4O7CA

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with sb-614067-r
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title Acetyl-lysine Binding Site of Bromodomain-Containing Protein 4 (BRD4) Interacts with Diverse Kinase Inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Transcription/inhibitor
total genus 44
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-12-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4o7cA01
5EGUA 1JSPB 4TTEA 3U5KA 5DKHA 4J3IA 2DWWA 5D3HA 5C7NA 5FG5A 5F36A 4NR8A 4J1PA 4CURA 3LQIA 5I1QA 4NYXA 4PKLA 5DFDA 5EISA 5D3TA 5FFWA 4O78A 3MQMA 4LZSA 3SVHA 4N4FA 5A81A 2I8NA 2H60A 4CFKA 5A5SA 3UVYA 4BW3A 4YH4A 4HXLA 5HFQA 5FE1A 3JVLA 4QSPA 5LUUA 5KO4A 5CQ6A 5ENBA 4YABA 4NRAA 4HXOA 4PCEA 4O7AA 5F62A 5E3DA 4QBMA 5J0DA 4QR5A 3DWYA 2DATA 1E6IA 4N4IA 4UIZA 4Y03A 5D3LA 5CFWA 5FE4A 5EWWA 5I86A 4TU6A 3U5JA 2RI7A 5HLSA 2YEKA 4YBSA 4NRCA 3SVGA 5H85A 5HM0A 4N3WA 5ENJA 3IU6A 5A5QA 5BT5A 2OO1A 4MEPA 4XY9A 5L98A 4TZ2A 2R0SA 3MULA 5E9LA 4A9IA 4J0RA 5KTWA 2LSPB 5LKUA 4MENA 2F6JA 5A83A 5D24A 4BW4A 4KCXA 5FE9A 4N4HA 4KV1A 5FE7A 5A85A 4TT6A 3ZYUA 4O72A 3MXFA 5ETBA 5LVRA 3MB4A 5II1A 4DONA 4PS5A 4WHUA 4A9FA 4NYWA 4OGJA 3LQHA 5CQ8A 3P1DA 4F3IA 5CGPA 5FG6A 2L84A 4NRBA 5CP5A 4TYLA 2E3KA 2OUOA 5EWHA 5LKTA 2DVRA 5E7DA 4C67A 4O77A 5KU3A 2R0VA 2RNWA 5C87A 4CUTA 4CLBA 3HMEA 4OUFA 2FSAA 5EWCA 5JI8A 5DW2A 4HBVA 4HXNA 4YBMA 3Q2EA 3QZTA 4O76A 5D7XA 3D7CA 5CY9A 5ENIA 2OSSA 4IORA 5IGNA 5FE3A 2YDWA 5A82A 4MEOA 2YW5A 5HENA 4UYFB 4O7CA 4UYEA 4QR4A 4Z93A 2RNYA 4QC1A 4QSXA 3U5NA 4A9NA 4ALHA 5ENHA 5IG6A 5I29A 2R10A 5CTLA 5F60A 2WP1A 5FB0A 4A9OA 4YAXA 5C8GA 3O35A 5EWDA 5DLXA 4YYHA 3IU5A 4YATA 4YYJA 4NS5A 3LXJA 5L97A 4N4GA 5A5PA 4MR5A 5IGLA 5F63A 4CL9A 1EQFA 5HQ6A 5I7YA 5LVQA 3JVJA 4QSQA 5HEMA 4XY8A 5KTXA 5D3RA 5C89A 5TB6A 5KHMA 5A5OA 5ENCA 5F3AA 4LC2A 5E9MA 3P1FA 4NR4A 5FH6A 3P5OA 5D3NA 3O36A 5II2A 3UVXA 4IR3A 4NR6A 4PY6A 4WHWA 2L85A 5EWVA 5TCMA 4C66A 2GRCA 4NR5A 4QY4A 5HFRA 4QSUA 5FH7A 2KTBB 5I80A 5HQ5A 5AD3A 3UVWA 2I7KA 4YYGA 5DFCA 5E9VA 5FFVA 3QZSA 4NQMA 2RS9B 4QSTA 4GPJA 4O75A 4Q0OA 5I83A 5LJ0A 5K29A 2WP2A 3FKMX 4QC3A 3O33A 4AKNA 4O7EA 4HBYA 4CFLA 3U5MA 5D3JA 4YK0A 3P1CA 4QUUA 4UYDA 5EI4A 4A9JA 5ENGA 5G4SA 4O70A 5EICA 4HXSA 5JWMA 5D0CA 2MJVB 4OGIA 2G4AA 4XYAA 5DYCA 3UW9A 4J0SA 4BW2A 4HBXA 3I3JA 4YADA 1WUGA 3S92A 5A5RA 4UYGA 4QSRA 5IGMA 5CUGA 5AD2A 2N9GA 1F68A 5CRZA 5LJ1A 4O7BA 4QEUA 4LYIA 5HRVA 4MEQA 4YYMA 5I89A 5I7XA 5HJCA 4O74A 5CUDA 5DY7A 5FE6A 5EM3A 5HRWA 4TT2A 4UIYA 3HMFA 3P1EA 4QEWA 2YQDA 2F6NA 4HXRA 5EP7A 4UYHA 3JVMA 4NUEA 4A9KA 4IR6A 5FB1A 5HRXA 5I88A 4QSVA 5ENFA 5HELA 5DLZA 4O7FA 4KV4A 5CUAA 4NQNA 5HQ7A 4E96A 4IR5A 2RO1A 1JM4B 5DW1A 4QEVA 5H1TA 4LZ2A 5E73A 4FLPA 4BHWA 4MR6A 1WUMA 5DYUA 5F1LA 4XUBA 5DYAA 4YY6A 3UV5A 3DAIA 5H1UA 4YBTA 5D3PA 5IIDA 2L5EA 4Q0NA 5CU8A 4TQNA 4RVRA 3K2JA 4YYIA 5L8TA 5IBNA 3U5PA 4HBWA 4A9MA 2D82A 5CS8A 5FDZA 2YYNA 3NXBA 5COIA 4YH3A 4ZQLA 5E0RA 5F2PA 4LRGA 2RFJA 2R0YA 4LDFA 3LQJA 5AMFA 2NXBA 4CUUA 4Z1QA 5FBXA 5D26A 4UITA 2DVSA 4TU4A 5F1HA 2DVVA 1N72A 5L96A 1X0JA 2E7OA 4UIXA 4Z1SA 5EV9A 5DX4A 5D25A 4QZSA 3ONIA 4Z6IA 4TT4A 2RNXA 5LKZA 5ETDA 4QNSA 5LJ2A 4ZW1A 5CUEA 4WIVA 3UVDA 4CUPA 4YYKA 5CQ4A 5G4RA 5CQAA 4A9EA 4LR6A 5DKCA 5EQ1A 3UV4A 5CPEA 4ALGA 3LJWA 4MR3A 5DKDA 5CQTA 4QSSA 5FH8A 4QYLA 4UIWA 5F61A 5EU1A 5CQ5A 3U5OA 5E9YA 2E7NA 5D3SA 4CUQA 5LKXA 4NR9A 5E9KA 5FE0A 2YEMA 5L99A 2YELA 3HMHA 4LZRA 5C85A 4X2IA 5BT4A 5FE8A 3AQAA 4LYWA 5EK9A 3SVFA 3S91A 5BT3A 5H1VA 4O71A 4TZ8A 3GG3A 4QYDA 5EVAA 5IGKA 5EPSA 4HXMA 5C4QA 4ZC9A 3QZVA 4Z6HA 3MB3A 3UV2A 4PCIA 5HCLA 4QR3A 4UYFA 3RCWA 3G0JA 5FG4A 5CUBA 5FE2A 3MUKA 4NR7A 3O37A 4IR4A 4NXJA 4QSWA 3Q2FA 5ENEA 3O34A 4MR4A 4NUDA 4XUAA 3G0LA 1ZS5A 2D9EA 5CRMA 3U5LA 4NYVA 4UIVA 5EA1A 5F25A 4QUTA 4QB3A 2DVQA 5EPRA 5KTUA 4PTBA 5FFYA 5E3GA 5CZGA 4IOQA 4A9LA 4YYNA 4TS8A 4NUCA 5CUCA 5DBMA 4YYDA 5FE5A 4HXKA 5CQ7A 5CQ3A 5L8UA 5DFBA 5E9IA 4IOOA 5AMEA 4YC9A 5ACYA 5I40A 4HXPA 4LYSA 5EPBA 5F5ZA 5A5NA 4CUSA 4BJXA 3AADA 3JVKA 2DKWA 5DYXA 5A7CA 4BW1A 3TLPA 5E74A 4YY4A 4UIUA 4A9HA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5EGUA 1JSPB 4TTEA 3U5KA 5DKHA 4J3IA 2DWWA 5D3HA 5C7NA 5FG5A 5F36A 4NR8A 4J1PA 4CURA 3LQIA 5I1QA 4NYXA 4PKLA 5DFDA 5EISA 5D3TA 5FFWA 4O78A 3MQMA 4LZSA 3SVHA 4N4FA 5A81A 2I8NA 2H60A 4CFKA 5A5SA 3D1DA 3UVYA 4BW3A 4YH4A 4HXLA 5HFQA 5FE1A 3JVLA 4QSPA 5LUUA 5KO4A 5CQ6A 5ENBA 4YABA 4NRAA 4HXOA 4PCEA 4O7AA 5F62A 5E3DA 4QBMA 3VKGA 5J0DA 4QR5A 3DWYA 2DATA 1E6IA 4N4IA 4UIZA 4Y03A 5D3LA 5CFWA 5FE4A 5EWWA 5I86A 4TU6A 3U5JA 2RI7A 5HLSA 2YEKA 4YBSA 4NRCA 3SVGA 5H85A 5HM0A 4N3WA 5ENJA 3IU6A 5A5QA 5BT5A 2OO1A 4MEPA 4XY9A 5L98A 4TZ2A 2R0SA 3MULA 5E9LA 4A9IA 4J0RA 5KTWA 2LSPB 5LKUA 4MENA 2F6JA 5A83A 5D24A 4BW4A 4KCXA 5FE9A 4N4HA 4KV1A 5FE7A 5A85A 4TT6A 3ZYUA 4O72A 3MXFA 5ETBA 5LVRA 3MB4A 5II1A 4DONA 4PS5A 4WHUA 4A9FA 4NYWA 4OGJA 3LQHA 5CQ8A 3P1DA 4F3IA 5CGPA 5FG6A 2L84A 4NRBA 5CP5A 4TYLA 2E3KA 2OUOA 5EWHA 5LKTA 2DVRA 5E7DA 4C67A 4O77A 5KU3A 2R0VA 2RNWA 5C87A 4CUTA 4CLBA 3HMEA 4OUFA 2FSAA 5EWCA 5JI8A 5DW2A 4HBVA 4HXNA 4YBMA 3Q2EA 3QZTA 4O76A 5D7XA 3D7CA 5CY9A 5ENIA 2OSSA 4IORA 5IGNA 5FE3A 2YDWA 5A82A 4MEOA 2YW5A 5HENA 4UYFB 4O7CA 4UYEA 4QR4A 4Z93A 3VKHA 2RNYA 4QC1A 4QSXA 3U5NA 4A9NA 4ALHA 5ENHA 5IG6A 5I29A 2R10A 5CTLA 3ERRA 5F60A 2WP1A 5FB0A 4A9OA 3D1BA 4YAXA 5C8GA 3O35A 5EWDA 5DLXA 4YYHA 3IU5A 4YATA 4YYJA 4NS5A 3LXJA 5L97A 4N4GA 5A5PA 4MR5A 5IGLA 5F63A 4CL9A 1EQFA 5HQ6A 5I7YA 5LVQA 3JVJA 4QSQA 5HEMA 4XY8A 5KTXA 5D3RA 5C89A 5TB6A 5KHMA 5A5OA 5ENCA 5F3AA 4LC2A 5E9MA 3P1FA 4AKGA 4NR4A 5FH6A 3P5OA 5D3NA 3O36A 5II2A 3UVXA 4IR3A 4NR6A 4PY6A 4WHWA 1ZKRA 2L85A 5EWVA 5TCMA 4C66A 2GRCA 4NR5A 4QY4A 5HFRA 4QSUA 5FH7A 2KTBB 5I80A 5HQ5A 5AD3A 3UVWA 1PUOA 2I7KA 4YYGA 5DFCA 4AKIA 5E9VA 4AKHA 5FFVA 3QZSA 4NQMA 2RS9B 4QSTA 4GPJA 4O75A 4Q0OA 5I83A 5LJ0A 5K29A 2WP2A 3FKMX 4QC3A 3O33A 4AKNA 4O7EA 4HBYA 4CFLA 3U5MA 5D3JA 4YK0A 3P1CA 4QUUA 4UYDA 5EI4A 4A9JA 5ENGA 5G4SA 4O70A 5EICA 4HXSA 5JWMA 5D0CA 2MJVB 4OGIA 2G4AA 4XYAA 5DYCA 3UW9A 4J0SA 4BW2A 4HBXA 3I3JA 4YADA 1WUGA 3S92A 5A5RA 4UYGA 4QSRA 5IGMA 5CUGA 5AD2A 2N9GA 1F68A 5CRZA 5LJ1A 4O7BA 4QEUA 4LYIA 5HRVA 4MEQA 4YYMA 5I89A 5I7XA 5HJCA 4O74A 5CUDA 5DY7A 5FE6A 5EM3A 5HRWA 4TT2A 4UIYA 3HMFA 3P1EA 4QEWA 2YQDA 2F6NA 4HXRA 5EP7A 4UYHA 3JVMA 4NUEA 4A9KA 4IR6A 5FB1A 5HRXA 5I88A 4QSVA 5ENFA 5HELA 5DLZA 4O7FA 4KV4A 5CUAA 4NQNA 5HQ7A 4E96A 4IR5A 2RO1A 1JM4B 5DW1A 4QEVA 5H1TA 4LZ2A 5E73A 4FLPA 4BHWA 4MR6A 1WUMA 5DYUA 5F1LA 4XUBA 5DYAA 4YY6A 3UV5A 3DAIA 5H1UA 4YBTA 5D3PA 5IIDA 2L5EA 4Q0NA 5CU8A 4TQNA 4RVRA 3K2JA 4YYIA 5L8TA 5IBNA 3U5PA 4HBWA 4A9MA 2D82A 5CS8A 5FDZA 2YYNA 3NXBA 5COIA 4YH3A 4ZQLA 5E0RA 5F2PA 4LRGA 2RFJA 2R0YA 4LDFA 3LQJA 5AMFA 2NXBA 4CUUA 4Z1QA 5FBXA 5D26A 4UITA 2DVSA 4TU4A 5F1HA 2DVVA 1N72A 5L96A 2EJNA 1X0JA 2E7OA 4UIXA 4Z1SA 5EV9A 5DX4A 5D25A 4QZSA 3ONIA 4Z6IA 4TT4A 2RNXA 5LKZA 5ETDA 4QNSA 5LJ2A 4ZW1A 5CUEA 4WIVA 3UVDA 4CUPA 4YYKA 5CQ4A 5G4RA 5CQAA 4A9EA 4LR6A 5DKCA 5EQ1A 3UV4A 5CPEA 4ALGA 3LJWA 4MR3A 5DKDA 5CQTA 4QSSA 5FH8A 4QYLA 4UIWA 5F61A 5EU1A 5CQ5A 4AI6A 3U5OA 5E9YA 2E7NA 5D3SA 4CUQA 5LKXA 4NR9A 5E9KA 5FE0A 2YEMA 5L99A 2YELA 3HMHA 4LZRA 5C85A 4X2IA 5BT4A 5FE8A 3AQAA 4LYWA 5EK9A 3SVFA 3S91A 5BT3A 5H1VA 4O71A 4TZ8A 3GG3A 4QYDA 5EVAA 5IGKA 5EPSA 4HXMA 5C4QA 4ZC9A 3QZVA 4Z6HA 3MB3A 3UV2A 4PCIA 5HCLA 4QR3A 4UYFA 3RCWA 3G0JA 5FG4A 5CUBA 5FE2A 3MUKA 4NR7A 3O37A 4IR4A 4NXJA 4QSWA 3Q2FA 5ENEA 3O34A 4MR4A 4NUDA 4XUAA 3G0LA 1ZS5A 2D9EA 5CRMA 3U5LA 4NYVA 4UIVA 5EA1A 5F25A 4QUTA 4QB3A 2DVQA 5EPRA 5KTUA 4PTBA 5FFYA 5E3GA 5CZGA 4IOQA 4A9LA 4YYNA 4TS8A 4NUCA 5CUCA 5DBMA 4YYDA 5FE5A 4HXKA 5CQ7A 5CQ3A 5L8UA 5DFBA 5E9IA 4IOOA 5AMEA 4YC9A 5ACYA 5I40A 4HXPA 4LYSA 5EPBA 5F5ZA 5A5NA 4CUSA 4BJXA 3AADA 3JVKA 2DKWA 5DYXA 5A7CA 4BW1A 3TLPA 5E74A 4YY4A 4UIUA 4A9HA
chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5EGU A;  1JSP B;  4TTE A;  3U5K A;  5DKH A;  4J3I A;  2DWW A;  5D3H A;  5C7N A;  5FG5 A;  5F36 A;  4NR8 A;  4J1P A;  4CUR A;  3LQI A;  5I1Q A;  4NYX A;  4PKL A;  5DFD A;  5EIS A;  5D3T A;  5FFW A;  4O78 A;  3MQM A;  4LZS A;  3SVH A;  4N4F A;  5A81 A;  2I8N A;  2H60 A;  4CFK A;  5A5S A;  3UVY A;  4BW3 A;  4YH4 A;  4HXL A;  5HFQ A;  5FE1 A;  3JVL A;  4QSP A;  5LUU A;  5KO4 A;  5CQ6 A;  5ENB A;  4YAB A;  4NRA A;  4HXO A;  4PCE A;  4O7A A;  5F62 A;  5E3D A;  4QBM A;  5J0D A;  4QR5 A;  3DWY A;  2DAT A;  1E6I A;  4N4I A;  4UIZ A;  4Y03 A;  5D3L A;  5CFW A;  5FE4 A;  5EWW A;  5I86 A;  4TU6 A;  3U5J A;  2RI7 A;  5HLS A;  2YEK A;  4YBS A;  4NRC A;  3SVG A;  5H85 A;  5HM0 A;  4N3W A;  5ENJ A;  3IU6 A;  5A5Q A;  5BT5 A;  2OO1 A;  4MEP A;  4XY9 A;  5L98 A;  4TZ2 A;  2R0S A;  3MUL A;  5E9L A;  4A9I A;  4J0R A;  5KTW A;  2LSP B;  5LKU A;  4MEN A;  2F6J A;  5A83 A;  5D24 A;  4BW4 A;  4KCX A;  5FE9 A;  4N4H A;  4KV1 A;  5FE7 A;  5A85 A;  4TT6 A;  3ZYU A;  4O72 A;  3MXF A;  5ETB A;  5LVR A;  3MB4 A;  5II1 A; 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