4MR5A

Crystal structure of the second bromodomain of human brd2 in complex with a quinazolinone ligand (rvx-oh)
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
110
structure length
110
Chain Sequence
LSEQLKHCNGILKELLSKKHAAYAWPFYKPVDASALGLHDYHDIIKHPMDLSTVKRKMENRDYRDAQEFAADVRLMFSNCYKYNPPDHDVVAMARKLQDVFEFRYAKMPD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title RVX-208, an inhibitor of BET transcriptional regulators with selectivity for the second bromodomain.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bromodomain-containing protein 2
source organism Homo sapiens
molecule tags Transcription/transcription inhibitor
total genus 42
structure length 110
sequence length 110
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-09-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4mr5A00
4LYSA 3O36A 3HMHA 2R0VA 4YY6A 5F36A 3IU5A 4YYKA 5CUEA 5DW1A 5EISA 2RNXA 5KHMA 5LKZA 4CUUA 4ALGA 5II1A 4NR9A 5L8UA 4PCEA 4PCIA 5CQ4A 4LDFA 4TZ2A 4QEWA 3U5JA 4CUTA 4YYDA 4HXOA 5H1VA 5FBXA 4HXRA 5HRVA 5FB1A 5TB6A 4CFLA 3UV4A 4O7AA 5I86A 5IGKA 4DONA 5E73A 1F68A 1E6IA 4MEOA 4OGIA 2YQDA 4AKNA 4HXLA 3U5KA 3DWYA 5HEMA 5I80A 4Z93A 3MXFA 5FG6A 4Q0OA 4TT6A 5FFYA 5DYAA 5D3LA 4QSPA 2FSAA 4QEVA 5COIA 4O7CA 4YY4A 5KU3A 5I1QA 2H60A 4ZW1A 5ETDA 5DBMA 5H1TA 5DY7A 4NR8A 5DX4A 4YH4A 2NXBA 4A9FA 5C7NA 5D3NA 3LJWA 5DYUA 3QZTA 5EWDA 2DATA 2D9EA 4O7EA 4NUEA 5E74A 5F5ZA 5BT5A 4NR4A 5CRMA 5CTLA 5FE0A 2E3KA 5ENJA 5EPBA 2OSSA 5EVAA 2L5EA 2KTBB 5A7CA 4XUBA 4UYDA 5LJ1A 4ZQLA 4QUTA 5D3RA 5EGUA 4A9IA 5D7XA 5E0RA 4BW1A 1WUMA 4BJXA 3UVDA 5F2PA 4TTEA 5KO4A 4YBMA 4YAXA 5ENFA 4Z6IA 1EQFA 4HBYA 4BW2A 3O35A 1ZS5A 4IR4A 4Z6HA 4X2IA 3UVWA 2GRCA 4NYXA 4YATA 5D0CA 5CQ7A 4YC9A 4A9LA 4QY4A 2D82A 4QYDA 5F60A 4E96A 5I89A 3JVMA 4CL9A 3UW9A 4Q0NA 5CPEA 3LQHA 3P5OA 5LJ2A 5FH7A 5LUUA 4KCXA 4UIZA 1X0JA 4O75A 4NUCA 2DVQA 2YEKA 4A9KA 5EV9A 5E9MA 4CLBA 5KTXA 5JWMA 2YYNA 3Q2FA 4HBWA 2RO1A 4A9OA 4CFKA 4IOOA 4O78A 3IU6A 2F6NA 4NRCA 4MEQA 4CUQA 5HM0A 4XY9A 4O71A 5HENA 5II2A 5HLSA 5CQ5A 4GPJA 4YYMA 4O7FA 5H85A 4UIUA 4YABA 4MEPA 4NRBA 3D7CA 3P1DA 4QSUA 4A9HA 4UYHA 3AQAA 5CGPA 2RI7A 5EM3A 4CUSA 5A81A 4QYLA 5K29A 4LYWA 5FE4A 5DW2A 5I83A 5I88A 4QR4A 4QSVA 5FE2A 5LKTA 2YW5A 3FKMX 4UITA 4QNSA 4NYWA 4IOQA 5DFBA 4LR6A 4XUAA 3O34A 4UYGA 5FFWA 1JM4B 5E9KA 4LZSA 5CQAA 3P1FA 5ENBA 1JSPB 5CS8A 3MB4A 5HQ5A 5KTWA 4QC1A 2YEMA 4NYVA 5A83A 4YYJA 5EWCA 4PTBA 5C85A 5D3TA 5AMEA 2DVVA 4J0RA 2OO1A 4YYIA 4QC3A 5E3GA 4XY8A 5E3DA 5ENCA 2DKWA 5D24A 5A5NA 3Q2EA 3MUKA 5HFQA 4NS5A 5I29A 2E7NA 4Z1QA 4KV1A 3HMEA 4O76A 5L96A 5CQ8A 5CUDA 4J0SA 4MR4A 4OUFA 5CFWA 5DKCA 5F61A 2RFJA 4O77A 4TS8A 3HMFA 5DKDA 5E9IA 4YADA 4MENA 5ENHA 4UIWA 5D3HA 4Z1SA 3GG3A 5IGLA 4PY6A 3K2JA 5HRXA 5IGNA 2DVSA 3S92A 5D25A 5IBNA 3P1CA 5DFCA 2MJVB 5DKHA 5HRWA 3RCWA 5ACYA 4UYFA 5D3JA 3ONIA 5A82A 4QZSA 5CQTA 3SVHA 4A9JA 3JVLA 1N72A 4NRAA 3MQMA 4NXJA 4J1PA 4J3IA 5FE9A 4C67A 3DAIA 4LRGA 4IR3A 4LZRA 5DFDA 4QSSA 5EI4A 4NQMA 2RS9B 5EWVA 3U5NA 5ETBA 4BHWA 5FE1A 4QEUA 5KTUA 3I3JA 4OGJA 5EWWA 4NQNA 5JI8A 4YBTA 4TU6A 2DWWA 5FFVA 5FB0A 3S91A 3P1EA 4UIYA 5C89A 5CY9A 4RVRA 4N4GA 5F3AA 3QZVA 4IORA 4YBSA 5C4QA 5FE5A 5AD3A 2YDWA 5E9LA 4HXSA 4A9EA 5EA1A 4WHWA 5CQ3A 3UVXA 2RNWA 3U5OA 5C8GA 4LZ2A 5FH6A 4MR5A 5EPRA 5D26A 5G4RA 4O72A 4Y03A 2LSPB 5F62A 4MR3A 5LVQA 3TLPA 5D3SA 4HBVA 5I7XA 5A85A 2G4AA 5FG4A 2R0SA 5L8TA 5ENEA 4YYGA 5AMFA 2OUOA 4N4FA 3MB3A 4UIVA 5CZGA 5IG6A 4QSRA 5EPSA 5AD2A 5IGMA 4WHUA 2I7KA 5CU8A 4O7BA 5E9YA 5A5OA 4O74A 4TT4A 2YELA 4ALHA 5CUAA 4NR7A 3ZYUA 3U5LA 4KV4A 5A5SA 5HQ6A 5L97A 2DVRA 3G0JA 3U5PA 5FE8A 4IR5A 4NUDA 5TCMA 5EP7A 5LVRA 5CP5A 4WIVA 2N9GA 4BW4A 5DLZA 5CUBA 4F3IA 5HJCA 4CUPA 2WP1A 4QUUA 4BW3A 5HQ7A 5LKUA 5CRZA 4CURA 5DLXA 4YYHA 2R0YA 3LQJA 4NR5A 3UVYA 5EU1A 3NXBA 3G0LA 5F1LA 4FLPA 4PS5A 4TU4A 5C87A 5F63A 4MR6A 4XYAA 5EICA 4N3WA 5LKXA 3O33A 4TZ8A 3MULA 4PKLA 5E7DA 4TYLA 4HBXA 5FE3A 5FDZA 5L98A 4UYEA 5G4SA 5IIDA 4QR5A 2F6JA 5D3PA 4A9MA 5HFRA 5E9VA 4QB3A 5I7YA 5A5QA 1WUGA 2RNYA 3JVJA 3UV5A 5DYXA 5H1UA 5CUCA 5ENIA 4TT2A 4N4HA 3AADA 4YH3A 5F25A 4HXMA 4LYIA 4QBMA 4QSWA 4UIXA 3SVFA 4NR6A 4UYFB 2R10A 4YYNA 4HXNA 2I8NA 4O70A 5BT4A 4QSXA 5BT3A 5I40A 3O37A 4A9NA 5LJ0A 3QZSA 3SVGA 4YK0A 5FE7A 4IR6A 3LQIA 3LXJA 5EQ1A 4C66A 4HXKA 5DYCA 5EWHA 2E7OA 4N4IA 5CUGA 3U5MA 5J0DA 5F1HA 5FG5A 4QR3A 5FH8A 5A5RA 4HXPA 5L99A 4QSTA 5A5PA 4QSQA 5ENGA 3UV2A 3JVKA 5HELA 4ZC9A 5EK9A 4LC2A 4TQNA 5HCLA 2WP2A 5FE6A 5CQ6A 2L84A 2L85A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LYSA 3O36A 3HMHA 2R0VA 4YY6A 5F36A 3IU5A 4YYKA 5CUEA 5DW1A 5EISA 2RNXA 5KHMA 5LKZA 4CUUA 4ALGA 5II1A 4NR9A 5L8UA 4PCEA 4PCIA 5CQ4A 4LDFA 4TZ2A 4QEWA 3U5JA 4CUTA 4YYDA 4HXOA 5H1VA 5FBXA 4HXRA 5HRVA 5FB1A 5TB6A 4AKGA 4CFLA 3UV4A 4O7AA 5I86A 5IGKA 4DONA 5E73A 1F68A 1E6IA 2EJNA 4MEOA 4OGIA 2YQDA 4AKNA 4HXLA 3U5KA 3DWYA 5HEMA 5I80A 4Z93A 3VKHA 3MXFA 5FG6A 4Q0OA 4TT6A 5FFYA 4AKHA 5DYAA 5D3LA 4QSPA 2FSAA 3D1DA 4QEVA 5COIA 4O7CA 4YY4A 5KU3A 5I1QA 2H60A 4ZW1A 5ETDA 5DBMA 5H1TA 5DY7A 4NR8A 5DX4A 4YH4A 2NXBA 4A9FA 5C7NA 5D3NA 3LJWA 5DYUA 3QZTA 5EWDA 2DATA 2D9EA 4O7EA 4NUEA 5E74A 5F5ZA 5BT5A 4NR4A 5CRMA 5CTLA 5FE0A 2E3KA 5ENJA 5EPBA 2OSSA 5EVAA 2L5EA 2KTBB 5A7CA 4XUBA 4UYDA 5LJ1A 4ZQLA 4QUTA 5D3RA 5EGUA 4A9IA 5D7XA 5E0RA 4BW1A 1WUMA 4BJXA 3UVDA 5F2PA 4TTEA 5KO4A 4YBMA 4YAXA 5ENFA 4Z6IA 1EQFA 4HBYA 4BW2A 3O35A 1ZS5A 4IR4A 4Z6HA 4X2IA 3UVWA 2GRCA 4NYXA 4YATA 5D0CA 5CQ7A 4YC9A 4A9LA 4QY4A 2D82A 4QYDA 5F60A 4E96A 5I89A 3JVMA 4CL9A 3UW9A 4Q0NA 5CPEA 3LQHA 3P5OA 5LJ2A 5FH7A 5LUUA 4KCXA 4UIZA 1X0JA 4O75A 4NUCA 2DVQA 2YEKA 4A9KA 5EV9A 5E9MA 4CLBA 5KTXA 5JWMA 2YYNA 3Q2FA 4HBWA 2RO1A 4A9OA 4CFKA 4IOOA 4O78A 3IU6A 2F6NA 4NRCA 4MEQA 4CUQA 5HM0A 4XY9A 4O71A 5HENA 5II2A 5HLSA 5CQ5A 4GPJA 4YYMA 4O7FA 5H85A 4UIUA 4YABA 4MEPA 4NRBA 3D7CA 3P1DA 4QSUA 4A9HA 4UYHA 3AQAA 5CGPA 2RI7A 5EM3A 4CUSA 5A81A 4QYLA 5K29A 4LYWA 5FE4A 5DW2A 5I83A 5I88A 4QR4A 4QSVA 5FE2A 5LKTA 2YW5A 3FKMX 4UITA 4QNSA 4NYWA 4IOQA 5DFBA 4LR6A 4XUAA 3O34A 4UYGA 5FFWA 1JM4B 5E9KA 4LZSA 5CQAA 3P1FA 5ENBA 1JSPB 5CS8A 3MB4A 5HQ5A 5KTWA 4QC1A 2YEMA 4NYVA 5A83A 4YYJA 5EWCA 4PTBA 3ERRA 5D3TA 5C85A 3VKGA 5AMEA 2DVVA 4J0RA 2OO1A 4YYIA 4QC3A 5E3GA 4XY8A 5E3DA 5ENCA 2DKWA 5D24A 5A5NA 3Q2EA 3MUKA 5HFQA 4NS5A 5I29A 2E7NA 4Z1QA 4KV1A 3HMEA 4O76A 5L96A 5CQ8A 5CUDA 4J0SA 4MR4A 4OUFA 5CFWA 5DKCA 5F61A 2RFJA 4O77A 4TS8A 3HMFA 5DKDA 5E9IA 4YADA 4MENA 5ENHA 4UIWA 5D3HA 4Z1SA 3GG3A 5IGLA 4PY6A 3K2JA 5HRXA 5IGNA 2DVSA 3S92A 5D25A 5IBNA 3P1CA 5DFCA 2MJVB 5DKHA 5HRWA 3RCWA 5ACYA 4UYFA 5D3JA 3ONIA 5A82A 4QZSA 5CQTA 3SVHA 4A9JA 3JVLA 1N72A 4NRAA 3MQMA 4NXJA 4J1PA 4J3IA 5FE9A 4C67A 3DAIA 4LRGA 4IR3A 4LZRA 5DFDA 4QSSA 5EI4A 4NQMA 2RS9B 5EWVA 3U5NA 5ETBA 4BHWA 5FE1A 4QEUA 5KTUA 3I3JA 4OGJA 5EWWA 4NQNA 5JI8A 4YBTA 4TU6A 2DWWA 5FFVA 5FB0A 3S91A 3P1EA 4UIYA 5C89A 5CY9A 4RVRA 4N4GA 5F3AA 3QZVA 4IORA 4YBSA 5C4QA 5FE5A 5AD3A 2YDWA 5E9LA 4HXSA 4A9EA 5EA1A 4WHWA 5CQ3A 3UVXA 2RNWA 3U5OA 5C8GA 4LZ2A 5FH6A 4MR5A 5EPRA 5D26A 5G4RA 4O72A 4Y03A 2LSPB 5F62A 4MR3A 5LVQA 3TLPA 5D3SA 4HBVA 5I7XA 5A85A 2G4AA 5FG4A 2R0SA 5L8TA 5ENEA 4YYGA 5AMFA 2OUOA 4N4FA 3MB3A 4UIVA 5CZGA 5IG6A 4QSRA 5EPSA 5AD2A 5IGMA 4WHUA 1PUOA 2I7KA 5CU8A 4O7BA 5E9YA 5A5OA 4O74A 4TT4A 2YELA 4ALHA 5CUAA 4NR7A 3ZYUA 3U5LA 4KV4A 5A5SA 5HQ6A 5L97A 2DVRA 3G0JA 3U5PA 5FE8A 4IR5A 4NUDA 5TCMA 5EP7A 5LVRA 5CP5A 4WIVA 2N9GA 4BW4A 5DLZA 5CUBA 4F3IA 5HJCA 4CUPA 2WP1A 4QUUA 4BW3A 4AKIA 5HQ7A 5LKUA 5CRZA 4CURA 5DLXA 4YYHA 2R0YA 3LQJA 4NR5A 3UVYA 5EU1A 3NXBA 3G0LA 5F1LA 4FLPA 4PS5A 4TU4A 5C87A 5F63A 4MR6A 4XYAA 5EICA 4N3WA 5LKXA 3O33A 4TZ8A 3MULA 4PKLA 5E7DA 4TYLA 4HBXA 3D1BA 5FE3A 5FDZA 5L98A 4UYEA 5G4SA 5IIDA 4QR5A 2F6JA 5D3PA 4A9MA 5HFRA 5E9VA 4QB3A 5I7YA 5A5QA 1WUGA 2RNYA 3JVJA 3UV5A 5DYXA 5H1UA 5CUCA 5ENIA 4TT2A 4N4HA 3AADA 4YH3A 5F25A 4HXMA 4LYIA 4QBMA 4QSWA 4UIXA 3SVFA 4NR6A 4UYFB 2R10A 4YYNA 4HXNA 2I8NA 4O70A 5BT4A 4QSXA 5BT3A 5I40A 3O37A 4A9NA 5LJ0A 3QZSA 3SVGA 4YK0A 5FE7A 4IR6A 3LQIA 3LXJA 5EQ1A 4C66A 4HXKA 5DYCA 5EWHA 2E7OA 4N4IA 5CUGA 4AI6A 3U5MA 5J0DA 5F1HA 5FG5A 4QR3A 5FH8A 5A5RA 4HXPA 5L99A 4QSTA 5A5PA 4QSQA 5ENGA 3UV2A 3JVKA 5HELA 4ZC9A 5EK9A 4LC2A 4TQNA 5HCLA 2WP2A 5FE6A 1ZKRA 5CQ6A 2L84A 2L85A
chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4LYS A;  3O36 A;  3HMH A;  2R0V A;  4YY6 A;  5F36 A;  3IU5 A;  4YYK A;  5CUE A;  5DW1 A;  5EIS A;  2RNX A;  5KHM A;  5LKZ A;  4CUU A;  4ALG A;  5II1 A;  4NR9 A;  5L8U A;  4PCE A;  4PCI A;  5CQ4 A;  4LDF A;  4TZ2 A;  4QEW A;  3U5J A;  4CUT A;  4YYD A;  4HXO A;  5H1V A;  5FBX A;  4HXR A;  5HRV A;  5FB1 A;  5TB6 A;  4CFL A;  3UV4 A;  4O7A A;  5I86 A;  5IGK A;  4DON A;  5E73 A;  1F68 A;  1E6I A;  4MEO A;  4OGI A;  2YQD A;  4AKN A;  4HXL A;  3U5K A;  3DWY A;  5HEM A;  5I80 A;  4Z93 A;  3MXF A;  5FG6 A;  4Q0O A;  4TT6 A;  5FFY A;  5DYA A;  5D3L A;  4QSP A;  2FSA A;  4QEV A;  5COI A;  4O7C A;  4YY4 A;  5KU3 A;  5I1Q A;  2H60 A;  4ZW1 A;  5ETD A;  5DBM A;  5H1T A;  5DY7 A;  4NR8 A;  5DX4 A;  4YH4 A;  2NXB A;  4A9F A;  5C7N A;  5D3N A;  3LJW A;  5DYU A;  3QZT A;  5EWD A;  2DAT A;  2D9E A;  4O7E A;  4NUE A;  5E74 A;  5F5Z A;  5BT5 A;  4NR4 A;  5CRM A;  5CTL A;  5FE0 A;  2E3K A;  5ENJ A;  5EPB A;  2OSS A;  5EVA A;  2L5E A;  2KTB B;  5A7C A;  4XUB A;  4UYD A;  5LJ1 A;  4ZQL A;  4QUT A;  5D3R A;  5EGU A; 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