5ETBA

Crystal structure of the human brpf1 bromodomain in complex with seed13
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
112
structure length
112
Chain Sequence
MQLTPFLILLRKTLEQLQEKDTGNIFSEPVPLSEVPDYLDHIKKPMDFFTMKQNLEAYRYLNFDDFEEDFNLIVSNCLKYNAKDTIFYRAAVRLREQGGAVLRQARRQAEKM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Dna binding protein
molecule keywords Peregrin
publication title Twenty Crystal Structures of Bromodomain and PHD Finger Containing Protein 1 (BRPF1)/Ligand Complexes Reveal Conserved Binding Motifs and Rare Interactions.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 41
structure length 112
sequence length 112
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-11-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5etbA00
4UIVA 2N9GA 5HQ7A 5A5OA 4QSXA 2YDWA 4N4HA 4QY4A 4Q0OA 5DKCA 3O34A 5LVRA 5HFRA 3O35A 4NYVA 4PTBA 4YBTA 2RNYA 4QSSA 5DX4A 3S91A 4BW4A 5CQ5A 1EQFA 3JVMA 4BW1A 5LKUA 4LR6A 5FE7A 4CFLA 4LYIA 4PY6A 4XY9A 3U5PA 4TU4A 3I3JA 5DKHA 4O77A 2RNXA 5A5NA 5H1VA 4YYGA 2R0YA 5AMFA 4QEVA 5E9VA 4WHWA 4QSQA 4ALHA 5FFVA 1N72A 4OUFA 5EWCA 4NQNA 5DFBA 3MUKA 5C4QA 5LUUA 4TU6A 4LDFA 5DW1A 4UYFB 4C66A 5H1TA 2I7KA 5CQ8A 4LZSA 2KTBB 5KU3A 4QC1A 4YY4A 3AADA 5EWVA 4CUUA 3UVWA 2RNWA 2WP2A 4QUUA 5BT5A 5I86A 5LKTA 4QYDA 5FE8A 3Q2FA 5CUAA 5EWDA 5A85A 4A9OA 4NYWA 2RFJA 5A7CA 5EPRA 4O7AA 4F3IA 3U5MA 5EU1A 5A81A 5F61A 4YYKA 4BW2A 5E9YA 3U5JA 4QB3A 2D9EA 5A5PA 4Q0NA 5ENFA 5F2PA 4UIXA 5HRVA 2WP1A 1JSPB 5ENBA 4QSUA 5EPSA 5D3TA 4UITA 5E9MA 2DVRA 5KO4A 5D0CA 4TS8A 3K2JA 4QR4A 5EQ1A 4A9FA 5F3AA 3MB4A 5E74A 4CLBA 4XUBA 4DONA 5I1QA 2OUOA 4MEPA 5FB0A 5A5QA 4QBMA 2L84A 4YYHA 4O78A 4TTEA 5EV9A 2YEKA 3LJWA 2E7NA 4IORA 5ENJA 3LQIA 4LYSA 5BT3A 2YW5A 4MEQA 3JVKA 5JI8A 4KCXA 4NUDA 4TT6A 4PS5A 5J0DA 4UIZA 5IIDA 4O7CA 1WUMA 4N3WA 5D7XA 4ZQLA 3U5NA 4O75A 5G4RA 5I83A 5IGMA 4IR3A 5HELA 3QZTA 5E3DA 5E7DA 4J0RA 5D3NA 4OGIA 3SVGA 4HXNA 4QYLA 3JVJA 4MR6A 5IGKA 4FLPA 5AD3A 4O74A 4KV4A 4A9LA 5DYXA 4UYDA 4HXLA 3QZSA 4UYFA 4GPJA 5C85A 2L5EA 4YADA 5EPBA 2L85A 4HXSA 4O70A 2RS9B 4YYDA 3O33A 4YH3A 4HXKA 5EWHA 5LJ2A 5DFDA 4UYEA 5CY9A 4QSVA 2GRCA 2YYNA 5FB1A 4XYAA 4ZW1A 3LQJA 5CRZA 4QSPA 5FE4A 5BT4A 4LZ2A 3QZVA 2I8NA 5CTLA 4QEUA 5HEMA 3UVDA 5D25A 5G4SA 4O76A 4QSTA 4O72A 4OGJA 4N4GA 4UYHA 5CUDA 5ENEA 4Z6HA 4QSWA 5F36A 3DWYA 3P1CA 5H85A 5LJ0A 5HRXA 5CQAA 5EGUA 3DAIA 4NUCA 3HMEA 5DLZA 5HJCA 5ACYA 5KTXA 5L8TA 5LKZA 4O7EA 5IGNA 2RO1A 5CRMA 2D82A 3HMFA 5TB6A 4Z1QA 5CP5A 5CPEA 3UW9A 4BW3A 5CUCA 1WUGA 2NXBA 4PCIA 5CUBA 4WHUA 5I88A 3MXFA 3P1DA 5TCMA 5D26A 4YH4A 5F5ZA 5CGPA 2F6JA 5HQ6A 4QSRA 5EWWA 5A83A 4YYMA 5I89A 4A9IA 5FE3A 4IR4A 4QR3A 4CFKA 4NR8A 4HXPA 5E0RA 4J3IA 3P5OA 3LQHA 1ZS5A 4HXRA 4ZC9A 2R0SA 4NS5A 2LSPB 5FG4A 2RI7A 4IOOA 4CL9A 4E96A 4YBSA 3O37A 5CUGA 5L8UA 5EK9A 5FE1A 4TYLA 5ETBA 4J1PA 4HBVA 4YBMA 5EICA 4CURA 3JVLA 4MEOA 5I29A 5IGLA 3P1FA 4MR5A 4A9NA 4NXJA 5E9KA 5FE0A 3UV4A 5FG6A 2DVSA 4NYXA 2F6NA 4N4FA 5ENCA 4UYGA 4BJXA 5DBMA 5FE6A 4WIVA 4MR3A 4NR7A 3G0JA 1E6IA 4CUSA 4IOQA 5A82A 5C89A 3O36A 2R10A 4O7BA 5CU8A 4YAXA 3S92A 3P1EA 5DLXA 5H1UA 5LKXA 5D3RA 5EP7A 4PKLA 5FE5A 5DYCA 4BHWA 4A9KA 5E3GA 5ENHA 4YABA 5F1HA 5II1A 1F68A 5FH7A 2MJVB 4XY8A 4Z6IA 5II2A 4A9JA 3ONIA 5CS8A 5DKDA 4YK0A 4LRGA 4NR4A 3U5LA 3LXJA 5A5RA 5HM0A 5KHMA 4PCEA 4UIWA 2E3KA 2DKWA 2R0VA 4HXOA 5ENGA 5FBXA 4NRCA 3IU6A 5FE9A 3GG3A 5LJ1A 4YC9A 3MULA 5KTWA 4IR5A 4C67A 2FSAA 5EISA 4LYWA 4N4IA 4CUTA 2DATA 2OO1A 3IU5A 5I7YA 5A5SA 5D3JA 2DWWA 4UIYA 4YYNA 3TLPA 3SVHA 4A9MA 5F1LA 5C87A 5EVAA 4XUAA 3AQAA 5HLSA 4QR5A 5HENA 3SVFA 5E9IA 5KTUA 4MENA 4AKNA 2YQDA 3MB3A 4CUQA 5E73A 3RCWA 4LZRA 3UV2A 5DYUA 3D7CA 4YYIA 5F63A 5FDZA 3NXBA 5CQ7A 5ETDA 4A9HA 2DVVA 5CQ4A 3UV5A 3ZYUA 5LVQA 5L96A 5HQ5A 5I7XA 4YYJA 4NRAA 5EM3A 4QNSA 4Z1SA 4A9EA 3Q2EA 5K29A 5HRWA 4MR4A 5HFQA 5AMEA 1X0JA 2E7OA 5I80A 4NRBA 4KV1A 4O7FA 5C7NA 5E9LA 5F25A 5FFYA 5CQ3A 2H60A 4X2IA 5DW2A 4TZ2A 2G4AA 5L99A 5CZGA 3G0LA 3MQMA 5FE2A 5F60A 4Y03A 5EA1A 5FG5A 5L97A 5HCLA 5ENIA 5EI4A 4NR9A 2YEMA 4IR6A 5DYAA 4RVRA 5D24A 3HMHA 4TT4A 5AD2A 5F62A 4ALGA 5CUEA 4NQMA 4YATA 5FH6A 5IG6A 5C8GA 3U5KA 4HBWA 4O71A 3UVYA 5D3HA 5DFCA 5D3LA 4TT2A 4UIUA 5JWMA 5CFWA 5DY7A 4CUPA 4TQNA 4QEWA 4QZSA 4J0SA 4LC2A 5CQTA 3U5OA 1JM4B 3UVXA 4YY6A 5CQ6A 4TZ8A 5D3PA 5IBNA 2YELA 5L98A 4HBYA 5D3SA 4QUTA 4HXMA 5I40A 4HBXA 4NR5A 4NUEA 5COIA 3FKMX 2OSSA 5FFWA 4Z93A 4QC3A 5FH8A 4NR6A 2DVQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4UIVA 2N9GA 5HQ7A 5A5OA 4QSXA 2YDWA 4N4HA 4QY4A 4Q0OA 5DKCA 3O34A 5LVRA 5HFRA 3O35A 4NYVA 4PTBA 4YBTA 2RNYA 4QSSA 5DX4A 3S91A 4BW4A 5CQ5A 1EQFA 3JVMA 4BW1A 5LKUA 4LR6A 5FE7A 4CFLA 4LYIA 4PY6A 4XY9A 3U5PA 4TU4A 3I3JA 5DKHA 4O77A 2RNXA 5A5NA 5H1VA 4YYGA 2R0YA 5AMFA 4QEVA 5E9VA 4WHWA 4QSQA 4ALHA 5FFVA 1N72A 4OUFA 5EWCA 4NQNA 5DFBA 3MUKA 5C4QA 5LUUA 4TU6A 4LDFA 4AKGA 5DW1A 4UYFB 4C66A 5H1TA 2I7KA 5CQ8A 4LZSA 2KTBB 5KU3A 4QC1A 4YY4A 3AADA 5EWVA 4CUUA 3UVWA 2RNWA 2WP2A 4QUUA 5BT5A 5I86A 5LKTA 4QYDA 5FE8A 3Q2FA 5CUAA 5EWDA 5A85A 4A9OA 4NYWA 2RFJA 5A7CA 5EPRA 4O7AA 4F3IA 3U5MA 5EU1A 5A81A 4AI6A 5F61A 4YYKA 4BW2A 5E9YA 3U5JA 4QB3A 2D9EA 5A5PA 4Q0NA 5ENFA 5F2PA 4UIXA 5HRVA 2WP1A 3D1BA 1JSPB 5ENBA 4QSUA 5EPSA 5D3TA 4UITA 5E9MA 2DVRA 5KO4A 5D0CA 4TS8A 3K2JA 4QR4A 5EQ1A 4A9FA 4AKIA 5F3AA 3MB4A 5E74A 4CLBA 4XUBA 4DONA 5I1QA 2OUOA 4MEPA 5FB0A 5A5QA 4QBMA 2L84A 4YYHA 4O78A 4TTEA 3VKHA 5EV9A 2YEKA 3LJWA 2E7NA 4IORA 5ENJA 3LQIA 4LYSA 5BT3A 2YW5A 4MEQA 3JVKA 5JI8A 4KCXA 4NUDA 4TT6A 4PS5A 5J0DA 4UIZA 5IIDA 4O7CA 1WUMA 4N3WA 5D7XA 4ZQLA 3U5NA 4O75A 5G4RA 5I83A 5IGMA 4IR3A 5HELA 3QZTA 5E3DA 5E7DA 4J0RA 5D3NA 4OGIA 3SVGA 4HXNA 4QYLA 3JVJA 4MR6A 5IGKA 4FLPA 5AD3A 4O74A 4KV4A 4A9LA 5DYXA 4UYDA 4HXLA 3QZSA 4UYFA 4GPJA 5C85A 2L5EA 4YADA 5EPBA 2L85A 4HXSA 4O70A 2RS9B 4YYDA 3O33A 4YH3A 4HXKA 5EWHA 5LJ2A 5DFDA 4UYEA 5CY9A 4QSVA 2GRCA 2YYNA 5FB1A 4XYAA 4ZW1A 3LQJA 5CRZA 4QSPA 5FE4A 5BT4A 4LZ2A 3QZVA 2I8NA 5CTLA 4QEUA 5HEMA 3UVDA 4AKHA 5D25A 5G4SA 4O76A 4QSTA 4O72A 4OGJA 4N4GA 4UYHA 5CUDA 5ENEA 4Z6HA 4QSWA 5F36A 3DWYA 3P1CA 5H85A 5LJ0A 5HRXA 5CQAA 5EGUA 3DAIA 4NUCA 3HMEA 5DLZA 5HJCA 5ACYA 5KTXA 5L8TA 5LKZA 4O7EA 5IGNA 2RO1A 5CRMA 2D82A 3HMFA 5TB6A 4Z1QA 5CP5A 5CPEA 3UW9A 4BW3A 5CUCA 1WUGA 2NXBA 4PCIA 5CUBA 4WHUA 5I88A 3MXFA 3P1DA 5TCMA 5D26A 4YH4A 5F5ZA 5CGPA 2F6JA 5HQ6A 4QSRA 5EWWA 5A83A 4YYMA 5I89A 4A9IA 5FE3A 4IR4A 4QR3A 2EJNA 4CFKA 4NR8A 4HXPA 5E0RA 4J3IA 3P5OA 3LQHA 1ZS5A 4HXRA 4ZC9A 2R0SA 4NS5A 2LSPB 5FG4A 2RI7A 4IOOA 4CL9A 4E96A 4YBSA 3O37A 5CUGA 5L8UA 3VKGA 5EK9A 5FE1A 4TYLA 5ETBA 4J1PA 4HBVA 4YBMA 5EICA 4CURA 3JVLA 4MEOA 5I29A 5IGLA 3P1FA 4MR5A 4A9NA 1ZKRA 4NXJA 5E9KA 5FE0A 3UV4A 5FG6A 2DVSA 4NYXA 2F6NA 4N4FA 5ENCA 4UYGA 4BJXA 5DBMA 5FE6A 4WIVA 4MR3A 4NR7A 3G0JA 1E6IA 4CUSA 4IOQA 5A82A 5C89A 3O36A 2R10A 3D1DA 4O7BA 5CU8A 4YAXA 3S92A 3P1EA 5DLXA 5H1UA 5LKXA 5D3RA 5EP7A 4PKLA 5FE5A 5DYCA 4BHWA 4A9KA 5E3GA 5ENHA 4YABA 5F1HA 5II1A 1F68A 5FH7A 2MJVB 4XY8A 4Z6IA 5II2A 4A9JA 3ONIA 5CS8A 5DKDA 4YK0A 4LRGA 4NR4A 3U5LA 3LXJA 5A5RA 5HM0A 5KHMA 4PCEA 4UIWA 2E3KA 2DKWA 2R0VA 4HXOA 5ENGA 5FBXA 4NRCA 3IU6A 5FE9A 3GG3A 5LJ1A 4YC9A 3MULA 5KTWA 4IR5A 4C67A 2FSAA 5EISA 4LYWA 4N4IA 4CUTA 2DATA 2OO1A 3IU5A 5I7YA 5A5SA 5D3JA 2DWWA 4UIYA 4YYNA 3TLPA 3SVHA 4A9MA 5F1LA 5C87A 5EVAA 4XUAA 3AQAA 5HLSA 4QR5A 5HENA 3SVFA 5E9IA 5KTUA 4MENA 4AKNA 2YQDA 3MB3A 1PUOA 4CUQA 5E73A 3ERRA 3RCWA 4LZRA 3UV2A 5DYUA 3D7CA 4YYIA 5F63A 5FDZA 3NXBA 5CQ7A 5ETDA 4A9HA 2DVVA 5CQ4A 3UV5A 3ZYUA 5LVQA 5L96A 5HQ5A 5I7XA 4YYJA 4NRAA 5EM3A 4QNSA 4Z1SA 4A9EA 3Q2EA 5K29A 5HRWA 4MR4A 5HFQA 5AMEA 1X0JA 2E7OA 5I80A 4NRBA 4KV1A 4O7FA 5C7NA 5E9LA 5F25A 5FFYA 5CQ3A 2H60A 4X2IA 5DW2A 4TZ2A 2G4AA 5L99A 5CZGA 3G0LA 3MQMA 5FE2A 5F60A 4Y03A 5EA1A 5FG5A 5L97A 5HCLA 5ENIA 5EI4A 4NR9A 2YEMA 4IR6A 5DYAA 4RVRA 5D24A 3HMHA 4TT4A 5AD2A 5F62A 4ALGA 5CUEA 4NQMA 4YATA 5FH6A 5IG6A 5C8GA 3U5KA 4HBWA 4O71A 3UVYA 5D3HA 5DFCA 5D3LA 4TT2A 4UIUA 5JWMA 5CFWA 5DY7A 4CUPA 4TQNA 4QEWA 4QZSA 4J0SA 4LC2A 5CQTA 3U5OA 1JM4B 3UVXA 4YY6A 5CQ6A 4TZ8A 5D3PA 5IBNA 2YELA 5L98A 4HBYA 5D3SA 4QUTA 4HXMA 5I40A 4HBXA 4NR5A 4NUEA 5COIA 3FKMX 2OSSA 5FFWA 4Z93A 4QC3A 5FH8A 4NR6A 2DVQA
chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4UIV A;  2N9G A;  5HQ7 A;  5A5O A;  4QSX A;  2YDW A;  4N4H A;  4QY4 A;  4Q0O A;  5DKC A;  3O34 A;  5LVR A;  5HFR A;  3O35 A;  4NYV A;  4PTB A;  4YBT A;  2RNY A;  4QSS A;  5DX4 A;  3S91 A;  4BW4 A;  5CQ5 A;  1EQF A;  3JVM A;  4BW1 A;  5LKU A;  4LR6 A;  5FE7 A;  4CFL A;  4LYI A;  4PY6 A;  4XY9 A;  3U5P A;  4TU4 A;  3I3J A;  5DKH A;  4O77 A;  2RNX A;  5A5N A;  5H1V A;  4YYG A;  2R0Y A;  5AMF A;  4QEV A;  5E9V A;  4WHW A;  4QSQ A;  4ALH A;  5FFV A;  1N72 A;  4OUF A;  5EWC A;  4NQN A;  5DFB A;  3MUK A;  5C4Q A;  5LUU A;  4TU6 A;  4LDF A;  5DW1 A;  4UYF B;  4C66 A;  5H1T A;  2I7K A;  5CQ8 A;  4LZS A;  2KTB B;  5KU3 A;  4QC1 A;  4YY4 A;  3AAD A;  5EWV A;  4CUU A;  3UVW A;  2RNW A;  2WP2 A;  4QUU A;  5BT5 A;  5I86 A;  5LKT A;  4QYD A;  5FE8 A;  3Q2F A;  5CUA A;  5EWD A;  5A85 A;  4A9O A;  4NYW A;  2RFJ A;  5A7C A;  5EPR A;  4O7A A;  4F3I A;  3U5M A;  5EU1 A;  5A81 A;  5F61 A;  4YYK A;  4BW2 A;  5E9Y A;  3U5J A;  4QB3 A;  2D9E A;  5A5P A;  4Q0N A;  5ENF A;  5F2P A;  4UIX A;  5HRV A;  2WP1 A;  1JSP B; 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