 5HFRA 4TT6A 3G0LA 5A5NA 4LZRA 2F6NA 5AD2A 4KCXA 2YEKA 5EU1A 5HCLA 5HM0A 4IORA 4O7AA 5L8TA 1X0JA 5I7XA 5D24A 3MXFA 3U5KA 4O78A 5C87A 5E73A 4FLPA 4QEUA 3JVLA 4TZ8A 3TLPA 5KHMA 5LKUA 3U5JA 4Z1SA 4QR5A 4HXOA 5ENGA 4DONA 5FB1A 5I83A 3Q2EA 3LXJA 4O77A 2R0SA 4NUCA 5EWCA 4O71A 5EQ1A 5KTUA 5ENIA 1E6IA 3HMEA 5ENFA 5F5ZA 5E9YA 5CUGA 5FFVA 4UYDA 4KV4A 4TU4A 4YYMA 4UYHA 5FE2A 4QSRA 4PCIA 4YAXA 4CUQA 4O75A 3P1FA 4TT2A 5LJ0A 4UIUA 5IG6A 5H1VA 4AI6A 3U5OA 4IOQA 1WUMA 2RFJA 3UVYA 3UVWA 3K2JA 5E9VA 4YY4A 4MEQA 5ETDA 5KTWA 4A9HA 5F1LA 4QSSA 4UYFB 2DVSA 5FH6A 2EJNA 4Z6IA 5I40A 3AADA 4BW2A 4C66A 2DWWA 4BW4A 4QY4A 4CLBA 5H1UA 5FFWA 4XUAA 5IGLA 4QBMA 3FKMX 4YY6A 2RI7A 4PY6A 5DFCA 4IOOA 4TT4A 2RNXA 3NXBA 5HELA 5DX4A 5FE9A 5FG4A 2N9GA 5DKHA 4A9EA 5HQ5A 3HMFA 5FE0A 3O35A 4J0RA 2E3KA 5TB6A 4BHWA 3SVHA 5ENCA 4QUTA 5C89A 5DLXA 5FE8A 4HXLA 4MR4A 4Q0NA 5EM3A 5HRXA 3UVDA 1ZS5A 5H85A 3U5NA 5I80A 5FFYA 4CUUA 5JWMA 4NYVA 5ETBA 5DFDA 3MB4A 4LC2A 3P5OA 5DBMA 4X2IA 5II2A 5G4RA 5AD3A 5I86A 4OGIA 5HQ7A 4A9IA 4O7CA 5ENHA 5ACYA 5L8UA 2L84A 2GRCA 5L99A 5CQ6A 4YYNA 5EWDA 3UW9A 5LUUA 4WHWA 4O7EA 3SVFA 4NXJA 4QYDA 2YQDA 3UVXA 4QYLA 4WHUA 4AKIA 5JI8A 5FE4A 3S91A 4LZ2A 4MR3A 5EWHA 5HFQA 2R0VA 5A5QA 5FG5A 3MULA 3LQJA 5F2PA 5EWWA 4QSPA 4YYJA 4YATA 4A9KA 5I7YA 5EPRA 2NXBA 3ZYUA 4MR5A 5EV9A 5A5RA 5ENBA 5DKCA 1JSPB 2R10A 4GPJA 3MUKA 5CZGA 5CRZA 5COIA 5L97A 5TCMA 3VKHA 5EGUA 5F60A 3U5LA 5D0CA 4UIXA 4J3IA 4ZW1A 5CUCA 5DLZA 5I29A 4QZSA 5HRWA 4AKHA 2RO1A 4XUBA 5LVQA 3SVGA 5EICA 5CPEA 1ZKRA 3U5MA 5C8GA 5E9MA 5LJ2A 3O33A 5D3JA 4NRBA 5F3AA 4Z1QA 5II1A 4YYGA 4UIWA 3QZVA 4LYSA 5HQ6A 5K29A 5DW1A 4UIYA 4YYIA 4PCEA 5D3SA 4N4FA 4HBXA 5E3DA 4A9FA 4RVRA 4QSUA 2DKWA 4UIVA 2YELA 5F62A 4HXKA 4C67A 5E7DA 5EWVA 2DVVA 5LKXA 3O34A 4LRGA 4AKGA 4NR4A 5D7XA 5DY7A 4A9NA 2E7NA 5IGKA 4BJXA 5DYAA 1WUGA 4A9JA 5A82A 3VKGA 4YH3A 5ENEA 3UV5A 5F63A 5CUAA 3D1DA 5D3PA 5A5SA 5CQTA 5BT3A 5A5PA 5HEMA 5CGPA 5CQ7A 4F3IA 4NRAA 2RS9B 4O76A 5EVAA 4YYHA 2G4AA 5FDZA 4YYDA 4QSTA 1F68A 4NYWA 3DWYA 4YBTA 4CUPA 1N72A 4O72A 4NS5A 4UITA 4YH4A 5EPBA 5FH7A 5FE5A 3Q2FA 5HLSA 4HBYA 4N4GA 2DVRA 4N3WA 4TU6A 3QZSA 4MR6A 4LYWA 5FBXA 5LKZA 5F25A 4YYKA 4YC9A 2RNYA 2WP1A 4IR6A 4NR9A 5LVRA 4HXPA 5I88A 2D9EA 5D3HA 3JVMA 5CTLA 4LDFA 4NR8A 5J0DA 4KV1A 4QNSA 2WP2A 5E74A 4CL9A 3UV2A 5CFWA 5BT5A 4ALGA 5KTXA 4O7BA 4O70A 4CUSA 3S92A 2OSSA 4MEOA 1EQFA 4UYEA 3UV4A 4AKNA 5E0RA 4NR6A 4NQNA 4A9LA 2YDWA 4UYGA 4MEPA 5KO4A 5LJ1A 4MENA 5IBNA 3ONIA 5EI4A 4HXRA 2LSPB 5C7NA 4IR4A 4A9OA 5I89A 5F1HA 3P1DA 4NRCA 5CQAA 3U5PA 4TZ2A 4TYLA 5L96A 4PTBA 5H1TA 4QSVA 3MB3A 4HBWA 5IGMA 2YEMA 3HMHA 5CU8A 4QC3A 5HENA 3D1BA 2YW5A 5AMFA 4XYAA 4NQMA 5D26A 4BW1A 5FG6A 5CQ4A 5D3NA 5FH8A 5F61A 5CRMA 5EPSA 5EA1A 2DVQA 4IR3A 4Q0OA 4WIVA 4O74A 3JVJA 5CP5A 4QR4A 5CQ5A 5DYXA 5CS8A 4QC1A 2F6JA 3O36A 5HRVA 4QSXA 5A5OA 5A85A 5DKDA 5D25A 4UIZA 5G4SA 5D3RA 5E9KA 4IR5A 2FSAA 3MQMA 4ALHA 4O7FA 5CUEA 5CQ3A 2MJVB 5FE3A 2OUOA 5CUBA 4LR6A 4NUEA 2L85A 5KU3A 2I7KA 4Z6HA 4NR7A 3P1CA 4YBMA 5FB0A 5F36A 1PUOA 2RNWA 4OUFA 4N4IA 4NR5A 3DAIA 5I1QA 5EK9A 5A81A 3GG3A 5D3TA 3P1EA 4XY8A 3RCWA 5C4QA 1JM4B 4PKLA 3G0JA 4ZC9A 3IU6A 3LQHA 4QUUA 4Z93A 5DYUA 4ZQLA 2DATA 4HXNA 4UYFA 3IU5A 4CUTA 4QEWA 5E9IA 5FE6A 4CURA 5E3GA 4E96A 4A9MA 4YADA 2YYNA 2L5EA 5BT4A 5DYCA 3AQAA 2R0YA 3ERRA 5FE1A 4CFKA 5CY9A 5EP7A 4TS8A 4HBVA 4NUDA 5IGNA 3I3JA 4NYXA 5CUDA 5ENJA 5A7CA 4HXSA 5L98A 4OGJA 5FE7A 4J0SA 3O37A 5HJCA 4QEVA 4HXMA 4QSQA 4QB3A 2KTBB 4YBSA
chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3LQI A;  4LZS A;  4PS5 A;  4BW3 A;  4CFL A;  5C85 A;  4N4H A;  2D82 A;  5D3L A;  5IID A;  5LKT A;  3JVK A;  5DW2 A;  2H60 A;  3D7C A;  3QZT A;  4J1P A;  4QSW A;  4LYI A;  5DFB A;  4Y03 A;  2I8N A;  4YAB A;  2E7O A;  4XY9 A;  4YK0 A;  5CQ8 A;  5A83 A;  5E9L A;  5AME A;  4TTE A;  4QR3 A;  3LJW A;  2OO1 A;  5EIS A;  4TQN A;  5HFR A;  4TT6 A;  3G0L A;  5A5N A;  4LZR A;  2F6N A;  5AD2 A;  4KCX A;  2YEK A;  5EU1 A;  5HCL A;  5HM0 A;  4IOR A;  4O7A A;  5L8T A;  1X0J A;  5I7X A;  5D24 A;  3MXF A;  3U5K A;  4O78 A;  5C87 A;  5E73 A;  4FLP A;  4QEU A;  3JVL A;  4TZ8 A;  3TLP A;  5KHM A;  5LKU A;  3U5J A;  4Z1S A;  4QR5 A;  4HXO A;  5ENG A;  4DON A;  5FB1 A;  5I83 A;  3Q2E A;  3LXJ A;  4O77 A;  2R0S A;  4NUC A;  5EWC A;  4O71 A;  5EQ1 A;  5KTU A;  5ENI A;  1E6I A;  3HME A;  5ENF A;  5F5Z A;  5E9Y A;  5CUG A;  5FFV A;  4UYD A;  4KV4 A;  4TU4 A;  4YYM A;  4UYH A;  5FE2 A;  4QSR A;  4PCI A;  4YAX A;  4CUQ A;  4O75 A;  3P1F A;  4TT2 A;  5LJ0 A;  4UIU A;  5IG6 A;  5H1V A;  3U5O A;  4IOQ A;  1WUM A;  2RFJ A; 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