5EWVA

Crystal structure of the human brpf1 bromodomain in complex with seed20
Total Genus 39
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
39
sequence length
113
structure length
113
Chain Sequence
EMQLTPFLILLRKTLEQLQEKDTGNIFSEPVPLSEVPDYLDHIKKPMDFFTMKQNLEAYRYLNFDDFEEDFNLIVSNCLKYNAKDTIFYRAAVRLREQGGAVLRQARRQAEKM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Dna binding protein
molecule keywords Peregrin
publication title Crystal structure of the human BRPF1 bromodomain in complex with SEED20
rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 39
structure length 113
sequence length 113
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-11-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5ewvA00
3O36A 4QZSA 5D24A 5HELA 4TT4A 4QSQA 4UYHA 3HMEA 4HXLA 5CS8A 5FE2A 4IOQA 4WHWA 5LKTA 5HEMA 4YATA 5FG6A 4NYWA 5LKUA 4O7CA 5FG5A 2L85A 3FKMX 2I8NA 4HXKA 4E96A 5E9LA 4KCXA 5A5PA 3NXBA 4LZSA 2RFJA 4QBMA 4QSRA 4F3IA 5A5RA 3P1CA 4J0SA 3I3JA 4CFLA 5EWCA 4PTBA 3ONIA 4NR7A 5II1A 4CUSA 5FE4A 5FFVA 4TS8A 4BJXA 4N4IA 2E7NA 3SVGA 5CGPA 4QYDA 5KTUA 4AKNA 5FH8A 2DVVA 4ZC9A 5F1LA 5TB6A 2RI7A 3Q2FA 5CQ3A 3Q2EA 5DYCA 5F61A 5EPBA 2YDWA 5A81A 3IU6A 5ENEA 2R0YA 5IGLA 2L84A 5A5SA 3U5NA 3U5OA 2YQDA 5FE8A 5DW2A 4NXJA 5EM3A 5L97A 5LJ0A 1N72A 4FLPA 4XY9A 3HMFA 2OO1A 5FB1A 4CUPA 4IOOA 3LQHA 4HBYA 4ALHA 4OGJA 4LDFA 4YYMA 4Z1SA 4YC9A 5D3RA 1F68A 5F60A 5E74A 2F6JA 3QZTA 4BW2A 5LJ1A 4QR4A 4TYLA 4YY4A 5F25A 5DFBA 4HXMA 5CPEA 5D3LA 4O7BA 5I83A 5EICA 5EPRA 5F63A 4O75A 4TT6A 5EV9A 4TZ2A 3UV4A 5E9IA 5CQ6A 4HXRA 3LXJA 5DKDA 5F3AA 5J0DA 1WUGA 4UYDA 5EA1A 2DVSA 5EK9A 4J1PA 4QR5A 4UYFA 4Z1QA 5L8UA 3U5LA 5HJCA 2R0SA 5E9KA 4A9IA 4XUAA 4NUEA 4IR5A 3UV5A 4TTEA 5ACYA 4LYIA 3LQJA 4A9MA 5EGUA 5A7CA 3IU5A 5C4QA 5D3JA 5HLSA 5EWDA 5DY7A 4Z6HA 3TLPA 5BT5A 4YH4A 4QYLA 4O76A 4MEPA 4NQMA 5F5ZA 5I1QA 4PCEA 2E7OA 4YADA 4O70A 4HXOA 5CQTA 4KV4A 5CUEA 5FG4A 4CUTA 2NXBA 4QB3A 4UYFB 2R10A 5DKCA 3MXFA 3P1DA 5H1TA 4QY4A 5DYAA 4A9LA 4QNSA 5C8GA 5A82A 5HRWA 4NS5A 5D3SA 4HXSA 5E3DA 4OGIA 5E0RA 5C89A 4GPJA 3P5OA 5CUCA 5CP5A 2E3KA 3AQAA 3UVWA 4Q0NA 4HBVA 3GG3A 4O7AA 5IGNA 2FSAA 4UIZA 3O37A 5EVAA 2R0VA 4C66A 3K2JA 4LZRA 5H1VA 3U5PA 5K29A 5D26A 5LKZA 4N3WA 4IR6A 5F2PA 5CUAA 5A5OA 3HMHA 4HBXA 3AADA 5FDZA 4NQNA 4NUDA 5HENA 4PCIA 3U5KA 4MEQA 4YBSA 4QSXA 1JSPB 5I40A 4YYIA 4UIXA 5HFQA 4TT2A 4Q0OA 4YYJA 2OUOA 4YY6A 4NYVA 4BW4A 5HRVA 4O71A 5A5NA 4A9JA 4TQNA 5JWMA 2GRCA 4QSPA 5LJ2A 4MR3A 2DATA 4Z93A 5CZGA 4OUFA 4O7FA 4QSWA 5DKHA 5BT4A 4UYEA 2DKWA 5ETBA 5EP7A 5DFCA 5CTLA 3UW9A 4BW3A 4TU6A 5ETDA 5D25A 1E6IA 5EWHA 4IORA 5CU8A 5CQ7A 5F62A 4N4HA 4A9FA 5COIA 3DAIA 5IBNA 4QEVA 5G4RA 4YH3A 3MULA 4QSUA 3U5MA 5L98A 5KO4A 4TZ8A 4YBTA 5AD2A 3QZVA 5ENGA 4YYNA 3JVJA 1JM4B 4N4FA 3SVFA 5E7DA 4Y03A 5DLXA 4CUQA 2RNWA 4IR3A 5I7XA 4QR3A 5KHMA 4O78A 4Z6IA 4A9OA 3UV2A 4YAXA 5ENCA 2YYNA 5L8TA 4CURA 5EI4A 5IGMA 4A9EA 5C87A 4A9KA 3O34A 3P1FA 4C67A 4YABA 3LQIA 5A85A 5EWWA 2KTBB 2WP2A 5F36A 4XY8A 5HRXA 4HXNA 5FE6A 4PY6A 5FE0A 3JVMA 4NRAA 5LVRA 3UVYA 4MENA 5EWVA 2N9GA 4LYSA 4A9NA 5HQ7A 5CY9A 2RO1A 5FFYA 3D7CA 5CQ5A 4UIVA 2LSPB 4NR8A 5AMFA 2F6NA 3U5JA 3O33A 4TU4A 1X0JA 3S92A 5JI8A 4KV1A 4WHUA 4ZQLA 5ENJA 5LVQA 4LR6A 5I89A 4HBWA 4J3IA 5DBMA 4ZW1A 4UIWA 5I29A 2L5EA 4IR4A 4XYAA 4A9HA 5E9VA 3LJWA 4MR6A 2YELA 5D3PA 5I80A 5FH7A 5CQ8A 4N4GA 3JVKA 5KTWA 4NR5A 2G4AA 3G0JA 2RS9B 4RVRA 4NYXA 5CUDA 5HQ6A 4QUUA 4ALGA 5E73A 4WIVA 5CRMA 5AMEA 2I7KA 5ENIA 4UYGA 4MR4A 4QC1A 5D3HA 5FE3A 5H1UA 3MB3A 1WUMA 3UVDA 2MJVB 5LUUA 5FB0A 4UIUA 5TCMA 5CRZA 3SVHA 2D9EA 5CFWA 5C85A 5HFRA 4QSTA 4CL9A 5DW1A 4YYGA 4CFKA 5DYXA 5IG6A 4NR9A 3QZSA 5EQ1A 5FE9A 5I88A 4NUCA 5EU1A 5FH6A 3S91A 5DLZA 4J0RA 4YBMA 3P1EA 2DWWA 5L96A 5A83A 2WP1A 3RCWA 4HXPA 5DYUA 2OSSA 5HCLA 5KTXA 5E9MA 4PKLA 4UIYA 4XUBA 5DFDA 5FE1A 5CUGA 3UVXA 4PS5A 5II2A 4LC2A 5LKXA 4QSVA 4QUTA 5D0CA 4QEWA 5F1HA 4LRGA 4NR6A 4LZ2A 3MUKA 4YK0A 4QSSA 4NRCA 4O72A 5E9YA 3O35A 2H60A 2YEMA 5KU3A 4CUUA 5E3GA 5D3NA 5FFWA 5A5QA 5ENBA 1ZS5A 5IIDA 5I7YA 5EISA 2YEKA 3MB4A 4MEOA 5C7NA 5FE7A 4O7EA 4BHWA 4YYDA 5AD3A 5CQ4A 5EPSA 5H85A 5BT3A 4DONA 5I86A 1EQFA 4NRBA 3DWYA 5ENFA 4QC3A 2DVRA 5CUBA 5DX4A 4X2IA 5HQ5A 4BW1A 5G4SA 4NR4A 3G0LA 3JVLA 2D82A 5HM0A 2DVQA 4CLBA 5IGKA 2RNXA 4YYKA 5FE5A 5D7XA 5ENHA 4LYWA 4MR5A 4QEUA 4UITA 5D3TA 2YW5A 5CQAA 5FBXA 5L99A 3ZYUA 2RNYA 4O77A 4O74A 4YYHA 3MQMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3O36A 4QZSA 5D24A 5HELA 4TT4A 4QSQA 4UYHA 3HMEA 4HXLA 5CS8A 5FE2A 4IOQA 4WHWA 5LKTA 5HEMA 4YATA 5FG6A 4NYWA 5LKUA 4O7CA 5FG5A 2L85A 3FKMX 2I8NA 4HXKA 4E96A 5E9LA 4KCXA 5A5PA 3NXBA 4LZSA 2RFJA 4QBMA 4QSRA 4F3IA 5A5RA 3P1CA 4J0SA 3I3JA 4CFLA 5EWCA 4PTBA 3ONIA 4NR7A 5II1A 4CUSA 5FE4A 5FFVA 4TS8A 4BJXA 4N4IA 2E7NA 3SVGA 5CGPA 4QYDA 5KTUA 4AKNA 5FH8A 2DVVA 4ZC9A 5F1LA 5TB6A 2RI7A 3Q2FA 5CQ3A 3Q2EA 5DYCA 5F61A 5EPBA 2YDWA 5A81A 3IU6A 5ENEA 2R0YA 5IGLA 2L84A 5A5SA 3U5NA 3U5OA 2YQDA 5FE8A 5DW2A 4NXJA 5EM3A 5L97A 5LJ0A 1N72A 4FLPA 4XY9A 3HMFA 2OO1A 5FB1A 4CUPA 4IOOA 3LQHA 4HBYA 4ALHA 4OGJA 4LDFA 4YYMA 4Z1SA 4YC9A 5D3RA 1F68A 5F60A 5E74A 2F6JA 3QZTA 4BW2A 5LJ1A 4QR4A 4TYLA 4YY4A 5F25A 5DFBA 4HXMA 5CPEA 5D3LA 4O7BA 5I83A 5EICA 3D1DA 5EPRA 5F63A 4O75A 4TT6A 5EV9A 4TZ2A 3UV4A 5E9IA 5CQ6A 4HXRA 3LXJA 5DKDA 5F3AA 5J0DA 1WUGA 4UYDA 5EA1A 2DVSA 5EK9A 4J1PA 4QR5A 4UYFA 4Z1QA 5L8UA 3U5LA 5HJCA 2R0SA 5E9KA 4A9IA 4XUAA 4NUEA 4IR5A 3UV5A 4TTEA 5ACYA 4LYIA 3LQJA 4A9MA 5EGUA 5A7CA 3IU5A 5C4QA 5D3JA 5HLSA 5EWDA 5DY7A 4Z6HA 3TLPA 5BT5A 4YH4A 4QYLA 4O76A 4MEPA 4NQMA 5F5ZA 5I1QA 4PCEA 2E7OA 4YADA 4O70A 4HXOA 5CQTA 4KV4A 5CUEA 5FG4A 4CUTA 2NXBA 4QB3A 4UYFB 2R10A 5DKCA 3MXFA 3P1DA 5H1TA 3D1BA 4QY4A 5DYAA 4A9LA 4QNSA 5C8GA 5A82A 5HRWA 4NS5A 5D3SA 4HXSA 5E3DA 4OGIA 5E0RA 5C89A 4GPJA 3P5OA 5CUCA 5CP5A 2E3KA 3AQAA 3UVWA 4Q0NA 4HBVA 3GG3A 4O7AA 5IGNA 2FSAA 4UIZA 3O37A 5EVAA 2R0VA 4C66A 3K2JA 4LZRA 5H1VA 3U5PA 5K29A 5D26A 5LKZA 4N3WA 4IR6A 5F2PA 5CUAA 5A5OA 3HMHA 4HBXA 3AADA 5FDZA 4NQNA 4NUDA 5HENA 4PCIA 3U5KA 4MEQA 4YBSA 4QSXA 1JSPB 5I40A 4YYIA 4UIXA 5HFQA 4TT2A 4Q0OA 4YYJA 2OUOA 4YY6A 4NYVA 4BW4A 5HRVA 4O71A 5A5NA 4A9JA 4TQNA 5JWMA 2GRCA 4QSPA 5LJ2A 4MR3A 2DATA 4Z93A 5CZGA 4OUFA 4O7FA 4QSWA 5DKHA 5BT4A 4UYEA 2DKWA 5ETBA 5EP7A 5DFCA 5CTLA 3UW9A 4BW3A 4TU6A 5ETDA 5D25A 1E6IA 5EWHA 4IORA 5CU8A 5CQ7A 5F62A 4N4HA 4A9FA 5COIA 3DAIA 5IBNA 4QEVA 5G4RA 4YH3A 3MULA 4QSUA 3U5MA 5L98A 5KO4A 4TZ8A 4YBTA 5AD2A 3QZVA 5ENGA 4YYNA 3JVJA 1JM4B 4N4FA 3SVFA 5E7DA 4Y03A 5DLXA 4CUQA 2RNWA 4IR3A 5I7XA 4QR3A 5KHMA 4O78A 4Z6IA 4A9OA 3UV2A 4YAXA 5ENCA 2YYNA 5L8TA 4CURA 5EI4A 5IGMA 4A9EA 5C87A 4A9KA 3O34A 3P1FA 4C67A 4YABA 3LQIA 1PUOA 5A85A 5EWWA 2KTBB 2WP2A 5F36A 4XY8A 5HRXA 4HXNA 5FE6A 4PY6A 5FE0A 3JVMA 4NRAA 5LVRA 3UVYA 4MENA 5EWVA 2N9GA 4LYSA 4A9NA 5HQ7A 5CY9A 2RO1A 5FFYA 3D7CA 5CQ5A 4UIVA 2LSPB 4NR8A 5AMFA 2F6NA 3VKGA 3U5JA 3O33A 4TU4A 1X0JA 3S92A 5JI8A 4KV1A 4WHUA 4ZQLA 5ENJA 5LVQA 4LR6A 5I89A 4HBWA 4J3IA 5DBMA 4ZW1A 4UIWA 5I29A 2L5EA 4IR4A 4XYAA 4A9HA 5E9VA 3LJWA 4MR6A 2YELA 5D3PA 3VKHA 5I80A 5FH7A 5CQ8A 4N4GA 3JVKA 5KTWA 4NR5A 2G4AA 3G0JA 2RS9B 4RVRA 4NYXA 5CUDA 5HQ6A 4QUUA 1ZKRA 4ALGA 5E73A 4WIVA 5CRMA 5AMEA 2I7KA 5ENIA 4UYGA 4MR4A 4QC1A 5D3HA 5FE3A 5H1UA 3MB3A 1WUMA 3UVDA 2MJVB 5LUUA 5FB0A 4UIUA 5TCMA 5CRZA 3SVHA 2D9EA 5CFWA 5C85A 5HFRA 4QSTA 4CL9A 5DW1A 4YYGA 4CFKA 5DYXA 5IG6A 4NR9A 3QZSA 5EQ1A 5FE9A 5I88A 4NUCA 5EU1A 4AI6A 2EJNA 5FH6A 3S91A 5DLZA 4J0RA 4YBMA 3P1EA 2DWWA 5L96A 5A83A 2WP1A 3RCWA 4HXPA 5DYUA 2OSSA 5HCLA 5KTXA 5E9MA 4PKLA 4UIYA 4XUBA 5DFDA 5FE1A 5CUGA 3UVXA 4PS5A 5II2A 4AKHA 4LC2A 3ERRA 5LKXA 4QSVA 4QUTA 5D0CA 4QEWA 5F1HA 4LRGA 4NR6A 4LZ2A 4AKIA 3MUKA 4YK0A 4QSSA 4NRCA 4O72A 5E9YA 3O35A 2H60A 2YEMA 5KU3A 4CUUA 5E3GA 5D3NA 5FFWA 5A5QA 5ENBA 1ZS5A 5IIDA 5I7YA 5EISA 2YEKA 3MB4A 4AKGA 4MEOA 5C7NA 5FE7A 4O7EA 4BHWA 4YYDA 5AD3A 5CQ4A 5EPSA 5H85A 5BT3A 4DONA 5I86A 1EQFA 4NRBA 3DWYA 5ENFA 4QC3A 2DVRA 5CUBA 5DX4A 4X2IA 5HQ5A 4BW1A 5G4SA 4NR4A 3G0LA 3JVLA 2D82A 5HM0A 2DVQA 4CLBA 5IGKA 2RNXA 4YYKA 5FE5A 5D7XA 5ENHA 4LYWA 4MR5A 4QEUA 4UITA 5D3TA 2YW5A 5CQAA 5FBXA 5L99A 3ZYUA 2RNYA 4O77A 4O74A 4YYHA 3MQMA
chains in the Genus database with same CATH topology
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