4MR5A

Crystal structure of the second bromodomain of human brd2 in complex with a quinazolinone ligand (rvx-oh)
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
110
structure length
110
Chain Sequence
LSEQLKHCNGILKELLSKKHAAYAWPFYKPVDASALGLHDYHDIIKHPMDLSTVKRKMENRDYRDAQEFAADVRLMFSNCYKYNPPDHDVVAMARKLQDVFEFRYAKMPD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transcription/transcription inhibitor
source organism Homo sapiens
publication title RVX-208, an inhibitor of BET transcriptional regulators with selectivity for the second bromodomain.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bromodomain-containing protein 2
total genus 42
structure length 110
sequence length 110
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-09-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4mr5A00
4LYWA 5FE6A 4NXJA 4QYDA 2YQDA 5ETBA 5AMEA 5CQTA 4Z93A 5IGNA 4QR3A 5E74A 3G0LA 4TT6A 4TYLA 3QZVA 5A5PA 4YYIA 5AD3A 5LKZA 5DKHA 5L8UA 3P1EA 4XUAA 5CS8A 4O77A 5DFBA 5F60A 1JM4B 5KTWA 5A5OA 4YATA 5DFCA 4UYHA 3SVGA 4YYKA 5EWWA 4ZC9A 5K29A 5COIA 2RFJA 5LJ0A 5A81A 1WUMA 5CQ3A 5FFWA 5EICA 4LR6A 5D3RA 4MEQA 5H1VA 5FE2A 4Q0OA 4QSSA 4UYGA 5DFDA 4NS5A 5D3LA 5E9VA 4LRGA 5DY7A 5FE1A 5KO4A 5G4RA 3U5JA 4CFKA 5CQAA 4MEOA 3D7CA 4QC1A 4YAXA 2OSSA 5DYCA 4A9KA 5FE0A 4LZSA 3AADA 5E9MA 5L97A 4IR6A 4IR4A 2R10A 4QSWA 4OGIA 3LJWA 5I7XA 4TTEA 4CURA 4IR3A 5FFVA 5FB0A 5I89A 2YYNA 4OGJA 3P5OA 5HQ7A 2G4AA 4HXOA 5IBNA 3UVDA 3O35A 4HBYA 3U5MA 5E9YA 1JSPB 4QR5A 5FDZA 4NR4A 3MULA 4KCXA 5ENCA 2WP2A 3U5LA 4QEWA 1ZS5A 4LDFA 4QEVA 4TZ2A 3P1DA 5F62A 5LJ2A 5D3PA 5CUDA 4IOQA 2D82A 5DW2A 5LVQA 5II1A 5CRMA 5C7NA 5FH6A 4O7EA 4QUTA 5HQ6A 4TS8A 2R0YA 3JVLA 4NR6A 2I8NA 3JVMA 3HMEA 5FE5A 4LYIA 4UYFB 4QNSA 4O74A 2RNWA 2DVRA 4UIYA 5JI8A 4YBMA 5BT3A 4WHUA 5L98A 4MR3A 4BW2A 2DVQA 3UVWA 5I1QA 5EVAA 2DKWA 5FE9A 5A82A 2RO1A 5F63A 4A9HA 5ETDA 5HJCA 4HXLA 5F1HA 4O7FA 4UIWA 5HRXA 3GG3A 4YYHA 5EISA 4PTBA 4O75A 5CU8A 3G0JA 4MR6A 5A5SA 4PCEA 3K2JA 3HMFA 5DBMA 3SVHA 5H1UA 2YDWA 4NYVA 5CY9A 5C85A 2R0VA 4LZRA 5DLXA 4UIXA 5CRZA 4Y03A 5FFYA 4MR5A 5CQ4A 5D24A 4YK0A 4PCIA 5C8GA 3FKMX 5FBXA 5E7DA 5E9LA 3UVYA 5I40A 3TLPA 5C4QA 5L99A 4NR8A 5FH8A 3I3JA 3IU5A 5HQ5A 4YYGA 4HXRA 4NQMA 4AKNA 5CUBA 5ENGA 4J0SA 4UYEA 3U5NA 5HENA 5G4SA 5FE8A 5HCLA 5H85A 4CUSA 5LKUA 5J0DA 4QUUA 5ENBA 5D3JA 2DVVA 5C89A 4TU4A 5ACYA 4QZSA 5IGKA 4A9FA 4J3IA 4QEUA 5KTXA 4NR9A 4YYDA 5EK9A 4O71A 2L84A 4A9IA 3LQJA 2E7NA 4UIVA 5EI4A 5A83A 5I80A 2E3KA 2LSPB 3NXBA 4TQNA 5D26A 4N4IA 4N4GA 4YY4A 4NRBA 4LC2A 2MJVB 5CPEA 4UIUA 4NYWA 4O7BA 5F25A 3U5OA 4NR5A 5A5RA 5DW1A 2L5EA 4PS5A 3ZYUA 2L85A 2YEKA 3IU6A 4HBXA 4FLPA 5F36A 1EQFA 3RCWA 5IIDA 3QZTA 5A5QA 5ENJA 4NQNA 3DWYA 5D3NA 4HXNA 1F68A 4A9JA 4QSUA 5E73A 5IGLA 4YYJA 5DX4A 4YYMA 5D3SA 3AQAA 1WUGA 5I86A 5IG6A 5CTLA 5EA1A 4YBTA 4HBVA 2OO1A 5L8TA 2RNYA 5LKTA 5A5NA 2FSAA 5I29A 4XYAA 3UW9A 4BW1A 2I7KA 5CUGA 3S92A 5JWMA 3O36A 5CZGA 4N3WA 5EPRA 4NR7A 4UITA 2RS9B 4QB3A 4ALHA 5EV9A 5AD2A 5E3GA 4QSTA 5II2A 5EWDA 5E9KA 4TT4A 1E6IA 5ENFA 5EQ1A 4XUBA 5HRVA 2YEMA 2DWWA 5KTUA 4YABA 5DKDA 4IORA 2D9EA 4QY4A 5H1TA 5I88A 4IR5A 2E7OA 5CUCA 5F61A 5ENIA 5C87A 5FH7A 3P1CA 5D3HA 3MB3A 5CQ7A 3JVJA 5KU3A 4PY6A 4N4HA 5FE4A 3Q2FA 4A9MA 5HEMA 4XY8A 2NXBA 3SVFA 4NRAA 4QYLA 3ONIA 3U5PA 4CL9A 5LKXA 4Z6HA 5ENEA 5D7XA 4BW3A 4UIZA 4RVRA 4YYNA 4QC3A 3O37A 4A9OA 5EM3A 5A7CA 4TZ8A 5F2PA 5F3AA 3S91A 4XY9A 5EU1A 5DYUA 3MB4A 4TT2A 5LVRA 4QSRA 4CLBA 2YW5A 3U5KA 4J1PA 2DVSA 4O7AA 5HM0A 5AMFA 5FG4A 4Z1SA 5CUEA 5TCMA 5CGPA 5LJ1A 4O76A 5FE7A 1N72A 4HBWA 4YY6A 4CUTA 4C66A 4DONA 5E0RA 4BHWA 5TB6A 4WIVA 4MENA 5CUAA 5LUUA 4CUUA 3MQMA 3UV5A 2YELA 5EPSA 4CUQA 4F3IA 5E9IA 4QSXA 5ENHA 3DAIA 4Z1QA 5BT5A 4YH4A 3UVXA 4PKLA 5DYXA 4KV4A 4NUEA 3O33A 5D0CA 5BT4A 2GRCA 4GPJA 5F5ZA 5F1LA 4ZQLA 3Q2EA 4Q0NA 4N4FA 2WP1A 2OUOA 5CQ6A 5E3DA 5EGUA 4CUPA 5CP5A 4O78A 4IOOA 4A9EA 4LZ2A 5FG6A 4O70A 2R0SA 4A9NA 4QR4A 5EWHA 2RNXA 4KV1A 4YBSA 3HMHA 1X0JA 4OUFA 4UYDA 4UYFA 4Z6IA 4QSVA 3LQHA 4NUDA 4MR4A 5DKCA 4O72A 3MXFA 4QBMA 4NUCA 4QSQA 2F6JA 4CFLA 5EWVA 5HFQA 5D25A 4E96A 5DLZA 4HXMA 4A9LA 3MUKA 5FE3A 4WHWA 2N9GA 2H60A 4NYXA 5CFWA 5HLSA 5DYAA 4HXPA 4LYSA 5CQ8A 3QZSA 3UV4A 4HXSA 4BJXA 3JVKA 5HFRA 4NRCA 5CQ5A 5HRWA 5FB1A 5IGMA 3UV2A 3O34A 4HXKA 5A85A 5EP7A 5D3TA 3LQIA 4X2IA 4C67A 4YC9A 5EPBA 4TU6A 4BW4A 4O7CA 4ALGA 2DATA 4J0RA 3P1FA 5L96A 2F6NA 4ZW1A 2KTBB 5I7YA 3LXJA 4YADA 5FG5A 4MEPA 4YH3A 4QSPA 5EWCA 5I83A 5KHMA 5HELA 2RI7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LYWA 5FE6A 4NXJA 4QYDA 2YQDA 3VKGA 5ETBA 5AMEA 5CQTA 4Z93A 5IGNA 4QR3A 5E74A 3G0LA 4TT6A 4TYLA 3QZVA 5A5PA 4YYIA 5AD3A 5LKZA 5DKHA 5L8UA 3P1EA 4XUAA 5CS8A 4O77A 5DFBA 5F60A 1JM4B 5KTWA 5A5OA 4YATA 5DFCA 4UYHA 3SVGA 4YYKA 5EWWA 4ZC9A 5K29A 5COIA 2RFJA 5LJ0A 1ZKRA 5A81A 1WUMA 5CQ3A 5FFWA 5EICA 4LR6A 5D3RA 4MEQA 5H1VA 5FE2A 4Q0OA 4QSSA 4UYGA 5DFDA 4NS5A 5D3LA 5E9VA 4LRGA 5DY7A 5FE1A 5KO4A 5G4RA 3U5JA 4CFKA 5CQAA 4MEOA 3D7CA 4QC1A 4YAXA 2OSSA 5DYCA 4A9KA 5FE0A 4LZSA 3AADA 5E9MA 5L97A 4IR6A 4IR4A 2R10A 4QSWA 4OGIA 3LJWA 5I7XA 4TTEA 4CURA 4IR3A 5FFVA 5FB0A 5I89A 4AKHA 2YYNA 4OGJA 3P5OA 5HQ7A 2G4AA 4HXOA 5IBNA 3UVDA 3O35A 4HBYA 3U5MA 5E9YA 1JSPB 4QR5A 5FDZA 4NR4A 3MULA 4KCXA 5ENCA 2WP2A 3U5LA 4QEWA 1ZS5A 4LDFA 4QEVA 4TZ2A 3P1DA 5F62A 5LJ2A 5D3PA 5CUDA 4IOQA 2D82A 5DW2A 5LVQA 5II1A 5CRMA 5C7NA 5FH6A 2EJNA 3D1DA 4O7EA 4QUTA 5HQ6A 4TS8A 2R0YA 3JVLA 4NR6A 2I8NA 3JVMA 3HMEA 5FE5A 4LYIA 4UYFB 4QNSA 4O74A 2RNWA 2DVRA 4UIYA 3D1BA 5JI8A 4YBMA 5BT3A 4WHUA 5L98A 4MR3A 4BW2A 2DVQA 4AKGA 3UVWA 5I1QA 5EVAA 2DKWA 5FE9A 5A82A 2RO1A 5F63A 4A9HA 5ETDA 5HJCA 4HXLA 5F1HA 4O7FA 4UIWA 5HRXA 3GG3A 4YYHA 5EISA 4PTBA 4O75A 5CU8A 3G0JA 4MR6A 5A5SA 4PCEA 3K2JA 3HMFA 5DBMA 3SVHA 5H1UA 2YDWA 4NYVA 5CY9A 5C85A 2R0VA 4LZRA 5DLXA 4UIXA 5CRZA 4Y03A 5FFYA 4MR5A 5CQ4A 5D24A 4YK0A 4PCIA 5C8GA 3FKMX 5FBXA 5E7DA 5E9LA 3UVYA 5I40A 3TLPA 5C4QA 5L99A 4NR8A 5FH8A 3I3JA 3IU5A 5HQ5A 4YYGA 4HXRA 4NQMA 4AKNA 5CUBA 5ENGA 4J0SA 4UYEA 3U5NA 5HENA 5G4SA 5FE8A 5HCLA 5H85A 4CUSA 5LKUA 4AKIA 5J0DA 4QUUA 5ENBA 5D3JA 2DVVA 5C89A 4TU4A 5ACYA 4QZSA 5IGKA 4A9FA 4J3IA 4QEUA 5KTXA 4NR9A 4YYDA 5EK9A 4O71A 2L84A 4A9IA 3LQJA 2E7NA 4UIVA 5EI4A 5A83A 5I80A 2E3KA 2LSPB 3NXBA 4TQNA 5D26A 4N4IA 4N4GA 4YY4A 4NRBA 4LC2A 2MJVB 5CPEA 4UIUA 4NYWA 4O7BA 5F25A 3U5OA 4NR5A 5A5RA 5DW1A 2L5EA 4PS5A 3ZYUA 2L85A 2YEKA 3IU6A 4HBXA 4FLPA 5F36A 1EQFA 3RCWA 5IIDA 3QZTA 5A5QA 5ENJA 4NQNA 3DWYA 5D3NA 4HXNA 1F68A 4A9JA 4QSUA 5E73A 5IGLA 4YYJA 5DX4A 4YYMA 5D3SA 3AQAA 1WUGA 5I86A 5IG6A 5CTLA 5EA1A 4YBTA 4HBVA 2OO1A 5L8TA 3VKHA 2RNYA 5LKTA 5A5NA 2FSAA 5I29A 4XYAA 3UW9A 4BW1A 2I7KA 5CUGA 3S92A 5JWMA 3O36A 5CZGA 4N3WA 5EPRA 4NR7A 4UITA 2RS9B 4QB3A 4ALHA 5EV9A 5AD2A 5E3GA 4QSTA 5II2A 5EWDA 5E9KA 4TT4A 1E6IA 5ENFA 5EQ1A 4XUBA 5HRVA 2YEMA 2DWWA 5KTUA 4YABA 5DKDA 4IORA 2D9EA 4QY4A 5H1TA 5I88A 4IR5A 2E7OA 5CUCA 5F61A 5ENIA 5C87A 5FH7A 3P1CA 5D3HA 3MB3A 5CQ7A 3JVJA 5KU3A 4PY6A 4N4HA 5FE4A 4AI6A 3Q2FA 4A9MA 5HEMA 4XY8A 2NXBA 3SVFA 4NRAA 4QYLA 3ONIA 3U5PA 4CL9A 5LKXA 4Z6HA 5ENEA 5D7XA 4BW3A 4UIZA 4RVRA 4YYNA 4QC3A 3O37A 4A9OA 5EM3A 5A7CA 4TZ8A 5F2PA 5F3AA 3S91A 4XY9A 5EU1A 5DYUA 3MB4A 4TT2A 5LVRA 4QSRA 4CLBA 2YW5A 3U5KA 4J1PA 2DVSA 4O7AA 5HM0A 5AMFA 5FG4A 4Z1SA 5CUEA 5TCMA 5CGPA 5LJ1A 3ERRA 4O76A 1N72A 4HBWA 5FE7A 4YY6A 4CUTA 4C66A 4DONA 5E0RA 4BHWA 5TB6A 4WIVA 4MENA 5CUAA 5LUUA 4CUUA 3MQMA 3UV5A 2YELA 5EPSA 4CUQA 4F3IA 5E9IA 4QSXA 5ENHA 3DAIA 4Z1QA 5BT5A 4YH4A 3UVXA 4PKLA 5DYXA 4KV4A 4NUEA 3O33A 5D0CA 5BT4A 2GRCA 4GPJA 5F5ZA 5F1LA 4ZQLA 3Q2EA 4Q0NA 4N4FA 2WP1A 1PUOA 2OUOA 5CQ6A 5E3DA 5EGUA 4CUPA 5CP5A 4O78A 4IOOA 4A9EA 4LZ2A 5FG6A 4O70A 2R0SA 4A9NA 4QR4A 5EWHA 2RNXA 4KV1A 4YBSA 3HMHA 1X0JA 4OUFA 4UYDA 4UYFA 4Z6IA 4QSVA 3LQHA 4NUDA 4MR4A 5DKCA 4O72A 3MXFA 4QBMA 4NUCA 4QSQA 2F6JA 4CFLA 5EWVA 5HFQA 5D25A 4E96A 5DLZA 4HXMA 4A9LA 3MUKA 5FE3A 4WHWA 2N9GA 2H60A 4NYXA 5CFWA 5HLSA 5DYAA 4HXPA 4LYSA 5CQ8A 3QZSA 3UV4A 4HXSA 4BJXA 3JVKA 5HFRA 4NRCA 5CQ5A 5HRWA 5FB1A 5IGMA 3UV2A 3O34A 4HXKA 5A85A 5EP7A 5D3TA 3LQIA 4X2IA 4C67A 4YC9A 5EPBA 4TU6A 4BW4A 4O7CA 4ALGA 2DATA 4J0RA 3P1FA 5L96A 2F6NA 4ZW1A 2KTBB 5I7YA 3LXJA 4YADA 5FG5A 4MEPA 4YH3A 4QSPA 5EWCA 5I83A 5KHMA 5HELA 2RI7A
chains in the Genus database with same CATH topology
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